Tutoriel de l application graphique de Diogene

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1 Tutoriel de l application graphique de Diogene Thomas Perrier Fait le 19 décembre

2 Table des matières 1 Présentation Pourquoi cette application? Quelles sont les bibliothèques nécessaires? Etat d avancement de l application 4 3 Utilisation de l application Appeler l application intro lancer l application Manipuler l application

3 1 Présentation 1.1 Pourquoi cette application? Cette application a été développée dans le cadre de la modernisation du logiciel Diogene, logiciel de génétique de populations, biométrie générale et d amélioration des plantes. Elle permet notamment, de visualiser les données issues des analyses et des traitements effectués par Diogene directement et de manière interactive sous un logiciel puissant de visualisation de graphiques : Gnuplot. Cette application est codée en python et utilise la bibliothèque graphique Qt3 (libre sous linux et unix). 1.2 Quelles sont les bibliothèques nécessaires? Cette application a été développée avec la version python2.2. Pour pouvoir l utiliser correctement, certaines bibliothèques sont indispensables : Qt3, PyQT, GnuplotPy et Numeric. Qt3 : Cette bibliothèque fournit les toolkit de très bonne qualité, disponible sur le site de TrollTrech (les createurs) http :// pyqt : Wrapper de Qt, pyqt est un ensemble d attaches de Python pour le toolkit de Qt. Les attaches sont implémentées comme simple module Python de Qt ; pyqt est disponible sur rpmfind Gnuplot.py : La bibliothèque Gnuplot.py est un wrapper du logiciel Gnuplot. Cette Bibliothèque interface Gnuplot, ce qui autorise le pilotage de Gnuplot directement à partir de notre code Python, permettant ainsi de générer des graphiques à la volée et ce, de manière interactive et en temps réel via l interface graphique. Numeric.py : Et enfin, la bibliothèque Numeric pyhton qui est absolument nécessaire au bon fonctionnement de Gnuplot.py (grace à la génération de tableau...) disponible http :// s installe très facilement. 3

4 2 Etat d avancement de l application Pour des raison de timing, et de programmes multiples, donc de problèmes multiples à résoudre cette application n autorise pas toutes les fonctionnalités et potentialités qu offre Gnuplot. Par exemple, Visualgraph ne permet pas de tracer des courbes à partir de fonctions (du type : plot sin(x)), cette fonctionnalité, finalement bien qu assez simple à réaliser n a pas été développée ici, pour deux raisons : la première comme je vous le disais précedemment parce que je n avais que très peu de temps pour programmer cette appli, et la deuxième car nous n en avions pas besoin dans le cadre de Diogene. Effectivement, nous avions juste besoin dans ce cas précis, de réaliser des graphiques à partir de fichiers de résultats (alphanumériques) issus de Diogene. Enfin, étant donné que j ai du interrompre prématurement le relooking de Diogene faute de finacements (et, oui ce sont les dures réalités de la vie d un laboratoire de recherche Français...), je ne peux pas promettre que cette application soit bug free, comme il se dit souvent dans les monde de l informatique. En effet, ayant été le concepteur et le développeur de ce modeste programme, je l ai bien évidemment bien utilisé et dans les règles de l art et donc je manque de feed back des utilisateurs pour les éventuels plantages à venir... 4

5 3 Utilisation de l application 3.1 Appeler l application intro Avant toute chose faîtes une sauvegarde du répertoire contenant l application nommé Visualgraph. Si jamais vous avez un jour un grave plantage et que les sources sont détèriorées, vous pourrez tout réinstaller facilement sans compilation monstrueuse car cette application est développée en python qui est un langage interprété! Vous avez plusieurs possibilités pour utiliser cette application. La premère la plus simple, loguez-vous, copiez le répertoire contenant l application, et vous pouvez travailler directement dedans, et plus précisemment dans le sous répertoire appli, en tappant : python Visualgraph.py Cela signifie bien entendu Je tiens à préciser que dans ce répertoire, sont présents en tout et pour tout4 sous répertoires. appli Qui contient comme son nom l indique les programmes exécutables. classes.pyuic Qui contient les classes à patir desquelles sont réalisées les applis. fichier.ui Qui sont les fichiers initiaux générés par qt-designer, logicile permettant de faire de jolies applications graphiques... dossier de secours De loin pour vous le plus interessant. En effet ce dernier contient toutes les sources au cas où il ya aurait une catastrophe. Donc soyez rassurés, vous aurez toujours ces fichiers de secours sous la main. La deuxième methode consiste pour vous à copier le répertoire principal où vous le souhaitez dans votre arborescence. Et, ensuite il vous faut referencer ce repertoire au niveau de votre PATH. Pour se faire positionnez vous au niveau de la racine de votre home directory, ouvrez et eécrivez au moyen de votre éditeur de texte dans le.cshrc (si vous êtes en csh, ou.bashrc si vous êtes en bash...) : si csh : setenv PATH /le-chemein-dans-lequel-est-votre-répertoire/appli ou bien en bash : export PATH=/le-chemin-dans-le-quel-est-votre-répertoire/appli: 5

