Ecole Doctorale BIOLOGIE SANTE de LILLE (ED 446) Allocations de recherche proposées à la mobilité

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1 Ecole Doctorale BIOLOGIE SANTE de LILLE (ED 446) Allocations de recherche proposées à la mobilité L'Ecole Doctorale Biologie Santé de Lille propose, pour la rentrée , quatre allocations de recherche à des étudiants extérieurs à l'ecole Doctorale Biologie-Santé Les candidats sont invités à prendre contact avec le responsable du thème choisi Thèmes proposés à la mobilité : Thème n 1 : (détails en Annexe 1) "Approches holistiques des modifications post-traductionnelles des complexes protéiques impliqués dans la signalisation cellulaire normale et pathologique en relation avec la transformation tumorale et la neurodégénérescence. " Le projet vise en particulier à identifier et quantifier au niveau moléculaire la dynamique de l alternance O-phosphorylation et de O-NAcétyl glucosaminylation au travers de développements technologiques basés sur la spectrométrie de masse. IFR 118 : "Protéomique, modifications post-traductionnelles et glycobiologie" UMR CNRS 8576 "Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle" (Pr Jean-Claude MICHALSKI) Prendre contact avec Jérôme LEMOINE, Professeur courriel : Tél : +33 (0) Thème n 2 : (détails en Annexe 2) " Etude dynamique des interactions entre facteurs de transcription et leurs partenaires impliqués dans l'organisation de la chromatine par microscopie de fluorescence, confocale et bi-photonique à n-dimensions dans des cellules vivantes" IFR 3 CNRS : "Institut de Biologie de Lille (IBL)" UMR 8117 : "Régulation transcriptionnelle au cours de la tumorigenèse mammaire" (Dr Yvan DE LAUNOIT) Prendre contact avec Bernard VANDENBUNDER, DR CNRS courriel : Tel : +33 (0) Fax : +33 (0) ( ) - 1 -

2 Thème n 3 : (détails en Annexe 3) "Rôle des Toll-like récepteurs et des récepteurs lectiniques dans la réponse immune" IFR 17 : "Infections et Inflammation : Pathogenèse et Prévention" INSERM UMR 547 : "Schistosomiase, paludisme et inflammation" (Pr Monique CAPRON) Prendre contact avec François TROTTEIN, CR CNRS courriel : Tél : +33 (0) Thème n 4 : (détails en Annexe 4) "Recellularisation de matrices extracellulaires vasculaires par des cellules souches médullaires : approche expérimentale. " IFR 114 : "Institut de Médecine Prédictive et Recherche Thérapeutique (IMPRT)" EA 2693 : "Laboratoire de Recherche en Hémostase et Pathologie Vasculaire" (Pr Brigitte JUDE) Prendre contact avec Brigitte JUDE, Professeur courriel : Tél : +33 (0) Le détail de ces 4 offres est annexé à la fin de ce document ( ) - 2 -

3 Sélection des candidats : Les candidats devront faire parvenir à l'ecole Doctorale impérativement avant le 22 août 2003 par courrier postal à : Ecole Doctorale Biologie Santé de Lille Faculté de Médecine - Pôle Recherche LILLE cedex Tout dossier incomplet ou non parvenu à l'ed le 22 aout à 18h00 ne pourra être retenu un Curriculum Vitae sur lequel figureront adresse électronique et numéro de téléphone où ils seront joignables, une lettre de motivation, en développant en quoi leur formation pourra apporter des avancées sur le sujet choisi, le relevé de leurs notes et classement final au DEA, 3 exemplaires de leur mémoire de DEA, 18 exemplaires du projet de recherche (5 pages maximum) qu'ils présenteront devant le jury de l'ecole Doctorale, l'avis de leur tuteur de DEA et d'un autre chercheur ou enseignant-chercheur du DEA. Les demandeurs d'allocation sont admis à concourir à condition : qu'ils aient été reçus à la première session des épreuves écrites de leur DEA d'origine, qu'ils aient obtenu la mention BIEN. Les candidats seront sélectionnés par le jury doctoral et interclassés avec les candidats venant du DEA rattaché à l'ed, demandeurs d'une allocation MSU. Organisation du concours : Les candidats retenus seront auditionnés par le jury de l'ed, les 8 et 9 septembre 2003 à partir de 9h00. Une convocation individuelle sera adressée à chaque candidat retenu. Chaque candidat présentera son projet de recherche en 10 minutes. La présentation sera suivie d'une discussion de 10 minutes. Les critères d'appréciation du projet de recherche par les membres du jury porteront principalement sur : la présentation écrite, la présentation orale, l'originalité du projet et sa faisabilité, les réponses aux questions. ( ) - 3 -

