SERVICES DE SEQUENÇAGE

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1 MARCH 16, 2014 SERVICES DE SEQUENÇAGE Centre d innovation Génome Québec et Université McGill Services de Validation et détection de SNP Technologie de Séquençage de Nouvelle Génération Guide de l utilisateur Version 4.0 Copyright 2014 Centre d innovation Génome Québec et Université McGill Tous droits réservés.

2 Table des matières TABLE DES MATIÈRES... 2 INTRODUCTION... 3 DEMANDE DE SERVICE... 4 DEMANDE DE SOUMISSION... 4 FORMULAIRE DE DEMANDE DE SERVICE (NOUVELLE REQUETE)... 4 FORMULAIRE DE DEMANDE DE SERVICE (REQUETE EXISTANTE)... 4 POLITIQUE DE FACTURATION... 5 MODE DE PAIEMENT... 5 EXIGENCES DE SOUMISSION D ÉCHANTILLONS... 6 ENVOI D ÉCHANTILLONS... 8 TRANSMISSION DES RÉSULTATS... 9 POUR PLUS D INFORMATION Bureau de gestion des clients Services de séquençage

3 Introduction Ce document a pour but de décrire la marche à suivre pour soumettre des échantillons pour les services de validation et de détection de SNP par la Technologie Next-Generation Sequencing. Pour bénéficier de ces services, il faut d abord ouvrir un compte dans notre application Web Nanuq. Il faut ensuite envoyer les échantillons au Centre d innovation selon les exigences de soumission décrites dans le présent document. 3

4 Demande de service Demande de soumission Pour connaître les prix ou obtenir un devis pour un service, communiquer avec le Bureau de gestion des clients : Téléphone : Télécopieur : Courriel : infoservices@genomequebec.com Note : Un contrat signé est requis si le montant du devis est égal ou supérieur à $ (avant taxes). Formulaire de demande de service (nouvelle requête) L option «Nouvelle requête» est utilisée uniquement pour les nouveaux projets. Ouvrir une session dans le compte Nanuq Cliquer sur «Ajouter une nouvelle requête» dans la section «Requête» et suivre les instructions. Ne pas utiliser le bouton «Retour» de votre navigateur pour revenir en arrière. Utiliser les choix de pages à gauche. La requête demeure un brouillon jusqu à ce qu elle soit soumise. Les brouillons sont accessibles via l option «Liste des requêtes». Le travail dans le laboratoire ne débutera qu une fois toute la documentation fournie Formulaire de demande de service (requête existante) Ouvrir une session dans le compte Nanuq. Cliquer sur «Liste des requêtes» dans la section «Requête». Les requêtes existantes sont ré-ouvertes afin de 1) soumettre de nouveaux échantillons ou des échantillons de remplacement à un projet en cours ou 2) continuer à remplir un brouillon. Pour soumettre de nouveaux échantillons, aller à la section «Soumission d échantillons» afin de : télécharger le gabarit pour la soumission des échantillons revisiter des fichiers déjà remplis et soumis ajouter des commentaires à des échantillons Ne pas ajouter de nouveaux échantillons à un fichier déjà soumis. Ne pas se servir du bouton «Retour» de votre navigateur pour revenir en arrière. 4

5 Politique de facturation Les projets de séquençage d une durée inférieure à 3 mois seront facturés à la fin du projet. Les projets plus importants seront facturés à intervalles réguliers. Dans les deux cas, les informations nécessaires à la facturation doivent être indiquées sur le formulaire de demande de services de séquençage. Mode de paiement Le paiement de factures peut se faire par chèque (bon de commande obligatoire) ou carte de crédit. Le chèque doit être fait à l ordre de Génome Québec et envoyé à l adresse suivante : Génome Québec 630 boulevard René-Lévesque ouest, suite 2660, Montréal (Québec) Canada H3B 1S6 Important: Un bon de commande est requis pour tout montant égal ou supérieur à $ (avant taxes). Dans le cas de paiement par carte de crédit, par mesure de sécurité, ne pas inscrire de numéro de carte de crédit dans le formulaire de demande de service. Un formulaire sera fourni lors de la facturation à cet effet. 5

