SERVICES D ANALYSE DE METHYLATION

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1 JANUARY 30, 2012 SERVICES D ANALYSE DE METHYLATION Centre d innovation Génome Québec et Université McGill Analyse quantitative de la méthylation de l ADN Guide de l utilisateur Version 2.1 Copyright 2010 Centre d Innovation Génome Québec et Université McGill Tous droits réservés.

2 Table des matières TABLE DES MATIÈRES... 2 INTRODUCTION... 3 DEMANDE DE SERVICE... 4 DEMANDE DE SOUMISSION... 4 DEMANDE DE SERVICE... 4 MODE DE PAIEMENT... 4 PREPARATION ET SOUMISSION D ECHANTILLONS - CONSIDERATIONS GENERALES... 5 EXIGENCES DE SOUMISSION... 6 ÉCHANTILLONS D ADN... 6 Types de plaques 96 puits recommandées... 6 Types de plaques 96 puits non-acceptées... 6 Échelle minimale de traitement... 7 Exigences de mise-en-plaque... 7 Envoi des plaques d ADN... 8 REGIONS DE METHYLATION SITES CPG... 9 Design personnalisé... 9 Formulaire pour la soumission de séquences pour l analyse de la méthylation de l ADN... 9 Instructions pour la soumission de séquences... 9 TRANSMISSION DES RÉSULTATS MODES DE TRANSMISSION DES RESULTATS Transmission des résultats par courriel Transmission des résultats via l accès à un compte sftp POUR PLUS D INFORMATION Bureau de gestion des clients

3 Introduction Ce document décrit la procédure à suivre lors d une demande de service de génotypage sur les technologies d analyse quantitative de la méthylation de l ADN (Infinium Methylation, Sequenom EpiTYPER and QIAGEN PyroMark). Des instructions détaillées pour la soumission des échantillons et des régions pour l analyse quantitative de la méthylation de l ADN ainsi que des informations sur la technologie et leurs produits disponibles sont fournies. ATTENTION! Lorsque des instructions spécifiques ont été données par le personnel du laboratoire, veuillez les suivre. 3

4 Demande de service Demande de soumission Pour connaître les prix ou obtenir un devis pour un service, communiquer avec le bureau de gestion des clients : Téléphone : Télécopieur : Courriel : infoservices@genomequebec.com Note : Un contrat signé est requis si le montant de la soumission est égal ou supérieur à $ (avant taxes). Demande de service Pour effectuer une demande de services : 1. Téléchargez le Formulaire de demande de service. 2. Remplissez le formulaire en prenant soin de suivre les instructions mentionnées dans le celui-ci. 3. Si applicable, joignez à l envoi du formulaire de demande de service: Important Note a. Une copie des formulaires d approbation éthique de votre institution si les échantillons que vous soumettez proviennent de sujets humains. b. Un bon de commande, s il s agit du mode de paiement choisi. c. Tous documents complémentaires requis par le type de service demandé. Ces documents sont disponibles pour téléchargement via des hyperliens dans les sections correspondant au service demandé sur le formulaire de demande de service. Un bon de commande est requis pour tout montant supérieur à 2,500.00$ Dans le cas de paiement par carte de crédit, pour votre sécurité, n inscrivez pas de numéro de carte de crédit dans le formulaire de demande de service, un formulaire à cet effet vous sera fourni lors de la facturation. Le formulaire de demande de service est un document Excel et requiert l activation de macro pour permettre le bon fonctionnement des options dynamiques. Mode de paiement Le paiement de factures peut se faire par chèque (bon de commande obligatoire) ou carte de crédit. Le chèque doit être fait à l ordre de Génome Québec et envoyé à l adresse suivante : Génome Québec 630 boulevard René-Lévesque ouest, suite 2660, Montréal (Québec) Canada H3B 1S6 4

5 Préparation et soumission d échantillons - Considérations générales Afin d'éviter tout délai dans le traitement de votre demande, prenez soins de suivre attentivement les instructions de préparation et de soumission des échantillons mentionnées dans le présent document. Notez que les échantillons sont traités sur une base «premier arrivé, premier servi», et que les délais d'exécution peuvent varier selon l'ampleur du projet. Il est donc recommandé de vous informer auprès du bureau de gestion clients concernant les délais de traitement lorsque vous soumettez des échantillons. 5

