T.P. /practical Classes (h) PR Dr.

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1 BP1 BIOLOGIE MOLECULAIRE / MOLECULAR BIOLOGY Classes 5 (45h) parcours, (TU responsive): BP / COMMON FR : GANTET Pascal VN : LE Tran Binh Dr. Université Montpellier 2 IBT / VAST OGRAMME DE L UNITE D ENSEIGNEMENT : Le but du module Biologie Moléculaire est de donner aux étudiants une idée Claire des mécanismes de base impliqués dans la régulation de l expression des gènes à différents niveaux chez la cellule eucaryote (épigénétiques, transcriptionnels, post-transcriptionnels et traductionnels). La seconde partie du cours est consacrée à l étude des techniques utilisées couramment en Biologie Moléculaire pour manipuler et cloner les acides nucléiques, et des techniques utilisées pour étudier l expression et la fonction,de gènes chez les organismes modèles ou d intérêt économiques (Northern, hybridation in situ, gènes rapporteurs, transcriptome, interactions protéines/adn, clonage moléculaire etc). Des travaux pratiques destinés à cloner dans un plasmide un fragment d ADN, le vérifier par restriction enzymatique et PCR seront réalisés. Des travaux pratiques destinés à étudier les interactions protéines/protéines grâce au système du double hybride dans la levure pourront aussi être développés. - Connaissance conceptuelle des mécanismes de la regulation de l expression des gènes - Connaissance critique des différentes methods d étude de l expression des genes et de leur fonction - Pratique du clonage moléculaire et de la PCR The goal of the course Molecular Biology of the eukaryotic cell is to provide the students with the fundamental principles of the different levels of gene regulation (epigenetic, transcriptional, posttranscriptional, translational) occurring in eukaryotic cells. The second part of this course covers the basic techniques used daily in molecular biology laboratories to manipulate nucleic acids and more advance techniques enabling to study the expression and function of genes in model organisms and more economically important species (Northern, RT-qPCR, in situ hybridization, reporter genes, transcriptome, protein/dna interactions, molecular cloning, insertion mutants, enhancer traps...). During practical class students will clone a cdna in a plasmid and verify it by enzymatic digestion and PCR. Practical class devoted to the study of protein/protein interaction may be also developed. Acquired Skills : - Conceptual overview of gene regulation mechanisms - Critical overview of technics used for gene regulation and function studies - Practice on molecular cloning and PCR

2 Modalités d évaluation / Examination forms Interrogation(s) orale(s) interview / oral Rapport / mémoire / repport Examen(s) écrit(s)/ 70% Compte-rendu(s) de travaux pratiques / practical classe repport / 30% training or project defense Note de déroulement de stage / training mark Exposé(s) / talk Poster IMPLICATION DE COMPAGNIES IVEES : INVOLVMENT OF IVATE COMPAGNIES : Des contacts seront pris avec les principales sociétés fournisseuses de réactifs de biologie moléculaire (Promega, Clonthech ). Main supplier companies of Molecular Biology reactives will be contacted.

3 BP02 BIOCHIMIE ET ENZYMOLOGIE / BIOCHEMISTRY AND ENZYMOLOGY Classes parcours, (TU responsive): BP / COMMON FR : Pascal GANTET VN : QUYEN Dinh Thi Université Montpellier 2 IBT / VAST OGRAMME DE L UNITE D ENSEIGNEMENT : Le module «Biochimie et enzymologie» devrait permettre aux étudiants d acquérir de bonnes connaissances sur la composition et les rôles des protéines, les techniques physicochimiques et biologiques qui permettent d extraire, de purifier, d étudier et de déterminer les structures de ces biomolécules. Dans une seconde partie, les fonctions des ces biomolécules seront exposés (catalyse, transfert d électrons, transport membranaire ). Une grande partie sera centrée sur l aspect théorique de la cinétique enzymatique. Enfin des exemples utilisés en biotechnologies seront donnés pour illustrer ce module. Des travaux pratiques destinés à extraire et/ou purifier une protéine puis faire son étude physicochimique seront réalisés, ainsi que des travaux pratique en cinétique enzymatique. - Connaissance des structures des protéines - Connaissance des techniques d analyse et de purification et travaux pratiques - Connaissance de la cinétique enzymatique The goal of the course biochemistry and enzymology is to provide the students with the physicochemical aspect of the structure of biological macromolecules (especially the proteins). Based on the properties of these molecules, some tools and techniques will be described. The techniques of extraction, purification and characterization of proteins will be more developed. The second part is devoted to the functional aspects of these biomolecules (enzymatic catalysis, membrane transport, electron transfer...). The theoretical concepts associated with enzymatic catalysis constitute a large part of this module. Each functional aspect will be illustrated by an introduction to industrial applications by implementing the corresponding biomolecules (DNA chips, biosensors,... ). During practical class students will extract or/and purify a protein and then characterize it. In a second time, an enzymatic kinetic will be studied. Acquired Skills : - Overview of protein structures - Overview of technics and methods for purification and analysis - Enzymatic kinetic

