La recherche bibliographique en santé Méthode, pratiques et outils. Évelyne Mouillet ISPED, Université de Bordeaux

Transcription

1 La recherche bibliographique en santé Méthode, pratiques et outils Évelyne Mouillet ISPED, Université de Bordeaux

2 2 la biblio C est important? fait partie intégrante du travail réalisé (avant, pendant, après ) prouve que l étudiant a su appréhender son sujet (sa curiosité d esprit, sa rigueur et son bon sens) qu'il saura dans son parcours professionnel comprendre et approfondir ses sujets d'étude les communiquer clairement, à l oral comme à l écrit

3 3 Introduction Bibliographie, trois activités faire une bibliographie rédiger une bibliographie consulter une bibliographie

4 4 Introduction Faire de la bibliographie, c est : Une démarche (recherche documentaire) un processus intellectuel dont l objectif est de trouver (et de lire) des documents sur un sujet donné

5 5 Rédiger une bibliographie, c est : Introduction Le produit de cette démarche, dont l objectif est de signaler des documents sur un sujet donné pour en permettre l étude (ces docs doivent être accessibles) et améliorer la connaissance Cette rédaction est réglementée par des normes internationales

6 6 Consulter une bibliographie, c est : Introduction Utiliser une (la) bibliographie réalisée (ouvrage ou partie de texte) pour trouver pistes et sources qui répondront aux questions que l on se pose

7 7 Introduction Une bibliographie est une Liste descriptive de références de documents qui permet l'identification de chacun d'eux, et qui : 1. regroupe, en une publication séparée, un outil bibliographique, ces références publiées sur un sujet, sur un auteur (PubMed) pendant une période dans un pays, etc. (BnF) Outils utilisés pour trouver des références, des sources d information Les documents présentés n ont en général pas été lus

8 8 Une bibliographie est une Introduction Liste descriptive de références de documents qui permet l'identification de chacun d'eux, et qui 2. regroupe, à la fin d un texte, les documents consultés par son auteur pour et au cours de la rédaction d'un livre d'un article (BMJ) d'un rapport de recherche, etc. Outils utilisés principalement par les étudiants et les chercheurs. Les documents ont été obligatoirement lus

9 9 Objectifs et programme - UE COM101, Master Santé Publique (M1) Appréhender la méthode de la recherche documentaire Suivre une démarche rigoureuse : la question, les mots, la syntaxe Avec les outils disponibles sur Internet Moteurs de recherche, Dictionnaires, Encyclopédies, Thesaurus, Catalogues, Répertoires, Revues de sommaires, Bases de données, Archives ouvertes, Producteurs de données Pour élaborer un dossier documentaire Construire et présenter une revue de la littérature

10 10 The half of knowledge is to know where to find knowledge Library of The Florida State University

11 11 Les ressources électroniques Connaitre la typologie des outils bibliographiques et des documents (Voir diapo 35)

12 12 Accès aux ressources électroniques Vos abonnements Archives ouvertes / Open Access Accès aux ressources de l Université de Bordeaux (campus UBx) Accès nomade/ent (codes)

13 13 La recherche documentaire Quelques exercices : où allez chercher les informations pour documenter les sujets ci-dessous Les derniers chiffres du VIH/SIDA en France en Afrique subsaharienne Diabète et éducation thérapeutique : diapo suivante Prévention des accidents : deux roues et port du casque Paludisme et moustiquaires imprégnées

14 La recherche documentaire 14 Exemple détaillé Diabète et éducation thérapeutique Google Outils de recherche (dates, livres) Google scholar Filtres PubMed 1. Traduction : Dictionnaire de l Académie de Médecine, CISMeF 2. Diabetes mellitus AND Patient education as topic

15 15 Méthodologie Une démarche rigoureuse dont les phases indispensables sont : Poser la bonne question et trouver les bons mots Utiliser la bonne syntaxe Connaître les bons outils Sélectionner et gérer l information et les documents et les Communiquer et diffuser.

