Rapport du comité d'experts

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1 Section des Unités de recherche Rapport du comité d'experts Unité de recherche : Interactions Plantes Pathogènes (IPP) - UMR_A 217 de l'université Pierre et Marie Curie (Paris 6) février 2008

2 Section des Unités de recherche Rapport du comité d'experts Unité de recherche : Interactions Plantes Pathogènes (IPP) - UMR_A 217 Université Pierre et Marie Curie (Paris 6) février 2008

3 Rapport du comité d'experts L'unité de recherche : Nom de l'unité : Interactions Plantes Pathogènes (IPP) Label demandé : UMR_A N si renouvellement : 217 Nom du directeur : Mme Dominique Expert Université ou école principale : Université Pierre et Marie Curie (Paris 6) Autres établissements et organismes de rattachement : AgroParisTech INRA (département SPE) Date de la visite : 21 février

4 Membres du comité d'évaluation Président : M. BLANCHARD Alain, PU Bordeaux Experts : M. BARRAS Frédéric, PU Marseille M. GENIN Stéphane, DR CNRS Toulouse M. GUTIERREZ Claude, PU Toulouse M. REYMOND Philippe, Pr. Département de Biologie Moléculaire Végétale,Lausanne (CH) Mme ROBY Dominique, DR CNRS Toulouse Expert(s) représentant des comités d évaluation des personnels (CNU, CoNRS, CSS INSERM, représentant INRA, INRIA, IRD..) : M. KELLER Harald, DR INRA Sophia-Antipolis, au titre de la CSS INRA BIHASC M. TOURAINE Bruno, PU Montpellier, au titre du CNU 66 Observateurs Délégué scientifique de l'aeres : M. RANJEVA Raoul Représentant de l'université ou école, établissement principal : Mme GAILL Françoise, Université Paris 6 (absente excusée) Représentant(s) des organismes tutelles de l'unité : Mme LAUNAY Françoise, Déléguée à la Recherche, AgroParisTech M. BOUCHER Christian, chef de département adjoint SPE de l INRA M. DUEE Pierre-Henri, Président du Centre INRA de Versailles Grignon 3

5 Rapport du comité d'experts 1 Présentation succincte de l'unité Le laboratoire des interactions Plantes-Pathogènes est une unité de petite taille. Il sera constitué au 01/01/2009 de 21 titulaires permanents [1 DR CNRS et 4 CR INRA ; 7 MCF (5 de l UPMC, 1 AgroParisTech, 1 Paris XII) ; 9 ITA (1 AI, 1 T et 2 AJT INRA, 2 T et 1 AGT AgroParisTech, 2 T UPMC) correspondant à 8,6 ETP]. Parmi les chercheurs et enseignants-chercheurs, 5 sont titulaires de l HDR, 2 d entre eux encadrant ou ayant encadré des thèses sur la période évaluée ; aucun enseignant-chercheur ne bénéficie de la PEDR. Durant cette même période, trois thèses (2 MRES et 1 INRA) ont été soutenues ; un docteur a été recruté comme MCF, le second comme ATER, le troisième est en stage post-doctoral en France. Actuellement 2 thèses sont en préparation. Nombre de publiants : 11 sur 12 EC/C. 2 Déroulement de l'évaluation L'évaluation a été réalisée sur les bases du rapport scientifique préparé et fourni par l UMR 217, et d une visite sur le site qui s'est déroulée le 21 février 2008 dans les locaux de AgroParisTech (Paris, 5ème). Le rapport écrit était dans l'ensemble bien rédigé. Le comité aurait souhaité avoir une vision plus claire des coopérations inter-équipes. L'ensemble du personnel a été convié à assister aux présentations préparées par la directrice de l'umr et par les responsables d'équipe. Après la présentation des travaux de chacune des quatre équipes, le comité a animé une discussion ouverte avec l'ensemble du personnel pour évoquer différents points concernant la vie dans le laboratoire et les perspectives d'évolution de cette unité. Après une rencontre avec les tutelles, le comité a travaillé à huis clos à la préparation de son appréciation. Enfin, le comité a restitué oralement les grandes lignes de son appréciation. Le comité a apprécié l'excellent accueil qui lui a été réservé et tient à remercier l'ensemble du personnel et AgroParisTech pour avoir trouvé des conditions favorables au travail du comité de visite. 3 Analyse globale de l unité, de son évolution et de son positionnement local, régional et européen Le comité de visite a noté une forte solidarité dans l'umr et une dynamique collective grâce à l impulsion de la directrice de l'umr. Ce dynamisme s est traduit notamment en 2007 par l'obtention de financements de l'anr: un projet jeune chercheur et un autre projet pour lequel l une des équipes de l'umr est partenaire; un troisième projet en partenariat serait en cours d'arbitrage (liste complémentaire). Le comité de visite a apprécié que l'umr ait réussi, au cours du plan quadriennal, à relever le défi de mettre en œuvre des projets qui s'intéressent au partenaire plante et que l'interface entre pathogène et plante soit étudiée. Le comité a également apprécié l effort de focalisation sur un petit nombre de systèmes biologiques et l utilisation de l espèce végétale modèle Arabidopsis thaliana, permettant une avancée rapide sur les mécanismes de réponse de la plante aux interactions étudiées et favorisant les collaborations avec d autres équipes. D'une manière générale, la production scientifique est de bon niveau dans de bonnes revues internationales; le comité encourage l'unité d'une part à maintenir cette exigence de publier dans des revues de bon impact et d'autre part à rechercher une plus grande production scientifique. Le comité remarque par ailleurs qu'il existe une hétérogénéité du niveau de production entre les équipes. 4

