15/05/2014. Initiation. Le Corguillé Monsoor V / 05 / Le Corguillé et al. 1
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- Valérie St-Laurent
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1 15/05/2014 Initiation Le Corguillé Monsoor V / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 1
2 INTRODUCTION / PROBLÉMATIQUE 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 2
3 Introduction Setup TP Compte ********* Support de cours : 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 3
4 Introduction Sélectionner votre niveau : 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 4
5 Introduction La problématique Level 1 Je veux connaître l'expression de mes gènes 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 5
6 Introduction La problématique Level 2 Je veux faire un mapping et un comptage de mes reads sur mon génome de référence 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 6
7 Introduction La problématique Level 3 Je veux lancer les outils tophat2 et cufflinks J'ai des fastq et mon génome au format fasta et gtf 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 7
8 Introduction La problématique Level 4 Je veux un espace projet avec 1To car je pense faire du ssh pour lancer tophat2 sur 8 procs via qsub et soumettre le fichier bam à mon génome avec cufflinks Sinon, pas besoin de vous :P 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 8
9 Introduction La problématique Level 5 J'ai un tas d'outils sympas! Mais je suis le seul à pouvoir les lancer. Des commentaires? 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 9
10 Introduction Pourquoi? 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 10
11 ssh -Y [...] ~]$ cdprojet login]$ cd panda/tmp/mapping mapping]$ cat tophat.qsub #!/bin/bash #$ -S /bin/bash #$ -M #$ -m bea #$ -V #$ -cwd #$ -o qsub.out #$ -e qsub.err tophat2 panda_v /input/illr1-1.fq../input/illr1-2.fq -GTF../input/panda_v gtf --b2-sensitive -r 100 num-threads 8 [login@n0 mapping]$ qsub -q long.q -pe thread 8 tophat.qsub Your job ("tophat.qsub") has been submitted [login@n0 mapping]$ ls accepted_hits.bam junctions.bed qsub.err unmapped.bam deletions.bed logs qsub.out insertions.bed prep_reads.info tmp [login@n0 mapping]$ cd.. [login@n0 mapping]$ mkdir cufflinks 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 11
12 ssh -Y [...] ~]$ cdprojet login]$ cd panda/tmp/mapping mapping]$ cat tophat.qsub #!/bin/bash #$ -S /bin/bash #$ -M #$ -m bea #$ -V #$ -cwd #$ -o qsub.out #$ -e qsub.err tophat2 panda_v /input/illr1-1.fq../input/illr1-2.fq -GTF../input/panda_v gtf --b2-sensitive -r 100 num-threads 8 [login@n0 mapping]$ qsub -q long.q -pe thread 8 tophat.qsub Your job ("tophat.qsub") has been submitted [login@n0 mapping]$ ls accepted_hits.bam junctions.bed qsub.err unmapped.bam deletions.bed logs qsub.out insertions.bed prep_reads.info tmp [login@n0 mapping]$ cd.. [login@n0 mapping]$ mkdir cufflinks 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 12
13 .gtf.nhr.phr Introduction.fai.fasta.*.ebwt.rev.*.ebwt.xml.gff3.wig.tab.bed.tgz.sam.cas.vcf.bam.*.bt2.rev.*.bt2.bai.fastq/.fq.coordSorted.bai.coordSorted.bam.nameSorted.bai.nameSorted.bam.phred64.fq.fastqsanger 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 13
14 .gtf.nhr.phr Introduction.fai.fasta.*.ebwt.rev.*.ebwt.xml.gff3.wig.tab.bed.tgz.sam.cas.vcf.bam.*.bt2.rev.*.bt2.bai.fastq/.fq.coordSorted.bai.coordSorted.bam.nameSorted.bai.nameSorted.bam.phred64.fq.fastqsanger 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 14
15 Introduction Les outils avec interface graphique click bouton sous windows + très ergonomique trop ergonomique manque de souplesse faut pas rêver! Vous avez déjà vu un thésard trouver le temps pour faire de beaux boutons verts? Les outils en ligne sur Internet + très ergonomique trop ergonomique manque de souplesse une infime part des outils disponibles réparti un peu partout sur les différents sites universitaires souvent limité en terme de taille de soumission il ne faut pas être parano 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 15
16 Introduction Les outils en ligne de commande + représente la quasi majorité des outils scientifiques + très complet en terme de paramètre + peuvent tourner sur des clusters de calcul + les g33ks adorent car automatisable, workflowsable,... nécessite un minimum de connaissance en linux manque cruellement d'ergonomie 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 16
