Appel de demandes Application des outils de la génomique à la détection et à la surveillance de la bactérie Listeria monocytogenes

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1 1. Aperçu/Contexte Appel de demandes Application des outils de la génomique à la détection et à la surveillance de la bactérie Listeria monocytogenes Canada Canada, en partenariat avec l Agence canadienne d inspection des aliments (ACIA) et Alberta Innovates-Biosolutions (AI-Bio) sollicite des propositions de projets de recherche sur l application des plus récentes technologies de la génomique à la détection et à la surveillance de la bactérie Listeria monocytogenes (Listeria). Un atelier d une journée a été organisé le 28 février 2012 pour définir les paramètres du programme. Il a réuni des chefs de file des domaines de la détection et de la caractérisation des agents pathogènes, des technologies de la génomique et de l industrie de la transformation alimentaire. Les recommandations de cette rencontre sont intégrées au présent appel de demandes. 2. Objectifs L Application des outils de la génomique à la détection et à la surveillance de la bactérie Listeria monocytogenes vise à appuyer les travaux qui démontreront comment la recherche et les technologies de la génomique peuvent contribuer à une approche plus axée sur des données probantes pour détecter et surveiller la bactérie Listeria. L'appel de demandes actuel est exécuté sous l'égide du programme de questions d actualité qui appuie les projets entrepris en réaction à de nouveaux enjeux d une grande importance, tant nationale qu internationale. Une question d actualité désigne un enjeu imprévu qui vient d apparaître ou qui prend soudainement de l importance, nécessitant une attention urgente ou immédiate ou une intervention opportune (p. ex., SRAS, C. difficile). On s attend à financer un consortium qui effectuera ces travaux de recherche. On s attend en outre à ce que ce consortium soit formé de chercheurs universitaires et de chercheurs de l ACIA et peutêtre d autres ministères et organismes gouvernementaux qui collaboreront avec les centres d innovation de science et de technologie (CIST) financés par Canada et d autres centres canadiens de séquençage. 3. Paramètres du concours Canada investira la somme maximale de $. L Agence canadienne d inspection des aliments (ACIA) fournira un cofinancement de $ ( $ en argent et $ en nature) pour permettre la participation de ses chercheurs au projet de recherche. AI-Bio investira la somme maximale de 100,000 $; ce financement ne se limite pas à des chercheurs de l'alberta. 1

2 D autres sources pourront verser un cofinancement additionnel, de sorte qu un projet pourra compter sur un investissement total supérieur à $. Le projet retenu recevra un financement pour une durée maximale de 18 mois. 4. Lignes directrices de financement Les candidats doivent se conformer aux Lignes directrices pour le financement des projets de recherche à grande échelle en génomique tout au long de ce concours et dans le processus de gestion qui suivra l adjudication du financement. 4.1 Exceptions aux lignes directrices Les exceptions suivantes aux présentes lignes directrices ne s appliquent qu au présent appel de demandes : Volet GE3LS intégré : Il n est pas obligatoire d inclure un volet GE3LS. Gestionnaires de projet : Il n est pas obligatoire de prévoir un gestionnaire de projet uniquement pour ce dernier, mais ce poste constitue une dépense admissible et le recrutement d une personne pour exercer ce rôle même à temps partiel, pourrait être envisagé dans les projets de recherche appliquée à long terme. Comités scientifiques consultatifs : Il n est pas obligatoire de constituer un comité scientifique consultatif. Évaluation provisoire : Il n'y n'aura aucun evaluation provisoire. 5. Domaines de recherche admissibles La recherche doit être axée sur le séquençage d un certain nombre de souches de la bactérie Listeria, l identification, la caractérisation et l annotation des séquences de Listeria pour permettre l identification, la surveillance et la différenciation des souches (qu on ne peut pas distinguer à l aide des techniques actuelles de typage moléculaire), l évaluation de la virulence et/ou l élaboration d autres marqueurs moléculaires pertinents pour faciliter la prédiction du potentiel de virulence de souches nouvelles ou émergentes. Les résultats de la recherche doivent venir en aide aux organismes de réglementation et à l industrie alimentaire dans les domaines de la surveillance, du retraçage et des enquêtes épidémiologiques en cas d éclosion. Pour qu une candidature soit admissible au présent concours, la proposition doit répondre aux exigences suivantes : comprendre des approches de la génomique qui sont des aspects essentiels de l obtention de résultats généraux importants; réunir plusieurs centres et comprendre des équipes de chercheurs universitaires jumelés à des chercheurs de l ACIA (et peut-être d autres ministères et organismes gouvernementaux); et travailler en partenariat avec les CIST financés par Canada ou d autres centres canadiens de séquençage pour la conception d applications dans ce programme de collaboration. 2

