Tiré de Wilson, E.B The Cell in Development and Inheritance

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1 Tiré de Wilson, E.B The Cell in Development and Inheritance

2 COURS GENETIQUE CELLULAIRE ET MOLECULAIRE Année universitaire Directeurs du cours Dr Benoît ARCANGIOLI Institut Pasteur Pr Michelle DEBATISSE-BUTTIN Institut Curie Pr Thomas BOURGERON Institut Pasteur Chef de travaux Dr Sophie BACHELLIER-BASSI Institut Pasteur Pavillon Louis Martin (bâtiment 09) 28, rue du Dr Roux Paris Cedex 15 Conférences : RdC salle 1 Travaux pratiques : 1er étage INSTITUT CURIE Paris

3 Synopsis du cours de Génétique Cellulaire et Moléculaire (GCM) techniques et conceptuels de la recherche en génétique et épigénétique. Le cours de GCM se de Paris avec cinq demi- Curie à Paris. La plupart des cours sont en français, certains seront en anglais. eucaryotes ainsi que les mécanismes moléculaire point de vue somatique et germinal. Les mécanismes génétiques et épigénétiques et leurs influences dans le développement normal/anormal des cellules seront décrit génétique chez l que humaine. Les travaux pratiques trois approches expérimentales. s analyserons la vitesse de fourches de réplication par peignage moléculaire et la fragilité du locus FRA3B sur chromosomes métaphasiques coloriés par hybridation in situ (FISH) en présence et en absence (sirna) de la protéine de contrôle ATR (Western blot). Vous construirez, par recombinaison homologue, une série de souches de levure Saccharomyces cerevisiae qui expriment des protéines fusionnées à la GFP et à la mcherry. Vous suivrez notamment la fusion SMC4-GFP, une sous-unité du complexe condensine. La colocalisation de différentes protéines nucléaires vous permettra de préciser la localisation nucléaire de SMC4-GFP au cours du cycle cellulaire. Chez la levure Schizosaccharomyces pombe cdc25 et cdc10), vous synchroniserez une population de levure et suivrez la cinétique des différentes phases du cycle cellulaire par comptage des cellules, DO 600, observation au microscope du septum de division et du contenu en ADN par cytométrie de flux. Vous localiserez le site de fixation de la lysine spécifique déméthylase, Lsd1, au locus sexuel de S. pombe par une approche de chromatine immuno- et PCR quantitative. * * * * *

4 1ère Semaine TP : EXPRESSION DU SITE FRAGILE COMMUN FRA3B : ROLE DU CHECKPOINT ET DE LA VITESSE DE REPLICATION sous la direction de Michelle DEBATISSE-BUTTIN, Stéphane KOUNDRIOUKOFF,Irena DRASKOVIC, Guylène Catherine SCHURRA et Hervé WAXIN TP : ETUDE DE LA LOCALI U COMPLEXE CONDENSINE AU COURS DU CYCLE CELLULAIRE DE SACCHAROMYCES CEREVISIAE sous la direction de Sophie BACHELLIER- Lundi 3 novembre 9h00-9h30 Présentation du cours Benoît ARCANGIOLI et Sophie BACHELLIER-BASSI 9h30-10h00 Accueil des participants - Formalités administratives Secrétariat de la Scolarité 10h00-12h30 Accueil et présentation du Présentation des locaux et consignes de sécurité Film «Bonnes pratiques de laboratoire» 14h00-15h00 Présentation des Travaux pratiques SITE FRAGILE : Expression du site fragile commun FRA3B : rôle du checkpoint et de la vitesse de réplication Hervé WAXIN Sophie BACHELLIER-BASSI Michelle DEBATISSE-BUTTIN et Stephane KOUNDRIOUKOFF (UMR 3244, CNRS - INSTITUT CURIE - 75 PARIS) 15h00-18h00 Travaux pratiques SITE FRAGILE : Jour 1 : Culture cellulaire et transfection Mardi 4 novembre 9h00-12h00 Origines de réplication Olivier HYRIEN (E.N.S. - GENETIQUE MOLECULAIRE - 75 PARIS) 13h30-18h00 Travaux pratiques SITE FRAGILE : Jour 2 : Traitement aphidicoline, marquage de la réplication par incorporation Mercredi 5 novembre 9h00-18h00 Travaux pratiques SITE FRAGILE : Jour 3 : Coloration des blocs au YOYO et digestion des blocs Traitement nocodazol et préparation des cellules Préparation des extraits totaux, migration et transfert Jeudi 6 novembre 9h30-12h00 Télomères, vieillissement et cancer Vincent GELI Telomeres, aging and cancer (IGC - CNRS, 13 MARSEILLE) 13h00-18h00 Travaux pratiques SITE FRAGILE : Jour 4 : Ajout du MES et stockage Étalements métaphasiques Immunodétection et révélation du western blot

