Spécialiste en biologie moléculaire, votre partenaire de l extraction à l amplification

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1 Spécialiste en biologie moléculaire, votre partenaire de l extraction à l amplification CATALOGUE HOSPITALIER

2 Sommaire Extraction p 6 Maxwell 16 IVD instrument, extraction petits volumes p 7 Extraction manuelle p 13 HSM 2.0 Instrument, extraction grands volumes p 14 Quantification p 16 Analyse STR p 20 Focus épigénétique p 26 Amplification (Coffrets - Mix) p 28 Identification (Spectrométrie de Masse) p 36 Recherche Translationnelle p 38 Démarche Promega p 40 Services p 40 Centre de formation PETAL p 41 Site Feynman Center cgmp p 42 Développement durable p 43 Les produits sont identifiés CE IVD s ils bénéficient du marquage CE IVD (Conformité Européenne pour le Diagnostic In Vitro) ou RUO (Research Use Only) s'ils sont utilisés en recherche uniquement.

3 Promega, des solutions automatisées et ciblées pour répondre aux besoins des laboratoires hospitaliers Les progrès en biologie moléculaire ces dernières années ont permis l émergence de découvertes médicales extraordinaires dans des domaines tels que les maladies rares, la cancérologie, les maladies infectieuses... En plus des nouvelles armes thérapeutiques en cours de développement (biomédicaments), les techniques de biologie molécu laire permettent également d étudier les pathologies au niveau moléculaire d un point de vue génétique humaine, comme la détection de mutations. Le facteur pronostic, basé sur une caractérisation moléculaire des maladies, devient un élément fondamental dans la prise en charge du patient. L émergence d une méde cine personnalisée est désormais possible. Des techniques universelles, telles que la PCR largement utilisée en recherche, sont désormais routinières dans de nombreux laboratoires hospitaliers. Les tests de biologie moléculaire ouvrent ainsi la voie à une biologie nouvelle et trouvent leur place dans le paysage de la biologie hospitalière. 3

4 Avec plus de 30 ans d existence, Promega est présent dans le monde avec 14 filiales et 50 distributeurs. Il se positionne comme un acteur incontournable en biologie moléculaire. Détenteur de plus de 500 brevets pour la conception de réactifs, notamment dans les domaines de la génomique, de la protéomique, de l identification génétique humaine, Promega contribue aux travaux de la communauté scientifique internationale. 4

5 Promega, une solide expertise en biologie moléculaire Plus qu un spécialiste, un partenaire Promega a développé une expertise et un savoir-faire dans des domaines variés tels que la recherche fondamentale, la biologie clinique, le screening de molécules à visée thérapeutique ou la médecine légale. Ses produits sont cités au travers de milliers de publications scientifiques et médicales parmi lesquelles Oncology, Science, Nature. Promega développe des solutions automatisées et ciblées à destination des laboratoires hospitaliers : services de génétique (oncogénétique, cytogénétique ), HLA, immunologie, hématologie, oncologie, anatomopathologie, infectiologie. Promega vous accompagne ainsi depuis l extraction (automatisée ou manuelle) jusqu à l amplification. Un service de qualité optimale Un marquage CE IVD ou RUO selon les produits Des normes ISO 9001 et ISO Un SAV de qualité et de proximité Une plateforme technique à votre écoute (Hotline - Messenger) Des délais et des conditions de livraison optimaux (respect de la chaîne du froid) Un laboratoire d application disponible pour suivre, tester des produits, réaliser des formations (Lyon) Un site industriel classé cgmp pour la production de produits réglementés pour l'industrie pharmaceutique ou l'industrie du diagnostic 5

6 Extraction Promega offre des solutions automatisées dans le but de répondre aux besoins de standardisation des méthodes et d'optimisation des flux de laboratoires. De la microbiopsie au grand volume de sang (10 ml), Maxwell 16 IVD System et HSM 2.0 Instrument permettent d extraire ADN ou ARN en toute confiance.

