logiciel de gestion de références bibliographiques (personal bibliographic software) Frédérique Cohen-Adad URFIST novembre 2006

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1 X logiciel de gestion de références bibliographiques (personal bibliographic software)

2 usages A l origine pour un public scientifique ayant des besoins importants en termes de : - recherche de publications - sauvegarde et gestion des résultats de la recherche - production de documents avec citations et bibliographies Fonctions d importation et d édition particulièrement développées Orientation actuelle vers les environnements documentaires de type centre de documentation de taille moyenne, intégration dans les sites web de bibliothèque pour exploiter directement et de façon interactive les documents récupérés (1) Lien entre données personnelles et intégration dans des catalogues plus importants Aucun outil de gestion de bibliothèque (prêt, bulletinage, commandes) (1) Bruley Caroline. Les sites web des bibliothèques universitaires. BBF, 2003, t. 48, n 4, p

3 caractéristiques Logiciel de gestion individuelle de références bibliographiques constituant des bases de données (library ou bibliothèques pour EndNote) Bibliothèque : ensemble des références structurées en champs de description Version X MacIntosh et Windows Compatibilité totale des bibliothèques entre les 2 systèmes d exploitation Producteur : ISI ResearchSoft Distributeurs en France : Ritme Informatique ( Integral Software ( A ce jour, plus de 70 logiciels bibliographiques se partagent le marché. On consultera avec profit le comparatif publié en ligne (1) par Francesco Dell Orso concernant 7 des logiciels de ce type parmi les plus répandus. (1) F. Dell Orso. Bibliography Formatting Software: An Evaluation Template [On-line]. Juillet Disponible sur Internet : <

4 fonctionnalités BD externes Bibliographie Importation automatique de références bibliographiques Bibliothèques de références bibliographiques Exportation automatique de références bibliographiques Gestion de références bibliographiques

5 fonctionnalités : bibliothèques et références Capacité des bases : - nombre de bibliothèques : illimité - nombre de bibliothèques ouvertes simultanément : illimité - nombre de références par bibliothèque : illimité - nombre de champs par référence : 52 prédéfinis dont 7 personnalisables - nombre de caractères par champ : 50 Ko soit environ 10 pages de texte Gestion des références : - saisie manuelle - nombre de types de références disponibles : 41 dont 3 non définis - possibilité de modification et de création de types de références - interface de recherche avancée et possibilité de sauvegarde des équations de recherche - outils de tri, outils de modification par lot - index de capacité illimitée ~ 3 index prédéfinis sur les champs auteurs, titres de périodiques et mots clés ~ tous les champs sont indexables - champs spécifiques pour les liens hypertextes, les DOI et les liens vers les fichiers PDF - tous les champs gèrent les liens hypertextes et les liens vers les fichiers du disque dur de l ordinateur (à l exception du champ image) - gestion des images et de leurs légendes, graphiques et tableaux

6 fonctionnalités : import - export Filtres Styles BD externes Bibliothèques de références bibliographiques Bibliographie Fichiers de connexion Importation automatique insertion manuelle de références Exportation automatique

7 fonctionnalités : importation Importation automatique depuis différentes sources, bases de données, catalogues et fichiers de bibliothèques universitaires filtres disponibles - possibilités de modification et de création de filtres illimitées Connexion directe Z plus de 830 fichiers de connexion prédéfinis - possibilités de modification et de création de fichiers de connexion illimitées Importation de fichiers en format tabulé (texte et tableur) Importation directe depuis d autres logiciels bibliographiques (ProCite, Reference Manager) Importation directe entre bibliothèques EndNote

8 fonctionnalités : exportation - édition Exportation et intégration automatique dans un traitement de texte de références sélectionnées, dans un style de son choix - plus de 2300 styles prédéfinis disponibles - possibilités de modification et de création de styles illimitées - création automatique de citations dans le texte et de bibliographie en fin de document (fonction CWYW : Cite While You Write) Exportation de listes bibliographiques créées automatiquement depuis les références sélectionnées en différents formats de fichiers au choix : -TXT -RTF - HTML -XML Exportation de références sélectionnées en conservant le style choisi par copier/coller dans un traitement de texte (Copy Formatted) Exportation de références depuis un traitement de texte avec création automatique d une bibliothèque «de voyage» (Traveling Library)

9 les principaux répertoires Localisation : c:/program Files/EndNote Connections Examples Filters Palm Spell Styles Templates Term Lists fichiers de connexions aux bases extérieures (.enz) bibliothèques de références filtres d importation (.enf) fichiers de gestion d accès aux bibliothèques depuis un PDA Palm OS dictionnaires utilisés pour la correction orthographique styles de références pour le formatage des citations et de la bibliographie (.ens) aide à la rédaction de manuscrits avec Word (.dot) fichiers texte (.txt) de listes de titres de périodiques classés par catégories (Chemical, Humanities, Medical), libellés en abrégé et nom complet.