17 INTRODUCTION / GALAXY 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 17
18 18 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 18 /
19 Introduction Galaxy c'est Plus besoin de lancer une ligne de commande dans un terminal Plus besoin de connaître la programmation ou le scripting Des jobs soumis de manière transparente sur un cluster de calcul Un gestionnaire d'historique et de données sécurisées Un système de partage de données ou de protocoles Des boîtes à outils dans plusieurs domaines de la bioinformatique NGS Chimie Metabolomique Etc... Statistique Analyse d'image 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 19 Une interface web
20 Introduction 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 20
21 Pourquoi Galaxy? Introduction Accessibilité Accès à des outils de bioinformatique sans connaissance en informatique Ergonomie à géométrie variable Modularité Reproductibilité Traçabilité des paramètres Transparence Partage des données et protocoles 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 21
22 Introduction ~]$ cdprojet login]$ cd panda/tmp/mapping mapping]$ cat tophat.qsub #!/bin/bash #$ -S /bin/bash #$ -M #$ -m bea #$ -V #$ -cwd #$ -o qsub.out #$ -e qsub.err tophat2 panda_v /input/illr1-1.fq../input/illr1-2.fq -GTF../input/panda_v gtf --b2-sensitive -r 100 num-threads 8 [login@n0 mapping]$ qsub -q long.q -pe thread 8 tophat.qsub Your job ("tophat.qsub") has been submitted 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 22
![Introduction [login@n0 ~]$ cdprojet [login@n0 login]$ cd 13-07-29-panda/tmp/mapping [login@n0 mapping]$ cat tophat.qsub #!](/docs-images/33/16585496/images/23-0.png "/bin/bash #$ -S /bin/bash #$ -M login@sb-roscoff.fr #$ -m bea #$ -V #$ -cwd #$ -o qsub.out #$ -e qsub.")
23 Introduction ~]$ cdprojet login]$ cd panda/tmp/mapping mapping]$ cat tophat.qsub #!/bin/bash #$ -S /bin/bash #$ -M #$ -m bea #$ -V #$ -cwd #$ -o qsub.out #$ -e qsub.err tophat2 panda_v /input/illr1-1.fq../input/illr1-2.fq -GTF../input/panda_v gtf --b2-sensitive -r 100 num-threads 8 [login@n0 mapping]$ qsub -q long.q -pe thread 8 tophat.qsub Your job ("tophat.qsub") has been submitted 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 23
24 Introduction ~]$ e-pcr --help e-pcr: invalid option -- - usage: [-hv] [posix-options] stsfile [fasta...] [compat-options] where posix-options are: -m ## Margin (default 50) -w ## Wordsize (default 7) -n ## Max mismatches allowed (default 0) -g ## Max indels allowed (default 0) -f ## Use ## discontiguos words, slow if ##>1 -o ## Set output file -t ## Set output format: 1 - classic, range (pos1..pos2) 2 - classic, midpoint 3 - tabular 4 - tabular with alignment in comments (slow) [...] -d##-## Set default size range (default ) -p +- Turn hits postprocess on/off -v ## Verbosity flags -a a f Use presize alignmens (only if gaps>0), slow a - Allways or f - as Fallback -x +- Use 5'-end lowercase masking of primers (default -) -u +- Uppercase all primers (default -) 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 24
25 L'interface de Galaxy / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 25 /
26 L'interface de Galaxy 26 le menu 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 26 /
27 L'interface de Galaxy 27 la liste des outils 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 27 /
28 L'interface de Galaxy 28 formulaire / visualisation / information diverse 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 28 /
29 L'interface de Galaxy 29 l'historique 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 29 /
30 IMPORT DES DONNÉES 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 30
31 IMPORT DES DONNÉES < 2 GO 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 31
32 Import d'un fichier de moins de 2 Go stocké sur votre disque local / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 32 /
33 Import par copier/coller dans la zone de texte Il est aussi possible d'y recopier une url ftp d'un fichier en ligne zippé (zip, tgz, gz) ex : ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/fasta/mito.aa.gz Mais attention à la taille! / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 33 /
34 Si la détection automatique du format échoue ou pour forcer un format : 34 tabular gff fastq fastqsanger xml blastxml / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 34 /