4 Modalités d évaluation / Examination forms Interrogation(s) orale(s) interview / oral Rapport / mémoire / repport Examen(s) écrit(s)/ 70% Compte-rendu(s) de travaux pratiques / practical classe repport / 30% training or project defense Note de déroulement de stage / training mark Exposé(s) / talk Poster IMPLICATION DE COMPAGNIES IVEES : INVOLVMENT OF IVATE COMPAGNIES :

5 BP3 DRUG DISCOVERY Classes 5 (45h) parcours, (TU responsive): BP / COMMON FR : BARRET Roland VN : NGUYEN Hai Nam Dr. Université Montpellier 1 Université de Pharmacie d Hanoi OGRAMME DE L UNITE D ENSEIGNEMENT : Le but du module est de donner aux étudiants les bases nécessaires à la compréhension des principes généraux de la mise au point des médicaments (Drug Descovery). Les différentes méthodes seront décrites qui vont de la découverte de nouvelles structures par screening sur différentes cibles (protéiques) jusqu à la conception rationnelle de synthèses dirigées. Dans ces méthodes la pharmacognosie a toute sa place et les drogues d origine végétale, animal et microbiologique.seront décrites. - Connaissance conceptuelle des théories du Drug Discovery - Pharmacognosie : diverses origines des drogues. The goal of the course is to understand the different methods to drug discovery: definition and general principles: from screening methods to rational concept and combinational chemistry. The different origins of drugs are studied: natural (pharmacognosy) and synthetic (chemistry). Acquired Skills : - Theorical knowledge of drug discovery - Knowledge of fundamental techniques of pharmacognosy Modalités d évaluation / Examination forms Interrogation(s) orale(s) interview / oral training or project defense Note de déroulement de stage / training mark Rapport / mémoire / repport Examen(s) écrit(s)/ 30% Compte-rendu(s) de travaux pratiques / practical classe repport / Poster IMPLICATION DE COMPAGNIES IVEES : INVOLVMENT OF IVATE COMPAGNIES :

6 BP4 INTRODUCTION TO BIOTECHNOLOGY Classes 5 (45h) par cours, (TU responsibles): BP / COMMON FR : MARQUE Christiane VN : LE QUANG HOA MC University Toulouse 3 HUST OGRAMME DE L UNITE D ENSEIGNEMENT : L objectif pédagogique du module Introduction aux biotechnologies est d initier les étudiants aux principes généraux des biotechnologies. La première partie des cours présente les principales méthodes de génie génétique et de culture in vitro (plante, tissus ou suspension cellulaire) en lien avec leur champ d application et les aspects commerciaux associés. Ces outils biotechnologiques sont dédiés aux plantes en vue de l amélioration génétique de plantes d intérêt économique ou de la production de molécules d intérêt. La seconde partie du cours portera sur l immunotechnologie. Cette partie comprend une présentation générale des méthodes permettant i) la production d anticorps polyclonaux, monoclonaux, recombinants, ii) la détection, la mesure, la caractérisation des anticorps, iii) leur utilisation dans le cadre du diagnostic ou de la recherche. Les travaux dirigés permettent d aborder des exemples d application de ces outils biotechnologiques à travers l analyse d articles scientifiques. Des travaux pratiques sont une initiation au travail individuel en asepsie (culture in vitro et transgénèse chez les plantes) ainsi qu aux méthodes PCR utilisées en détection moléculaire (diagnostic moléculaire en santé humaine ou le contrôle de la qualité de denrées alimentaires). - Compréhension des bases théoriques du développement des méthodes en biotechnologie - Connaissance des principaux domaines d applications de ces méthodes - Travail de bibliographie basé sur des articles scientifiques - Pratique de la culture in vitro et des méthodes de PCR The main objective of this unit is to provide the students with an overview of the general principles of biotechnology. The first part of lectures present the main methods used in genetic engineering and plant tissue culture, associated with corresponding application fields and commercial issues. These plant biotechnology approaches and tools are dedicated to the genetic improvement of economically important crops or to the production of therapeutic molecules (molecular farming). The second part focuses on immunotechnology and includes a presentation of methods allowing i) the production of polyclonal, monoclonal and recombinant antibodies, ii) the detection, measurement and characterization of antibodies, iii) their use in diagnostic and research as immunological tools. The illustrations (examples of applications) are provided through exercises based on scientific literature. In addition, the practical classes allow an individual training in aseptic experiments (plant tissue culture and transgenesis) and in PCR methods used for molecular detection (diagnostic in human health or quality control of food products). Acquired Skills : - Basic knowledge on biotechnological methods - General knowledge on application fields for these biotechnological tools

