MASTER (LMD) PARCOURS MICROORGANISMES, HÔTES, ENVIRONNEMENTS (MHE)

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1 MASTER (LMD) PARCOURS MICROORGANISMES, HÔTES, ENVIRONNEMENTS (MHE) RÉSUMÉ DE LA FORMATION Type de diplôme : Master (LMD) Domaine ministériel : Sciences, Technologies, Santé Mention : BIOLOGIE DES PLANTES ET DES MICROORGANISMES, BIOTECHNOLOGIES, BIOPROCEDES Spécialité : INTERACTIONS MICROORGANISMES, HOTES ET ENVIRONNEMENTS (IMHE) Objectifs Les objectifs pédagogiques généraux du master sont de former des cadres compétents dans la recherche, le diagnostic, l intervention et l éducation dans le domaine des Sciences du Végétal et des Microorganismes et les Biotechnologies et Bioprocédés au sens large, incluant : la biologie des plantes : biologie fonctionnelle des plantes aux différents niveaux d approche, génomique fonctionnelle, adaptation des plantes à l environnement, écophysiologie, interactions aves les microorganismes, biotechnologies des plantes tropicales. la microbiologie fonctionnelle et l écologie microbienne: l étude des interactions des microorganismes avec leurs hôtes (homme, animaux, plantes), le contrôle et la gestion des maladies transmissibles, émergentes ou non, d origine environnementale, alimentaire, vectorielle, animale, végétale ; la place et le rôle des microorganismes dans les environnements naturels et anthropisés PLUS D'INFOS Crédits ECTS : 120 Nature de la formation : Parcours LABORATOIRE(S) PARTENAIRE(S) ETABLISSEMENT(S) PARTENAIRE(S) la bioingénierie alimentaire et de l environnement : les biotechnologies au service de la traçabilité des organismes et des produits, de la sécurité et la qualité alimentaire, de la lutte contre les fraudes, le génie des procédés au service de l entreprise et de sa compétitivité. Cette nouvelle Mention de Master a l ambition tout d abord de former des biologistes et des technologues capables de comprendre le fonctionnement des organismes et de maîtriser les outils d analyse du vivant de l échelle cellulaire, voire subcellulaire, à celle de l organisme entier et de ses interactions Page 1 / 9

2 avec l environnement abiotique et biotique. Ces biologistes seront également capables, aux interfaces de la Recherche et du Développement, d acquérir soit les compétences pour devenir un chercheur de haut niveau soit celles d un Masteringénieur pouvant s adapter rapidement au monde industriel. Ce parcours est particulièrement original et unique dans l'offre régionale et nationale en offrant aux étudiants une formation théorique et par la recherche en microbiologie dans tous les aspects depuis les mécanismes génétiques et cellulaires, l'évolution, l'écologie (interactions et écosystèmes).[...] Cette spécialité rassemble toutes les forces en enseignement et en recherche de ce domaine sur Montpellier en intégrant aussi des sites plus modestes comme Narbonne et Avignon, justifiant une cohabilitation UM 2, UM 1 et Montpellier SupAgro. SES OBJECTIFS Comprendre le fonctionnement et le rôle des microorganismes (définis comme les organismes essentiellement unicellulaires procaryotes et eucaryotes ainsi que les champignons et les virus) dans une approche intégrée comprenant les aspects cellulaires et moléculaires, les populations et communautés, les interactions avec les autres organismes, le rôle dans les écosystèmes et l'évolution. Comprendre les facteurs environnementaux qui expliquent la dynamique et l'émergence de ces microorganismes en tant que pathogènes de l'homme, des animaux et des plantes. Compétences acquises (scientifiques, professionnelles, méthodologiques...) a. Connaissance des grandes questions actuelles en microbiologie environnementale et leurs enjeux, b. Etre spécialisé dans les domaines des interactions microbiennes mutualistes ou pathogènes, du fonctionnement microbien dans les systèmes terrestres et aquatiques..., Page 2 / 9

