VegFrance Une base de données nationale sur la végétation

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1 Contacter VegFrance : vegfrance@univ-rennes1.fr Site internet : Tutoriel VegFrance Comment préparer des données pour leur saisie dans la base de données VegFrance? Relevés synthétiques, de syntaxons Le présent document a pour but d aider le fournisseur de données à alimenter la base de données Syntaxon de VegFrance. Il y est expliqué à quoi correspondent les différents champs de la base. Ce tutoriel explique également comment remplir pas à pas le document «VegFrance_Syntaxon_MODELE.xlsx», disponible sur I. Objectifs de VegFrance et informations obligatoires...2 II. Présentation des tables et des formats de données...3 III. La table Végétation...4 IV. La table Relevé Les informations «Identité» Les informations «Source» Les informations «Caractérisation» Les informations «Localisation» Les informations «Recouvrement» Les informations «Typologie» Les informations «Remarques» V. Envoyer les données... 10

2 I. Objectifs de VegFrance et informations obligatoires VegFrance est une plateforme nationale publique conçue de façon à pouvoir réunir toutes données disponibles pour décrire la végétation du territoire français (métropolitain et d outre-mer). L objectif principal est de répondre aux besoins de connaissances sur la végétation pour les acteurs de la recherche, de la protection et de la gestion des habitats et des espèces et de l aménagement du territoire. VegFrance est constitué de trois bases de données afin de couvrir la diversité de relevés de végétation : (1) la base de données «Relevé» recense des relevés stationnels ; (2) la base «Syntaxon» compile des relevés synthétiques, à l échelle des communautés végétales ; (3) la base «Landscape» enfin regroupe des relevés à l échelle du paysage. Grâce à la combinaison de ces trois bases, toute donnée pouvant affiner la connaissance de la végétation française trouve sa place dans VegFrance. Ainsi, vous pouvez contribuer à l enrichissement de la base de données, et ainsi participer à une meilleure connaissance de la végétation française, de ses dynamiques et de ses structurations, en devenant fournisseur de données (Cf. Convention Fournisseur). Ce tutoriel concerne les données intégrant la base Syntaxon uniquement. Seuls neuf champs sont indispensables à remplir pour que vos données puissent être intégrées à la base VegFrance : - la liste d espèces observées avec leur coefficient d abondance 1 le cas échéant ainsi que la strate végétale à laquelle elles appartiennent (Cf. p. 4) ; - le pays dans lequel le relevé a été effectué (Cf. p. 7) - le nombre de relevés analytiques composant le relevé synthétique (Cf. p. 7) - l échelle de fréquence utilisée (Cf. p. 7) - un numéro de relevé permettant d identifier les différents relevés transmis (Cf. pp. 4 et 5) - le fournisseur de données (Cf. p. 5) - le régime de confidentialité des données (Cf. p. 5) Il est certain que plus l information fournie sera complète et plus les analyses pourront être poussées, cependant des données de végétation avec peu de détails nous intéressent également. Ainsi, vous trouverez dans ce document toutes les explications nécessaires pour remplir de manière aussi complète que possible les champs demandés. Les informations obligatoires mentionnées ci-avant sont mises en exergue dans la suite du présent document, à l aide du symbole. Les préconisations indiquées dans ce document conjointes à l utilisation du tableur d exemple téléchargeable depuis le site internet permettent la mise en forme idéale des données mais d autres mises en forme sont acceptées tant que les informations demandées sont présentes. Si vous vous posez des questions sans trouver de réponse à ce sujet, merci de nous contacter par courrier électronique à l adresse suivante : vegfrance@univ-rennes1.fr. 1 Les données en présence/absence sont également acceptées. Tutoriel VegFrance Base de données Syntaxon p. 2/10

