Date : 05/11/2015 Fonction : Chef de service Nom : MERENS Audrey Visa : Informatique

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1 moléculaire microbiologique BMM Page : 1 / 12 VERSION COMMENTAIRE DATE 1 Création 05/11/2015 Rédaction Vérification Approbation Validation Date : 02/11/2015 Fonction : Adjoint Nom : DELAUNE Déborah Visa : Informatique Date : 05/11/2015 Fonction : Adjoint Nom : BIGAILLON Christine Visa : Informatique Date : 05/11/2015 Fonction : Chef de service Nom : MERENS Audrey Visa : Informatique Date : 05/11/2015 Fonction : RAQ Nom : RIPPERT Sophie Visa : Informatique Pour que votre recherche soit plus facile : faire Ctrl+F et taper le mot recherché Les examens sur fond grisé sont fait à l extérieur. Pour toute demande particulière, vous pouvez contacter un biologiste : , , Paramètre synonyme ARN 16S (recherche du gène codant l ARN 16s bactérien) : ARN 18S (recherche du gène codant l ARN 18s - champignons) Prélèvement Liquides de ponction issus de sites stériles, biopsies osseuses : pot stérile Liquides de ponction, biopsies osseuses : pot stérile Acheminement au laboratoire 2 A +4 C dans les 12 2 A +4 C dans les 12 Conditions particulières Renseignements à fournir Contexte Antibiothérapie en cours? Technique Délai maximum de rendu Réalisé en Urgence? Ajout possible a posteriori PCR 1 semaine non Oui si quantité suffisante pour biothèque (délai 1 mois) Contexte PCR 10 jours non Oui si quantité suffisante pour biothèque (délai 1 mois) Lieu de réalisation de l analyse Hôpital Européen G. Pompidou HIA Percy

2 moléculaire microbiologique BMM Page : 2 / 12 Chlamydia et Mycoplasma pneumoniae ( Gorge = 1 kit de prélèvement Remel M4RT Transport 4 A+ 4 C dans les 72 Prélèvement de gorge : prélever avec l écouvillon du kit (gratter pour prélever des cellules) et casser le bout de l écouvillon dans le milieu de transport. Symptomatologie 1 semaine Non Non HIA Bégin Ou virocult Chlamydia trachomatis / Neisseria gonorrhoeae ( Prélèvements pulmonaires profonds, liquides de ponction, LCR : pot stérile 1er jet d urines, pus profonds, biopsies, liquides : pot stérile. (Monovette sans conservateur utilisable pour les urines). 24 A+ 4 C pendant 6 jours. Symptomatologie/ dépistage? Le diagnostic et le dépistage se font sur le premier jet d urine pour les hommes (prélever les 1ers ml). Le diagnostic d IST se fait sur un prélèvement vaginal chez la femme. Le dépistage chez la femme 48 ouvrables Non Non HIA Bégin

3 moléculaire microbiologique BMM Page : 3 / 12 Chikungunya (RT- Prélèvement vaginal, endocervical, pus superficiels : kit de prélèvement Cepheid vaginal/ endocervical (disponible au laboratoire) Sérum : 1 tube sec 4 asymptomatique se fait sur prélèvement vaginal ou autoprélèvement vaginal (voir la fiche patient) Notion de voyage Symptômes 1 semaine Non Oui si sérothèque HIA Bégin A+ 4 C dans les 24 Coqueluche (recherche directe par 1 kit de prélèvement avec milieu Amies liquide (COPAN) Aspiration nasopharyngée profonde : pot stérile Ecouvillon : 4 A+ 4 C dans les 48 Pot stérile : 4 A+ 4 C dans les 24 Ecouvillonnage nasal : Effectuer un prélèvement nasal profond à l aide de l écouvillon souple fourni dans le kit en grattant la muqueuse. Casser le bout de l écouvillon dans le tube. Aspiration nasopharyngée profonde : par un cathéter flexible au bout d une seringue (minimum 500µL) Symptomatologie, date de début des symptômes. 1 semaine Non Non HIA Bégin

4 moléculaire microbiologique BMM Page : 4 / 12 Dengue (RT- Sérum : 1 tube sec 4 Notion de voyage Symptômes 1 semaine Non Oui si sérothèque HIA Bégin A+ 4 C dans les 24 Entamoeba histolytica Amibe (recherche par Abcès hépatique : pot stérile 2 A+ 4 C dans les 12 Notion de voyage Symptômes 1 semaine Non Non HIA Bégin Entérovirus LCR : pot stérile LCR : ambiante immédiatement Si site de prélèvement extérieur : à +4 C dans les 72 Symptômes 48 (jours ouvrables) Non Non HIA Bégin Sérum : Sérum : 1 tube sec 4 A+ 4 C dans les 72

