Kits de travaux pratiques. Génétique - Biotechnologie CATALOGUE

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1 Kits de travaux pratiques Génétique - Biotechnologie CATALOGUE

2 L École de l ADN est un centre de formation et d information sur les avancées des sciences biologiques. Sa mission principale consiste en la conception, la réalisation et la présentation d ateliers scientifiques à l adresse de différents publics. L une de ses priorités consiste à rendre accessible l ensemble des ateliers, du plus simple au plus complexe, à tous les publics grâce à la capacité de ses formateurs à délivrer un message scientifique adapté à chacun, quels que soient son niveau, son bagage ou son exigence. Ce centre dispense un enseignement pratique et/ou théorique des méthodes utilisées en biologie moléculaire et en génétique. Il est destiné aux élèves et enseignants du secondaire ainsi qu aux étudiants et enseignants chercheurs des premier et second cycles universitaires. De plus, il organise des stages de formation payants spécialement adaptés aux exigences de professionnels concernés par les applications de la biotechnologie. À l égard du citoyen, l École de l ADN garantit un service d information et de culture scientifique et technique en matière de biologie moléculaire, de génétique et des applications qui en découlent. Toujours dans le cadre de sa mission d éducation, de formation et d information, l École de l ADN conçoit, produit et édite des produits pédagogiques ou didactiques sous la marque DNA Tools. Les kits de travaux pratiques DNA tools sont élaborés pour répondre aux programmes d enseignement secondaire et supérieur. Ils comportent une phase expérimentale importante menée directement par l élève avec des exigences de rigueur, d habileté et de respect des principes d hygiène et de sécurité. Une telle phase pratique se replace dans l ensemble d un raisonnement scientifique expérimental. La méthodologie, alliée à la technique, correspond très bien à l optique du programme et des objectifs des enseignements en sciences de la vie. De plus, le contact avec des aspects correspondant réellement à des processus de biotechnologie concourt à une orientation positive vers des études scientifiques, en particulier dans le domaine des sciences biologiques. L utilisation des kits de travaux pratiques doit faire l objet d une mise en conformité relative à l usage des organismes génétiquement modifiés auprès de la Commission de génie génétique.

3 CATALOGUE DES PRODUITS Transgénèse bactérienne Le génie génétique : produire des protéines recombinantes Empreinte et diagnostic génétiques : polymorphismes de restriction Préparation de gels d agarose Empreintes génétiques : ADN hydrolysés Diagnostic d une pathologie génétique: ADN hydrolysés Phylogénie moléculaire ADN hydrolysés du bactériophage lambda Kit ADN lambda non hydrolysé Kits de matériel consommable Modulation de la catalyse enzymatique : l hémostase Tarifs

4 Transgénèse bactérienne Ce kit permet d illustrer par la pratique, d une part le principe de transgénèse et d autre part les concepts de gène, de génotype et de phénotype. Il offre aussi la possibilité d ouvrir la discussion sur la production de protéines recombinantes à usage thérapeutique, la technologie OGM, les antibiotiques, etc. Des bactéries de la souche Escherichia coli sont génétiquement modifiées par un plasmide en utilisant la méthode du choc thermique. Le plasmide exprime un gène de résistance à l ampicilline. Les bactéries sont ensemencées après le choc thermique sur des milieux avec ou sans ampicilline. Seules les bactéries modifiées sont capables de croître en présence d ampicilline. DT tests Plasmide Isolement E. coli CaCl2 solution 10X Milieu Luria agar Milieu Luria broth Ampicilline Billes de verre - 4 -

5 Le génie génétique : produire des protéines recombinantes Ce kit permet d illustrer la fonction moléculaire des gènes et l expression phénotypique des variations alléliques. La modification du génotype de la bactérie par le transgène GFP induit un phénotype particulier, observable à l œil nu. Mais surtout, il éclaire de manière simple, rapide et convaincante la technique de transgénèse telle qu elle est employée pour la production de protéines recombinantes. Des bactéries de la souche Escherichia coli sont génétiquement modifiées grâce à un vecteur plasmidique. Ce vecteur exprime la GFP (green fluorescent protein), dont le gène a été initialement isolé à partir de la méduse Aequorea victoria. La transformation des bactéries est réalisée par choc thermique en présence du vecteur plasmidique. Une fois modifiées, les bactéries sont sélectionnées sur un milieu contenant de la kanamycine. Induite par l IPTG, un inducteur du transgène, l expression du gène de la GFP se traduit par une fluorescence verte observable au niveau des colonies bactériennes. La production de protéines recombinantes par génie génétique est un procédé usuel dans la plupart des secteurs de la biotechnologie. Faisant appel à des méthodes parfaitement maîtrisées, ce procédé permet l obtention de protéines spécifiques, notamment d intérêt thérapeutique, avec un très haut rendement. DT tests Plasmide GFP Isolement E. coli CaCl2 solution 10X IPTG solution Milieu Luria agar Milieu Luria broth Kanamycine Billes de verre - 5 -