7 - Analyses of data (examples of applications) from scientific literature - Technical training in plant tissue culture and PCR methods Modalités d évaluation / Examination forms Interrogation(s) orale(s) interview / oral Rapport / mémoire / report Exposé(s) / talk 20% Examen(s) écrit(s)/ 60% Compte-rendu(s) de travaux pratiques / practical class report / 20% training or project defense Note de déroulement de stage / training mark Poster IMPLICATION DE COMPAGNIES IVEES : INVOLVMENT OF IVATE COMPAGNIES : Des contacts seront pris avec les principales sociétés et laboratoires qui pratiquent la culture in vitro de plantes et la transgenèse. Companies involved in plant biotechnology and biomedecine will be contacted.

8 BP 5 Biostatistics and Bioinformatic Classes 5 (40h) parcours, (TU responsive): BP / COMMON FR : Jean-Claude LABERCHE VN : VU Dang Hoang Université de Picardie Jules Verne HUP OGRAMME DE L UNITE D ENSEIGNEMENT : Le but du module Biostatistiques et Biuoinformatiques est de donner aux étudiants les notions appropriées en statistiques inférentielles dans le domaine de la biologie. Il s agit : Des concepts statistiques et l interprétation des séries de données dans les expérimentations à un, deux ou plus facteurs expérimentaux (moyenne,,écart type, intervalle de confiance, tests paramétriques et non paramétriques, ANOVA et ACP). Préparer, mettre en place et les expériences en biologie (test d hypothèse) Développement des connaissances et des méthodes de bioinformatiques pour l analyse des données biologiques (analyse de séquence, génomique, protéomique, transcriptomique. - Plans d expérience - Analyse des données pour la bioinformatique The goal of the course Biostatistics and Bioinformatic is the development of knowledge on Statistical inference. Students will work on an appropriate application of statistical tools in biology and biotechnology. Namely : -Statistical concepts, analysis and interpretation of measured data with one, two or more experimental factors (mean, standard deviation, interval estimation, standard error of the mean, t-test, ANOVA and ACP, non parametric test ). -Planning and analysis of comparative experiments. (Hypothesis testing). -Introduction to bioinformatics and biostatistics for the integrated analysis of biological data (sequence analysis, genome-proteome-transcriptome analysis, 3D structural analysis, genotyping, data bases) Acquired Skills : - Application of statistical concepts, establishment and analysis of experiments (experimental design). - Principle Component Analysis - bioinformatics (sequence analysis, genome-proteome-transcriptome analysis, 3D structural analysis, genotyping, data bases)

9 Modalités d évaluation / Examination forms Interrogation(s) orale(s) interview / oral Rapport / mémoire / repport Examen(s) écrit(s)/ 70% Compte-rendu(s) de travaux pratiques / practical classe repport / 30% training or project defense Note de déroulement de stage / training mark Exposé(s) / talk Poster IMPLICATION DE COMPAGNIES IVEES : INVOLVMENT OF IVATE COMPAGNIES : Des contacts seront pris avec les principales sociétés de biotechnologies végétales ). Main supplier companies of plant biotechnology will be contacted.

