Rôle épidémiologique du cygne tuberculé

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1 Rôle épidémiologique du cygne tuberculé et des autres anatidés dans l épisode d influenza aviaire H5N1 HP dans la Dombes en 2006 Jean Hars, Sandrine Ruette, Maurice Benmergui, Carol Fouque, Jean-Yves Fournier, Arnaud Legouge, Martine Cherbonnel*, Daniel Baroux**, Catherine Dupuy*** & Véronique Jestin* * Agence française de sécurité sanitaire des aliments, Unité VIPAC, Laboratoire national de référence (LNR) pour l infl uenza aviaire et la maladie de Newcastle, Ploufragan ** Laboratoire départemental d analyses de l Ain Bourg en Bresse *** Direction des services vétérinaires de l Ain Bourg en Bresse Contexte de l étude Depuis 2003, une épizootie d influenza aviaire due à un virus H5N1 HP sévit en Asie. La souche virale, probablement présente dans cette région du monde depuis la fin des années 90, s avère particulièrement virulente, capable de provoquer des symptômes et de la mortalité chez de nombreuses espèces d oiseaux, y compris d oiseaux sauvages, et de mammifères, dont l homme. Or, depuis 2003, le virus s avère pathogène pour les oiseaux d eau, dont les anatidés, qui étaient jusqu alors considérés comme des réservoirs, porteurs sains, des virus influenza faiblement pathogènes dans le monde. En avril 2005, les premières mortalités importantes d oiseaux sauvages ont été observées dans la région chinoise du lac Quinghai (Chen et al., 2005 ; Liu et al., 2005). En été 2005, l épizootie asiatique a progressé vers l ouest, touchant successivement la Russie et le Kazakhstan, puis en automne la Turquie, la Roumanie, l Ukraine et la Croatie (OIE, 2006 ; FAO, 2006 ; Webster et al., 2006). L épizootie s est rapidement étendue dans l Union Européenne où douze pays ont notifié des cas sur des oiseaux sauvages durant le mois de février 2006 (OIE, 2006). Au mois de mai 2006, treize pays européens avaient fait état de mortalités d oiseaux sauvages dues au virus H5N1 HP. Seuls cinq pays, la France, l Allemagne, la Suède, le Danemark et la Hongrie ont déclaré des cas chez des volailles incluant le gibier d élevage, dans des zones où l avifaune avait été précédemment contaminée. Il a été admis que l extension géographique de la maladie tant à l échelon d un pays que d un ou plusieurs continents s expliquait, soit par le déplacement d oiseaux migrateurs transportant du virus, soit par le commerce légal ou illégal de volailles (EFSA, 2006 ; Kilpatrick et al., 2006 ; Gauthier-Clerc et al., 2007). En France, le virus H5N1HP de souche asiatique a été détecté pour la première fois le 13 février 2006 sur trois cadavres de fuligules milouins (Aythya ferina) collectés sur un étang de la Dombes (OIE, 2006 ; Le Gall-Reculé et al., 2006 ; Le Gall-Reculé et al., 2007). La Dombes est une zone humide d importance internationale, d après les deux critères de la convention de Ramsar [«plus de oiseaux d eau» et «plus de 1 % de la population biogéographique d une espèce», ce dernier critère étant dépassé pour plus d une quinzaine d espèces d Anatidés et la foulque macroule (Fouque et al. 2006)]. Située dans le département de l Ain, elle compte environ étangs sur ha. La date du 13 février 2006 a marqué le début d une épizootie qui a touché principalement les anatidés et plus particulièrement le cygne tuberculé (Cygnus olor). Cette épizootie est restée cantonnée à la Dombes puisque seuls trois cas ont été observés ailleurs : un fuligule morillon (Aythya fuligula) et un grèbe huppé (Podiceps cristatus), à l est du département de l Ain, sur le lac Léman, et un cygne (Cygnus olor), beaucoup plus au sud, dans le département des Bouches-du- Rhône. Un foyer a été notifié le 23 février dans un élevage de dindes domestiques situé à un kilomètre du lieu de découverte des premiers fuligules milouins infectés, très probablement contaminé de manière indirecte. Il est resté le seul cas français survenu en élevage en 2006, laissant indemne la toute proche région de la Bresse spécialisée dans la production de volailles en plein air. 54 ONCFS Rapport scientifique 2006

