VIROLOGIE ADENOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION

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1 VIROLOGIE ADENOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR LIQUIDES BIOLOGIQUES AUTRES QUE SELLES PAR IMMUNOFLUORESENCE OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRE ADENOVIRUS : MISE EN EVIDENCE SUR SELLES PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR SELLES (AGGLUTINATION, TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE) ARBOVIRUS : ISOLEMENT SUR ANIMAL ET CULTURES ARENAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE, OU ISOLEMENT PAR CULTURES OU SUR SOURICEAUX ASTROVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURES CALICIVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE, PAR TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRE CYTOMEGALOVIRUS (CMV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION CYTOMEGALOVIRUS (CMV) : ANTIGENEMIE LEUCOCYTAIRE PAR IMMUNOFLUORESCENCE CORONAVIRUS (y compris SARS-CoV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRE CORONAVIRUS (hors SARS-CoV) : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE CULTURES CELLULAIRES DE VIRUS NON ORIENTEES DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L ADN DU PARVOVIRUS DIAGNOSTIC PRENATAL : CULTURE DE CYTOMEGALOVIRUS DANS LE SANG DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L ADN DU CYTOMEGALOVIRUS (CMV)

2 DIAGNOSTIC PRENATAL : DETECTION DU VIRUS DE LA RUBEOLE PAR CULTURE OU DE SON ARN PAR AMPLIFICATION GENIQUE DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L ADN DU VIRUS DE LA VARICELLE ENTEROVIRUS (POLIOVIRUS COMPRIS) : ISOLEMENT PAR CULTURES CELLULAIRES OU SUR SOURICEAUX (COXSACKIEVIRUS A) VIRUS DES FIEVRES HEMORRAGIQUES : CULTURES VIRUS GRIPPAUX (A ET B) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE HERPESVIRUS 6 (HHV6) OU HERPESVIRUS 7 (HHV7) : CULTURES SUR LYMPHOCYTES PAPILLOMAVIRUS HUMAINS ONCOGENES (HPV) : GENOME VIRAL VIRUS DE L HERPES SIMPLEX (HSV) : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION VIRUS DE L HERPES SIMPLEX (VHS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU PAR TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE VIRUS HTLV: ISOLEMENT PAR CULTURE IDENTIFICATION VIRALE PAR UN OU PLUSIEURS SERUMS VIRUS OURLIEN (OU DES OREILLONS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE VIRUS PARAINFLUENZAE (TYPES I à IV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE POLYOMAVIRUS : ISOLEMENT PAR CULTURE POXVIRUS : RECHERCHE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE VIRUS DE LA RAGE : RECHERCHE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE

3 RHINOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION ROTAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR AGGLUTINATION, TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU MICROSCOPIE ELECTRONIQUE VIRUS DE LA ROUGEOLE : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE VIRUS DE LA RUBEOLE : ISOLEMENT PAR CULTURE SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ADENOVIRUS SERODIAGNOSTIC DES ARBOVIROSES SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ARENAVIRUS SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE PARVOVIRUS B19 SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A CYTOMEGALOVIRUS SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS EPSTEIN-BARR (EBV) SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ENTEROVIRUS SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION GRIPPALE SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE A (HAV) SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE B (HBV) SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE C (HCV) SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE DELTA (HDV) SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE L'HEPATITE E (HEV)

4 SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A HERPESVIRUS TYPE 6 (HHV-6) SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LES VIRUS DE L'IMMUNODEFICIENCE HUMAINE (HIV-1 ET 2) DETECTION D'ANTICORPS AU COURS DE L'INFECTION A VIRUS HERPES SIMPLEX (HSV) SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS HTLV SERODIAGNOSTIC DE LA MONONUCLEOSE INFECTIEUSE PAR RECHERCHE D'ANTICORPS HETEROPHILES SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS PARAINFLUENZA SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS RABIQUE SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE LA ROUGEOLE SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DE LA RUBEOLE SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE VIRUS OURLIEN SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A VIRUS RESPIRATOIRE SYNCYTIAL (RSV) DETECTION D'ANTICORPS AU COURS DE L'INFECTION A VIRUS VARICELLE ZONA (VZV) GENOME (ADN) DU VIRUS DE L HEPATITE B (HBV) : DETECTION QUANTITATIVE GENOME (ARN) DU VIRUS DE L HEPATITE C (HCV) : DETECTION QUALITATIVE GENOME (ARN) DE VIRUS DE L HEPATITE C (VHC) : DETECTION QUANTITATIVE GENOTYPAGE DU VIRUS DE L HEPATITE C (HCV) PAR BIOLOGIE MOLECULAIRE SEROTYPAGE DU VIRUS DE L HEPATITE C (HCV) PAR METHODE IMMUNOLOGIQUE GENOME (ARN) DU VIRUS DE L IMMUNODEFICIENCE HUMAINE (HIV-1) : CHARGE VIRALE

5 HIV : ISOLEMENT PAR CULTURES SUR LYMPHOCYTES VIRUS RESPIRATOIRE SYNCYTIAL (VRS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURES VIRUS VARICELLE ZONA (VZV) : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION VIRUS VARICELLE ZONA (VZV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE

