INGENIEUR RECHERCHE EN BIOLOGIE Spécialités Biologie Moléculaire et Cellulaire, Ingénierie Génétique et Virologie

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1 PEREZ Christophe 17 Rue du Gal Delestraint PARIS Tél : INGENIEUR RECHERCHE EN BIOLOGIE Spécialités Biologie Moléculaire et Cellulaire, Ingénierie Génétique et Virologie ENSEIGNEMENTS SUIVIS ET DIPLÔMES 1995 : Doctorat de Sciences, Université Pierre et Marie Curie (Paris VI) Mention très Honorable avec les Félicitations du jury : Diplôme d'etudes Approfondies (DEA) de Microbiologie option Virologie Institut Pasteur et Université Pierre et Marie Curie (Paris VI) Mention Bien 1990 : Modules isolés niveau Maîtrise, Université Pierre et Marie Curie (Paris VI) 1989 : Maîtrise de Biochimie,Université Pierre et Marie Curie (Paris VI) Mention Assez Bien 1988 : Licence de Biochimie, Université Pierre et Marie Curie (Paris VI) Mention Assez Bien 1986 : Diplôme Universitaire de Technologie (I.U.T), Option Analyses Biologiques et Biochimiques, Université de Créteil (Paris XII) EXPERIENCES PROFESSIONNELLES : INGENIEUR de RECHERCHE-Spécialités Biologie Moléculaire et Cellulaire, et Ingénierie Génétique Département R&D société de biotechnologies Cellectis, Paris (75), axée sur l'utilisation de nucléases pour la mise au point de produits avec des applications dans les domaines de la recherche thérapeutique, agronomie, cellules souches induites et plus récemment des carburants alternatifs. Criblage HTS à haut débit de banque de sirnas et mise au point d'une méthodologie robuste augmentant l'efficacité et la spécificité du ciblage génique et de la mutagénèse non homologue de type NHEJ induites par des nucléases à site unique de coupure Ingénierie de nucléases à spécificité modifiée pour corriger des mutations responsables de maladies génétiques et validation de l'efficacité de coupure par deep-séquençage génomique NGS à haut débit Démonstration de l'efficacité de la recombinaison homologue «ex-vivo» et «in toto» induite après coupure double brin de l'adn par des nucléases séquences spécifiques Responsable de la mise en place et du suivi d'activités de recherche R&D Exécution de protocoles opératoires expérimentaux Interprétation et traçabilité des résultats, vérification, saisie et archivage des données du projet selon les Bonnes Pratiques de Laboratoire; mise à jour des tableaux de bord.

2 Reporting d'étude, compte rendus et présentation des résultats, veille technologique pour mise en place de nouveaux procédés Activité d'encadrement technique : POST-DOCTORANT Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)-Strasbourg (67) Etude de l'effet des mutations du facteur de transcription/réparation d'adn TFIIH sur la régulation transcriptionnelle des gènes codant pour des kératines folliculaires impliquées dans le phénotype du syndrome de la Trichothiodystrophie (TTD). Unité 119 INSERM-INSTITUT PAOLI CALMETTES-Marseille (13) Etude de la régulation des mécanismes post-transcriptionnels d'épissage et de polyadénylation alternatifs entre différents types cellulaires Planification et réalisation expérimentale de projets R&D Rédaction, optimisation de protocoles et mise au point de techniques analytiques de biologie moléculaire et cellulaire Suivi, discussion, interprétation et présentation des résultats Rapports techniques et scientifiques, articles, posters et congrès Encadrement d'étudiants en thèse et enseignement travaux pratiques biologie moléculaire et cellulaire niveau Maîtrise : DOCTORANT Unité 365 INSERM «Interférons et Cytokines»-INSTITUT CURIE-Paris (75) Etude de la régulation transcriptionnelle par l'interféron gamma (IFN-γ) dans les cellules myéloides Mise en place et obtention d' outils moléculaires pour réalisation de projet Actualisation de protocoles, analyse de résultats Bibliographie, séminaires, rédaction d'articles et participation aux congrès 1991 : STAGIAIRE DEA Laboratoire des Rétrovirus et Transfert Génétique -INSTITUT PASTEUR-Paris (75) Etude génétique du domaine de la protéine d'enveloppe des rétrovirus leucémogènes murins impliqué dans la reconnaissance du récepteur cellulaire Compétence dans l'utilisation de techniques de Biologie Moléculaire et Cellulaire Préparation et rédaction de protocoles opératoires Construction et cartographie de vecteurs plasmidiques Production de virus avec différentes protéines d'enveloppe mutées Transfection cellulaire pour détermination du maintien ou de la perte de l'infectivité virale

