Nous vous prions d agréer, Madame, Monsieur, l expression de nos sentiments les meilleurs.

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1 DOSSIER DE CANDIDATURE MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT M2 Spécialité : Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies (MGEB) Date limite de dépôt des dossiers : 10 juin 2015 Madame, Monsieur, Vous trouverez ci-joint le dossier de candidature à l entrée en 2 ème année du Master Biologie et Environnement spécialité MGEB. Cette formation est construite sur deux semestres de mi-septembre à fin août, le premier semestre correspondant à l acquisition de connaissances (cours, conférences, travaux pratiques, projet tuteuré) et le deuxième semestre au stage de fin d études (stage de 5 à 6 mois à partir de mi-janvier). Pour les étudiants qui se destinent aux métiers de la recherche, vous trouverez en annexe la liste des sujets de stages de recherche proposés dans le cadre de cette spécialité. Il est indispensable que vous preniez contact très rapidement avec les responsables des sujets de stage. Vous fournirez dans votre dossier de candidature votre choix de 3 stages de recherche par ordre de préférence, ainsi qu une attestation des responsables de ces 3 sujets de stages recherche indiquant qu il/elle serait disposé(e) à vous accueillir en stage. La décision finale d attribution des stages sera prise par le jury de recrutement. Pour les étudiants qui se destinent à un emploi dans une entreprise à l issue du master, vous devrez trouver votre stage par vous-même ou en fonction des offres régulièrement envoyées aux responsables du Master. Il sera apprécié par le jury de recrutement que vous démontriez, dans votre dossier de candidature, que vous avez entamé une démarche active de recherche de stage (secteur d activité envisagé, entreprises ciblées, contacts déjà réalisés et éventuellement attestation d acceptation pour un stage). Le dossier de candidature est à retourner par voie postale uniquement à Mme Dominique SABATER et impérativement avant le 10 juin Après examen de chaque dossier, le jury se réunira et établira : 1) une première liste de candidats retenus sur la base de la qualité du dossier académique et de l engagement dans la recherche du stage ; 2) éventuellement une seconde liste de candidats admissibles qui n'ont pu être départagés sur le seul examen du dossier et qui seront convoqués à un oral. Le soin et l attention que vous porterez à votre dossier de candidature seront donc de première importance. A l issue des ces entretiens, le jury finalisera l établissement d une liste principale et d une liste complémentaire. Vous serez informé(e) par courriel du devenir de votre candidature (attention donc à la lisibilité de votre adresse électronique). Nous vous prions d agréer, Madame, Monsieur, l expression de nos sentiments les meilleurs. Catherine TEXIER et Didier DEBROAS Responsables de la spécialité MGEB

2 Pièces à joindre au dossier : Lettre de motivation : Dans une lettre de motivation manuscrite, vous expliquerez les raisons du choix de ce master ainsi que vos centres d intérêt pour le stage de recherche ou pour un stage à vocation professionnelle en lien avec votre projet professionnel. Vous justifierez, le cas échéant votre parcours (réorientation(s), motifs de redoublement, ou d interruption d études). Vous ajouterez tout renseignement que vous jugerez utile et ne pouvant pas figurer dans les cases à remplir. Photocopies des Diplômes de Licence et de Master 1 ère année ou de Diplômes équivalents. Dans le cas où le Master M1 est en cours, joindre une attestation provisoire ou un relevé de note intermédiaire et envoyer ensuite les résultats définitifs dès leur publication. Copies des relevés de notes des deux dernières années universitaires. Une lettre d appréciation établie par un enseignant du dernier établissement fréquenté sous pli cacheté. Attestation(s) d un ou plusieurs responsables de stage disposés à vous accueillir (obligatoires pour les étudiants candidatant à l orientation recherche ; appréciée pour les étudiants candidatant à l orientation professionnalisante). Dossier à retourner impérativement par voie postale à : Université Blaise Pascal Département de Biologie Madame Dominique SABATER (M2 MGEB) Bâtiment biologie B 24 avenue des Landais BP AUBIERE CEDEX. Pour tout renseignement administratif complémentaire, s adresser à : Madame Dominique SABATER Téléphone : Fax : Courriel : Dominique. SABATER@univ-bpclermont.fr TOUT DOSSIER INCOMPLET OU NON CONFORME NE SERA PAS PRIS EN COMPTE. L ABSENCE DE PHOTO ENTRAINE L ÉLIMINATION DU DOSSIER. LES DOSSIERS DE CANDIDATURE NE SERONT PAS RETOURNÉS. DATES : La sélection des candidats se déroulera en quatre étapes : 1 - Le 10 juin 2015 : date limite de dépôt des dossiers de candidature (cachet de la poste faisant foi) ; 2 - Le 15 juin 2015 : Examen des dossiers et établissement d une liste de candidats retenus sur le seul examen du dossier, et d une liste de candidats admissibles aux oraux ; 3 - Le 29 juin 2015 : Entretien avec le jury de recrutement des candidats déclarés admissibles ; 4 - Au plus tard le 10 juillet 2015 : Les candidats retenus sur dossier et/ou après entretien devront avoir confirmé leur acceptation. SITES INTERNET : sa formation/m/sciences, Technologies, Santé/Biologie et Environnement/Master Microbiologie: Génome, Ecologie et Biotechnologies lien direct :