3 c. Maîtrise des approches méthodologiques et conceptuelles utilisées en écologie microbienne, d. Etre sensibilisé aux applications potentielles des microorganismes, à leurs intérêts et à leurs maîtrises dans les secteurs de l'environnement, de l'agronomie et de la santé publique, e. Initiation à la recherche et à sa démarche, savoir utiliser les ressources bibliographiques, rédiger un rapport scientifique, et avoir acquis des méthodes pédagogiques de la communication écrite et orale. Débouchés La microbiologie représente des thématiques prioritaires reconnues sur le plan national et international. Aussi, le parcours Systèmes Microbiens assure des débouchés dans les grands organismes de recherche (Université, CNRS, INSERM, INRA, IRD, IFREMER, Institut Pasteur, Muséum d'histoire Naturelle), l'industrie, les sociétés de biotechnologies, les cabinets d'expertise et les services publics ministériels et territoriaux pour l'aide à la décision. Recrutement Public Cible étudiants de licence, mais également élèves ingénieurs, médecins, vétérinaires, ou d'écoles dentaires Formations : Etudiants et professionnels de formation scientifique, médicale, pharmaceutique, vétérinaire, en rapport avec la microbiologie. Bassin de recrutement : Les étudiants au niveau local peuvent venir de l'université Montpellier II, l'université Montpellier I et du Centre International d'etudes Supérieures en Sciences Agronomiques. Au plan régional, ils peuvent venir de l'epa universitaire de Nîmes ou de l'université de Perpignan. Au plan national, cette formation est ouverte aux étudiants souhaitant se spécialiser en microbiologie provenant des différentes universités et écoles. Au plan international, la formation est ouverte aux étudiants suivant des cursus européens et aux Page 3 / 9

4 étudiants des autres pays notamment les pays du Sud grâce à l'action menée par Agropolis international. Une UE est mise en place dans chacune des années M1 et M2 pour aider les étudiants à définir leurs projets d'étude et professionnel et à les accompagner dans son élaboration et sa finalisation (Thèse, emploi). thèse dans un organisme public, thèse sous contrat Cifre, thèse en co tutelle, thèse industrielle dans le cadre de crédits impôts recherche Les orientations professionnelles incluent De former à la recherche de futurs chercheurs et enseignantschercheurs en microbiologie dans différentes thématiques (microbiologie des eaux ou des sols, écologie et évolution microbienne, santés publique, animale et végétale,...). L'originalité de cette formation repose sur une démarche interdisciplinaire de l'étude des systèmes microbiens. Cette formation de haut niveau peut conduire à préparer une Thèse de doctorat permettant d'intégrer la vie active soit dans le secteur privé soit dans les Universités et les organismes de recherche. De former des cadres supérieurs des entreprises (développement industriel ou biotechnologique) ou des administrations nationales et territoriales exerçant dans le domaine de la prévention sanitaire et de l'expertise (homme, animal, végétal), de l'agronomie, de la biodégradation des xénobiotiques et de la bioremédiation des écosystèmes, de l'aménagement et de la protection de l'environnement, des biotechnologies. Cette spécialité doit permettre de compléter la formation d'étudiants Ingénieurs, ou de permettre à des étudiants titulaires du Master Sciences pour l'environnement spécialité BIMP de postuler à des Ecoles d'ingénieurs spécialisées (i.e. Ecole Nationale de Santé Publique,...). Savoir faire et compétences Après un parcours de formation sous statut élève ou étudiants En contrat d'apprentissage Page 4 / 9

5 En contrat de formation continue En contrat de professionnalisation En candidat libre En VAE Contenu de la formation La Mention BioPMBB se décline en 3 spécialités comprenant chacune 2 parcours. Spécialité Interactions Microorganismes, Hôtes et Environnements (IMHE) Parcours Microorganismes, Hôtes, Environnements (MHE) Parcours Valorisation de la Biodiversité Microbienne (VBM) Spécialité Biologie des Plantes (BP) Parcours Biologie Fonctionnelle des Plantes (BFP) Parcours Biotechnologies des Plantes Tropicales (BPT) Spécialité BioIngénieries Alimentaires et de l Environnement (INGALE) Parcours Diagnostic et Traçabilité des Environnements Chimiques et Biologiques (DTECBio) Parcours Sciences et Procédés de l Agroalimentaire et de l Environnement (SPAE) Chaque spécialité propose, dans le domaine qui la concerne, plusieurs «déclinaisons type» d UE, correspondant à des axes thématiques majeurs (équivalent des parcours types). Elles proposent également en concertation avec les étudiants concernés, des combinaisons personnalisées de ces axes, permettant de répondre à leurs objectifs professionnels personnels. Page 5 / 9

