Comment le DwC-A a changé la manière de publier les données de biodiversité
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- Dorothée Giroux
- il y a 8 ans
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1 Formation sur la publication des données de biodiversité dans le réseau GBIF et leur aptitude à être utilisées Comment le DwC-A a changé la manière de publier les données de biodiversité Michael Akbaraly(akbaraly@gbif.fr) IT Engineer GBIF France Paris Octobre 2012
2 Rappel : Standards d'échange ABCD (TDWG Standard) > 1200 concepts XML Utilisé par BioCase, Tapir Darwin Core (pre-standard v. 1.2, 47 versions) 48 concepts, specimens XML Utilisé par DiGIR Darwin Core (pre-standard v. 1.4) 46 concepts (plus extensions), specimens XML Utilisé par Tapir Darwin Core (TDWG Standard) 172 concepts (156 dans Simple Darwin Core), données de biodiversité CSV, XML, RDF, JSON, Utilisé par Tapir, Darwin Core Archive ou fichier texte
3 Darwin Core Archive Données Primaires Données Taxonomiques Métadonnées
4 Darwin Core Archive Contenu de l'archive Une archive correspond à un jeu de données Fichiers formatés par le standard Darwin Core Données d occurrences ou taxonomiques Métadonnées sous format EML
5 Avantages Format simple (fichiers texte) Processus de récolte efficace (fichier unique) Stockage efficace (archive compressée) Facilité d'accès (ne nécessite pas de logiciel spécifique) Extensible (fichiers liées dans une archive unique) Format d'échange préferé pour la publication des données sur le réseau GBIF
6 Anatomie Les archives ont toujours un fichier de métadonnées EML
7 Ecological Metadata Language (EML) Décrit les jeux de données même ceux qui ne sont pas publiés Titre et Description Citation and Attribution Contacts et Auteurs Couverture Géographique Méthode d'échantillonage Bibliographie Et plus...
8 Anatomie Les archives ont toujours un fichier de données principal (Core Data File)
9 Types de fichier de données principal (Core data file) Données taxonomiques une espèce par ligne OU Données d'occurrences une occurrence par ligne
10 Anatomie Les archives ont toujours un fichier de données principal (Core Data File)
11 Anatomie Le fichier principal a une colonne ID_Principal unique pour chaque enregistrement du fichier
12 Anatomie Les colonnes sont mises en correspondance avec les concepts DarwinCore
13 Anatomie Les colonnes ne correspondant pas à un concept DarwinCore peuvent être rajoutées, mais seront ignorées Wingspan n'est pas un concept Darwin Core
14 Anatomie Il y a deux manières de mettre en correspondance les colonnes avec les concepts DarwinCore 1) Renommer les colonnes dans le fichier
15 Anatomie Il y a deux manières de mettre en correspondance les colonnes avec les concepts DarwinCore 2) Faire la correspondance des champs dans le fichier meta.xml
16 Anatomie meta.xml décrit les colonnes du fichier de données principal (species.txt) Plus d'informations sur le meta.xml plus tard...
17 Anatomie Les archives peuvent inclure des extensions Species.txt Les extensions sont reliées au fichier principal par l'id_principal Common_names.txt Les extensions permettent de relier plusieurs enregistrements à un enregistrement principal
18 GBIF héberge les définitions des extensions
19 Anatomie Plusieurs extensions peuvent être reliées au fichier principal
20 Anatomie Tous les fichiers sont stockées dans un seul dossier
21 Anatomie Le dossier est zippé Ceci est une archive DarwinCore Fichiers de données Fichier de correspondance des colonnes (meta.xml) Fichier de métadonnées (eml.xml)
22 Publication /my_data.zip Les archives sur un serveur web peuvent être accessible par une URL. Partagez cette URL pour publier vos données!
23 Options de Publication
24 GBIF Spreadsheet Templates
25 Integrated Publishing Toolkit
26 Data Hosting Centers
27 Darwin Core Mapping Assistant Metafile
28 Darwin Core Mapping Assistant
29 Options de publication GBIF Darwin Core Archive Spreadsheet Templates: Les données sont déja sous forme de tableur Création d'une simple archive IPT: Créer/gérer plusieurs archives venant de plusieurs jeux de données Gérer les archives provenant de plusieurs organisations Édition des métadonnées sous le GBIF Metadata Profile Création manuelle: Automatisation de la creation des archives Customisation Centre d'hébergement: Économie d'échelle Infrastructure et assistance Un peu de tout ça...
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