2 Epidémiosurveillance de l influenza aviaire chez les oiseaux sauvages Organisation générale En France, la surveillance des virus influenza chez les oiseaux sauvages a été renforcée, à partir de septembre 2005, par un dépistage de virus hautement pathogènes (H5 ou H7) sur les oiseaux morts (surveillance passive), en s appuyant, en milieu rural, sur le réseau national de surveillance des maladies de la faune sauvage SAGIR, pour la collecte et l acheminement des cadavres, leur tri et leur autopsie et, en milieu urbain, sur les services des collectivités territoriales (pompiers, employés communaux ) et les particuliers. La maîtrise d œuvre de cette surveillance est assurée dans chaque département par la Direction départementale des services vétérinaires et coordonnée au niveau national par la Direction générale de l Alimentation. En plus de cette surveillance passive, une surveillance active des virus influenza est menée dans plusieurs zones de rassemblement d espèces migratrices sur un échantillon d oiseaux capturés ou tués à la chasse, ainsi que sur des oiseaux sentinelles. Un réseau de laboratoires spécialisés en influenza aviaire a été créé. Il est constitué du laboratoire national de référence (LNR) pour l influenza aviaire (AFSSA-Ploufragan) et de laboratoires agréés (douze actuellement) pour la détection des virus influenza aviaires, formés et pilotés par le LNR. Surveillance sur oiseaux morts (surveillance passive) À partir de l automne 2005, le dispositif général prévoyait de collecter les cadavres d oiseaux en bon état de conservation dans un contexte de mortalité anormale et inexpliquée, c està-dire au moins cinq oiseaux trouvés morts en un même lieu dans un court délai, sans qu une cause évidente de mortalité autre que l influenza aviaire n ait pu être établie sur le terrain ou au laboratoire. À la suite de l apparition du premier foyer en Dombes, tout cadavre de cygne récolté en France et tout cadavre d anatidé récolté dans une zone humide à risque a fait l objet d une recherche virale. Dans la Dombes, la collecte des cadavres d oiseaux a été principalement assurée par les agents de l ONCFS. La surveillance passive y a été renforcée à partir du mois de février et jusqu en juillet par l observation hebdomadaire de seize étangs infectés et de seize étangs témoins environnants, a priori indemnes. Par ailleurs, afin de surveiller une éventuelle extension de l épizootie dans le département de l Ain, cinq sites hors Dombes riches en anatidés ont été prospectés et dénombrés trois fois par semaine durant le mois d avril. La pression de surveillance des mortalités d oiseaux a donc été très forte pendant et après l épizootie. Les cadavres suspects ont été transmis au Laboratoire départemental d analyses (LDA) de l Ain, agréé pour le dépistage des virus influenza. Les analyses virales ont été réalisées sur des écouvillons trachéaux et cloacaux regroupés (poolés) par cinq individus d une même espèce au maximum. La méthode utilisée est la RT-PCR en temps réel (Real Time Reverse Transcriptase PCR) qui permet la détection du gène M commun aux virus influenza aviaires de type A, conformément au manuel de diagnostic (Décision de la Commission du 4 août 2006) annexé à la Directive du Conseil 2005/94/EC relative aux mesures communautaires de lutte contre l influenza aviaire. Les échantillons positifs ont été transmis au LNR pour une analyse RT-PCR H5 en temps réel. En cas de positivité, trois tests ont été entrepris : un test de RT-PCR-séquençage ciblant le motif de clivage de l hémagglutinine pour la détermination de la pathogénicité ; un test de RT-PCR-séquençage ciblant la neuraminidase N1 ; une analyse phylogénique rapide permettant d assigner les virus identifiés au groupe des virus H5N1 HP de la lignée Qinghai. Par la suite, un isolement de la souche afin de mieux caractériser les virus sur les plans antigénique et phylogénétique a été réalisé sur une sélection de virus (Jestin, 2006 ; Le Gall-Reculé et al., 2006 ; Le Gall-Reculé et al., 2007). Surveillance sur oiseaux vivants (surveillance active) 2 À partir de juin 2006, un dépistage des virus influenza a été fait sur des oiseaux apparemment sains [capturés ou tirés (cygnes)], en complément de la surveillance passive et pour vérifier la persistance ou la disparition du virus dans la Dombes*. Les analyses virales ont suivi le même protocole que pour les oiseaux morts. Pour les cygnes, des analyses sérologiques complémentaires ont été effectuées par inhibition de l hémagglutination à l aide, notamment, d un antigène préparé à partir d un antigène H5N1 HP obtenu au LNR à partir d un isolat représentatif provenant de la Dombes (IHA H5). De plus, deux sérums réagissant très fortement au test précédent ont été également testés avec un kit Elisa commercial expérimental dépistant spécifiquement les anticorps de la neuraminidase N1. Par ailleurs, cent très jeunes canards colverts (contrôlés séro et viro-négatifs H5/H7 par le LDA 01 et le LNR), issus d un élevage conventionnel, ont été placés début juin 2006 dans des enclos installés sur quatre étangs, soit concernés par des cas positifs sur oiseaux morts, soit situés à moins d un kilomètre d un cas positif. Ces oiseaux sentinelles dont les rémiges étaient coupées régulièrement pour éviter leur envol, étaient en contact direct ou indirect (via l eau de l étang) avec l avifaune locale. Des écouvillons cloacaux et trachéaux ont été prélevés deux fois par mois sur ces oiseaux, jusqu au mois de décembre Le suivi des oiseaux sauvages en Dombes Suivis en période inter-nuptiale La Dombes fait l objet de suivis de l avifaune migratrice par l ONCFS depuis les années 1980 (Fouque et al., 2006). Chaque hiver, des dénombrements mensuels en décembre, janvier et * Entre autres, 233 passereaux paludicoles ont été capturés et prélevés par Yves Beauvallet du CRBPO (MNHN, Paris). ONCFS Rapport scientifique

