Mendeley, pour gérer sa bibliographie et la partager. Patricia Volland-Nail

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1 Mendeley, pour gérer sa bibliographie et la partager Patricia Volland-Nail

2 Avertissement Ce diaporama est le support d une formation qui a été dispensée à l URFIST de Bordeaux le 29 Novembre 2013 Il nécessite d avoir assisté au commentaire oral qui l accompagne pour être totalement exploitable Conditions d utilisation : Contact : 2

3 Programme Présentation de Mendeley Prise en main, installation et paramétrages, fonctionnalités offertes en mode local et en mode réseau Constitution et gestion de sa bibliothèque de références 3 Collecte des documents et des références bibliographiques Saisie manuelle de références Gestion des références Exploitation des documents PDFs associés Citation de références bibliographiques dans ses articles ou autre document et création de listes de références conformément aux consignes Mendeley, réseau social : participer à des groupes d intérêt commun pour échanger et partager des documents

4 Qu est-ce que Mendeley? Présentation (version 1.10) 4

5 5

6 Qu est-ce que Mendeley? «The best free way to manage your research» Organize, share, discover Un logiciel gratuit de gestion de références bibliographiques et des PDFs associés, permettant de générer des citations et des bibliographies dans Word, OpenOffice ou LaTeX Un réseau social de chercheurs pour partager des documents, en découvrir d autres parmi les millions disponibles, discuter dans des groupes publics 6

7 Qu est-ce que Mendeley? Application disponible, quel que soit le système d exploitation (Windows, Mac ou Linux), sur de multiples plateformes, en ligne sur le Web, et via les mobiles (iphone ou ipad, Androïd) 7

8 Attention! Gratuité pour la gestion de ses documents dans certaines limites : Possibilité de stocker en ligne gratuitement jusqu à 2GB Au-delà, Premium Packages payants : 8

9 Mendeley, réseau social Pour accéder à de nombreux documents en ligne Pour collaborer et partager dans des groupes d intérêts communs Pour se faire connaître et être présent sur le Web Pour découvrir de nouveaux collaborateurs 9

10 2 interfaces principales synchronisables Mendeley Desktop à installer sur son poste de travail Mendeley Research Network : accès Web via son compte personnel 10

11 Mendeley et les autres logiciels? Quid de Mendeley par rapport à Endnote, Zotero, RefWorks ou Papers? Comparatif mis en ligne par Mendeley : 11

12 12

13 13

14 Mendeley et Elsevier En Avril 2013, l équipe de Mendeley a annoncé qu elle rejoignait Elsevier, mais que Mendeley restait gratuit et qu en aucun cas les «données» de Mendeley n étaient transmises à Elsevier Sur le site de ScienceDirect, la publicité est faite pour Mendeley 14

15 Mendeley, logiciel de gestion de la bibliographie Installation et paramétrages 15

16 Préalables Créer son compte en ligne sur le site de Mendeley avant l installation de l interface en local Installer en local Mendeley Deskop Plusieurs actions seront proposées : Importer des références à partir de Zotero Installer le plugin pour citer les références à partir des traitements de texte Installer le Web Importer pour importer automatiquement des références depuis de nombreuses bases de données académiques et plateformes de périodiques 16

17 Sites «compatibles» Mendeley 17

18 Créer son compte en ligne «Sign up & Download» 18

19 Créer son compte en ligne «Sign up & Download» (1) 19

20 Créer son compte en ligne «Sign up & Download» (2) Suivre les instructions pas à pas : étape 1 20

21 Créer son compte en ligne «Sign up & Download» (3) Etape 2 21

22 Créer son compte en ligne «Sign up & Download» (4) Etape 3 : installer le Deskop 22

23 Installer la version «locale» (1) On peut installer la version locale (Deskop) avant de s enregistrer sur le site 23

24 Installer la version «locale» (2) 24

25 Installation du Web Importer Rappel : le Web Importer permet de transférer des références des sites compatibles vers Mendeley Faire glisser l icône Save to Mendeley directement dans la barre des tâches de son navigateur 25

26 Interface Deskop (en local) A installer autant de fois que l on veut sur son poste de travail ou plusieurs : un poste fixe, un portable 26

27 Interface Deskop (en local) Barre des tâches Les réferences Détail de la gestion des références en dossiers, groupes, Détail de la référence en sur-brillance 27 Filtres par auteurs, journaux, tags

28 Interface Web Espaces en lignes Barre des tâches Détail de la gestion des références en dossiers, groupes, Les réferences Filtres par auteurs, journaux, 28 tags

29 Interface Web : détail d une référence En cliquant sur le titre de la référence on obtient le détail que l on peut modifier et sauvegarder 29

