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1 Annex 30, page 1 Projet: D005 IPC Revision WG Definition Project Classe/sous-classe: C40B EP Proposition du Rapporteur Date : Titre - C40B Chimie combinatoire, bibliothèques, p.ex. chimiothèques Énoncé de la définition La présente sous-classe couvre: Les procédés de création de bibliothèques, p.ex. synthèse combinatoire La conception par ordinateur (in silico) ou virtuelle de bibliothèques; les bibliothèques in silico ou virtuelles Les bibliothèques chimiques ou biologiques et leur modifications, c. à d. les bibliothèques modifiées de façon chimique, biologique ou physique Les procédés de criblage des bibliothèques ou de leurs sous-ensembles pour une activité ou une propriété donnée, p.ex. capacité de liaison à un récepteur Les procédés spécialement adaptés à l identification de la nature exacte d un élément particulier d une bibliothèque, p.ex. sa structure chimique Les appareils spécialement adaptés à une utilisation en chimie combinatoire ou à la technologie relative aux bibliothèques, pour l identification des éléments d une bibliothèque, pour le criblage de bibliothèques ou pour la synthèse de bibliothèques; Les appareills intégrés spécialement adaptés à l exécution de n importe quelle combinaison de ces trois tâches Les marqueurs («tags») ou bras-espaceurs («linkers») spécialement conçus pour une utilisation en chimie combinatoire ou en rapport avec des bibliothèques Les autres procédés ou produits spécialement adaptés à la chimie combinatoire ou aux bibliothèques Liens entre secteurs d'une large portée Les éléments des bibliothèques sont également classés dans les autres endroits appropriés de la CIB, p.ex. dans la Section C, selon la procédure établie (voir les paragraphes 100 et 101 du Guide). La matière ayant une utilisation plus étendue et qui peut être également utilisée en dehors de la chimie combinatoire, p.ex. supports solides et bras-espaceurs («linkers») d utilité générale en synthèse en phase solide, ou réactifs généraux, est également classée dans les autres endroits appropriés de la CIB, p.ex. dans la Section C.

2 Annex 30, page 2 Les procédés ou les appareils couverts par la présente sous-classe sont aussi classés pour leurs caractéristiques biologiques, chimiques, physiques ou autre dans les endroits appropriés de la CIB, si ces caractéristiques présentent un intérêt, p.ex. - Biocides A 01 N - Préparations à usage médical, dentaire ou pour la toilette A 61 K - Activité thérapeutique des composés A 61 P - Séparation B 01 D - Procédés chimiques ou physiques, p.ex. catalyse ; Appareillage approprié B 01 J - Appareils de laboratoire pour la chimie ou la physique B 01 L - Travail des matières plastiques B 29 - Composés inorganiques, organiques ou organiques macromoléculaires; Leurs procédés de préparation ou de séparation C 01, C 07, C 08 - Biochimie, microbiologie, enzymologie comprenant les micro-organismes ou les enzymes, leur préparation, leur utilisation pour synthétiser des composés ou des compositions; Procédés de mesure ou d analyse faisant intervenir des microorganismes ou des enzymes; Techniques de mutation ou de génétique C12 - Alliages métalliques C 22 - Analyse chimique ou physique G 01 N - Procédés de mesures physique; Appareillage approprié G 01 R, G 01 T - Méthodes photomécaniques G 03 F - Traitement électrique de données numériques G 06 F - Traitement de données G 06 K - Traitement de données d image G 06 T - Présentation; Publicité G 09 F Renvois influençant le classement dans la présente sous-classe Renvois indicatifs Règles particulières de classement dans la présente sous-classe Dans la présente sous-classe, à chaque niveau de subdivision, sauf indication contraire, le classement s effectue à la première place appropriée ; Lors du classement dans la présente sous-classe, des classements additionnels sont effectués pour la matière considérée comme information d invention, ou considérée comme ayant de l intérêt pour la recherche ;