6 Exigences de soumission Échantillons d ADN Afin d assurer la préservation de l intégrité de l ADN lors du transport et de l entreposage, veuillez suivre les instructions suivantes. Important! N'envoyez pas les échantillons en microtubes ou en bandes de tubes (strip-tubes)! Les échantillons d ADN doivent être envoyés en plaques 96-puits en utilisant les formats recommandés. N utilisez pas de capuchons en bande (strip-caps) pour sceller les plaques! Format de plaque Les échantillons d ADN doivent être envoyés en plaques 96-puits dans le format approprié. Scellement des plaques Les plaques d'adn doivent être correctement scellées. Afin de sceller les plaques à embase pleine (fullskirt) ou à demi-embase (half-skirt), utilisez un film adhésif de bonne qualité et, pour les plaques à puits profonds (deep-well), utilisez des couverts scellants compatibles (sealing mat). Envoi des échantillons Les échantillons doivent être envoyés congelés sur glace sèche et les plaques doivent être emballées dans un sac de plastique à fermeture glissière à pression (de type Ziploc). Volume de plaque Évitez de remplir complètement les puits car cela augmente le risque de contamination des échantillons. Utilisez des plaques PCR à embase pleine (full-skirt) ou à demi-embase (half-skirt) pour de bas volumes (moins de 50 μl) et utilisez des plaques à puits profonds (deep-well) pour des volumes élevés (50 μl et plus). Types de plaques 96 puits recommandées Plaques PCR à demi-embase (half-skirt) Tout type de plaque PCR 96 puits à demi-embase (half-skirt 96-well PCR plate) Plaques PCR à embase pleine (full-skirt) sont aussi acceptables Plaques PCR claires 96 puits Microseal (Microseal PCR plates 96-well clear; Bio-Rad, cat# MSP9601) Toute autre plaque PCR 96 puits à embase pleine (full-skirt 96-well PCR plate) Films adhésifs pour plaques PCR à embase pleine (full-skirt) ou à demi-embase (half-skirt) Films adhésifs clairs (MicroAmp Clear Adhesive Films; Applied Biosystems, cat# ) Films adhésifs en aluminium (MicroSeal F Foil; Bio-Rad, cat# MSF-1001) Types de plaques 96 puits non-acceptées Plaques 96 puits pour culture cellulaire Plaques PCR 96 puits sans embase (no-skirt) 6

7 Échelle minimale de traitement Infinium Methylation Assay (Illumina): 48 échantillons EpiTYPER Quantitative DNA Methylation Assay (Sequenom): 48 échantillons PyroMark Methylation Assay (QIAGEN): 24 échantillons Exigences de mise-en-plaque Témoins positifs Veuillez réserver deux puits vides par plaque 96 puits (positions D12 et H12) pour les témoins positifs (un contrôle positif pour chaque groupe de 48 échantillons). Témoins négatifs Il n est pas nécessaire de réserver de puits vides pour les témoins négatifs. Échantillons témoins d ADN non-humains et non-murins Veuillez ajouter vos propres témoins positifs (deux) dans les puits réservés aux témoins positifs. Identification des plaques Identifiez clairement toutes vos plaques d'adn sur le côté gauche (A01-H01) et sur le devant (H01-H12) de la plaque. La façon suggérée de nommer les plaques est en incorporant le nom de votre projet. Par exemple, si vos échantillons sont reliés aux maladies du cœur, une façon de numéroter vos plaques serait MC_001 (Maladie Cardiaque 1) jusqu'à MC_(n), selon le nombre de plaques existantes pour ce projet. A01 A12 CÔTÉ GAUCHE (A01-H01) H01 MC_001 DEVANT (H01-H12) H12 Normalisation des échantillons Le client doit normaliser tous les échantillons à une concentration de 100 ng/µl. Avant de procéder au génotypage, la concentration d ADN de chaque échantillon sera vérifiée par la méthode PicoGreen. Il est nécessaire de diluer les échantillons dans une eau sans nucléase (pas de tampon). Volume minimal Un volume minimum de 20 µl (soit 2 µg si la concentration est de 100 ng/ul) doit être envoyé pour chaque échantillon. Pour le génotypage de vos échantillons avec plusieurs puces, un volume minimal de 50 µl est requis (selon le type de BeadChip, soit 400 ng ou 200 ng d ADN est requis). Échantillons dont le génome a été amplifié en entier (Amplification du Génome Entier ; WGA: Whole Genome Amplification) Il n est pas recommandé d analyser des échantillons WGA pour la méthylation de l ADN. Si vos échantillons ont été amplifiés grâce à une réaction de WGA, Contactez-nous. 7