3 II. Présentation des tables et des formats de données Les informations que vous nous transmettez serviront à alimenter deux tables de données : l une listant les espèces observées (table Végétation ), l autre recensant toutes les autres informations détaillées ci-après (table Syntaxon ). Vous pouvez télécharger librement le tableur VegFrance_Syntaxon_MODELE.xlsx permettant une saisie simplifiée de vos données sur la page web «Contribution» du site internet de VegFrance : La table Végétation comporte cinq colonnes (champs) et son explication figure ci-après (Cf. III. IIILa table Végétation, p. 4). La table Relevé se subdivise en sept catégories, contenant entre 2 et 16 colonnes (champs) chacune, faisant l objet de paragraphes plus détaillés ci-après. Il s agit d une matrice constituée au total de 49 colonnes, correspondant aux champs que vous pouvez remplir 2 et d autant de lignes qu il y a de relevés stockés. RELEVE IDENTITE SOURCE CARACTERISATION LOCALISATION RECOUVREMENT TYPOLOGIE REMARQUES 4 champs 6 champs 7 champs 4 champs 10 champs 16 champs 2 champs p. 5 p. 5 p. 7 p. 7 p. 8 p. 8 p. 10 Dans la pratique, nous vous conseillons de rentrer dans un premier temps les informations générales dans la table Syntaxon puis celles de végétation dans la table Végétation. Dans le présent document, il vous est expliqué comment compléter les champs demandés : la signification du champ, son format, sa taille maximale. Le format est soit numérique (uniquement des chiffres, entiers ou décimaux), soit de type chaîne de caractères (chiffres, lettres, caractères spéciaux), soit une date. Pour les données au format numérique (NUM), il sera spécifié le nombre de chiffres acceptés avant et après la virgule de la manière suivante : NUM(nb maximal de chiffres avant la virgule,nb maximal de chiffres après la virgule). En cas d entiers, on note uniquement NUM(nombre maximal de chiffres) ou INT(nombre maximal de chiffre). Exemples : (i) Dans un champ au format NUM(3,2) sont acceptés aussi bien 156,5 que 14 que 864,25. (ii) Dans un champ au format NUM(1), ne vont être acceptés que les entiers de -9 à 9. Les données au format chaîne de caractères sont indiquées par la formule CAR(nombre fixe de caractères) ou VARCAR(nombre maximal de caractères). Tous les caractères comptent, y compris les espaces. Les chaînes de caractères peuvent être composées uniquement de chiffre mais dans ce cas, ces chiffres ne pourront pas être sujets à des calculs (somme, moyenne, ). Exemple : Acer campestre est une chaîne de 14 caractères qui peut être saisie dans un champ au format CAR(14), ou VARCAR(50) par exemple, mais pas dans CAR(13) ni dans VARCAR(13) même s il n y a que 13 lettres dans Acer campestre. Il est à noter que pour les champs disposant d une liste déroulante de choix dans le tableur téléchargeable, indiqués par le symbole, le format est souvent court (CAR(1) pour [STRATUM] renseignant la strate de végétation par exemple) malgré un intitulé pouvant être beaucoup plus long. Ceci est dû au fait que c est un code qui est stocké dans la base et non pas l intitulé complet (dans l exemple de [STRATUM] c est a qui est stocké pour renseigner Strate arbustive ). 2 Exception faite de quelques champs renseignés automatiquement par VegFrance, dont les cases sont hachurées dans ce document. Tutoriel VegFrance Base de données Syntaxon p. 3/10

