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1 Direction du Numérique Centre de Calcul de l université de Bourgogne DataBFC 2 21 novembre 2019 Présentation CCuB Didier REBEIX Mail : Tel: Web :

2 Sommaire Présentation du CCuB Infrastructures Offre de service Contacts Remerciements Questions diverses

3 Présentation - Missions Calcul intensif Cluster de 6400 cœurs 28 To RAM 444 Tflops V (m/s) T ( C) Zone de mélange 400 C Messageries électroniques BAL messages par mois Réactifs 100 C Solvant 430 C Stockage de données Volumétrie totale 2,9 Po cloud.u-bourgogne.fr 20 Go / personnel

4 Didier REBEIX Direction du service, Appels à projets, Tâches administratives Présentation L équipe Patrick SENET Direction scientifique, animation scientifique, appels à projets, valorisation. Administrateurs systèmes et assistance utilisateurs Yann MARION Responsable adjoint, Annuaires du SI, Comptabilité/facturation, Développements. Antoine MIGEON Responsable systèmes et techniques, Veille technologique, Stockages, virtualisation et supervision, Infrastructures. Henri GAULARD Sauvegardes, Logiciels, Gestion des comptes. Thibault ROYER Messagerie, assistance utilisateurs, supervision.

5 Présentation Les utilisateurs 100 utilisateurs «recherche» (> 1000 heures de calcul / an) 600 étudiants dans le cadre de leur cursus (Matlab, SAS, Comsol, DU séquençage haut débit) Diversité scientifique : Sciences de la matière et technologies Sciences de l Aliment et Agro-Environnement Santé / STIC Sciences Humaines et Sociales

6 Présentation Les utilisateurs Plateformes et laboratoires utilisateurs : Institut de Mathématique (IMB UMR 5584) Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne (ICB UMR 6303) Institut de Chimie Moléculaire de l université de Bourgogne (ICMUB UMR 6302) Laboratoire Biogéosciences (CRC UMR 6282) Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM UMR MA Agrosup) Plateforme sensorielle du Centre des Sciences du Goût et de l'alimentation (CSGA) Laboratoire Electronique, Informatique et Image (LE2I EA 2421) Génétique des Anomalies du Développement (GAD - EA 4271) Plateforme Proteomic CLIPP Laboratoire d Économie de Dijon (LEDI ) Centre de Recherche en Gestion des Organisations (CReGO) Maison des Sciences de l Homme (MSH Dijon - USR CNRS 3516) Laboratoire de géographie (THEMA UMR 6049) Sciences de la matière et technologies Sciences de l aliment et Agro- Environnement Santé / STIC Sciences Humaines et Sociales Pole des Systèmes d Information et des Usages du Numérique - Centre de Calcul

7 Présentation - Productions 28 Million d heures de calcul ont été réalisées en ,9 Po de données stockées (20/11/2019) Moyenne annuelle de publications et 5-6 thèses annuelles.

8 Heures CPU consommées (millions) Présentation - Productions Evolution du nombre d'heures CPU consommées , , ,1 14, ,8 6, ,

9 Infrastructures - Datacenter Green Datacenter Niveau Tier 3 : 99,982 % de disponibilité Superficie : 600 m² Alimentation électrique de 400 kw extensible 2 onduleurs 1 groupe électrogène de 2000kW Cuve de litre de fioul Récupération des calories informatiques Contrôle d accès jusqu à la baie informatique Détection/extinction incendie Vidéosurveillance Héberge les équipements du CCuB depuis mars 2017

10 Infrastructures - Datacenter Datacenter les baies informatiques

11 Infrastructures - Datacenter Refroidissement et récupération des calories

12 Infrastructures - Datacenter Sécurité électrique générateur 2000 KVA

13 Infrastructures - Datacenter Sécurité incendie système d extinction à gaz

14 Salle machine 2 70 m² de superficie 1 onduleur de 40 kw Détection incendie Contrôle d accès Détection d intrusion Infrastructures Salle Machine 2 Pour la répartition géographique des équipements, services et données critiques

15 Infrastructures - Calcul 350 serveurs 6400 cœurs de calcul 28 To mémoire vive 72 Xeon-Phi 8 GP-GPU (3d, IA) 175 Tflops : Milliards d opérations par secondes Interconnexion Infiniband 40Gbit/s (calculs distribués MPI) Réseau de stockage 10Gbit/s Plus de 200 logiciels installés à la demande et optimisés par le CCuB.

