Guide pour l administration de Sextant

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1 Guide pour l administration de Sextant

2 Introduction Objectif : Ce document est destiné aux administrateurs de Sextant souhaitant connaitre les «tâches» associées à ce statut. Son but est également de permettre de comprendre le fonctionnement de l intégration de nouvelles Métadonnées/Données dans l infrastructure de données géographiques marines et littorales Sextant. Equipe des Administrateurs centraux à Brest Administrateur local : Catalogue 1 Administrateur local : Catalogue 2 Administrateur local : Catalogue 3 Administrateur local : Catalogue 4 Liste des utilisateurs du Catalogue 2 thématique Liste des utilisateurs du Catalogue 2 Liste des utilisateurs du Catalogue 3 Liste des utilisateurs du Catalogue 4 Geonetwork Sextant Fiche de métadonnées Ftp, mail, disque dur, etc. Données Administrateurs locaux Administration centrale Principe de fonctionnement de l administration dans Sextant 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 1.

3 Sommaire Introduction... 1 Sommaire... 2 I. Fonctions diverses de l administrateur local... 3 A. Rôles... 3 B. Ajouter des membres à mon catalogue... 3 C. Rendre mon catalogue moissonnable... 3 D. Rapports statistiques sur catalogue... 3 II. Les métadonnées... 6 A. Créer et rédiger les métadonnées... 6 B. Métadonnées de carte... 6 C. Les «landing pages» des métadonnées... 7 III. Les données A. Envoi des données B. Les services web WMS et WFS C. Lien vers la visualisation de couches dans le Geoviewer D. Chargement des données par les administrateurs centraux IV. Le site web associé A. Site web Liferay B. Encapsulage de Sextant dans tout site web sous la forme d une IFrame C. API Sextant version /12/2015 Guide pour l administration de Sextant 2.

4 I. Fonctions diverses de l administrateur local A. Rôles L administrateur local est le point de contact du catalogue et c est lui qui assure l interface entre les utilisateurs de son catalogue et l administration centrale à Brest. B. Ajouter des membres à mon catalogue L identification dans Sextant se faisant via un accès sécurisé, c est l administrateur du catalogue qui fait la demande de création de compte Extranet pour les membres de son catalogue à l adresse mail suivante : Un Nom, un Prénom, une adresse mail et un organisme sont nécessaires pour la création de ce compte extranet. Pour chaque catalogue, deux groupes de membres sont créés : les utilisateurs qui ont les droits attribués à chaque donnée et les administrateurs qui ont les droits de gestion des métadonnées C. Rendre mon catalogue moissonnable Chaque catalogue thématique dans Sextant peut posséder une URL CSW (Catalogue Service for the Web). Cette URL permet ainsi de se faire moissonner : principe permettant à un site extérieur de pouvoir «synchroniser» le contenu de son catalogue avec un autre. Contacter la cellule Sextant pour activer cette fonctionnalité sur votre catalogue. Pour vérifier que votre adresse CSW fonctionne, le lien prend la forme suivante : GetCapabilities&VERSION=2.0.2 D. Rapports statistiques sur catalogue Pour obtenir ces documents, il faut en faire la demande auprès de la cellule Sextant. Chaque administrateur de catalogue peut connaitre la conformité des fiches de métadonnées présentes dans son catalogue via un document.pdf. La figure suivante illustre l organisation de ce document. 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 3.

5 Document de vérifications des services 1. La colonne "Iso 19115" vérifie que la métadonnée est conforme à la norme iso La colonne "Inspire" vérifie que la métadonnée est conforme à la norme Inspire. 3. La colonne "WMS" vérifie les sources de type "service WMS" de la métadonnée. La source est incorrecte si son url est invalide, le service n'existe pas, les droits d'accès sont insuffisants, ou si le service ne contient pas d'emprise. 4. La colonne "WFS" vérifie les sources de type "service WFS" de la métadonnée. La source est incorrecte si son url est invalide, le service n'existe pas, les droits d'accès sont insuffisants, ou si le service ne contient pas d'emprise. 5. La colonne "WCS" vérifie les sources de type "service WCS" de la métadonnée. La source est incorrecte si son url est invalide, le service n'existe pas, les droits d'accès sont insuffisants, ou si le service ne contient pas d'emprise. 6. La colonne "Bases de données" vérifie les sources de type "base de données" de la métadonnée. La source est incorrecte si son url est invalide, les droits d'accès sont insuffisants, la table n'existe pas dans la base de données, ou si il n'y a pas de colonne ayant des emprises dans la table. 7. La colonne "Fichiers" vérifie les sources de type "fichier" de la métadonnée. La source est incorrecte si son url est invalide, les droits d'accès sont insuffisants, ou si il n'y a pas d'emprise dans le fichier. 8. La colonne "Copie de fichiers" vérifie les sources de type "copie de fichier" de la métadonnée. La source est incorrecte si son url est invalide, les droits d'accès sont insuffisants. 9. La colonne "Emprises" est calculée suivant les sources opérationnelles (Bases de données, Fichiers, WMS et WFS). Elle vérifie la concordance entre l'emprise des sources et l'emprise de la métadonnée à plus ou moins 1. L'emprise des sources correspond à la plus petite valeur xmin (respectivement ymin) et à la plus grande valeur xmax (respectivement ymax) de ces sources. 10. La colonne "Vignettes" vérifie les vignettes (petite et grande) de la métadonnée. 11. La colonne "Catégories" vérifie si la métadonnée est bien affectée qu'à une seule catégorie. La valeur entre parenthèse indique le nombre de catégorie auquel la métadonnée est affectée si celui-ci est différent de 1. 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 4.