3 DOSSIER DE CANDIDATURE MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT M2 Spécialité : Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies (MGEB) N de dossier Photo d identité (ne pas remplir) NOM : Prénom :.... (en majuscules) Date et lieu de naissance :. Nationalité :.. Adresse (où doit être envoyée la correspondance) :. Situation de famille : Tél : Fax :. Mail :... (où le candidat est joignable à tout moment) Cursus universitaire à dominante (préciser l orientation générale : microbiologie, physiologie végétale, écologie, etc)..... Dernière formation suivie et Etablissement fréquenté :.... Orientation du M2 choisie à préciser (rayer la mention inutile) : - Professionnalisant (stage en entreprise, bureau d étude, etc..) Le cas échéant, joindre une attestation signée d une structure d accueil disposée à vous accueillir pour votre stage de M2 orientation professionnalisante. - Recherche (stage en laboratoire de recherche : obligatoirement dans la liste en annexe) : indiquer vos choix de stage : Vœu 1 : Responsable =

4 Vœu 2 : Responsable = Vœu 3 : Responsable = Vous devrez impérativement joindre à ce dossier une attestation signée des responsables de ces stages indiquant qu il/elle serait disposé(e) à vous accueillir pour votre stage de M2 orientation recherche. Scolarité depuis le Baccalauréat Année d étude Ecole ou Université Diplôme préparé Résultat Mention et/ou classement Préciser les modules d enseignement, UE, EC en rapport avec la Spécialité envisagée : Stages intégrés dans le cursus : Titre du stage Organisme Responsable d accueil Stages hors cursus : Intitulé-thème Organisme d accueil Durée Rédaction d un rapport (répondre par oui ou non) Fait à : le :. Signature :