30 Travailler avec les 2 interfaces Les 2 interfaces sont «synchronisables» et doivent l être à chaque utilisation afin de pouvoir avoir toujours accès à sa «bibliothèque» à jour quelle que soit l interface La synchronisation se fait à partir de la version «Deskop» avec le bouton «Sync» 30

31 31 Séance TD 1

32 TD 1 Création de son compte en ligne sur Installation du Deskop Installation du Web Importer 32

33 33 Collecte et gestion des références

34 Avec Mendeley Deskop (1) Ajout de documents (Add Files) : Ajouts de fichiers (Files) en allant directement chercher le document quelque part sur son ordinateur Ajout de documents dans un dossier (Folders) en prenant l ensemble des documents qui sont dans ce dossier spécifique Surveiller un dossier sur son ordinateur (Watch Folder) pour inclure de façon continue des nouveaux fichiers dans le Deskop Ajouter manuellement une référence (Add Entry Manually) 34

35 Avec Mendeley Deskop (2) Folders : créer (ou supprimer) des dossiers dans le Deskop pour classer ses références Related : activer Related en étant positionné dans un dossier pour y incorporer des fichiers «en lien» Share : partager une référence et l envoyer par mail à un contact 35

36 Avec Mendeley Deskop (3) Les menus File et Edit permettent les mêmes actions que les boutons, avec des possibilités en plus Les menus View et Tools permettent des actions spécifiques : View pour des options de «visualisation» spécifiques Tools pour installer des plugins spécifiques ou paramétrer des options 36

37 Tools Options (1) Informations générales et Options paramétrables Détails des références 37

38 Tools Options (2) Informations générales et Options paramétrables Organisation des fichiers attachés aux références Dossiers à surveiller : Watch Folder 38

39 Tools Options (3) Liens avec BibTeX ou Zotero BibTeX Zotero 39

40 Tools Options (4) Options de connexions 40

41 «My Library» Composantes de «My Library» : Tous les documents Documents récemment ajoutés Favoris, pour un accès rapide à certaines références Needs Review : références nécessitant d être «révisées» et confirmées My Publications : références personnelles Unsorted : références non classées Dossiers créés et collections partagées Notez bien : on retrouvera la même chose sur la version Web 41

42 Insérer des références et documents (1) Ajouter des documents directement à partir de fichiers PDF ou Word en faisant glisser le fichier dans le Deskop par un glisser-déposer («Drag & Drop») ou avec «Add Files» 42

43 Détail de la référence grâce aux métadonnées du document : à vérifier éventuellement 43 Fichier lié directement à la référence

44 Insérer des références et documents (2) Entrer des références manuellement en remplissant les différents champs Entrée possible aussi via le DOI, le PMID de Pubmed ou l identifiant d ArXiv : extraction directe des métadonnées, mais des compléments sont souvent à saisir 44

45 Exemple d ajout via le PMID Cliquer sur la loupe Puis cliquer sur 45 La nouvelle référence est entrée automatiquement

46 Avec Mendeley Web (1) L insertion de références se fait avec des options identiques (y compris l ajout manuel), mais surtout via la fonction Web Importer avec l icône Save Mendeley installée dans son navigateur 46

47 Avec Mendeley Web (2) Exemple à partir de ScienceDirect : Recherche d articles Sélection des références à importer Utilisation du bouton Save to Mendeley dans la barre du navigateur Import dans le Deskop Ajout du document PDF 47

48 Avec Mendeley Web (3) 48

49 Avec Mendeley Web (4) Les références sélectionnées sont prêtes à être insérées dans Mendeley, soit toutes ensemble avec «Save all», soit une par une en cliquant sur le + et en ajoutant éventuellement des Tags (mots-clés) Les références sont insérées directement dans Mendeley Web, puis dans le Deskop via la synchronisation L option View in Mendeley Deskop permet d insérer directement les références dans le Deskop 49

50 Avec Mendeley Web (4) Téléchargement du PDF proposé en même temps que la référence en cochant «Download PDFs if available» 50

51 Avec Mendeley Web (5) La même manipulation est possible à partir de tous les sites compatibles Mendeley, dont Google Scholar 51

52 Rechercher directement des articles via Literature Search et les sauvegarder Mot clés recherchés Literature Search à partir des articles disponibles dans le réseau Mendeley via le Web Save Reference : Sauvegarde éventuelle d une référence sélectionnée Liste des références trouvées 52

53 53 Séance TD 2

54 TD 2 Faire différents imports via Mendeley Web à partir de Google Scholar, de Pubmed ou autres sites d intérêt Ajouter les documents PDF correspondants aux références Vérifier que les références sont OK Faire une recherche via Literature Search Synchroniser au final avec la version Web 54