6 ADENOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION Code NABM 4208 Contexte pathologique : Immunosuppression Traitement antiviral Notion d épidémie, notion d infection nosocomiale Séjour en collectivité NB : En cas de gastro-entérite, demander une recherche dans les selles par agglutination ou technique immunoenzymatique (NABM 4205 et 4206) Sécrétions nasales, pharyngées, laryngo-trachéo-bronchiques oculaire Liquide céphalo-rachidien (LCR) Sang Selles, urines Biopsies s post-mortem Sécrétions, urines et selles recueillies dans un tube sec stérile Ecouvillon conservé dans un milieu de transport de virologie ou déchargé dans 1ml de milieu de culture contenant des antibiotiques LCR recueilli sur tube sec stérile (10 gouttes) Biopsies et prélèvements post-mortem (recueillies sur tube sec ou 1 ml) de milieu de culture contenant des antibiotiques (ne pas les placer dans les conservateurs habituellement utilisés en anatomopathologie) Sang recueilli sur tube avec anticoagulant (héparine, EDTA) Néant Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Le plus rapidement possible (<2 heures) ; conservation à +4 C en attente de transmission au laboratoire. tâches sont esse

7 ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR LIQUIDES BIOLOGIQUES AUTRES QUE SELLES PAR IMMUNOFLUORESENCE OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRE Code NABM 4207 (le test d amplification moléculaire est hors nomenclature) Contexte pathologique : Immunosuppression Traitement antiviral Notion d épidémie, notion d infection nosocomiale Séjour en collectivité Sécrétions nasales, pharyngées, laryngo-trachéo-bronchiques oculaire Sang total Sécrétions recueillies dans un tube stérile sec. Les lames seront réalisées au laboratoire Ecouvillon déchargé au lit du malade sur une lame à plusieurs puits Sang recueilli sur tube avec anticoagulant (EDTA ou ACD), en excluant l héparine pour la détection d ADN par biologie moléculaire Néant Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil, conservation à +4 C en attente de transmission au laboratoire. Pour la détection d ADN par biologie moléculaire, l échantillon doit être transmis dans les 4 heures qui suivent le prélèvement.

8 ADENOVIRUS : MISE EN EVIDENCE SUR SELLES PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE Code NABM 4209 Contexte pathologique : Immunosuppression Traitement antiviral Notion d épidémie, notion d infection nosocomiale Séjour en collectivité Selles Recueillies à la phase aiguë de la maladie dans un récipient stérile, à fermeture hermétique. A défaut, écouvillon rectal. Demander une recherche rapide dans les selles par agglutination ou technique immunoenzymatique (NABM 4205 et 4206), et associer la recherche d autres virus entéropathogènes. Le diagnostic par microscopie électronique est réservé aux laboratoires spécialisés. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil, conservation à +4 C en attente de transmission au laboratoire.

9 ADENOVIRUS : RECHERCHE DIRECTE SUR SELLES (AGGLUTINATION, TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE) Codes NABM 4205, 4206 Contexte pathologique : Notion d épidémie, notion d infection nosocomiale Séjour en collectivité Immunosuppression Selles Recueillies Dans un récipient stérile, à fermeture hermétique. A défaut, écouvillon rectal Associer la recherche d autres virus entéropathogènes. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 à 48heures qui suivent le recueil, conservation à +4 C en attente de transmission au laboratoire.

10 ARBOVIRUS : ISOLEMENT SUR ANIMAL ET CULTURES Codes NABM 4210, 4211 Contexte pathologique : - signes cliniques détaillés - notion de voyage récent en zone endémique, - notion de piqûres (moustiques) ou de morsures (phlébotomes, tiques) - notion de transfusion en pays endémique En France, seuls circulent le virus de l encéphalite européenne à tiques (TBEV), et le virus West Nile (WNV). Liquide céphalo-rachidien, sang Tubes stériles étanches, pas de contraintes particulières, prélèvements potentiellement dangereux. Le diagnostic direct de ces infections est réservé aux laboratoires spécialisés équipés de locaux avec confinement de type L3 ou L4. Renseignements devant accompagner impérativement le prélèvement : - identification du patient avec âge, sexe, adresse - diagnostic clinique - date de début des symptômes - déplacements dans le pays ou à l étranger dans le mois qui précède - identification et coordonnées (y compris numéros de téléphone/télécopie et adresse mél) du prescripteur Cas particuliers Néant Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité des personnes. Emballage triple (norme 6.2 ONU) : tube étanche contenant le prélèvement, enveloppé d une couche suffisante de matière absorbante, et déposé dans un second récipient étanche sur lequel figurent les renseignements identifiant le prélèvement. Emballage extérieur en matière isolante avec quantité suffisante de glace, sachets réfrigérants ou glace carbonique. Déclaration obligatoire par l expéditeur conforme au règlement IATA (Association du Transport Aérien International) pour les matières dangereuses. Envoi à un laboratoire disposant d installations de sécurité requise avec niveau de confinement L3 ou L4.

