Allocution de Professeur Jacques Fellay Lauréat du Prix Latsis national 2012

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1 Allocution de Professeur Jacques Fellay Lauréat du Prix Latsis national 2012 à l occasion de la remise du Prix Latsis national 2012 le 10 janvier 2013 à l Hôtel du gouvernement, Berne C est un honneur et une joie de m adresser à vous en tant que récipiendaire du prix Latsis national Permettez-moi tout d abord de remercier chaleureusement la Fondation Latsis ainsi que le conseil national de la recherche pour ce prix, qui témoigne de l importance que vous accorder à la relève scientifique de ce pays. Il représente pour moi un encouragement très fort, et aussi un formidable défi à relever. Vous avez choisi pour cette récompense un médecin-chercheur. Au-delà de ma personne, j y vois la reconnaissance d une nécessaire complémentarité entre le monde de la clinique et celui du laboratoire. Ma double formation de médecin spécialiste en maladies infectieuses et de chercheur en génétique a fait de moi un chantre de cette dualité. Même s il peut paraître inconfortable d être suspendu entre 2 mondes, je puis vous assurer que de là-haut, la vue est magnifique. La génomique humaine des maladies infectieuses, mon domaine de recherche, se situe donc à l interface entre la clinique et la science fondamentale. De part sa nature, elle revisite aussi une autre frontière, celle qui voit s affronter l homme et les microbes dans une course à l armement à l échelle de l évolution. Ce que nous voulons identifier dans les variations génétiques accumulées au cours des âges, ce sont justement de nouvelles armes moléculaires, qui pourront permettre à notre espèce de mieux combattre les infections. Les études de génomique que nous entreprenons ont une caractéristique fascinante pour un chercheur qui flirte avec la médecine : elles partent de l humain et retournent à l humain. Ce que je veux dire par là, c est d abord que la matière première de toutes mes études, l outil de travail primordial, c est la diversité naturelle des hommes et des femmes de cette planète. J aime à penser qu au fond, nous avons le beau rôle, nous généticien du 21ème siècle : nous n avons qu à lire dans le génome les résultats d une expérience magistrale, menée depuis des centaines de milliers d années par les forces de l évolution, et utiliser ce que nous observons pour expliquer les différences entre les personnes. Lire le génome, évidemment, même si c est assez vite dit, ça nécessite quelques outils technologiques et informatiques. Le génome de chacun d entre vous, votre ADN, contient un peu plus de 3 milliards de lettres A, C, T, G. L immense majorité d entre elles sont identiques chez vous et moi, mais il existe un tout petit nombre de variations, de l ordre de 4 millions par personne, qui sont en partie responsables de nos différences : la couleur de nos cheveux, le fait que nous aimons ou détestons le goût de la coriandre, amis aussi notre capacité à répondre efficacement à l attaque d un virus. Ce que nous essayons de faire dans nos études, c est d associer l une ou l autre de ces millions de variations à un symptôme ou à une réponse clinique particulière, afin de revenir, comme je viens de vous le dire, à l humain. Les nouvelles connaissances ainsi générées pourront être retournées au monde clinique et être utiles au patient. 1