7 Maxwell 16 IVD System (CE IVD) Extraction automatisée de petits volumes Rapidité Extraction automatisée de 1 à 16 échantillons en minutes. Facilité d utilisation Des cartouches pré-remplies adaptées à un large panel d échantillons Moins de traitements en amont Traçabilité Un lecteur de code barres pour le suivi des échantillons et des runs Fiabilité Absence de contamination croisée Lampe UV pour la décontamination Procédé unique de déplacement de billes magnétiques, sans pipetage de liquides Extraction à partir d'un large panel d échantillons ADN génomique Sang total / Buffy coat Tissus frais/congelés FFPE Cellule Salive Ecouvillons Fluides corporels Protocoles pré-enregistrés et faciles d'utilisation Un écran tactile Exportation des données vers un PC A reproductibilité assurée : aucune variation d'un run à l'autre Service de maintenance préventive pour garantir le fonctionnement optimal du système ARN total Sang total / Buffy coat Cellules Tissus ADN/ARN de virus Plasma Sérum Ecouvillons AS3050 Gagnez 6 fois plus de temps dans vos extractions! Temps utilisateur 90 min. 15 min. Optimisation des coûts : réduisez de 50% vos dépenses en extractions * Coût des extractions 22,5 E 11,5 E -50% Colonnes (manuel) Cartouches (automate) Colonnes Cartouches (manuel) (automate) * Coût global = prix du réactif + temps technicien 7

8 Hématologie / Oncologie / Génétique Extraction d'arn à partir de prélèvements de sang, cellules et tissus La qualité de l ARN extrait d un prélèvement est primordiale pour la recherche de mutations génétiques impliquées dans les cancers ou les maladies héréditaires. Trois kits Maxwel 16 dédiés à l extraction d ARN à partir de sang (EDTA et Paxgene), cellules ou tissus sont désormais disponibles et offrent une solution rapide et efficace. Grâce au traitement à la DNase inclus dans la cartouche, l ARN obtenu est quasi exempt d ADN (<0,017%). Des concentrations élevées en ARN Moins de contamination par l'adn RNA RNA (ng/ul (ng/ul per per ml blood ml blood input) input) by Absorbance by Absorbance Donneur 1 simply RNA Donneur Blood 2 Donneur 3 simply Concentration Donneur RNA Blood 1 normalisée Marque Donneur Q RNA Blood par 2 ml Mini de sang Donneur (ng/µl) 3 onneur 2 Donneur Concentration 3 Marque Q RNA Blood Mini normalisée par ml de sang (ng/µl) isée par ml de sang (ng/µl) Donneur 3 ng (ng/µl) Average Cq (n=3) Maxwell 16/simply RNA Q TRIzol-Manual simply RNA Blood 15 Marque simply Q RNA RNA Blood Blood Mini 10 Marque Q RNA Blood Mini 17 18,1 18, ,7 20, Faible contamination par l ADN génomique 24, HEK 293 Cells 27,8 27,8 25, ,6 24,6 27, No RT 6,5 à 9 Ct de moins sur ces réactions correspondent à une contamination en ADN génomique 90 à 500 fois plus élevée 10027MA Rendement d extraction d ARN sur 10 millions de cellules N échantillon Rendement extraction en ng Ratio A260/A280 concentration en ng.µl-1 volume d'élution en µl , , , , , , , , , , , , , , , , L'automate Maxwell nous permet d'extraire simultanément jusqu'à 16 ARN en 1 heure environ. Ceci représente un gain de temps considérable en comparaison de notre ancienne technique manuelle. Ainsi à partir de culots secs de 10M de cellules nous obtenons des ARN de quantité et de qualité adéquates pour nos techniques de qpcr. Dr O. K. Laboratoire d'hématologie Moléculaire, APHP 8