10 le vocabulaire EndNote Library (.enl) bibliothèque ou base EndNote Reference Type Reference Field Term Lists (.txt) Output Styles (.ens) Import Filters (.enf) Connection Files (.enz) (Style/Filter/Connection) Manager Templates (.dot) type de référence notice ou référence bibliographique champ de description bibliographique listes de termes indexés styles d édition filtres d importation fichiers de connexion gestionnaire de modèles

11 la bibliothèque création d une nouvelle bibliothèque ouverture d une bibliothèque existante /fermeture menu File affichage des références prévisualisation de la référence dans le style choisi nb de références affichées/nb total de références enregistrement de la bibliothèque complète avec son répertoire.data en un unique fichier compressé.enlx

12 créer afficher supprimer rechercher rechercher un terme dans une référence référence suivante/précédente afficher toutes les références afficher/cacher les références sélectionnées trier modifier/déplacer le contenu d un champ insérer une image/un objet (.jpg,.xls,.ppt,.pps ) rechercher les doublons lier à une page web lier à un fichier interne les références

13 les références identifiant unique sélection du type de référence afficher/cacher les champs vides champs descriptifs prédéfinis

14 les types de références (Reference Type) - 1 Journal Article Book Book Section Manuscript Edited Book Magazine Article Newspaper Article Conference Proceedings Thesis Report Personal Communication Ancient Text Dictionnary Encyclopedia Computer Program Article dans une publication en série (revue, périodique) Livre, ouvrage écrit par un ou plusieurs auteurs Contribution (article, chapitre ) dans un ouvrage ou congrès Manuscrit Ouvrage collectif d un ou plusieurs éditeurs scientifiques ou n special d une revue Article dans un magazine Article dans un quotidien, article de presse Actes de congrès Thèses, mémoires, travaux universitaires Rapport Communication non publiée Texte ancien Dictionnaire Encyclopédie Programme informatique, logiciel

15 les types de références - 2 Web Page Audiovisual Material Film or Broadcast Artwork Map Patent Hearing Bill Statute Case Grant Figure Chart or Table Equation Site (page) web ou ftp Document audiovisuel Document cinématographique, film, ou radiophonique Production artistique, œuvre d art Carte Brevet Audition, publique ou juridique Projet de loi Loi, règlement Affaire juridique Bourse Illustration, image, diagramme Graphique ou Tableau Equation

16 les types de références - 3 Classical Works Conference Paper Electronic Book Electronic Journal Ouvrage classique Communication, rapport de conférence Livre électronique Périodique électronique Government Document Legal Rule/Regulation Online Database Online Multimedia Unpublished Work Electronic Article Generic Unused 1/2/3 Rapport, document administratif ou gouvernemental Réglementation, texte législatif ou juridique Base de données en ligne Œuvre multimedia en ligne Ouvrage non publié Article électronique Type de référence propre à EndNote, reprend tous les champs descriptifs (52) Types de références non définis (3 nouveaux types)

17 quelques remarques Remarques sur certains types de références Book : ouvrage écrit par un ou plusieurs auteurs, appartenant ou non à une collection. Edited Book : ouvrage collectif avec un éditeur scientifique, ou numéro spécial d une revue. Book Section : article ou chapitre publié dans un ouvrage ou une conférence. Conference Proceedings : ouvrage publié à l issu d un congrès (actes de congrès). Attention : un article dans une conférence doit être saisi comme «Book Section». Web Page : document édité sous une forme électronique (site Web ou ftp). Si le document est à la fois imprimé sur papier et sous forme électronique, il faut le saisir comme un document imprimé et ajouter son adresse électronique (champ URL). Chart or Table : le contenu du champ Image est géré comme un tableau dans le traitement de texte utilisé pour générer la bibliographie : légende (tableau n ) suivi de l image, tableau ou graphique. Figure et Equation : le contenu du champ Image est géré comme une figure dans le traitement de texte utilisé pour générer la bibliographie : légende (figure n ) suivi de l image, tableau ou graphique.

