Session Pratique IBI-1 Utilisation de base du cloud IFB

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1 Session Pratique IBI-1 Utilisation de base du cloud IFB contact : Consulter les aides en ligne mises à votre disposition: I) Connexion au cloud IFB Se rendre sur la page du cloud Pour accéder au cloud IFB, il faut s enregistrer en remplissant le formulaire, seules les adresses mails institutionnels sont acceptées. Se connecter avec ses identifiants ; à la première connexion, il faut renseigner la partie settings, notamment la clé ssh, élément essentiel pour se connecter à vos machines. ATTENTION: pour que la clé ssh soit valide, elle doit commencer par ssh et tenir sur une seule ligne, bien supprimer le retour à la ligne finale. 1 sur 8

2 II) Utilisation de l appliance Biocompute L appliance Biocompute est généraliste, elle propose une ensemble de logiciels en bioinformatique. - Créer d une instance de l appliance Biocompute, lorsque l instance est disponible (voyant vert), on peut accéder à l instance de la machine virtuel grâce aux informations de connexion dans la fenêtre suivante: - connexion en ssh : Avec Linux et et exécutez la commande de connexion. MacOS, ouvrez un terminal Avec un Windows, lancer l'outil PuTTY ( et configurer le paramètre 'Connection - SSH - Auth' avec votre fichier de clé privée ( cloud/doc-du-cloud/users ). On peut lister les dossiers à disposition: accès au disque virtuel monté au moment de la création de l instance. 2 sur 8

3 On peut lister les ressources disponible : On peut lister les applications disponibles : Gérer ces données - copier les données depuis sa machine local vers la machine virtuelle, dans le disque virtuel depuis la machine local : scp -P 22 <fichiers> - analyser vos données avec les logiciels à disposition; - récupérer vos résultats, depuis la machine locale: scp -P 22 <chemin> 3 sur 8

4 III) Analyse de données avec Galaxy Créez un disque virtuel myddgalaxy, 10Go Créer une instance Galaxy nom: mygalaxy taille: c3.medium vdisk : myddgalaxy Se connecter sur votre instance Galaxy - lien HTTP - navigateur Web standard 4 sur 8

5 - Connectez-vous dans galaxy - mot de passe: ifbuser) Transférer vos données - données légères : - directement sur l interface web Galaxy avec la méthode Get Data (HTTP); - en ligne de commande en utilisant les paramètres de connexion obtenu avec le lien ssh de la machine vers les dossier ( /root/upload_dir ). - données lourdes (mode SSH/SCP) On peut utiliser un client graphique pour transférer les données (FileZilla, Cyberduck, Transmit). - vers le répertoire distant upload_dir - retrouver vos données sur l interface web Galaxy arborescence de la machine local arborescence de la machine du cloud 5 sur 8

6 Exemple d analyse qualité de séquences brutes dans Galaxy - Connectez-vous dans galaxy - Importer les données (sequences Illumina paired-end) - Appliquer l'outil Short Reads Quality Check (QC) / FastQC:ReadQC aux fichier de sequences brutes. - Choisir le (ou les) fichier(s) a analyser => Execute. - Copier les fichiers résultats dans le vdisk (/root/vdisk); Merci à C. Oger (IFB-PRABI) pour cet exemple Retrouvez votre historique et vos résultats d une VM à l autre - Arrêter votre VM galaxy: - sélectionner la VM dans le tableau de bord, sélectionner shutdown dans le menu en haut à gauche, puis cliquer sur Go. - Relancer en une nouvelle en attachant votre vdisk - Connectez-vous dans Galaxy 6 sur 8

7 IV) Utiliser un bureau virtuel Un bureau virtuel à distance est une interface permettant d utiliser une machine virtuelle avec une interface graphique. Certaines appliances du cloud IFB, telles que Proteomics ou ImageJ, ont un serveur X2Go permettant l accès via un bureau virtuel. Pour le utiliser, il vous faudra installer un client X2Go et un serveur X11 (comme XQartz). Example pratique : appliance ImageJ - Lancer une instance de l appliance ImageJ - Sur votre ordinateur double cliquer sur l icône du client X2Go - Configurer une nouvelle session à partir des informations contenues dans le dashboard du cloud : l host et le port. 7 sur 8

8 Remarque : pour l appliance imagej, il est possible de se connecter en temps que root ou en temps que l utilisateur ego. /!\ Vous devez cocher la case try auto-login et choisir un bureau GNOME. - Puis, cliquer sur votre session pour la lancer. Un message d avertissement peut apparaitre mais cela ne signifie pas nécessairement que le bureau virtuel ne fonctionne pas. 8 sur 8

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