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1 Les Biolangages Thierry Lecroq Université de Rouen FRANCE Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

2 BioPerl Ensemble de modules Perl Utilise la programmation objet L objectif est de mettre à disposition des outils (code Perl) réutilisables facilitant le développement d applications N inclut pas de programmes prêts à l usage 3 principes : séparer la partie interface de la partie implémentation fournir un cadre de base aux opérations en généralisant des routines communes en module simple utiliser les motifs Factory and Strategy (Erich Gamma) Stajich, J., Birney, E., The bioperl project : motivation and usage ACM SIGBIO Newsletter 20(2) (2000) Stajich, J., et. al., The bioperl toolkit : perl modules for the life sciences, Genome Research 12 (2002) Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

3 BioPython Ensemble de modules Python 2 buts principaux : créer des analyseurs de données biologiques fournir des interfaces pour représenter les séquences biopython.org Chapman, B., Chang, J., Biopython tools for computational biology, ACM SIGBIO Newsletter 20(2) (2000) de Hoon, M.J.L., Chapman, B., Friedberg, I., Bioinformatics and computational biology with biopython, Genome Informatics 14 (2003) Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

4 BioPHP D abord développé sous le nom de GenePHP Cherche à encourager l utilisation de PHP pour lier les applications bioinformatiques sur le web et les bases de données Lit des données dans des banques (Genbank, Swissprot,...) et exécute des analyses simples sur les séquences genephp.sourceforge.net Gregorio, S., The BioPHP project (formerly GenePHP), genephp.sourceforge.net, Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

5 BioRuby Ruby est un langage orienté objet BioRuby est développé par Human Genome Center à l université de Tokyo Bioinformatics Center à l université de Kyoto bioruby.org Goto, N., Nakao, M.C., Kawashima, S., Katayama, T., Kanehisa, M., BioRuby : opensource bioinformatics library, Genome Informatics 14 (2003) Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

6 XML 2 produits : Bioinformatics Sequence Markup Language (BSML) BIOpolymer Markup Language (BioML) xml.coverpages.org/bsml.html xml.coverpages.org/bioml.html Voir aussi : Achard, F., Vaysseix, G., Barillot, E., XML, bioinformatics and data integration, Bioinformatics 17(2) (2001) Cohn, J., XML and genomic data, ACM SIGBIO Newsletter 20(3) (2000) Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

7 Haskell Développé par le groupe de Robert Giegerich Implante les algorithmes de programmation dynamique malde.org/~ketil/ Giegerich, R., Haskell in bioinformatics, biowiki.org/biohaskell, Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

8 Prolog Biomedical Logic Programming (Blip) : collection de modules pour applications bioinformatiques et biomédicales Écrit en SWI-Prolog Mungall, C., Blipkit : biomedical logic programming knowledge integration kit, Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

9 LISP D abord développé sous le nom de BioLingua, BioBike est un environnement de développement web interactif Développé en BioLisp (Common Lisp pour la biologie) biolisp.org Massar, J.P., Travers, M., Elhai, J., Shrager, J., BioLingua : a programmable knowledge environment for biologists, Bioinformatics 21(2) (2005) Shrager, J., Massar, J.P., Travers, M., BioBike documentation index, nostoc.stanford.edu/docs/, Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

10 C Le laboratoire DNA Information Analysis du Human Genome Center de l université de Tokyo a développé une librairie open source des algorithmes de clustering les plus communément utilisés Appelable depuis n importe quel programme en C ou C++ Extensions pour utilisation en Perl et en Python de Hoon, M.J.L., Imoto, S., Nolan, J., Miyano, S., Open source clustering software, Bioinformatics 20(9) (2004) Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

11 C++ Gianluca Della Vedova dirige le projet Algorithms Library for Bioinformatics (ALiBio) à l université de Milan-Bicocca But : efficacité bioinformatics.org Vedova, G.D., Dondi, R., A library of efficient bioinformatics algorithms, Applied Bioinformatics 2(2) (2003) Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

12 Java Collection d objets pour représenter et manipuler les données biologiques Premier but : représenter les séquences biojava.org Pocock, M., Down, T., Hubbard, T., BioJava : open source components for bioinformatics, ACM SIGBIO Newsletter 20(2) (2000) Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

13 BioMoby Boîtes à outils transparentes pour : utiliser des données traiter des données cumuler des traitements créer une chaîne de traitements automatiques biomoby.org Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

14 BioPipe en connection avec les modules Bioperl pouvoir intégrer des données hétérogènes construction de pipelines biopipe.org Hoon S., Ratnapu K.K., Chia J.M., Kumarasamy B., Juguang X., Clamp M., Stabenau A., Potter S., Clarke L., Stupka E. Biopipe : a flexible framework for protocol-based bioinformatics analysis. Genome Research 13(8) (2003) Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

15 Bioconductor packages R dédiés à l analyse des données génomiques ou post-génomiques bioconductor.org Gentleman RC, Carey VJ, Bates DM, Bolstad B, Dettling M, Dudoit S, Ellis B, Gautier L, Ge Y, Gentry J, Hornik K, Hothorn T, Huber W, Iacus S, Irizarry R, Leisch F, Li C, Maechler M, Rossini AJ, Sawitzki G, Smith C, Smyth G, Tierney L, Yang JY, Zhang J. Bioconductor : open software development for computational biology and bioinformatics. Genome Biology 5(10) (2004) R80. Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

16 Les autres BioSqueak (Smalltalk) biosqueak.sourceforge.net BioDas (plate-forme d annotations distribuées) biodas.org BioLinux BioCorba? BioSoap? Thierry Lecroq (Univ. Rouen) MB / 16

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