9 Anatomopathologie Extraction d'adn à partir de tissus inclus en paraffine Promega propose une solution automatisée d extraction d ADN à partir de tissus inclus en paraffine. L association du Maxwel 16 et du kit Maxwel LEV FFPE offre une solution complète aux laboratoires d Anatomopathologie et d Oncologie, permettant une extraction en 30 minutes sans étape de déparaffinage au préalable. Cette solution permet de s affranchir des contraintes liées à l extraction manuelle, technique longue et fastidieuse nécessitant souvent l utilisation de solvants toxiques. Les laboratoires augmentent ainsi en rapidité et en efficacité pour le rendu d analyses. 200bp 100bp pur 1/5 1/10 Trois dilutions (pur, 1/5, 1/10) de l ADN extrait à partir d une coupe d adénocarcinome colique macrodisséquée qui est amplifiée par PCR multiplexe ciblant les exons 11 et 13 du gène KIT (respectivement 150 et 116bp) et l exon 15 du gène BRAF (173bp). AS3050 Kit Maxwell 16 FFPE Plus LEV DNA Purification Nous utilisons l extracteur Maxwell pour extraire l ADN à partir de coupes de tissus inclus en paraffine. L augmentation du nombre d échantillons traités nécessitait d automatiser l étape d extraction pour réduire les risques d erreurs liés à la manipulation des échantillons et pour gagner du temps. La qualité des éluats issus du Maxwell a réduit le nombre d échec d amplification surtout pour les petites biopsies. Dr C. L.M. Laboratoire de Génétique Moléculaire Plateforme de Génétique Moléculaire des Cancers (INCa) de Brest 9

10 HLA / Transplantation / Immunologie Des extractions sécurisées pour des résultats reproductibles Pourquoi le Maxwell est la solution des laboratoires HLA? Une solution automatisée qui remplace les méthodes d extraction d ADN sur colonne, consommatrices de temps et sujettes aux erreurs de manipulation. Le nombre de transplantations d organes et de moelle osseuse augmente. Les laboratoires HLA sont amenés à travailler plus vite. Le Maxwell apporte un gain de temps considérable dans le typage HLA pour la recherche de donneurs compatibles. Il donne des résultats reproductibles et des rendements élevés. Le risque d erreur est également réduit du fait d'une simplification des manipulations rendant l automate facilement accessible. Nous cherchions justement un véritable automate d extraction des acides nucléiques. Une partie des manipulations nécessitait l intervention d une technicienne, et seuls six échantillons pouvaient être traités à la fois. Désormais en 40 min. environ, ce sont jusqu à 16 échantillons qui sont préparés. Le Maxwell 16 nous a donc permis de libérer du temps technicien, il se révèle particulièrement utile pour les grandes séries. Laboratoires HLA EFS Rhône-Alpes Rendement (µg) Sang Buffy Coat (2,5 ml) Echantillon 6691MC Publications 1. Effects of infectious mononucleosis and HLA-DRB1*15 in multiple sclerosis. TR. Nielsen, K. Rostgaard, J. Askling, R. Steffensen, A. Oturai, C. Jersild, N. Koch-Henriksen, PS. Sørensen, and H. Hjalgrim. Multiple Sclerosis, Apr 2009; 15: IL-17 Is Necessary for Host Protection against Acute-Phase Trypanosoma cruzi Infection. Yoshiyuki Miyazaki, Shinjiro Hamano, Seng Wang, Yohei Shimanoe, Yoichiro Iwakura, and Hiroki Yoshida. J. Immunol., Jul 2010; 185:

