Fiche 1. Le logiciel Qu est-ce? Pour quel usage? Où et comment le trouver?

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1 Fiche 1. Le logiciel Qu est-ce? Pour quel usage? Où et comment le trouver? Prof. Roger KIZUNGU Vumilia, Moïse Lufuluabo Mwabila (Thésard), Jean-Claude Lukombo Lukeba (Thésard) Version du mardi 12 mai Qu est ce que? Qui peut utiliser? Pourquoi utiliser? Où et comment trouver? Installation de Lancer et quitter... 8 Bibliographie... 10

2 1. Qu est ce que? Le logiciel est un langage de programmation interactif, orienté objet. C'est avant tout une calculatrice puissante. C est aussi une bibliothèque très fournie de dernières méthodologies développées en statistique. C est en même temps un outil graphique de très grande qualité. C'est donc un environnement complet pour l'analyse de données et les représentations graphiques. Comme langage de programmation, il permet l'écriture des fonctions personnelles pour affiner les analyses statistiques et les analyses des données. Son historique et toutes les informations qui sortent du cadre de cette fiche sont sur le site Son interactivité permet au chercheur d exécuter ses travaux statistiques étape par étape tout en sachant parfaitement ce qu il fait. Les étapes intermédiaires sont stockées dans des objets. Il contraste avec les logiciels de statistique commercialisés par le fait que ses bibliothèques sont extensibles : chaque utilisateur peut écrire une commande ou améliorer une qui existe. 2. Qui peut utiliser? Avant tout destiné aux scientifiques, il est aujourd'hui largement diffusé dans la communauté académique et sert de support à de nombreuses recherches et publications. est indispensable pour quiconque qui utilise et analyse les données. Il peut s agir : - d un agronome qui dispose des données structurées issues d un dispositif expérimental planifié, - d un économiste qui a un gros tableau de données provenant d une enquête qui a pour but l étude, la connaissance d un marché, la politique de produit, la politique de prix, la politique de vente et de distribution d un produit, la politique de commercialisation - d un défenseur des cultures qui a des données un peu spéciales du genre comptage des insectes à comportement agrégatif,

3 - d un collectionneur qui dispose d un tableau des données prises sur les caractéristiques phénotypiques et génotypiques d un millier d accessions et dont il veut élaborer la cartographie, - d un sélectionneur ou un améliorateur des cultures qui veut trier parmi les données du collectionneur, les accessions répondant à certaines caractéristiques biologiques imposées par un besoin sur terrain, - d un vétérinaire ou un zootechnicien qui a pris des mesures du type mort/vivant, présence/absence sur une population des bêtes malades, - d un environnementaliste qui a une série des relevés sur l abondance des espèces ornementales, - etc. 3. Pourquoi utiliser? L'utilisation de permet d'économiser le temps et donc l'argent. Il est puissant et gratuit. Il s adapte aisément aux besoins des utilisateurs, depuis l'exécution de tâches routinières jusqu'au développement d'applications entières. C est un ensemble des procédures pour faciliter : - la manipulation et le stockage des données, - les calculs sur les vecteurs et les matrices, - la modélisation et l analyse des données, - les représentations graphiques, - la programmation simple par un langage qui intègre les structures conditionnelles, les boucles et les fonctions récursives. Dans notre environnement de travail, je le recommande plus que les logiciels commercialisés comme SAS, SPSS, STAT, GENSTAT, STATVIEW pour des raisons simples : - SAS coûte $ pour une licence de trois mois, SPSS et GENSTAT vont jusqu à plus de 1000 $ comme prix d achat. Ce

4 sont des chiffres qui sont inaccessibles aux chercheurs ou aux laboratoires à poches flasques. - Le logiciel ne coûte que le temps de son téléchargement et de son apprentissage. - Il ne pèse même pas : moins de 25 Mb, le dixième d un flash disk de 250 Mb. - Les logiciels statistiques sont écrits pour des utilisateurs spécifiques : SPSS plus pour faciliter les traitements des données issues des enquêtes, GENSTAT pour les traitements des données agronomiques, STATVIEW plus pour les données biologiques Indistinctement, le logiciel peut servir tout le monde. En termes clairs, tous les logiciels ne peuvent pas tout faire mais le logiciel peut être utilisé par tous. - Les logiciels commercialisés exigent d être installé sur un ordinateur hôte. Le logiciel est portable et peut être utilisé à partir d un CDRom, d un flash disk qui le contient. 4. Où et comment trouver? est disponible pour plusieurs plates formes, pour plusieurs systèmes d'exploitation, incluant UNIX, macos et Windows. Pour télécharger, il suffit de le faire par lib. stat. cmu. Edu /R /CRAN/. Les étapes suivantes sont à suivre pour télécharger : 1. Les fichiers nécessaires à l installation du logiciel sont distribués à partir du site Internet CRAN (Comprehensive Archive Network) à l adresse suivante : Voir devez ensuite cliquer sur CRAN pour initier la démarche

5 d importation. 2. Il faut ensuite sélectionner un site miroir qui soit le plus près de la RDC. 3. Choisir le package en fonction de votre système d exploitation. Choisir Windows (95 and latter). 4. Choisir le package de base.

