Comment retrouver une aiguille dans une botte de foin?

Transcription

1 ou Comment retrouver une aiguille dans une botte de foin? Systèmes d interrogation de banques de données La recherche porte sur les informations relatives à la séquence (non sur la séquence elle-même) Plusieurs logiciels de consultation : SRS (EBI, LION) Entrez (NCBI)... 1

2 Sequence Retrieval Software (SRS) développé par l EBI, repris par LION en 98 SRS propose : un système d indexation et de consultation de banques hétérogènes plus de 700 banques sont accessibles via SRS une trentaine d applications sont intégrables possibilité d indexer ses propres banques et d intégrer ses applications SRS 4 SRS 8 Sequence Retrieval Software accès par ligne de commande (getz sous unix) ou par le web il existe plus de 30 serveurs pour SRS liste disponible Chaque serveur propose les banques de son choix 2

3 Choix des banques (Library page) 3 modes de recherche x Ne sélectionner que les banques utiles! Formulaire de requête standard Banque(s) sélectionnée(s) Combinaison entre les champs 4 champs possibles Information sur les champs 3

4 Mot simple Termes de recherche reductase dans le champ «Description» => entrées dont le champ «description» contient le mot «reductase» Plusieurs mots aldehyde reductase aldehyde reductase => «aldehyde» et «reductase» => «aldehyde reductase» «aldehyde reductase» => «aldehyde reductase» Opérateurs (combinaison à l intérieur d un champ) & => et => ou! => mais pas ex : reductase! aldehyde (dans le champ «description» ) => les réductases qui ne sont pas des aldehyde reductases Termes de recherche Intervalles numériques ex pour le champ longueur de la séquence (SeqLength) : 100:200 => toutes les séquences dont la longueur est comprise entre 100 et : => supérieure ou égale à 1000 :100 => inférieure i ou égale à 100 Métacaractères * => un nombre quelconque (0 à l infini) de caractères? => un caractère et un seul cell*ase => mots commençant par «cell» et finissant par «ase» (cellobiase, cellobiohydrolase, cellulase,...) phosphat?d?l => par exemple phosphatidyl Remarque: le métacaractère * est ajouté à la fin de chaque mot par défaut 4

5 Format d affichage (view) Affichage par défaut Format d affichage De 5 à entrées / page Format Fasta >BA1600 IN0ACA3YM11CM1 BA1600 CGGCCGGGGGACTCTGGATAGAGAATGGAGCATAGGTAGTTGTATGTCCA ACTACCATACAATCACGAGCATAGATTCCGTTAACAGGGTCCAGTATGAA TTCTGCCAGAAGTTTTGGACCAGCTGTTGCTATGAATATCTGGAAAAATC ACTGGGTGTACTGGATGGGTCCGATCTTGGGAGGTGTAATTGCTGGTTTA CTCTATGAGTATATATTTGCCGCTAATGCCTCAGCGAACAAAATAATGGA ATTTTTACTCTCAAGTAAATACGATACAGAAGATTTCCCTATGCAGGAAC AAAAGGTGAAAATATTAGTAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAACATGTCGGCCG 5

6 Sauvegarde des résultats Type d informations extraites 6

7 Type «features» Type «counters» 7

8 Utilisation des liens entre les banques 1) Définition de l ensemble de travail 2) Choix de la banque Utiliser les liens entre les banques 3 Ensemble de travail (Current query) Banques sélectionnées 1 ID xxxxx ID xxxxx ID xxxxx 2 A B Opérateurs de liens A > B : les éléments de B qui ont un lien avec les éléments de A A < B : les éléments de A qui ont un lien avec les éléments de B 8

9 Utilisation des liens Entrées de la banque Swissprot ayant un lien avec l ensemble de travail Entrées de l ensemble de travail ayant un lien avec la banque Swissprot Page «Results» Possibilité de combiner les requêtes Q1 & Q2! Q3 Historique de la session 9

10 ENTREZ système d interrogation de banques de données ENTREZ Choix de la banque 10

11 Termes de recherche Opérateurs booléens (toujours en majuscule) : AND, OR, NOT Les termes peuvent être associés grâce aux parenthèses ex: Smith OR (West AND Gordon) Les «tags» permettent de restreindre la recherche à un champ précis ex: Smith h[ [au] => Smith hd dans le champ «authors» ribosome [Title word] => le mot ribosome dans le titre La page «Limits» La page «Limits» limite l espace de recherche en précisant : - le champ à prendre en considération - les banques - les dates de publications ou de modifications... Champs Génome, chloroplaste, mitochondrie Banques date 11

12 Preview/Index Accès aux résultats des dernières requêtes Les requêtes sont identifiées par un numéro précédé du caractère # Les requêtes peuvent être combinées (AND, OR, NOT) Preview/Index La requête en cours peut être affinée en ajoutant un nouveau terme (pour un champ donné) champs

13 Preview/Index INDEX donne l ensemble des valeurs possibles pour un champ donné La page «Clipboard» Ajout des enregistrements sélectionnés dans le bloc note Sélection Récupération des enregistrements sélectionnés 13