11 Virologie Pourquoi le Maxwell est la solution des laboratoires de virologie? L automate Maxwell 16 permet de répondre à des besoins urgents, tout en garantissant la qualité optimale des acides nucléiques extraits. Ce système d'une grande fiabilité donne des résultats reproductibles d un run à l autre. Sa lampe UV et son procédé unique de déplacements de billes magnétiques, sans avoir recours à l'aspiration de liquide, assurent l absence de contamination croisée et préserve la sécurité des utilisateurs. Le risque d erreur est réduit du fait de la simplification des manipulations. Virus Acides Nucléiques Type d'échantillons Applications Influenza (Flu) ARN Sécrétions Nasales (M4 media) RT PCR classique (CDC 5 primer set) Respiratory virus panel ARN Sécrétions Nasales / NP / BAI Luminex RV Hepatis C Virus (HCV) ARN Plasma Genotypage HCV (Siemens) Adenovirus ADN Sécrétions QuantiTect Virus (Qiagen) Human Immunodeficiency Virus (HIV) ARN Plasma PCR classique Cyto megalovirus (CMV) ADN Plasma PCR en temps réel (Roche Hvb-probe), Artus (Qiagen) Herpes Simplex Virus (SHV) ADN Sécrétions PCR classique HPV ADN Sécrétions Third Wave Invader Extraction personnalisée selon les virus. Validation de l extraction d une large gamme de virus avec le Maxwell 16 Viral Total nucleic acid purification kit. Cette solution a été adoptée par de nombreux biologistes qui souhaitent détecter des infections grippales, des infections du système nerveux (ex. CMV, VIH), des infections respiratoires (adénovirus), des infections du tractus génital (ex. HPV), des infections systémiques (ex. HCV) Le Maxwell 16 nous a permis d extraire des acides nucléiques viraux à partir de sécrétions respiratoires. Nous avons pu faire, en 36 min., des extractions sur 16 prélèvements différents à partir de volumes de 200 μl et ainsi mettre en évidence la présence de virus à partir d ADN génomique ou d ARN. La limite dans la détection des virus ne dépend pas de la méthode d extraction utilisée mais de la sensibilité de l amplification utilisée. Les rendements obtenus sont comparables à ceux du QIACube, qui utilise des colonnes de silice. Mais en plus nous avons particulièrement apprécié le gain de temps grâce au Maxwell 16 et sa simplicité d utilisation. F. P., Pilar Pérez-Breña Inmaculada Casas - Centro Nacional de Microbiología. Instituto de Salud Carlos III - Madrid Publications 1. Association of polymorphism in FcGR3A gene and progression of low-grade precursor lesions of cervical carcinoma - P. Conesa-Zamora, V. Santaclara, E. Gadea-Niñoles, S. Ortiz-Reina and M. Perez-Guillermo. 2. Genotype distribution of human papillomavirus (HPV) and co-infections in cervical cytologic specimens from two outpatient gynecological clinics in a region of southeast Spain - Pablo Conesa-Zamora, Sebastián Ortiz-Reina, Joaquín Moya-Biosca, Asunción Doménech-Peris, Francisco Javier Orantes-Casado, Miguel Pérez-Guillermo and Marcos Egea-Cortines. 11

12 Kit d'extraction automatisée avec le Maxwell 16 Volume d élution Type d'acide nucléique Type d'échantillon Prise d essai Kit Maxwell 16 Référence catalogue Elution dans 300 à 600 µl Cartouches SEV ADN Sang Buffy coat 400 µl de sang frais 500 µl de buffy coat Maxwell 16 Blood DNA Purification Kit AS1015 (CE-IVD) AS1010 Tissus 20 à 50 mg Maxwell 16 Tissue DNA Purification Kit Cellules 5 millions cell. Maxwell 16 Cell DNA Purification Kit AS1030 AS1020 Traces DNA IQ Reference Sample Kit for Maxwell 16 AS1040 Elution dans 50 à 100 µl Cartouches LEV ADN Sang total Fluides biologiques 400 µl Maxwell 16 LEV Blood DNA Kit AS1290 Ecouvillons buccaux 1 ou 2 Maxwell 16 Buccal Swab LEV DNA Purification Kit Tissus paraffinés 10 x 5 µ Maxwell 16 FFPE Plus LEV DNA Purification Kit Cellules <10000 cell. Maxwell 16 Cell LEV DNA Purification Kit AS1295 AS1135 AS1140 Traces DNA IQ Casework Pro Kit AS1240 ARN Sang total (EDTA et Paxgene) 2,5 ml de sang frais Maxwell 16 LEV simplyrna Blood Kit AS1310 Tissus 20 mg Maxwell 16 LEV simplyrna Tissue Kit Cellules 5 millions cell. Maxwell 16 LEV simplyrna Cells Kit AS1280 AS1270 ADN + ARN viral Plasma Sérum Fluides biologiques 300 µl Maxwell 16 Viral Total Nucleic Acid Purification kit AS1155 (CE-IVD) AS1150 Maintenance Préventive Maintenance Préventive Annuelle Vérification de l appareil et réalisation des tests standards SA1310 Contactez votre délégué commercial pour en savoir plus sur les autres contrats et services après-vente disponibles 12