18 quelques remarques Remarques sur les champs Author et Title du Generic Author : catégorie regroupant 4 champs Author : le ou les noms des auteurs qui ont la responsabilité principale du contenu du document, personne physique ou collectivité Secondary Author, Tertiary Author : selon le type de références, Éditeur scientifique (Editor), coordonnateurs des travaux et responsables de la publication de l ouvrage (Series Editor) Subsidiary Author : selon le type de références : Traducteur (Translator), Acteurs (Performers), etc. À ne pas confondre avec l éditeur commercial (Publisher) Title : catégorie regroupant également 4 champs Title : Titre principal Secondary Title : selon le type de références : titre du document hôte : titre de périodique (Journal), d ouvrage (Book Title), de conférence (Conference Name) ou de collection (Series Title), etc. Tertiary Title : Titre de collection quand le Secondary Title est déjà utilisé. Alternate Title : Autre titre du périodique (titre abrégé), champ réservé aux périodiques.

19 quelques remarques Remarques sur les champs URL, PDF, Image et Caption URL et PDF : champs spécifiquement réservés à la gestion des adresses externes (URL) et des adresses internes (fichiers sur disque dur). Les fichiers et pages web sont ouverts automatiquement par les fonctions Open URL et Open PDF. Image : champ dédié aux images, tableaux, graphiques. Ils pourront être intégrés par la suite dans un document word avec la commande Find Figure(s) qui fonctionne spécifiquement sur ce champ. Caption : champ contenant la légende, indissociable du champ Image. Le contenu de ce champ est utilisé pour retrouver une image lors d une commande Search. Ces champs ne peuvent contenir qu une seule donnée : une seule adresse URL, un seul fichier PDF ou une seule image, graphe pour que l ouverture automatique des fichiers fonctionne. Les images sont placées dans un répertoire (.Data) de même nom que la bibliothèque qui les contient (exemple : bibliothèque Paleo.enl, répertoire images : Paleo.Data).

20 conventions d écriture : les règles à respecter Author Year Journal Pages saisir tous les noms d auteurs de la façon la plus complète possible séparateur auteur : marque de paragraphe ou point-virgule séparateur nom prénom : virgule mettre toujours le nom avant le prénom initiales de prénoms : points ou points espaces collectivités auteurs: faire suivre le nom d'une virgule saisir la date de publication sur 4 chiffres possibilité d'ajouter du texte (in press, en préparation, etc.) entrer si possible le titre en entier ne pas écrire p. ou pp. Keywords utiliser toujours le même séparateur : marque de paragraphe, point-virgule, / ou \ sont reconnus par défaut comme délimiteurs dans la Keywords Term List rechercher l homogénéité (majuscules ou minuscules, avec ou sans accents )

21 paramétrage général : EndNote Preferences menu Edit/Preferences Reference Types sélection des champs affichés par type de référence Display Fields sélection des champs affichés dans les bibliothèques Duplicates sélection des champs utilisés pour le dédoublonnage

22 paramétrage général : EndNote Preferences Attention : le paramétrage des Préférences est actif pour toutes les bibliothèques, toute modification intervient sur les références, les styles et les filtres. Libraries Display Fonts Reference Types Temporary Citations Display Fields Duplicates Folder Locations Term Lists... choix d une bibliothèque particulière à l ouverture du logiciel paramétrage de l affichage : police et taille des caractères (est sans effet sur les styles) choix d un type de référence (type de document) à l ouverture modifications des champs descriptifs associés à chaque type de référence (Modify Reference Types) paramétrage du format des citations temporaires (délimiteur, ) paramétrage de l affichage des références d une bibliothèque (5 champs possibles) sélection des champs utilisés pour comparer les références (dédoublonnage) localisation des répertoires de filtres, de styles et des fichiers de connexion paramétrage des préférences sur les listes de termes

23 paramétrage général : Reference Types menu Edit/Preferences /Reference Types/Modify Reference Types Generic : modèle général listant tous les champs pour l ensemble des types de références sélection du type de référence champs ordre des champs déterminé de façon immuable par le Generic le choix du type de référence détermine les champs associés possibilité de modification de l intitulé de champ, de création et de suppression de champs Rappel : les modifications sont effectives pour toutes les bibliothèques

24 la recherche de références sélection du champ sur lequel se fait la recherche par défaut : Any Field, soit «tous les champs» References/Search References... sélection d opérateurs de comparaison par défaut : Contains, soit «contient», avec troncature gauche/droite opérateurs booléens And, Or et Not sauvegarde de l équation de recherche rappel d une équation sauvegardée (répertoire Searches, extension.enq) Set Default : sauvegarder les choix de champs Restore Default : revenir à la dernière sauvegarde insertion de tabulation et/ou marque de paragraphe Add : ajouter un bloc de recherche en fin d interface Insert : ajouter le bloc au-dessus du bloc actif Delete : supprimer un bloc