3 février y sont réalisés. Le suivi des cent soixante dix-huit étangs les plus favorables en terme d accueil d anatidés permet d estimer l évolution des effectifs de canards et de cygnes en hiver (Fouque et al., 2005a). Exceptionnellement, durant la flambée épizootique, un dénombrement supplémentaire a été effectué en mars 2006 sur cent soixante-six de ces étangs. (a) Effectif compté Moyenne 2000/01 à 2004/05 Hiver Au cours de l hiver 2005/2006, les effectifs d Anatidés et de foulques qui ont séjourné sur les cent soixante dix-huit étangs de la Dombes surveillés ont atteint un pic en février ( individus dénombrés) comme les hivers précédents, au moment des passages migratoires de printemps. Les espèces les plus représentées en hiver en Dombes sont le canard colvert et le fuligule milouin dont les effectifs dépassent individus (figure 1a et 1b). Cependant, les fuligules milouins étaient absents de la Dombes en décembre et janvier 2006, contrairement aux cinq hivers précédents (figure 1b). Les effectifs de cygne tuberculé étaient plus importants que la moyenne des cinq années précédentes tout au long de l hiver (figure 1c), confirmant la courbe croissante observée depuis 1995 en Dombes (Benmergui et al., 2005 ; Fouque et al., 2007). Suivis en période nuptiale Un suivi de la reproduction des Anatidés est réalisé en Dombes depuis Les couples cantonnés et les nichées sont dénombrés toutes les semaines, entre le 15 avril et le 15 juillet, sur un échantillon d étangs représentatifs [modalités d évolage et d assec (alternance eau/assec) et superficies]. En 2006, soixante treize étangs (807 ha) ont ainsi été surveillés. Le suivi de la reproduction du cygne tuberculé, montre que le pourcentage de couples productifs est passé de 54,2 % en moyenne entre 2001 et 2005 à 23,2 % en Depuis 2002, la population estivale de cygne tuberculé est estimée par un comptage de l ensemble des étangs dans la troisième décade de juin (Benmergui et al., 2005). Lors du comptage de juin 2006, la densité totale en cygnes adultes et sub-adultes est de 0,73 individus/10 ha, chiffre en (b) Effectif compté (c) Effectif compté décembre janvier février mars Moyenne 2000/01 à 2004/05 Hiver décembre décembre Figure 1 : Effectifs mensuels de canards colverts (1a), de fuligules milouins (1b) et de cygnes tuberculés (1c), dénombrés en Dombes au cours de l hiver 2005/06 et comparaison avec la moyenne (et erreur-type) des cinq derniers hivers (période 2000/01 à 2004/05). Source : Réseau national «Oiseaux d eau & Zones humides» ONCFS/FNC/FDC. nette diminution par rapport à 2005, mais proche des années précédentes. Quatorze étangs accueillent 68 % des effectifs totaux en juin Sur ces quatorze étangs, ayant accueilli janvier janvier février Moyenne 2000/01 à 2004/05 Hiver février mars mars des groupes de dix à cinquante-cinq cygnes, quatre ont hébergé des cygnes positifs H5N1 HP et deux autres sont situés sur des communes où le virus a été isolé. 56 ONCFS Rapport scientifique 2006

4 Suivi d étangs infectés et d étangs témoins environnants pendant et après l épizootie Les résultats des dénombrements hebdomadaires faits sur les trentedeux étangs suivis montrent une plus grande proportion d étangs d une surface supérieure à 10 ha parmi les étangs infectés (médiane 19 ha). En février, les densités de cygne tuberculé sont six fois plus élevées sur les étangs infectés que sur les étangs témoins environnants (respectivement 2,5 et 0,4 cygnes/ha). Cette différence s est amoindrie au fil des mois, restant toutefois bien visible en mars et avril. Le même profil est observé pour les autres anatidés et foulques avec, en février, des densités trois fois plus élevées sur les étangs infectés que sur les étangs témoins environnants (respectivement 16,6 et 5,7 oiseaux/ha). L épizootie d influenza aviaire dans la Dombes Espèces d oiseaux concernées Du 13 février au 31 août 2006, 470 cadavres d oiseaux sauvages oiseaux ont été répertoriés dans la Dombes (734 dans l Ain). Au final, 259 provenant de la Dombes ont été transmis pour analyse au laboratoire (405 pour l Ain), répartis en 200 lots (302 pour l Ain). En Dombes, 39 pools d écouvillon (lots) se sont avérés positifs : 32 pools de cygne, 4 de fuligule milouin, un