35 IMPORT DES DONNÉES > 2 GO - PART I CÔTÉ TRANSFERT 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 35
36 Import FTP 36 Création d une librairie L import des fichiers supérieurs à 2 Go doivent être déposés sur le serveur via le protocole FTP (File Transfert Protocol) Fichiers < 2 Go HTTP Fichiers > 2 Go FTP 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 36 /
37 Import FTP 37 Création d une librairie L import des fichiers supérieurs à 2 Go doivent être déposés sur le serveur via le protocole FTP (File Transfert Protocol) Fichiers < 2 Go HTTP Fichiers > 2 Go FTP 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 37 /
38 Import FTP Les programmes de FTP WinSCP 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 38 /
39 Import FTP Les programmes de FTP Avoid: Malwares inside WinSCP 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 39 /
40 Import FTP Les programmes de FTP WinSCP 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 40 /
41 Import FTP Les paramètres Server / Host bioinfo.sb-roscoff.fr Protocol SFTP ou SCP Username / Login PATH /projet/externe/<group>/<login>/galaxylibrary 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 41 /
42 Import FTP Les paramètres Server / Host bioinfo.sb-roscoff.fr Protocol SFTP ou SCP Username / Login PATH /projet/externe/<group>/<login>/galaxylibrary 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 42 /
43 Import d'un fichier > 2 Go / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 43 /
44 Import d'un fichier > 2 Go / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 44 /
45 Import d'un fichier > 2 Go / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 45 /
46 Import d'un fichier > 2 Go / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 46 /
47 Import d'un fichier > 2 Go / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 47 /
48 Import d'un fichier > 2 Go / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 48 /
49 Import d'un fichier > 2 Go / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 49 /
50 IMPORT DES DONNÉES > 2 GO - PART II CÔTÉ GALAXY 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 50
51 Import d'un fichier de plus de 2 Go / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 51 /
52 Import d'un fichier de plus de 2 Go / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 52 /
53 Import d'un fichier de plus de 2 Go / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 53 /
54 IMPORT DES DONNÉES 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 54
55 Pour les ressources conséquentes et publiques ex : swissprot au format blast chromosome 11 du génome humain au format bowtie2 55 Faire une demande à support.abims@sb-roscoff.fr 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 55 /
56 Résumé IMPORT DES DONNÉES 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 56
57 Import Résumé Si ressource locale : Si < 2 Go : Import depuis Get Data Copier/Coller dans la zone de texte Si > 2 Go : Import via le protocol FTP Si ressource distante : Si < 2 Go : Copier/Coller de l'adresse ftp:// Si ressource type banque publique (brute ou reformatée) Demande à support.abims@sb-roscoff.fr pour mise à disposition 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 57
58 Import Exercice Récupérer sous Galaxy un fichier de séquence 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 58
59 OUTILS 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 59
60 L'interface de Galaxy 60 la liste des outils 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 60 /
61 L'interface de Galaxy 61 la liste des outils 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 61 /
62 Exemple de formulaire : Sélection du fichier d'entrée filtre sur le type de fichier (ici : fichier fasta) / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 62 /
63 Exemple de formulaire : Aide sur l'outil 63 Dans la limite des stocks disponibles 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 63 /
64 Exemple de formulaire : Ici : possibilité de choisir une banque personnelle dans l'historique mais j'en ai pas! / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 64 /
65 Exemple de formulaire : Possibilité de choisir le format du fichier de sortie 65 Dans la limite des stocks disponibles 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. /