11 ARENAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE, OU ISOLEMENT PAR CULTURES OU SUR SOURICEAUX Codes NABM 4212, 4213, 4214, 4215 Contexte pathologique : Notion de voyage récent en zone endémique : Afrique pour les virus du complexe Lassa, Amérique pour les virus du complexe Tacaribe Contact avec des rongeurs NB : En Europe, seul circule le virus de la chorioméningite lymphocytaire. Liquide céphalo-rachidien, sang total. Tubes stériles étanches, pas de contraintes particulières, prélèvements potentiellement dangereux. Le diagnostic direct de ces infections est réservé aux laboratoires spécialisés équipés de locaux avec confinement de type L3 ou L4. Renseignements devant accompagner le prélèvement : - identification du patient avec âge, sexe, adresse - diagnostic clinique - date de début des symptômes - déplacements dans le pays ou à l étranger dans le mois qui précède - identification et coordonnées (y compris numéros de téléphone/télécopie et adresse mél) du prescripteur Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité des personnes. Emballage triple (norme 6.2 ONU) : tube étanche contenant le prélèvement, enveloppé d une couche suffisante de matière absorbante, et déposé dans un second récipient étanche sur lequel figurent les renseignements identifiant le prélèvement. Emballage extérieur en matière isolante avec quantité suffisante de glace, sachets réfrigérants ou glace carbonique. Déclaration obligatoire par l expéditeur conforme au règlement IATA (Association du Transport Aérien International) pour les matières dangereuses. Envoi à un laboratoire disposant d installations de sécurité requise avec niveau de confinement L3 ou L4.

12 ASTROVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURES Codes NABM 4217, 4218, 4219 Contexte pathologique : Immunosuppression Traitement antiviral Notion d épidémie, de toxi-infection alimentaire Séjour en collectivité Selles Recueillies dans un récipient stérile, à fermeture hermétique Le diagnostic par microscopie électronique (NABM 4217) est réservé aux laboratoires spécialisés. La mise en évidence du sérotype 1 par culture cellulaire est relativement simple (NABM 4219). La détection des sérotypes 2 à 7 est préférable par méthode immunoenzymatique (EIA) (NABM 4218). Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 à 48heures qui suivent le recueil, conservation à +4 C en attente de transmission au laboratoire.

13 CALICIVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE, PAR TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRE Les calcivirus sont des agents de gastro-entérite épidémique chez l enfant Codes NABM 4220, 4221 (le test d amplification moléculaire est hors nomenclature) Contexte pathologique : Immunosuppression Traitement antiviral Notion d épidémie, de toxi-infection alimentaire Séjour en collectivité Selles Recueillies dans un récipient stérile, à fermeture hermétique Le diagnostic par microscopie électronique (NABM 4220) est réservé aux laboratoires spécialisés. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil. Conservation à +4 C en attente de transmission au laboratoire.

14 CYTOMEGALOVIRUS (CMV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION Codes NABM 4225, 4227 Contexte pathologique : Immunosuppression Traitement antiviral Co-infection éventuelle (bactérienne, virale et/ou parasitaire) Statut sérologique du patient vis à vis du CMV Si femme enceinte : préciser l âge de la grossesse, le statut sérologique de la mère, la notion d anomalies échographiques Sang, urine, sécrétions respiratoires basses contenant des cellules épithéliales, liquide céphalo-rachidien (LCR), liquide amniotique 10 ml de sang périphérique recueilli sur tube contenant de l héparinate de lithium Urines recueillies dans des récipients stériles adaptés et fermés hermétiquement Aspiration bronchique ou liquide bronchoalvéolaire recueillis dans des récipients stériles adaptés et fermés hermétiquement LCR recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Liquide amniotique recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement La culture de la souche virale permet l étude de sa sensibilité aux antiviraux. Le liquide amniotique doit être adressé à un biologiste agréé pour le diagnostic des infections materno-fœtales. Dans les 2 à 3 heures suivant le prélèvement. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité

15 CYTOMEGALOVIRUS (CMV) : ANTIGENEMIE LEUCOCYTAIRE PAR IMMUNOFLUORESCENCE Code NABM 4226 Contexte pathologique : Immunosuppression Traitement antiviral Statut sérologique du patient vis à vis du CMV Polynucléaires du sang circulant 10 ml de sang périphérique recueilli sur tube contenant de l EDTA ou de l héparinate de lithium La technique ne peut pas être réalisée chez les patients neutropéniques. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 2 heures suivant le prélèvement. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire.

