Master Mention Biologie et Environnement Spécialité Recherche et Professionnelle FREMAC

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1 UFR SCIENCES ET TECHNOLOGIES 24 avenue des Landais BP AUBIERE Cedex Tél Fax Courriel : ScolaMaster.sciences@univ bpclermont.fr Master Mention Biologie et Environnement Spécialité Recherche et Professionnelle FREMAC Fonctionnement et Restauration des Milieux Aquatiques Continentaux Mademoiselle, Monsieur, Vous trouverez ci inclus : un dossier de candidature pour l accès en 2ème année de la spécialité FREMAC la liste des stages de recherche proposés dans la spécialité FREMAC pour l année universitaire Cette liste n intéresse que les étudiants se destinant aux métiers de la recherche. Dans ce cas, il est indispensable que vous preniez très rapidement contact avec les responsables des sujets de stage recherche de votre choix et que vous l indiquiez sur le dossier (vœux 1 ou 2). Pour les étudiants qui se destinent à un métier dans une entreprise, bureau d étude, ou collectivité territoriale, vous choisirez, au cours du premier semestre, votre stage professionnel, par vous même ou en fonction des offres régulièrement envoyées au responsable de master. Le dossier de candidature est à retourner par voie postale à Mme Elsa Barbosa et impérativement avant le 14 juin Vous serez prévenu(e) par courriel, puis par lettre, de la poursuite de votre candidature qui se terminera par un entretien à Clermont Ferrand les 27 et 28 juin A l issue de l entretien une liste principale et complémentaire est établie. L ensemble des postulants initiaux sont alors informés de leur position (admis en liste principale, retenu en liste complémentaire, non retenu). Je vous prie d agréer, Mademoiselle, Monsieur, l expression de mes sentiments les meilleurs. Christian DESVILETTES Responsable et président du jury de la spécialité FREMAC

2 DOSSIER DE CANDIDATURE MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT M2 Spécialité : FONCTIONNEMENT & RESTAURATION DES MILIEUX AQUATIQUES CONTINENTAUX (FREMAC) N de dossier Photo d identité (ne pas remplir) NOM : Prénom : (en majuscules) Date et lieu de naissance :. Nationalité :.... Adresse (où doit être envoyée la correspondance) : Situation de famille : Tél : Fax :. Mail :.... (où le candidat est joignable à tout moment veiller à la validité de votre mail) Cursus universitaire à dominante (préciser l orientation générale: microbiologie, physiologie végétale, écologie, etc) Orientation du M2 choisie à préciser (rayer la mention inutile) : - Professionnalisant (stage en entreprise, bureau d étude, etc..) - Recherche (stage en laboratoire de recherche) : indiquer vos choix de stage Vœu principal 1 : Vœu 2 : Scolarité depuis le Baccalauréat

3 Année d étude Ecole ou Université Diplôme préparé Résultat Mention et/ou classement Stages intégrés dans le cursus : Titre du stage Organisme d accueil Responsable Stages hors cursus : Intitulé-thème Organisme d accueil Durée Rédaction d un rapport (?) Fait à : le :. Signature :

4 Master Mention Biologie et Environnement Spécialité : Fonctionnement et Restauration des Ecosystèmes Aquatiques (FREMAC) Pièces à joindre au dossier pour un accès en M2 : Lettre de motivation : Dans une lettre de motivation manuscrite, vous expliquerez les raisons de votre choix concernant ce master, Vous indiquerez, le cas échéant, vos centres d intérêt pour le stage de recherche ou pour un stage à vocation professionnelle, Enfin, vous justifierez, le cas échéant, les motifs de redoublement ou d interruption d études. Photocopies des Diplômes de Licence et de Master 1ère année ou équivalents. Dans le cas où le Master M1 est en cours, joindre une attestation provisoire ou un relevé de note intermédiaire et nous envoyer ensuite les résultats définitifs dès leur publication. Copies des relevés de notes des deux dernières années universitaires. Dossier à retourner à : Université Blaise Pascal UFR ST Département de Biologie Madame Elsa Barbosa (M2 FREMAC) Bâtiment de Biologie B 24 avenue des Landais BP AUBIERE Cedex Pour tout renseignement administratif complémentaire, s adresser à : Mme Barbosa Courriel : Elsa.BARBOSA@univ bpclermont.fr Ce dossier ne peut-être retourné que par voie postale impérativement avant le 15 juin, délai de rigueur TOUT DOSSIER INCOMPLET OU NON CONFORME NE SERA PAS PRIS EN COMPTE LES DOSSIERS DE CANDIDATURE NE SERONT PAS RETOURNES