3 6. Avantages socioéconomiques et participation des utilisateurs finaux Les demandes doivent décrire, documents justificatifs à l appui, le ou les livrables à la fin du projet. Ces livrables doivent avoir une utilité pratique dans les plus brefs délais possible après la fin du projet et mener à des avantages sociaux ou économiques pour le Canada. Ces avantages pourraient comprendre, par exemple, des modifications aux lignes directrices sur la surveillance et la détection de la bactérie Listeria et une réduction des coûts pour les organismes de réglementation et l industrie des interventions en cas d incidents de sécurité alimentaire. Les propositions doivent clairement démontrer la participation des utilisateurs finaux à l élaboration et à l exécution du plan de recherche pour garantir l acceptation des destinataires et l utilité ou l application dans la pratique de la recherche. Les «utilisateurs finaux» dans le contexte du présent appel de demandes désignent les personnes capables d utiliser l information obtenue par la recherche pour prendre des décisions éclairées sur des questions telles que les politiques, les programmes et la mise au point de produits (p. ex., les organismes de réglementation, les sociétés de transformation des aliments). 7. Calendrier du concours Les demandes de financement doivent être soumises à Canada par le truchement d un centre de génomique. Veuillez communiquer avec votre centre de génomique régional pour de plus amples renseignements sur son processus. 4 septembre 2012 Date d échéance des inscriptions centres de génomique 7 septembre 2012 Date d échéance des inscriptions Canada 2 octobre 2012 Échéance des demandes complètes centres de génomique 22 octobre 2012 Échéance des demandes complètes Canada Mi-décembre 2012 Décisions de Canada, de l ACIA et AI-Bio 8. Processus de demande Les candidats doivent soumettre leur demande de financement par le truchement de leur centre régional de génomique Inscription Un bref formulaire d inscription donnera à Canada une idée préalable des éléments suivants : qui présente une candidature, que prévoient faire les chercheurs, les livrables attendus, les budgets approximatifs et les évaluateurs proposés. Ce mode de fonctionnement permettra aux centres de génomique de déterminer au préalable l admissibilité et facilitera la sélection rapide des évaluateurs pour le processus d évaluation par des pairs. Une liste des inscriptions (c.-à-d. le nom du ou des directeurs de projet, l établissement responsable, le titre du projet, les domaines de recherche et les mots-clés) seront publiés dans le site Web de 3

4 Canada pour déterminer plus facilement les domaines dans lesquels une synergie est possible entre des demandes provenant des diverses régions canadiennes afin que les candidats envisagent de s associer à d autres chercheurs dans un projet commun Demande complète Les demandes complètes doivent répondre aux critères d évaluation en vigueur dans le présent concours, soit la recherche, les avantages socioéconomiques, la gestion et les aspects financiers. Une dernière vérification de l admissibilité sera effectuée à cet égard. Un comité multidisciplinaire d experts sera constitué pour évaluer les demandes. Canada peut adapter les processus d évaluation, si la situation le justifie, en raison du nombre ou de la complexité des propositions et d autres facteurs pertinents. Toute modification sera rapidement communiquée dans le site Web de Canada ou par l entremise des centres de génomique. 9. Cofinancement Canada exige qu au moins 50 % du financement demandé au titre des frais admissibles provienne d autres sources, par le biais d un cofinancement. L ACIA ad AI-Bio fournira le cofinancement nécessaire pour ce concours; d autres sources peuvent toutefois être sollicitées pour du cofinancement additionnel. Tout le cofinancement doit s appliquer aux activités de recherche nouvelles ou additionnelles qui font partie intégrante du projet approuvé par Canada. Reportez-vous aux Lignes directrices pour le financement des projets de recherche à grande échelle en génomique pour de plus amples détails. Personnes-ressources Kim Corbett Canada (613) poste 234 kcorbett@genomecanada.ca Ismahane Elouafi ACIA (613) Ismahane.elouafi@inspection.gc.ca Cornelia Kreplin AI-Bio (780) cornelia.kreplin@albertainnovates.ca Shelley King Atlantique Catalina Lopez-Correa Québec Klaus Fiebig Institut de génomique de l Ontario (902) sking@genomeatlantic.ca (514) poste 203 clopez@genomequebec.com (416) kfiebig@ontariogenomics.ca 4