6 Un rapport listant les métadonnées disponibles dans un catalogue, avec les droits sur les données et le nombre de téléchargement, peut être réalisé. Ce rapport présente aussi la liste des utilisateurs et des administrateurs de ce catalogue. Document de synthèse de catalogue 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 5.

7 II. Les métadonnées A. Créer et rédiger les métadonnées La fonction la plus importante de l administrateur local est la rédaction des fiches de métadonnées. En effet, aucune donnée ne peut intégrer Sextant sans la métadonnée qui lui est associée. Se référer au guide de saisie d une métadonnée pour plus de détails. B. Métadonnées de carte En complément des métadonnées de couches géographiques, il est possible de créer des métadonnées de cartes. La différence vient du fait que l on décrit une carte représentant plusieurs couches. A cette métadonnée pourra être associé un fichier pdf ou image représentant la carte, ainsi qu un fichier de contexte contenant toutes les couches à visualiser. Cette fonction peut être utilisée pour constituer une cartothèque, pour décrire des cartes dont les couches géographiques numériques n existent pas. Pour cela, au moment de créer une métadonnée, choisir «Créer une carte» avec le modèle Template for map. 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 6.

8 C. Les «landing pages» des métadonnées Un mécanisme, développé en dehors de l outil GeoNetwork, construit des pages web pour l ensemble des fiches de métadonnées publiques de Sextant. Elles sont accessibles depuis l adresse Ces pages sont construites et/ou mises à jour automatiquement toutes les nuits. Ces pages sont indexables par les robots des moteurs de recherches du web (ex : Google). Un internaute peut donc découvrir une de ces pages directement à partir d une recherche dans Google, et décider, si le sujet l intéresse, de découvrir d autres ressources similaires en interrogeant Sextant. Ces pages web constituent donc autant de nouvelles portes d entrée vers l infrastructure Sextant. Ces «landings pages» permettent également d attribuer un DOI (Digital Object Identifier) aux données disponibles en libre accès. Ces ressources numériques peuvent donc désormais bénéficier d un identifiant international pérenne au même titre qu une publication. Un DOI fiabilise la citation de données et fournit un lien stable vers la ressource. Les données sont ainsi plus simplement accessibles aux lecteurs qui souhaitent les réutiliser pour vérifier un résultat ou poursuivre les travaux présentés dans une publication. Afin d attribuer un DOI à un jeu de données, des éléments obligatoires, complémentaires à la norme ISO et au standard Inspire, doivent être renseignées dans la métadonnée : - un ou des auteurs identifiés ; - le nom d un éditeur (ce peut être l organisme d appartenance des auteurs) ; - une date (de création ou de publication) ; - un code identifiant, construit de la manière suivante : DOI: /numero_identifiant_unique_de _la_metadonnee (ex: DOI: /6017b53d-a0f4-422d-83b5-7efcd20c9f86). Et il est obligatoire que la donnée soit téléchargeable sans restriction. En parallèle de ce mécanisme d attribution de DOI, Archimer vous permet d associer une publication à des données via leurs DOI. 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 7.

9 Exemple de la page canonique pour les données de l atlas d imagerie hyperspectrale de La Réunion : Pascal MOUQUET, Touria BAJJOUK (2014). Bathymétrie issue des images hyperspectrales - côte ouest de La Réunion. Délégation Ifremer océan Indien. d802-4d10-8a00-3a46e0ef /12/2015 Guide pour l administration de Sextant 8.

10 Et de sa référence dans Archimer : Mouquet Pascal, Bajjouk Touria, Maurel Laurence, Cebeillac Alexandre, Le Goff Ronan, Ropert Michel (2014). ATLAS des Résultats du traitement des images hyperspectrales et des données Lidar sur les plateformes récifales de La Réunion. 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 9.