16 16 Méthodologie : la bonne question 1. Définir les objectifs Information ponctuelle, mise à jour Exposé, thèse, article scientifique Types de documents, niveau d information Accessibilité (sources et supports) Actualisation, Exhaustivité Format, Délais, Coût, etc. 2. Définir les termes Définition exacte des termes utilisés (lecteur, dictionnaire spécialisé, terminologique, de traduction) Noter toutes les idées et/ou pistes

17 17 Méthodologie : les bons mots Traduire les idées principales (Key concepts) de la question de recherche en concepts, en mots Mots-clés (Keywords, Search terms), tags, marqueurs, étiquettes, etc. Indexation par l usager (folksonomie) Descripteurs (Descriptors) Indexation professionnelle (taxinomie), thesaurus, vocabulaire contrôlé (MeSH)

18 18 Méthodologie : les bons mots Thesaurus: liste de termes normalisés (vocabulaire contrôlé) pour indexer des documents et pour les rechercher, pour réduire la polysémie du language Source : Olivier Le Deuff, Du tag au like

19 19 Etiquettes pour indexer 1984 de G. Orwell (Babelio) Méthodologie : les bons mots FOLKSONOMIE

20 Méthodologie : les bons mots 20 Descripteurs (thesaurus) Le Thesaurus de la BDSP Les Medical Subject Headings (MeSH) de MEDLINE Traduction française des MeSH CISMeF (HeTOP) Inserm

21 21 Méthodologie : la bonne syntaxe Les trois types de recherche 1) - Recherche simple (Search) Une zone de requête, langage libre, juxtaposition des termes Exemple : Page d accueil PubMed

22 22 Les trois types de recherche Méthodologie : la bonne syntaxe 2) - Recherche avancée (Advanced Search) Plusieurs zones de requête à combiner entre elles par des opérateurs logiques, plusieurs options pour restreindre la recherche (multicritère) Exemple : BDSP

23 23 Les trois types de recherche 2) - Recherche avancée (Advanced Search): WoS Méthodologie : la bonne syntaxe

24 24 Les trois types de recherche 3) - Recherche avancée (Advanced Search): Scopus Méthodologie : la bonne syntaxe

25 25 Méthodologie : la bonne syntaxe Les trois types de recherche 3) - Recherche experte (Expert Search) Une zone de requête, construire une équation de recherche en fonction de la syntaxe d interrogation de l outil utilisé Exemple : Encyclopedia Universalis

26 26 Méthodologie : la bonne syntaxe Pourquoi? Chaque item (référence) est une notice bibliographique composée de plusieurs parties : les champs (Fields) dont les termes pertinents ont été incorporés dans un index (liste de mots) : auteur, titre du document, titre de la source, résumé, éditeur, etc.

27 27 Méthodologie : la bonne syntaxe Notice Sudoc

28 28 Méthodologie : la bonne syntaxe Notice PubMed/MEDLINE

29 29 Méthodologie : la bonne syntaxe Comment ça fonctionne? La recherche peut donc porter précisément sur ces index à partir d une liste déroulante (Scroll down list, Advanced search) Les index peuvent être consultés, feuilleter (Browse) Exemple Chaque index a une clé d index, de recherche (Field Tags) utilisée dans la recherche experte : [AU], [TI], [AB], [SO], etc. Exemple

30 30 Comment ça fonctionne? Méthodologie : la bonne syntaxe À partir de ce fonctionnement commun, les outils bibliographiques peuvent présenter des spécificités : Les clés d index (Field Tags) Les descripteurs (Keywords) issus d'un vocabulaire normalisé (Thesaurus) décrivant le sujet (Subject) des documents Les opérateurs logiques (Boolean operators) Les mots vides (Stop words) Les caractères accentués, majuscules/minuscules (Match case)

31 31 Méthodologie : la bonne syntaxe Il faut donc : Formuler la requête dans le langage d'interrogation propre à l'outil utilisé Consulter l aide en ligne Exemples

32 32 Méthodologie : la bonne syntaxe Exemples BDSP : Sudoc : WHOLIS : ScienceDirect :

33 33 Méthodologie : la bonne syntaxe Les opérateurs booléens (logiques) George Boole ( )

34 34 Méthodologie : la bonne syntaxe Intersection : ET, AND, + Union : OU, OR, THRU Exclusion : SAUF, EXCEPT, NOT, AND NOT Les opérateurs doivent être écrits en majuscule