10 BP06 : Scientific Communication, Valorisation, Project management Classes 5 (45h) parcours, (TU responsive): BP / COMMON FR : GONTIER Eric VN : LE Thanh Hoa Université Picardie Jules Verne IBT / VAST OGRAMME DE L UNITE D ENSEIGNEMENT : Cette formation doit permettre aux étudiants de comprendre les enjeux de la communication scientifique, de maîtriser la démarche de conception et de conduite d un projet scientifique et de s approprier les méthodes et les techniques associées à la valorisation de la recherche (analyse de liberté d exploitation, brevets, contrefaçon). Pour atteindre ces objectifs, des cours et des séances de travaux dirigés sont organisés tout au long de la formation. Les étudiants auront à développer un projet de communication scientifique qui sera finalisé par un document et une présentation orale. En parallèle ils seront sensibilisés à la problématique brevet et seront initiés à l utilisation de bases en ligne. Ils auront là aussi un projet à mettre en œuvre par binômes ou trinômes La recherche, le tri, le stockage et l exploitation de l information seront ainsi abordés. La mise en place d une communication avec l élaboration d un plan clair et précis sera mise en œuvre au travers d un projet qui visera à élaborer un document de vulgarisation, un article scientifique, un cours de licence-master, une communication scientifique par voie d affiche (poster),un rapport technique et à réaliser une présentation orale (mini-conférence). - Connaissance et utilisation critique des bases de données scientifiques et brevets sur internet - Lecture rapide et première étape de rédaction d un article et d un brevet - Méthodologie (et déontologie) pour la citation des auteurs et le respect des droits d auteurs - Recherche, accumulation-stockage et tri de l information scientifique et technique - utilisation de cartes heuristiques - Rédaction scientifique et technique - Connaissance et maîtrise d outils de gestion de projet The goal of the course Scientific Communication, Valorization, Project management is to provide the students with the fundamental principles of: - the different levels and forms of scientific communication. From vulgarisation of science to the writing of scientific articles, the students will learn how and where to get scientific information; how to accumulate, sort and store these informations and, -how to elaborate a clear overview of large and complex subjects such as scientific questions (use of mind mapping). The students will have to develop a communication project (scientific article, scientific poster, vulgarization article, scientific course...) and another project devoted to Intellectual Property (patents) and then will present this work as a conference.

11 Acquired Skills : - Conceptual overview of scientific communication - Knowledge and use of scientific and patent database - Methods for fast reading of documents, selection, storage and use of information - Scientific writing, illustrating, - Development of clear overview using mind-mapping - Ability to present a short conference Modalités d évaluation / Examination forms Interrogation(s) orale(s) interview / oral Rapport / mémoire / repport 25% Exposé(s) / talk 25% Examen(s) écrit(s)/ 25% Compte-rendu(s) de travaux pratiques / practical classe repport / training or project defense Note de déroulement de stage / training mark Poster 25% IMPLICATION DE COMPAGNIES IVEES : INVOLVMENT OF IVATE COMPAGNIES :

12 BP8 MEDICINAL CHEMISTRY AND DRUG DESIGN Classes 5 (45h) parcours, (TU responsive): BP / COMMON FR : BARRET Roland VN : NGUYEN Hai Nam Université Montpellier 1 HUP OGRAMME DE L UNITE D ENSEIGNEMENT : Le but du module est de montrer à l étudiant la démarche pour d une part mettre au point une drogue et d autre part comment développer un lead lorsque celui a été découvert. Différentes approches et techniques seront étudiées. Tout d abord les techniques spectrales : la RMN et la spectrométrie de masse. Puis la notion de récepteur et les différents types de liaison (agoniste, antagoniste, antagoniste partiel) seront détaillés.puis seront abordés les problèmes de barrière et de métabolisme. La troisième partie abordera les techniques de modification des drogues pour améliorer l activité du lead. Enfin les problèmes de biopharmacie seront vus : les différentes voies d administration, les différentes formes pharmaceutiques et la vectorisation. - Connaissance des différentes techniques d analyse structurale (RMN et SM) - Connaissance conceptuelle des mécanismes de Drug Design - Connaissance des différents problèmes de biopharmacie : voes d administration, vectorisation The goal of this course is first the knowledge of analytical techniques (nmr and mass spectroscopy). Then the description of different receptors and the different fixations. The third chapter is the concept of modification of drugs. At last biopharmaceutics (way of administration, modulation, drug targeting bioavaibility and metabolism...). Acquired Skills : - Conceptual overview of spectroscopic analysis - Definition of different receptors - Conceptual overview of drug design - Studies of different problem in biopharmacy: drug delivery, galenic modulation, targeting form