5 ANNEXE AU DOSSIER DE CANDIDATURE MASTER 2 MGEB : Liste des sujets de stage recherche

6 Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies Nom du laboratoire d accueil : Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement Directeur : Télesphore SIME-NGANDO Nom et fonction des encadrants : David BIRON (Chargé de Recherche CNRS) Equipe de recherche : Interactions Hôtes-Parasites Sujet de recherche Titre : L impact de l habitat, des pratiques apicoles et de parasites (i.e. Nosema ceranae et virus) sur la thermorégulation de l abeille noire, de l individu à la colonie. Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) : La réduction de la richesse des espèces et celle de la diversité génétique sont accompagnées de la détérioration d'un grand nombre de services écosystémiques comme celui de la pollinisation. Plusieurs facteurs biotiques (ex.: microbes, espèces invasives) et abiotiques (ex. : la perte et la fragmentation d'habitats, les substances agrochimiques, le changement global) sont probablement impliqués dans la perturbation de la pollinisation. Une hypothèse suggère que le déclin du principal acteur de la pollinisation, l abeille domestique, peut être causé par le commerce apicole (ex. : vente d essaims et de reines) dans les ruchers européens via (i) l introduction de colonies d abeilles non adaptées à leur nouvel habitat et (ii) à la dispersion de pathogènes allochtones par les colonies d abeilles et/ou reines introduites dans les ruchers. La possibilité de thermoréguler sa température corporelle s avère être un avantage non négligeable pour un organisme dans son habitat. Ce mécanisme est peu étudié chez l abeille qui est un insecte de type «hétérotherme». L'objectif de l étude consistera à déterminer comment les colonies de trois conservatoires français (i.e. Chizé, CANIF, Pontaumur) ajustent leur température corporelle à l échelle de l individu et à celle de la colonie en fonction de facteurs biotiques (i.e. parasitisme (Nosema ceranae et virus), patrimoine génétique) et abiotiques (i.e. climat, nourrissage printanier ou pas) de leur habitat. Notre approche expérimentale s appuiera sur des méthodes inédites mises au point en 2012 par le LMGE (UMR CNRS 6023), et en collaboration avec Lionel GARNERY (EGCE, UMR CNRS 9191) et Sylvie HOUTE (CEBC, UMR CNRS 7372) pour mesurer la température corporelle des abeilles de manière non invasive à trois niveaux d échelle d une colonie (ex. : caméra thermique (individu et cadre) ; thermoboutons (i.e. colonie)). Mots clés (5) : abeille, thermorégulation, Nosema ceranae, virus, changement global -Fontbonne R, Garnery L, Vidau C, Aufauvre J, Texier C, Tchamitchian S, Alaoui HE, Brunet JL, Delbac F, Biron DG, Comparative susceptibility of three Western honeybee taxons to the microsporidian parasite Nosema ceranae. Infection, Genetics and Evolution 17: Saudreau M, Pincebourde S, Dassot M, Adam B, Loxdale HD, Biron DG, On the canopy structure manipulation to buffer climate change effects on insect herbivore development. Trees-Structure and Function 27: Contact : David Biron Tél.: david.biron1@univ-bpclermont.fr

7 Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies Laboratoire d accueil : Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE) Directeur : Télesphore SIME-NGANDO Nom et fonction de l encadrant : Nicolas BLOT, MCU UBP Equipe de recherche : Interactions Hôtes-Parasites Sujet de recherche Titre: VARIATION DE LA VIRULENCE DE NOSEMA CERANAE CHEZ L'ABEILLE : INTERACTIONS AVEC LES PESTICIDES Présentation du sujet Nosema ceranae est un parasite émergent de l'abeille mellifère communément retrouvé dans les colonies. S'il peut provoquer une maladie, appelée nosémose, pouvant induire de fortes mortalités, sa présence peut aussi rester asymptomatique. Plusieurs hypothèses, non exclusives, peuvent expliquer cette variation de virulence de N. ceranae. Nos études récentes (Roudel et al., 2013) et actuelles (collab. CIRAD) suggèrent que celle-ci ne vient pas de la variabilité génétique du parasite. En revanche, elle pourrait être liée à la sensibilité des abeilles en fonction de leurs caractères génétiques ou des conditions environnementales. Nous avons ainsi observé en laboratoire une synergie entre N. ceranae et deux insecticides à faible dose sur la mortalité des abeilles (Vidau et al., 2011; Aufauvre et al., 2012), suggérant une influence d'autres facteurs de stress environnementaux sur la virulence. Ce projet propose d'étudier les interactions sur abeille entre N. ceranae et d'autres pesticides agroenvironnementaux (fongicide, acaricide, herbicide). Des infections expérimentales seront d'abord réalisées pour préparer des spores de N. ceranae. Des cohortes d'abeilles seront ensuite infectées et/ou intoxiquées de manière chronique avec un ou plusieurs pesticides (effet cocktail). Différents paramètres seront alors suivis : mortalité, consommation de nourriture, expression de gènes, activités enzymatiques, développement parasitaire. Des échantillons seront également préservés pour du séquençage à haut-débit (RNA-seq). Pour le suivi d'expression de gènes, la validation d'amorces de PCRQ devra être réalisée dès le début du stage. Mots clés : abeille, parasite, virulence, pesticides, interactions Références bibliographiques récentes de l équipe - Aufauvre J, Misme-Aucouturier B, Viguès B, Texier C, Delbac F, Blot N (2014) Transcriptome analysis of the honeybee response to Nosema ceranae and insecticides. PLoS ONE. 9:e Roudel M, Aufauvre J, Corbara B, Delbac F, Blot N (2013) New insights on the genetic diversity of the honeybee parasite Nosema ceranae based on multilocus sequence analysis. Parasitology. 140: Aufauvre J, Biron DG, Vidau C, Fontbonne R, Roudel M, Diogon M, Viguès B, Belzunces LP, Delbac F, Blot N (2012) Parasite-insecticide interactions : a case study of Nosema ceranae and fipronil synergy on honeybee. Scientific Reports. 2:326 Contact : Nicolas BLOT Tél : Nicolas.BLOT@univ-bpclermont.fr