3 DOMAINES DE COMPETENCES Biologie Moléculaire & Immunologie & Screening HTS Clonage moléculaire: conception, préparation et caractérisation de constructions de plasmides PCR&Nested PCR, PCR&RT-PCR quantitative (Taqman, Sybr Green), Southern &Northern Blot (sonde froide ou radioactive) Détection polymorphisme allélique par PCR discriminante Mutagénèse dirigée, aléatoire, synthèse de gènes par PCR d assemblage Conception, établissement par ingénierie génétique avec nucléases et validation de modèle cellulaire pour screening HTS de banque de sirnas. Transfection cellulaire transitoire et stable (liposomes, agents cationiques, shrna&sirna, électroporation) à faible, moyen et haut débit. Extraction et purification ADN génomique et ARN messager Validation et analyse d'efficaité de ciblage génique et mutagénèse génomique induite par nucléases à sites uniques de coupure par deep-séquençage NGS à Haut Débit (Technologies ROCHE 454 par pyroséquençage et Illumina) Western Blot, dosage Elisa, immunoprécipitation Logiciels dédiés à l électrophorèse, au clonage moléculaire (Vector-NTI), aux traitements de signaux (fluorescence, luminescence) Logiciels de recherche (GenBank, dbsnp, dbest, UniSTS), d analyse (BLAST, SWISS PROT) et de comparaison (CLUSTAL) de séquences Biologie Cellulaire & Virologie Entretien de cellules primaires et de lignées établies Ingénierie génomique de modèles cellulaires à façon à l'aide de nucléases spécifiques Génération de lignées stables traçables Transfection cellulaire transitoire et stable (liposomes, agents cationiques, shrna&sirna, électroporation) à faible, moyen et haut débit. Détection fluorescence cellulaire au microscope et cytométrie de flux (GUAVA) Dosage activité gène rapporteur (GFP, Luciférase, Phosphatase alcaline, B-Galactosidase) à faible, moyen et haut débit Construction de virus recombinants, production de stocks viraux, analyse de l infectiosité et du tropisme cellulaire LANGUES & INFORMATIQUE Anglais (niveau opérationnel), Espagnol (bilingue) Maîtrise du pack Office (Word, PowerPoint et Excell) Logiciels de traitement d images (NIH Image, Adobe Photoshop, GIMP) et de gestion bibliographique (End Note) Utilisation d'internet

4 PUBLICATIONS 1) High frequency targeted mutagenesis using engineered endonucleases and DNA-end processing enzymes. Delacôte F, Perez C, Guyot V, Duhamel M, Rochon C, Ollivier N, Macmaster R, Silva GH, Pâques F, Daboussi F, Duchateau P. PLoS One. 2013;8(1):e ) Chromosomal context and epigenetic mechanisms control the efficacy of genome editing by rare cutting designer endonucleases. Daboussi F, Zaslavskiy M, Poirot L, Loperfido M, Gouble A, Guyot V, Leduc S, Galetto R, Grizot S, Oficjalska D, Perez C, Delacôte F, Dupuy A, Chion-Sotinel I, Le Clerre D, Lebuhotel C, Danos O, Lemaire F, Oussedik K, Cédrone F, Epinat JC, Smith J, Yáñez- Muñoz RJ, Dickson G, Popplewell L, Koo T, VandenDriessche T, Chuah MK, Duclert A, Duchateau P, Pâques F. Nucleic Acids Res Jul;40(13): ) Identification of genes regulating gene targeting by a high-throughput screening approach. Delacôte F, Perez C, Guyot V, Mikonio C, Potrel P, Cabaniols JP, Delenda C, Pâques F, Duchateau P. J Nucleic Acids. 2011; 2011: ) Molecular basis of xeroderma pigmentosum group C DNA recognition by engineered meganucleases. Redondo P, Prieto J, Muñoz IG, Alibés A, Stricher F, Serrano L, Cabaniols JP, Daboussi F, Arnould S, Perez C, Duchateau P, Pâques F, Blanco FJ, Montoya G. Nature Nov 6;456(7218): ) Engineered I-CreI derivatives cleaving sequences from the human XPC gene can induce highly efficient gene correction in mammalian cells. Arnould S, Perez C, Cabaniols JP, Smith J, Gouble A, Grizot S, Epinat JC, Duclert A, Duchateau P, Pâques F. J Mol Biol Aug 3;371(1): ) Efficient in toto targeted recombination in mouse liver by meganuclease-induced double-strand break. Gouble A, Smith J, Bruneau S, Perez C, Guyot V, Cabaniols JP, Leduc S, Fiette L, Avé P, Micheau B, Duchateau P, Pâques F. J Gene Med May;8(5): ) Engineering of large numbers of highly specific homing endonucleases that inducerecombination on novel DNA targets. Arnould S, Chames P, Perez C, Lacroix E, Duclert A, Epinat JC, Stricher F, Petit AS, Patin A, Guillier S, Rolland S, Prieto J, Blanco FJ, Bravo J, Montoya G, Serrano L, Duchateau P, Pâques F. J Mol Biol Jan 20;355(3): ) Factors affecting double-strand break-induced homologous recombination in mammalian cells. Perez C, Guyot V, Cabaniols JP, Gouble A, Micheaux B, Smith J, Leduc S, Pâques F, Duchateau P. Biotechniques Jul;39(1): ) The cleavage/polyadenylation activity triggered by a U-rich motif sequence is differently required depending on the poly(a) site location at either the first or last 3'-terminal exon of the 2'-5' oligo(a) synthetase gene. Aissouni Y, Perez C, Calmels B, Benech PD. J Biol Chem Sep 27;277(39): ) A role of the C-terminal part of p44 in the promoter escape activity of transcription factor IIH. Tremeau-Bravard A, Perez C, Egly JM. J Biol Chem Jul 20;276(29): ) p44/ssl1, the regulatory subunit of the XPD/RAD3 helicase, plays a crucial role in the transcriptional activity of TFIIH. Seroz T, Perez C, Bergmann E, Bradsher J, Egly JM. J Biol Chem Oct 27;275(43): ) Genomic organization and promoter characterization of two human UHS keratin genes. Perez C, Auriol J, Gerst C, Bernard BA, Egly JM. Gene Feb 18;227(2):