héron cendré, une buse variable et une oie cendrée (tableau 1). Parmi les 41 lots positifs récoltés dans l Ain, 61 % ont été détectés positifs à la fois sur les pools d écouvillons trachéaux et cloacaux alors que 27 % l ont été sur les seuls pools d écouvillons trachéaux et 12 % sur les seuls pools d écouvillons cloacaux (Baroux et al., 2007). Une grande majorité des cadavres collectés en Dombes ont été analysés (68 % en moyenne, tableau 1). Le premier résultat positif concernait un lot de trois fuligules milouins, récoltés le 13 février 2006 sur un même étang situé sur la commune de Joyeux. Pour les cygnes, douze lots analysés entre le 18 février et le 30 mars, comprenaient les prélèvements de plusieurs individus récoltés sur le même étang (de deux à cinq cadavres). Ces lots positifs n ont pas pu être repris individuellement. Tous les autres résultats positifs correspondent à des analyses individuelles de cadavre. Le cygne tuberculé concerne 82 % des lots positifs (32/39) trouvés en Dombes. L espèce est donc largement prédominante. Les proportions de cygne et de fuligule milouin excréteurs parmi les oiseaux analysés semblent comparables mais il est impossible de tirer une conclusion vu le faible nombre de fuligules milouins analysés. Aucun canard colvert, ni mouette rieuse n a été trouvé excréteur de H5 N1 HP. Un seul rapace a été trouvé infecté. Évolution spatiale La répartition géographique sur les étangs de la Dombes montre que les cas positifs ont été découverts sur des zones géographiques bien délimitées, suggérant la présence de foyers infectieux (figure 2). Des oiseaux morts ont été découverts sur soixante-sept étangs de la Dombes, et des oiseaux porteurs de virus H5N1 HP sur seulement vingt étangs (figure 2). En délimitant des cercles de 1 km autour des cas, neuf foyers apparaissent distants les uns des autres de 2 à 18 km. D une manière générale, les zones de détection du virus sont restées très localisées, dans un rayon de 25 km autour de Joyeux qui est la localité du premier cas enregistré. Évolution temporelle L épizootie, définie comme la période où des oiseaux sauvages ont été trouvés excréteurs de virus H5N1 HP, a duré deux mois, avec une phase Tableau 1 : Répartition par espèce du nombre de cadavres récoltés, lots analysés et lots positifs H5N1 HP en Dombes. Espèce Nombre de cadavres collectés (nombre analysés) Nombre de pools analysés (% des cadavres analysés) Nombre de pools positifs H5N1 HP (% des lots analysés) Nombre d oiseaux dans les pools positifs H5N1 HP (% minimum et maximum d oiseaux positifs H5N1 HP) Cygne tuberculé 130 (89) 65 (68 %) 32** (49 %) 54*** (36 à 61 %) Fuligule milouin 13 (13) 11 (100 %) 4 (36 %) 6 (31 à 46 %) Fuligule morillon Fuligule morillon Hors Dombes Grèbe huppé 2 (2) 2 (100 %) 0 0 Grèbe huppé Hors Dombes 3 (3) 3 (100 %) 1 1 Héron cendré 19 (11) 11 (58 %) 1 (9 %) 1 (9 %) Oie cendrée 3 (3) 3 (100 %) 1 1 Buse variable 40 (16) 16 (40 %) 1 (6 %) 1 (6 %) Canard colvert 25 (23) 22 (92 %) 0 0 Mouette rieuse 10 (9) 7 (90 %) 0 0 Autres anatidés* 19 (12) 8 (63 %) 0 0 * Canard pilet (1), Erismature rousse (1), Nette rousse (8), Sarcelle d hiver (1), Canard indéterminé (8) ** représente aussi le nombre minimal d oiseaux concernés parmi les oiseaux analysés *** représente aussi le nombre maximal d oiseaux concernés parmi les oiseaux analysés ONCFS Rapport scientifique

5 relativement silencieuse fin marsdébut avril (figure 3). Dès la fin avril (semaine 17), une nette diminution des mortalités d oiseaux est observée et plus aucun virus n est détecté. Dans la période post-épizootique, la pression de surveillance a été maintenue grâce aux analyses faites sur cent deux cygnes éliminés sur neuf étangs de la Dombes, situés dans ou à proximité des foyers d infection, dans les semaines 22 à 24. Les analyses se sont toutes révélées négatives. De plus, l autopsie de ces oiseaux n a révélé aucune lésion particulière (Baroux et al. 2007). Néanmoins, au moins un tiers des cygnes s est révélé positif en IHA H5 et deux d entre eux présentaient des anticorps anti N1. Par ailleurs, trois cent oiseaux sauvages capturés vivants en Dombes appartenant à trente-et-une espèces différentes, ont fait l objet d analyses et se sont avérés non excréteurs de virus H5N1 HP. Les prélèvements étaient répartis sur neuf communes de Dombes. Les cent canards colverts sentinelles n ont jamais révélé d excrétion de H5N1 HP, mais certains oiseaux ont été positifs en PCR M en août, septembre, octobre et novembre Sur trois pools d écouvillons prélevés sur le site de Birieux, des virus H5 faiblement pathogènes, n ayant aucun lien phylogénétique avec les souches asiatiques HP et les virus H5N1 HP précédemment isolés dans la Dombes, ont été détectés