6 Le comité a pris acte dans les discussions avec le personnel de l environnement local qui n'est pas toujours favorable à la conduite d'une recherche de haut niveau. Ont été évoqués notamment l'isolement et des difficultés matérielles qui seront exposés dans ce rapport. Bien que situé sur le campus de la Montagne Ste Geneviève, l UMR 217 souffre d un isolement pénalisant Une des conséquences est un certain manque d émulation entre les jeunes séniors, bien que, et c est tout au crédit des chercheurs de l unité, ils aient su combattre activement l isolement scientifique grâce aux nombreux projets collaboratifs. En revanche, l absence d un environnement de recherche plus large conduit à des situations inacceptables dans la vie quotidienne (lenteur des dépannages, absence de gros matériel, ) et incompatible avec une recherche de haut niveau. L'UMR 217 est fortement impliquée dans l'enseignement en accord avec la proportion importante d'enseignantschercheurs dans l'unité. Les enseignants chercheurs participent aux formations en licence et en master essentiellement à l'upmc, mais aussi à Paris 7 et à AgroParisTech (1 EC de cet établisssement dans l'unité). Les EC assurent le pilotage d'unités d'enseignement et participent à des conseils d UFR de l UPMC et des conseils d AgroParisTech et à des commissions de spécialistes, mais aucun n'a la responsabilité d'une spécialité ou d'un parcours au niveau licence comme au niveau master. L'UMR est rattachée à l'école doctorale (ED 145) "Sciences du Végétal" de l'université Paris XI. Le comité s'est interrogé sur la pertinence de ce choix alors que presque tous les enseignants chercheurs sont rattachés à l'université Pierre et Marie Curie (Paris 6). Les bonnes relations entretenues avec l'ed de Paris XI sont une des raisons qui justifie ce choix. La directrice d'umr a reconnu cependant que la mono-appartenance à cette ED rend difficile d'attirer des étudiants avec une solide formation en microbiologie. L'UMR bénéficie d'une très bonne reconnaissance internationale en ce qui concerne les études concernant l'acquisition du fer par la bactérie E. chrysanthemi. En ce qui concerne la thématique "feu bactérien", l'umr maintient une position originale en utilisant la plante modèle Arabidopsis thaliana. Un bon équilibre a été trouvé avec l'umr Pavé d'angers dont les activités de recherche se situent plus en aval avec l'utilisation du pommier, plante hôte du pathogène. Des collaborations existent entre ces deux équipes, il convient de les maintenir pour assurer une nécessaire coordination entre les programmes. Le comité a noté que les équipes ont su trouver des collaborations en Europe avec de très bons laboratoires. Il faut maintenant faire évoluer ces collaborations pour se placer dans la compétition pour obtenir des projets financés au niveau européen. 4 Analyse équipe par équipe et par projet Equipe «Interactions Erwinia amylovora-plantes» L équipe s intéresse à l interaction Erwinia amylovora plantes, avec un éclairage plus particulier au cours des dernières années, sur le pouvoir pathogène de la bactérie, et trois protéines transitant par le système de sécrétion de type III, HrpN, HrpW et DspA. Il a été montré d une part, sur la base de modifications d activité de canaux ioniques, que HrpN et HrpW étaient antagonistes, et d autre part, que DspA était un effecteur essentiel de l interaction, le mutant correspondant étant non pathogène. L équipe propose maintenant, suite à la mise en place de l interaction sur le modèle Arabidopsis, et suite au développement d analyses transcriptomiques sur cette interaction, de recentrer l ensemble de ses recherches sur l étude de l effecteur DspA. Le niveau de publication au cours des 4 dernières années est globalement bon, une large part des publications ayant été réalisée en collaboration avec des équipes apportant des compétences complémentaires. Sur un total de 6 articles, les 4 réalisées sur la thématique de l équipe ont été publiés dans des revues du premier (2) décile et du premier quartile (1) des sciences végétales et de la biologie cellulaire (1). Le projet proposé sur l étude de DspA, est extrêmement bien décrit dans le rapport écrit, et implique (i) la recherche des cibles de l effecteur par analyse du transcriptome et analyse fonctionnelle de quelques gènes candidats, (ii) la mise en place d un crible suppresseur chez la levure, et chez Arabidopsis (recherche de mutants qui survivent à l induction de DspA), et (iii) une étude structure/fonction de DspA. 5

