Les bases de données biologiques. Sigrid Le Clerc Conservatoire Nationale des Arts et Métiers Chaire de Bioinformatique
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- Patrice Côté
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1 Les bases de données biologiques Sigrid Le Clerc Conservatoire Nationale des Arts et Métiers Chaire de Bioinformatique
2 Sommaire 1. Introduction 2. Le système Entrez 2.1. Description du système Entrez 2.2. Bases de données moléculaires 2.3. Bases de données bibliographiques 3. Exemple
3 Sommaire 1. Introduction 2. Le système Entrez 2.1. Description du système Entrez 2.2. Bases de données moléculaires 2.3. Bases de données bibliographiques 3. Exemple
4 Introduction Pourquoi les banques et bases de données biologiques? Archivage, stockage, diffusion et exploitation des données biologiques
5 Introduction Nécessité pour les utilisateurs biologistes -Système intégré -Système de recherche avec une interface - Entrez -SRS
6 Sommaire 1. Introduction 2. Le système Entrez 2.1. Description du système Entrez 2.2. Bases de données bibliographiques 2.3. Bases de données moléculaires 3. Exemple
7 Description du système Entrez - système de recherche et d importation de données de NCBI -Interface - intègre 40 bases de données
8 Description du système Entrez 2 types d exploration par Entrez: -Exploration par voisinage -Exploration par lien direct
9 Exploration par voisinage Description du système Entrez Les éléments d une même banque peuvent être connectés entre eux : -Pour un article, on peut retrouver tous les articles portant sur le même sujet -Pour une séquence, on peut retrouver toutes celles qui lui ressemblent Ces associations sont faites grâce à des algorithmes : Blast (basic local alignment tool, séquence)
10 Description du système Entrez Exemple d exploration par voisinage Exemple sur 2 titres de publications : -BRCA1 as a genetic marker for breast cancer -Genetic factors in the transmission of the breast cancer BRCA1 gene Mots-clés : BRCA1, Cancer, Breast -Poids des mots (dépend de la fréquence du mot dans PubMed avec les mots moins fréquents de poids plus élevé) -Proximité des mots dans le texte (breast cancer poids supérieur / breast BRCA1) -Présence dans le titre ou dans l abstract
11 Description du système Entrez Exploration par lien direct Connection -logique- directe entre deux entités dans des bases de données différentes. Exemple: un article de PubMed parle du séquençage d un gène lien direct entre l article et la séquence d ADN.
12 Description du système Entrez
13 Description du système Entrez Utilisation via le Web via un browser Avantages: pas de problème de mise à jour, accès possible à d autres banques externes qui ne font pas partie du système Entrez. (ou par google, chercher Entrez PubMed)
14 Description du système Entrez Bases de données d Entrez -ADN -Protéines -Gènes et génomes -Taxonomie -Bibliographie -Autres Description de toutes les banques du système Entrez sur le site Web :
15 Sommaire 1. Introduction 2. Le système Entrez 2.1. Description du système Entrez 2.2. Bases de données moléculaires 2.3. Bases de données bibliographiques 3. Exemple
16 Bases de données moléculaires: GenBank Genbank : ensemble des séquences d ADN annotées proposées par le NIH Nouvelle version proposée tous les 2 mois Nucléotide (GenBank) Bases Séquences (Octobre 2009)
17 Bases de données moléculaires: Croissance de GenBank GenBank
18 Bases de données moléculaires: GenBank Mises à jour quotidiennes avec les banques EMBL et DDBJ
19 Bases de données moléculaires: GenBank Format des éléments de Genbank (1) Partie Header Actuellement, identifiants 1 Lettre + 5 chiffres ou bien 2+6 NM = ARNm, NP = protéine, NC = chromosome, XM = ARNm par prédiction, XP = protéine par prédiction NG = groupe de gènes, NT = des contigs de génomes GI = nombre entier donné par ncbi Version : indique s il y a eu des ajustements
20 Bases de données moléculaires: GenBank Format des éléments de Genbank (2) Partie Header : références
21 Bases de données moléculaires: GenBank Format des éléments de Genbank (3) Partie Origin
22 Bases de données moléculaires: GenBank Plusieurs formats de séquences -Genbank -FASTA -Asn.1 (Abstract Syntax Notation 1 ---> ncbi) -PIR (Protein Information Resource) Transparent pour les utilisateurs
23 Bases de données moléculaires: Gene Gene : gènes annotés des génomes séquencés ou en cours de séquençage intensif. Contient la nomenclature, la localisation et la carte génétique locale, les protéines produites, les marqueurs, les phénotypes et des liens vers les citations biblio, les séquences, les polymorphismes, les cartes, l expression, les homologues, les domaines protéiques, et les bases de données externes. Anciennement, Gene s appelait LocusLink
24 Eléments de Gene (1) Bases de données moléculaires: Gene + des liens vers des bases de données externes
25 Eléments de Gene (2) Bases de données moléculaires: Gene
26 Eléments de Gene (3) Bases de données moléculaires: Gene Séquence ADN/ARN
27 Eléments de Gene (4) Bases de données moléculaires: Gene
28 Bases de données moléculaires: Gene Accès à MapViewer de la base de données Genome
29 Bases de données moléculaires: Entrez Taxonomy Taxonomie: classification des organismes et espèces Taxonomy : contient les noms de tous les organismes dont une séquence au moins est présente dans les bases de données d ADN ou de protéines. Permet de situer l organisme sur le plan de l évolution et de retrouver les informations qui y sont associées dans toutes les bases.
