Diagnostic et suivi des infections ORL : le bon usage des examens biologiques (items ENC : 77, 90 et 98)

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1 Diagnostic et suivi des infections ORL : le bon usage des examens biologiques (items ENC : 77, 90 et 98) Ce document a été rédigé par les Docteurs Carrière, Charachon, Segondy et Rispail Objectifs pédagogiques : Connaître les principaux agents microbiens responsables d infections ORL chez l homme. Savoir différencier les microorganismes pathogènes des commensaux. Évaluer les examens complémentaires dans la démarche médicale : o Argumenter l apport diagnostique des prélèvements ORL o Faire l analyse critique d un compte rendu d examen de laboratoire A- Infections bactériennes I- Introduction Rappels Il existe une flore bactérienne commensale ORL (salive +++, fosses nasales) Salive : Cocci Gram + : Streptocoques α-hémolytiques autres que S. pneumoniae, Cocci Gram - : Neisseria spp, Flore anaérobie Fosses nasales : Cocci Gram + : Staphylococcus epidermidis, Bacilles Gram + : Corynébactéries Attention!!! Les bactéries pathogènes peuvent coloniser de façon transitoire les voies aériennes supérieures Cocci Gram + : Bacilles Gram - : Cocci Gram - : Streptococcus pneumoniae ou Pneumocoque, Streptococcus pyogenes ou Streptocoque du groupe A Staphylococcus aureus, Haemophilus influenzae, Branhamella catarrhalis, Neisseria meningitidis (ou méningocoque)

2 II- Principaux tableaux cliniques *Angines *Rhinopharyngites *Sinusites *Otites III- Diagnostic de laboratoire des infections ORL d origine bactérienne III-1 Formes cliniques et étiologies bactériennes - Angines o Streptocoque bêtahémolytique du groupe A (Streptococcus pyogenes) o Plus rarement : Streptocoques des groupes C, F et G - Rhinopharyngites o Streptococcus pneumoniae (Pneumocoque) o Haemophilus influenzae o Branhamella catarrhalis - Sinusites o Streptococcus pneumoniae (Pneumocoque) o Haemophilus influenzae o Branhamella catarrhalis o Staphylococcus aureus o Streptococcus o Anaérobies (quand origine dentaire) - Otites moyennes aiguës o Haemophilus influenzae o Streptococcus pneumoniae (Pneumocoque) o Branhamella catarrhalis o Streptococcus pyogenes (Streptocoque du groupe A) o Staphylococcus aureus - Otites externes o Staphylococcus aureus o Streptococcus pyogenes (Streptocoque du groupe A) o Pseudomonas aeruginosa (Bacille pyocyanique) Lire les chapitres correspondant aux différentes bactéries dans : o l Abrégé Masson de Bactériologie médicale et o Chapitres 25 à 30 de Maladies Infectieuses et Tropicales (E. Pilly).

3 III-2 Examen bactériologique des prélèvements 1. Prélèvements en fonction du site de l infection a. Angines et rhinopharyngites i.ecouvillonnage des amygdales et/ou du rhinopharynx b. Sinusites i.liquide de drainage sinusien c. Otites moyennes i.liquide de paracentèse ou d otorrhée si perforation tympanique d. Otites externes i.ecouvillonnage du conduit auditif externe 2. Examen direct. L examen au microscope du prélèvement après coloration de Gram permet de repérer quelquefois la prédominance d un type bactérien (cocci ou bacilles) et d orienter la mise en place d une antibiothérapie. Le diagnostic d'angine de Vincent peut être fait à ce stade : association de bacilles fusiformes (Fusobacterium nucleatum) et de spirilles (Treponema vincenti). 3. Cultures et identification. Le prélèvement est mis en culture sur les milieux appropriés. Les colonies apparaissant après 24h 48h d incubation sont repiquées sur de nouveaux milieux et identifiées. 4. Antibiogramme. La sensibilité aux antibiotiques des bactéries identifiées est mesurée. La perte de sensibilité de S. pneumoniae aux β lactamines est particulièrement recherchée. (Voir le mécanisme de résistance de S. pneumoniae aux β lactamines++) Pour Haemophilus influenzae et Branhamella catarrhalis, on recherche essentiellement la présence d une bêtalactamase 5. Les tests de diagnostic rapide (TDR) de l angine bactérienne. Ces tests sont utilisés par le médecin sans l aide habituelle d un laboratoire d analyses. Ils servent à faire la différence entre une angine virale et une angine bactérienne à streptocoque A qui est la seule à nécessiter une antibiothérapie. La sensibilité et la spécificité des tests actuels est de l ordre de 95 %. Le coût est d environ 3 et le test est mis gratuitement à la disposition des médecins qui en font la demande auprès de l Assurance Maladie.