7 Les approches choisies ont paru pertinentes au comité, et devraient conduire à des résultats de tout premier ordre. Ces approches reposent en outre sur les travaux antérieurs (sur plusieurs années) de l équipe, et devraient permettre à l équipe d opérer maintenant une réelle percée scientifique. Dans cet objectif, les données transcriptomiques étant abondantes, et les gènes candidats nombreux, le comité invite l équipe à faire une analyse approfondie de ces données en regard de celles déjà accumulées au niveau international. Le comité invite aussi l'équipe à bien définir ses priorités et concentrer ses efforts dans un contexte de forte compétition, afin d augmenter son efficacité sur les approches lourdes (analyse fonctionnelle de gènes candidats, cribles génétiques) qui ont été choisies. Il s agit maintenant d aller au plus vite à la définition de quelques cibles sur lesquelles pourra ensuite être développé un projet novateur sur l effecteur DspA. Le comité fait confiance à l équipe pour mener un tel challenge, et tient à la féliciter pour son dynamisme. Equipe «Métabolisme du fer au cours du processus infectieux sur Arabidopsis» Le comité souligne la très bonne reconnaissance internationale dont l'équipe bénéficie sur le sujet. Le grand mérite de l'équipe est d'avoir reconnu le fer comme un enjeu important dans les interactions entre la bactérie et la plante. Historiquement, cette équipe a tout d'abord étudié le côté bactérien de la compétition pour l'assimilation du fer au cours de l'infection. Depuis quelques années, elle s'intéresse aussi au partenaire plante dans cette compétition, une orientation que le comité approuve. Le niveau de publication au cours des 4 dernières années est bon sur un plan quantitatif, avec une exigence de publier au moins une partie des travaux dans des journaux de très bon niveau, avec valorisation des résultats obtenus par les des deux étudiants en thèse encadrés dans l équipe, et la reconnaissance de l équipe s est également traduite par de nombreuses communications dans des congrès nationaux et internationaux. Sur un total de 7 articles, on en dénombre 6 sur la thématique de l équipe dont 4 dans des revues du premier décile des sciences végétales (3) et le premier quartile de la microbiologie (1). L article réalisé en collaboration est paru dans l une des toutes meilleures revue de chimie. Du côté bactérien, l'équipe a décrit un ensemble de voies conduisant à la synthèse de transporteurs du fer, de protéines de captation et de stockage du fer, et des sidérophores chrysobactine et achromobactine. Tous ces éléments ont une production régulée en fonction de signaux perçus par la bactérie. Parmi ces signaux, la carence en fer régule également l'expression de facteurs de virulence telles les pectate lyases. Récemment, l'équipe s'est attachée à préciser les gènes impliqués dans l'homéostasie du fer chez la bactérie (collaboration avec un groupe allemand, apportant une technologie essentielle pour le dosage du fer). Du côté de la plante, l'équipe a montré d'une part qu'il y a une redistribution locale et systémique de la distribution du fer au cours de l'infection. D'autre part, le sidérophore chrysobactine active des voies de défense de la plante, en particulier la voie SA, et mime une carence en fer, ce qui se traduit au niveau des racines par l'expression de gènes (FRO2 et IRT1) impliqués dans une acquisition accrue de fer en réponse à cette carence. De plus, des plantes affectées dans les gènes AtNramp3 et AtNramp4, qui codent pour des protéines du tonoplaste impliquées dans la remobilisation du fer vacuolaire, sont plus sensibles à une infection à E. chrysantemi que les plantes sauvages. L équipe a su avancer rapidement sur la mise en évidence des modifications du métabolisme du fer chez la plante en réponse à la bactérie E. chrysantemi et aux sidérophores bactériens, en particulier grâce à une collaboration fructueuse avec une équipe leader dans le domaine (UMR5004, Montpellier). De nombreuses perspectives découlent du travail réalisé, et il faudra veiller à choisir une stratégie qui évite la dispersion. L équipe devra rapidement rechercher la