Epidémiologie des infections fongiques opportunistes et nosocomiales. Microbiologie Médicale V. Letscher-Bru

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1 Epidémiologie des infections fongiques opportunistes et nosocomiales Microbiologie Médicale V. Letscher-Bru 1

2 I. Généralités sur les champignons II. III. IV. Epidémiologie générale des infections fongiques Les aspergilloses Les candidoses V. Conclusion 2

3 I. Généralités : Règne des champignons espèces connues Eucaryotes uni- ou multicellulaires Macromycètes Micromycètes 3

4 I. Généralités : Règne des champignons espèces connues Micromycètes Champignons filamenteux Levures Dimorphiques 4

5 I. Généralités : Largement répandus - Environnement (sol, plantes, eau, air) - Flore commensale humaine et animale (levures) - Industrie agroalimentaire, chimique et pharmaceutique Pouvoir pathogène spontané le plus souvent nul ou faible opportunistes 5

6 I. Généralités : Règne des champignons espèces connues Micromycètes Champignons filamenteux Levures Dimorphiques 6

7 I. Généralités : 1. Champignons filamenteux 1.1. Dermatophytes 3 genres : Epidermophyton, Microsporum, Trichosporon Kératinophiles Peau, ongles, cheveux Pathogènes primaires Infections communautaires 1.2. Moisissures Très grande diversité d espèces, de biotopes et d infections 7

8 I. Généralités : 1.2. Moisissures : biotope naturel aérocontaminants 8

9 I. Généralités : 1.2. Moisissures : diversité des biotopes 9

10 I. Généralités : 1.2. Moisissures : cultures environnementales Terre : spores / gramme Air extérieur : > 100 spores / m 3 d'air Air habitations : 50 à 100 spores / m 3 d'air, dépôt sur les surfaces 10

11 Aspergillus Penicillium Geotrichum Fusarium Mucorale Cladosporium Alternaria Nigrospora Chaetomium 11

12 I. Généralités : 1.2. Moisissures : pathogénicité Allergies : très nombreuses espèces Aspergillus +++ Mucorales Fusarium Scedosporium Infections superficielles (ongles, otites) Infections profondes après contamination respiratoire par les spores environnementales Infections opportunistes et nosocomiales possibles 12

13 I. Généralités : Règne des champignons espèces connues Micromycètes Champignons filamenteux Levures Dimorphiques 13

14 I. Généralités : Candida 2. Levures Cryptococcus Malassezia Candidoses C. albicans C. glabrata C. tropicalis C. parapsilosis C. krusei Cryptococcoses C. neoformans Infections opportunistes et nosocomiales Pytiriasis versicolor M. furfur 14

15 I. Généralités sur les champignons II. III. IV. Epidémiologie générale des infections fongiques Les aspergilloses Les candidoses V. Conclusion 15

16 II. Epidémiologie générale : Augmentation de l incidence globale des infections fongiques Fréquence X5 Incidence 0,7 % (patients hospitalisés) Incidence réelle 4 % (autopsies) Incidence la + élevée: jusqu à 30 % -Onco-hématologie -Greffes -Chirurgie -Réanimation (Yamazaki et coll., J Clin Microbiol, 1999) (Martin et coll, N Engl J Med, 2003) 16

17 II. Epidémiologie générale : Augmentation du nombre de patients à risque ET augmentation de l intensité du risque pour ces patients Immunosuppression -intensification des chimiothérapies anticancéreuses -augmentation du nb de greffes, meilleur contrôle des rejets immunosuppression plus profonde et plus longue Techniques plus invasives -chirurgie -réanimation rupture des barrières anatomiques, séjours en réa. plus longs Antibiothérapie plus large et plus efficace 17

18 II. Epidémiologie générale : Incidence globale des mycoses invasives Patients Incidence (%) Référence Soins intensifs (trauma) 4.3 Borzotta,1999 Tx cardiaque 6.7 Konduracka, 1998 Tx hépatique 20.2 Collins, 1994 Tx pulmonaire 12.5 Maurer, 1992 Allogreffe de moelle 14.8 Jantunen, 1997 Leucémie aiguë 27.0 De Gregorio, 1982 Neutropénie 9.6 Nucci,

19 I. Généralités sur les champignons II. III. IV. Epidémiologie générale des infections fongiques Les aspergilloses Les candidoses V. Conclusion 19

20 III. Aspergilloses : Aspergilloses profondes Aspergillus fumigatus dans 80 % des cas Présent dans le milieu extérieur et dans les habitations 20 à 30 spores / m 3 d'air, dépôt sur les surfaces si brassage d'air et de poussière important, jusqu'à plusieurs milliers/millions de spores par m 3 d'air Contamination aérienne (spores) 2 types d'aspergillose profonde - Aspergillomes Inf. non nosocomiales - Aspergilloses invasives 20

21 III. Aspergilloses : Clinique Aspergilloses invasives GMS x4 Développement des filaments mycéliens dans les tissus. Dissémination possible. Facteur de risque = immunosuppression phagocytaire neutropénie, corticothérapie Mortalité 30 à 90 % selon le terrain du patient, l extension de l infection et la précocité du traitement Nosocomialité possible mais difficile à prouver car durée d incubation de l infection inconnue 21