5 13) Genomic organization and promoter characterization of the mouse and human genes encoding p62 subunit of the transcription/dna repair factor TFIIH. Perez C, Auriol J, Seroz T, Egly JM. Gene Jun 15;213(1-2): ) Involvement of the transcription factor PU.1/Spi-1 in myeloid cell-restricted expression of an interferon-inducible gene encoding the human high-affinity Fc gamma receptor. Perez C, Coeffier E, Moreau-Gachelin F, Wietzerbin J, Benech PD. Mol Cell Biol Aug;14(8): ) Two cis-dna elements involved in myeloid-cell-specific expression and gamma interferon (IFNgamma) activation of the human high-affinity Fc gamma receptor gene: a novel IFN regulatory mechanism. Perez C, Wietzerbin J, Benech PD. Mol Cell Biol Apr;13(4): BREVETS 1) MEGANUCLEASE VARIANTS CLEAVING A DNA TARGET SEQUENCE FROM A XP GENE AND USES THEREOF. Informations sur la publication: US (A1) ) USE OF MEGANUCLEASES FOR INDUCING HOMOLOGOUS RECOMBINATION EX VIVO AND IN TOTO IN VERTEBRATE SOMATIC TISSUES AND APPLICATION THEREOF Informations sur la publication:us (A1) ) CUSTOM-MADE MEGANUCLEASE AND USE THEREOF. Informations sur la publication:au (A1) ) METHOD FOR MODULATING THE EFFICIENCY OF DOUBLE-STRAND BREAK-INDUCED MUTAGENESIS. Informations sur la publication US (A1) ) METHOD FOR MODULATING DOUBLE-STRAND BREAK-INDUCED HOMOLOGOUS RECOMBINATION. Informations sur la publication WO (A1) ) MEGANUCLEASE VARIANTS CLEAVING A DNA TARGET SEQUENCE FROM THE HUMAN HEMOGLOBIN BETA GENE AND USES THEREOF. Informations sur la publication US (A1) ) METHOD FOR ENHANCING THE CLEAVAGE ACTIVITY OF I-CREI DERIVED MEGANUCLEASES. Informations sur la publication US (A1) ) MEGANUCLEASE VARIANTS CLEAVING A DNA TARGET SEQUENCE FROM THE MOUSE ROSA26 LOCUS AND USES THEREOF. Informations sur la publication WO (A1) WO (A8) ) SEQUENCES D'ADN IMPLIQUEES DANS LA TRANSCRIPTION DE GENES SOUS L'EFFET D'INDUCTEUS ET LEUR APPLICATIONS BIOLOGIQUES. Brevet INSERM Patent Application N Fr

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