13 Extraction manuelle Type d'acide nucléique Type d'échantillon Solution Promega Rendements (µg) Méthode d'extraction Conditionnement Cat.# ADN Sang, tissu, cellules, bactéries, levures, champignons Wizard Genomic DNA Purification Variable selon les échantillons Solution saline 100 extractions / 300 µl de sang A extractions / 300 µl de sang A extractions / 10 ml de sang A1620 Tissu Cellules Wizard SV Genomic DNA Purification System 30 Membrane 50 preps 250 preps A2360 A2361 Tissu Cellules Wizard SV 96 Genomic DNA Purification System 30 Membrane 1 x 96 preps 4 x 96 preps A2370 A2371 Tissu FFPE MagneSil Genomic, Fixed Tissue System 400 ng Billes magnétiques 100 preps MD1490 Sang Reliaprep Blood gdna Miniprep System 4-10 µg Membrane 10 preps 100 preps 250 preps A5080 A5081 A5082 Tissu ReliaPrep gdna Tissue Miniprep System 4-10 µg Membrane 100 preps 250 preps A2051 A2052 Tissu paraffinés FFPE ReliaPrep FFPE gdna Miniprep System 4-10 µg 10 réactions 100 réactions A2351 A2352 ARN Sang, tissus animal ou végétal, bactéries SV Total RNA Isolation System Variable selon les échantillons Membrane 10 preps 50 preps 250 preps Z3101 Z3100 Z3105 Cellules ReliaPrep RNA Cell Miniprep System Variable selon les échantillons Membrane 10 preps 50 preps 250 preps Z6010 Z6011 Z6012 NOUVEAU Tissu paraffinés FFPE ReliaPrep FFPE Total RNA Miniprep System Variable selon les échantillons Membrane 10 réactions 100 réactions Z1001 Z1002 Tissu ReliaPrep RNA Tissue Miniprep System Variable selon les échantillons Membrane 10 preps 50 preps 250 preps Z6110 Z6111 Z6112 NOUVEAU 13

14 HSM 2.0 Instrument (Kit associé : ReliaPrep Large Volume HT gdna System) Extraction automatisée d ADN à partir de grands Intégré dans la plateforme de pipetage Freedom EVO 100 pour une extraction ADN entièrement automatisée A Research Use Only - 14

15 volumes de sang (2 à 10 ml) Concentration (ng/ul) 250 Moyenne A260/A280 = 1, ,5 3 3,5 4 4,5 5 5,5 6 6,5 Volume de sang (ml) INPUT Tubes primaires de sang PROCESS Extraction ADNg (de 2 à 10 ml) OUTPUT Obtention d ADN pur Jusqu à 32 échantillons (2 à 10 ml) Sang total (frais ou congelé), buffy coat, salive Identification des tubes primaires par lecture de code-barre (système PosID) HSM 2.0 (agitation, chauffage et aimantation) couplé au robot pipeteur Tecan Technologie d extraction en billes magnétiques (ReliaPrep LV HT purification system) Pas de déplacement d échantillons pendant l extraction Coûts en réactifs et consommables maitrisés Prêt pour des applications type PCR, long PCR, séquençage, CGH Array, HRM Prêt pour être archivé dans une biobanque Rendement # 300 µg pour 10 ml Traçabilité totale des échantillons (du tube primaire à l ADN extrait) 32 échantillons extraits en # 3,5h Kits d'extraction automatisés Type d'acide nucléique Type d'échantillon Solution Promega Rendements (µg) Temps moyen (minutes) Conditionnement Cat.# ADN Sang total, buffy coat, salive ReliaPrep Large Volume HT gdna Isolation System # 300 μg pour 10 ml 32 échantillons extraits en # 3,5h ml preps A

16 Quantification fine et précise d'adn et d'arn Promega offre une solution complète (réactif et lecteur) de dosage de l ADN ou de l ARN en fluorescence. Les nouveaux systèmes Quantifluor permettent ainsi de mesurer de façon simple et rapide de petites quantités avec une linéarité et une sensibilité optimale.