nature du signal de carence en fer circulant des feuilles vers les racines, sujet original et complémentaire des travaux réalisés par les équipes travaillant sur la nutrition ferrique dans un contexte indemne d interaction bactérienne. Les approches utilisant les méthodes à haut débit ne seront mises en œuvre qu'après une réflexion approfondie sur les questions posées et sur les moyens d'exploiter efficacement les données en relation avec les travaux de transcriptomique conduits dans l équipe 1. Les choix à faire concerneront aussi la partie de l'équipe s'interessant au partenaire bactérien et devront veiller à une meilleure coordination entre les deux approches (côté bactérie vs côté plante). Il s agit maintenant d exploiter les hypothèses nouvelles ayant émergées des travaux de l équipe aux cours des 4 dernières années pour décrypter les mécanismes par lesquels la bactérie altère la nutrition ferrique de la plante et en quoi ces mécanismes sont à relier aux systèmes de défense de la plante. Les connaissances et les outils acquis permettent de développer un projet novateur appuyé par une grande cohérence entre les questions posées sur le partenaire bactérien et sur le partenaire plante. Le comité tient à féliciter l équipe pour cette bonne coordination entre les deux volets de son activité et lui fait confiance pour poursuivre un projet original. 6

8 Equipe «Régulation du pouvoir pathogène d'erwinia chrysanthemi et mécanismes de signalisation dans l'interaction avec Arabidopsis thaliana» La thématique générale de l'équipe est l'étude du processus infectieux de la bactérie pathogène Erwinia chrysanthemi sur Arabidopsis thaliana et les voies de signalisation qui contrôlent les réponses de la plante. L équipe developpe ainsi ses recherches en parallèle autour des questions concernant les deux partenaires de l interaction. Coté bactérien, l équipe étudie le réseau de régulateurs bactériens dont l'expression coordonnée est nécessaire à la transition entre une phase de multiplication asymptomatique dans la plante et une phase de croissance accélérée qui s'illustre par des symptomes de macération des tissus et par une propagation dans les feuilles infectées. L'équipe a, par exemple, mis en évidence le rôle du régulateur GacA qui active l'expression de gènes codant pour des enzymes de dégradation de la paroi végétale. D'autres facteurs bactériens impliqués dans la virulence sont également analysés et indiquent que le processus décisionnel de multiplication symptomatique est soumis à une régulation complexe. Il serait particulièrement intéressant de continuer les recherches dans cet axe et de s'interroger sur les facteurs végétaux qui pourraient interagir et potentiellement moduler le pouvoir de croissance d'e. chrysanthemi. Des analyses de variation naturelle entre écotypes d'arabidopsis ou un screening génétique classique pourraient apporter un éclairage certain à cette question. De plus, une analyse du rôle exact du quorum sensing dans la multiplication symptomatique d'e. chrysanthemi pourrait être placée dans un contexte naturel de plantes soumises à des conditions environnementales variables. Concernant ce projet, le comité se félicite de voir redémarrer la production scientifique sur la fin du contrat quadriennal et apprécie la dynamique autour du projet REGUPATH soutenu par l'anr. Sur un total de 7 articles, on en dénombre 2 sur la thématique de l équipe publiés dans le premier quartile de la microbiogie ; les articles réalisés en collaboration, 3 sont parus dans le premier décile des revues multidisciplinaires (1) ou des sciences végétales (2) ; 1 est paru dans une revue du premier quartile de microbiologie. Il trouve notamment que les collaborations choisies sont pertinentes. Par exemple, la perspective de modéliser la régulation des gènes bactériens impliqués dans le processus infectieux est un aspect tout à fait intéressant des collaborations établies. Côté plante, l équipe focalise ses recherches sur deux questions. La première concerne le rôle du gène BOS1 dans le mécanisme de signalisation en réponse à l infection chez Arabidopsis. Ce gène à été identifié par un groupe de chercheurs américains et code pour un facteur de transcription de type MYB. Lorsque ce gène est muté, les plantes d'arabidopsis sont plus susceptibles à l'infection par des champignons nécrotrophes (Botrytis cinerea, Alternaria brassicicola), par la bactérie Pseudomonas syringae et par l'oomycete Hyaloperonospora parasitica. Les mutants sont aussi plus sensibles aux stress abiotiques (sécheresse, salinité, stress oxydant). Il apparaît donc que BOS1 joue un rôle général dans la réponses aux stress, probablement