55 55 Gérer sa bibliothèque et ses documents associés

56 Organiser sa bibliothèque Toute nouvelle référence est enregistrée par défaut dans le dossier : «All documents» Dossiers permanents Dossiers personnels Pour créer un dossier : Edit > New Folder ou Create Folder Pour chaque dossier, paramétrer les options de synchronisation avec Mendeley Web (attacher ou non les fichiers associés) 56 Pour classer une référence dans un ou plusieurs dossiers : glisser-déposer dans le dossier correspondant

57 Détection des doublons A partir d un dossier ou de «All Documents» : Tools > Check for Duplicates Visualiser les doublons et confirmer ou non la fusion («Confirm Merge») en fonction des champs «en conflit» 57

58 Homogénéisation des auteurs, noms de journaux, tags Si 2 entrées d index (voir dans Filter) sont différentes pour le même auteur par exemple, on peut homogénéiser en faisant «glissé-déposé» de l une sur l autre : Mendeley modifiera automatiquement les références en conséquence Idem pour les noms des journaux et les tags 58

59 Exemple avec noms d auteurs Correction automatique de la référence concernée 59 2 noms d auteurs quasiment identiques : glissé-collé l un sur l autre

60 Importer ou exporter vers d autres logiciels, sauvegarder Possibilité d importer ou d exporter sa bibliothèque vers d autres logiciels File > Import Données aux formats de BibTeX, RIS, Endnote ou Zotero File > Export Aux formatx : BibTex, RIS, EndNote Créer un Backup Help > Create backup 60

61 Gérer les PDF associés à ses références Mendeley renomme les fichiers associés aux références selon un modèle paramétrable et les stocke dans un répertoire spécifique (Tools > Options > File Organizer) Pour attacher un fichier PDF (ou autre) à une référence : utiliser Add File 61

62 Gestion et annotation des PDFs associés (1) Lecture possible des PDFs Cliquer sur l icône Adobe, si document associé Le PDF s ouvre dans une nouvelle fenêtre 62

63 Gestion et annotation des PDFs associés (2) Barre d outils pour annoter le PDFs 63

64 Gestion et annotation des PDFs associés (3) Recherche possible de mots dans le PDF 64

65 Gestion et annotation des PDFs associés (4) Note que l on retrouve associée Surlignage dans le texte Les notes sont ensuite «recherchables» 65

66 66 Séance TD 3

67 TD 3 Sur un PDF associé, découvrir les possibilités d annotation, de surlignage etc 67

68 68 Editer, citer des références et produire des bibliographies

69 Lien avec les traitements de texte Application compatible avec les principaux traitements de texte pour citer des références et créer des bibliographies : MS Word OpenOffice BibTex Installation du Plugin souhaité : Soit dès l installation de Mendeley Desktop Soit : Tools > Install 69

70 Citer des références dans un document Mendeley Deskop doit être ouvert Dans le traitement de texte on pourra insérer des références à partir de Mendeley et créer la bibliographie au style adéquat grâce à la barre d outils insérée Exemple de la barre d outil dans Word : 70

71 Les styles bibliographiques (1) Plusieurs styles, selon les consignes des journaux de publication, sont disponibles View > Citation Style : choisir le style adéquat 71

72 Les styles bibliographiques (2) More Styles : visualise les styles disponibles par défaut, installés ou à mettre à jour 72

73 Les styles bibliographiques (3) Get more styles : permet de recherche un style et de l installer Recherche du style de Science Sélection du style de Science Le nouveau style est installé Liste des titres avec le terme Science 73

74 Editer des références sous forme de liste Sélectionner les références dans Deskop Les déplacer dans son traitement de texte par glisserdéposer, ou par copier-oller (ou Edit > Copy Citation) 74

75 Citer des références dans un texte Dans Word, se placer à l endroit où on veut citer une références et cliquer sur Insert Citation Rechercher la référence à insérer, la sélectionner, cliquer sur OK 75

76 Citation depuis Mendeley possible En cliquant sur Go to Mendeley, on peut aller directement chercher la référence dans le Deskop Dans le Deskop, on choisit la référence et on clique sur Cite Référence sélectionnée 76

77 Insérer la liste des références (1) Avec Insert Bibliography 77

78 Insérer la liste des références (2) Changement de style en sélectionnant un nouveau style 78

79 Editer un style bibliographique Opération assez complexe avec le Citation Style Language (CSL) : Pour réaliser un style : 79

80 80 Séance TD 4

81 TD 4 Installer le Plugin dans Word (si pas déjà fait) Ouvrir Word, écrire un texte et insérer des références à partir du Deskop Créer la bibliographie avec le style du journal Molecular Cell (à installer si besoin) 81

82 82 Partager, rechercher, collaborer, s intégrer dans des groupes

83 Mendeley Research Network Collaboration et partage essentiellement (mais pas seulement) à partir de la version Web de Mendeley : Mendeley Research Network Dashboard : permet de trouver des contacts, de surveiller les mises à jour Papers : recherche de documents dans Mendeley Web Groups : pour chercher des groupes d intérêt et collaborer en suivant ou intégrant le groupe People : trouver des contacts, inviter des personnes, afficher ses contacts 83