16 Infrastructures - Calcul

17 Capacité actuelle totale de 1,2 Po. 3 types d espaces de stockages : Infrastructures - Stockage Type Sécurité Volumétrie Performance Coût (+ d étoiles = moins cher) Home Archive Work

18 TeraOctet utiles Infrastructures - Stockage Evolution du stockage au CCUB home work archive

19 Infrastructures - Stockage Home : 20 To utiles Très haute disponibilité Très haute tolérance aux pannes Sauvegardé quotidiennement pendant 3 ans sur disques durs + bandes Performances 400 Mo/s Données critiques, non re-constituables, de faible volumétrie. Datacenter HOME ROBOT BANDES BANDES BANDES MIRROIR ASYNCHRONE FO 1 FO 2 SM2 HOME BACKUP 3 ANS Type Sécurité Volumétrie Performance Coût (+ d étoiles = moins cher) Home

20 Infrastructures - Stockage Archive : 2,3 Po utiles Stockage hiérarchique (HSM) Volumétrie extensible à l infini (si ) Rétention des données pendant 2 mois Faible coût de sécurisation grâce aux bandes magnétiques Performance : 800 Mo/s Données re-constituables, de grande volumétrie. Type Sécurité Volumétrie Performance Coût (+ d étoiles = moins cher) Archive Datacenter MIRROIR ASYNCHRONE FO 1 FO 2 SM2 ARCHIVE DISQUES 1 ROBOT BANDES BANDES BANDES DISQUES 2 DISQUES N

21 BeeGFS BeeGFS Work : 570 To utiles Stockage distribué parallèle Pas de sauvegarde ni de rétention Performance : 8 Go/s Extension volumétrie et performance à l infini (si ) Données temporaires en cours de traitement. Infrastructures - Stockage Type Sécurité Volumétrie Performance Coût (+ d étoiles = moins cher) Work Cluster SERVEUR 1 SERVEUR 2 SERVEUR 3 SERVEUR N Datacenter WORK DISQUES 1 DISQUES 2 DISQUES 3 DISQUES N

22 Calcul Stockage Hébergement calcul et stockage Formation Offre de service

23 Offre de service - Calcul Fourniture d heures de calcul De base : 600 coeurs / utilisateur Accès aux logiciels scientifiques Installation logiciels Support utilisateur Bureau virtuel à distance avec sessions persistantes. Rendu 3d à distance haute performance (GPU)

24 Offre de service Calcul Les machines Machines classiques (6400 cœurs): De 12 à 24 cœurs de calcul par machine 4 Go de RAM par cœurs Interconnexion Infiniband 40Gbit/s (MPI) ou Omnipath 100Gbit/s Machines à grande mémoire (~20 cœurs) ~10 cœurs par machine 32 Go de RAM par cœurs 1 machine SMP 192 cœurs 2 To RAM 8 machines GPU NVIDIA V100

25 Offre de service Calcul séquentiel Cluster Machine 1 Machine 2 Machine N RAM RAM RAM J1 J2 J3 J4 J5 J6 J7 J8 J9 Réseau de stockage 10 Gbits/s 10 Gbits/s 10 Gbits/s 10 Gbits/s WORK 1 job == 1 cœur Très facile à programmer Exécution unitaire «lente» Il faut lancer beaucoup de jobs pour profiter de la puissance Jusqu à 600 jobs simultanés Tous les logiciels sont supportés

26 Offre de service Calcul parallèle mémoire partagée (OpenMP, Threads) Cluster Machine 1 Machine 2 Machine N RAM RAM RAM J1 J1 J1 J1 J4 J4 J4 J4 J2 J2 J2 J2 J4 J4 J4 J4 J3 J3 J3 J3 J4 J4 J4 J4 J3 J3 J3 J3 J4 J4 J4 J4 Réseau de stockage 10 Gbits/s 10 Gbits/s 10 Gbits/s 10 Gbits/s WORK 1 job <= 24 cœurs Relativement facile à programmer «Limité» aux cœurs et à la RAM d un seule machine Jusqu à 32 jobs simultanés de 16 cœurs et 64 Go RAM Jusqu à 192 cœurs et 2To RAM par job Matlab, R, Comsol, GATK, BWA, Abaqus, Gaussian