5 Vendredi 7 novembre 10h00-12h00 de la réplication dans les cellules des vertébrés 13h00-14h00 Présentation des Travaux Pratiques CONDENSINE : du complexe condensine au cours du cycle cellulaire de Saccharomyces cerevisiae Michelle DEBATISSE-BUTTIN (UMR3244, CNRS - INSTITUT CURIE - 75 PARIS) Sophie BACHELLIER-BASSI et Hervé WAXIN 14h00-18h00 Travaux Pratiques CONDENSINE: Jour 1 : PCR - Electrophorèse 18h00 Pot des étudiants * * * * * * * * *

6 2ème Semaine TP : ETUDE DE LA LOCALISA COMPLEXE CONDENSINE AU COURS DU CYCLE CELLULAIRE DE SACCHAROMYCES CEREVISIAE sous la direction de Sophie BACHELLIER-BASSI et Hervé WAXIN TP : ETUDE DU CYCLE CELLULAIRE CHEZ LA LEVURE SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE THERMOSENSIBLES sous la direction de Benoît ARCANGIOLI Catherine SCHURRA et Hervé WAXIN Lundi 10 novembre Pont - Jour chômé Mardi 11 novembre Armistice Jour férié Mercredi 12 novembre 9h00-9h30 Travaux Pratiques CONDENSINE: Jour 2 matin : Dilution des cultures 10h00-12h00 Non-coding RNAs in the epigenetic control of gene expression: lessons from the mammalian X chromosome 13h00-15h00 Cycle cellulaire... des nouveautés? Claire ROUGEULLE (UNIV. PARIS DIDEROT - 75 PARIS) Damien COUDREUSE (CNRS UMR RENNES) 15h00-18h00 Travaux Pratiques CONDENSINE: Jour 2 après-midi : Transformation Jeudi 13 novembre 9h00-9h30 Travaux pratiques CYCLE CELLULAIRE Jour 1 matin : Salle TP : Synchronisation des cellules 9h30-11h30 Présentation des Travaux pratiques : CYCLE CELLULAIRE Benoît ARCANGIOLI (salle cours) Catherine SCHURRA Claire DENIS et Hervé WAXIN 13h00-18h00 Travaux pratiques CYCLE CELLULAIRE Jour 1 après-midi : prélèvement des échantillons pour fixation/septation - Comptage Vendredi 14 novembre 9h00-18h00 Travaux pratiques CYCLE CELLULAIRE Jour 2 : Présentation des résultats Observation microscope - Passage des cellules au FACS Synthèse et discussion des résultats du TP Cycle cellulaire * * * * * * * *