84 Dashboard Donne l actualité des groupes que l on suit ou auxquels on collabore, et permet de poser des questions 84

85 Papers Pour rechercher des références, des articles et documents dans les millions de documents du réseau Mendeley Recherche Articles les plus consultés Disciplines à explorer 85

86 Papers : recherche avancée 86

87 Papers : exemple de recherche Les articles trouvés peuvent être immédiatement incorporés à My Library en cliquant sur Save reference to library 87

88 People Recherche de personnes pour entrer éventuellement en contact avec elles après avoir visualisé leur profil 88

89 People : exemple 89

90 Les «Groups» Pour suivre ou collaborer activement 90

91 Groups Onglet Groups pour rechercher des groupes Recherche de groupe Groupe auxquels on appartient éventuellement 91

92 Groups : recherche de groupes Recherche dans une discipline 92

93 Groups Pour chaque groupe créé on peut le rejoindre pour collaborer ou suivre simplement les informations du groupe Rejoindre le groupe Suivre le groupe On peut quitter un groupe à tout moment Nombre de Papers inventoriés dans le groupe que l on peut visualiser et nombre de Membres que l on peut également visualiser 93

94 Groups : exemple d un groupe Pour rejoindre le groupe Flux RSS Membres Articles du groupe 94

95 Créer soi-même un groupe Dans la version gratuite : possibilité de créer 5 groupes, avec au maximum 10 invités 3 types de groupes : Privés Sur invitation Ouverts 95

96 Groupe privé (1) Adapté au travail collaboratif Créé sur invitation du créateur du groupe L invitation doit être acceptée par le membre Contenu visible uniquement par les membres invités Possibilité de partager et déposer des références et des PDFs pour tous les membres du groupe Tous les membres accèdent aux mêmes références, sur Mendeley Desktop (par synchronisation) ou sur la Mendeley Web Chaque membre du groupe peut rajouter des références et des documents et annoter les PDFs 96

97 Groupe public Groupe ouvert à tout membre de la communauté Mendeley qui peut rejoindre et contribuer au groupe Adapté à la discussion autour d un sujet : ex : Reinventig the scientific paper 97

98 Groupe «Invite-only» Tout nouveau membre doit demander au propriétaire du groupe de participer Adapté à la diffusion et au partage des résultats d un projet, d un laboratoire ou d une équipe, d un colloque ou évènement, 98

99 Créer un groupe via le Deskop Créer le groupe : Edit > New Group 99

100 Créer un groupe Suivre les étapes de la création du groupe Le groupe apparaît 100

101 Créer un groupe Groupe une fois créé 101

102 Visualisation du groupe sur le Web 102

103 Son profil sur Mendeley Gérer son identité numérique

104 Se faire connaître Le profil de chaque personne inscrite dans Mendeley est visible et peut être rechercher via l onglet People Les références (et documents) intégrés dans le dossier «My Publications» sont affichées dans le profil d une personne (recherchable lui-même par l onglet People) Possibilité de créer un Widget à intégrer dans son site Web, dans sa signature mail 104

105 Profil et liste de publication Gérer son identité numérique Groupes d appartenance La liste des publications est affichée à partir du dossier «My Publications» Publications 105

106 106 Séance TD 5

107 TD 5 Explorer les groupes existant et éventuellement le joindre ou le suivre Faire une recherche d articles et les incorporer dans sa bibliothèque Compléter éventuellement son profil 107

108 Tout ce qui est possible avec Mendeley En résumé, quelques exemples 108

109 Conduire ou collaborer à un projet Conduire un projet de recherche Collaborer à un projet 109

110 Ecrire à plusieurs Ecrire un article à plusieurs ou un projet de recherche ou faire réviser sa thèse Article Thèse 110

111 Identifier des partenaires pour collaborer Identifier des partenaires 111

112 Manager son identité numérique Créer son profil et suivre ses «lecteurs» 112

113 Promouvoir Créer un évènement Promouvoir le contenu d un journal 113

114 114 Bibliographie sur Mendeley

115 Ressources L Hostis D, Gérer ses références bibliographiques, partager et collaborer avec Mendeley. Infodoc-Express, IST-Inra. Intranet Inra. Malingre Marie-Laure, Gérer les références bibliographiques avec Mendeley. Accessible sur le site de l URFIST Marois A, Mendeley : connaître et utiliser un logiciel de partgae de références bibliographiques. Support de formation, URFIST Lyon, 6 octobre Accessible sur Slideshare : Le blog de Mendeley pour connaître les dernières nouveautés : Vidéos, tutoriels de Mendeley : et 115

116 116

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