4 III. La table Végétation Ce paragraphe concerne la table Végétation, dans laquelle figureront toutes les espèces observées avec l information concernant la présence ou l abondance et la strate de végétation correspondantes. Pour un relevé donné, autant de lignes que d espèces par strate observées sont attendues. VEGETATION ID_VEGFR NUM_RELEVE SP_NAME STRATUM COVER VARCAR(8) VARCAR(6) VARCAR(50) CAR(1) Dépend des cas de figure [ID_VEGFR] : Identifiant unique du relevé au sein de la base VegFrance Syntaxon. Il est généré par un serveur centralisé à l échelle nationale pour éviter tout doublon. [NUM_RELEVE] : Saisir le numéro du relevé donné par l auteur ou observateur sur le terrain. Il doit s agir du même numéro que celui qui sera saisi dans [NUM_RELEVE] : de la table Syntaxon (Cf. p. 5). Il est à noter que lorsque vous nous communiquez vos données, si l auteur ne tient pas un suivi de tous ses relevés grâce à des identifiants particuliers, vous pouvez choisir les identifiants comme vous le souhaitez, au plus simple (ex : 1, 2, 3, 4, ). La table Végétation que vous nous transmettrez possèdera donc un nombre de lignes égal à la somme du nombre d espèces (de strate distincte) observées par relevé, soit : R N = n i i=1 Où : N = nombre d espèces total = nombre de lignes saisies R = nombre de relevés, ni = nombre d espèces de strate distincte dans le relevé i [SP_NAME] : Les noms d espèces seront saisis en latin si possible en respectant la nomenclature TAXREF, idéalement dans sa version 5.0 car il s agit de la version de référence pour le logiciel TurboVeg. Une liste déroulante de noms d espèces selon TaxRef 5 est disponible. [STRATUM] : Choisir dans la liste déroulante la strate de végétation dont il est question pour chaque espèce végétale citée. Quatre strates sont distinguées : bryo-lichénique, herbacée, arbustive et arborée. [COVER] : Choisir dans la liste déroulante la fréquence de l espèce concernée. L information saisie ici dépend de l échelle de fréquence utilisée pour le relevé (Cf. [COVERSCALE] :, p. 7) : - Si [COVERSCALE]= Frequence_relative, le champ [COVER] doit comporter un chiffre de type NUM(3) correspondant à un pourcentage. - Si [COVERSCALE]= Frenquence_class, le champ [COVER] doit comporter un chiffre romain entre I et V, le type est VARCAR(3). Si aucune liste ne s affiche en cliquant sur le bouton, vérifiez que les champs [NUM_RELEVE] sont identiques dans les deux feuilles et que dans la feuille BDSyntaxon le champ [COVERSCALE] est dûment rempli. Tutoriel VegFrance Base de données Syntaxon p. 4/10

5 IV. La table Relevé 1. Les informations «Identité» Ce bloc de champs IDENTITE permet d identifier de manière unique les relevés dont il est question. RELEVE : IDENTITE RELEVE_NR ID_VEGFR NUM_RELEVE REGIME CAR(6) VARCAR(8) VARCAR(6) CAR(1) [RELEVE_NR] : Identifiant spécifique au logiciel utilisé pour stocké l information, TurboVeg. En tant que fournisseur de données, vous n avez pas à renseigner ce champ. [ID_VEGFR] : Identifiant unique du relevé au sein de la base VegFrance Syntaxon. Il est généré par un serveur centralisé à l échelle nationale pour éviter tout doublon. [NUM_RELEVE] : Saisir le numéro du relevé donné par l auteur ou l observateur. Il peut aussi s agir du numéro donné par un auteur qui garde un suivi de tous ses travaux au cours de sa carrière. Dans tous les cas, c est le numéro qui fait le lien avec la liste d espèces de la table Végétation, dans la feuille du tableur intitulée BDSyntaxonVégétation. [REGIME] : Choisir dans la liste déroulante le régime de diffusion (1 ou 2) attribué aux données. De manière générale, le Régime 1 s applique aux données à diffusion non restreinte tandis que le Régime 2 s applique dès lors que les données ne sont pas en libre accès. Pour plus d informations concernant les régimes de diffusion des données, référez-vous à la Convention Fournisseur, en téléchargement libre sur le site internet 2. Les informations «Source» Ce bloc de champs SOURCE permet de retrouver la source des données que le fournisseur procure à VegFrance. Cela permet notamment d éviter la saisie de doublons dans le cas où les mêmes données seraient envoyées par deux fournisseurs distincts. RELEVE : SOURCE SUPPLIER PROJECT AUTHOR REFERENCE TABLE_NR NR_IN_TAB VARCAR(30) VARCAR(30) VARCAR(4) VARCAR(4) VARCAR(4) VARCAR(4) [SUPPLIER] : Nom du fournisseur du relevé (celui qui le fournit à la base nationale VegFrance). Il peut s'agir