5 LISTE DES SUJETS DE STAGE DE RECHERCHE PROPOSÉS Spécialité : Fonctionnement et Restauration des Ecosystèmes Aquatiques (FREMAC) 1 Utilisation de marqueurs biochimiques complémentaires pour l étude de relations trophiques complexes en cours d eau Encadrant : Desvilettes C Pr Aguer J P Pr Tél christian.desvilettes@univbpclermont.fr jpaguer@univ bpclermont.fr Lieu du stage : UBP Clermont Ferrand, UMR CNRS 6023 LMGE équipe Interactions dans les réseaux trophiques aquatiques. 2 Dynamique des interactions virus eucaryotes photosynthétique de petite taille Encadrant : Charpin M (MCF) Tél Colombet Jonathan marie.charpin@univbpclermont.fr Lieu du stage : UBP Clermont Ferrand, UMR CNRS 6023 LMGE équipe Virus et Métabolismes microbiens en milieu aquatique. 3 Exploration du potentiel génétique et métabolique des Archaea dans les milieux aquatiques Encadrant : Mary I (MCF) Tél isabelle.mary@univ bpclermont.fr Lieu du stage : UBP Clermont Ferrand, UMR CNRS 6023 LMGE équipe Virus et Métabolismes microbiens en milieu aquatique.

6 STAGE DE RECHERCHE Spécialité : Fonctionnement et Restauration des Ecosystèmes Aquatiques (FREMAC)

7 Spécialité Fonctionnement et REstauration des Milieux Aquatiques Continentaux Nom du laboratoire d accueil : Laboratoire Microbiologie Génome et Environnement 6023 Directeur : Telesphore Simé-Ngando Nom et fonction des encadrants : Pr Christian Desvilettes - Pr Jean Pierre Aguer Equipe de recherche : Interactions dans les réseaux trophiques aquatiques Sujet de recherche Titre : Utilisation de marqueurs biochimiques complémentaires pour l étude de relations trophiques complexes en cours d eau Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) : Dans les rivières de tête de bassin, le fonctionnement des réseaux trophiques est classiquement reconnu comme dépendant des apports allochtones de matière organique (litière de feuilles mortes). Toutefois des études récentes suggèrent que la production primaire autochtone (microalgues épilithiques, bryophytes) peut constituer une part non négligeable des flux de matières et d énergie nécessaires au développement des macroinvertébrés (Finlay, 2001). Ainsi les espèces spécialisées dans l ingestion/fragmentation de la litière pourraient être tributaires de la matière organique d origine allochtone et autochtone (Thorp and Delong 2002). En effet, les dépôts de litières sont colonisés par des biofilms de microorganismes et il est raisonnable de se demander d où provient la majeure partie du carbone assimilé par les macroinvertébrés broyeurs-détritivores colonisant ces dépôts. Le stage de master aura donc pour but d utiliser trois type de biomarqueurs (acides gras, stérols et acides aminés) afin d évaluer l origine du carbone chez une larve de trichoptère (Limnephilidae). Une mise point méthodologique sera nécessaire pour les acides aminés Techniques : suivi en milieu naturel et expérimental chromatographie en phase gazeuse fractionnement isotopique - identification de microorganismes. Mots clés (5) : Macroinvertébrés litières - acides gras stérols acides aminés Références bibliographiques récentes de l équipe DESCROIX, A., BEC, A., BOURDIER, G., SARGOS, D., SAUVANET, J., MISON, B. & DESVILETTES, C. (2010) Fatty acids as biomarkers to indicate main carbon sources of four major invertebrate families in a large River (the Allier,France). Fundamental and Applied Limnology, 177,39-55 KOUSSOROPLIS, A. M., BEC, A., PERGA, M. E., KOUTRAKIS, M., BOURDIER, G & DESVILETTES, C. (2011) Transfer of fatty acids in food web of a mediterranean coastal lagoon:evidence for high ARA retention in fish. Estuarine, Coastal and Shelf Science 91, MASCLAUX, H., PERGA, M. E., KAGAMI M., DESVILETTES, C., BOURDIER, G. & BEC, A. (2013) How pollen enters freshwater food webs. Limnology & Oceanography (in press) Contact : Nom : C Desvilettes Nom : JP Aguer Tél : christian.desvilettes@univ-bpclermont.fr Tél : J-Pierre.AGUER@univ-bpclermont.fr