22 III. Aspergilloses : Clinique Incidence - mortalité Incidence (%) Mortalité (%) Hémopathies malignes Allogreffe moelle osseuse Aplasie médullaire 5 50 Greffe d'organe Tumeur solide < 1 30 SIDA 0,

23 III. Aspergilloses : Contamination Sources de contamination Sol et végétaux en décomposition Epidémies ou cas sporadiques d AI Travaux Plantes en pot et fleurs Tapis Cartons Matériaux de construction Systèmes de ventilation Systèmes de filtration d'air Faux plafonds Surfaces murales poreuses Appareils ménagers Marijuana contaminée Cigarettes Aliments Eau (Manuel, J Hosp Infect 1998, Anaissie, Clin Infect Dis 2001, Bouakline, ICAAC 1999) 23

24 III. Aspergilloses : Contamination Présence d'aspergillus dans les aliments Prélèvements positifs Poivre 100 % Thé 100 % Infusions 27 % Potage lyophilisé 20 % Fromages affinés (Camembert, Brie, St Nectaire) 100 % Biscuits 7 % Abricots 75 % Kiwis, pêches 50 % Pommes 38 % Bananes 25 % Oranges, citrons 13 % (Bouakline et coll., ICAAC, 1999) 24

25 III. Aspergilloses : de l épidémiologie à la prévention Prophylaxie médicamenteuse Eviter l'aérocontamination pendant l hospitalisation air filtré (HEPA) et pression positive ou flux laminaire limiter au maximum les sorties de l'environnement protégé interdire tout objet ou aliment vecteur potentiel cartons, tapis, peluches, fleurs,... poivre et autres épices, thé, fruits crus,... précautions en cas de travaux Limiter les risques après retour à domicile 25

26 I. Généralités sur les champignons II. III. IV. Epidémiologie générale des infections fongiques Les aspergilloses Les candidoses V. Conclusion 26

27 IV. Candidoses : Généralités Genre Candida Candida albicans : 80 % et C. glabrata C. tropicalis C. parapsilosis C. krusei 20 % 50% dans les septicémies Ecologie - Saprophytes du milieu extérieur - Commensaux de la flore des muqueuses et de la peau - Industrie agroalimentaire 27

28 IV. Candidoses : Bases physiopathologiques Infection d'origine endogène le plus souvent Opportuniste facteurs favorisants locaux ou généraux Commensalisme Colonisation avancée facteurs favorisants = facteurs de risque Infection 28

29 IV. Candidoses : Clinique Candidoses superficielles muqueuses, peau, ongles - C. albicans > 95 % - Fréquentes, localisées, bénignes - Immunocompétent et immunodéprimé Acquisition communautaire ou nosocomiale Candidoses profondes - C. albicans = 50 % - Surviennent sur terrains très particuliers - Diagnostic et traitement difficiles - Mortalité 40 % sang et organes profonds Acquisition nosocomiale ++ 29

30 IV. Candidoses : Clinique Facteurs de risque des candidoses profondes Immunosuppression (neutropénie) - Hémopathies, chimiothérapie anticancéreuse Risque si association avec antibiotiques, corticoïdes ou colonisation avancée Chirurgie - Chirurgie digestive surtout Voies veineuses Tout matériel étranger constituant un support Acquisition nosocomiale 30

31 IV. Candidoses : Clinique Septicémie fongémie candidémie Nosocomiales Patients à risque : onco-hématologie, chirurgie, réanimation Portes d'entrée : levures digestives (endogène), cathéter colonisé (endo- ou exogène) Mortalité 40 % Candidoses profondes Diversité des levures : C. albicans 50 %, et C. glabrata, C. tropicalis, C. parapsilosis, C. krusei 31

32 IV. Candidoses : Incidence Répartition des germes isolés dans les hémocultures Infections nosocomiales dans 180 hôpitaux US % Rang E. coli 13,7 1 S. aureus 11,2 2 Entérocoques 10,7 3 Pseudomonas sp. 10,1 4 SCN 9,7 5 Candida sp. 7,1 6 Enterobacter sp. 6,3 7 Klebsiella sp. 4,9 8 Proteus sp. 3,5 9 Serratia sp. 1,5 10 (Jarvis et coll., Clin Infect Dis, 1995) 32

33 IV. Candidoses : Incidence Répartition des germes isolés dans les hémocultures Infections nosocomiales dans 49 hôpitaux US % Rang Mortalité SCN 31, % S. aureus 15, % Entérocoques 11, % Candida sp. 7, % E. coli 5, % Klebsiella sp. 5, % Enterobacter sp. 4, % Pseudomonas sp. 4, % Serratia sp. 1, % Strepto verdissants 1, % (Edmond et coll., Clin Infect Dis, 1999) 33