35 35 Typologie des outils bibliographiques Sélection d outils pertinents, tels que des : Méthodologie : les bons outils ouvrages de référence immédiate catalogues (collectif) répertoires de titres de périodiques (revue de sommaires) plateformes éditeur (bouquet de contenus) fournisseurs d accès et de services bases de données bibliographiques archives ouvertes Exemples

36 36 Ouvrages de référence immédiate Dictionnaires, encyclopédies, atlas, annuaires, etc. Méthodologie : les bons outils

37 37 Méthodologie : les bons outils Définition, orthographe Les dictionnaires Larousse Traduction Les Larousse bilingues Le grand dictionnaire terminologique (français/anglais)

38 Méthodologie : les bons outils 38 Dictionnaires spécialisés (avec traduction) Dictionnaire de l Académie de médecine Glossaire de santé publique/épidémiologie (BDSP)

39 39 Encyclopédies générales Wikipedia (researching with Wikipedia) Méthodologie : les bons outils Encyclopédies spécialisées A.D.A.M. Medical Encyclopedia Encyclopédie Medico-Chirurgicale (EMC) : EM-Premium (UBx)

40 40 Méthodologie : les bons outils Les catalogues de bibliothèque

41 41 Méthodologie : les bons outils Les catalogues répertorient un fonds documentaire, tous à présent en ligne et sont des outils de : Identification : signalement et description des documents (notice bibliographique) Localisation : inventaire des documents conservés dans une unité d information (catalogues collectifs) Voir le Prêt Entre Bibliothèques, PEB

42 42 Méthodologie : les bons outils Catalogues collectifs universitaires Babord (collectif, université de Bordeaux) Sudoc (collectif, universités françaises)

43 43 Méthodologie : les bons outils Catalogues d organismes, d éditeurs WHOLIS, catalogue des publications de l OMS (texte intégral possible) L Harmattan

44 44 Méthodologie : les bons outils Ebooks gratuits en santé Livres du domaine public Medic@ Gallica Répertoire de l Institut Pasteur Freebooks4doctors

45 45 Méthodologie : les bons outils Ebooks gratuits en santé The National Academies Press, NAP : ouvrages produits par les académies américaines Bookshelf : la National Library of Medicine (USA) propose une collection de manuels de référence biomédicaux Google Books ( ; 5,3 millions de références avec Medicine dans le titre publiés de 1992 à en français avec le titre «médecine»

46 46 Répertoires de périodiques Méthodologie : les bons outils Liste de titres de périodiques (Journals, Journals directory) Exemple : Directory of Open Access Journals, DOAJ Revues de sommaires Accès aux tables des matières (sommaires) des différents numéros (en cours et/ou archivés)

47 47 Méthodologie : les bons outils Revues de sommaires en ligne (Table of Contents, TOC) Sommaire En cours (Current Issue) Archivés (Back Issues, Past Issues, Archives) Article Résumé (Preview, Abstract, Abstract Plus) ; Texte intégral (Full text HTML, PDF, epub, etc.) : réservé abonnés, sous embargo, libre (archives ouvertes)

48 48 Méthodologie : les bons outils Un périodique, une revue scientifique Publication en série à parution régulière (bimensuelle, bimestrielle) Un titre unique, des contenus différents (articles) ISSN, International Standard Serial Number, numéro d identification international Volume, fascicule (Fascicules spéciaux, Hors séries Suppléments), pagination continue Voir RESP 2010

49 49 Les différentes parties du périodique Méthodologie : les bons outils La couverture du fascicule titre n du volume (correspond à l âge du journal/nb années) n du fascicule (selon la périodicité) année de publication ISSN (International Standard Serial Number) pissn, eissn

50 50 Les différentes parties du périodique Méthodologie : les bons outils L ours : éditeur (publisher), comité éditorial, de rédaction, adresse, abonnement Le sommaire : (contents, current contents), la liste des articles classés par catégorie : Titre des articles Nom(s) de(s) auteur(s) n de la première page Le corps : éditorial, articles originaux, de synthèse, d opinion, commentaires, lettres à l éditeur, brèves, annonces professionnelles, etc.