début août. Figure 2 : Répartition des lots positifs H5N1 HP sur les étangs de la Dombes en Comment le virus a-t-il été introduit en Dombes? Avant cette épizootie, la surveillance active menée sur des oiseaux sau vages en France avait permis d isoler des souches virales faiblement patho gènes avec de faibles prévalences (Hars & Jestin, 2004 ; Hars et al., 2006 ; Jestin et al., 2006), mais jamais de souches hautement pathogènes, y compris dans la Dombes en 2005 (Durand, 2006). Avant février 2006, le virus a été détecté en Grèce, en Italie, puis en Autriche et en Allemagne, témoignant de sa progression vers le sud-ouest et le nord-ouest à partir des pays contaminés depuis l automne 2005 et bordant la Mer Noire. Les observations faites en France ont confirmé les effets de la vague de froid qui a sévi en Europe en début d hiver sur la présence/ absence d espèces comme la sarcelle d hiver, le canard siffleur et les oies. Dès l automne 2005, la Dombes a été considérée comme une des principales zones humides françaises à risque d apparition de foyers d influenza aviaire dans l avifaune (Fouque et al. 2005b) et il n a pas été étonnant d y voir émerger le premier cas en février Dans la Dombes, les dénombrements de cygnes tuberculés, dont la population est connue pour être relativement sédentaire, révèlent une stabilité de la population durant l automne hiver 2005 (figure 1c) alors que les dénombrements de fuligule montrent une arrivée massive d oiseaux fin janvier début février (figure 1b), correspondant au début de dégel des étangs, juste avant la détection du premier cas. L hypothèse avancée est donc que le virus aurait été introduit par les fuligules milouins (ou d autres canards migrateurs), poussés vers l ouest sur des zones humides non gelées par la vague de froid sévissant en Europe centrale. Le virus n a donc pas été introduit en France lors de classiques migrations post-nuptiales, mais à l occasion de déplacements massifs d oiseaux liés à des phénomènes climatiques. Ceci pose le problème d une meilleure connaissance des flux d oiseaux sauvages (migration ou erratisme) afin de mieux prévoir la diffusion d une épizootie d influenza aviaire. 58 ONCFS Rapport scientifique 2006

6 Des données d épidémiologie moléculaire obtenues au LNR (Le Gall-Reculé et al., 2006 ; Le Gall-Reculé et al., 2007) montrent qu une double introduction virale s est produite dans la Dombes. Le virus identifié (sous groupe G2) dans le deuxième cas (unique foyer chez des volailles) était différent du virus du premier cas (sous groupe G1) apparu quelques jours auparavant, mais très proche des autres virus (sous groupe G2 également) mis en évidence ultérieurement en Dombes. Comme le foyer en élevage a été rapporté à une contamination par voie indirecte (Michel, 2006), cela laisse penser que le virus G2 coexitait avec G1 de manière non détectée (voire préexistait avant G1) en Dombes. d échantillons analysés parmi les autres espèces, notamment le fuligule milouin, est trop faible. Par contre, 82 % des lots trouvés positifs dans la Dombes entre le 13 février et le 18 avril 2006 concernaient des cygnes tuberculés. Ce chiffre est à rapprocher des statistiques européennes (Europa, 2006) qui Rôle du cygne dans l épidémiologie du foyer de la Dombes Il n est pas possible de conclure à une sensibilité accrue du cygne tuberculé au virus H5N1 HP car le nombre Photo ONCFS Collecte d un cadavre de cygne sur un étang de la Dombes. Surveillance passive : Surveillance active : nombre de cadavres récoltés nombre d animaux tués nombre de cadavres analysés nombre de cadavres analysés nombre de lots positifs H5N1 HP nombre d animaux vivants prélevés nombre de prélèvements analysés Nombre de lots positifs février mars avril mai juin juillet août 0 Figure 3 : Évolution temporelle (en semaines) du nombre de cadavres récoltés et analysés, d animaux vivants prélevés et analysés (hors canards sentinelles), et du nombre de lots positifs H5N1 HP. ONCFS Rapport scientifique

7 montrent que partout en Europe cette espèce a été la principale révélatrice de l infection (Eurosurveillance, 2006). Il est évident que la facilité de repérage de cadavres de cygne sur des plans d eau a biaisé la prévalence en sa faveur. Pour autant, nous considérons que le cygne est, parmi les anatidés sauvages, particulièrement sensible à la souche H5 N1 HP d origine asiatique. En effet, on peut estimer que la mortalité a avoisiné, voire dépassé, les 10 % dans la mesure où 54 des 550 à 600 cygnes présents en Dombes pendant l épizootie sont morts de l influenza aviaire, sans compter que tous les cygnes morts d influenza n ont certainement pas été collectés et que d autres, morts ou malades avec des symptômes nerveux caractéristiques, négatifs