4 6. Tableau récapitulatif des caractéristiques bactériologiques des 3 principales bactéries rencontrées dans les infections ORL Principales bactéries (3) Épidémiologie Diagnostic Bactériologique Caractères bactériologiques Bases du traitement ATB Streptococcus pneumoniae Commensal voies aériennes sup Transmission interhumaine Contamination : voie aérienne Infections communautaires Diagnostic direct : Isolement par culture (milieux usuels) Cocci à gram positif : diplocoques encapsulés α-hémolyse pathogène extracellulaire Pénicilline G Amoxicilline ++ Pneumocoque de sensibilité diminuée à pénicilline (PSDP)+++ => CMI Vaccin conjugué anti pneumococcique Haemophilus influenzae Commensal voies aériennes sup Transmission interhumaine Contamination : voie aérienne Infections communautaires Diagnostic direct : Isolement par culture (milieux au sang cuit) Petit bacille à gram négatif pathogène extracellulaire Amoxicilline + ac. clavulanique Céphalosporine 3èmeG. Vaccin conjugué (anti sérotype B) Branhamella catarrhalis Commensal voies aériennes sup (rhino-pharynx) surtout chez l enfant Diagnostic direct : Isolement par culture (milieux au sang cuit) Cocci à gram négatif Amoxicilline + acide clavulanique B- Infections virales Les infections virales de la sphère ORL sont extrêmement fréquentes. Les virus sont les agents les plus fréquents des rhinites, rhino-pharyngites et angines non streptococciques. Ils sont retrouvés dans 20-30% des otites moyennes aiguës. Les infections virales de la sphère ORL sont souvent à l'origine d'une surinfection bactérienne. Il n'y a pas de traitement spécifique des infections ORL virales. Des manifestations ORL sévères dues au virus de l'herpès, dans le cadre d'une primo-infection herpétique, peuvent toutefois être justiciables d'un traitement par aciclovir ou valganciclovir.

5 I- Principaux virus Ce sont essentiellement les virus "respiratoires" qui sont responsables d'infections ORL. D'autres virus tels que le virus Epstein-Barr (EBV), le virus de l'herpès (HSV) sont retrouvés dans les angines virales. Tableau clinique Virus Rhinites, rhinopharyngites Rhinovirus (+++), Entérovirus Coronavirus Virus respiratoire syncytial (VRS) Metapneumovirus Virus influenzae (grippe) Virus parainfluenzae Adénovirus Angines Adénovirus EBV (Mononucléose infectieuse) HSV * Coxsackies A (herpangine)** Laryngites VRS Virus influenzae Virus parainfluenzae Otites moyennes aiguës VRS (+++) Rhinovirus Adénovirus Entérovirus Virus influenzae * Le virus HSV-1, lors de la primo-infection, peut être responsable d'une pharyngo-amygdalite souvent associée à une gingivo-stomatite vésiculeuse. ** L'herpangine est une gingivo-stomatite vésiculeuse, avec possible atteinte pharyngée. Cette affection, due à un virus coxsackie A, n'a rien à voir avec le virus HSV. II- Diagnostic Les diagnostic virologique n'est que très rarement demandé en pratique courante dans les infections ORL. Le diagnostic peut être réalisé à partir de sécrétions nasopharyngées (aspiration, écouvillonnage) ou du liquide auriculaire. Les virus peuvent être identifiés par des techniques d'immunofluorescence ou par PCR.