13 Modalités d évaluation / Examination forms Interrogation(s) orale(s) interview / oral Rapport / mémoire / repport Exposé(s) / talk 30% Examen(s) écrit(s)/ 70% Compte-rendu(s) de travaux pratiques / practical classe repport / training or project defense Note de déroulement de stage / training mark Poster IMPLICATION DE COMPAGNIES IVEES : INVOLVMENT OF IVATE COMPAGNIES :

14 BP09 ACTICAL FORMULATION AND BIOPHARMACY Classes 5 (45h) parcours, (TU responsive): BP / COMMON FR : FALSON Françoise VN : To be identified Université Lyon1 OGRAMME DE L UNITE D ENSEIGNEMENT : Etude de cas : développement d une forme topique contenant un extrait végétal 1/ Méthodologie d extraction et caractérisation analytique 2/ Préformulation : coefficient de partage, solubilité, solubilisation dans les systèmes multiphases (surfactif, polymère, solvant) émulsions microémulsions 3/ Formes solides : poudres, comprimés, capsules, lyophilisat/ désagrégation et dissolution 4/Systèmes polymères : matrice, gel, microparticules, nanoparticules 5/ tests biopharmaceutiques : in vitro et ex vivo test. - Connaissance des différentes étapes initiales de développement d un médicament - Connaissance sur la méthodologie d extraction et analyse d un actif végétal - Connaissance des paramètres physicochimiques de préformulation - Approche de formulation de formes solides et polymères - Mise en place de tests biopharmaceutiques in vitro et ex vivo. - Apprentissage de travail en binômes, exposés et analyses de résultats de groupe Case of study: Development of topical dosage form containing plant extracts 1/Extraction methodology and analytical characterization 2/ Preformulation: partition coefficient, solubility, solubilisation in multiphasic systmes (surfactant, polymer, solvent ) emulsion, 3/ Solid systems: powder, tablet, capsules, freeze drying, spray drying, disaggregation, dissolution, 4/ Polymeric system: matrix, gel, film, microparticles, nanoparticles, 5/ Biopharmaceutical tests: In vitro and ex vivo tests for different routes of administration Acquired Skills : - Knowledge of initial steps for the development of health product - Knowledge of extraction and analytical characterization of an active ingredient - Methodical approach to preformulation, formulation and biopharmaceutic test of a knew active ingredient. Modalités d évaluation / Examination forms Interrogation(s) orale(s) interview 40% / oral training or project defense Note de déroulement de stage / training mark Rapport / mémoire / repport Compte-rendu(s) de travaux pratiques / practical classe repport / 40% Examen(s) écrit(s)20% Poster IMPLICATION DE COMPAGNIES IVEES : INVOLVMENT OF IVATE COMPAGNIES :

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16 BP10 CONCEPTS EN BIOCHROMATOGRAPHIE CONCEPTS IN BIOCHROMATOGRAPHY Classes 5 (45h) parcours, (TU responsive): BP / COMMON FR : VIVES Eric VN : PHAM Thi Thanh Ha MCU Université Montpellier 2 HUP OGRAMME DE L UNITE D ENSEIGNEMENT : Les biomolécules peuvent être purifiées de divers types de tissus d origine végétales ou animales, ou, dans le cas de protéines recombinantes, généralement de cellules bactériennes. Des connaissances sur ces molécules d intérêt sont utiles pour anticiper un processus de purification complet. Pour purifier une molécule d un mélange complexe d un échantillon de diverses origines, les scientifiques étudient comment des groupes de molécules diffèrent les unes des autres et comment ces différences peuvent être exploitées tout au long du processus de purification. Des données sur la séquences, la composition, la charge, l hydrophobicité de la molécule à purifier peuvent être utilisées pour prédire quelles techniques chromatographiques pourraient être les plus appropriées. Nous définirons en premier lieu quelles techniques d extraction à partir de tissus végétaux ou animaux sont les plus adaptées et nous explorerons les différents aspects théoriques et pratiques des techniques chromatographiques telles que la chromatographie d exclusion, d échange d ions, d interaction hydrophobes ou d affinité. L optimisation de ces processus de purification comme la présence éventuelle de détergents, la maîtrise de la protéolyse et de l intégrité et la fonctionnalité de la biomolécule sera développée pour ces différentes techniques de chromatographie. Des applications bibliographiques couplées à des exercices théoriques et pratiques complèteront ces notions théoriques avec un développement marqué sur la purification des protéines recombinantes. - Connaissance conceptuelle des modes d extraction et de purification chromatographique des biomolécules. - Connaissance critique des différentes méthodes d étude de purification chromatographique - Maîtrise théorique et pratique de la purification chromatographique et la caractérisation de biomolécules. Biomolecules may be purified from naturally occurring sources such as animal or plant tissue, or, in the case of recombinant proteins, from microbial host cells. Some knowledge about the molecule of interest is helpful in choosing an effective purification scheme. To purify a molecule from other proteins present in a sample, scientists study how groups of molecules differ from one to another and how these differences can be used along the separation. Data about the sequence or class of molecule can be used to estimate the size, charge, or hydrophobicity of the molecule to be purified and to determine which chromatography technique might be the most efficient. We will first define the best methodology for extracting biomolecules from cell extracts and then explore different aspects of theoretical and practical biochromatography such as size exclusion, ion exchange, hydrophobic interaction chromatography and affinity chromatography. Optimisation of critical parameters related to purification like detergent, proteolysis will be addressed and electrophoreretic separation of proteins for further characterisation. Applications and exercises as well as practical works will complete these theoretical notions with a particular emphasis on purification of recombinant proteins.