66 Exemple de formulaire : Possibilité d'accéder à des options avancées = accessibilité / ergonomie 66 Dans la limite des stocks disponibles 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 66 /
67 Outils Les status Job en attente de soumission = le job est dans la «queue» de l'ordonnanceur La durée de ce statut dépend du nombre de jobs actuellement en attente et du nombre de cpu demandé 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 67
68 Outils Les status Job en cours d'exécution = le job tourne actuellement sur le cluster de calcul La durée de ce status dépend complètement de la nature du job et de la puissance de calcul allouée Certains programmes vont pouvoir tourner sur plusieurs processeurs et disposer de 4, 8 ou 16 Go de RAM. Et d'autres sont mono-cpu. 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 68
69 Outils Les status Job terminé Son statut est OK mais des warnings ou des erreurs peuvent se cacher derrière. Ah hum! 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 69
70 Outils Les status Job terminé mais en erreur = le programme renvoie une erreur Un programme si il est bien développé renvoie un code d'erreur : = 0 si tout s'est bien terminé > 0 si il a rencontré une erreur Le programme explique souvent d'où vient l'erreur et parfois pas. 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 70
71 Outils Les status Job terminé mais en erreur Les sources d'erreur : L'utilisateur :P Mauvaise utilisation : fichier d'entrée ou format ou option Mauvais portage du programme sous Galaxy désolé :/ Plantage non anticipé du programme 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 71
72 Exemple d'erreur / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 72 /
73 Exemple d'erreur / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 73 /
74 Exemple d'erreur / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 74 /
75 Exemple d'erreur / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 75 /
76 HISTORIQUE 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 76
77 L'interface de Galaxy : l'historique 77 Contient aussi bien les entrées que les sorties 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 77 /
78 Historique 78 Renommer, tagger et annoter 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 78 /
79 Information sur l'objet : Code erreur Sorties standard / error Historique / Objet / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 79 /
80 Visualisation de l'objet Tableau Image HTML Historique / Objet / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 80 /
81 Modification des attributs Renommer Annoter Historique / Objet / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 81 /
82 Ajout de tags et d'annotations Historique / Objet / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 82 /
83 Modification du type de fichier Tabular gtf fastq fastqsanger (phred33) Historique / Objet / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 83 /
84 Conversion de type Historique / Objet 84 Dans la limite des stocks disponibles 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 84 /
85 Visualisation Tabular graphique de type scatterplot gff/bam visualisation dans un système de track Historique / Objet / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 85 /
86 Historique / Objet 86 Re-ouverture du formulaire à l'origine de l'objet avec ces options pré-remplies 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 86 /
87 Suppression d'un objet Historique / Objet / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 87 /
88 Historique / Objet Suppression d'un objet Mais attention, l'objet est dans une sorte de corbeille / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 88 /
89 Historique / Objet Suppression d'un objet Mais attention, l'objet est dans une sorte de corbeille «Du coup, l'espace disque n'est pas libéré» / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 89 /
90 Historique / Objet Purge des objets deletés Mais attention, là, c'est pour de bon! / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 90 /
91 Historique Cycle de vie des données Gestion par l'utilisateur de son quota Suppression automatique en cours de réflexion 6 mois ou 1 an 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 91
![Saved history : Renommer Supprimer [définitivement]](/docs-images/33/16585496/images/92-0.png "Historique / Objet 92 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al.")