6 5. Sélectionnez le fichier «R- X.X.X-win32.exe» qui vous est proposé. 6. Indiquez que vous voulez enregistrer le fichier sur votre ordinateur, puis spécifiez le chemin. 7. Exécutez le fichier «R-X.X.X-win32.exe» à partir de son emplacement sur votre ordinateur puis laissez vous guider Choix du langage ; 7.2. Comprenez et acceptez les termes du contrat de licence ; 7.3. Acceptez (ou modifiez) le dossier où le logiciel sera installé ; 7.4. Acceptez la sélection de composants à installer qui sont proposés ; 7.5. Acceptez (ou modifiez) le dossier du menu Démarrer ; 7.6. Acceptez les taches supplémentaires qui sont proposées par défaut ; 7.7. L installation suit ensuite son cours ; 7.8. Fin de l installation.

7 8. Lancez le programme. Vous obtenez alors l écran principal suivant.

8 Introduction au logiciel R version du 12/05/2009 La version récente est toujours disponible chez kizunguvumilia@yahoo.fr sous forme de CDRom. Ce CDRom a l avantage de contenir en plus les documents divers sur. 5. Installation de Les sondages révèlent que les chercheurs à la Faculté d Agronomie n utilisent pas nécessairement leur ordinateur personnel. La majorité a accès à un ordinateur soit au service, soit chez un ami. D autres louent un petit espace de temps dans les Cyber-cafés. Fini donc le cauchemar, il n est pas important d installer le logiciel sur un ordinateur d autrui. Il suffit d y aller avec son CDRom contenant, de travailler et de récupérer les résultats sur un flash disk ou une disquette. Il existe aussi une option d installation automatique sur disque dur. Pour la version 2.01 par exemple, il existe un fichier rw2010.exe (23.1 Mb). En exécutant ce fichier, s installe automatiquement dans le répertoire choisi (Programme Files par défaut) et dans le sous répertoire est installé directement sur le bureau. 6. Lancer Si le logiciel est installé sur votre ordinateur alors, Il suffit de le lancer à partir de l icône de raccourci sur le bureau. Pour y accéder à partir du Cdrom (d :), il suffit d indiquer le chemin où se trouve le fichier Rgui.exe. Par exemple : d:/rw2010/bin/rgui.exe. Dans les deux cas, la console de la console apparaît et le prompt ou l invite de est le signe >. Console de R lnk Icône de sur le bureau. Un raccourci Roger Vumilia KIZUNGU 2007 Page 8

9 Introduction au logiciel R version du 12/05/ Utilisation de comme une calculatrice Il suffit alors de taper une expression et valider : évalue l expression. Essayer d écrire 2+2, valider avec Entrée et la réponse 4 est affichée. A ce niveau, estimez que vous savez déjà utiliser. Pour vous en convaincre, faites l addition de deux nombres complexes, calculez le cosinus d un angle Les opérateurs de et leurs fonctions sont donnés par le tableau 1. Tableau 1. Opérateurs mathématiques de Opérateur Fonction + addition - soustraction * multiplication / division ^ exposant - moins unaire (changement du signe courent) %*% multiplication matricielle %/% integer divide %% modulo abs valeur absolue exp exponentiation log logarithme naturel sqrt racine carrée 8. Quitter Assez travaillé pour aujourd hui peut-être. Pour quitter il suffit de taper q() après l invite. En ce moment, l ordinateur vous demande où vous voulez enregistrer les résultats de la session. Les Roger Vumilia KIZUNGU 2007 Page 9

10 Introduction au logiciel R version du 12/05/2009 commandes sauvegardées seront disponibles à la prochaine session. Bibliographie Marin J.M., 2005, initiation au logiciel, Université Paris Dauphine Année , U.F.R. Mathématiques de la Décision, MAT-6-3 : Statistique exploratoire et numérique (NOISE) BROSTAUX Y. 2002, Introduction à l'environnement de programmation statistique, in Notes de statistique et d'informatique, 2002/2, Faculté universitaire des Sciences agronomiques, Centre de Recherches agronomiques GEMBLOUX IHAKA R. ET GENTLEMAN R. [1996]. R: A Language for Data Analysis and Graphics. Journal of Computational and Graphical Statistics, 5(3), R CORE TEAM. [2001]. What is R? R News, 1(1), 2-3. R CORE TEAM. [2002]. An Introduction to R. Notes on R: A Programming Environment for Data Analysis and Graphics (version 1.4.1). 105 p. R CORE TEAM. [2002]. R Data Import/Export (version 1.4.1). 35 p. R CORE TEAM. [2002]. The R Reference Index (version 1.4.1) p. VENABLES W.N. ET RIPLEY B.D. [1997]. Modern Applied Statistics with S-Plus. 2nd Edition, New York, Springer, 548 p. LERTIM R.G, Importation et installation du logiciel, Faculté de Médecine, Université de la Méditerranée, J. Thioulouse & D. Chessel, 2000, Fiche d utilisation du logiciel, 1. Installation, ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/splus/r/ Bringé A, Ined, Atelier Sas Les-Matisse 10 mars 2005 Commets E., Penhard X., Samson A., Introduction au logiciel principaux tests statistiques, INSERM U7, les Roger Vumilia KIZUNGU 2007 Page 10