25 la recherche de références References/Search References... sélection de la bibliothèque parmi l ensemble des bibliothèques ouvertes respect de la casse terme exact : pas de troncature Search Whole Library : rechercher dans toutes les références de la bibliothèque Add to showing references : ajouter les résultats à ceux de la recherche précédente Search showing references : rechercher uniquement dans les résultats de la recherche précédente Omit from showing references : rechercher en excluant les résultats de la recherche précédente Frédérique Cohen-Adad URFIST novembre 200

26 les listes de termes Tools/Open, Define, Link Term Lists ouvrir les liste de termes : Authors Journals Keywords ou liste personnelle associer le champ d intérêt à la liste de termes correspondante (création de l indexation automatique) créer/mettre à jour les listes de termes

27 les listes de termes Tools/Define Term Lists sélection de la bibliothèque créer, renommer, supprimer une liste mettre à jour les listes importer/exporter les listes associer la liste au(x) champ(s) d intérêt choix des séparateurs de termes

28 les listes de termes : Journals Term List Tools/Open Term Lists/Journals Term List titre complet du périodique titre abrégé avec ponctuation titre abrégé sans ponctuation autre titre disponible

29 les importations Filtres d importation Filter Manager BD externes Bibliothèques de références bibliographiques Fichiers tabulés Fichiers de connexion Z39-50 Connection Manager fichiers texte (ASCII) format taggué fichiers texte (ASCII) format non taggué

30 importation : filtres File/Import sélection du fichier à importer gestion des doublons gestion du code source des caractères (par défaut : No translation ANSEL : format MARC Unicode UTF-8, UTF-16, etc.) sélection du filtre d importation en fonction de la BD d origine du fichier à importer

31 importation : filtres File/Import/Import Option EndNote Library EndNote Import Refer/BibIX ProCite Tab-Delimited Reference Manager (RIS) ISI-CE Multi-Filter (Special) EndNote Generated XML Other Filters Import d une bibliothèque EndNote dans une autre Import de fichiers texte déchargés depuis des BD en ligne ou exportés depuis EndNote en format EndNote (tags EndNote) Import de fichiers texte exportés depuis des BD Unix : Refer et BibIX Import de fichiers texte exportés depuis ProCite Import de fichiers tabulés (champs séparés par une tabulation) Import de fichiers texte exportés depuis Reference Manager Import de fichiers texte déchargés depuis le site web de l ISI Import de fichiers texte issus de plusieurs BD différentes en même temps et identifiables par EndNote Import de fichiers au format XML Accès à tous les filtres prédéfinis du répertoire Filters Use Connection File Import du fichier connect.log généré par une connexion Z39-50

32 le gestionnaire de filtres Edit/Import Filters/Open Filter Manager... producteur de la base de données marquage en tant que favori : sera présent dans le menu Import Filters options d affichage : par favoris ou par producteurs affichage des informations générales sélection du filtre afficher modifier le filtre informations générales nombre de filtres affichés/filtres disponibles avec leur localisation

33 les filtres : paramètres Edit/Import Filters/Open Filter Manager... sélection du filtre/edit About This Filter : informations sur le filtre nom du filtre options paramétrables catégorie instructions pour la sauvegarde du fichier à importer (ici pour PubMed : fichier texte taggué)

34 importation : connexion Z39-50 Protocole Z39-50 : sessions entre un client et un ou plusieurs serveurs (BD, catalogues de bibliothèques, etc.) par l intermédiaire d une seule interface ou passerelle web. Interrogation de BD/catalogues en temps réel depuis l interface d interrogation de EndNote : permet ainsi de s affranchir de la connaissance des différentes interfaces d interrogation propres à chaque BD/catalogues Fichiers de connexions (.enz) spécifiques de chaque BD/catalogues Téléchargement direct des références dans la bibliothèque Pour en savoir plus sur le protocole Z39-50 : site officiel portail du réseau MSH

35 importation : connexion Z39-50 Tools/Connect/Connect... sélection de la base par son nom ou son producteur informations sur la base sélectionnée

36 importation : connexion Z39-50 Tools/Connect/Connect.../PubMed 1/interface Search de EndNote 2/nombre de résultats 3/affichage intermédiaire des références avant transfert dans la bibliothèque finale sélection de la bibliothèque finale