8 ANNÉE UNIVERSITAIRE Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies Nom du laboratoire d accueil : LMGE, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement Directeur : Télesphore Sime-Ngando Nom et fonction de l encadrant : Didier Debroas (PR) Viviane Ravet (MCF) Equipe de recherche : Microbiologie de l'environnement et Bioinformatique Titre : Etude de la diversité des virus entériques à travers l'histoire par une approche de paléo-métagénomique Présentation du sujet : Les entérovirus sont de petits virus à ARN, caractérisés par une diversité génétique importante. Ils co-circulent abondamment dans les collectivités humaines entraînant des épidémies annuelles (méningites, encéphalites, paralysies). Seules les souches impliquées dans ces infections symptomatiques sont détectées et identifiées lors de la prise en charge des patients. Les virus, les plus nombreux, qui circulent silencieusement dans la population ne sont pas caractérisés. Les phylogénies moléculaires explorant la diversité des entérovirus et leur histoire évolutive sont donc basées sur un échantillonnage très incomplet au regard de la totalité des entérovirus qui infectent la population humaine. De plus, l échantillonnage de souches contemporaines ne permet pas de reconstruire la dynamique des infections sur le long terme. Finalement l'histoire épidémiologique de ces virus et les conditions de leur émergence dans une population donnée sont mal connues. Or, ce problème pourrait être solutionné par le couplage original de la paléolimnologie, du séquençage haut-débit et de la bioinformatique au service d'une question épidémiologique. Ce sujet sera traité en collaboration avec le laboratoire EPIE (Dr. C Henquell) et l'inra de Thonon (Dr. I. Domaizon) Mots clés (5) : Entérovirus- Paléo-limnologie - paléo-virologie - Maladies émergentes - Ecologie moléculaire - Bioinformatique - Roux S, Enault F, Robin A, Ravet V, Personnic S, Theil S, Colombet J, Sime-Ngando T, Debroas D (2012) Assessing the Diversity and Specificity of Two Freshwater Viral Communities through Metagenomics. PLoS ONE 7(3) : e doi: /journal.pone Savichtcheva O., D Debroas, ME Perga, F Arnaud, E Lyautey, A Kirkham, C Chardon, B Alric, I Domaizon (2014) Effects of nutrients and warming on Planktothrix dynamics and diversity: a palaeolimnological view based on sedimentary DNA and RNA. Freshwater Biology. doi: /fwb Contact : Didier Debroas Tél : didier.debroas@univ-bpclermont.fr