6 Empreinte et diagnostic génétiques : polymorphismes de restriction Les polymorphismes de restriction sont utilisés afin d identifier des espèces, des variétés ou même des individus. Ils permettent encore de détecter des différences de séquences d ADN, application très utile au diagnostic de maladies génétiques. Ce kit propose la réalisation de profils de restriction sur une série d ADN polymorphes selon différents protocoles. Ainsi est-il permis d illustrer les différentes applications, qu il s agisse des empreintes génétiques, d identification variétale, du diagnostic de maladies génétiques ou enfin de phylogénie moléculaire. Quatre ADN et deux enzymes de restriction sont fournis. Selon les protocoles proposés, les combinaisons d endonucléases et d ADN aboutissent, après hydrolyse, à des profils de restriction différents dont les interprétations permettent d illustrer les différentes applications de base de ces outils moléculaires. Les profils sont obtenus par électrophorèse en gel d agarose (réactifs non fournis). Deux protocoles sont proposés pour la coloration du gel, soit par le bromure d éthidium, soit par le bleu de méthylène. DT tests 4 ADN polymorphes 2 endonucléases Solution tampon 10X Marqueur de taille Tampon de charge - 6 -

7 Préparation de gels d agarose L analyse des fragments d ADN en fonction de leur taille est un procédé usuel en biologie moléculaire. Cette méthode repose sur une technique électrophorétique qui peut utiliser différents supports. L électrophorèse est donc une méthode de séparation de particules chargées électriquement par migration différentielle sous l action d un champ électrique. L électrophorèse se réalise sur des supports gélatineux, de type acrylamide, agarose ou semi solides de type capillaire. Le gel d acrylamide ou l électrophorèse capillaire, méthodes délicates et onéreuses, permettent d analyser des fragments d ADN de très petite taille et donnent la possibilité d une résolution de l ordre de la paire de base. L agarose (Agar-Agar) est un polysaccharide extrait d une algue, la Rhodophycea, dont le gel permet d analyser de manière très simple des fragments d ADN obtenus après hydrolyse par des endonucléases de restriction ou amplifiés par PCR. Ce kit propose les réactifs nécessaires à la fabrication de gels d agarose ainsi qu à la coloration des fragments d ADN par un réactif non toxique, l azure A. DT-06 1 l de gel d agarose 1 flacon de 10 g d Agarose 1 bouteille de TBE 10 X en poudre 5 x 1ml de solution d Azure A - 7 -

8 Empreintes génétiques : ADN hydrolysés Ce kit est une version simplifiée de la référence DT-03, «Empreintes & diagnostic génétiques : polymorphismes de restriction». Il permet d aboutir aux mêmes profils de restriction avec un gain de temps considérable. Les quatre ADN qu il contient sont en effet déjà hydrolysés par les enzymes de restriction, il suffit donc de les déposer directement sur gel d agarose pour aboutir aux résultats (réactifs non fournis, se référer au kit de préparation de gels d agarose, réf. DT-06). Les profils de restriction obtenus permettent d illustrer des applications de génétique moléculaire en matière d empreintes génétiques. Ce kit est spécialement adapté aux contraintes liées à l examen de l évaluation des capacités expérimentales. Son usage est plus particulièrement conseillé aux enseignants qui ont réalisé, au cours de l année, l expérimentation intégrale avec le kit «Empreintes & diagnostic génétiques : polymorphismes de restriction» (réf. DT-03) DT tests ADN suspect A ADN suspect B ADN suspect C ADN lieu du crime Marqueur de taille