92 Saved history : Renommer Supprimer [définitivement] Historique / Objet / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 92 /
93 Saved history : Renommer Supprimer [définitivement] Historique / Objet / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 93 /
94 OUTILS / EXERCICE 1 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 94
95 Outils Exercice 3 e kyu : Récupérer les identifiants des hits obtenus à partir de vos séquences «blastées» sur swissprot : Identité > 75 % Couverture de l'alignement > 75 % Subject / Swissprot Query / Input Alignement Couverture = Longueur alignement / Longueur query 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 95
96 Outils Exercice 4 e kyu : Lancer un blast de vos séquences sur swissprot Regarder quel blast convient à vos données d'entrée et à votre banque Calculer le pourcentage de couverture de l'alignement par rapport à la longueur effective de la sequence query (pensez à regarder la signification des colonnes dans l'aide de blast) Filtrer Identité > 75 % Couverture de l'alignement > 75 % 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 96
97 Outils Exercice 5 e kyu : Lancer un blastx de vos séquences sur swissprot Calculer les longueurs de vos séquences Fusionner le tableau de résultats du blast avec le résultat des longueurs de séquence (données tabulées) Calculer le pourcentage de couverture de l'alignement par rapport à la longueur effective de la sequence query (pensez à regarder la signification des colonnes dans l'aide du blast) Filtrer Identité > 75 % Couverture de l'alignement > 75 % 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 97
98 Outils Exercice 6 e kyu : Lancer un blastx de vos séquences sur swissprot Calculer les longueurs de vos séquences (Compute sequence length) Fusionner le tableau de résultats du blast avec le résultat des longueurs de séquence (données tabulées) Si la fusion ne fonctionne pas, c'est qu'il y a un piège avec les identifiants. Calculer le pourcentage de couverture de l'alignement par rapport à la longueur effective de la sequence query (pensez à regarder la signification des colonnes dans l'aide du blast) Filtrer Identité > 75 % Couverture de l'alignement > 75 % 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 98
99 Outils Exercice 7 e kyu : Lancer un blastx de vos séquences sur swissprot Calculer les longueurs de vos séquences (Compute sequence length) Fusionner le tableau de résultats du blast avec le résultat des longueurs de séquence (données tabulées) Si la fusion ne fonctionne pas, c'est qu'il y a un piège avec les identifiants. Une des pistes est de travailler le tableau des longueurs de séquences pour éliminer "path..." Calculer le pourcentage de couverture de l'alignement par rapport à la longueur effective de la sequence query (pensez à regarder la signification des colonnes dans l'aide du blast) Filtrer Identité > 75 % Couverture de l'alignement > 75 % 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 99
100 Outils Exercice 8 e kyu : Lancer un blastx de vos séquences sur swissprot Calculer les longueurs de vos séquences (Compute sequence length) Fusionner (join) le tableau de résultats du blast avec le résultat des longueurs de séquence (données tabulées) Si la fusion ne fonctionne pas, c'est qu'il y a un piège avec les identifiants. Une des pistes est de travailler le tableau des longueurs de séquences pour éliminer "path..." en utilisant la commande cut et en jouant sur le délimitateur de champs. Vous pouvez ainsi obtenir 2 datasets que vous collez l'un à côté de l'autre Calculer (compute) le pourcentage de couverture de l'alignement par rapport à la longueur effective de la sequence query (pensez à regarder la signification des colonnes dans l'aide du blast) Filtrer (filter) Identité > 75 % Couverture de l'alignement > 75 % 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 100
101 Outils Exercice 9 e kyu : Lancer un blastx de vos séquences sur swissprot Calculer les longueurs de vos séquences (Compute sequence length) Fusionner (join) le tableau de résultats du blast avec le résultat des longueurs de séquence (données tabulées) Si la fusion ne fonctionne pas, c'est qu'il y a un piège avec les identifiants. Une des pistes est de travailler le tableau des longueurs de séquences pour éliminer "path..." Un cut pour récupérer la premier colonne en utilisant l'espace Un cut pour récupérer la seconde colonne en utilisant la tabulation Un paste pour coller les 2 tableaux Calculer (compute) le pourcentage de couverture de l'alignement par rapport à la longueur effective de la sequence query : ((c8- c7+1)/c14)*100 Filtrer (filter) (c3 >= 75 and abs(c15) >= 75) Identité > 75 % et Couverture de l'alignement > 75 %
102 OUTILS / EXERCICE 2 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 102
103 WORKFLOW 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 103
104 Workflow Un workflow est un enchaînement d'outils et de paramètres Peut correspondre au protocole de l'expérience Un workflow est construit pour être rejoué (de manière plus ou moins stricte) 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 104
105 Workflow Notre workflow Infile fasta Blastx Join Compute column Filter Compute fasta length 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 105
106 106 Notre workflow sauce Galaxy 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 106 /
107 Création d'un workflow à partir d'un historique / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 107 /