8 Échantillons humains Si l ADN provient de sujets humains, veuillez attacher le certificat d approbation éthique avec le Formulaire de demande de service. Échantillons non-humains et non-murins Lorsque l ADN provient d espèces autres qu humaine ou murine, un support est aussi possible. Contacteznous afin de savoir si c est le cas. ADN excédentaire Si indiqué sur le Formulaire de demande de service, tout excédant d ADN vous sera retourné une fois le projet complété. Veuillez S.V.P. fournir un numéro de compte FedEx ainsi que l adresse et le nom de la personne-ressource pour le retour des échantillons. Plans de plaques Veuillez nous envoyer une copie électronique des plans de plaques d ADN en remplissant le formulaire Plan de plaques (jusqu'à 4 plans de plaque par fichier). Cliquez ici pour obtenir le modèle de plan de plaques d ADN et remplissez-le en vous basant sur l exemple fourni. Nommez ce fichier de la manière suivante: Nom_de_Projet-Plan_de_plaque-00X.xls (exemple: MC_001.xls). Important! Ne modifiez pas le format du fichier! Informations obligatoires Les champs à remplir obligatoirement sont marqués d'un astérisque (*) et d un signe d addition (+). Le Volume (μl) et la Concentration (ng/μl) des échantillons d'adn doivent également être indiqués (colonnes H et I). Indiquez si l'individu est de sexe (Sex) masculin (m), féminin (f) ou inconnu (unknown) (colonne D). Sample ID Lorsque vous assignez un nom à vos échantillons, ayez à l esprit les directives suivantes: chaque individu doit avoir un nom d identification d'individu (Individual_ID) unique. Si un échantillon est présent plus d'une fois sur la même plaque ou sur plusieurs plaques, utilisez le même nom d identification d'individu (Individual_ID) et le même pédigrée (Pedigree) pour tous les réplicats, mais utilisez des noms d'échantillon (Sample_Name) différents, en ajoutant un suffixe (exemple: Individual_ID: ABCD1234-1; Sample_Names: ABC1234-1a et ABC1234-1b ; Pedigree: ABCD1234). Veuillez limiter la longueur du nom à 15 caractères. Pedigree ID Lorsque vous assignez un nom de pédigrée à vos échantillons, ayez à l esprit les directives suivantes: chaque famille différente ou chaque individu non-lié doit avoir un nom d identification de pédigrée (Pedigree) unique. Veuillez limiter la longueur du nom à 15 caractères. Parents IDs Aussi, n'oubliez pas d'indiquer les noms d identification d'individus des parents : Mother_ID et Father_ID (colonnes F et G) (si applicable). Veuillez limiter la longueur du nom à 15 caractères. Contactez-nous pour de plus amples renseignements. Envoi des plaques d ADN Feuille de suivi pour l envoi de l ADN Veuillez S.V.P. remplir la Feuille de suivi pour l envoi de l ADN. Les champs à remplir obligatoirement sont marqués d'un astérisque (*). Veuillez lister toutes les plaques d ADN inclues dans votre envoi en utilisant 8