9 Diagnostic d une pathologie génétique : ADN hydrolysés Ce kit est une version simplifiée de la référence DT-03, «Empreinte & diagnostic génétiques : polymorphismes de restriction». Il permet d aboutir aux mêmes profils de restriction avec un gain de temps considérable Les deux ADN qu il contient sont en effet déjà hydrolysés par les enzymes de restriction, il suffit donc de les déposer directement sur gel d agarose pour aboutir aux résultats (réactifs non fournis, se référer au kit de préparation de gels d agarose, réf. DT-06). Les profils de restriction obtenus permettent d illustrer des applications de génétique moléculaire en matière de diagnostic d une pathologie génétique. Ce kit est spécialement adapté aux contraintes liées à l examen de l évaluation des capacités expérimentales. Son usage est plus particulièrement conseillé aux enseignants qui ont réalisé, au cours de l année, l expérimentation intégrale avec le kit «Empreintes & diagnostic génétiques : polymorphismes de restriction» (réf. DT-03). DT tests ADN sain/e 1 ADN patient/e 1 ADN sain/e 2 ADN patient/e 2 Marqueur de taille - 9 -

10 Phylogénie moléculaire L analyse du polymorphisme de la longueur des fragments de restriction de l ADN est une technique moins lourde que le séquençage d ADN et peut donner des indications rapides sur le niveau de variabilité d un gène au sein d un taxon, d une espèce ou d une population donnés. La coupure de l ADN par une enzyme de restriction sur un site donné pouvant être considérée comme un caractère discret, cette technique trouve de nombreuses applications phylogénétiques, surtout en microtaxinomie. Elle est beaucoup utilisée sur les séquences à évolution rapide comme celles de nombreux gènes mitochondriaux ou les séquences nucléaires hypervariables. Son champ d application concerne les études populationnelles jusqu à des temps de divergence de 50 millions d années. DT-09 Quatre ADN sont fournis, préalablement hydrolysés par une endonucléase. Il suffit de les déposer sur gel d agarose. Les profils de restriction obtenus peuvent être interprétés dans un contexte d analyse phylogénétique de différentes espèces de primates (orangoutan, gorille, chimpanzé, homme). Ces profils permettent de proposer un classement entre ces espèces en fonction de leur degré de parenté et d en déduire leur phylogénie. La méthode proposée se contente d estimer la distance génétique entre les espèces tests 4 ADN polymorphes hydrolysés Marqueur de taille

11 ADN hydrolysés du bactériophage lambda Ce kit est une version simplifiée de la référence DT-16, «Kit ADN lambda non hydrolysé». Il permet d aboutir aux mêmes profils de restriction par électrophorèse sur gel d agarose avec un gain de temps considérable. Ce kit permet de réaliser directement une électrophorèse sur gel d agarose à partir de l ADN du bactériophage lambda. Ce dernier a préalablement été hydrolysé par deux endonucléases. Chaque enzyme reconnaît une séquence nucléotidique spécifique et clive l ADN du phage sur des sites de restriction différents: EcoRI (5 -G AATTC-3 ) HindIII (5 -A AGCTT-3 ). Le kit présente : un échantillon d ADN du phage lambda natif, un échantillon digéré par Eco RI, un autre par Hind III, enfin un échantillon digéré par les deux enzymes. Tous les échantillons ont été dénaturés pour garantir leur stabilité. Ils contiennent un tampon de charge qui permet de déposer directement sur gel d agarose afin de comparer les différents profils de restriction. DT dépôts ADN du phage lambda ADN du phage lambda / EcoR I ADN du phage lambda / Hind III ADN du phage lambda / EcoR I Hind III

12 Kit ADN Lambda non hydrolysé Le polymorphisme de restriction est basé sur la spécificité des enzymes de restriction en matière de reconnaissance d une courte séquence d ADN et de l hydrolyse qu elles y opèrent. De nombreux marqueurs génétiques dépendent ainsi de la manière dont de petites différences dans une séquence d ADN peuvent modifier le profil de coupure par des enzymes de restriction. Les applications sont multiples, cette technique peut être à la fois appliquée dans le cadre de l identification d un individu ou de la recherche d une anomalie génétique à l origine d une pathologie. Dans ce kit, l ADN du bactériophage lambda est soumis à l hydrolyse par deux endonucléases. Chaque enzyme reconnaît une séquence nucléotidique spécifique et clive l ADN du phage sur des sites de restriction différents: EcoRI (5 -G AATTC-3 ) HindIII (5 -A AGCTT-3 ). Après l hydrolyse, les différents fragments d ADN générés sont séparés en fonction de leur poids moléculaire par électrophorèse sur gel d agarose (réactifs non fournis). DT tests ADN du bactériophage lambda Enzyme Eco RI Enzyme Hind III Solution tampon Tampon de charge