27 Cluster Offre de service Calcul parallèle mémoire distribuée (MPI) Réseau Infiniband 40 Gbits/s 40 Gbits/s 40 Gbits/s Machine 1 Machine 2 Machine N RAM RAM RAM J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 J1 Réseau de stockage 10 Gbits/s 10 Gbits/s 10 Gbits/s 10 Gbits/s WORK 1 job <= 600 cœurs Relativement difficile à programmer Utilise les cœurs et la RAM de N machines 1 job de 512 cœurs = 2To RAM R, Gromacs, VASP, LAMMPS, WRF,

28 Offre de service Calcul Les logiciels Bureautique Analyse données stats Calcul Formel Eléments finis Méthodes abinitio Emacs Gvim LaTeX LibreOffice Pdftk Nedit R R Studio Sas Matlab Stata Maple Reduce Sage TRIP Abaqus Castem Comsol Matlab Mathematica Scilab Yade Ambertools CP2K Gamess Gaussian Gromacs LAMPPS Nwchem Quantum Espresso USPEX VASP

29 AS-GENSENG BamTools BamUtil Bedtools2 Blat Bowtie 2 Breakdancer BreaKmer BWA Cutadapt ERDS Offre de service Calcul Les logiciels Bio-informatique FastQ FASTX-Toolkit GemSIM HgfClient gfserver Haploclique IGV Jellyfish Kraken LoFreq MIRA Mosaik Picardtools Pindel pirs PredictHaplo PrinSeq PRISM QuasiRecomb RDXplorer SAMtools Sickle novo 2 SnpEff SOAPdeSolexaQA STARK SVDetect Trimmomatic UrQt VCFtools VirVarSeq VPhaser Wessim Wisecondor

30 Offre de service Calcul Les logiciels Graphisme Climat Amira/Avizo Fiji (ImageJ) GNUPlot OpenGL Ovito PgPlot Povray VMD Xfig XmGrace WRF HARPEGE-Climat NETCDF HDF5 NCL NCO TeleDM

31 Offre de service Calcul Les langages C C++ Fortran Perl Python Compilateur Intel, MKL, Cernlib

32 Offre de service Calcul gestionnaire de batch Ordonnanceur Grid Engine : Organiser l exécution des jobs Répartir les ressources équitablement Travail en mode déconnecté Notification par courriel en fin de job 3 files d attente : batch : 21 jours max, 4 Go / cœurs (jobs séquentiels, smp <= 16 cœurs, MPI) batchbm : 21 jours max, 32 Go / cœurs (jobs séquentiels, smp <= 8 cœurs) uv : accès à la machine SMP 192 cœurs + 2To RAM (jobs séquentiels, smp <= 192 cœurs)

33 Offre de service - Stockage Fourniture d espace de stockage selon les besoins : Stockage primaire (travail en direct sur le CCuB) Stockage secondaire Sauvegarde Archivage Sécurisation par duplication Mode d accès Direct SFTP RSYNC cloud

34 Stockage primaire Pas de données dans les labo Stockage et sécurisation assurée par le CCuB Offre de service - Stockage LABO sauvegarde CCuB HOME archivage ARCHIVE

35 Stockage secondaire Données primaires stockées dans les laboratoires. Données secondaires au CCuB Synchronisation automatique via outils fournis par le CCuB (RSYNC) Offre de service - Stockage LABO DONNEES sauvegarde archivage CCuB HOME ARCHIVE

36 Offre de service - Hébergement Possibilité d hébergement de : Calcul => limite processeurs ajustée selon apport Stockage => limite stockage ajustée selon apport Uniquement pour des machines qualifiées par le CCuB (demander des devis)

37 Offre de service - Formation Introduction à l environnement Linux Utilisation d un cluster de calcul intensif Programmation (Fortran, C) Parallélisation (OpenMP, MPI) Débogage Plan de formation :

38 Mail : Tel: Présentation - Contacts Web : Adresse : Centre de Calcul et Messageries Université de Bourgogne 8A rue du recteur Marcel Bouchard Dijon

39 Remerciement Laboratoires ub

40 Questions diverses

41

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