6 C - INFECTIONS MYCOSIQUES Diagnostic et suivi des mycoses de la sphère O.R.L. : le bon usage des examens biologiques 1 ) Principaux tableaux cliniques évoquant une mycose de la sphère O.R.L. a) Candidoses buccales et sinusiennes : * Les stomatites aiguës candidosiques regroupent :. la stomatite pseudo-membraneuse, ou muguet buccal : enduit blanchâtre en plaques, recouvrant une muqueuse jugale érythémateuse, voire hémorragique; atteinte concomitante fréquente de la langue (glossite) et du palais (ouranite);. la stomatite érythémateuse, souvent après antibiothérapie : pas d'enduit blanchâtre, mais érythème intense, sensation de brûlure, glossite érythémateuse, lisse et vernissée, ouranite;. la stomatite des dentiers, ou "candidose des prothèses" : érythème intense, limité à la zone prothétique. * Les Candida peuvent coloniser et pérenniser certaines lésions de stomatites chroniques, sans pour cela devoir toujours être considérés comme responsables de la pathologie : leucoplasie buccale, glossite losangique médiane, langue noire villeuse,... * La chéilite candidosique se traduit par un gonflement des lèvres, recouvertes de squames sèches et de croûtelles. La chéilite angulaire, ou perlèche candidosique, est un intertrigo des commissures labiales : fissures érythémato-squameuses. * La colonisation par contiguïté de cavités sinusiennes, notamment en cas de "permissivité" locale, est possible. b) Mycoses (nasales et) sinusiennes Elles se développent à l'occasion d'une altération locale des parois des cavités nasales et sinusiennes : infection bactérienne chronique, polypose, anomalies anatomiques, en particulier traumatiques... Le plus souvent aspergillaires, elles peuvent parfois être liées à la prolifération de Levures d'origine buccale. c) Otites externes fongiques Se développant également sur terrain local permissif (eczéma du conduit, microtraumatismes, infection bactérienne, ), elles sont le plus souvent liées à la prolifération de Champignon filamenteux à dissémination aérienne, notamment Aspergillus spp., mais également à des Levures (Candida spp.). 2 ) Prescription de l'examen mycologique et modalités de prélèvement Quelle que soit la localisation de la lésion supposée d'origine fongique, la prescription, accompagnée d'un maximum d'informations cliniques et épidémiologiques, devra être formulée ainsi : "Examen mycologique d'une lésion de [localisation très précise; si plusieurs lésions, les énumérer précisément] ; prélèvement [si non effectué par le clinicien], examen direct, cultures (isolement et identification)".

7 Modalités de prélèvement : les prélèvements doivent être effectués avant tout traitement antifongique par voie générale ou en application locale. Les précautions d'usage de stérilité visent, entre autres, à éviter la contamination du matériel biologique par les Bactéries, mais également par des Levures ou des Champignons filamenteux présents dans le milieu extérieur ou à l'état saprobiontique chez le patient : conditions optimales d'asepsie, stérilité du matériel de prélèvement et de recueil Le recueil des mucosités buccales (jugales, gingivales, linguales, palatines, ) et du contenu des cavités nasales et des conduits auditifs externes se fait au moyen d'un écouvillon humidifié au moyen d un peu de liquide physiologique stérile. Le cérumen peut être recueilli à sec dans un petit récipient stérile. Le contenu des cavités sinusiennes et les fragments de muqueuse sinusienne, voire d'os, sont conditionnés dans du liquide physiologique stérile (pour éviter la dessication), sans fixateur, totalement séparés de ceux, fixés, destinés à l'anatomo-pathologiste. D une manière générale, une conservation courte des produits biologiques est possible à 4 C 3 ) Techniques mises en oeuvre par le laboratoire et délai de réponse Le produit biologique est partagé en deux parties sensiblement égales par le laboratoire pour effectuer en parallèle examen direct et culture. a) Examen direct : L affaiblissement des défenses immunitaires générales et locales laisse libre cours à la multiplication et au bourgeonnement (et souvent la filamentation) des Levures et à la germination, suivie de filamentation, des spores de Champignons filamenteux. La preuve formelle d un état pathologique, corollaire de cette permissivité immunitaire, est apportée dans les vingt-quatre heures par l examen direct, technique indispensable pour mettre en évidence le Champignon sous cet «état parasitaire». A elle seule, en effet, la positivité de cet examen direct permet d impliquer un (ou plusieurs) Champignon(s) dans le processus pathologique, donc d affirmer la mycose. L examen direct «à frais» se pratique directement sur le produit biologique, sans fixation ni coloration spécifique. Il est facilité par l utilisation d éclaircissants (p. ex. : lactophénol d'amann). Sont ainsi examinés notamment les appositions sur lame d écouvillons sur lesquelles peut être révélée la présence de levures bourgeonnantes (+/-mycélium) de Candida spp. et/ou d'arthrospores de Geotrichum candidum, parfois de filaments d Aspergillus spp. (cérumen, écouvillonnage nasal, ). La mise en évidence de filaments d Aspergillus spp. et/ou de levures bourgeonnantes (+/- mycélium) de Candida spp. dans les prélèvements d'origine sinusienne nécessite un examen direct après imprégnation argentique de Gomori-Grocott. En cas de positivité de l examen direct, le diagnostic de mycose sera bien évidemment maintenu, même si les cultures restent ultérieurement négatives ou sont souillées par d'autres spores «contaminantes» présentes sur ou dans le matériel biologique prélevé. b) Cultures L isolement se fait par ensemencements pratiqués de façon stérile, classiquement sur tubes de gélose glucosée (2 %) de Sabouraud, contenant des antibiotiques antibactériens et des vitamines. Les milieux ainsi ensemencés sont conservés au moins une semaine à 27 C et à 37 C. En cas de positivité, le développement : - en deux à quatre jours (parfois davantage, notamment quand le patient est déjà traité par antifongiques), de colonies blanchâtres, crémeuses, épaisses, luisantes suggèrera une (ou des)