au travers de la génération de molécules réactives de l'oxygène. L'équipe a montré que l'infection par E. chrysanthemi induit le gène BOS1 et que cette induction nécessite la présence des pectate lyases PelC ou PelB chez la bactérie. Le mutant bos1 présente une mort cellulaire accélérée et réduit la prolifération bactérienne. Une analyse transcriptomique de l'infection de plantes WT ou bos1 avec des bactéries WT ou pelbc est prévue pour identifier les cibles de BOS1. Le comité s'interroge sur la pertinence du choix de BOS1 comme sujet de recherche. Ce gène est un facteur relativement non spécifique qui contrôle la mort cellulaire végétale et ne représente qu'un élément d'un processus complexe, largement étudié par plusieurs équipes de renommée internationale qui travaillent sur le lien entre mort cellulaire programméee et pathogenèse. Rien dans le rapport n'explique pourquoi ce gène a été choisi en particulier et en quoi il constitue un sujet original à étudier dans le cadre de l'interaction E. chrysanthemi-arabidopsis. Un deuxième aspect étudié côté plante concerne le rôle de l'acide abscissique (ABA) lors de l'infection par E. chrysanthemi. L'équipe a montré que des plantes de tomates qui ont un niveau réduit d'aba présentent moins de symptomes après infection. De même, des mutants d'arabidopsis affectés dans les voies de synthèse de l'aba sont moins sensibles, tandis qu'une plante qui accumule plus d'aba est plus sensible. De nombreux travaux ont montré récemment que l'aba (et d'autres phytohormones) joue un rôle important dans les interactions entre plantes et organismes pathogènes. En particulier, le groupe de Murray Grant a démontré que Pseudomonas syringae manipule le niveau d'aba dans la plante pour inhiber les défenses de la plante et favoriser le développement bactérien. Il y a donc une forte compétition dans ce domaine et des grandes équipes de recherche concentrent leurs efforts uniquement sur cette thématique. Le comité ne voit pas clairement dans quelles directions le projet pourra se développer pour permettre à cette petite équipe de contribuer par des résultats originaux aux connaissances sur l'implication de l'aba en réponse à l'attaque bactérienne. 7

9 En résumé, le comité approuve le choix de l équipe de travailler simultanément les questions concernant le partenaire bactérien et végétal de l interaction. La qualité et l'originalité du projet sur le réseau de régulateurs chez la bactérie a été apprécié par la commission, mais elle s'interroge sur les chances de succès des projets BOS1 et ABA. En effet, les forces mises en jeu par l'équipe ne paraissent pas réalistes compte tenu de la compétition internationale sur ces sujets. Le comité encourage l'équipe à un recentrage des efforts sur un projet fédérateur, tout en conservant une approche qui étudie simultanément la régulation microbienne de l'infection et la réponse de la plante, mais avec une bonne coordination entre les questions posées à chacun de ces niveaux. Le recrutement d un post-doctorant dans le cadre du projet ANR va certainement vitaliser les activités de l équipe et le comité l encourage à s engager davantage dans l encadrement de doctorants. Equipe «Déterminants du pouvoir pathogène chez Botrytis cinerea» L équipe est composée de deux enseignants chercheurs qui consacrent 50 % de leur temps à la recherche, d un enseignant chercheur à 15 % d activité sur le projet et d une technicienne. La thématique générale de l'équipe est l'étude du pouvoir phytopathogène de l ascomycète nécrotrophe, Botrytis cinerea, sur plante hôte, Vitis vinifera, et sur plante non-hôte, Arabidopsis thaliana. Pour identifier des fonctions du champignon impliquées dans le processus infectieux, l équipe s est engagée dans deux approches, l une ciblée et l autre non. Dans une stratégie non ciblée, une collection de 1300 mutants d insertion a été générée. Parmi 900 transformants analysés, deux mutants sont non-pathogènes et six mutants montrent un pouvoir pathogène réduit. La caractérisation morphologique et biochimique d un des mutants non-pathogènes a conduit à sa publication dans un journal de bon impact. Néanmoins, une analyse moléculaire de ce mutant s avère impossible par le fait qu il n est pas étiqueté par l insertion et qu un clonage positionnel du gène muté n est pas envisageable à l heure actuelle sur B. cinerea. Un scénario similaire s est révélé pour l ensemble des autres mutants qui ont démontré une altération dans leur pouvoir pathogène. Au vu de cet échec et étant donné une forte compétition au niveau international, notamment en Allemagne, l équipe a décidé d arrêter son engagement dans cette approche non ciblée. Dans