8 Spécialité Fonctionnement et REstauration des Milieux Aquatiques Continentaux Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies Nom du laboratoire d accueil : LMGE Directeur : T. SIME-NGANDO Nom et fonction de l encadrant : Dr Marie Charpin Dr Jonathan Colombet Equipe de recherche : Virus et Métabolismes microbiens Sujet de recherche Titre : Dynamique des interactions virus-eucaryotes photosynthétique de petite taille Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) : La dynamique temporelle des eucaryotes photosynthétiques de taille <5 µm (SPE) est caractérisée, en milieu lacustre, par une phase printanière de développement suivie par un effondrement de leur abondance lors de l établissement de la stratification thermique. Les résultats préliminaires obtenus lors de suivi de terrain et d expériences en laboratoire laissent supposer que la lyse virale pourrait être un des facteurs impliqués dans cette dynamique temporelle. Les objectifs de ce sujet seront: d isoler des souches virales ayant pour hôte potentiel des petits eucaryotes pigmentés isolés du lac Pavin de caractériser d un point de vue morphologique et moléculaire les virus et leurs hôtes potentiels d explorer la dynamique d infection virale d un ou plusieurs de ces hôtes eucaryotes Cette approche couplant des méthodes culturales, de microscopie électronique, de cytométrie en flux et de biologie moléculaire devrait permettre d émettre des hypothèses sur le rôle des interactions hôte virus dans la dynamique temporelle des petits eucaryotes photosynthétiques dans les réseaux trophiques pélagiques lacustres. Mots clés (5) : -virus SPE interaction hôte virus - réseau trophique pélagique lacustre Références bibliographiques récentes de l équipe (3 maximum) : G Borrel, J Colombet, A. Robin, A.C Lehours, D. Prangishvili and T Sime-Ngando. Unexpected and novel putative viruses in the sediments of a deep-dark permanently anoxic freshwater habitat. The ISME Journal 6, (2012) A Pradeep Ram, S. Rasconi, M Jobard, S. Palesse, J. Colombet anf T Sime Ngando High lytic infection Rates but low abundances of Prokaryotes Viruses in a humic Lake (Vassiviere Massif central Farnce) Appl. Env. Microbio (2011)77(16) J. Colombet, M. Charpin, A. Robin, C. Portelli, C. Amblard, H. M. Cauchie T. Sime-Ngando. Seasonal depthrelated gradients in virioplankton: standing stock and relationships with microbial communities in Lake Pavin (France). Microb Ecol (2009) 58: Contact : Nom : Marie CHARPIN Tél : marie.charpin@univ-bpclermont.fr