5 Reno Pontarollo Gijs Van Rooijen Gabe Kalmar Prairie Alberta Columbie- Britannique (306) (204) (403) poste 30 (604) Critères d évaluation Les propositions soumises à Canada sont évaluées au cours d un processus indépendant et rigoureux d évaluation par des pairs qui porte sur l excellence de la recherche et le potentiel d avantages socioéconomiques pour le Canada, de même que sur la mise en œuvre de solides pratiques financières et de gestion. Pour qu un financement soit accordé, les candidats doivent faire la preuve d excellence et d innovation, au plus haut degré des normes internationales. Critères d admissibilité L admissibilité de chaque proposition sera évaluée en fonction des critères suivants : La proposition : répond-elle aux objectifs de l appel de demande de Canada? prévoit-elle que les approches de la génomique sont des aspects essentiels de l obtention de résultats généraux importants? comprend-elle des équipes de chercheurs d un certain nombre de centres universitaires jumelés à des chercheurs de l ACIA; prévoit-elle des travaux en partenariat avec les CIST financés par Canada ou d autres centres canadiens de séquençage? Si la proposition est jugée admissible, elle sera évaluée en fonction des critères ci-dessous. Critères d évaluation Les critères d évaluation se divisent en trois catégories : 1) projet de recherche; 2) avantages socioéconomiques pour le Canada; et 3) gestion et aspects financiers. Il est à noter que les questions descriptives qui suivent les critères ci-dessous ne sont pas exhaustives. 1. Projet de recherche Contexte et originalité de la recherche 5

6 o o o Dans quelle mesure la recherche proposée mène-t-elle des travaux nationaux et internationaux dans le domaine, en est-elle le prolongement ou les complète-telle? Dans quelle mesure la recherche proposée est-elle le reflet d une pensée créatrice et originale? Dans quelle mesure la recherche est-elle pertinente pour les utilisateurs finaux visés? Plans de recherche o Dans quelle mesure les méthodes et les approches (y compris le traitement des données et des ressources) sont-elles pertinentes, compte tenu des objectifs de la recherche? o La recherche est-elle réalisable, compte tenu des ressources et des échéances proposées? Expertise de recherche o Dans quelle mesure l expertise de l équipe de recherche permettra-t-elle d atteindre les objectifs de la recherche? o Comment réussira-t-on à intégrer les différents types d expertise? Soutien de la recherche o Les installations, l appareil de recherche et les services disponibles (y compris les services qui seront assurés par les centres d innovation de science et de technologie (CIST) de Canada et d autres fournisseurs de services technologiques) sont-ils appropriés? 2. Avantages socioéconomiques pour le Canada Livrables o Dans quelle mesure les candidats ont-ils précisé des livrables pertinents? o Quelle est la probabilité que les livrables soient prêts d ici la fin de la période de financement? Avantages attendus o Quelle est l ampleur des avantages prévus et décrits dans la proposition pour ce qui est du potentiel de contribution à une approche plus axée sur des données probantes pour la détection et la surveillance de la bactérie Listeria? o Les avantages seront-ils réalisés dans un bref délai après la fin du projet? Stratégie de concrétisation des avantages o La stratégie décrite par les candidats convainc-t-elle que les avantages de la recherche pourront être concrétisés? Expertise relative à la concrétisation des avantages o Dans quelle mesure les éventuels utilisateurs finaux participent-ils au projet et à la stratégie de concrétisation des avantages? 3. Gestion et aspects financiers 6

7 Plans de gestion et expertise o Le plan décrit-il bien la gestion du projet, les responsabilités du personnel et les processus décisionnels concernant l orientation des travaux et la stratégie de concrétisation des avantages? o Le calendrier d exécution du projet est-il réaliste compte tenu du fait qu il faudra probablement accélérer l entrée sur le marché au début? o Les plans sont-ils aptes à rendre les résultats de recherche accessibles aux chercheurs? o Les ententes proposées avec un CIST ou d autres fournisseurs de services technologiques garantissent-elles une collaboration appropriée et opportune? o Les directeurs de projet possèdent-ils l expérience nécessaire pour gérer des projets à grande échelle de recherche et d application des résultats? Budget et contrôle des dépenses o Le budget proposé est-il raisonnable, compte tenu du niveau prévu d effort et des livrables? o Dans quelle mesure la proposition donne-t-elle l assurance que les dépenses d un projet financé seront étroitement contrôlées et de façon éclairée? Financement des cobailleurs de fonds o Dans quelle mesure le plan de cofinancement proposé est-il bien documenté, admissible et réalisable? o Le cofinancement proposé appuie-t-il directement les objectifs du projet? o Quelle est la probabilité que le projet puisse obtenir au moins 75 % du cofinancement des frais admissibles au moment du versement des fonds? 7