7 3ème Semaine TP : ETUDE DE LA LOCALI U COMPLEXE CONDENSIN (suite) sous la direction de Sophie BACHELLIER-BASSI et Hervé WAXIN Lundi 17 novembre 9h00-12h30 Travaux Pratiques CONDENSINE: Jour 3 : Repiquage et PCR sur colonies Après-midi Amphithéâtre du Pôle de Biologie du Développement 11-13, rue Pierre et Marie Curie Paris 14h00-15h45 Mouse models to undertand the role of oncogenes in cancer 16h00-17h45 Mouse models to understand p53 regulation and functions Boris BARDOT (INSTITUT CURIE, 75 PARIS) Franck TOLEDO (INSTITUT CURIE, 75 PARIS) Mardi 18 novembre 9h00-9h30 Travaux Pratiques CONDENSINE: Jour 4 matin : Dilution des souches 9h30 12h00 Organisation du chromosome bactérien Frédéric BOCCARD (CGM CNRS, 91 GIF-SUR-YVETTE) 13h00-18h00 Travaux Pratiques CONDENSINE: Jour 4 après-midi : Formation microscope Mercredi 19 novembre 9h00-9h30 Travaux Pratiques CONDENSINE Jour 5 matin : Dilution des souches 9h30-12h00 Analysing chromosome properties of microorganisms Romain KOSZUL in space and time 13h00-18h00 Travaux Pratiques CONDENSINE: Jour 5 après-midi : Observation transformants Jeudi 20 novembre 9h00-9h30 Travaux Pratiques CONDENSINE Jour 6 matin : Dilution des souches 9h30-11h30 Imaging approaches for the study of cell biology and Jost ENNINGA infection (IINSTITUT PASTEUR, 75 PARIS) 13h00-18h00 Travaux Pratiques CONDENSINE Jour 6 après-midi : Observation transformants.../...

8 Vendredi 21 novembre 9h00-12h30 Travaux Pratiques CONDENSINE Présentation et synthèse des résultats Après-midi Amphithéâtre Antoine Lacassagner -Rossignol Paris 14h00-15h45 p53 reactivation therapy: from bench to bedside 16h00-17h45 Translational challenges in uveal melanoma Jean-Christophe MARINE (VIB LABORATORY FOR MOLECULAR CANCER BIOLOGY, BELGIQUE) Sergio ROMAN-ROMAN (HOPITAL SAINT-LOUIS, 75 PARIS) * * * * * * * *

9 4e Semaine TP : ETUDE PAR IMMUNOPRECIPITATION DE LA CHROMATINE DE LA PROTEINE Lsd1 (lysine spécifique déméthylase) AU LOCUS SEXUEL DE LA LEVURE S. POMBE sous la direction de Benoît ARCANGIOLI Catherine SCHURRA et Hervé WAXIN Lundi 24 novembre 9h00-12h30 Travaux pratiques CHROMATINE IP Jour 1 matin : Fixation PFA - Cassage - Sonication - Carification et IP 14h00-18h00 Travaux pratiques CHROMATINE IP Jour 1 après-midi : Lavage élution Réversion 65 C la nuit Mardi 25 novembre 9h00-9h30 Travaux pratiques CHROMATINE IP Jour 2 matin : Protéase K 9h30-11h30 Chromatine et régulation Selma EL MESSAOUDI-AUBERT transcriptionnelle 11h30-18h00 Travaux pratiques CHROMATINE IP Jour 2 après-midi : ProtK - Phenol - Precipitation PCR WCE - - PCR WCE Mercredi 26 novembre 9h00-15h00 Travaux pratiques CHROMATINE IP Jour 3 : PCR WCE - PCR IP - 15h00-17h00 Stem cells in development, homeostasis and regeneration Shahragim TAJBAKHSH (INSTITUT PASTEUR - 75 Paris) Jeudi 27 novembre 9h00-18h00 Travaux pratiques CHROMATINE IP Jour 4 : PCR IP - q-pcr1 - q-pcr2.../...

10 Vendredi 28 novembre Matinée Amphithéâtre Marie Curie 1, rue Pierre et Marie Curie Paris 9h00-10h30 Meiotic recombination : breaking the genome to save it! Bernard DE MASSY Molecular mechanism and implications (IGH, 34 MONTPELLIER) 10h45-12h15 Bases moléculaires de la programmation post-méiotique du génome mâle : applications dans la détection et le traitement des cancers Saadi KHOCHBIN (INSTITUT ALBERT BONNIOT, 38 GRENOBLE) Déjeuner de 12h15 à 13h30 Green Café, 12 rue Lhomond, Paris 14h00-18h00 Travaux pratiques CHROMATINE IP Jour 5 : Bilan et discussion TP ChIP * * * * * * * *