16 CORONAVIRUS (y compris SARS-CoV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU PAR AMPLIFICATION MOLECULAIRE Code NABM 4222 (le test par amplification moléculaire est hors nomenclature) Contexte pathologique : Cause (s) de l hospitalisation du patient Immunosuppression Traitement antiviral Notion d épidémie Séjour en collectivité Co-infection (virale ou bactérienne) Personnes, précautions standard : CDC Atlanta Sécrétions respiratoires contenant des cellules épithéliales, selles, urines Ecouvillonnage nasal haut, étalé sur lame au lit du malade ou conservé dans un milieu de transport de virologie. Lavage nasal ou aspiration nasopharyngée, aspiration bronchique, liquide bronchoalvéolaire, recueillis dans des récipients stériles adaptés et fermés hermétiquement Selles ou urines recueillies dans un récipient stérile, fermé hermétiquement En cas de suspicion d infection par le SARS-CoV (virus associé au syndrome de détresse respiratoire aiguë sévère ou SRAS), prévenir le biologiste afin de faire parvenir le prélèvement dans des conditions optimales de sécurité pour le personnel de laboratoire et de s assurer que la recherche spécifique pourra être effectuée dans un laboratoire agréé. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité des personnes. Dans les heures qui suivent le recueil. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire. En cas de suspicion d infection par le SRAS-CoV : Emballage triple (norme 6.2 ONU) : tube étanche contenant le prélèvement, enveloppé d une couche suffisante de matière absorbante, et déposé dans un second récipient étanche sur lequel figureront les renseignements identifiant le prélèvement. Emballage extérieur en matière isolante avec quantité suffisante de glace, sachets réfrigérants ou glace carbonique. Déclaration obligatoire par l expéditeur conforme au règlement IATA (Association du Transport Aérien International) pour les matières dangereuses. Envoi à un laboratoire disposant d installations de sécurité requise avec niveau de confinement L3 ou L4.

17 CORONAVIRUS (hors SARS-CoV) : RECHERCHE DIRECTE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE Code NABM 4223 Contexte pathologique : Immunosuppression Traitement antiviral Notion d épidémie Séjour en collectivité Co-infection (virale ou bactérienne) Selles Selles recueillies dans un pot stérile et hermétique La recherche des coronavirus par microscopie électronique est réservée aux laboratoires spécialisés. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les heures qui suivent le recueil. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire.

18 CULTURES CELLULAIRES DE VIRUS NON ORIENTEES Code NABM 4201 Contexte pathologique Immunosuppression Traitement antiviral Notion d épidémie, notion d infection nosocomiale Séjour en collectivité Notion de voyage Notion de co-infection (virale, bactérienne et/ou parasitaire) Sécrétions nasales, pharyngées, laryngo-trachéo-bronchiques oculaire cutané ou muqueux Liquide céphalo-rachidien (LCR) Liquide amniotique Sang Selles, urines Biopsies s post-mortem LCR, liquide amniotique, sécrétions, urines et selles recueillies dans un tube sec stérile Ecouvillon conservé dans un milieu de transport de virologie ou déchargé dans 1ml de milieu de culture contenant des antibiotiques LCR recueilli sur tube sec stérile (0,5 à 1 ml) Biopsies et prélèvements post-mortem recueillies sur tube sec ou 1 ml de milieu de culture contenant des antibiotiques (ne pas les placer dans les conservateurs habituellement utilisés en anatomopathologie) Lavage nasal ou aspiration nasopharyngée, aspiration bronchique, liquide bronchoalvéolaire recueillis dans des récipients stériles adaptés et fermés hermétiquement Certains virus ne peuvent être pris en charge que dans des laboratoires spécialisés (type cellulaire particulier, analyse spécialisée, manipulation dans un laboratoire de type L3 ou L4, diagnostic anténatal). Se reporter aux fiches correspondantes. Consulter les fiches Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Le plus rapidement possible (<2 heures). Sinon conservation à +4 C en attente de transmission au laboratoire.

19 DIAGNOSTIC PRENATAL : RECHERCHE DE L ADN DU PARVOVIRUS Code NABM 4070 Contexte pathologique de la demande / Nombre de semaines d aménorrhée Consentement signé de la patiente Bilan échographique Liquide amniotique : environ 10 ml dans un récipient stérile Ponction de liquide amniotique Recherche réservée aux biologistes agréés Les prélèvements doivent être conservés pendant 3 ans à 80 C (JO du ). Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité Délai de transmission inférieur à 12 heures, entre 2 et 8 C. Conservation des échantillons à +4 C dans l attente du transport.

20 DIAGNOSTIC PRENATAL CULTURE DE CYTOMEGALOVIRUS DANS LE SANG Code NABM 4064 Contexte pathologique de la demande Nombre de semaines d aménorrhée Consentement signé de la patiente Bilan échographique Sang veineux chez la mère : 5 ml sur tube sec Sang veineux au pli du coude Interpréter le résultat selon le bilan sérologique et le bilan échographique associés Les échantillons doivent être conservés pendant 1 an à 80 C selon la Nomenclature des Actes de Biologie Médicale (JO du ). Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité Délai de transmission inférieur à 12 heures, entre 2 et 8 C. Conservation des échantillons à +4 C dans l attente du transport.

