Microscopie à Force atomique et Spectroscopies Enseignant : James Sturgis

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1 Session de rattrapage Master 1 BBSG Méthodes d Analyse Structurale 1 Responsable : Garron Marie- Line Durée : 2 heures Microscopie à Force atomique et Spectroscopies Enseignant : James Sturgis - Question 1 : Expliquez brièvement le fonctionnement d'un microscope à force atomique. - Question 2 : La fluorescence du tryptophane est souvent utilisée pour suivre la structure et les interactions d'une protéine. Quels paramètres régulent les propriétés de cette fluorescence? Microscopie électronique Enseignant : Nicolas Papageorgiou - Question 1 : Expliquer brièvement comment fonctionne un microscope électronique à transmission? - Question 2 : Que peut on mesurer avec un microscope électronique (autre que les images)? - Question 3 : Que savez vous sur la technique de la «coloration négative»? - Question 4 : Que savez vous sur la technique de la Cryo Microscopie (CryoEM). Quels sont les avantage de cette technique? - Question 5 : Pourquoi on expose les grilles du microscope à un plasma? Diffraction des rayons X aux petits angles (SAXS) Enseignante : Véronique Receveur- Bréchot - Question 1 : Quel est l'intérêt et quelles sont les applications possibles (types de protéines à étudier, types de systèmes biologiques,etc...) de la diffusion des rayons X aux petits angles? - Question 2 : Quels sont les limites et avantages de cette technique par rapport à d'autres méthodes en biologie structurale? - Question 3 : Quelles informations structurales peut nous fournir cette technique sur la/les protéine(s) étudiée(s)?

2 Cristallographie Enseignante : Marie- Line Garron - Question 1 : Dessinez un diagramme de phase et expliquez la cristallogenèse en diffusion de phase vapeur en vous appuyant sur le diagramme. - Question 2 : Pourquoi l acquisition des données de diffraction se font (la plus part du temps) sous un flux d azote? - Question 3 : Qu est ce que veut dire l acronyme SAD et pourquoi utilise t on cette méthode? Résonnance Magnétique Nucléaire Enseignant : Hervé Darbon Le calcul de structure d une protéine donne lieu à l obtention d une famille de solutions et non pas à une image unique de la structure tridimentionnelle. - Expliquez pourquoi. - Quel avantage peut- on tirer de cette apparente imprécision?

3 Spectroscopie de Résonance Paramagnétique Electronique des Biomolécules Enseignant : Stéphane Grimaldi Répondre sur cette feuille Nom : Prénom : Numéro d étudiant : Cochez les cases correspondant aux réponses justes. Plusieurs choix peuvent être possibles. 1. Cocher la case si le métal mentionné à côté de celle- ci est naturellement rencontré dans certaines métalloprotéines Argent Or Platine Tungstène Cobalt Cuivre Manganèse Magnésium Nickel 2. Dans une métalloprotéine, l état de spin de l ion Fe dépend de la coordination de ce- dernier 3. La RPE est une technique spectroscopique qui ne s applique pas sur des biomolécules ne contenant pas de centres paramagnétiques endogènes (métaux, radicaux) 4. Sur un spectre RPE mesuré en onde continue, l abscisse correspond à une fréquence un champ magnétique une valeur de g 5. Sur un spectre RPE mesuré en onde continue et enregistré dans des conditions standards, l ordonnée correspond à : l absorption du rayonnement micro- onde la dérivée de l absorption du rayonnement micro- onde 6. Tous les centres métalliques paramagnétiques peuvent être observés à température ambiante 7. L intensité du signal RPE est proportionnelle à la quantité de centres présents dans l échantillon étudié

4 8. Un centre paramagnétique est caractérisé par combien de valeurs de g (une seule réponse possible)? Qu est ce qu une interaction hyperfine? une interaction entre 2 électrons une interaction entre 1 électron et 1 noyau une interaction entre le moment magnétique de spin de l électron et le champ magnétique appliqué 10. Cochez les cases devant des espèces paramagnétiques? quinone semiquinone quinol Mo(IV) Mo(V) Mo(VI) 11. Les signatures RPE des cofacteurs métalliques de type [3Fe- 4S] rencontrés dans diverses métalloprotéines sont toutes identiques? elles sont différentes de celles des centres [4Fe- 4S] 13. On peut convertir un centre [4Fe- 4S] en centre [3Fe- 4S] par mutagenèse dirigée et suivre ce phénomène par spectroscopie RPE 14. La technique du marquage de spin dirigé (site- directed spin labeling) consiste classiquement à greffer un radical nitroxyde sur une protéine via une : méthionine cystéine tyrosine histidine 15. Combien de raies comporte le spectre RPE d un radical nitroxyde? Le spectre RPE d un radical nitroxyde est plus large à température ambiante qu à basse température

5 17. Le spectre RPE d un radical nitroxyde (marqueur) greffé à une protéine reflète la mobilité du marqueur de la protéine du tube d analyse 18. On ne peut pas utiliser la technique du marquage de spin sur une protéine qui ne contient pas de méthionine 19. Quelle peut être l utilité de combiner une expérience de titrage d oxydoréduction à une étude par spectroscopie RPE d un cofacteur protéique (2 réponses sont demandées)? Réponse 1 : Réponse 2 :