11 5e Semaine GENETIQUE HUMAINE sous la direction du Dr Thomas BOURGERON Lundi 1er décembre 9h30-12h00 Genetics of autism spectrum disorders Thomas BOURGERON 14h00-17h00 Genetics of Quantitative Traits Roberto José TORO OLMEDO Mardi 2 décembre 9h30-12h00 Human genome analysis Thomas BOURGERON Association vs. linkage 14h00-17h00 Human genome analysis Copy number variants Thomas BOURGERON Mercredi 3 décembre 9h30-12h00 Genetics of sex determination Anu BASHAMBOO Après-midi Déjeuner de 12h30 à 13h30 Chez Marie, 12 rue Lhomond, Paris Conférences Amphithéâtre Marie Curie 1, rue Pierre et Marie Curie Paris 14h00-16h00 PARPs and DNA repair: promising targets in cancer therapy Françoise DANTZER (IREBS, 67 STRASBOURG) 16h15-18h15 Genetic recombination / Choreography of the DNA damage response in budding yeast Rodney ROTHSTEIN (COLUMBIA UNIVERSITY - NEW YORK, USA) Jeudi 4 décembre 9h30-11h00 Population genetics and infectious Lluis QUINTANA-MURCI diseases 14h00-17h00 Human genome analysis Whole genome and exome sequence Thomas BOURGERON Vendredi 5 décembre 9h30-12h00 Architecture du génome : mise en place Serge ROMANA et conséquences physiopathologiques (HOPITAL NECKER - ENF. MALADES - 75 PARIS) 14h30-15h30 * * * * * * * *

12 Lundi 8 décembre 6e Semaine TP : EXPRESSION DU SITE FRAGILE COMMUN FRA3B : ROLE DU CHECKPOINT ET DE LA VITESSE DE REPLICATION sous la direction de Michelle DEBATISSE-BUTTIN, Stéphane KOUNDRIOUKOFF, Catherine SCHURRA et Hervé WAXIN 9h00-18h00 Travaux pratiques SITE FRAGILE Jour 5 : Peignage Hybridation BACS Mardi 9 décembre 9h00-18h00 Travaux Pratiques SITE FRAGILE Jour 6 : Immunodétection Mercredi 10 décembre 8h00-11h30 Travaux Pratiques SITE FRAGILE Jour 7 : Observations des lames Analyse personnelle des résultats Après-midi Déjeuner de 12h30 à 13h30 Chez Marie, 12 rue Lhomond, Paris Conférences Amphithéâtre Marie Curie 1, rue Pierre et Marie Curie Paris 14h00-16h00 16h15-18h15 Les ADN polymérases dans le programme de réplication du génome humain Vincent PAGES (INSTITUT PAOLI-CALMETTES - 13 MARSEILLE) Jean-Sébastien HOFFMANN (CRCT, UNIV. TOULOUSE - 31 TOULOUSE) Jeudi 11 décembre 9h00-18h00 Travaux Pratiques SITE FRAGILE Jour 8 ORAL Etudiants Stéphane KOUNDRIOUKOFF Irena DRASKOVIC Sophie BACHELLIER-BASSI et Benoît ARCANGIOLI Vendredi 12 décembre 9h00-13h00 Travaux Pratiques SITE FRAGILE Jour 9 : Observations des lames Analyse personnelle des résultats 14h00-17h00 Analyse statistique des résultats de laboratoire (1ère partie) Gaël MILLOT (INSTITUT CURIE - 75 PARIS) * * * * * * * *

13 7e Semaine TP : EXPRESSION DU SITE FRAGILE COMMUN FRA3B : ROLE DU CHECKPOINT ET DE LA VITESSE DE REPLICATION sous la direction de Michelle DEBATISSE-BUTTIN, Stéphane KOUNDRIOUKOFF, Catherine SCHURRA et Hervé WAXIN Lundi 15 décembre 9h00-12h00 Analyse statistique des résultats de laboratoire (2ème partie) Gaël MILLOT (INSTITUT CURIE - 75 PARIS) 14h00-17h00 Travaux Pratiques SITE FRAGILE Jour 10 : Synthèse des résultats Mardi 16 décembre Temps libre Mercredi 17 décembre 9h00-12h00 Examen écrit : - un rapport de Travaux Pratiques, noté sur 20 - un examen écrit, noté sur 20 12h30 Déjeuner de clôture -