21 DIAGNOSTIC PRENATAL RECHERCHE DE L ADN DU CYTOMEGALOVIRUS (CMV) Code NABM 4065 Contexte pathologique de la demande Notion de virémie à CMV négative chez la mère (indispensable pour éviter le risque de dissémination virale lors de la ponction) Nombre de semaines d aménorrhées Consentement signé de la patiente Bilan échographique Liquide amniotique : environ 10 ml dans un récipient stérile Ponction de liquide amniotique. Recherche réservée aux biologistes agréés Pour le diagnostic prénatal, les prélèvements doivent être conservés pendant 3 ans à 80 C (JO du ). Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité Délai de transmission inférieur à 12 heures, entre 2 et 8 C. Conservation des échantillons à +4 C dans l attente de transport.

22 DIAGNOSTIC PRENATAL DETECTION DU VIRUS DE LA RUBEOLE PAR CULTURE OU DE SON ARN PAR AMPLIFICATION GENIQUE Codes NABM 4067 et 4069 Contexte pathologique de la demande Nombre de semaines d aménorrhées Consentement signé de la patiente Bilan échographique Liquide amniotique : environ 10 ml dans un récipient stérile Ponction de liquide amniotique. Recherche réservée aux biologistes agréés Interpréter selon le bilan sérologique associé Pour le diagnostic prénatal, les prélèvements doivent être conservés pendant 3 ans à 80 C (JO du ) Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité Délai de transmission inférieur à 12 heures, entre 2 et 8 C. Conservation des échantillons à +4 C dans l attente de transport.

23 DIAGNOSTIC PRENATAL RECHERCHE DE L ADN DU VIRUS DE LA VARICELLE Code NABM 4066 Contexte pathologique de la demande Nombre de semaines d aménorrhées Consentement signé de la patiente Bilan échographique Liquide amniotique : environ 10 ml dans un récipient stérile Ponction de liquide amniotique. Recherche réservée aux biologistes agréés Pour le diagnostic prénatal, les prélèvements doivent être conservés pendant 3 ans à 80 C (JO du ). Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité Délai de transmission inférieur à 12 heures, entre 2 et 8 C. Conservation des échantillons à +4 C dans l attente de transport.

24 ENTEROVIRUS (POLIOVIRUS COMPRIS) : ISOLEMENT PAR CULTURES CELLULAIRES OU SUR SOURICEAUX (COXSACKIEVIRUS A) Code NABM 4235, 4236, 4237, 4238, 4239 Contexte pathologique : - signes neuroméningés - éruption - signes cliniques chez la mère en cas de suspicion d infection néonatale ou fœtale Immunosuppression Cas particulier des poliovirus : - notion de vaccination, préciser la date du dernier rappel, et le(s) type(s) de vaccin administré(s) - séjour à l étranger, notamment dans les pays où des souches de poliovirus sauvage circulent encore - signes cliniques éventuels de paralysie Selles, ecouvillonnage de gorge, sécrétions nasopharyngées, urines, liquide céphalorachidien (LCR), liquide amniotique, lésion cutanée, biopsie Selles recueillies dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Ecouvillonnage de gorge à l aide d un dispositif muni d un milieu de transport de virologie Sécrétions nasopharyngées recueillies dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Urines recueillies dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement LCR recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Liquide amniotique recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Ecouvillonnage de lésion cutanée à l aide d un dispositif muni d un milieu de transport de virologie Biopsie recueillie dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Le sérotypage des souches isolées est réservé aux laboratoires spécialisés. De nombreux sérotypes de coxsackievirus A ne sont pas cultivables mais peuvent être mis en évidence par inoculation au souriceau nouveau-né (NABM 4237). Les souches de poliovirus doivent être transmises par le laboratoire au Centre de Référence National de Lyon ((laboratoire de Virologie, Université Claude Bernard Lyon 1, 8 avenue Rockefeller, Lyon Cedex 08). La recherche d une infection fœtale à entérovirus doit être réalisée par un biologiste agréé.

25 Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire. tâches sont essen

26 VIRUS DES FIEVRES HEMORRAGIQUES : CULTURES Code NABM 4216 Contexte pathologique : - signes cliniques détaillés - notion de voyage récent en zone endémique, - notion de piqûres (moustiques) ou de morsures (phlébotomes, tiques) pour les arbovirus - notion de contact avec des singes, voire avec des chauves souris, pour les filovirus - notion de transfusion en pays endémique Liquide céphalo-rachidien (LCR), sang total Tubes stériles étanches Le diagnostic direct de ces infections est réservé aux laboratoires spécialisés équipés de locaux avec confinement de type L3 ou L4. Renseignements devant accompagner le prélèvement : - identification du patient avec âge, sexe, adresse - diagnostic clinique - date de début des symptômes - déplacements dans le pays ou à l étranger dans le mois qui précède - identification et coordonnées (y compris numéros de téléphone/télécopie et adresse mél) du prescripteur Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité des personnes. Emballage triple (norme 6.2 ONU) : tube étanche contenant le prélèvement, enveloppé d une couche suffisante de matière absorbante, et déposé dans un second récipient étanche sur lequel figureront les renseignements identifiant le prélèvement. Emballage extérieur en matière isolante avec quantité suffisante de glace, sachets réfrigérants ou glace carbonique. Déclaration obligatoire par l expéditeur conforme au règlement IATA (Association du Transport Aérien International) pour les matières dangereuses. Envoi à un laboratoire disposant d installations de sécurité requise avec niveau de confinement L3 ou L4.