2 L identification d une variation génétique impliquée dans une maladie peut être utile à deux niveaux cliniques distincts : d une part, elle peut permettre de mieux comprendre les mécanismes biologiques, par exemple en impliquant une nouvelle protéine dans la survenue d une maladie. Cela peut ensuite déboucher sur le développement de tests diagnostics, de médicaments ou de nouvelles stratégies vaccinales ; elle peut d autre part contribuer à une médecine plus personnalisée, dans laquelle le profil génétique est utilisé pour sélectionner les tests et les traitements les plus appropriés pour chaque individu. L arrivée de la médecine personnalisée, basée sur les connaissances génétiques, est donc imminente. Elle a déjà été adoptée dans quelques cas précis, comme la prescription d un petit nombre de médicaments ou la prise en charge de certains types de cancers. Cependant, à plus large échelle, le monde médical n est pas prêt et doit se préparer à se faire bousculer par la réalité. Cette réalité, c est la démocratisation accélérée de l accès aux données génomiques. Un génome complet coûte encore à ce jour quelques milliers de francs, mais des compagnies proposent déjà de décrypter un million de variations pour moins de 100 dollars. Des centaines de milliers de personnes ont envoyé un échantillon de salive à l une de ces compagnies. Ces gens reçoivent de longues listes de variations génétiques qui pourraient avoir un impact sur leur santé, Ils en discutent avec leurs proches, les partagent sur les réseaux sociaux. Parfois, ils se rendent aussi chez leur médecin le cœur rempli de questions et d espoir. Ils doivent cependant vite déchanter car les médecins et la science d aujourd hui ne sont pas prêts. Nous voilà donc dans une situation inédite, ou les données sont largement disponibles avant que leur signification réelle ne puisse être comprise. C est un beau défi pour la médecine et le monde de la recherche, bien sûr, mais aussi pour la société au sens large. Un effort d éducation est indispensable. Il serait bien dommage que l ignorance nourrisse les peurs et nous empêche de récolter les fruits de la révolution génomique qui est en marche. Je me suis un peu éloigné de la génomique des infections. Permettez-moi maintenant d y revenir. J en profiterai pour évoquer brièvement mon parcours scientifique. J ai travaillé sur la réponse humaine au virus de l immunodéficience humaine, le VIH, depuis mes débuts dans la recherche. C était au tout début de l an 2000 dans le laboratoire du Prof. Amalio Telenti à Lausanne. On ne parlait pas encore de génomique, qui est l analyse du génome entier, mais plus humblement de génétique. Et quelques années plus tard, après une formation clinique en maladies infectieuses, c est à nouveau pour travailler sur le VIH que j ai mis le cap avec ma petite famille sur l Université de Duke en Caroline du Nord. J y ai rejoint l équipe du Prof. David Goldstein en ne sachant pas encore que le timing était parfait : c est à ce moment que sont apparus les outils qui allaient permettre pour la toute première fois d analyser les variations génétiques de manière globale, à l échelle du génome. Pour nos études, nous avons évidemment besoin d une technologie de pointe et de gros ordinateurs. Mais j ai envie de dire que tout ça, c est relativement trivial. Le plus ardu, c est encore une fois le facteur humain, c est-à-dire la qualité des données cliniques disponibles et l accès aux échantillons de patients. Vous pouvez disposer de la plus moderne des machines de séquençage et du meilleur team d informaticiens, vous n arriverez à rien si vous n avez pas sélectionné avec minutie les participants à votre étude et le symptôme clinique ou le résultat biologique que vous voulez tester. Laissez-moi vous illustrer tout ça avec le VIH : vous voyez ici la représentation schématique d une infection. A gauche, l exposition au virus, qui parfois va déboucher sur 2