d'une personne physique ou morale. En cas de droits d auteur ou voisins affiliés à la donnée transmise, le fournisseur doit avoir l autorisation de diffuser à VegFrance les informations fournies par le détenteur des droits. [PROJECT] : Projet dans lequel s insère le relevé. Il peut s agir d une thèse, d une étude typologique de type PVF1 (Prodrome des Végétations de France), d une étude Natura 2000, [AUTHOR] : Auteur(s) du relevé phytosociologique. Une liste préexistante est disponible, rangée par ordre alphabétique. Si l auteur à citer ne figure pas dans la liste, indiquer dans le fichier le NOM de l auteur en lettres Tutoriel VegFrance Base de données Syntaxon p. 5/10

6 capitales son prénom en minuscules. Les gestionnaires de la base VegFrance se chargeront d attribuer un code et d ajouter ce nom à la liste pour qu il soit accessible aux futurs fournisseurs de données. [REFERENCE] : Choisir dans la liste déroulante la référence bibliographique d'où est issu le relevé. La liste est rangée par ordre alphabétique de noms d auteurs. - En cas de relevé non issu d un article ou d un ouvrage publié, ne rien saisir dans ce champ. - Si la référence à citer ne figure pas dans la liste, saisir la référence complète (Auteurs, année, titre, éditeur). Les gestionnaires de la base VegFrance se chargeront d attribuer un code et d ajouter cette référence à la liste pour qu elle soit accessible aux futurs fournisseurs de données. - Si vous ne parvenez pas à lire la référence (libellé trop long dépassant du cadre de la liste déroulante), étirez la colonne I jusqu à la longueur voulue. Exemple illustré ci-dessous pour un ouvrage de P. ALLORGE. OU [TABLE_NR] : Saisir le numéro du tableau dans lequel figure le relevé en question, sachant que l on recherche dans la référence précisée ci-avant. Si ce champ n est pas pertinent et qu il ne peut pas être rempli, ne rien saisir dans ce champ. [NR_IN_TAB] : Saisir le numéro de la ligne/du relevé en question, sachant que l on se place dans le tableau identifié de la référence bibliographique précisée ci-avant. Si ce champ n est pas pertinent et qu il ne peut pas être rempli, ne rien saisir dans ce champ. Tutoriel VegFrance Base de données Syntaxon p. 6/10

7 3. Les informations «Caractérisation» Ce bloc de champs METHODOLOGIE renseigne sur les méthodes utilisées pour réaliser le relevé concerné. COVERSCALE NB_REL SURF_AREA METHOD RELEVE : METHODOLOGIE MANAGEMENT MOSS_ IDENT LICH_ IDENT CAR(1) VARCAR(2) NUM(6) VARCAR(2) VARCAR(2) CAR(1) CAR(1) [COVERSCALE] : Échelle de recouvrement utilisée pour caractériser la présence ou l abondance des espèces relevées. Choisir l échelle dans la liste déroulante. Veiller à l adéquation entre l échelle saisie ici et les données entrées dans [STRATUM] : Choisir dans la liste déroulante la strate de végétation dont il est question pour chaque espèce végétale citée. Quatre strates sont distinguées : bryo-lichénique, herbacée, arbustive et arborée. [COVER] : de la table Végétation. [NB_REL] : Nombre de relevés analytiques qui composent ce relevé synthétique. [SURF_AREA] : Surface du relevé. Saisir la surface en m². [METHOD] : Méthode générale suivie pour les relevés analytiques composant le relevé synthétique. Choisir la méthode dans la liste déroulante. Si celle-ci ne figure pas déjà dans la liste, sélectionner le dernier choix : Relevé effectué selon une méthode précisée dans le champ «Remarques» et expliquez la méthode dans le champ prévu à cet effet : [COMMENTS] :, p. 10. [MANAGEMENT] : Gestion du milieu. Choisir dans la liste déroulante. [MOSS_IDENT] : Identification des bryophytes. Sélectionner Oui si les bryophytes ont été identifié dans le relevé, Non sinon. [LICH_IDENT] : Identification des lichens. Sélectionner Oui si les lichens ont été identifiés dans le relevé, Non sinon. 4. Les informations «Localisation» Ce bloc de champs LOCALISATION permet d identifier le lieu du relevé et sa topographie globale. RELEVE : LOCALISATION COUNTRY NAT_REGION EXPOSURE ALTITUDE CAR(2) VARCAR(9) VARCAR(3) NUM(4) [COUNTRY] : Pays où a été effectué le relevé concerné. Choisir le pays correspondant dans la liste déroulante. [NAT_REGION] : Région naturelle où a été effectué le relevé concerné. Choisir dans la liste déroulante. [EXPOSURE] : Exposition du centre de la placette. Choisir dans la liste déroulante. Tutoriel VegFrance Base de données Syntaxon p. 7/10

