ATELIER 3 : GENECAN Prise en charge des tests moléculaires sur la plateforme GENECAN

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1 ATELIER 3 : GENECAN Prise en charge des tests moléculaires sur la plateforme GENECAN J. Bonneau (plateforme d extraction) N. Richard (Service de génétique CHU) D. Vaur (Laboratoire de biologie et de génétique du Cancer-CFB)

2 Plates-formes hospitalières de génétique moléculaire des cancers 28 plates-formes retenues lors des appels à projets INCa 2006 et 2007.

3 OBJECTIFS offrir à l'ensemble des patients de la région Basse- Normandie, un égal accès aux tests moléculaires face au cancer optimiser la prise en charge thérapeutique assurer des tests de qualité

4 GENECAN Associe les laboratoires du CHU et du Centre François Baclesse Anatomie-pathologique (CHU) Anatomie-pathologique (CFB) Génétique (CHU) Laboratoire de biologie et de génétique du cancer (CFB) Hématologie biologique (CHU) Est adossé à la tumorothèque Caen Basse-Normandie Coordonnée par le Pr Kottler ML, co-coordonnée par le Dr Vaur D.

5 GENECAN : Qui fait quoi? SERVICE D ANATOMIE PATHOLOGIQUE CHU-Côte de Nacre Réception, Contrôle morphologique, copeaux Poumon : HER2, ALK, ROS, RET Mélanome : BRAF, CKIT, NRAS SERVICE D ANATOMIE PATHOLOGIQUE Centre François Baclesse Réception, Contrôle morphologique, copeaux SERVICE DE GENETIQUE CHU-Clemenceau Poumon : EGFR, KRAS, BRAF Oncohémato: Caryotype PLATEFORME D EXTRACTION LABORATOIRE D HEMATOLOGIE BIOLOGIQUE CHU-Côte de Nacre Oncohémato : BCR/ABL, JAK2 LABORATOIRE DE BIOLOGIE ET DE GENETIQUE DU CANCER Centre François Baclesse Cancer Colorectal : KRAS, NRAS, BRAF, MSI

6 En pratique Comment procéder pour faire une demande de biologie moléculaire sur tumeur solide pour l accès aux thérapies ciblées?

7 Un formulaire de demande d examen Genecan Formulaire de demande d examen (Tumeurs solides) Disponible sur site internet du réseau Onco Basse-Normandie Unique A remplir par le prescripteur de l examen et/ou le pathologiste responsable du diagnostic initial A transmettre à l un des deux services d anatomie pathologique, avec le matériel et une copie du Compte Rendu

8 Formulaire de demande d examen

9 Formulaire de demande d examen

10 Procédure de demande d examen CLINICIEN Prescription Prescripteur = clinicien/radiologue Bon de demande d examen PATHOLOGISTE RESPONSABLE DU DIAGNOSTIC INITIAL Désarchivage, sélection, expédition Prescripteur = pathologiste Bon de demande d examen + Matériel (bloc de paraffine) + Copie du compte-rendu ANATOMIE PATHOLOGIQUE CHU / CFB Repérage zone tumorale, évaluation cellularité, préparation des copeaux (macrodissection) PLATEFORME D EXTRACTION Extraction d ADN, saisie, transmission de l ADN LABORATOIRES DE GENOTYPAGE Analyses, Rendu de résultats

11 GENECAN Circuit au sein de la plateforme JOUR 1 : Préparation des copeaux Repérage de la zone tumorale et évaluation des pourcentages de cellules tumorales (par le médecin du service) Réalisation de coupes de 10µm d épaisseur au microtome -Macrodissection à l aide d un scalpel - Mise en tube de 1 à 5 coupes Transmission sur la plateforme pour extraction d ADN

12 Circuit au sein de la plateforme JOUR 1 (suite) : Déparaffinage (traitement xylène/éthanol) Digestion du tissu par lyse enzymatique (Protéinase K) à 56 C sur la nuit JOUR 2 : Purification de l ADN et élution (Étape automatisée - QIAcube) Dosage des ADN pour quantifier et qualifier (Nanovue) Saisie informatique des données dans la base (Databiotec) Transmission d un aliquot au laboratoire réalisant le génotypage Conservation de l ADN restant à -20 C 2 cycles d extraction d ADN par semaine (Lundi/Mardi-Jeudi/Vendredi)

13 GENECAN Circuit au sein de la plateforme Différentes techniques sont utilisées sur la plateforme avec des sensibilités différentes. Seuil de sensibilité : limite de détection de la technique correspondant à un pourcentage de cellules tumorales Examen non contributif si pourcentage de cellules tumorales < seuil de sensibilité de la technique Algorithme décisionnel (mutations exclusives) Exemple : Cancer colorectal Non Muté KRAS EXON 2 Muté BRAF EXON 15 KRAS EXON 3,4 NRAS EXONS 2,3 et 4 STOP

14 Cas particuliers Certaines analyses sont réalisées par FISH (Hybridation In Situ en Fluorescence) et/ou par IHC (Immuno-Histo-Chimie): - Translocations ALK, ROS, RET dans le CBNPC - Pas d extraction d ADN - Sur lames blanches

15 En conclusion La très grande majorité des futures innovations thérapeutiques en oncologie s accompagnera de la recherche de biomarqueurs (tests compagnons) La qualité des tests : un impact majeur pour la prise en charge thérapeutique du patient

16 Localisation de la plateforme d extraction CHU Plateforme GENECAN Centre François Baclesse Adresse : 3 avenue du Général Harris Caen Cedex05

17 Merci de votre attention.

18

19 Jessica BONNEAU Clarisse DUVAL Techniciens de laboratoire Plateforme GENECAN 3, avenue du Général Harris Caen cedex 5 Tel : / Fax:

Plateforme hospitalière de génétique moléculaire des. Pr Eric Delabesse Laboratoire d Hématologie CHU Purpan delabesse.e@chu-toulouse.

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