4 ANNEXE 1 "Approches holistiques des modifications post-traductionnelles des complexes protéiques impliqués dans la signalisation cellulaire normale et pathologique en relation avec la transformation tumorale et la neurodégénérescence. " Accéder de manière exhaustive aux modifications post-traductionnelles des protéines apparaît comme indispensable à l établissement des corrélations entre phénotype et protéome dans le cadre de pathologies telles que le cancer. En effet, ces modifications covalentes, telle la phosphorylation, jouent un rôle crucial dans la modulation des activités catalytiques des protéines, leur conformation, ou dans la construction des édifices supramoléculaires. Récemment, il a été démontré qu une glycosylation cytosolique simple, la O-N-acétyl glucosaminylation (O-GlcNAc) des résidus de sérine et thréonine, était impliquée de manière similaire dans ces mécanismes avec des rôles antagonistes à ceux de la phosphorylation. De surcroît, cette glycosylation apparaît comme un phénomène dynamique. Certaines protéines (cmyc, RNApol II, glycogène synthétase) peuvent alternativement être phosphorylées ou N-acétyl glucosaminylées ; éventuellement sur des résidus identiques. Il s agit là d un nouveau concept de point de contrôle se surajoutant aux mécanismes phospho/déphospho. Ce projet vise donc à développer une méthode de détection et de quantification de ces motifs O-GlcNAc par une stratégie innovante basée sur un codage isotopique. A cette fin, une sonde de type nucléotide sucre, l UDP-Gal, modifiée par incorporation d isotopes stables (deutérium) sera transférée par la galactosyl β1-4 transférase sur le motif GlcNac. Ce transfert de galactose permettra de réaliser une quantification basée sur la mesure du rapport isotopique H/D et facilitera la purification des peptides ainsi étiquetés sur colonne de lectine immobilisée. Les protéines et les sites porteurs de ces motifs seront simultanément identifiés par le biais d une analyse de séquence obtenue par spectrométrie de masse en tandem. Outre l intérêt d évaluer l étendue de la représentation de cette modification post-traductionnelle au niveau de l ensemble des protéines intracellulaires, deux objectifs sont plus particulièrement poursuivis du point de vue de la biologie des cellules cancéreuses mammaires. Il s agit : - de réaliser une étude différentielle de la représentation des motifs O-GlcNAc entre différentes lignées de cellules mammaires normales et cancéreuses (NBEC versus MCF7-MDA) ; - d évaluer la dynamique phosphorylation/o-glcnac dans les mécanismes de transduction de signaux de facteurs mitogènes. Ce projet s appuie sur les compétences de L UMR 8576 du CNRS " Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle", sur le Centre Commun de Mesure de Spectrométrie de Masse de l Université des Sciences et Technologies de Lille (instruments disponibles : MALDI TOF, QStar pulsar, Trappe d ions LCQ Deca, couplage nanolc ), dans le cadre de l IFR 118 " Protéomique, Modifications Post- Traductionnelles et Glycobiologie)". Prendre contact avec Jérôme LEMOINE, Professeur courriel : Tél : +33 (0) ( ) - 4 -