17 Acquired Skills : - Conceptual knowledge of extraction and chromatographic purification of biomolecules. - Critical overview of chromatographic techniques. - Theoretical and practical control of purification and characterization of biomolecules. Modalités d évaluation / Examination forms Interrogation(s) orale(s) interview / oral Rapport / mémoire / repport Examen(s) écrit(s)/ 100% Compte-rendu(s) de travaux pratiques / practical classe report training or project defense Note de déroulement de stage / training mark Exposé(s) / talk Poster IMPLICATION DE COMPAGNIES IVEES : INVOLVMENT OF IVATE COMPAGNIES : Des contacts seront pris avec les principales sociétés fournisseurs de matériel et d accessoires de séparation chromatographique (Dionex, Interchim, Waters ). Main supplier companies of chromatographic materials and accessories will be contacted.

18 BP11 IMMUNOLOGIE GENERALE / GENERAL IMMUNOLOGY Classes 5 (45h) parcours, (TU responsive): BP / COMMON FR : RIHET Pascal et NAQUET Philippe Université Aix-Marseille 2 Université Aix-Marseille 2 VN : DINH Duy Khang IBT / VAST OGRAMME DE L UNITE D ENSEIGNEMENT : Ce module d immunologie fondamentale incluera les themes suivants: i) concepts de base de l immunologie (cellules immunitaires, organs lymphoides, immunité innée et immunité acquise); i) la reconnaissance de l antigène (par les cellules de l imunité innée, les lymphocytes B et T, generation des repertoires B et T, presentation antigénique); iii) l activation des cellules immunitaires (immunité innée et immnité acquise); iv immunité et infection; v) immunopathologie (imunodéficiences, hpersensibilité, autoimmunité). - Connaissance théorique des mécanismes immunitaires This teaching unit will focus on fundamental immunology, and will include the following topics: i) basic concepts in immunology (immune cells, lymphoid organs, innate and adaptative immunity ); ii) the recognition of antigen (antigen recognition by innate immune, B-cell and T-cell receptors, the generation of B-cell and T-cell receptors, antigen presentation); iii) the activation of immune cells (innate immune cells and T and B lymphocytes) iv) immunity and infection; v) immunopathology (immunodeficiencies, hypersensitivity diseases, autoimmunity). Acquired Skills : - Conceptual overview of fundamental immunology Modalités d évaluation / Examination forms Interrogation(s) orale(s) interview / oral Rapport / mémoire / repport Examen(s) écrit(s)/ 70% Compte-rendu(s) de travaux pratiques / practical classe repport / 30% training or project defense Note de déroulement de stage / training mark Exposé(s) / talk Poster IMPLICATION DE COMPAGNIES IVEES : INVOLVMENT OF IVATE COMPAGNIES :