3 Annex 30, page 3 Sauf lorsque précisé autrement, les bibliothèques in silico ou virtuelles sont classées dans le groupe principal C40B7/00 (ou ses sous-groupes) comme si elles étaient des entités physiques existantes. Glossaire Dans la présente sous-classe, les termes ou expressions ont la signification ci-dessous indiquée: Appareil "intégré" : Appareil destiné spécifiquement à effectuer au moins deux opérations, p.ex. synthèse et criblage. Bibliothèque : Une bibliothèque est une collection d une pluralité de composés, de micro-organismes ou d autres substances. La collection est utile en tant que plateforme-test pour déterminer le(s)quel(s) de ses éléments ou sous-groupe(s) d éléments possède(nt) une activité ou propriété intéressantes. Une bibliothèque peut par exemple exister sous la forme : d une solution ; d un mélange physique ; d une matrice ( array ) ordonnée ou désordonnée ; d une pluralité d éléments présents sur un support et fixés sur ce support, p.ex. par liaison chimique, par des forces d attraction physiques ou par revêtement. Bibliothèque combinatoire : Ensemble de composés (bibliothèque) préparé par synthèse combinatoire. Il peut consister en une collection de mélanges ou de sous-bibliothèques. Bibliothèque dynamique : Collection de composés (en solution) en équilibre dynamique (c. à d. constamment en changement). En présence d un composé-cible se liant de façon sélective à certains éléments de la bibliothèque, la composition de la bibliothèque est modifiée ; l équilibre est déplacé vers une augmentation de la concentration des composés ayant une affinité relativement forte pour la cible. Une bibliothèque dynamique contient toutes les combinaisons potentielles possibles des composés sujets à des liaisons aléatoires dynamiques, que ces combinaisons soient effectivement présentes ou non dans les conditions de réaction. C est une bibliothèque virtuelle. Une entité réelle est générée en présence de la cible.

4 Annex 30, page 4 Bibliothèque in silico: Bibliothèque n ayant pas d existence physique, construite uniquement sous forme électronique ou papier. Il s agit d un type de bibliothèque virtuelle. Les composés de base («building blocks») nécessaires à la construction d une telle bibliothèque peuvent ne pas exister, et les étapes chimiques pour la création d une telle bibliothèque peuvent ne pas avoir été testées. Ces bibliothèques sont utilisées pour la conception et l évaluation de bibliothèques potentielles. Bibliothèque virtuelle : Bibliothèque n ayant pas d existence physique. Cette terminologie englobe deux types de bibliothèques : les bibliothèques in silico et les bibliothèques dynamiques. Capture par la résine («resin capture») : Procédé consistant en la mise en contact du milieu réactionnel et d un support solide, après que la réaction a eu lieu en solution, dans le but d attacher le produit de réaction à la résine et donc de pouvoir le récupérer facilement. Codage/encodage : Stratégie dans laquelle un marqueur est associé à chaque élément d une bibliothèque, dans le but de consigner sa structure et/ou la séquence de réactions utilisées pour sa préparation. Ceci est généralement obtenu par l utilisation de marqueurs («tags/labels») attachés aux particules de support solide sur lesquelles les éléments des bibliothèques sont assemblés. Contenu dans : Une bibliothèque contenue dans un micro-organisme, une cellule ou un vecteur est une bibliothèque dont les éléments sont présents dans l entité correspondante, p.ex. dans un plasmide. Criblage («screening») : Procédé consistant à déterminer si une bibliothèque contient un ou plusieurs élément(s) ayant une propriété ou activité particulière présentant de l intérêt. Décodage: Procédé permettant la détermination de la structure d un élément d une bibliothèque et/ou de la séquence de réactions conduisant à sa préparation, et consistant en la «lecture» (p.ex. en en déterminant la structure) d un marqueur (code, «tag», «label») associé à l élément de la bibliothèque en question.

5 Annex 30, page 5 Déconvolution: Procédé consistant au fractionnement (normalement par synthèse itérative, ou par élaboration d une bibliothèque partielle) d un groupe possédant un certain niveau de l activité désirée en un ensemble de groupes plus petits. Voir aussi déconvolution itérative. Déconvolution itérative: Procédé d identification des éléments actifs d une bibliothèque consistant en la répétition de la stratégie de déconvolution un certain nombre de fois. Généralement, la bibliothèque initiale est divisée en sous-groupes qui ne se recouvrent pas. Ces sousgroupes sont testés (criblés) séparément, et celui ayant l activité la plus importante est identifié. Ce sous-groupe est de nouveau synthétisé comme collection de sous-groupes plus simples, qui sont alors testés pour cette même activité. Ce procédé est répété jusqu à ce qu un élément unique de la bibliothèque possédant (de façon idéale) un niveau d activité élevé soit identifié. Évolution moléculaire dirigée: L évolution moléculaire dirigée est un procédé cyclique d enrichissement d une bibliothèque en éléments ayant une propriété ou une activité intéressante. Une bibliothèque est criblée pour une propriété ou une activité définie ; les éléments sélectionnés («hits») sont amplifiés et rassemblés pour constituer la bibliothèque de départ du cycle suivant. Des "mutations" peuvent être introduites au stade de l amplification dans le but d augmenter la diversité de la bibliothèque. Cette matière implique des aspects de création et de criblage des bibliothèques. Identification: Action de déterminer la nature exacte p.ex. la structure chimique ou la séquence d un élément particulier d une bibliothèque, ou d un sous-groupe particulier d éléments d une bibliothèque. Linker de type safety-catch : Bras-espaceur qui, pour être clivé, nécessite l accomplissement de deux réactions différentes au lieu d une seule. Ceci permet un meilleur contrôle du moment où le composé est détaché du support. En pratique, la résine est dans un premier temps activée avant que le clivage proprement dit ne soit réalisé (p.ex. clivage par déplacement nucléophile sur une résine sulfonamide préalablement alkylée). Linker de type traceless : Linker ne laissant aucun résidu sur le produit une fois clivé, c. à d. qui est remplacé par un atome d hydrogène.

