PROCEDURE DE PRESTATION DE CONSEIL A LA REALISATION DES ANALYSES DE GENETIQUE DES TUMEURS SOLIDES

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1 PROCEDURE DE PRESTATION DE CONSEIL A LA REALISATION DES ANALYSES DE GENETIQUE DES TUMEURS SOLIDES PLAN DU DOCUMENT Objet : 2 Domaine d application 2 Textes de référence 2 Responsabilités 2 Définition/Abréviations 2 Description 3 1. Généralités 3 2. Modalités pré-analytiques 4 3. Prestation de conseils 4 4. Documents transmis et documents de référence 5

2 OBJET Cette procédure définit l ensemble des dispositions prises par le LABM exécutant afin que - l échantillon tumoral envoyé par les LACP transmetteur soit de qualité et de quantité suffisantes à la réalisation des analyses - le LACP transmetteur et le LACP transmetteur soient informés des évolutions techniques d analyse des anomalies génétiques de l ADN, ainsi que des nouvelles analyses développées par le LABM exécutant - l ensemble des intervenants soient informés des évolutions dans la prise en charge des patients dans le cadre des thérapeutiques ciblées. DOMAINE D APPLICATION Cette procédure s applique à l ensemble du personnel médical du laboratoire habilité à l analyse et validation biologiques dans le secteur de Biologie Moléculaire. TEXTES DE RÉFÉRENCE NF EN ISO SH REF 02 : recueil des exigences pour l accréditation des laboratoires de biologie RESPONSABILITÉS Le Responsable de l application de la procédure est le chef de structure. DEFINITION/ABREVIATIONS INCa : Institut National contre le Cancer PF : plate-forme

3 DESCRIPTION 1. Généralités Le diagnostic moléculaire des tumeurs solides à visée thérapeutique a débuté en 2004 avec la recherche non systématique de mutation KRAS dans le cancer colorectal, comme marqueur de résistance à des molécules de la famille des anticorps dirigé contre le récepteur membranaire oncogénique EGFR. Mais, c est en 2006 que le théranostic (thérapeutique-diagnostic) a été organisé sur le territoire français par l INCa. Cet organisme a lancé un appel d offre pour la constitution de plates-formes (PF) de pathologie-biologie pouvant réaliser la recherche d anomalies génétiques dans des tumeurs fixées et incluses en paraffine. Vingt huit PF ont ainsi été labellisées sur le territoire afin que chaque français ait un accès équitable et gratuit à ce service. C est en 2010, que les PF sont vraiment rentrées dans la phase de théranostic à grande échelle avec la mise sur le marché de la première molécule avec une autorisation conditionnée à la présence de la mutation activatrice du gène EGFR dans les adénocarcinomes pulmonaires non à petites cellules localement avancés ou métastatiques. Il s agissait d un anti-egfr, géfitinib, pouvant être prescrit en première ligne de traitement uniquement aux patients dont la tumeur porte une anomalie dite activatrice dans la séquence des exons 18 à 21 du gène EGFR. Depuis, d autres molécules ont été développées et d autres types tumoraux sont testés, notamment - l adénocarcinome pulmonaire métastatique (mutation de EGFR : inhibiteurs de tyrosine kinase de première génération : géfitinib, erlotinib ; seconde génération : afatinib et troisième génération (osimertinib). Des mutations à visée thérapeutique telles que BRAFV600, MET (mutations notamment autour de l exon 14 et des amplifications géniques) ou encore HER dans l exon 20 peuvent être ciblées. - l adénocarcinome pulmonaire métastatique (translocation EML-ALK : crizotinib ; ROS1) - le cancer colorectal métastatique (mutations KRAS, NRAS, BRAF : cetuximab et panitumumab) - le mélanome métastatique (mutations de BRAF : verumafenib, dabrafenib : l association d anti-mek) - l adénocarcinome pulmonaire métastatique présentant une mutation (EGFR T790M) de résistance aux inhibiteurs de première et seconde génération, osimertinib) - Le cancer de l ovaire type séreux présentant des anomalies de séquence des gènes BRCA et BRCA2 pour la prescription de la molécule anti-parp (Olaparib) - Les tumeurs cérébrales primitives pour une sous-classification moléculaire permettant une meilleure prise en charge thérapeutique individualisée des patients. - L ensemble des tumeurs peut bénéficier de la recherche de l un des biomarqueurs ci-dessus dans différents programmes. - Les inhibiteurs de checkpoint (ex PD1/PDL1) La recherche d anomalies génétiques est prescrite par le clinicien au cours d une réunion de concertation multidisciplinaire et transmise au laboratoire d anatomie-cyto-pathologie (LACP) où la tumeur a été diagnostiquée. Le LACP envoie tout ou partie de la tumeur fixée et incluse en paraffine au LABM exécutant la biologie moléculaire (parfois le LACP est également le LABM exécutant) parmi