51 51 Méthodologie : les bons outils Exemples de périodiques Bulletin de l OMS British Medical Journal AIDS

52 52 Méthodologie : les bons outils Les différentes parties d un article scientifique Auteurs Titre de l article Adresse professionnelle (affiliation) Résumé Corps de l article (IMReD) Introduction Méthodes Résultats et Discussion Remerciements Bibliographie (Références) Exemples

53 53 Exemples d articles scientifiques Méthodologie : les bons outils Anaky MF Guillemont J. N%C2%B01%20Suppl.-page-37.htm Khan OA

54 54 Exemples de répertoires (sur abonnement) Revues Elsevier-Masson Méthodologie : les bons outils EM Premium (UBx), Revues RESP

55 55 Exemples de répertoires (sur abonnement) Revues John Libbey Méthodologie : les bons outils

56 56 Répertoires et plateformes d éditeurs Exemples (abonnements UBx) : Méthodologie : les bons outils ScienceDirect Elsevier, 2223 titres (Pluridisciplinaire international), abonnement UBx Cairn, 418 titres français en SHS, abonnement UBx

57 57 Méthodologie : les bons outils Exemples de répertoires de périodiques, en libre accès immédiat ou embargo Highwire (revues scientifiques internationales) Free Medical Journals (revues médicales internationales) Scielo, Scientific Electronic Library Online (revues d Amérique latine, d Espagne + 26 titres sud-africains) AJOL, African Journals on Line

58 Méthodologie : les bons outils 58 Revues françaises de SHS, en libre accès immédiat ou après embargo de 2 à 5 ans Persée : 125 titres notamment en Economie, Psychologie, Science de l'éducation, Sciences de l'information et de la communication, Sciences Sociales, Sociologie En liaison avec Revues.org, portail de revues francophones en SHS Voir aussi Cairn (UBx)

59 59 Libre accès à l information scientifique et technique Les Archives ouvertes Open Access Tout savoir sur les Archives ouvertes

60 60 Les Archives ouvertes. Historique Un vaste mouvement parmi les chercheurs pour le libre accès à l IST, Science returning to scientits Paul Ginsparg (Los Alamos, USA, 1991), physique, informatique et mathématiques : Stevan Harnad (Southampton University, UK) psychologie et neurosciences : et un logiciel d autoarchivage, L initiative de Budapest (BOAI),2001 Mise à disposition gratuite sur l Internet public, permettant à tout un chacun de lire, télécharger, copier, transmettre, imprimer, chercher ou faire un lien vers le texte intégral de ces articles, les disséquer pour les indexer, s en servir de données pour un logiciel, ou s en servir à toute autre fin légale, sans barrière financière, légale ou technique autre que celles indissociables de l accès et l utilisation d Internet

61 61 Les Archives ouvertes. Historique Les chercheurs relayés par leur autorité de tutelle Aux Etats-Unis : dépôt obligatoire des articles de chercheurs dépendant de certaines agences. Celles-ci doivent dépendre d'un des trois ministères Travail, Santé ou Éducation et leurs financements dépasser les 100 millions de dollars annuels (NIH) Au Royaume-Uni (Wellcome Trust) En France (HAL-Inserm)

62 62 Les Archives ouvertes. Historique Les éditeurs : politique (voir dorée) vis-à-vis du dépôt, sur le web ou dans des archives ouvertes Sites présentant ces informations Sherpa/Romeo : depuis 2004, éditeurs internationaux, allemands, britanniques, canadiens, espagnols, hongrois, néerlandais, norvégiens, portugais Héloïse : éditeurs français Dulcinea : éditeurs espagnols OAKList Database : éditeurs australiens Diadorim : éditeurs brésiliens

63 63 Les nouvelles maisons d édition Les Archives ouvertes. Historique Faire supporter les frais de publication aux auteurs ou à leur institutions : auteur-payeur Les éditeurs commerciaux Laisser le choix (Open Choice) aux auteurs d un paiement en amont pour un accès libre ou un accès classique par abonnement : modèle hybride Les auteurs Les Creative Commons : différentes licences modulables permettant la diffusion de contenus dans un environnement non commercial

64 64 Open Access Méthodologie : les bons outils Les maisons d édition Public Library of Science (PLoS) BioMed Central Les archives institutionnelles TEL - Thèses en Ligne HAL - Hyper Article en Ligne ; HAL Inserm PMC, PubMed Central ROAD, Directory of Open Access scholarly Resources