8 [ALTITUDE] : Moyenne de l altitude, en m, du centre de la placette pour chaque relevé analytique constituant le relevé synthétique. Si celle-ci est inconnue, saisir «Inconnue». Si elle est imprécise, saisir la fourchette dans laquelle elle se trouve (par exemple pour une altitude incertaine entre 0 et 100m saisir ). 5. Les informations «Recouvrement» Ce bloc de champs RECOUVREMENT renseigne sur l occupation du sol par les différentes strates de végétation, mais également l eau, la roche nue, ou la litière. TOTAL TREES SHRUBS HERBS RELEVE : RECOUVREMENT MOSSES LICHEN ALGAE LITTER WATER INT(3) INT(3) INT(3) INT(3) INT(3) INT(3) INT(3) INT(3) INT(3) [TOTAL] : Recouvrement total par la végétation, toutes strates confondues (bryo-lichénique, herbacée, arbustive, arborés), en pourcentage (%). Moyenne des recouvrements pour les relevés analytiques composant le relevé synthétique. [TREES] : Recouvrement par la strate arborée (ligneux), en pourcentage (%). Moyenne des recouvrements pour les relevés analytiques composant le relevé synthétique. [SHRUBS] : Recouvrement par la strate arbustive (ligneux d une hauteur inférieure ou égale à 6 mètres), en pourcentage (%). Moyenne des recouvrements pour les relevés analytiques composant le relevé synthétique. [HERBS] : Recouvrement par la strate herbacée (non ligneux), en pourcentage (%). Moyenne des recouvrements pour les relevés analytiques composant le relevé synthétique. [MOSSES] : Recouvrement par la mousse, en pourcentage (%). Moyenne des recouvrements pour les relevés analytiques composant le relevé synthétique. [LICHEN] : Recouvrement par le lichen, en pourcentage (%). Moyenne des recouvrements pour les relevés analytiques composant le relevé synthétique. [ALGAE] : Recouvrement par les algues, en pourcentage (%). Moyenne des recouvrements pour les relevés analytiques composant le relevé synthétique. [LITTER] : Recouvrement par la litière, en pourcentage (%). Moyenne des recouvrements pour les relevés analytiques composant le relevé synthétique. [WATER] : Surface en eau, en pourcentage (%). Moyenne des recouvrements pour les relevés analytiques composant le relevé synthétique. [ROCK] : Surface de roche ou de sol nu, en pourcentage (%). Moyenne des recouvrements pour les relevés analytiques composant le relevé synthétique. 6. Les informations «Typologie» Ce bloc de champs TYPOLOGIE permet de recenser les informations sur les noms de l association végétale présente dans le relevé. ROCK Tutoriel VegFrance Base de données Syntaxon p. 8/10

9 RELEVE : TYPOLOGIE (1) ORIGIN_ASS ORIGIN_SUB PVF1 PVF2_ASS PVF2_SUB VARCAR(50) VARCAR(50) VARCAR(13) VARCAR(7) VARCAR(13) RELEVE : TYPOLOGIE (2) REVIEW_ASS REVIEW_SUB REV_SOUR REV_NAME TYPUS TABREF_PV2 VARCAR(50) VARCAR(50) VARCAR(50) VARCAR(50) CAR(3) CAR(1) RELEVE : TYPOLOGIE (3) CATMINAT N_2000 CAH_HAB EUNIS CORINE VARCAR(21) VARCAR(4) VARCAR(18) VARCAR(9) CAR(9) [ORIGIN_ASS] : Nom de l association végétale au sens phytosociologique que l auteur a initialement donné après avoir effectué son relevé. Saisir en toutes lettres. Si ce champ n est pas pertinent et qu il ne peut pas être rempli, ne rien saisir dans ce champ. [ORIGIN_SUB] : Nom de la sous-association végétale que l auteur a initialement donné après avoir effectué son relevé. Saisir en toutes lettres. Si ce champ n est pas pertinent et qu il ne peut pas être rempli, ne rien saisir dans ce champ. [PVF1] : Choisir dans la liste déroulante le nom donné à l association