9 Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies Nom du laboratoire d accueil : INRA Centre Auvergne-Rhône-Alpes, site de Theix, UR454 Microbiologie, Saint-Genès Champanelle Directeur : Régine Talon Nom et fonction de l encadrant : Michel Hébraud (DR2, HDR) Equipe de recherche : UR INRA 454 Microbiologie Sujet de recherche Titre : Réponse adaptative du pathogène d origine alimentaire Listeria monocytogenes à un stress de dessiccation. Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) : Listeria monocytogenes est une bactérie pathogène à Gram positif, responsable d'intoxications alimentaires sévères avec une incidence d environ 0.5 cas de listériose/10 5 hab. et un taux de mortalité de 20 à 30%. Cette bactérie, ubiquiste dans l environnement, est une préoccupation majeure dans les IAA. Elle est capable de former des biofilms sur des surfaces biotiques et abiotiques, de s adapter et de persister dans des conditions hostiles (basse T C, faible Aw, traitements de nettoyage-désinfection, etc). Les travaux en cours portent sur les mécanismes moléculaires impliqués dans l'adaptation du pathogène à de faibles humidités relatives consécutives à la déshumidification de l air dans les ateliers des IAA, notamment après les phases de nettoyage-désinfection. La résistance des biofilms à la dessiccation peut être due à l effet protecteur de substances polymériques sécrétées, à la composition de l enveloppe cellulaire et/ou à des modifications métaboliques. Ces mécanismes moléculaires adaptatifs sont encore mal connus bien que les variations d humidité relative soient très fréquentes dans l environnement. L objectif du travail proposé est de décrypter les mécanismes d adaptation et de résistance à une faible humidité relative de l air de L. monocytogenes en biofilm. Les approches mises en œuvre sont multiples : microscopies photoniques et électronique, analyse des sous-protéomes intracellulaires et de l enveloppe cellulaire. Lors du stage, l étudiant(e) pourra mettre en œuvre des techniques culturales, de microscopie et de protéomique adaptées au modèle d étude du stress hydrique. La culture bactérienne en biofilm, le marquage des cellules et leur observation par microscopie, l extraction et la séparation de protéines, leur identification par spectrométrie de masse et les analyses bioinformatique et statistique des données constitueront les principaux outils et techniques utilisés. Ce travail sera réalisé en lien avec la composante protéomique de la Plate-Forme d Exploration du Métabolisme du site INRA de Theix. Le sujet du stage s inscrit dans le cadre du programme ANR ALID EcoSec ( Mots clés (5) : L. monocytogenes, Biofilm, Stress hydrique (dessication), Analyses microscopiques et protéomiques - Renier, S., et al Contribution of the multiple Type I signal peptidases to the secretome of Listeria monocytogenes: Deciphering their specificity for secreted proteins by exoproteomic analysis. J. Proteomics, 117: Hébraud, M Analysis of Listeria monocytogenes subproteomes. In: Methods in Molecular Biology, 1157: Ed: Kieran Jordan, Ed Fox, Martin Wagner. Humana Press, Springer Protocols, New York, NY, USA. - Renier, S., Hébraud, M. and Desvaux, M Molecular biology of surface colonization by Listeria monocytogenes: an additional facet of a Gram-positive foodborne pathogen. Environ. Microbiol. 13: Contact : Nom : Hébraud Michel Tél : Courriel : michel.hebraud@clermont.inra.fr

10 Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies Nom du laboratoire d accueil : LMGE, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement Directeur : Télesphore Sime-Ngando Nom et fonction de l encadrant : LEPERE Cécile (MCF UBP) Equipe de recherche : Virus et Métabolismes Microbiens en milieu aquatique (VMM) Sujet de recherche : Rôles fonctionnels des parasites eucaryotes en milieu lacustre L un des axes de recherche central concernant le fonctionnement des écosystèmes aquatiques concerne l étude des facteurs de régulation des communautés planctoniques. Bien que de très nombreuses espèces planctoniques soient susceptibles d être infectées par des parasites eucaryotes, l étude de la diversité de ce groupe fonctionnel ainsi que ces impacts directs (mortalité des cellules hôtes) et indirects (effet en cascades, redistribution et recyclage de la matière organique etc.) sont encore très mal évalués. Or des résultats récents ont permis de révéler la présence récurrente d eucaryotes parasites en milieu lacustre (appartenant notamment aux champignons, oomycètes et alvéolés). Cependant pour beaucoup d espèces de parasites les hôtes ne sont pas encore connus d où la difficulté d appréhender leur impact sur le fonctionnement du réseau trophique et de l écosystème. Les objectifs de ce projet concernent donc 1) la mise en évidence d association hôte (s)-parasite (s) 2) l acquisition de données fonctionnelles par le biais d approches de génomique ciblée (single cell). Notre approche consistera à utiliser des techniques de tri cellulaire (micromanipulation et cytométrie en flux) couplées à des méthodes moléculaires (génomique ciblée et comparative) afin de caractériser les parasites eucaryotes dans plusieurs écosystèmes lacustres. Par ailleurs l utilisation de la méthode de dénombrement TSA-FISH sera utilisée pour cibler in situ certains groupes d eucaryotes parasites à l état libre ou intracellulaire afin de découvrir les hôtes potentiels. Mots clés (5) : Parasites eucaryotes, lacs, facteurs de régulation, génomique, single cell - LEPE RE C., DOMAIZON I., TAI B N., MANGOT JF., BRONNER G., BOUCHER D., DEBROAS D. (2013) Geographic distance and ecosystem size determine the distribution of smallest protists in lacustrine ecosystems. FEMS Microbiol Ecol 85: GERPHAGNON M, LATOUR D, COLOMBET J, SIME-NGANDO T (2013) : Fungal Parasitism : Life Cycle, Dynamics and Impact on Cyanobacterial Blooms. Plos One 8, e60894 Contact : Nom : Cécile Lepère Tél : cecile.lepere@univbpclermont.fr