108 Création d'un workflow à partir d'un historique Changement du nom Possibilité de décocher des étapes / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 108 /
109 Liste des workflows 109 Possibilité de créer un workflow de zéro 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 109 /
110 Edition d'un workflow / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 110 /
111 Edition d'un workflow : 111 Le canevas Glisser-Déposé 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 111 /
112 Edition d'un workflow : 112 Ajout d'un nouvel outil dans le workflow / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 112 /
113 Edition d'un workflow : 113 Ajout d'un nouvel outil dans le workflow 3 - save / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 113 /
114 Edition d'un workflow : 114 Rendre paramétrable un paramètre au moment de l'exécution / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 114 /
115 Lancer un workflow / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 115 /
116 Lancer un workflow 116 Paramètres par défaut Paramètres à renseigner 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 116 /
117 Workflow Ce qui est possible dans Galaxy Ce qui n'est pas possible dans Galaxy pour le moment For / While True Super-workflow If False 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 117
118 PARTAGE 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 118
119 Partage «biologiste» «biologiste» Partage de datasets Historique en entier Avec ou sans workflow associé (Extract workflow) Sous ensembles 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 119
120 Partage Partage de workflows bioanalyste «biologiste» Paramètres pré-configués Paramètres à configurer (Set at runtime) => Suivant le niveau de l'utilisateur Partage de pages (voir plus loin) 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 120
121 Partage bioinformaticien bioinformaticien Partage de descriptions d'outils et/ou de scripts Toolshed Galaxy 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 121
122 Partage de datasets / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 122 /
123 Partage de workflows / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 123 /
124 Partage : les modes 124 communauté restreinte tous les utilisateurs du serveur Galaxy communauté restreinte 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 124 /
125 Partage Import d'un published * Import d'un shared history 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 125
126 Partage Level 5 Level 4 Partage d'outils et de descriptions via le toolshed Lancement des outils de manière autonome. Utilisation des options avancées. Utilisation de l'api Galaxy Propose des workflows aux collègues de niveau -- Level 3 Level 2 Lancement des outils de manière autonome. Utilisation d'un workflow plus ou moins préconfiguré Utilisation d'un workflow préconfiguré Level 1 Partage des données avec un collègue de niveau / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 126
127 BONUS 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 127
128 BONUS - MECANIQUE 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 128
129 Bonus Comment un outil arrive dans Galaxy? Outil Installé sur le cluster Description XML des paramètres Galaxy génère l interface 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 129
130 Bonus Comment un outil arrive dans Galaxy? ~]$ e-pcr --help e-pcr: invalid option -- - usage: [-hv] [posix-options] stsfile [fasta...] [compat-options] where posix-options are: -m ## Margin (default 50) -w ## Wordsize (default 7) -n ## Max mismatches allowed (default 0) -g ## Max indels allowed (default 0) -f ## Use ## discontiguos words, slow if ##>1 -o ## Set output file -t ## Set output format: 1 - classic, range (pos1..pos2) 2 - classic, midpoint 3 - tabular 4 - tabular with alignment in comments (slow) -d##-## Set default size range (default ) -p +- Turn hits postprocess on/off -v ## Verbosity flags -a a f Use presize alignmens (only if gaps>0), slow a - Allways or f - as Fallback -x +- Use 5'-end lowercase masking of primers (default -) -u +- Uppercase all primers (default -) [...] 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 130
131 Bonus Comment un outil arrive dans Galaxy? 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 131 /
132 Bonus Comment un outil arrive dans Galaxy? ~]$ e-pcr --help e-pcr: invalid option -- - usage: [-hv] [posix-options] stsfile [fasta...] [compat-options] where posix-options are: -m ## Margin (default 50) -w ## Wordsize (default 7) -n ## Max mismatches allowed (default 0) -g ## Max indels allowed (default 0) -f ## Use ## discontiguos words, slow if ##>1 -o ## Set output file -t ## Set output format: 1 - classic, range (pos1..pos2) 2 - classic, midpoint 3 - tabular 4 - tabular with alignment in comments (slow) -d##-## Set default size range (default ) -p +- Turn hits postprocess on/off -v ## Verbosity flags -a a f Use presize alignmens (only if gaps>0), slow a - Allways or f - as Fallback -x +- Use 5'-end lowercase masking of primers (default -) -u +- Uppercase all primers (default -) [...] 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 132 /
133 CONCLUSION 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 133 /
134 Conclusion Comment un outil arrive dans Galaxy? Tooshed Description maison Une seul adresse : => support.abims@sb-roscoff.fr 16 / 05 / 2014 Le Corguillé et al. 134
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