3 une contamination. Les études peuvent ici s intéresser aux causes génétiques de résistance à l infection. A droite de la flèche, après infection, on peut par exemple suivre la quantité de virus dans le sang, en rouge, ou la diminution progressive des lymphocytes CD4. Les études génétiques s intéresseront ici au contrôle spontané du VIH, qui varie considérablement d une personne à l autre. Il ne suffit évidemment pas de choisir une cible un phénotype comme on l appelle dans le milieu il faut du concret, des échantillons à partir desquels nous pourront extraire de l ADN pour analyse. Nous avons pu au fil des ans collaborer avec de nombreuses cohortes et d institutions qui ont accepté de partager leurs échantillons cliniques avec nous, et j ai ici un secret à partager : La Suisse a la meilleure armée du monde, en tout cas en ce qui concerne le suivi scientifique des personnes vivants avec le VIH. La Swiss HIV Cohort Study a enrôlé et suit prospectivement depuis les années 80 la majorité des patients HIV positifs de notre pays. Elle est financée par le Fond National qui permet ainsi la collection d une base de donnée et d une biobanque sans égales. Grâce à cette infrastructure, la cohorte suisse a pu nous procurer un grand nombre d échantillon de haute qualité. Ce n est ni le lieu ni le moment de vous expliquer les détails des analyses. Voici juste une illustration des résultats obtenus dans l une de nos études. Vous voyez ici une petite partie du chromosome 6, avec en rouge deux changements génétiques qui sont fortement associés à la quantité de VIH circulant dans l organisme des patients non-traités. Ce résultat indique que cette région du génome joue un rôle essentiel dans le contrôle immunitaire du virus, information qui peut ensuite être exploitée par nos collègues spécialisés dans la recherche immunologique ou vaccinale. A Duke, nous avions travaillé sur le VIH, puis sur l hépatite C. Depuis 2011, mon laboratoire de la Faculté des Sciences de la Vie de l EPFL continue de consacrer une partie de son énergie au VIH, mais s intéresse aussi à la variabilité des réponses humaines à d autres virus. Et parfois, nous collons à l actualité de manière inattendue : Ceci a été publié samedi dernier dans le principal journal scientifique de la région lémanique. La bronchiolite, ou faux-croup, est une maladie des voies respiratoires le plus souvent causée par le virus respiratoire syncytial ou RSV, et il n existe pas à l heure actuelle de traitement spécifique ni de vaccin. C est aussi l une des cibles de nos études de séquençage. Difficile, en voyant ce bébé de ne pas percevoir l urgence d une meilleure compréhension et prise en charge de cette maladie Au-delà du clin-d oeil, j aimerais encore une fois profiter de cette tribune qui m est offerte pour insister sur le lien fort qui doit exister entre la science et la société. Nous, chercheurs et médecins, ne voulons et ne pouvons pas travailler en vase clos. Une discussion continue avec la société civile, et notamment avec le monde politique est absolument indispensable. Les avancées technologiques sont impressionnantes, la médecine personnalisée est à nos portes, et pour l essentiel, il s agit là d excellentes nouvelles. Mais il est de notre responsabilité de scientifiques, et de votre responsabilité de citoyens, de contribuer à un débat public, vif et constructif sur les enjeux liés à ces progrès, qu ils soient éthiques, sociaux ou philosophiques. Pour terminer, laissez-moi encore ajouter quelques remerciements. Au Fond National de la Recherche scientifique, d abord, qui me soutient par une bourse de prof boursier depuis le printemps 2011 ; à la Faculté des Sciences de la Vie de l EPFL, un environnement unique et stimulant pour mener une recherche de pointe ; à l Institut de Microbiologie et au Service des Maladies Infectieuses du CHUV, qui me permettent chaque mercredi de garder un contact concret avec la pratique médicale. 3

4 C est moi aujourd hui qui me tiens à cette place, et j en suis bien heureux, mais aucune expérience, aucune découverte n aurait pu avoir lieu sans une foule de collègues, collaborateurs et amis, aux quatre coins du monde. Ils m ont appris la médecine, la technologie ou les lois de l hérédité de Mendel, mais ils ont aussi su, souvent sans le savoir, apporter un éclairage nouveau sur le monde et les gens. Qu ils soient tous remerciés du fond du cœur. Merci en particulier à Amalio Telenti, mentor incomparable depuis mes premiers balbutiements de chercheur il y a 13 ans, et ami fidèle. Merci à ma famille et à mes amis qui ont aujourd hui marché sur Berne, depuis notre Valais natal pour la plupart, comme pour une finale de la coupe suisse de football : je suis très heureux de pouvoir partager avec vous ces précieux moments. Enfin, un merci très spécial à ma femme Valérie et à mes 3 enfants Oriane, Robin et Estelle, pour leur soutien constant et pour toutes les couleurs qu ils ajoutent à ma vie. Berne, le 10 janvier

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