5 ANNEXE 2 "Etude dynamique des interactions entre facteurs de transcription et leurs partenaires impliqués dans l'organisation de la chromatine par microscopie de fluorescence, confocale et bi-photonique à n-dimensions dans des cellules vivantes." IFR 3 CNRS : "Institut de Biologie de Lille (IBL)" UMR 8117 : "Régulation transcriptionnelle au cours de la tumorigenèse mammaire" (Dr Yvan DE LAUNOIT) L étude de l organisation fonctionnelle du noyau nécessite le développement de stratégies d investigation permettant suivre dans des cellules vivantes au cours du temps les dynamiques et interactions entre molécules d intérêts telles que les facteurs de transcription, récepteurs nucléaire, protéines de la matrice nucléaire... Ces molécules sont assemblées dans des complexes contenant plusieurs dizaines de protéines différentes. Certains de ces complexes ont une activité de remodelage de la chromatine qui apparaît comme une étape clef en amont dans la chaîne des mécanismes régulant la transcription. L objectif de cette thèse est double. Sur le plan instrumental : développer des stratégies d étude par microscopie quantitative des interactions entre protéines dans le noyau. Sur le plan biologique : étudier l interaction entre les acteurs des complexes de remodelage de la chromatine et de la transcription (HATs, HDACs et facteurs de transcription). Outre la localisation des interactions et le suivi de celle-ci dans des systèmes activables, nous chercherons à mesurer les fluctuations du ratio local et moyen de protéines en interaction. Le programme de recherches comprend un volet instrumental et un volet biologique. Les interactions entre RxR/RaR/Drip205, Fos/Jun/Erg1, HIC1 et CtBP sont étudiées respectivement dans les équipes de Philippe Lefebvre (IFR114, Lille2), Martine Duterque et Dominique Leprince (UMR 8526, Campus Calmette). Selon la facilité d obtenir des protéines chimères fonctionnelles avec la CFP ou YPP, l une ou l autre de ces interactions servira de référence pour la mise au point des instruments de mesure et des outils d analyse. La partie «instrumentation» sera réalisée sous la direction de Laurent Héliot (ICF, Institut de Biologie de Lille/Institut Pasteur de Lille), en relation avec le laboratoire du LASIR (Lille1) et les équipes du GDR 2588 «Microscopie Fonctionnelle du Vivant». Le travail de thèse se déroulera en trois temps. 1 ) mettre au point, caractériser et optimiser le système d acquisition basé sur un microscope CLSM-multiphotonique associant mesure spectrale et de demie-vie de fluorescence, en cours de développement dans le laboratoire. 2 ) mettre en place les outils de traitement et d analyse des signaux. 3 ) valider les résultats obtenus par des méthodes biochimiques et de biologie cellulaire. Prendre contact avec Bernard VANDENBUNDER, DR CNRS courriel : Tel : +33 (0) Fax : +33 (0) ( ) - 5 -