11 X Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies Nom du laboratoire d accueil : EA 4678 CIDAM Directeur : Pr. Monique ALRIC Nom et fonction de l encadrant : Pr. Pierre PEYRET Equipe de recherche : CIDAM Sujet de recherche Titre : Etude des mécanismes d adaptation du microbiote intestinal humain suite à des perturbations induites par des polluants environnementaux Le microbiote intestinal joue un rôle central dans la santé humaine et le bien-être. La composition de cet écosystème pourra varier en fonction de nombreux facteurs tels que l alimentation, l environnement, l apparition de pathologies et les traitements médicamenteux. A titre d exemple, les traitements antibiotiques entrainent une diminution de la stabilité et de la diversité du microbiote intestinal. Cependant, cet environnement digestif possède le plus souvent les capacités à retrouver un équilibre initial (résilience). Les micro-organismes intestinaux peuvent donc contribuer au développement d un grand nombre de pathologies digestives voire de désagréments mais aussi à des pathologies extra intestinales. Un lien pourrait être établi entre l ingestion de xénobiotiques et l apparition de certaines pathologies. Le sujet présenté aura donc pour objectifs de déterminer les mécanismes d adaptation de certaines populations bactériennes, récemment identifiées au sein de l équipe d accueil, face à la présence de polluants. Afin d atteindre ces différents objectifs, cette étude sera conduite sur le microbiote intestinal humain à l aide des outils de digestion artificielle développés par l équipe CIDAM. Les approches de microbiologie combinées aux approches de génomique fonctionnelle permettront de définir les voies impliquées dans la résistance à la présence des polluants étudiés. Mots clés (5) : -Ecologie microbienne Génomique fonctionnelle Microbiote intestinal Xénobiotiques Jaziri, F., N. Parisot, A. Abid, J. Denonfoux, C. Ribiere, C. Gasc, D. Boucher, J. F. Brugere, A. Mahul, D. R. Hill, E. Peyretaillade, and P. Peyret PhylOPDb: a 16S rrna oligonucleotide probe database for prokaryotic identification. Database (Oxford) 2014:bau Denonfoux, J., N. Parisot, E. Dugat-Bony, C. Biderre-Petit, D. Boucher, D. P. Morgavi, D. Le Paslier, E. Peyretaillade, and P. Peyret Gene Capture Coupled to High-Throughput Sequencing as a Strategy for Targeted Metagenome Exploration. DNA Research. doi: /dnares/dst Tottey, W., J., Denonfoux, F., Jaziri, N., Parisot, M., Missaoui, D., Hill, G., Borrel, E., Peyretaillade, M., Alric, H.M.B., Harris, I.B., Jeffery, M.J., Claesson, P.W., O Toole, P., Peyret, J.F. Brugère The human Gut Chip HuGChip, an explorative phylogenetic microarray for determining gut microbiome diversity at Family level. PloS one 8:e Contact : Nom : Pierre PEYRET Tél : pierre.peyret@udamail.fr