sur les écouvillons cloacaux et trachéaux, étaient très probablement infectés et auraient donc succombé au virus H5N1 (Baroux et al., 2007 ; Gavier-Widen et al., 2006). Par ailleurs, en février-mars 2006, à canards, dont la moitié de fuligules milouins, ont séjourné sur les étangs de la Dombes. Sachant que pendant l épizootie, la pression de surveillance a été élevée, on peut affirmer qu un taux de mortalité comparable chez les fuligules (ou autres canards) ne nous aurait pas échappé et que la mortalité chez cette espèce suspectée d avoir introduit le virus est restée très limitée. De par sa sensibilité au virus et sa facilité d observation, le cygne est une bonne sentinelle épidémiologique à prendre en compte pour la surveillance de l influenza aviaire à l échelon local et national. Les fuligules ou d autres canards peuvent avoir joué un rôle dans la persistance de l infection par le biais d une excrétion asymptomatique que nous n avons pas été en mesure d évaluer. Il n est pas possible de conclure sur le rôle du cygne tuberculé, en tant que réservoir de virus, mais un échantillon représentatif de cygnes abattus deux mois après le pic épizootique ne présentaient aucun signe de la maladie et n étaient pas excréteurs de virus influenza. On ne peut toutefois pas exclure qu une proportion, restant à préciser, de ces cygnes aient pu être infectés par des virus H5N1 HP et y survivre, du fait de la présence concomitante d anticorps H5 et N1 chez au moins deux d entre eux. Rôle des autres espèces Parmi les anatidés, seuls les cygnes et les fuligules milouins et morillons ont montré une certaine sensibilité au virus H5N1 HP. Aucun des 75 canards de surface analysés dans l Ain (Baroux et al., 2007), dont 25 canards colverts récoltés dans la Dombes espèce dont les effectifs étaient pourtant importants (plus de individus en janvier, figure 1a) n étaient excréteurs de virus. La question de la réceptivité et de la sensibilité éventuelle de cette espèce reste entière, d autant plus que la surveillance active menée après la flambée épizootique sur des colverts sentinelles ou capturés a permis de confirmer la possibilité de portage sain de virus H5 FP, mais jamais du virus H5N1 HP. Une perte probable de réceptivité naturelle des canards sentinelles s étant naturellement immunisés au fil des semaines n est cependant pas à exclure. Aucune mortalité anormale ni excrétion virale n ont été observées chez les laridés et les corvidés, pourtant très présents dans la Dombes et capables de s infecter par prédation ou consommation de cadavres. En revanche, une buse variable a été détectée positive. Cette espèce, comme d autres rapaces, a été trouvée infectée dans d autres foyers comme en Suède (Mörner et al., 2006 ; Europa 2006). De même, le Photo J. Hars/ONCFS Écouvillonnage cloacal sur un canard colvert. héron cendré et l oie cendrée semble avoir été touchés marginalement par la maladie. Impact de l épizootie d influenza sur l avifaune Les résultats du comptage flash de juin pour le cygne tuberculé révèlent clairement une baisse des effectifs par rapport aux chiffres de 2005, probablement due à l influenza et à la campagne d élimination (200 individus) menée fin mai début juin. En revanche, il est impossible d affirmer que la baisse des indices de reproduction en 2006 est en lien direct et total avec l influenza. Pour les autres espèces, la quasi-absence de mortalité constatée nous laisse penser que l influenza a eu très peu d impact sur les populations. Durée de l épizootie en Dombes L épizootie d influenza aviaire dans la Dombes est resté très limitée dans le temps. L absence de détection virale sur cadavres après le 18 avril, associée aux résultats de la surveillance active nous font supposer que le foyer s est bien éteint fin avril-début mai 2006, date à laquelle l élévation de la température 60 ONCFS Rapport scientifique 2006

8 de l eau des étangs n a sans doute plus permis au virus de persister et de circuler assez intensément. Des observations similaires ont été faites dans les autres pays d Europe. Par ailleurs, la durée d infection des étangs est en général inférieure à cinq semaines et semble ne pas avoir dépassé huit semaines (maximum enregistré sur un étang). Deux éléments ont également pu jouer dans l apparente disparition du virus : des densités d anatidés plus faibles en période de reproduction et de fortes pluies en avril qui ont augmenté la surface en eau des étangs provoquant un effet «diluant» sur le virus et sa transmission. Limites spatiales de l épizootie L épizootie est restée très limitée dans l espace. Seuls vingt étangs ont été contaminés dans un rayon de 25 km autour du premier cas, alors que la topographie de la Dombes est particulièrement