27 VIRUS GRIPPAUX (A ET B) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE Codes NABM 4240, 4241, 4242 Contexte pathologique : Immunosuppression Traitement antiviral Notion d épidémie Séjour en collectivité Notion de vaccination anti-grippale Co-infection (virale ou bactérienne) Sécrétions respiratoires contenant des cellules épithéliales Ecouvillonnage nasal haut ou pharyngé, étalé sur lame au lit du malade ou conservé dans un milieu de transport de virologie Lavage nasal ou aspiration nasopharyngée, aspiration bronchique, liquide bronchoalvéolaire recueillis dans des récipients stériles adaptés et fermés hermétiquement La recherche des virus influenza A et B par culture ainsi que leur identification (NABM 4242) sont réservées aux laboratoires spécialisés. La surveillance des souches grippales circulantes organisée autour des centres de référence régionaux s inscrit dans un réseau national et international de mise en évidence des variants antigéniques. Il en va de même pour la surveillance de l émergence de nouveaux variants de virus influenza A en provenance d Asie (note DGS/SD5C/DHOS/E2/DGAS/SD2/2004/444 du 17/09/04). Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire.

28 HERPESVIRUS 6 (HHV6) OU HERPESVIRUS 7 (HHV7) : CULTURES SUR LYMPHOCYTES Code NABM 4270 Contexte pathologique : Immunosuppression Traitement antiviral Lymphocytes du sang circulant Liquide céphalo-rachidien (LCR) Biopsies 5 à 10 ml de sang périphérique prélevé sur EDTA ou ACD LCR recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Biopsies recueillies dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement La recherche de ces virus est réservée aux laboratoires spécialisés. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 2 à 3 heures suivant le prélèvement.

29 PAPILLOMAVIRUS HUMAINS ONCOGENES (HPV) : GENOME VIRAL Code NABM 4127 Contexte pathologique de la demande : Cancer du col de l utérus Bilan cytologique associé. Frottis cervical Biopsie Produit de grattage Frottis cervical : les zones à prélever sont l exocol, la jonction exo-endocol et l endocol ; la brosse est plongée dans un liquide conservateur Biopsie fixée au formol pour une histopathologie ou une hybridation in situ Pour les frottis cervicaux, la prescription doit préciser si elle entre dans le cadre du remboursement (détection d HPV suite à un frottis ASCUS récent) ou si elle est hors nomenclature. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité Frottis : conservation et expédition à température ambiante pendant une période maximale de 2 semaines après le prélèvement. Biopsies : congélation immédiate dans l azote liquide ou à -80 C.

30 VIRUS DE L HERPES SIMPLEX (HSV) : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION Code NABM 4230 Contexte pathologique : - notion d infection(s) herpétique(s) ancienne(s) - localisation des lésions - notion de lésion chez la mère si suspicion d herpès néonatal Immunosuppression Traitement antiviral Lésions cutanéo-muqueuses riches en cellules épithéliales Sécrétions respiratoires et oculaires Liquide céphalo-rachidien (LCR) Vésicules cutanéo-muqueuses : décollement du plafond, écouvillonnage du plancher de la lésion, puis conservation de l écouvillon dans un milieu de transport de virologie Ecouvillonnage de la lésion muqueuse puis conservation de l écouvillon dans un milieu de transport de virologie Ecouvillonnage de la gorge, du nez et des yeux chez le nouveau-né, plus de 48 heures après la naissance, conservé dans un milieu de transport de virologie LCR recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Effectuer les prélèvements avant mise sous traitement anti-herpétique La suspicion de méningo-encéphalite herpétique est une urgence virologique : l acheminement et la prise en charge du prélèvement de LCR doivent s effectuer dans des délais les plus brefs. Le traitement antiviral doit être mis en œuvre sans délai, dès la réalisation des prélèvements. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 2 à 3 heures suivant le prélèvement. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire.

31 VIRUS DE L HERPES SIMPLEX (VHS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU PAR TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE Codes NABM 4228, 4229 Contexte pathologique : - notion d infection(s) herpétique(s) antérieure(s) - localisation des lésions - notion de lésion chez la mère si suspicion d herpès néonatal Immunosuppression Traitement antiviral Cellules épithéliales muqueuses ou cutanéo-muqueuses Décollement du toit de la vésicule et écouvillonnage du plancher de la lésion, puis conservation de l écouvillon dans un milieu de transport de virologie Ecouvillonnage de la lésion muqueuse puis conservation de l écouvillon dans un milieu de transport de virologie Ecouvillonnage de la gorge, du nez et des yeux chez le nouveau né, plus de 48 heures après la naissance, conservé dans un milieu de transport de virologie Effectuer les prélèvements avant mise sous traitement anti-herpétique Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire.