8 Levure(s), notamment du genre Candida. Les colonies sont dénombrées, habituellement de façon semiquantitative (de «rares» à «très nombreuses»). - en trois à huit jours, de colonies en nappe de consistance et de teinte variables (bleutée, verte, ocre, rose, blanche, ) orientera vers les Aspergillus, Penicillium, Fusarium, et autres Champignons filamenteux, Ces délais de croissance, véritables critères d identification des Champignons, conditionnent, bien entendu, le délai de réponse définitive de la part du Laboratoire. Par ailleurs, la négativité des cultures (souvent du fait de prises antérieures d'antifongiques) n'infirme bien évidemment pas le diagnostic (en particulier quand l'examen direct est positif) et n'a aucune valeur de guérison d une mycose précédemment prouvée tant que l'examen direct reste positif. L'identification des espèces de Levures ou de Champignons filamenteux se fait sur des caractères morphologiques (macro- et microscopiques) et/ou physiologiques (vitesse de croissance, besoins vitaminiques, utilisation et fermentation des sucres,...). Cette phase d identification demande au moins trois jours supplémentaires, parfois une semaine ou plus Les techniques immunologiques et moléculaires ne sont d'aucun apport dans le diagnostic des mycoses de la sphère ORL. 4 ) Résultats et interprétation Seront donc ainsi confirmés les diagnostics de : * Candidoses buccales et sinusiennes, sur la mise en évidence de levures bourgeonnantes (+/- mycélium) à l'examen direct et la croissance en cultures de colonies de levures ensuite identifiées comme appartenant à une ou plusieurs espèces du genre Candida (attention! association de plusieurs espèces de plus en plus fréquente, notamment Candida albicans avec Candida glabrata et/ou Candida krusei, ces deux derniers naturellement peu sensibles aux imidazolés). Seul ou associé aux Candida, peut également être isolé, notamment au niveau buccal (langue, ), un Champignon filamenteux, Geotrichum candidum (filaments arthrosporés à l'examen direct, colonies typiques en cultures). * Mycoses sinusiennes, parfois candidosiques, plus souvent aspergillaires. Rappelons que si la mise en évidence de filaments de type aspergillaire par l'examen direct suffit à affirmer la mycose, les cultures resteront négatives dans 95 % des cas! Autrement dit, un examen direct non ou mal effectué laisse ignorer dix-neuf cas d'aspergillose sinusienne sur vingt Lorsque l'aspergillus veut bien croître en cultures, il s'agit le plus souvent d'aspergillus fumigatus ou Aspergillus flavus. Parfois le mycologue à la surprise de voir se développer non pas un Aspergillus, mais un Fusarium, voire un Scedosporium ou même un autre Champignon filamenteux à dissémination aérienne. * Otites externes fongiques, la encore parfois candidosiques, plus souvent aspergillaires. Candida albicans et Candida parapsilosis sont les levures le plus souvent identifiées. Du fait de son optimum de croissance correspondant à la température du conduit auditif externe, c'est Aspergillus niger qui est le plus souvent isolé, mais Aspergillus fumigatus et Aspergillus flavus ne sont pas exceptionnels.