favorable à une éventuelle diffusion. L infection semble s être développée préférentiellement sur de grands étangs qui se trouvent en sortie d assec, vidés et cultivés l année précédente, donc riches en graines et végétaux et sur lesquels les cygnes et canards se rassemblent en hiver. La circulation virale semble donc dépendre de facteurs écologiques, dont la densité en oiseaux réceptifs et sensibles. Par contre, la maladie a peu diffusé dans la Dombes et ne s est pas étendue à d autres zones humides françaises ou étrangères qui auraient pu avoir un lien épidémiologique avec la Dombes par le biais des déplacements d oiseaux et des migrations prénuptiales. Il faut toutefois tenir compte des récents travaux de modélisation qui montrent que l épizootie aurait sans doute été plus grave et plus longue si le virus avait été introduit dans la Dombes au mois de septembre, début de saison d hivernage où les anatidés se rassemblent pour plusieurs mois sur les étangs les plus favorables (Doctrinal et al., 2006). En conclusion, des études à poursuivre L analyse des données récoltées lors de l épizootie d influenza aviaire de 2006, et en particulier la faible mortalité observée en Dombes sur les oiseaux sauvages, comme d ailleurs dans toute l Europe, laisse penser que la souche virale H5N1 HP qui a circulé en Europe en 2006 était peu létale et peu contagieuse. À l avenir, si un nouvel épisode d influenza aviaire hautement pathogène apparaissait, l étude d un éventuel portage sain du virus par les oiseaux sauvages (en particulier le cygne tuberculé) devrait sans doute être privilégiée. Afin d augmenter la sensibilité de la surveillance passive, il conviendrait également de compléter les analyses faites de manière systématique et simultanée sur des écouvillons cloacaux et trachéaux par la recherche de virus sur des organes (cerveau, pancréas ) d oiseaux présentant des symptômes et/ou lésions évocateurs. Enfin, la persistance des virus dans l eau des étangs devrait également faire l objet d études. Remerciements Nous remercions tous ceux qui ont contribué à ces résultats, et plus particulièrement la Fédération départementale des chasseurs de l Ain et ses agents, l ensemble du personnel du LNR de l AFSSA-Ploufragan et du laboratoire départemental d analyses de l Ain, les agents de la Direction départementale des services vétérinaires, les agents de la Station de Birieux et du service départemental de l Office national de la chasse et de la faune sauvage, ainsi que le CRBPO (Museum national d histoire naturelle Paris). B IBLIOGRAPHIE Baroux D., Neyron M., Hars J., Ruette S., Vernet F., Darbon F., Legouge A. & G. Lombard (2007) Observations, symptômes et lésions relevés sur l avifaune sauvage de l Ain lors de l épisode d influenza aviaire H5N1 HP en Bull. Acad. Vét. France, 160 (2) : Benmergui M., Fournier J.Y., Fouque C. & J. Broyer (2005) L expansion du cygne tuberculé en Dombes. Faune Sauvage 266 : Chen H., Smith G.J.D., Zhang S.Y., Qin K., Wang J., Li K.S., Webster R.G., Peiris J.S.M., & Y. Guan (2005) Avian Flu : H5N1 virus outbreak in migratory waterfowl. Nature 436 : Doctrinal D., Artois M., Sabatier P. & D. Bicout (2006) Modélisation du risque d exposition de la volaille aux virus influenza aviaire d origine sauvage. Épidémiologie et Santé Animale. Revue de l AEEMA, 50, Durand I. (2006) Contribution à l étude de l influenza aviaire en Dombes. Épidémiologie chez les anatidés sauvages. Thèse doctorat vétérinaire. Lyon : 119 p. EFSA (2006) Rôle des oiseaux migrateurs ans la propagation de la grippe aviaire parmi les populations d oiseaux dans l Union Européenne. [http ://www. efsa. europa.eu/fr/press_room/press_release/press_releases_2006/1443.html] Europa (2006) Results for surveillance in wild birds from 1 february 206 to 31 may [ animal/diseases/controlmeasures/avian/res_surv_wb_010206_310506_en.pdf] ONCFS Rapport scientifique

9 Eurosurveillance (2006) Highly pathogenic Avian Influenza/A H5N1 update and overview of [ FAO (2006) Animal Health Special Report. Wild birds and avian influenza. [ health/diseases-cards/avian_hpairisk.html] Fouque C., Caizergues A., Guillemain M., Fournier J.Y., Benmergui M., Mondain-Monval J.Y. & V. Schrike (2005a) Distribution des effectifs hivernaux de Fuligules milouins en France et tendances d évolution sur les 16 derniers hivers. Faune Sauvage, 268 : Fouque C., Hars J., Schricke V. & J.M. Boutin (2005b) Liste hiérarchisée des principales zones humides accueillant les rassemblements les plus importants d oiseaux d eau migrateurs en France. Rapport ONCFS, 11 p. Fouque C., Scheneider C., Belette D. & F. Dej (2006) Dénombrements hivernaux d Anatidés et foulque macroule sur 90 entités humides d importance nationale : hiver 