17 10 fois PLus Sensible que le Qubit 2.0 fluorometer Aucun accessoire marqueurs fluorescents QuantiFluor optimisé pour les simple & intuitif Calibration unique fourni avec le Quantus Software pour le traitement des données Produit (Instrument & réactifs) Conditionnement Réf. Quantus Fluorometer Instrument E6150 QuantiFluor dsdna System 1 ml E2670 QuantiFluor ssdna System 1 ml E3190 QuantiFluor RNA System 1 ml E3310 En savoir plus - Research Use Only - 17

18 Instrument Quantus Fluorometer Quantification d acides nucléiques Haute sensibilité Combinés au Quantus, les marqueurs fluorescents Quantifluor permettent d obtenir une sensibilité supérieure à l absorbance pour les échantillons : précieux ou difficiles Limites de détection pauvres en acides nucléiques très dilués 50 pg/ml Quantus Fluorometer Haute spécificité La quantification par fluorescence permet : de mesurer précisément vos acides nucléiques de garantir le succès de vos applications telles que la qpcr ou le séquençage haut débit de distinguer les molécules d intérêt (ADN simple ou double brin, ARN) au sein d échantillons complexes Compatible avec tous types de fluorophores FOIS PLUS Sensible 200 pg/ml 500 pg/ml FOIS PLUS Sensible dsdna (ng/ml) QuantiFluor ST Fluorometer Qubit 2.0 Fluorometer 2 µg/ml NanoDrop 2000 Fluorometer 11574MC Spécifications Taille Poids Gamme dynamique linéaire Détecteur Filtres d excitation Filtres d émission Type de calibration Format des tubes Arrêt automatique Compatibilité électrique Configuration nécessaire (pour le Quantus Software en option) Garantie 22,7 x 11,5 x 4,5 cm 400 grammes 5 logs (dépend du type de mesure) Capteur de silicium solide Rouge : 640 nm (shortpass) Bleu : 495 nm (shortpass) Rouge : nm Bleu : nm Point unique (blanc et standard) Tubes PCR de 0,5 ml (Axygen - Référence PCR-05-C) Après une heure d inactivité 5V - 0,2A maximum Windows XP, Windows 7 (32 ou 64 bit).net Framework 4.0 ou supérieur 1 port USB libre 1 an - Research Use Only - 18

19 Réactifs QuantiFluor dsdna System Haute spécificité : se lie spécifiquement à l'adn double brin RFU Comparing QuantiFluor dsdna against PicoGreen PicoGreen Sensibilité augmentée : beaucoup plus sensible 100 QuantiFluor DNA que la mesure de l absorbance à 260 nm pour les 10 échantillons faiblement concentrés. Une détection 1 supérieure ou équivalente au PicoGreen avec une limite à 50 pg/ml Calf Thymus DNA [ng/ml] 9587MA QuantiFluor RNA Competitor P } RNA Detection Range QuantiFluor RNA Competitor P Low Concentration Range } UV abs (NanoDorp) High Concentration Range Competitor Q RNA Concentration (ng/µ) 10556MA QuantiFluor RNA System Sensibilité augmentée : une sensibilité qui augmente significativement par rapport au Nanodrop sur de faibles concentrations d'échantillons Plus économique : moins de template d'arn requis comparé à la spectrophotométrie Facile à mettre en place : un système qui inclus tous les réactifs nécessaires à la préparation et la quantification d'arn Bon ratio coût/efficacité : des prix compétitifs pour tenir compte des contraintes budgétaires des utilisateurs - Research Use Only - 19

20 Analyse moléculaire Promega a développé une expertise de pointe dans le domaine de l analyse moléculaire et plus spécifiquement dans les techniques d analyses de fragments STRs par électrophorèse capillaire, permettant d identifier des mutations à l origine de certaines pathologies. Leader du marché en identité génétique, Promega développe de nouveaux kits d analyse STR, ouvrant de nouvelles perspectives pour les laboratoires hospitaliers de génétique, de cytogénétique et d immunologie (transplantation de moelle).