13 Kits de matériels consommables Deux kits sont proposés qui contiennent les matériels consommables utiles à la mise en œuvre des kits de transgénèse (Réf. DT-01 & DT-02) ou des kits de polymorphismes de restriction (Réf. DT-03, DT-07, DT-08 & DT-09). Ils fournissent les matériels consommables principaux : pointes jaunes pour micropipette, microtubes, boîtes de petri. Ces kits, dans leur méthodologie, s adressent aux techniciens de laboratoire ou aux enseignants. L élève est l utilisateur final. Kit de matériels consommables transgénèse En complément des kits DT-01 ou DT-02 Kit de matériels consommables polymorphismes de restriction En complément des kits DT-03, DT-07, DT-08 ou DT-09 DT tests 500 pointes jaunes pour micropipette 100 microtubes 0,5 ml 150 microtubes 1,5 ml 200 boîtes de petri diamètre 55 mm DT tests 500 pointes jaunes pour micropipette 400 microtubes 0,5 ml

14 Modulation de la catalyse enzymatique : l hémostase Ce kit propose d étudier la catalyse enzymatique à partir d un élément clef de l hémostase, le facteur Xa, enzyme protéolytique qui catalyse l hydrolyse de la prothrombine en thrombine. L activité enzymatique du facteur Xa est étudiée par spectrophotométrie. Le substrat utilisé est un peptide couplé à un groupement chromogène, la paranitroaniline (pna). L hydrolyse du peptide chromogénique par le facteur Xa libère la pna. La libération de pna est stœchiométrique et donc proportionnelle à l activité enzymatique du facteur Xa. Les protocoles fournis proposent la réalisation de plusieurs cinétiques enzymatiques avec des facteurs variables de modulation (température, ph, force ionique, dénaturation ) L expérimentation illustre la fonction catalytique des enzymes et leur spécificité. Elle permet également d aborder les relations entre structure et fonction des protéines catalytiques. Enfin, le thème de l hémostase peut servir de support pour une discussion autour de l hémophilie en tant que maladie génétique et/ou du génie génétique comme outil capable de produire des facteurs recombinants de coagulation DT tests Peptide chromogène Facteur Xa Solution tampon 5X

15 Tarifs Produit PU HT PU TTC DT-01 Transgénèse bacterienne 68,56 82,00 DT-02 Le génie génétique : produire des protéines recombinantes 86,12 103,00 DT-03 Empreinte et diagnostic génétiques : polymorphismes de restriction 110,37 132,00 DT-04 Modulation de la catalyse enzymatique : l hémostase 88,63 106,00 DT-06 Préparation de gels d'agarose 56,86 68,00 DT-07 Empreintes génétiques : polymorphismes de restriction - ADN hydrolysés 56,86 68,00 DT-08 Diagnostic d'une pathologie génétique - ADN hydrolysés 56,86 68,00 DT-09 Phylogénie moléculaire 56,86 68,00 DT-10 Kits de matériels consommables - transgénèse 52,68 63,01 DT-11 Kits de matériels consommables - polymorphismes de restriction 30,94 37,00 DT-15 ADN hydrolysés du bactériophage lambda (80 dépôts) 56,86 68,00 DT-16 Kit ADN lambda non hydrolysé (20 postes) 76,92 92,00 Frais d'envoi (colissimo) France métropolitaine Outre-Mer (zone 1 : Guadeloupe, Martinique, Guyane, Réunion, Mayotte, Saint-Pierre et Miquelon, Saint-Martin, Saint-Barthélémy) Outre-Mer (zone 2 : Nouvelle Calédonie, Polynésie Française, Wallis et Futuna, Terres Australes et Antartiques Françaises) International Union Européenne, Suisse, Norvège Europe de l'est (Hors Union Européenne), Maghreb Pays d'afrique (Hors Maghreb), Canada, Etats-Unis, proche et Moyen Orient Autres destinations PU HT PU TTC 7,11 8,50 24,95 41,20 21,05 25,50 38,70 48,80 Franco de port pour toute commande supérieure à 350 HT - TVA 19,6 %

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