11 III. Les données A. Envoi des données L Administrateur local a également à sa charge l envoi des données à la cellule Sextant via un , un ftp, un disque dur externe, etc. Il est demandé d associer à chaque envoi de données un document (texte, tableau) décrivant : - le lien entre la donnée et la métadonnée, - la symbologie à associer à la couche, - le nom de la couche apparaissant dans le Geoviewer - le nom apparaissant dans la liste déroulante si plusieurs données sont affectées à la même fiche de métadonnées - le seuil de zoom maximum et minimum pour l affichage de la donnée - l affichage éventuel d étiquette (par exemple, le nom des communes) Il est également demandé de préciser la projection des données au moment de l envoi. Pour les données de type «vecteur», les formats d intégration dans la base sont le shapefile, gml, tab, etc. Pour les données de type «raster», tous les formats lisibles par Mapserver peuvent être chargés : geotif, ecw, jpeg2000, etc. Pour les données multidimensionnelles de type Modèle Numérique de Terrain (MNT) au format Grid, Ascii, ou Netcdf, les données sont proposées en visualisation dans le Geoviewer par un service wms différent, permettant d accéder à des fonctionnalités dédiées (paramètres avancés). B. Les services web WMS et WFS Les données sont chargées dans les services WMS de visualisation existants pour l'ifremer. Si vous souhaitez intégrer vos données dans ces services WMS, il est nécessaire de préciser lequel. Ces services sont accessibles depuis toute plateforme web et tout logiciel SIG (QGIS, ArcGIS). Ils permettent la visualisation des données uniquement. Chaque service est structuré en groupe et sous-groupe, permettant de mieux organiser les données (ceux-ci pouvant être créés à la demande) : - Océanographie physique (courantologie, température, houle, chlorophylle...) Groupes et sous-groupes : /Atlas satellite /Atlas satellite/chlorophylle /Atlas satellite/matière en suspension /Atlas satellite/turbidité /ADCP 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 10.

12 - Biologie (Habitats marins, halieutique, mammifères marins...) Groupes et sous-groupes : /Cultures marines /Contaminations microbiologiques /Faune /Habitats benthiques/biocénoses méditerranéennes /Habitats benthiques/cartes historiques /Habitats benthiques/environnement profond /Habitats benthiques/lienss /Habitats benthiques/natura 2000 /Habitats benthiques/réseau benthique /Habitats benthiques/réseau Posidonie Corse /Halieutique/Antilles/ /Halieutique/SIH /Mammifères - Geosciences marines (Bathymétrie, sédimentologie, géologie, imagerie acoustique...) Groupes et sous-groupes : /Extraplac/Bathymétrie /Extraplac/Campagnes /Extraplac/Limites /Bathymétrie /Imagerie acoustique /Sédimentologie Chaque administrateur de catalogue peut également demander la création d'un service WMS de visualisation dédié à la diffusion des données de son projet. Pour cela, il doit contacter l'équipe Sextant afin de définir les modalités de mise en œuvre de ce service. - Exemple du service Ocean_Indien Groupes et sous-groupes : /Fond de cartes /Sédimentologie /Bathymétrie /Biologie /Océanographie/Courant /Océanographie/Houle /Océanographie/Température /Limite /Réglementation /Spectrhabent /Globice Les services WFS de téléchargement sont mis en place pour les données publiques uniquement. Ces services sont accessibles depuis tout logiciel SIG et permettent d accéder à la donnée elle-même. L utilisateur pourra récupérer la donnée sur son poste depuis son logiciel SIG. Il est également possible de créer un service WFS de téléchargement par projet. La liste des services existants est disponible sur Sextant, onglet Services OGC. 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 11.

13 C. Lien vers la visualisation de couches dans le Geoviewer Il est possible de créer un lien pointant directement sur une donnée à visualiser dans le Geoviewer, depuis un autre site web, ou à insérer dans un mail. Ce lien prend la forme suivante : Site dans lequel la donnée sera affichée Adresse du service wms layername=ifr_aamp_hab_eunis_300_atl_p#/map Nom de la donnée dans le wms Affichage dans le viewer Autre exemple : es/wms/ocean_indien&layername=sxt_spectrhabent_fond_marin_all_r#/map Les fichiers de contexte : un fichier de contexte (au format xml) contient une liste de couches et leurs propriétés à charger dans le Geoviewer. Ce fichier de contexte s'enregistre et se télécharge à partir du Geoviewer. Les liens vers les fichiers de contexte sont utilisés pour faciliter l accès à la visualisation des couches géographiques, pour mettre en valeur la réalisation d atlas, depuis tout site web. Pour cela, le fichier xml doit être stocké sur un espace disque accessible depuis internet. Ce peut être sur l'espace géré par Sextant ou un espace géré par l'administrateur. Attention : en version 6 de Sextant, les anciens fichiers de contexte ne fonctionnent pas, cela obligent à les recréer depuis la nouvelle interface Ce lien prend la forme suivante : Site dans lequel le contexte sera affiché Adresse URL de l'espace disque t/contexte/imagerie_acoustique_v6.xml#/map Nom du fichier de contexte Affichage dans le viewer 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 12.