6 Annex 30, page 6 Matrice («array») : Micro-organismes: Ensemble de composés maintenus dans une distribution spatiale spécifiée, p.ex. dans les puits d une plaque à 96 puits, dans des rangées d aiguilles ou au bout d un faisceau de fibres optiques. Bactéries, actinomycètes, fongi (p.ex. levure), virus, cellules humaines, animales ou végétales, tissus, algues protozoaires ou unicellulaires. Présentée par : Une bibliothèque «présentée par» un micro-organisme est une bibliothèque présente à la surface d un tel micro-organisme, p.ex. une bactérie. Voir par exemple Nature Biotechnology (1997), 15, pages 29-34: Display of heterologous proteins on the surface of microorganisms: from the screening of combinatorial libraries to live recombinant vaccines. Procédé biochimique: Procédé impliquant l utilisation de micro-organismes, d enzymes, de vecteurs ou d anticorps. Procédé d évolution chimique: Procédé utilisant des systèmes de sélection in vitro qui évoluent pour enrichir des mélanges de composés chimiques en composants ayant des propriétés définies. La terminologie évolution moléculaire dirigée est en général utilisée lorsque ce procédé est appliqué à des mélanges de macromolécules (p.ex. aptamères d ARN). Les composés sélectionnés sont alors amplifiés ( copiés ) en utilisant des procédés biochimiques (p.ex. transcription enzymatique inverse d aptamères d ARN en ADN, amplification par PCR et retranscription finale en ARN); Ce concept a été adapté à la chimie organique et a ouvert une nouvelle branche de la chimie combinatoire appelée «chimie combinatoire dynamique» dans laquelle l enrichissement en composés (généralement de bas poids moléculaire) ayant une propriété définie résulte en un processus d équilibrage qui mène à la destruction préférentielle et au recyclage des composés non sélectionnés. Procédé particulier d attachement: Procédé spécifique d attachement se concentrant sur la façon dont les molécules sont liées au support solide ou liquide, p.ex. par le biais d interactions électrostatiques, la formation de liaisons covalentes par des réactions de cycloaddition ou par irradiation.

7 Annex 30, page 7 Support solide: Matériau polymérique insoluble et fonctionnalisé auquel les éléments d une bibliothèque ou d autres réactifs peuvent être attachés (souvent via un «linker»). Les éléments de la bibliothèque peuvent ainsi être facilement séparés (par filtration, centrifugation, etc.) des réactifs en excès, de produits secondaires solubles ou de solvants. Synthèse combinatoire: La synthèse combinatoire est la préparation d ensembles d entités diverses par la combinaison d ensembles de composés de base («building blocks»), p.ex. réactifs. Synthèse en phase liquide: Dans le contexte du C40B, cet intitulé couvre d une part les synthèses en solution (c. à d. les réactions n impliquant q une phase liquide), et d autre part les synthèses en phases liquides multiples (c. à d. impliquant plus d une phase liquide). Ces dernières touchent par exemple les synthèses effectuées sur un composé liquide macromoléculaire, comme par exemple le PEG (polyéthylène glycol), sur des dendrimères, ou dans lesquelles une phase fluorocarbonée est présente (synthèse fluorée). Synthèse en phase solide: Procédé synthétique dans lequel les réactions sont effectuées sur un support solide, généralement en présence d un solvant, c. à d. dans lequel un ou plusieurs composé(s) de base («building blocks») sont liés à un support solide (polymère, résine, billes de verre) pendant la création de la bibliothèque. Synthèse en solution: Synthèse effectuée en solution, c. à d. dans laquelle les réactifs et réactants sont tous solubles dans le milieu réactionnel (indépendamment du fait qu un catalyseur supporté soit présent ou non pendant la réaction). Synthèse fluorée: Approche pour la synthèse en phase liquide qui tire profit de la capacité qu ont les groupes fortement fluorés à se séparer des solutions aqueuses et de la plupart des solutions organiques, pour générer une troisième phase soluble dans les solvants fluorés. La chaîne ramifiée fluorée peut remplir le rôle de support liquide pour les étapes de synthèse. Synonymes et mots clés Aucun.

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