6 Organisation de la formation M1 Parcours Microorganismes, Hôtes, Environnements (MHE) S1 Parcours Microorganismes, Hôtes, Environnements (MHE) Profil 1 Anglais scientifique EmergenceRésistances et Adaptation Ecologie et Biotechnologie Microbiennes Aspects immunologiques et génétiques des interactions Hôtesmicroorganismes Microorganismes phytopathogènes Biostatistiques avancées Bases en Biostatistiques Microbiologie et Toxicologie pour la Sécurité des Aliments Phylogénie et évolution Bases moléculaires des maladies infectieuses 1 S1 Parcours Microorganismes, Hôtes, Environnements (MHE) Profil 2 Anglais scientifique Ecologie et Biotechnologie Microbiennes Biotechnologies et ingénieries métaboliques Microbiologie et Toxicologie pour la Sécurité des Aliments Phylogénie et évolution Biostatistiques avancées Bases en Biostatistiques EmergenceRésistances et Adaptation Microorganismes phytopathogènes S2 Parcours Microorganismes, Hôtes, Environnements (MHE) Profil 1 Page 6 / 9

7 Stage M1 MHE/VBM de 4 mois Ecologie microbienne moléculaire Bases moléculaires des maladies infectieuses 2 Génétique, Génomique évolutive Aspects immunologiques et génétiques des interactions Hôtesmicroorganismes S2 Parcours Microorganismes, Hôtes, Environnements (MHE) Profil 2 Stage M1 MHE/VBM de 4 mois Ecologie microbienne moléculaire Les pollutions dans les systèmes agroenvironnementaux et les zones urbaines Qualité des eaux et microbiologie Bioénergie M2 Parcours Microorganismes, Hôtes, Environnements (MHE) S3 Parcours Microorganismes, Hôtes, Environnements (MHE) Profil 1 Phylogénie approfondie : méthodes et applications en évolution Analyse critique et synthèse d articles scientifiques Rôles des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes Interactions des microorganismes avec l'homme, les animaux et les plantes Conférence scientifique d'intérêt général Biotechnologie Microbienne et Bioconversions Emergences de microorganismes et changements environnementaux Interactions et Signalisation Anglais scientifique BioPlantes FLE Stage FDS Gestion de projet Projet de thèse Page 7 / 9

8 Anglais (M2 S3) S3 Parcours Microorganismes, Hôtes, Environnements (MHE) Profil 2 Phylogénie approfondie : méthodes et applications en évolution Analyse critique et synthèse d articles scientifiques Rôles des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes Interactions des microorganismes avec l'homme, les animaux et les plantes Pathologie Bactérienne et Virale 2 Conférence scientifique d'intérêt général Anglais scientifique BioPlantes FLE Stage FDS Gestion de projet Projet de thèse Anglais (M2 S3) S4 Parcours Microorganismes, Hôtes, Environnements (MHE) Stage M2 MHE en laboratoire ou en entreprise en France ou à l'expatriation Poursuite d'études Objectifs (pédagogiques, scientifiques, professionnels) a. Les objectifs pédagogiques du parcours SM sont de prendre en compte les systèmes microbiens dans une démarche intégrative abordant aussi bien l'étude des microorganismes en tant que cellules, individus, populations et communautés que leurs interactions avec les autres organismes (homme, animal, plante) ou leurs rôles (biodiversité) dans le fonctionnement des écosystèmes. In fine, cet enseignement amène à une vision globale des microorganismes en relation avec les environnements naturels souvent anthropisés et "modernes" (hôpital, ville,...), et de leurs réactions face aux modifications de ces environnements, notamment dans le contexte des changements globaux. Page 8 / 9

9 b. Les objectifs scientifiques sont de permettre aux étudiants d'aborder les différentes problématiques de la recherche en microbiologie en ayant une vision intégrative des systèmes microbiens, des interactions entre les individus jusqu'à l'échelle globale de leur fonctionnement. d'acquérir une formation théorique et pratique (par la recherche) leur permettant d'intégrer la vie active ou de poursuivre dans une formation doctorale appropriée Composante Montpellier 2 Contact(s) AnneSophie GOSSELINGRENET JeanLuc Aymeric Tel Page 9 / 9

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