9 l exemple fourni. Veuillez envoyer tant une copie électronique que papier du fichier Feuille de suivi pour l envoi de l ADN avec l envoi des plaques d ADN. Préavis par courriel Veuillez envoyer un préavis par courriel au destinataire lors de l envoi des plaques d ADN. Identification de la boîte Veuillez indiquer clairement à l extérieur de la boîte le Nom du Project (Project Name), le nom du Destinataire (Recipient) ainsi que le nom de la Plateforme (Platform; Infinium, PyroMark or Sequenom). Échantillons Les échantillons doivent être expédiés congelés sur glace sèche et les plaques d ADN doivent être correctement scellées et insérées dans un sac de plastique à fermeture glissière à pression (de type Ziploc). Régions de méthylation sites CpG Tout type de produit d analyse de la méthylation peut être commandé: tant standard que personnalisé. Le personnel de la plateforme de génotypage peut concevoir les essais pour votre liste de régions CpG. Important! Tous les produits doivent être commandés par nous. Design personnalisé Pour le design d essais personnalisés (custom) pour l analyse de la méthylation de l ADN (PyroMark et EpiTYPER), suivez les instructions ci-dessous pour la soumission de votre liste de régions d intérêt. Veuillez envoyer votre liste électroniquement par courriel. Contactez-nous pour de plus amples renseignements. Formulaire pour la soumission de séquences pour l analyse de la méthylation de l ADN Soumission de séquences pour l analyse de la méthylation de l ADN (toute espèce): Marker List Nommez votre liste ainsi : NomDuProjet_SequenceList_YYYY-MM-DD.csv. Exemple : Nom du projet : Étude sur les Maladies du Cœur (EMC) Type de formulaire : ExistingDesignsList Nom du fichier : EMC_ExistingDesignsList_ csv Instructions pour la soumission de séquences Veuillez suivre les instructions ci-dessous pour la soumission de vos séquences. 9

10 Nom de locus (Locus Name) Dans ce fichier, les noms assignés aux marqueurs (champ Locus_Name) ne doivent pas commencer par rs et ne doivent pas dépasser 15 caractères. Le champ Locus_Name est utilisé pour nommer les séquences en vue d une identification facile. Exemple de noms de loci : ABCD12456 Séquences avoisinantes Il faut fournir au moins 100 paires de bases de séquences avoisinantes de part et d autre de la région d intérêt. Exemple de SNP d intérêt : TGC[A/C]CCG SNPs et MNPs voisins Identifiez les SNPs et le MNPs voisins dans votre séquence en utilisant les symboles de l IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry) listés dans le Tableau 4. Exemple de SNP voisin : GTTTGAA{G/C}CTGGACC GTTTGAASCTGGACC Exemple de MNP voisin : GCGTGCAGT{C/G/T}CGCAGTGAC GCGTGCAGTBCGCAGTGAC Indels voisins Les polymorphismes d insertion/délétion (indels) entourant le locus d intérêt doivent être indiqués par un N. Exemple d indel voisin : GGACCA{-/CT}GGTTCGT GGACCANGGTTCGT Tableau 4. Symboles de l International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) Symboles IUPAC R Y M K S W B D H V N Mélanges wobble A/G C/T A/C G/T C/G A/T C/G/T A/G/T A/C/T A/C/G A/C/G/T 10

11 Transmission des Résultats Modes de transmission des résultats Transmission des résultats par courriel Veuillez indiquer sur le Formulaire de demande de service le nom et l adresse courriel de la personne à contacter pour l envoi électronique des résultats. Transmission des résultats via l accès à un compte sftp En vue de pouvoir accéder à vos données sur le site sftp, vous devez installer un logiciel sftp sur votre ordinateur (graticiels: WinSCP or FileZilla). Les résultats ne seront disponibles sur le site sftp que pendant les 3 semaines suivant la date d envoi du courriel de résultats. Accès à votre compte sftp Vous devez vous connecter (log) au site hôte (host) en ssh (secure shell ; connection sécurisée) en utilisant le nom d usager (login) et le mot de passe (password) qui vous seront fournis lorsque votre projet sera complété. hôte (host) : sftp.genome.mcgill.ca nom d usager (login) : mon_nom_d usager mot de passe (password) : mon_mot_de_passe 11

12 Pour plus d information Bureau de gestion des clients Fanny Chagnon, Ph.D. Julie Vallée, B.Sc. Frédérick Robidoux, B.Sc. Centre d'innovation Génome Québec et Université McGill 740, avenue du Docteur Penfield, bureau 7104 Montréal (Québec) Canada H3A 0G1 Téléphone : Télécopieur : Courriel : infoservices@genomequebec.com 12