32 VIRUS HTLV: ISOLEMENT PAR CULTURE Code NABM 4271 Contexte pathologique : - paraplégies : origine géographique (Caraïbes, Afrique) - leucémie à lymphocytes T : Japon Ouest de l Inde mère-enfant Immunosuppression Lymphocytes du sang 20 ml de sang veineux prélevé sur tube hépariné s potentiellement dangereux La recherche de virus HTLV par culture est réservée à des laboratoires spécialisés équipés de locaux avec un niveau de confinement de type L3. Elle reste exceptionnelle. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité A température ambiante dans les 4 heures suivant le recueil. Ne pas congeler.

33 IDENTIFICATION VIRALE PAR UN OU PLUSIEURS SERUMS Codes NABM 4202, 4203, 4204 Contexte pathologique : Immunosuppression, traitement antiviral Notion d épidémie, notion d infection nosocomiale : Séjour en collectivité, notion de voyage, notion de co-infection (virale, bactérienne et/ou parasitaire) Si le prélèvement original a été mis en culture, préciser la nature du prélèvement ensemencé, le type de cellules utilisées et le délai d apparition de l effet cytopathogène. - Sécrétions nasales, pharyngées, laryngo-trachéo-bronchiques - oculaire - cutané ou muqueux - Liquide céphalo-rachidien (LCR) - Liquide amniotique - Sang - Selles, urines - Biopsies - s post-mortem - Culture cellulaire inoculée avec un prélèvement pathologique LCR (0,5 à 1 ml), liquide amniotique, sécrétions, urines et selles recueillies dans un tube sec stérile Ecouvillon conservé dans un milieu de transport de virologie ou déchargé dans 1 ml de milieu de culture contenant des antibiotiques Biopsies et prélèvements post-mortem recueillis sur tube sec ou 1 ml de milieu de culture contenant des antibiotiques (ne pas les placer dans les conservateurs habituellement utilisés en anatomopathologie) Lavage nasal ou aspiration nasopharyngée, aspiration bronchique, liquide bronchoalvéolaire recueillis dans des récipients stériles adaptés et fermés hermétiquement Boite de culture cellulaire hermétiquement fermée Certains virus ne peuvent être pris en charge que dans des laboratoires spécialisés (type cellulaire particulier, analyse spécialisée, manipulation dans un laboratoire de type L3 ou L4, diagnostic anténatal). Se reporter aux fiches correspondantes. Cas particuliers : voir fiches spécifiques

34 Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Le plus rapidement possible (<2 heures) ; sinon conservation à +4 C en attente de transmission au laboratoire.

35 VIRUS OURLIEN (OU DES OREILLONS) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE Code NABM 4250, 4251, 4252 Contexte pathologique Immunosuppression Notion de vaccination anti-ourlienne Traitement antiviral nasopharyngé Salive Liquide céphalo-rachidien (LCR) Ecouvillonnage nasal haut ou pharyngé, conservé dans un milieu de transport de virologie Salive recueillie dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement LCR recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Néant Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire.

36 VIRUS PARAINFLUENZAE (TYPES I à IV) : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE Les virus para-influenza sont à l origine d affections des voies respiratoires Codes NABM 4243, 4244, 4245 Contexte pathologique Immunosuppression Traitement antiviral Notion d épidémie Séjour en collectivité Co-infection (virale ou bactérienne) Sécrétions respiratoires contenant des cellules épithéliales Ecouvillonnage nasal haut ou pharyngé, étalé sur lame au lit du malade ou conservé dans un milieu de transport de virologie Lavage nasal ou aspiration nasopharyngée, aspiration bronchique, liquide bronchoalvéolaire recueillis dans des récipients stériles adaptés et fermés hermétiquement Néant Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire.

37 POLYOMAVIRUS : ISOLEMENT PAR CULTURE Code NABM 4255 Contexte pathologique (notamment, notion de cystite hémorragique) Immunosuppression Traitement antirétroviral Urines Urines recueillies dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement La recherche de polyomavirus par culture est réservée au diagnostic des infections à virus BK. La culture de virus BK est réservée à des laboratoires spécialisés Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire.

38 POXVIRUS : RECHERCHE PAR MICROSCOPIE ELECTRONIQUE Codes NABM 4256, 4257 La recherche de poxvirus s inscrit dans la confirmation virologique d un diagnostic essentiellement clinique. Contexte pathologique : - contact avec des animaux domestiques ou d élevage - notion de voyage en Afrique (Monkeypox) - notion de rapports sexuels non protégés (Molluscum contagiosum) - préciser si le patient a reçu une vaccination contre la variole Immunosuppression Lésions cutanées riches en cellules épithéliales infectées Gratter les pustules, recueillir le liquide des pustules, effectuer une biopsie des lésions nodulaires. Les échantillons peuvent être recueillis dans un récipient stérile adapté ou dans du milieu de transport de virologie pour les écouvillons. Ce diagnostic est réservé à des laboratoires spécialisés Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les heures ou jours qui suivent le recueil. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire.