2005/2006. Rapport ONCFS/DER/CNERA Avifaune migratrice : 73 p. Fouque C., Guillemain M., Benmergui M., Delacour G., Mondain-Monval J.Y. & V. Schrike (2007) Mute swan (Cygnus olor) winter distribution and trends in numbers in France 1987/ /03. Journal of Ornithology, in press. Gauthier-Clerc M., Lebarbenchon C. & F. Thomas (2007) Recent expansion of highly pathogenic avian influenza H5N1 : a critical review. Ibis 149 : Gavier-Widen D., Agren E., Uhlhorn H., Bröjer C., Bernodt K., Zohari S., Thoren P. & T. Mörner (2006) Highly pathogenic Avian Influenza in wild birds in Sweden : characterization of lesions in the central nervous system. In Conference of the European Wildlife Diseases Association, Vallée d Aoste, septembre Hars J. & V. Jestin (2004) Surveillance de l infection de l avifaune par les virus influenza. Rapport scientifique 2003 de l ONCFS : Hars J., Schmitz A., Caizergues A., Guillemain M., Leray G., Fournier JY., Martin D Escriennes L.G., Bureau E. & V. Jestin (2006) Surveillance de l infection de l avifaune sauvage par les virus Influenza en France. Résultats des enquêtes et Rapport ONCFS/AFSSA, 16 p. Jestin, V. (2006) Communication In Conférence de pathologie aviaire du groupe français de l Association Mondiale Vétérinaire d Aviculture, Rennes, 13 septembre Jestin V., Schmitz A., Hars J., Cherbonnel M., Le Gall-Recule G., Picault J.P. & J. Francart (2006) Surveillance des infections à influenzavirus chez les oiseaux en France. Bulletin épidémiologique hebdomadaire. N 27-28, 2006, p Kilpatrick A.M., Chmura A.A., Gibbons D.W., Fleischer R.C., Marra P.P. & P. Daszak (2006) Predicting the global spread of H5N1 avian influenza. PNAS 103, 51, Le Gall-Reculé G., Schmitz A., Massin P., Cherbonnel M., Lamandé J., Allée C., Ogor K., Toquin D., Rivallan G., Zwingelstein F., Picault J-P., Eterradossi N., Guionie O., Briand F-X. & V. Jestin (2006) Molecular characterisation of highly pathogenic avian influenza H5N1 in France collected early ESVV, 7 th International Congress of Veterinary Virology, Lisboa, Portugal, September, p Le Gall-Reculé G, Briand F-X, Schmitz A, Guionie O, Lamandé J, Allée C, Ogor K, Macé C, Guillou-Cloarec C, Massin P & V. Jestin (2007) Double introduction d influenzavirus aviaires H5N1 hautement pathogènes en France en février 2006, IX e Journées francophones de virologie, Paris, France, avril Liu J., Xiao H., Lei F., Zhu Q., Qin K., Zhang X.-W., Zhang X.-L., Zhao D., Wang G., Feng. Y Ma, J., Liu W. & G.F. Gao (2005) Highly Pathogenic H5N1 Influenza Virus Infection in Migratory Birds. Science 309, Michel V. (2006) Rapport d enquête épidémiologique concernant le foyer d influenza aviaire dans un élevage de dindes de la Dombes. Afssa-Ploufragan. 12 p. Mörner T., Agren E., Bernodt K., Bröjer C., Jansson D.S., Uhlhorn H., Mattsson R. & D. Gavier-Widen (2006) Highly pathogenic Influenza Virus H5N1 infection in swedish wildlife : clinical findings and epidemiology. In Conference of the European Wildlife Diseases Association, Vallée d Aoste, septembre OIE (2006) Informations sanitaires 2 mars vol 19 N 9. [ Webster RG & E.A. Govorkova (2006) H5N1 Influenza Continuing evolution and spread NEJM ; 355 : [ content.nejm.org/cgi/content/short/355/21/2174] 62 ONCFS Rapport scientifique 2006

10 A BSTRACT Epidemiological role of Mute Swan and other Anatidae in the H5N1 HP avian flu outbreak in the Dombes in 2006 Jean Hars, Sandrine Ruette, Maurice Benmergui, Carol Fouque, Jean-Yves Fournier, Arnaud Legouge, Martine Cherbonnel, Daniel Baroux, Catherine Dupuy & Véronique Jestin In February 2006, H5N1 virus seemed to enter the Dombes, an important migrating and resident waterfowl area, via Common Pochards (Aythia ferina) or other migrating ducks, pushed West by the severe cold spell in Central Europe. The Mute Swan was revealed to be an excellent sentinel or indicator of the outbreak, because of its sensitivity to the virus and its easy detection on the ponds. In the end, the mortality in wild birds remained moderate and the epizootic, which lasted only two months, was essentially restricted to the Dombes area. A single turkey farm was contaminated in the centre of that area, very likely in an indirect way. These observations tend to show that the Asian HP H5N1 viral strain is both little lethal and little contagious in wild birds and that preventive and control measures applied inside poultry farms have been effective. On the other hand, we collected very few data on virus healthy carriers, which, according to involved species, may play an effective role in its persistence inside infected areas and in its spread via migrating birds. Photo J. Hars/ONCFS Enclos de canards colverts sentinelles sur un étang de la Dombes. ONCFS Rapport scientifique