37 importation : fichiers tabulés Import de données non tagguées, provenant généralement de tableurs type Excel ou de traitements de texte. Ce sont obligatoirement des fichiers texte, précédés d une ligne indiquant le type de référence et les champs à importer. Le séparateur de références est un retour chariot. Filtre d importation : Tab Delimited. C est un filtre prédéfini et non modifiable. Exemple : Fichier Word.txt *Journal Article Author<Tab> Year<Tab> Title<Tab> Secondary Title<Tab> Volume<Tab>Number<Tab> Pages<Tab> Matsha, T.//Aioun, J.//Baly, C Human papillomavirus Journal of Clinical Pathology Saretzki, G Telomerase activity in cervical smears Analytical Cellular Pathology Exemple : Fichier Excel.txt

38 l exportation Styles Style Manager création d une liste bibliographique avec citations dans un document word fonction CWYW Bibliothèques de références bibliographiques Bibliographie Formats prédéfinis Text File (.txt) Rich Text Format (.rtf) HTML (.html) XML (.xml) création d une liste bibliographique indépendamment d un document word

39 les styles Edit/Output Styles/ créer un style modifier le style : affichage des paramètres du style en cours accéder au gestionnaire de styles : sélection/édition de tous les filtres disponibles dans EndNote 4 styles proposés par défaut style actif : Annotated Frédérique Cohen-Adad URFIST novembre 200

40 les styles : le gestionnaire de styles Edit/Output Styles/Open Style Manager catégories marquage en tant que favori : sera présent dans le menu Output Styles options d affichage : par favoris ou par catégories sélection du style : styles propres à chaque revue et styles EndNote afficher/modifier le style Style Preview : visualisation du style choisi ou Style Info : informations sur le style nombre total de styles au choix

41 les styles : le gestionnaire de styles Edit/Output Styles/Open Style Manager/Edit identification du style édité paramétrage: citations bibliographie notes de bas de page figures et tableaux sélection des champs et caractères spéciaux d écriture style spécifique pour chaque type de références Generic : style appliqué par défaut

42 les styles : écriture Edit/Output Styles/Open Style Manager/Edit/ Bibliography/Templates/Insert Field caractères spéciaux : End of Paragraph : saut de ligne avec un paragraphe Tab : tabulation Forced Separation : séparer des informations dépendantes Link Adjacent Text : espace insécable : la chaîne de caractères et l intitulé de champ sont liés Singular/plural : choix automatique entre singulier et pluriel sélection des champs à insérer dans le style

43 fonction CWYW Outils dans Word Find Citations : trouver depuis Word les citations à insérer Go To EndNote : ouvrir automatiquement EndNote depuis Word Format Bibliography : sélection du style et paramétrage du format Insert Selected Citation(s) : insérer les références sélectionnées Edit Citation(s) : paramétrage des citations (insertion de texte, modifications, etc.) Insert Note : ajout de notes (ne fonctionne que pour les bibliographies numérotées) Edit Library reference(s) : affichage de la bibliothèque d où proviennent les références Unformat Citation(s) : revenir au format temporaire des citations Remove Field Codes : supprimer les codes CWYW (formatage ultérieur impossible) Export Traveling Library : créer une bibliothèque spécifique du document Find Figure(s) : rechercher les références comprenant des illustrations/tableaux Generate Figure List : créer les listes de figures et tableaux Cite While You Write Preferences : paramétrer les préférences d ouverture, raccourcis clavier et localisations des illustrations/tableaux Aide

44 fonction CWYW Outils dans EndNote Return To Word Processor : basculer de EndNote à Word Format Bibliography : sélection du style et paramétrage du format Insert Citation : insérer automatiquement dans Word les références sélectionnées

45 ressources site officiel : version de démonstration : guide de l utilisateur Mac : guide de l utilisateur PC : manuel pour EndNote 9 (en anglais) de l Université de Queensland / guides et FAQ de la bibliothèque de l Université de Queensland manuel de la bibliothèque de l université Laval, février support de formation de l URFIST de Bretagne et Pays de Loire, EndNote 9, par M.L. Malingre Gérer sa bibliographie avec EndNote, ressources documentaires de l INRA Nantes gerer_sa_bibliographie_avec_endnote manuel de la médiathèque scientifique de l Institut Pasteur EndNote 7 (MacIntosh) informations du portail de l'institut Pasteur concernant les logiciels bibliographiques répertoire des logiciels personnels de gestion documentaire, de J.P. Lardy, URFIST de Lyon