6 Exigences de soumission d échantillons Considérations générales Les recommandations indiquées dans ce document ont pour but de vous permettre d'obtenir des résultats de séquençage de la plus haute qualité possible et dans les meilleurs délais. Tous les échantillons qui ne se conforment pas à ces recommandations peuvent être refusés sans compensation. Lorsque vous soumettez des échantillons, il est recommandé de: fournir des échantillons de la plus grande qualité et pureté possible resuspendre l'adn dans l'eau pure ou dans 10 mm Tris-HCl ph (sans EDTA car sa présence peut inhiber certaines réactions enzymatiques). ne pas resuspendre l'adn dans des tampons contenant des détergents (ex. SDS) ou autres additifs qui pourraient inhiber des réactions enzymatiques lors de la préparation de la librairie mesurer la concentration d ADN en utilisant le réactif PicoGreen. Le Nanodrop ou autres méthodes spectrophotométriques ont tendance à surestimer la concentration des échantillons, rendant la quantité de matériel de départ inadéquate. s'assurer que la quantité et la concentration correspondent aux valeurs spécifiées dans la section Quantité d'échantillons d'adn à fournir. mesurer de façon précise les volumes d'échantillons contenus dans chaque puits et indiquer ces valeurs dans le Formulaire de demande de service. L'identification de chaque échantillon doit correspondre exactement à ce qui est indiqué dans le formulaire de demande de service. Toute correspondance écrite concernant les services en cours ou complétés doit référer au numéro du devis (commençant par "SCI...") ou au nom du projet Nanuq. Quantité d'échantillons d'adn à fournir Les échantillons ayant des valeurs de concentrations inférieures à celles indiquées ci-dessous doivent être concentrés par le client. Si le volume d'échantillon est inférieur au minimum indiqué, le Centre d'innovation se réserve le droit de diluer l'échantillon au volume requis ou de refuser l'échantillon. Le client sera informé des résultats du contrôle qualité et pourra soumettre des échantillons de remplacement. Les remplacements doivent avoir la quantité totale requise. Des frais supplémentaires de QC s'appliqueront à chaque échantillon de remplacement. Le client peut décider de procéder à avec une quantité sous-optimale d'échantillon, mais accepte les risques inhérents. Selon la méthode d amplification des régions cibles, la préparation des échantillons d ADN génomique pour un projet de validation et détection de SNP varie. 6

7 Volumes et quantités requis par échantillon à amplifier par la technologie Fluidigm Access Array: ll est important de fournir une quantité suffisante d ADN génomique de bonne qualité afin de pouvoir effectuer le projet en entier, soit 6 µl d ADN à analyser. La concentration des échantillons d ADN génomique doit être au moins à 50 ng/µl. 1 μl par échantillon servira pour le contrôle de qualité interne. Volumes et quantités requis par échantillon à amplifier par Double PCR: ll est important de fournir une quantité suffisante d ADN génomique de bonne qualité afin de pouvoir effectuer le projet en entier, soit 10 µl d ADN à analyser. La concentration des échantillons d ADN génomique doit être au moins à 10 ng/µl. 1 μl par échantillon servira pour le contrôle de qualité interne. Formats requis pour l envoi des échantillons d ADN Les échantillons/librairies doivent être envoyées en plaques 96 puits. Moins de 12 d'échantillons peuvent être envoyés dans des tubes Eppendorf 1.5 ml. Deux types de plaques sont acceptés: Eppendorf twin.tec, Full Skirt, Cat# PREMIER CHOIX Corning Thermowell GOLD, Full Skirt, Cat# 3752 SECOND CHOIX Ainsi que les films adhésifs suivants : Life Technologies MicroAmp Clear Adhesive Film, Cat# Nous pouvons fournir ces plaques et scellants sur demande. SVP informez-vous auprès du Bureau de gestion des clients lors de la soumission de la documentation. Toutes les plaques devraient être identifiées clairement avec le numéro de soumission, le nom du chercheur principal (PI) et la date d'envoi. 7

8 Envoi d échantillons L'expédition doit inclure une copie imprimée et signée du Formulaire de demande. Les échantillons d'adn devraient être acheminés sur de la glace sèche. Les échantillons peuvent être envoyés par courrier ou apportés en personne du lundi au vendredi entre 8h00 et 17h00 à l adresse suivante : Sébastien Brunet Centre d innovation Génome Québec et Université McGill 740, Avenue Dr-Penfield, pièce 7300 Montréal, QC, H3A 0G1 Tel: , poste Fax: Les échantillons provenant de l extérieur du Canada devraient être expédiés en début de semaine car ils peuvent être retenus à la douane. Toute documentation exigée par la douane doit être jointe au colis. IMPORTANT! N'envoyez que des aliquots de vos échantillons et non des solutions mères. Ceux-ci seront conservés pendant environ 6 mois après que le service demandé ait été complété et seront détruits par la suite à moins que le client ait mentionné au Bureau de gestion des clients son désir de les reprendre. Les frais d'expédition encourus seront la responsabilité du client. Les librairies seront conservées au moins un an. 8

9 Transmission des résultats Un rapport d analyses et les séquences (en format FASTA) sera envoyé par ftp. Sur demande, l équipe de bio-informatique peut fournir son aide pour une analyse plus détaillée des données de séquençage. Les résultats de séquençage sont directement accessibles sur l application Web Nanuq. Un rapport partiel peut être demandé en tout temps lors du projet afin d en suivre la progression. 9

10 Pour plus d information Bureau de gestion des clients Centre d'innovation Génome Québec et Université McGill 740, avenue du Docteur-Penfield, bureau 7104 Montréal (Québec) Canada H3A 0G1 Téléphone : Télécopieur : Courriel : infoservices@genomequebec.com Services de séquençage Pierre Lepage, Ph.D., Gestionnaire Téléphone : Ext.: Télécopieur : Courriel : pierre.lepage@mail.mcgill.ca 10