30 Bases de données moléculaires: Entrez Taxonomy
31 Bases de données moléculaires: Entrez Taxonomy
32 Bases de données moléculaires: Entrez Taxonomy
33 Bases de données moléculaires: Proteins Proteins : ensemble des séquences protéiques issues de SwissProt, PIR, PRF, PDB et des traductions des régions codantes annotées de Genbank (TREMBL) et RefSeq
34 Bases de données moléculaires: MMDB MMDB: Molcular modelling Database MMDB : contient des structures d acides nucléiques et de protéines déterminées expérimentalement (données issues de la PDB (Protein Data Bank) ) et reliées à la bibliographie, aux séquences, et à la banque taxonomique par le système Entrez.
35 Bases de données moléculaires: MMDB
36 Bases de données moléculaires: Fiche pdb MMDB
37 Bases de données moléculaires: MMDB
38 Bases de données moléculaires: MMDB
39 Sommaire 1. Introduction 2. Le système Entrez 2.1. Description du système Entrez 2.2. Bases de données moléculaires 2.3. Bases de données bibliographiques 3. Exemple
40 Bases de données bibliographiques: PubMed PubMed : donne accès aux titres et abstracts, voire au texte, des publications publiées dans différents journaux scientifiques, souvent issues de MEDLINE. Les publications sont directement reliées aux autres bases notamment de séquences, gènes et génomes via le système ENTREZ.
41 Bases de données bibliographiques: PubMed Recherche bibliographique Utilisation des connecteurs logiques : AND OR NOT
42 Bases de données bibliographiques: PubMed Terminologie des recherches MOT(S) [sigle] Op.Bouléen MOT(S) [sigle]..
43 Bases de données bibliographiques: PubMed Identifiant unique
44
45 Bases de données bibliographiques: TEXTE PubMed
46 Bases de données bibliographiques: OMIM OMIM (Online Mendelian Inheritance in man) : catalogue des gènes humains et des maladies associées. Contient des liens sur les publications de PubMed ainsi que sur les bases de séquences du système Entrez.
47 Bases de données bibliographiques: OMIM
48 Bases de données bibliographiques: OMIM Carte de la région issue de la base de données Genome + Bibliographie
49 Bases de données bibliographiques: Bookshelf Bookshelf: Une collection de livres biomédicaux et de biologie classique consultables en lignes et qui sont liés aux articles de Pubmed.
50 Bases de données bibliographiques: Bookshelf
51 Bases de données bibliographiques: Bookshelf
52 Bases de données bibliographiques: Bookshelf
53 En Résumé Le système ENTREZ s appuie sur 5 types d informations majeures interactives: -Citations bibliographiques -Séquences d ADN -Séquences de protéines -Structures -Cartes génétiques il permet de naviguer entre elles par lien direct ou exploration de voisinage.
54 Sommaire 1. Introduction 2. Le système Entrez 2.1. Description du système Entrez 2.2. Bases de données moléculaires 2.3. Bases de données bibliographiques 3. Exemple
55 Exemple Je m intéresse aux gènes impliqués dans la susceptibilité au cancer du sein OMIM
56 Exemple
57 Exemple
58 Exemple
59 Exemple
60 Exemple
61 Exemple Livres Fiche Gene Articles Séquences ADN/ARN Séquence protéines
62 Merci
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