14 D. Chargement des données par les administrateurs centraux Les administrateurs centraux ont ensuite à leur charge de : - contrôler les fichiers de données et leur cohérence avec la métadonnée, - rendre la donnée visualisable via un service WMS public ou sécurisé (choix fait par l administrateur local) - rendre la donnée téléchargeable via un service WFS public (choix demandé par l administrateur local) - créer les boutons «Visualiser» et «Télécharger» dans la fiche de métadonnées Protocole WMS Fiche de métadonnée avec les boutons Télécharger et Visualiser Protocole WFS ou Extraction depuis le fichier Pour ce qui est du téléchargement de données, il existe différents protocoles. Le protocole «Fichiers» et le protocole WFS permettent à l utilisateur de choisir les paramètres d extraction de la donnée (projection et format) au moment du téléchargement. A l inverse, le protocole «Copie de fichiers» n offre pas ces paramètres et l utilisateur télécharge la donnée telle que fournie par l Administrateur local. Utilisation de QGIS Server Pour des projets bien définis, il est possible d utiliser QGIS et QGIS Server pour générer et diffuser les services WMS et WFS. Les couches sont publiées sur le web exactement comme elles se présentent dans le projet QGIS (même organisation, même nom, même symbologie, même géodésie). Les données sont enregistrées en relatif dans le projet. Les paramètres de diffusion des services sont à définir dans les propriétés du projet (onglet Serveur OWS) et des éléments complémentaires peuvent être ajoutés sur les métadonnées de chaque couche). Les administrateurs peuvent alors transférer à la cellule Sextant le projet et les couches, qui sont copiés sur un espace disque accessible par QGIS Server. 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 13.

15 Informations générales du service (obligatoires) Systèmes géodésiques déclarés Couches non diffusées dans le service Url du service WMS Propriétés du projet QGIS, onglet Serveur OWS Sources de la donnée Lien url vers la métadonnée de Sextant Propriétés d une couche, onglet Métadonnée 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 14.

16 IV. Le site web associé La liste des sites web existants est disponible sur Sextant, onglet Catalogues Thématiques / Sites web associés. A. Site web Liferay L administrateur local peut demander l ouverture d un site internet spécifique à son catalogue. Celui-ci est développé avec l outil Liferay et permet de mettre rapidement en avant le travail mené autour d un projet, dans une station, sur une emprise géographique, avec des partenaires, etc. La personnalisation du site se matérialise notamment par : - un bandeau, - des critères de recherche spécifiques dans le Catalogue (facettes, thèmes, ), - une emprise et des couches par défaut dans le Geoviewer, - des pages supplémentaires, - etc. Exemple du site Océan indien, développé par l administrateur local avec la charte de Sextant, et qui regroupe les données de plusieurs catalogues sur la zone de l océan indien : Exemple de site web créé avec le logiciel Liferay 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 15.

17 Exemple du site DCSMM, développé en sous-traitance et intégrant sa propre charte graphique : Exemple de site web créé avec le logiciel Liferay B. Encapsulage de Sextant dans tout site web sous la forme d une IFrame Il est possible d'intégrer les fonctionnalités de Sextant (catalogue, geoviewer, panier) directement dans un site web de projet. Cette possibilité a été expérimentée pour le site web du projet GIML Réunion et le site web de la Réserve Nationale Marine de la Réunion. Page d accueil du site reservemarinereunion.fr et page Cartographie 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 16.

18 Page Données géographiques du site giml.re Cela nécessite d'avoir un site thématique Sextant sur Liferay, qui ne sert «que de support» et qui permet de personnaliser les paramètres du catalogue et du geoviewer. C'est ce site qui est "encapsulé" dans le site Eziweb, sous forme d'une Iframe. Site web giml_reunion, sur Liferay, avec le template minimaliste 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 17.

19 C. API Sextant version 6 La version 6 de Sextant permet d utiliser les fonctions de Catalogue, Carte et Panier sous forme d une API javascript, directement intégrée dans tout site web. Cette fonctionnalité est en cours de développement. A ce jour elle est uniquement implémentée pour les sites Liferay. Dans un second temps, l API pourra être intégrée dans les sites EZpublish puis dans tous les CMS (Content Management System). Le principe sera de remplir un formulaire de paramétrage de l API : - Catalogue(s) interrogé(s) - Emprise de la carte - Couches par défaut dans la carte - Etc. Une fois complété, le formulaire générera le code javascript à intégrer dans la page HTML accueillant l API. Un document descriptif sera mis à disposition des administrateurs souhaitant utiliser l API dans leur site web. 02/12/2015 Guide pour l administration de Sextant 18.

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