4 les 28 plates-formes actuellement labellisées par l INCa. Le financement de ces actes est assuré depuis 2017 par le ministère de la Santé selon le recensement basé sur la cotation des analyses en RIHN (des actes innovants hors nomenclature) basé sur un recensement périodique des actes déclarés sur un fichier dénommé «FICHSUP». Il est défini que le laboratoire exécutant assure la déclaration à la DGOS en accord avec les établissements prescripteurs.. 2. Modalités pré-analytiques La quantité (nombre de coupes de tissu) et la qualité (fixation et l enrichissement tumoral) des échantillons fournis par les LACP au laboratoire exécutant sont les critères principaux pour réaliser une analyse moléculaire Les critères suivants sont requis : - Le solvant de fixation des prélèvements tumoraux doit être préférentiellement du formol tamponné et la durée de fixation doit être adaptée à la taille des pièces (ni trop courte, ni trop longue car pouvant nuire à la qualité de l ADN extrait des tissus. - Le pourcentage de cellules tumorales de l échantillon doit être obligatoirement transmis en même temps que l échantillon. Il est indiqué par rapport aux cellules non tumorales et la présence de cellules nécrosées (procédure de comptage. Une coupe «blanche» du bloc permettant un enrichissement en cellules tumorales peut être réalisée et transmise si besoin sur laquelle le pathologiste aura marqué au feutre la zone à découper. - Des liquides peuvent être transmis par le LACP (pleural, ascite, LCR.) pouvant contenir des cellules tumorales ou de l ADN libre permettant l analyse moléculaire. Des culots de cellules fixées en paraffine ou le liquide tel quel qui aura été placé dans un tube permettant la conservation de l ADN libre pendant plusieurs jours (voir «procédure de conseil pour l analyse de l ADN libre dans un liquide» transmise au laboratoire. - Les informations concernant la caractérisation histologique de la tumeur et sa localision. Un Compte rendu doit être joint à la prescription. - La prescription des analyses doit indiquer le nom du clinicien et de l établissement prescripteur. - L information que le LACP recevra le résultat, l archivera et le transmettra au clinicien prescripteur dans le respect des conventions établies. Les délais attendus pour la réalisation des analyses est inscrite dans le répertoire des analyses transmis au LACP. - L envoi des prélèvements est sous la responsabilité du LACP ; le retour des blocs sous celle du laboratoire exécutant. 3. Prestation de conseils Des réunions d information ont été mises en place sur le territoire français afin que l ensemble des intervenants (cliniciens, pathologistes et biologistes) puissent y participer et échanger. - Des réunions techniques ont été organisées au sein de la PF de l APHP (oncomolpath) auxquelles le LABM exécutant participe et intervient. - Un STIC (Mokacaem, investigateur principal P Laurent Puig) a été réalisé afin de comparer les résultats de la recherche des mutations KRAS dans le cancer du côlon métastatique de

5 l ensemble des PF utilisant des techniques différentes auquel a participé notre service. Un STIC a porté sur l étude du biomarqueur EGFR dans le cancer du poumon. - Des communications orales sont réalisées par les biologistes (Drs A. Lemoine et R. Saffroy depuis 2010), au cours de ces réunions, mais aussi dans les LABM transmetteurs, à leurs demandes. - Des articles dans le domaine de l oncogénétique somatique sont publiés par les biologistes du laboratoire (dont Barlesi et al, Lancet 2016 ; Saffroy et al, Oncotarget 2017, Saffroy et al, Ann Oncol 2016). - Des informations téléphoniques sont régulièrement données (voir cahier échanges téléphoniques) - Le guide des bonnes pratiques de l INCa ou toute autre information sont diffusés aux professionnels concernés. - Une convention entre le LACP transmetteur et le LABM exécutant est établie. Les points suivants sont régulièrement discutés : - L évolution des biomarqueurs et des technologies afin d utiliser au mieux le matériel tissulaire et d augmenter la rapidité d exécution de l analyse - L évolution des cibles et autorisation de mise sur le marché de nouvelle thérapie ciblée. - Le développement de résistance aux thérapeutiques ciblées par l émergence de nouvelles mutations génétiques - Les limites de sensibilité des techniques en dessous desquelles le résultat ne peut être interprété - Les circuits des échantillons et des résultats, les modalités de prescription et, depuis 2017, les modalités de facturation. - Les conditions pré-analytiques et analytiques si besoin. 4. Liste des documents concernés Le laboratoire exécutant tient à disposition ces renseignements dans différents documents - Cahier de formation. - Articles princeps dont ceux du laboratoire. - Cahier des échanges téléphoniques (secrétariat, pièce 521 et 527). - Guide de bonnes pratiques pour la recherche à visée théranostique de mutations somatiques dans les tumeurs solides, classeur de validation biologique, pièce Convention LACP-LABM, secrétariat. Le laboratoire exécutant transmet au LACP - La convention de sous-traitance des analyses - La feuille de prescription - Le répertoire des analyses - Le document de prestation de conseils