6 NB :Attention avant de tester l application il est absolument nécessaire de savoir où se situe l éxecutable python pour cela tappez : which python La réponse doit être du style : /usr/bin/python ou /usr/local/bin/python. Si jamais la réponse est différente de /usr/bin/python alors il faut que dans chacun des programmes suivant du sous répertoire appli, vous changiez la première ligne par # plus la réponse de l ordinateur. 1. About.py 2. Aide.py 3. Redimension.py 4. Replotation.py 5. Visualgraph.py 6. Rotation.py exemple : which python\\ /usr/toto/tata/bin/python\\ alors dans chacun des programmes cités ci-dessus, il faudra remplacer la première ligne # /usr/bin/python par #/usr/toto/tata/bin/python ce devrait être bon maintenant lancer l application Premièrement, positionnez vous dans le répertoire contenant les fichiers que vous souhaitez analyser et visualiser. N oubliez jamais d vous mettre dans votre réperoire contenat les fichiers d intérêt sinon cela ne marchera pas Manipuler l application Il s agit dans un premier lieu, de sélectionner dans l explorateur de fichier, un fichier de données établi par Diogene. Ces fichiers contenant les résultats des calculs réalisés par le logiciel, sont suffixés par.gnu synomyme de format parfaitement adapté pour l application graphique. 6

7 1. Cliquez sur l onglet Fichier dans la barre de menu 2. Cliquez sur Ouvrir 3. Sélectionnez votre fichier d intérêt sufficé par.gnu 4. Validez la Sélection La fenêtre initiale est complétée par différents champs qui contiendront les différentes modalités que vous souhaitez voir apparaître sur le graphique. 1. Remplissez les différentes légendes. Attention ne jamais mettre d accentuation ni de signes exotiques du type &,#,,ë,ê,è, /,... dans les différents champs de légendes et autres informations se rapportant au graphique, sous peine de faire planter l application!!! Ces caratères sont donc à proscrire. Je réfléchis à une alternative Sélectionnez la nature du tracé. 3. Pour sélectionner les axes que vous souhaitez représenter, il suffit de choisir dans les listes déroulantes qui contiennent les indicatifs que vous avez déterminés lors de la création de vos fichiers en vue des traitements fournis par Diogene. 4. Pour tracer le graphique, cliquez sur le bouton correspondant. Arrivé à cette étape, le graphique a été tracé. Il vous est possible de rajouter des tracés supplémentaires sur ce même graphique. Pour cela, Cliquez sur le bouton Rajouter une courbe : 1. Sélectionnez la nature du tracé de cette future courbe. 2. Choisisez dans la liste déroulante les informations que vous souhaitez superposer. 3. Vous pouvez définir la nom que portera ce nouveau tracé. Puis validez, et la courbe supplémentaire se superposera dans le graphique initial. L application vous autorise le paramétrage des couleurs. Vous pouvez ainsi choisir selon votre convenance, la couleur adéquate pour votre représentation, dans la liste déroulante correspondante. Si vous ne touchez pas au paramétrage des couleurs, la couleur par défaut de votre graphique sera le rouge. De plus, Gnuplot autorise jusque dans sa dernière version seulement 8 couleurs. Vous n aurez donc droit dans cette application uniquement aux 8 couleurs citées ci-dessous : 7

8 rouge vert bleu violet cyan marron orange clair orange foncé Par ailleurs, d autres options sont disponibles pour améliorer la vivusalisation des graphiques. Dans la barre de menu, au niveau de l onglet Option, vous diposez de 4 choix : Définition des intervalles Rotation du graphique 3D Maillage Affichage des indicatifs Maillage : Cette fonction est activée en cochant la case. Une fois activée, tous les graphique auront en trame de fond un quadrillage. Vous pouvez à tout moment activer ou désactiver cette fonction. Intervalles : Cette fonction permet de redimensionner les axes, si on souhaite zoomer sur des zones plus précises. Une fois les axes redéfinis, validez. Si vous souhaitez revenir aux valeurs intiales des axes (qui sont définies automatiquement en fonctions des valeurs contenues dans le fichiers de données), actionnez le bouton Réinitialiser de la fenêtre Intervalles. Rotation : Cette fonction autorise de faire pivoter les graphique 3D sur eux-mêmes, ce qui est pratique afin de caratériser et de mettre en evidence ceraines caractéristiques des courbes obtenues... Par ailleurs, après avoir analysé un fichier de résultats issu de Diogene, une copie de ce fichier est réalisée par l application sous forme d un fichier ASCII ce fichier copie, possède exactement le même nom que le fichier de départ suffixé par.dat. Il vous sera donc possible, dès votre prochaine utilisation de faire excatement les mêmes manips sur ces fichiers ASCII.dat, que sur les fichiers binaires.gnu. Il vous sera d autant plus facile ainsi d observer les véritables valeurs numériques analysées sur les graphiques. La première ligne de ce fichier ASCII comport une ligne de commentaire commençant par un #, et chacun des indicatifs correspond respectivement a la colonne de 8

9 données situées juste en dessous. Enfin si apres avoir redimensionner, fait pivoter, votre graphique sous tous les angles vous pouvez si vous êtes satisfaits, faire une sauvegarde de ce grahique. pour cela allez dans le menu Fichier, Save. Il ne vous reste plus qu à saisir le nom, et surtout n omettez pas de le suffixer (le nom de votre graphique), par.png (p= portable, n = netware, g = graphics). Comme vous l avez deviné, tout comme l application développée ici, c est un format libre quimarche sous tous les environnments et même Windows!! alors c est dire si c est génial! Pour finir, une dernière directive si après avoir analysé votre graphique sous tous les angles et l avoir sauvegardé, vous souhaitez en obserer un second, il vous suffit d aller dans le menu Fichier, Ouvrir, et sélectionner un nouveau fichier de données au format.gnu ou bien.dat. Une fenêtre de dialogue Warning s ouvrira et vous préviendra que si vous cliquez sur le bouton Ok, le graphique et ses paramétrages seront détruits, mais bien entendu les fichiers de résultats de Diogene ne seront pas détruits. Et si, par le plus garnd des hasards, à mon plus grand étonnement, l application ne fait plus excatement ce que vous voulez ou pire si elle venait à planter... ne paniquez pas, fermez l application et relancez là... 9