65 65 Open Access Méthodologie : les bons outils Les maisons d édition Public Library of Science (PLoS) BioMed Central Les archives institutionnelles TEL - Thèses en Ligne HAL - Hyper Article en Ligne ; HAL Inserm PMC, PubMed Central

66 66 Méthodologie : les bons outils Producteurs de données français La documentation française, Rapports publics Le portail des agences sanitaires françaises Inserm, Portail épidémiologie - France Législation française

67 67 Méthodologie : les bons outils Les données institutionnelles françaises Plateforme française d ouverture des données publiques (Open Data) Elle rassemble et met à disposition librement l'ensemble des informations publiques de l'etat, de ses établissements publics administratifs et, si elles le souhaitent, des collectivités territoriales et des personnes de droit public ou de droit privé chargées d'une mission de service public.

68 68 Méthodologie : les bons outils Les bases de données Le Moteur de recherche académique Les Bases de données bibliographiques Les Bases de données bibliométriques Les Bases de données factuelles

69 69 Méthodologie : les bons outils Moteur de recherche académique Google scholar Couverture thématique : multidisciplinaires académiques Couverture chronologique :?? (documents numérisés) Types de documents indexés : articles de périodiques, thèse ouvrages, etc. MAJ : quotidienne Accès en ligne : gratuit ± texte intégral Note : données bibliométriques (peu fiables)

70 70 Méthodologie : les bons outils Bases de données bibliographiques Base documentaire en Santé Publique Pascal, Francis, etc. (UBx, EbscoHost) Cochrane Library (UBx) PubMed/MEDLINE PubMed Central Scopus (UBx) GoPubMed

71 71 Méthodologie : les bons outils Base documentaire Santé Publique (BDSP) Couverture thématique : l'information scientifique et technique dans le champ de la santé publique produite en France et à l'étranger Couverture chronologique : depuis 1970 Types de documents indexés : des articles de périodiques (76%), et des documents de littérature grise francophone MAJ : 10 fois/an Accès en ligne : gratuit ± texte intégral

72 72 Méthodologie : les bons outils Pascal (INIST/CNRS) Couverture thématique : Sciences, de la Technologie et de la Médecine (STM) indexe la littérature internationale, les publications françaises et européennes Couverture chronologique : depuis 1973 (selon les accès) Types de documents indexés : des articles de périodiques (88%) et documents de littérature grise MAJ : trimestrielle Type de bibliographie : analytique, depuis 1995, les résumés auteurs figurent dans 80% des références Accès en ligne : Accès UBx (Ebsco)

73 73 Méthodologie : les bons outils Francis (INIST/CNRS) Couverture thématique : Sciences Humaines et Sociales (SHS) indexe la littérature internationale, les publications françaises et européennes représentent 50% des références Couverture chronologique : depuis 1972 (selon les accès) Types de documents indexés : des articles de périodiques (79%), littérature grise MAJ : annuelle Type de bibliographie : analytique, les résumés auteurs figurent dans 80% des références Accès en ligne : Accès UBx, (Ebsco)

74 74 Méthodologie : les bons outils Les bases de données bibliographiques EbscoHost accessibles via UBx Voir détails in situ

75 75 Méthodologie : les bons outils Cochrane Library (UBx), sept bases dont : The Cochrane Database of Systematic Reviews La médecine fondée sur les preuves, Evidence Based Medicine fonctionne au moyen de revues systématiques ; elles ont pour objectif d'identifier les interventions ciblées sur une maladie spécifique ou un autre problème de santé et de déterminer si elles sont efficaces. Les résultats de ces revues systématiques sont résumés en métaanalyses. Protocoles et méta-analyses sont présentés en texte intégral dans Cochrane Reviews. Note : Cochrane Database Syst Rev est indexée dans PubMed/MEDLINE

76 76 Méthodologie : les bons outils PubMed/MEDLINE, NLM, USA Couverture thématique : Sciences Biomédicales littérature internationale Couverture chronologique : depuis 1950 Types de documents indexés : essentiellement des articles de périodiques MAJ : quotidienne (MEDLINE : hebdomadaire) Accès en ligne : gratuit ± texte intégral Voir son guide d utilisation complet présenté dans la bibliothèque virtuelle