une approche ciblée, l équipe a focalisé ses recherches sur l analyse du rôle des chitine-synthases dans le pouvoir pathogène de l ascomycète. Les gènes codants pour ces enzymes ont été classés en 7 groupes. Des mutants correspondant à 4 de ces groupes ont été générés et la caractérisation de 2 de ces mutants a été publiée. L équipe recentre actuellement ses efforts sur l analyse d un mutant interrompu dans le gène codant pour la chitine synthase- 3a de B. cinerea. Ce mutant est très affecté dans sa croissance in vitro qui se traduit par une réduction de sa pathogénicité sur plants de vigne et d Arabidopsis. Étant donné que le mutant montre un pouvoir pathogène similaire à une souche sauvage sur le mutant pad3 d A. thaliana, l équipe privilégie actuellement deux hypothèses : Selon la première, le mutant Bcch3a serait plus sensible à la phytoalexine camalexine (ou moins capable de le dégrader), tandis que selon la deuxième, le mutant stimulerait davantage les mécanismes de défense de la plante. Pour étudier les deux hypothèses, l équipe s engage dans des analyses biochimiques (quantification de la camalexine chez A. thaliana inoculé avec une souche sauvage et mutante ; analyse de la composition pariétale du mutant, ) et moléculaire (expression du gène Bcchs3a au cours de la croissance du champignon). Un objectif complémentaire de l équipe est de compléter la collection des mutants par la création de souches affectés dans les gènes Bcchs2, Bcchs5 et Bcchs6. Sur un total de quatre articles, on en dénombre une (1) publiée dans le premier décile des sciences végétales et deux dans le premier quartile de la microbiologie (1) et de la biochimie (1). Pour réaliser ses objectifs, l équipe affiche des collaborations au niveau local avec l UMR Bioger et l Institut Pasteur. Néanmoins, la thématique développée apparaît isolée dans le reste de l'umr 217 et le comité s interroge sur le niveau réel de communication entre cette équipe et la communauté Botrytis cinerea située sur Versailles-Grignon. En conclusion, le comité a noté des difficultés rencontrées dans la mise en œuvre des stratégies retenues et s interroge sur la pertinence de la question «camalexine» pour caractériser le pouvoir pathogène du champignon. La stratégie visant à perturber l'expression de chitine synthases peut se justifier pour identifier des cibles potentielles de substances fongicides, mais ne répond pas réellement aux questions concernant les mécanismes de pathogénicité de Botrytis sur Arabidopsis. De plus, le comité constate l existence d un réel problème de positionnement par rapport à la communauté "Botrytis" au niveau national et international. L ensemble de ces points et le fait que la composition de l équipe n atteint pas une masse critique nécessaire, conduit le comité à s'interroger sur la nécessité de poursuivre l activité Botrytis au sein de l UMR 217. Une conséquence logique serait l intégration de l équipe et de sa thématique dans l UMR Bioger. Cependant, le comité est bien conscient que la logistique d une telle intégration n est pas réalisable compte tenu de l implication des membres de l équipe dans l enseignement à l Université Paris VI. Le comité invite ainsi les différentes équipes de l UMR à trouver une solution d intégration. 8

10 5 Analyse de la vie de l'unité En termes de management : La commission apprécie vivement le travail de la Directrice de l unité qui a su impulser un dynamisme et un fonctionnement collégial évident dans l'umr. Il existe une mutualisation complète du budget dans l'umr. Le comité se félicite de l'excellente circulation de l'information qui repose notamment sur des réunions de laboratoire hebdomadaires. Etant donné l'effectif réduit de l'umr, l'essemble du personnel est invité à participer à ces réunions pendant lesquelles le travail en cours est exposé. Les doctorants ont témoigné être fréquemment sollicités pour ces exposés, ce qu'ils trouvent être stimulant. En termes de ressources humaines : Formation Des formations ont été suivies par les agents dans le cadre de formations organisées par les différentes tutelles, une majorité provenant de l'inra. Les formations ont concerné notamment des aspects réglementaires (OGM, organismes de quarantaine, manipulation d'éléments redioactifs), l'utilisation d'outils de bureautique et l'encadrement de doctorants. Hygiène et sécurité (H et S) Un agent de l'umr est correspondant H et S. Il a commencé, en concertation avec l'ingénieur H et S de l'agroparistech à mener des actions de prévention. Cette démarche s'appuie en partie sur le référentiel OPPI de l'inra. Dans le rapport écrit, il est fait mention de difficultés qui résultent de