phytosociologique par le Prodrome des végétations de France dans sa 1 ère version (PVF1). Si ce champ n est pas pertinent et qu il ne peut pas être rempli, ne rien saisir dans ce champ. [PVF2_ASS] : Choisir dans la liste déroulante le nom donné à l association phytosociologique par le Prodrome des végétations de France dans sa 2 ème version (PVF2). Si ce champ n est pas pertinent et qu il ne peut pas être rempli, ne rien saisir dans ce champ. [PVF2_SUB] : Saisir le nom donné à la sous-association phytosociologique par le Prodrome des végétations de France dans sa 2 ème version (PVF2). Si ce champ n est pas pertinent et qu il ne peut pas être rempli, ne rien saisir dans ce champ. [REVIEW_ASS] : Saisir le nom donné à l association phytosociologique par une source autre que l auteur initial ou le Prodrome (1 ère et 2 ème versions). [REVIEW_SUB] : Saisir le nom donné à la sous-association phytosociologique par une source autre que l auteur initial ou le Prodrome (1 ère et 2 ème versions). [REV_SOUR] : Citer la référence bibliographique de la source où sont dénommées l association et la sous-association des champs [OTHER_ASS] et [OTHER_VAR]. [REV_NAME] : Citer le nom d auteur de la référence, c est-à-dire le nom de la personne qui a attribué les noms d association et sous-association à la communauté végétale décrite dans le relevé. Tutoriel VegFrance Base de données Syntaxon p. 9/10

10 [TYPUS] : S il s agit d un relevé type, indiquer le code correspondant à l association ou à la sous-association (Holotypus, Lectotypus ou Neotypus). Si ce champ n est pas pertinent et qu il ne peut pas être rempli, ne rien saisir dans ce champ. [TABREF_PV2] : Le relevé synthétique est-il un tableau de référence du Prodrome des Végétations de France PVF2, ou contient-il un relevé type d'association? [CATMINAT] : Catalogue des Milieux Naturels. Choisir dans la liste déroulante le code correspondant au milieu naturel dans lequel le relevé a été effectué. [N_2000] : Natura Si le relevé a été effectué dans une zone Natura 2000, renseigner le code correspondant au type d habitat. [CAH_HAB] : Cahiers d Habitats des zones Natura Si le relevé a été effectué dans une zone Natura 2000, renseigner le code correspondant au type d habitat plus précis, tel que défini dans les cahiers d habitats. [EUNIS] : European Nature Information System, soit en français Système d information européen sur la nature. Choisir le code correspondant au type d habitat dans lequel s insère le relevé. [CORINE] : Corine Biotopes. Choisir le code correspondant au type d habitat dans lequel s insère le relevé. 7. Les informations «Remarques» Ce champ permet de préciser les méthodes utilisées pour réaliser le relevé si celles-ci ne sont pas présentes dans les listes préconçues. RELEVE : REMARQUES COMMENTS VARCAR(500) OTHER_INFO VARCAR(250) [COMMENTS] : Détailler les méthodes utilisées si elles ne sont pas recensées dans les listes préconçues (Cf. [METHOD] :, p. 7), ou saisir des informations complémentaires qui n ont pas pu être saisies précédemment. [OTHER_INFO] : Lister les autres informations qui ont été relevées sur le terrain et qui sont stockées dans le jeu de données source mais non retranscrites dans VegFrance. Attention : lister uniquement la nature des informations supplémentaires, pas leur valeur ou leur résultat. V. Envoyer les données Une fois les informations renseignées, vous pouvez transmettre vos données par courrier électronique si la taille du fichier le permet (< 10 Mo environ) à l adresse vegfrance@univ-rennes1.fr. Si le fichier est trop volumineux, contactez-nous afin que l on mette à votre disposition une plateforme d échange de données. La mise à disposition de vos données nécessite également la signature de la Convention Fournisseur, disponible sur signée des deux parts : vous en tant que fournisseur et les administrateurs VegFrance. Tutoriel VegFrance Base de données Syntaxon p. 10/10