21 Y Chromosome Analysis System La prévalence des troubles de la fertilité masculine est estimée à 10% de la population générale. Ces troubles sont définis par un déficit quantitatif et/ou fonctionnel des spermatozoïdes et peuvent être liés à des anomalies chromosomiques comme des micro délétions du chromosome Y. L'identification de ces troubles majeurs de la fertilité liés à ces microdélétions est possible grâce au kit de détection Promega Y Chromosome Analysis System suivant les recommandations de la EAA / European Molecular Genetic Quality Network. Bénéfices Facile à utiliser : un Master Mix multiplex avec 20 paires de primers, dont un contrôle interne garantissant un panel standardisé de résultats Analyse "State-of-the-Art" : le kit est marqué CE IVD et les paires de primers sont en accord avec les recommandations EMQN et incluent l'amplification SRY Robuste : utilisation de la GoTaq DNA Polymérase qui minimise les pics Flexible : amplifie l'adn génomique purifié en utilisant des méthodes variées et avec un thermocycleur PE480 (oil overlay) ou PE9600/9700 (non-oil overlay) Applications Infertilité masculine Procréation médicalement assistée (FIV, ICSI) Détection de régions spécifiques du chromosome Y humain A B C D E M 1 2 M 3 4 M 5 6 M 7 8 M 9 10 M bp Analyse en multiplex d'adn génomique mâle. Puits : 1, produits de réactions d'amplification utilisant le Master Mix Multiplex A avec l'adn mâle ; 2, réaction contrôle sans ADN ; 3, produits de réactions d'amplification utilisant le Master Mix Multiplex B avec l'adn mâle ; 4, réaction contrôle sans ADN ; 5, produits de réactions d'amplification utilisant le Master Mix Multiplex C avec l'adn mâle ; 6, réaction contrôle sans ADN ; 7, produits de réactions d'amplification utilisant le Master Mix Multiplex D avec l'adn mâle ; 8, réaction contrôle sans ADN ; 9, produits de réactions d'amplification utilisant le Master Mix Multiplex E avec l'adn mâle ; Puit M : 50bp DNA. Step Ladder (Cat.# G4521). Les réactions ont été réalisées sur thermocycleur et séparées sur gel 4% NuSieve 3:1 Plus TBE Buffer Reliant gel TA09_3A Nous avons choisi le kit Promega pour sa facilité d'utilisation, le fait qu il soit prêt à l'emploi permettant une validation simple de notre méthode avec un Kit CE IVD puisque nous sommes actuellement en démarche d'accréditation selon la norme EN NF ISO 15189, et enfin la réponse qu il apporte à une demande expresse de nos correspondants qui souhaitent faire bénéficier à leurs clients du test le plus complet du marché avec une cartographie détaillée de la région AZF Laboratoire Alpigene - Lyon Produit Conditionnement Réf. - Research Use Only - Y Chromosome Deletion Detection System, Version réactions MD1531 Y Chromosome AZF Analysis System (CE IVD) 25 réactions MD Research Use Only - 21

22 Microsatellite Instability (MSI) Analysis System Permet de mesurer l instabilité des microsatellites (MSI) qui se caractérise par la variation anormale du nombre de séquences répétées dans l'adn tumoral comparé à l'adn du même patient provenant de tissus sains. Bénéfices Obtention du phénotype complet MSI : une simple multiplex PCR amplifie 5 marqueurs mono nucléotidiques pour le génotypage du statut MSI-H Traçabilité de l échantillon : la co-amplification de séquences répétées pentanucléotidiques hautement polymorphiques permet un suivi des échantillons Suit les recommandations : 2003 NCI Workshop, Bethesda Applications Dans le cadre de la recherche de prédispositions héréditaires au cancer colorectal (HNPCC, Syndrome de Lynch), les instances internationales recommandent la recherche d'instabilité de microsatellites (MSI) dans l'adn tumoral du patient. Ce précriblage somatique permet d'orienter le clinicien vers l'étude constitutionnelle des gènes MMR, facilitant le diagnostic précoce et la prise en charge du patient Purification ADN Dosage ADN Amplification ADN Electrophorese Capillaire Analyse des profils Maxwell 16 FFPE Plus ReliaPrep FFPE gdna Quantifluor dsdna Dye MSI Analysis system v1.2 Spectrale dédiée (ABI 3100/3130/3500) Panel et bins téléchargeables pour GeneMapper Research Use Only - 22