problèmes techniques à l'agrotechparis, comme par exemple des coupures de courant inopinées et des arrêts de fonctionnement de l'ascenceur. Le comité a interrogé la représentante d AgroParisTech à ce sujet. Bien que des travaux de rénovation aient été réalisés il y a quelques années, la rénovation des locaux de l'umr ne constitue pas une priorité pour AgroTechParis. Cette situation renforce la nécessité de trouver une autre localisation pour ce laboratoire. Démarche Qualité Le comité a interrogé l'unité sur la mise en place d'une démarche qualité. L'unité estime que la démarche qualité n'est pas prioritaire tant que les actions les plus urgentes en matière de prévention (H et S) ne seront pas en œuvre. Le comité comprend cette préocupation mais recommande de ne pas différer la mise en place d'une démarche qualité qui est nécessaire notamment pour assurer une bonne traçabilité des travaux réalisés. OGM et organismes de quarantaine Un dossier de demande d'autorisation à manipuler des organismes de quarantaine a été déposé auprès de la CGG. Quelques points doivent être précisés avant de soumettre une version modifiée de la demande, l'umr sera alors en conformité vis-à-vis de la réglementation à ce niveau. Erwinia amylovora est une bactérie de quarantaine. Les responsables de l'unité ont pris des contacts avec les services de la protection des végétaux pour obtenir une autorisation à manipuler cet organisme. Quelques travaux d'aménagement des locaux devront être réalisés pour se mettre en conformité avec la réglementation. Des financements correspondants sont recherchés; il semblerait que l'inra ait refusé de participer à une partie du financement. Le comité recommande à l'inra de soutenir l'unité afin quelle puisse se mettre en conformité rapidement. En termes de communication : Malgré la taille modeste de l'unité et son isolement, le comité se félicite de l'animation scientifique mise en place avec 23 séminaires animés par des conférenciers extérieurs sur la période Le petit effectif de l'unité en personnel administratif (1 personne) a conduit l'un des chercheurs CR1 à s'investir dans la gestion du budget de l'unité (utilisation de l'outil INRA S2i), ce qui constitue une véritable anomalie dans le contexte de la recherche actuel. Le comité considère que ce problème est aussi une conséquence de l'isolement de l'unité. En effet, des solutions plus satisfaisantes pourraient être trouvées dans un contexte comprenant un ensemble de laboratoire. 9

11 6 Conclusions Points forts : L'UMR 217 dans son ensemble bénéficie d'une bonne reconnaissance internationale et maintient un bon niveau de production scientifique. La direction de l'umr a su insuffler une véritable dynamique collective dans laquelle les chercheurs ont réussi à développer des projets financés par l'anr. Les thématiques de l'umr après avoir concerné essentiellement le partenaire microbien, ont su évoluer vers le partenaire plante. Points à améliorer : Isolement et difficultés techniques dans les locaux occupés Le problème majeur de cette unité est son isolement tant sur le plan scientifique que sur le plan matériel. L'unité connaît notamment des problèmes logistiques qui ne sont pas compatibles avec la pratique de la recherche au plus haut niveau. Dans le rapport écrit, l'umr 217 propose un rapprochement avec un laboratoire de biologie végétale travaillant sur le site de Jussieu (UMR 7180). Il n'appartient pas au comité d'émettre un avis sur la pertinence d'un tel rapprochement, en revanche nous sollicitons l'intérêt des tutelles, en particulier de l'inra, pour participer à la recherche d'une solution à ce problème d'isolement. Il faut noter que AgroTechParis ne s'opposerait pas au départ de l enseignant-chercheur qui relève de cette tutelle sur le site de Paris 6. Malgré une rénovation des locaux il y a quelques années AgroParisTech ne considère pas comme une priorité le maintien dans ses murs de l'umr 217. Cette politique conduit à des difficultés techniques qui risquent de s'amplifier dans le temps (chambres de culture vétustes). Le comité encourage l'unité à rechercher d'autres moyens de financement des doctorants (ex: bourses CIFRE). Le comité encourage les jeunes chercheurs à soutenir une HDR dès que leur liste de publications sera suffisante. Recommandations : L'unité doit prendre en main la recherche d'une solution à son problème d'isolement en n'hésitant pas à solliciter les tutelles pour obtenir des avis et des soutiens. La succession de l actuelle directrice d unité doit être préparée pendant le quadriennat Le comité suggère que la recherche d'une association avec une autre unité pour briser l'isolement soit l'occasion d'une consolidation d'un nouveau leadership. 10