6 ANNEXE 3 " Rôle des Toll-like récepteurs et des récepteurs lectiniques dans la réponse immune. " IFR 17 : "Infections et Inflammation : Pathogenèse et Prévention" INSERM UMR 547 : "Schistosomiase, paludisme et inflammation" (Pr Monique CAPRON) Les cellules dendritiques jouent un rôle clé dans la reconnaissance des agents pathogènes et dans la délivrance de signaux au système immunitaire adaptatif. Cette reconnaissance s effectue suite à l activation de divers récepteurs appelés «Pattern Recognition Receptors» (PRRs) par des composants microbiens (Pathogen-Associated Molecular Patterns ou PAMPs). Un même pathogène peut activer différentes familles de PRRs dont les Toll-like récepteurs (TLRs) et les récepteurs lectiniques. Cependant, peu de choses sont connues sur les conséquences immunologiques des différentes voies d activation qu il déclenche au sein des cellules dendritiques. De même, si l essentiel des études se consacre aux pathogènes pro-inflammatoires, inducteurs de réponse de type 1, la nature des réponses immunes innées déclenchées par les cellules dendritiques en réponse aux agents infectieux pro-th2 n a pas été explorée. L induction des réponses Th2 est l une des caractéristiques des infections par les Helminthes, dont fait partie le schistosome. Chez Schistosoma mansoni, les glycoconjugués (N/O-glycans, glycolipides) du stade œuf (le stade responsable de la pathologie) jouent un rôle prépondérant dans l induction de la réponse Th2 mais les mécanismes impliqués dans cette polarisation sont inconnus. Utilisant une approche d analyse transcriptionnelle, nous avons étudié de façon cinétique l expression de plus de gènes chez la cellule dendritique en réponse au stade œuf du parasite. Cette approche a révélé que ce stade générait au sein de la cellule dendritique une signature particulière, caractérisée par l expression de gènes impliqués dans la réponse immune (molécules de co-stimulation, cytokines, chimiokines). Notre projet a pour objectifs (1) d identifier les PAMPs parasitaires responsables de cette signature, (2) d étudier les différents signaux d activation qu ils génèrent au sein de la cellule dendritique et (3) d analyser les conséquences de cette signature sur la réponse immune adaptative. Des méthodes biochimiques de fractionnement, couplées à des méthodes d analyses fonctionnelles, permettront de sélectionner les fractions d intérêt et, dans un deuxième temps, de purifier les principes actifs (combinaison de différentes méthodes de chromatographie). La recherche des PRRs sera effectuée par des techniques classiques de biologie moléculaire (système de transfection, sirna) et par utilisation de cellules dendritiques déficientes en PRRs. Enfin, l analyse in vivo des propriétés immuno-modulatrices des fractions d intérêt ou des principes actifs sera abordée chez la souris (étude du pouvoir adjuvant, impact sur la pathologie dans différents modèles dont un modèle d hyper-réactivité bronchique). Pris dans son ensemble, ce projet devrait nous permettre d identifier de nouveaux PAMPs impliqués dans l induction des réponses de type 2 et de mieux connaître les différentes composantes de la réponse immune innée lors de phénomènes infectieux et allergiques. Au delà des aspects fondamentaux de ce projet dans les domaines de l immunologie et de la parasitologie, les domaines d application de notre recherche, en cas de succès, sont nombreux comme par exemple l immunothérapie appliquée à certaines maladies infectieuses ou à l allergie. Ce projet s appuie sur les compétences des unités Inserm U547 «Schistosomiase, paludisme et inflammation» et U416 «Mécanismes Cellulaires et Moléculaires de la Réaction Inflammatoire» dans le cadre de l IFR 17 «Infections et Inflammation : Pathogénèse et Prévention», à l Institut Pasteur de Lille. Prendre contact avec François TROTTEIN, CR CNRS courriel : Tél : +33 (0) ( ) - 6 -

7 ANNEXE 4 "Recellularisation de matrices extracellulaires vasculaires par des cellules souches médullaires : approche expérimentale. " IFR 114 : "Institut de Médecine Prédictive et Recherche Thérapeutique (IMPRT)" EA 2693 : "Laboratoire de Recherche en Hémostase et Pathologie Vasculaire" (Pr Brigitte JUDE) En pathologie cardiaque valvulaire, les substituts actuellement disponibles pour réimplantation chirurgicale présentent tous des inconvénients majeurs : les prothèses biologiques (hétéro ou allo greffes) ont une durée de vie limitée et les prothèses mécaniques nécessitent un traitement anticoagulant à vie. La mise au point de prothèses biologiques autologues est un enjeu important. Il a été récemment démontré que des progéniteurs endothéliaux au sein des cellules souches hématopoïétiques peuvent participer à l'endothélialisation de prothèses vasculaires. L'objectif de notre projet est d'utiliser ces capacités pour coloniser par des cellules autologues une matrice extracellulaire hétérologue parfaitement décellularisée. Les deux étapes préliminaires sont : 1) définir les meilleures conditions de migration et de prolifération cellulaire dans un modèle original d'angiogénèse chez la souris, 2) optimiser le processus de décellularisation. Prendre contact avec Brigitte JUDE, Professeur courriel : Tél : +33 (0) ( ) - 7 -

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