5 moléculaire microbiologique BMM Page : 5 / 12 Grippe (RT- Hépatite B (charge virale) Kit de prélèvement Cepheid UTM influenza virus Aspiration nasopharyngée profonde ou LBA : pot stérile + 2 tubes EDTA de 7 ml 4 A+ 4 C dans les 72 Conserver le sang total entre +2 C et +25 C pendant 24 maximum. Si délai plus long : Centrifuger et décanter dans un nunc à bouchon vissé. transporter entre -18 C et -25 C. Ecouvillonnage nasal : Effectuer un prélèvement nasal profond à l aide de l écouvillon souple fourni dans le kit en grattant la muqueuse. Casser le bout de l écouvillon dans le tube. Aspiration nasopharyngée profonde : par un cathéter flexible au bout d une seringue (minimum 500µL) Symptomatologie, date de début des symptômes. Prélèvement à réaliser durant les ouvrables avant 16 Pour les laboratoires extérieurs : réaliser le prélèvement le matin pour un transport le jour même (impératif de délai préanalytique) +++ Contexte (diagnostic initial, suivi ), traitement en cours, résultat de la sérologie 72 Non Non HIA Bégin 2 semaines Non Non HIA Bégin

6 moléculaire microbiologique BMM Page : 6 / 12 Hépatite C (charge virale) Herpès virus : HSV 1 et 2, EBV, CMV, VZV, HHV6 (recherche par + 2 tubes EDTA de 7 ml - Sang 1 tube EDTA de 7 ml ou 2 de 5mL - Lésion cutanée ou muqueuse : 1 écouvillon ou Bactopick cassé dans un milieu de transport REMEL Swab Pack Conserver le sang total entre +2 C et +25 C pendant 24 maximum. Si délai plus long : Centrifuger et décanter dans un nunc à bouchon vissé. transporter entre - 18 C et -25 C. Sang : 24 suivant le prélèvement. Ne pas congeler à - 20 C. Prélèvement à réaliser durant les ouvrables avant 16 Pour les laboratoires extérieurs : réaliser le prélèvement le matin pour un transport le jour même (impératif de délai préanalytique) +++ Contexte (diagnostic initial, suivi ), traitement en cours, résultat de la sérologie A réaliser avant toute application de topiques. Prélèvements oculaires : ne pas utiliser de gants talqués, rincer l oeil avant grattage si utilisation préalable de fluorescéine ou d oxybuprocaine. Symptomatologie, lieu de prélèvement, contexte (immunodépression ). 2 semaines Non Non HIA Bégin Dans les 72 (jours ouvrables) Non Non HIA Bégin

7 moléculaire microbiologique BMM Page : 7 / 12 - Pour le LCR : Tube à hémolyse stérile ou flacon de 40 ml. ou HHV8 (recherche par Biopsie, liquides profonds : pot stérile 4 suivant le prélèvement. Symptômes 7 jours Non Non CERBA Sang (EDTA) : HPV (Human papillomavirus recherche par 1 tube sang 7 ml Température ambiante 6 semaines Compte-rendu d anatomopathologie 7 jours Non Non HIA Bégin Frottis cervico vaginal dans milieu de transport Thinprep

8 moléculaire microbiologique BMM Page : 8 / 12 Leishmaniose (recherche par Biopsie : pot stérile 4 suivant le prélèvement. Localisation Notion de voyage 7 jours Non Non HIA Bégin Sang (EDTA) ou moelle : Leptospirose ( Méningite bactérienne (méningocoque / pneumocoque recherche par Mycoplasma genitalium / Trichomonas vaginalis ( 1 tube sang 7 ml Sang (EDTA) : 1 tube sang 7 ml - LCR ou biopsie cutanée : Tube à hémolyse ou flacon de 40 ml. ou 1er jet d urines, pus profonds, pot stérile. (Monovette sans conservateur 4 suivant le prélèvement. ambiante immédiatement Pour site de prélèvement extérieur : à+4 C pendant 24 Urines : 4 A+ 4 C pendant 24 Symptomatologie, facteurs de risque Prélever avant toute antibiothérapie de J0 à J10 de la maladie. Passé ce délai préferer la sérologie (à prélever après J6). Symptômes Date de début des signes Notion d antibiothérapie préalable Symptomatologie/ dépistage? Le diagnostic et le dépistage se font sur le premier jet d urine pour les hommes (prélever les 1ers 7 jours Non Non CERBA 48 (jours ouvrables) Non Oui si quantité de LCR suffisante pour thèque délai <7 jours HIA Bégin 7 jours Non Non HIA Bégin