9 Spécialité Fonctionnement et REstauration des Milieux Aquatiques Continentaux Spécialité Génomique, Écologie et Biotechnologies Microbiennes Nom du laboratoire d accueil LMGE Directeur : T. SIME-NGANDO Nom et fonction de l encadrant : Dr Isabelle Mary Equipe de recherche : Microbiologie de l'environnement et bioinformatique Titre : Exploration du potentiel génétique et métabolique des Archaea dans les milieux aquatiques Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) : La présence d Archaea dans les milieux aquatiques mésophiles fut mise en évidence lors d une étude dans les eaux littorales d Amérique du Nord. A l époque, l auteur estima, par hybridation quantitative d ARNr, une proportion d Archaea dans ces écosystèmes d environ 2% par rapport aux procaryotes totaux. Depuis, les études sur l abondance des Archaea dans les milieux aquatiques se sont succédées et on sait aujourd hui qu elles peuvent représenter plus de 20% des procaryotes dans les océans. Dans ces environnements aquatiques planctoniques, les Archaea appartiennent principalement à 3 groupes taxonomiques distincts. Le groupe I des Archaea fut initialement considéré comme membres des Crenarchaeota en se basant sur sa relation phylogénétique avec les hyperthermophiles. Par la suite, un nouveau phylum a été proposé, les Thaumarchaeota, indépendant des deux principaux phyla reconnus jusqu alors, les Crenarchaeota et les Euryarchaeota. Les deux autres groupes, groupes II et III, principalement retrouvés appartiennent au phylum des Euryarchaeota et sont phylogénétiquement reliés aux Thermoplasmatales. Alors que les Thaumarchaeota sont relativement bien décrites à ce jour, les Euryarchaeota restent encore mal connues dans les écosystèmes aquatiques et en particulier en milieu d eau douce. D après les spécimens cultivés, ce phylum serait le plus diversifié au niveau des phénotypes. Il comprend de nombreuses classes, ordres et familles comme des méthanogènes, des halophiles, des thermoacididophiles ou encore des hyperthermophiles et de nombreuses séquences d Euryarchaeota non-cultivées ont été retrouvées dans l environnement, notamment dans les océans. D un point de vue phylogénétique, ce groupe II représente un groupe particulièrement intéressant. Il forme en effet un large cluster composé de séquences environnementales pour la plupart marines même si quelques phylotypes issus de lacs, de digesteurs anaérobies ou encore de la rhizosphère ont été découverts plus récemment. En milieu marin, ce groupe II est particulièrement important puisqu il domine les populations d Archaea dans les eaux de surface et peut également représenter une proportion non négligeable en milieu profond. Cependant, l absence de représentants cultivés pour ce groupe fait que son potentiel métabolique et physiologique reste donc encore énigmatique à ce jour, à l exception d un métabolisme phototrophe potentiel mis en évidence dans les eaux marines de surface. Les objectifs de ce projet seront de i) explorer le potentiel métabolique des Archaea afin de mieux comprendre leur importance dans le fonctionnement de la zone oxygénée des lacs et ii) réaliser une étude comparative avec les populations retrouvées en milieu marin afin de mieux appréhender l évolution et l adaptation de ce groupe dans l environnement. Ces études génomiques comparatives pourraient notamment permettre de confirmer certaines hypothèses concernant la dynamique particulière de certains groupes, notamment le groupe II des Euryarchaeota. Des échantillons seront prélevés dans la zone oxygénée de différent lacs et seront comparés à des échantillons provenant d une campagne océanique réalisée en août 2011 dans l Atlantique Nord dans le cadre d une mission LINK D369 réalisée en août 2011 en collaboration avec le centre national d Océanographie de Southampton, UK. L abondance et la diversité des Archaea retrouvées dans ces écosystèmes seront étudiées par des approches de biologie moléculaire (clonage-séquençage, PCR quantitative, hybridation in situ ). Enfin, afin d accéder à leur potentiel métabolique, une analyse métagénomique sur communauté ciblée pourra être réalisée après enrichissement de cette communauté par la technique de Magnéto-FISH qui combine hybridation in situ et capture de cellules à l aide de billes magnétiques.

10 Le candidat ou la candidate devra avoir une solide formation en microbiologie et des compétences en biologie moléculaire (clonage, séquençage, PCR quantitative, hybridation in situ). Mots clés (5) : - Archaea - Ecosystèmes aquatiques Métabolisme - Métagénomique Références bibliographiques récentes de l équipe (3 maximum) Parveen B, Reveilliez JP, Mary I, Ravet V, Bronner G, Mangot JF, Domaizon I, Debroas D. (2011) Diversity and dynamics of free-living and particle-associated Betaproteobacteria and Actinobacteria in relation to phytoplankton and zooplankton communities. FEMS Microbiol Ecol, 77: Mary, I., Oliver, A., Skipp, P., Holland, R., Topping, J., Tarran, G., Scanlan, D.J., O Connor, D., Whiteley, A.S., Burkill, P.H. & Zubkov, M.V. (2010) Metaproteomic and metagenomic analyses of defined oceanic microbial populations using microwave cell fixation and flow cytometric sorting. FEMS Microbiology Ecology, 74 : Debroas D, Humbert JF, Enault F, Bronner G, Faubladier M, Cornillot E (2009) Metagenomic approach studying the taxonomic and functional diversity of the bacterial community in a mesotrophic lake (Lac du Bourget--France). Environ Microbiol 11: Contact : Nom : Isabelle MARY Tél : isabelle.mary@univbpclermont.fr