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13 Laboratoire Interactions Plantes-Pathogènes 1 UMR 217 INRA/INA-PG/UPMC 16, rue Claude Bernard PARIS CEDEX 05 Secrétariat : Lucia PINC Tél : Fax : Objet : Réponse de l UMR AER_P06_082-UPRA217-RR-V1 Paris le 10 avril 2008 L analyse du rapport du comité d experts AERES a été réalisée en assemblée générale comprenant l ensemble du personnel statutaire (chercheurs, enseignants-chercheurs, personnel technique) et doctorants. Remarques générales - L unité remercie le comité pour la qualité du rapport fourni, qui est en totale cohérence avec les conclusions formulées oralement lors de la visite. - Elle prend note que le comité souligne l importance de l absence d un environnement de recherche sur le site AgroParisTech-Claude Bernard, compatible avec une recherche de haut niveau, situation combattue néanmoins par des collaborations, grâce au dynamisme des chercheurs et de la directrice de l unité. - Elle prend note également que le comité souligne l importance d avoir une réponse de la part des tutelles sur la possibilité d avoir un rapprochement avec d autres laboratoires. Remarques au niveau des équipes - L équipe «Erwinia amylovora-plantes» apprécie que le comité d experts ait fait des remarques positives sur le travail réalisé. Elle a conscience de la compétition qui s organise sur la thématique et elle sera vigilante à focaliser ses recherches sur l axe qui s avérera le plus intéressant. - L équipe «Métabolisme du fer au cours du processus infectieux» apprécie l avis encourageant émis par le comité. La caractérisation du trafic intracellulaire du fer chez la bactérie sera poursuivie. Du côté plante, le développement de la recherche du fer comme signal dans les réactions de défense sera la priorité. L étude simultanée du rôle de ce signal chez la bactérie et chez la plante sera réalisée, ce qui permettra de faire le lien logique entre les deux facettes de l interaction. D autre part, des interactions existent déjà entre les équipes 1 et 3. Elles continuerons d avoir lieu autant que possible afin d optimiser la production scientifique. - L équipe «Régulation du pouvoir pathogène d E. chrysanthemi» note l intérêt que le comité a porté à l étude du réseau de régulation bactérien dans l interaction avec Arabidopsis. Elle prend note de l incitation à identifier les facteurs végétaux qui pourraient moduler le pouvoir de croissance de la bactérie lors de l interaction. Concernant les propositions du comité, elle souligne que les approches formulées (variations naturelles entre écotypes, et criblage génétique classique), déjà testées, ne s avèrent pas appropriées et 1 Dominique EXPERT, CNRS; Tél: ; Fax: ; expert@agroparistech.fr

14 ont été abandonnées. L équipe est consciente de la nécessité d un recentrage de ses activités en relation avec l analyse des réseaux de régulation bactériens. L analyse du rôle de l ABA dans ce pathosystème semble bien correspondre à cette démarche. Elle est consciente que ce programme s inscrit dans une thématique fortement émergente au niveau international, mais dans ce cas, la forte spécificité liée au système de sécrétion de type II et sa large indépendance des voies de signalisation liées au SA et au JA en font un point original. Par ailleurs, il est nécessaire de valoriser le travail entamé sur le rôle du gène BOS1 et les plantes transgéniques obtenues pourront être utilisées pour l identification du signal bactérien inducteur de l expression de ce gène. De la même façon, l analyse transcriptomique du rôle du gène BOS1 dans l interaction a été commencée et, en fonction des résultats obtenus, si l investissement apparaît raisonnable en terme de temps et de main d œuvre, nous essaierons de valoriser ce travail au cours des premiers mois du futur contrat quadriennal. - L équipe «Botrytis» accepte difficilement le constat négatif fait par le comité. Elle a conscience de l isolement de la thématique Botrytis au sein de l UMR et qu'une équipe de 2 enseignants chercheurs ainsi isolés ne peut pas se positionner aux niveaux national et international. Elle ne partage pas néanmoins l idée qu a le comité qu il n existe pas de véritable communication avec l équipe Bioger. Il existe des projets communs, une publication commune, des participations à des réunions, un projet d ANR en commun déposé. Une réflexion sur l avenir de cette équipe sera entreprise, mais avant tout il s agit de valoriser par des publications les travaux en cours. Un regret de la part de l équipe est l absence d un spécialiste «champignon» dans le comité d évaluation. Dominique Expert Directrice de l'umr