12 MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT x Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies Nom du laboratoire d accueil : Laboratoire GDEC (Génétique, Diversité et Ecophysiologie des céréales UMR UBP/INRA 1095 et Institut Pascal UMR CNRS 6602 Directeur GDEC: T. Langin ; Directeur IP : Evelyne Gil Nom et fonction de l encadrant GDEC: Jane Roche (MCU), Equipe de recherche GDEC : Equipe Adaptation aux contraintes abiotiques ; Institut Pascal: Céline Laroche (MCU), Equipe de recherche Institut Pascal IP : Axe GePEB Sujet de recherche Adaptation et analyses des voies métaboliques de microorganismes photosynthétiques (Physcomitrella patens) en réponse aux changements de conditions de température et de CO2 en photobioréacteur Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) : La mousse Physcomitrella patens constitue une des premières plantes terrestres (bryophytes) ; c est une plante rudimentaire très adaptable aux conditions environnementales et à fort potentiel de biomasse. P.patens peut être cultivée in vitro durant l intégralité de son cycle. Cette mousse a été principalement utilisée en biotechnologie végétale via une culture liquide en bioréacteur, en particulier pour la production de protéines recombinantes pour des applications médicales (Decker et al., 2014). Cependant, peu d études portent sur l optimisation des conditions de culture en bioréacteur pour la production de métabolites d intérêt industriel. Une étude préliminaire a été réalisée en collaboration entre l'umr GDEC et l Institut Pascal sur une souche sauvage afin de paramétrer les conditions de culture des mousses en photobioréacteur. Des analyses ont montré que la biomasse possède de 20 à 30% de sucres, parmi lesquels, certains monosaccharides et polysaccharides complexes n ont pas pu être identifiés et nécessiteraient une investigation plus approfondie. Les objectifs du stage sont : Sur 2 conditions de température : 24 C / 30 C et les 2 niveaux de teneurs en CO 2 (2%/5%) 1) une analyse métabolique (chromatographies): métabolites primaires (réalisé à l institut Pascal), 2) une analyse physiologique : paramètres de croissance (réalisé à l institut Pascal), 3) une analyse transcriptomique (qpcr): gènes cibles différentiellement exprimés (réalisé au GDEC) Mots clés (5) : - physcomitrella patens- photobioréacteur- stress abiotiques- métabolites- qpcr - Bednarek et al. (2012) Down-regulation of the TaGW2 gene by RNA interference results in decreased grain size and weight in wheat. J Exp Bot. 63(16): Villay et al. (2013). Optimisation of culture parameters for exopolysaccharides production by the microalga Rhodella violacea. Bioresource Technology. 146: Safi et al. (2015). Understanding the effect of cell disruption methods on the diffusion of Chlorella vulgaris proteins and pigments in the aqueous phase. Algal Research 8:61-68 Contacts : Jane Roche Tél : Jane.Roche@univ-bpclermont.fr Céline Laroche Tél : celine.laroche@univ-bpclermont.fr

13 Spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologies Nom du laboratoire d accueil : LMGE Directeur : Telesphore Sime Ngando Nom et fonction de l encadrant : Vigues B CR CNRS / Wawrzyniak I IE CNRS Equipe de recherche : Interaction Hôtes Parasites Sujet de recherche Titre : Polymorphisme cellulaire et pathogénicité de Blastocystis ST 4 Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) : Blastocystis est un parasite anaérobie du tractus digestif de l homme. Le parasite se présente sous différents types morphologiques: vacuolaires, granulaires, kystiques et amiboïdes. Ce polymorphisme suggère une corrélation entre le type morphologique et la pathogénicité du parasite. Plusieurs auteurs ont évoqué un lien possible entre la pathogénicité de Blastocystis et la forme amiboïde potentiellement capable d adhérer à l épithélium intestinal de l hôte. Cette transition vers la forme amiboïde résulte vraisemblablement d un remodelage du cytosquelette impliquant des assemblages micro-filamenteux (F-actine et protéines associées) encore non-identifiés mais fortement suggérés par le séquençage et l annotation des génomes de sous-type 4 et 7 de Blastocystis. Un des objectifs à court terme est la recherche de conditions expérimentales permettant l induction in-vitro de la transformation amiboïde et de l adhésion du parasite à un substrat artificiel. Sur la base de ce modèle expérimental, nous envisageons d étudier les protéines impliquées dans le cytosquelette (actine) et dans les capacités présomptives d adhésion du parasite (niveau d expression de gènes cibles par PCRq et immuno-localisations au moyen d anticorps du commerce ou produits chez la souris après clonage et expression des protéines d intérêt). Ces données seront ensuite transposées à un modèle «épithélium» mimant une barrière intestinale fonctionnelle (cellules Caco-2) afin d identifier des ligands-cibles et les fonctions cellulaires susceptibles d être affectées par la parasitose. D un point de vue plus général, la mise en évidence de capacités d adhésion pourrait représenter une étape essentielle dans la compréhension du mode d action et de la pathogénicité du parasite. Mots clés (5) : Blastocystis, transformation amiboïde, cytosquelette, adhésion, pathogénie -Wawrzyniak I et al. (2015) Genomics Data 02/2015; 12. DOI: /j -Poirier P et al. (2012) PLoS Pathog 8 (3):e Vigues B et Damaj R (2012) Cytoskeleton 69: DOI : /cm Contact : Wawrzyniak Ivan Tel : Ivan.WAWRZYNIAK@univ-bpclermont.fr