77 77 PubMed Central (PMC), NLM, USA Méthodologie : les bons outils Couverture thématique : Sciences Biomédicales littérature internationale en archives ouvertes Couverture chronologique : des origines (numérisation) Types de documents indexés : articles de périodiques (et manuscrits) d'études à financement public, en texte intégral MAJ : quotidienne Accès en ligne : gratuit + texte intégral (archives ouvertes) Voir son guide d utilisation complet présenté dans la bibliothèque virtuelle

78 78 Méthodologie : les bons outils Bases de données bibliométriques Scopus (Elsevier), UBx GoPubMed Web of Science (Thomson Reuters), BiblioInserm Bibliométrie, voir le diaporama présenté dans la bibliothèque virtuelle

79 Méthodologie : les bons outils 79 Scopus, Elsevier Couverture thématique : multidisciplinaire, littérature internationale (MEDLINE + EMBASE + COMPENDEX) Couverture chronologique : depuis 1960 Types de documents indexés : articles de périodiques, ouvrages, actes de congrès, brevets, pages web académiques. Bibliométrie (cited by) : depuis 1996 MAJ : quotidienne Accès : Payant, Texte intégral aux articles des périodiques Elsevier (UBx)

80 80 Méthodologie : les bons outils GoPubMed, Transinsight Analyse statistique à partir des termes des résumés d articles selon GO (Gene Oncology) : G MeSH : M Universal Protein Resource : P Répartition sur 4 filtres : What, When, Who et Where

81 81 Web of Science, Thomson Reuters Méthodologie : les bons outils Couverture thématique : littérature scientifique internationale Couverture chronologique : depuis 1975 Types de documents indexés : essentiellement des articles de périodiques, Bibliométrie: calcul de l Index H, Researcher ID MAJ : quotidienne Accès en ligne : payant (Inserm, CNRS, INRA, etc.)

82 82 Méthodologie : les bons outils Les Bases de données factuelles Exemple Ministère des Affaires sociales et de la Santé DREES, Direction de la Recherche Etudes Evaluation et Statistiques data.drees

83 83 Méthodologie : les bons outils La veille bibliographique Enregistrer les stratégies de recherche Pérenniser la recherche bibliographique Mettre en place des alertes Organiser une veille bibliographique (curation)

84 84 Quels types de veille? Thématique (mots-clés, auteurs) Titre de périodique (revue de sommaires) Titre d article (citation) Quelles sources d information? Revue de sommaires (périodiques) Base de données (dépouillement d articles) Site producteur (données factuelles) Quels outils? Fils RSS (Favoris, Messagerie) Outils collaboratifs (Netvibes, DeLiCious, etc.) La veille bibliographique

85 85 La veille bibliographique À partir de périodiques Alerte, E-toc, E-alert, (Electronic Table of Contents) Pour recevoir par courrier électronique au fur et à mesure de leur parution les sommaires des périodiques Exemples

86 86 La veille bibliographique ScienceDirect Bull OMS

87 87 La veille bibliographique À partir de bases de données PubMed : My NCBI, RSS ScienceDirect BDSP, à partir de la page des résultats

88 88 La veille bibliographique À partir de producteurs de données Exemples Ministère de la santé Direction de la recherche, des études, de l évaluation et des statistiques (DREES) Eurosurveillance OMS ONUSIDA

89 89 À partir de producteurs de données Exemples La veille bibliographique Banque mondiale Fil RSS Newsletter Fonds mondial de lutte contre le SIDA, la tuberculose et le paludisme Fil RSS

90 90 La gestion bibliographique Essential Books

91 91 Les logiciels de gestion bibliographiques Zotero (gratuit) Voir son guide d utilisation complet présenté dans la bibliothèque virtuelle EndNote (payant) Mode d emploi Voir son guide d utilisation complet présenté dans la bibliothèque virtuelle

92 92 Règles de présentation des références Citing Medicine La rédaction bibliographique La rédaction bibliographique (Voir didacticiel présenté dans la bibliothèque virtuelle) Les systèmes bibliographiques (Voir didacticiel présenté dans la bibliothèque virtuelle)

93 93 Pour en savoir plus La recherche bibliographique en médecine et santé publique. Guide d accès. 2 ième édition. Paris: Elsevier Masson; 2010 Voir quelques pages