19 BP12 Biomedical biotechnologies Classes 5 (45h) parcours, (TU responsive): BP / COMMON FR : COHEN Pascale VN : NGUYEN Huy Hoang Université Montpellier 1 IBT / VAST OGRAMME DE L UNITE D ENSEIGNEMENT : Le but du module «Biotechnologie biomédicales» est de donner aux étudiants une vue synthétique des bio technologies appliquées à la biomédecine, avec un focus particulier sur l'importance des biotechnologies pour la recherche et le développement de molécules thérapeutiques. Seront développées dans ce module, les approches pour produire et développer des médicaments recombinants, les approches pour l'exploration génomique utilisant des puces à ADN dans les domaines de la pharmacogénétique et de la pharmacogénétique, les approches pour permettre l'obtention d'anticorps monoclonaux ou d'anticorps polyclonaux pour une application immunotechnologique, les approches pour produire par ingénierie génétique des anticorps recombinants ou chimériques, et enfin, les approches en médecine régénérative. Ce programme est recommandé pour des biologistes moléculaires ou médicaux. - Connaissance conceptuelle des approches fondamentales utilisées dans les biotechnologies médicales (ingénierie génétique, génomique, immunotechnologies, médecine régénérative) This course will introduce the students to Biotechnologies applied to Biomedicine, with a specific focus on the importance of Biotechologies for research and drug development. Approaches for producing and developing recombinant drugs, approaches for genomic exploration using DNA arrays in the pharrmacogenomics and pharmacogenetics field, approaches for the obtention of monoclonal or polyclonal antibodies for immunotechnologic purposes, approaches for producing by genetic engineering chimeric or recombinant antibodies, and approaches in regenerative medecine will be developed. The course is recommended for molecular and medical biologists. (have to start after January) Acquired Skills : - Conceptual overview of the fundamental approaches applied in biomedical biotechnologies (Genetic engineering, genomics, immunotechnology, regenerative medicine)

20 Modalités d évaluation / Examination forms Interrogation(s) orale(s) interview / oral Rapport / mémoire / repport Examen(s) écrit(s)/ 100 Compte-rendu(s) de travaux pratiques / practical classe repport / training or project defense Note de déroulement de stage / training mark Exposé(s) / talk Poster IMPLICATION DE COMPAGNIES IVEES : INVOLVMENT OF IVATE COMPAGNIES :

21 BP13: Bioinformatics for genomics: From primary sequence to biological function Classes 5 (45h) 5 40 parcours, (TU responsive): BP / COMMON FR : TALLA Emmanuel VN : KIM Thi Phuong Oanh MC Dr. Université de la Mediterranée IBT / VAST OGRAMME DE L UNITE D ENSEIGNEMENT : Cet enseignement est consacrée à l'analyse in silico des séquences pour en extraire l'information biologique. Il consiste à une initiation/maitrise aux outils/methodes bioinformatiques, essentiellement par la pratique (sur internet): Centre de ressources (NCBI,...), banques de données (Uniprot,...), analyse et comparaison de sequences (Blast,..), alignements de séquences et recherche de domaine fonctionnelle (ClustalW,...) et des méthodes de reconstructions phylogénétiques (PHYML,...). Une plateforme web 'Annotathon' [ Plos Biol. 6 (11) :e296] spécifiquement dédiée à cet enseignement permet aux étudiants de se familiariser à l'utilisation de tous ces outils, mais également un suivi à distance (via le serveur web) de leur travail d'annotation des séquences. - Maîtrise des principaux outils de bioinformatique pour l'analyse de séquences biologiques (acides nucléiques et protéines). - Production des analyses et interprétation des résultats. - Application à l'annotation de séquences anonymes issues de projets de métagénomique océanique. This course introduces the students to Bioinformatics, which uses computer databases to store, retrieve and assist in understanding biological information. Genome-scale sequencing projects have led to an explosion of genetic sequences available for analysis. Students will also be introduced to the basic concepts behind Bioinformatics and Computational Biology tools. Approches of in silico sequence analysis and genome annotation will be presented. Practical knoweledge based on the Annotathon tool ( which is a web server dedicated to genomic annotation, Plos Biol. 6(11):e296) will familiarize students with the details and use of the most commonly used online tools (Blast, ClustalW, Interproscan,...) and biological ressources (NCBI, Uniprot,... ). Acquired Skills : - Getting the main skills for bioinformatic tools, in particular for the analysis of biological sequences (nucleic acids and proteins). - Production of bioinformatic analyses and result interpretations. - Application to anonymous sequences from metagenomic sequencing projects.