34 IV. Candidoses : Incidence Répartition des germes isolés dans les hémocultures Depuis 2005 % Rang Mortalité SCN _ 1 21 % S. aureus _ 2 25 % Entérocoques _ 3 32 % Candida sp. 8 à 17 % 4 40 % E. coli _ 5 24 % Klebsiella sp. _ 6 27 % Enterobacter sp. _ 7 28 % Pseudomonas sp. _ 8 33 % Serratia sp. _ 9 26 % Strepto verdissants _ % 34

35 IV. Candidoses : Origine ENDOGÈNE de l infection La colonisation, un facteur de risque majeur 107 patients colonisés, 19 candidémies Nb Intervalle de temps colonisation candidémie Souches identiques 16 4 j (1-11) Souches différentes 3 30 j (3-31) La colonisation : le risque de candidémie raccourcit le délai de survenue de la candidémie (Voss et coll., J Clin. Microbiol, 1994) 35

36 IV. Candidoses : Origine ENDOGÈNE de l infection Sujet sain : acquisition de la flore fongique digestive Age (ans) Total <3 >3-18 >18 Nb sujets % colonisés 30,8 % 44,4 % 54,9 % 51,8 % Acquisition progressive dès la naissance (Khatib et coll., Mycoses, 2001) 36

37 IV. Candidoses : Origine ENDOGÈNE de l infection Modifications de la flore fongique digestive basse chez pts hospitalisés Volontaires sains (n=162) Pts hospitalisés (n=34) Colonisation (%) 54,9 % 88,2 %** C. albicans 62,9 70,0 C. krusei 10,1 3,3 C. lusitaniae 6,7 3,3 C. glabrata 3,4 33,3** C. parapsilosis 2,2 3,3 C. tropicalis 2,2 6,7 C. lambica 2,2 0 C. guilliermondii 1,1 0 Levures non Candida 23,6 3,3** L'hospitalisation la colonisation et modifie la flore (Khatib et coll., Mycoses, 2001) 37

38 IV. Candidoses : Origine EXOGÈNE de l infection Portage de Candida sp. sur les mains du personnel Unité de soins intensifs Chirurgie Nouveaux-nés Personnel testé Positifs - Moyenne 33,1 % 28,6 % - Extrêmes 17,2-58,3 % 7,8-62 % 7 hôpitaux US. Prélèvements mensuels de tout le personnel soignant présent. (Rangel-Frausto et coll., Clin. Infect. Dis, 1999) 38

39 IV. Candidoses : Origine EXOGÈNE de l infection Transmission par les mains : colonisation expérimentale C. albicans 1 heure 1 2 transmission 69 % transmission 38 % (Rangel-Frausto, 1994, Eur.J.Clin.Microbiol.Infect.Dis) 39

40 IV. Candidoses : Evolution de l épidémiologie Variations observées incidence des candidoses répartition des espèces en cause développement de résistances aux antifongiques Selon évolution dans le temps variations géographiques le service d'hospitalisation les pratiques d'utilisation des antifongiques 40

41 IV. Candidoses : Evolution de l épidémiologie Répartition des espèces : variation dans le temps n = 184 n = 182 C. albicans 50% 40% C. tropicalis 29% 9% C. parapsilosis 3% 23% C. glabrata 3% 15% C. krusei 1% ND C. kefyr 5% ND Association 9% ND Candida sp. 9% 13% (Maksymiuk et al, 1984 ; Bassetti et al. 2006) 41

42 IV. Candidoses : Evolution de l épidémiologie Répartition des espèces : influence du service d'hospitalisation % Cancer Nx-nés Réa chir C. albicans C. glabrata C. parapsilosis C. tropicalis Candida sp neutropénie cathéter prophylaxie AF immaturité SI cathéter nutrition parentérale rupture barrières cathéter (Viscoli, Clin Infect Dis 1999, Rangel-Frausto, Clin Infect Dis 1999) 42

43 IV. Candidoses : Evolution de l épidémiologie Répartition des espèces : influence de l'utilisation du fluconazole 2000 patients greffés de moelle osseuse : Prophylaxie par fluconazole Non Oui Fongémies 10 % 4 % C. albicans 63 % 12 % C. glabrata 6 % 33 % Prophylaxie par fluconazole : - réduit incidence des candidoses invasives - modifie la répartition des espèces en cause (d'après DuBois et coll., ICAAC 1994) 43

44 C. albicans Distribution des résistances au fluconazole par espèce R + SDD : 1,5 % C. krusei R +SDD : 73,8 % Résistance naturelle C. glabrata R + SDD : 32,9 % Résistance naturelle + acquise 44 (Meis, Diag Microbiol Infect Dis, 2000)

45 I. Généralités sur les champignons II. III. IV. Epidémiologie générale des infections fongiques Les aspergilloses Les candidoses V. Conclusion 45

46 V. Conclusion : Augmentation constante des infections fongiques opportunistes Grande diversité des types d infections et des patients à risque Aspergilloses : 1ere cause de mortalité infectieuse chez les patients d'hématologie. Caractère nosocomial non démontré Candidoses nosocomiales : Modification de la répartition des espèces Emergence de résistances aux antifongiques Émergence de nouveaux champignons autrefois non pathogènes. Actuellement > 500 espèces impliquées Physiopathologie des infections encore mal connue 46