9 moléculaire microbiologique BMM Page : 9 / 12 utilisable pour les urines). Ecouvillon : 24 ml). Le diagnostic d IST se fait sur un prélèvement vaginal chez la femme. Prélèvement vaginal, endocervical, pus superficiels : kit de prélèvement Cepheid vaginal/ endocervical (disponible au laboratoire) A+ 4 C pendant 6 jours. Paludisme ( 1 tube EDTA de 7 ml 4 A+ 4 C dans les 24 Cet examen est fait en complément de la recherche de paludisme par examen direct en cas de difficulté diagnostique ou de difficulté de l identification de l expèce 72 (jours ouvrables) Non Non HIA Bégin Si possible au moment d un pic fébrile. Pays de séjour, durée du séjour, date de retour Renseignements cliniques : contexte épidémiologique (date et lieu du séjour), prophylaxie, traitement curatif éventuel

10 moléculaire microbiologique BMM Page : 10 / 12 PVL (recherche de la toxine de Panton Valentine) Colonie de S. aureus sur milieu gélosé 12 A+ 4 C dans les 7 jours. Antibiogramme Contexte clinique (pneumopathie? infection de la peau ou des parties molles?) 72 (jours ouvrables) Non Non HIA Bégin Résistance aux antibiotiques (étude du mécanisme) 1. gènes VIM, IMP, NDM, KPC, OXA48 de carbapénémase 2. gènes vana et vanb de résistance aux glycopeptides) Colonie d entérobactérie, de P. aeruginosa, de A. baumannii, d entérocoque 1 kit de prélèvement avec milieu Amies liquide (COPAN) Colonies : 12 A+ 4 C dans les 7 jours. Ecouvillon : 12 A+ 4 C dans les 7 jours. Antibiogramme si colonie Contexte si écouvillon (ontact d un patient BHRe? Epidémie? Hospitalisation à l étranger?(préciser le pays) 72 (jours ouvrables) Non Non HIA Bégin VIH-1 (charge virale) + 2 tubes EDTA de 7 ml transporter le sang total entre +2 C et +25 C pendant 24 maximum. Si délai plus long : Centrifuger et décanter dans un Prélèvement à réaliser durant les ouvrables avant 16 Pour les laboratoires extérieurs réaliser le prélèvement le matin pour un transport le jour même (impératif de délai préanalytique) semaine Non Non HIA Bégin

11 moléculaire microbiologique BMM Page : 11 / 12 VIH-2 (charge virale) VIH-1 et 2 (Génotype de résistance) + 2 tubes EDTA de 7 ml +BON DE COMMANDE+ FICHE SPECIFIQUE de RENSEIGNEMENTS + 2 tubes EDTA de 7 ml +BON DE COMMANDE+ FICHE SPECIFIQUE de RENSEIGNEMENTS nunc à bouchon vissé. transporter entre - 18 C et -25 C transporter le sang total entre +2 C et +25 C pendant 24 maximum. Si délai plus long : Centrifuger et décanter dans un nunc à bouchon vissé. transporter entre - 18 C et -25 C transporter le sang total entre +2 C et +25 C pendant 24 maximum. Si délai plus long : Centrifuger et décanter dans un nunc à bouchon vissé. Contexte (AES, diagnostic initial, suivi), traitement en cours, résultat de la sérologie Prélèvement à réaliser durant les ouvrables avant 16 Pour les laboratoires extérieurs réaliser le prélèvement le matin pour un transport le jour même (impératif de délai préanalytique) +++ Contexte (AES, diagnostic initial, suivi), traitement en cours, résultat de la sérologie Prélèvement à réaliser durant les ouvrables avant 16 Pour les laboratoires extérieurs réaliser le prélèvement le matin pour un transport le jour même (impératif de délai préanalytique) +++ Contexte (AES, diagnostic initial, suivi), traitement en cours, résultat de la sérologie 1 semaine Non Non Service de virologie hopital Bichat 1 semaine Non Non Service de virologie hopital Bichat

12 moléculaire microbiologique BMM Page : 12 / 12 Virus respiratoires hors grippe (rhinovirus, PIV, VRS, métapneumovirus, Bocavirus, adénovirus respiratoires, coronavirus) Ecouvillon nasopharyngé : milieu de transport virocult transporter entre - 18 C et -25 C 4 A+ 4 C dans les 72 Prélèvement nasopharyngé : prélever avec l écouvillon du kit (gratter pour prélever des cellules) et casser le bout de l écouvillon dans le milieu de transport. Symptomatologie 1 semaine Non Non HIA Bégin NOROVIRUS (recherche par Prélèvements pulmonaires profonds : pot stérile Selles : 1 pot stérile 4 Contexte clinique 72h Non Non HIA Bégin A+ 4 C dans les 48

INFORMATIONS GENERLES

INFORMATIONS GENERLES Nature Echantillon/ Espèce animale Motif (non exhaustif) Maladie/ Recherche Méthode(s) appliquée(s) Par défaut SERUM Achat Brucellose, Sérologie EAT Brucellose, sérologie EAT+ELISA individuel. Prophylaxie

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