23 NR-21 BAT-26 BAT-25 NR-24 MONO-27 Penta D Penta C 4639TA Instabilité des Microsatellites mise en avant grâce au kit MSI Analysis System. Lecture sur électrophorégramme. Une comparaison entre des échantillons témoins (en haut) et des échantillons avec une tumeur du colon MSI positive (en bas) en utilisant le kit MSI Analysis System. Deux nanogrames d'adn génomique ont été amplifiés et analysés avec l'analyseur ABI PRISM 3100, et les modèles alléliques des différents échantillons représentés graphiquement. La présence de nouveaux allèles au niveau des échantillons tumoraux (cf. les flèches) absents dans l'échantillon témoin indique une instabilité des microsatellites. Ce kit est dérivé de marqueurs déterminés par notre groupe, l UMRS INSERM 938, et amplifiant dans une réaction de PCR pentaplex (Suraweera et al., Gastroenterology, 123(2002)1804). Il permet de déterminer le statut MSI des tumeurs héréditaires et sporadiques quels que soient leur défaut moléculaire et leur localisation tumorale. Dans la majorité des cas, il n est pas indispensable d analyser de manière comparative les ADN normaux des patients (Buhard et al., J. Clin. Oncol., 24(2006)241). Cette comparaison est cependant conseillée pour les tumeurs présentant un défaut du gène MSH6 et/ou provenant de l endomètre (Wong et al., Carcinogenesis, 27(2006)951). R. H., DR1 INSERM - Equipe Microsatellites et Cancers Mononucleolides BAT-25 BAT-26 MONO-27 NR-21 NR-24 Pentanucleolides Penta C Penta D Produit Conditionnement Réf. MSI Analysis System, Version réactions (50 paires réactions) MD Research Use Only - 23

24 Kits d analyse STRs Un outil puissant pour l identification de cellules humaines et la caractérisation de mélanges d ADN. Promega STR kit Avantages - Research Use Only - Pouvoir discriminant PowerPlex 16 HS System Multiplex, validé sur de nombreux cycleurs et analyseurs PowerPlex Fusion System Analyse multiplex sur 24 locis discriminants, 5 dye fluorencents Amplification directe sur papiers FTA, non FTA et écouvillons Très sensible. Obtention d'un profil ADN à partir de 100 pg de template d'adn 6.58 * PowerPlex 18D System Multiplex, optimisé pour l amplification directe sur carte FTA PowerPlex 21 System Multiplex, excellent pouvoir discriminant, résistance accrue aux inhibiteurs et compatible avec l amplification directe (FTA) PowerPlex CS7 System Multiplex sur 7 loci discriminants, économique NC PowerPlex Y23 System Nombre de loci supérieur aux autres kits sur le marché - Le plus sensible Amplification rapide (90min) - Compatible avec amplification directe - MonoPlex System Analyse locus par locus - PowerPlex 16 HS Systems Bénéfices Sensible : obtention de résultats reproductibles à partir de 0,1ng d'adn Discriminant : système avec 16 loci (D18S51, D21S11, TH01, D3S1358, Penta E, FGA, TPOX, D8S1179, vwa, Amelogenine, CSF1PO, D16S539, D7S820, D13S317, D5S818 et Penta D). Indice de paternité de 1,520,000 Flexible : convient à l'utilisation d'une large variété d'analyseurs génétiques d Applied Biosystems Complet : le kit contient un standard de poids moléculaire et une échelle allélique Applications Analyse ADN médecine légale Test de paternité Test d identité humaine Identification sur des cultures de cellules souches Contamination cellulaire maternelle Etude de zygotie des jumeaux Détermination du sexe fœtal à un stade précoce D3 THO1 D21 D18 Penta E D5 D13 D7 D16 CSF1PO Penta D A vwa D8 TPOX FGA TMR Fluorescein JOE - Research Use Only - 24

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