39 VIRUS DE LA RAGE : RECHERCHE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE Codes NABM 4259, 4260, 4261 Contexte pathologique : - notion de morsure par un animal sauvage ou domestique, date de la morsure - notion de voyage en pays d endémie - description des signes cliniques si présents - notion de vaccination anti-rabique - Biopsie cutanée d une région innervée (nuque) - Empreinte de cornée - Empreinte de tissu cérébral - Biopsie cérébrale (cortex, hippocampe, bulbe) - Liquide céphalo-rachidien (LCR) - Salive Les prélèvements peuvent être effectués chez le patient, et surtout chez l animal suspect lorsqu il est disponible Les prélèvements chez l animal suspect doivent être réalisés impérativement par un vétérinaire. s potentiellement dangereux Le diagnostic de l infection par le virus rabique est réservé aux laboratoires de référence. L encéphalomyélite rabique est mortelle dans 100% des cas en l absence de traitement très précoce après la contamination (administration répétée de vaccin antirabique, associée éventuellement à une sérothérapie). Ne pas attendre le résultat du laboratoire pour initier le traitement. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité

40 La manipulation des prélèvements infectés par le virus de la rage doit être réalisée dans des locaux avec un confinement de type L3. En France, les prélèvements animaux et humains doivent être adressés à l un des centres suivants : - Centre National de Référence de la Rage, Institut Pasteur, rue du Dr Roux, Paris Cedex 15 - Institut d Hygiène de Strasbourg, Faculté de Médecine, 4 rue Kirschleger, Strasbourg Cedex Les prélèvements animaux peuvent également être adressés au laboratoire d études sur la rage et la pathologie des animaux sauvages, AFSSA, Malzeville.

41 RHINOVIRUS : CULTURES ORIENTEES ET IDENTIFICATION Code NABM 4272 Contexte pathologique Immunosuppression Traitement antiviral Notion d épidémie Séjour en collectivité Co-infection (virale ou bactérienne) Sécrétions respiratoires contenant des cellules épithéliales Ecouvillonnage nasal haut ou pharyngé, conservé dans un milieu de transport de virologie Lavage nasal ou aspiration nasopharyngée, aspiration bronchique, liquide bronchoalvéolaire recueillis dans des récipients stériles adaptés et fermés hermétiquement Ce diagnostic est réservé aux laboratoires spécialisés. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire.

42 ROTAVIRUS : RECHERCHE DIRECTE PAR AGGLUTINATION, TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU MICROSCOPIE ELECTRONIQUE Codes NABM 4266, 4267, 4268 Contexte pathologique Immunosuppression Traitement antiviral Notion d épidémie, notion d infection nosocomiale Séjour en collectivité Selles Selles recueillies à la phase aiguë de la maladie dans un récipient stérile, à fermeture hermétique. A défaut, écouvillonnage rectal Les techniques d agglutinations (NABM 4266) et immunoenzymatiques (NABM 4267) ne mettent en évidence que les rotavirus du groupe A (majorité des souches humaines). La microscopie électronique permet de mettre en évidence les rotavirus des groupes B et C, ainsi que les autres virus responsables de gastro-entérites ; elle reste cependant limitée aux laboratoires spécialisés. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire.

43 VIRUS DE LA ROUGEOLE : RECHERCHE DIRECTE PAR IMMUNOFLUORESCENCE OU TECHNIQUE IMMUNOENZYMATIQUE OU ISOLEMENT PAR CULTURE Codes NABM 4262, 4263, 4264 Contexte pathologique : - notion de vaccination anti-morbilleuse - notion de rougeole antérieure Immunosuppression Liquide céphalo-rachidien (LCR) s respiratoires riches en cellules nasopharyngées ou bronchiques LCR recueilli dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Sécrétions nasopharyngées ou bronchiques recueillies dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Cas particuliers : néant Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Dans les 24 à 48 heures qui suivent le recueil. Conservation à 4 C en attente de transmission au laboratoire.

44 VIRUS DE LA RUBEOLE : ISOLEMENT PAR CULTURE Code NABM 4265 Contexte pathologique - date des dernières règles chez la femme enceinte - date de séroconversion rubéolique éventuelle - lésions fœtales à l échographie si suspicion d infection fœtale - notion de contexte d infection néonatale Liquide amniotique Urines Sécrétions nasopharyngées Liquide amniotique recueilli 4 à 6 semaines après séroconversion et après la 18ème semaine d aménorrhée, et conservé dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Urines recueillies dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Sécrétions nasopharyngées recueillies dans un récipient stérile adapté et fermé hermétiquement Le diagnostic virologique d infection rubéolique à partir de prélèvements fœtaux doit être effectué sous la responsabilité d un biologiste agréé. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d assurer la sécurité Immédiatement après le recueil.

45 SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ADENOVIRUS Codes NABM 1701, 1702, 1703, 1704, 1705 Contexte pathologique de la demande Immunodépression Contexte épidémique / Sang : volume de 5 ml sur tube sec Si volume suffisant, l'échantillon est conservé au moins un an à une température < -20 C pour contrôle éventuel Un diagnostic d'infection impose habituellement deux prélèvements successifs, l'un à la phase aiguë de l'infection, l'autre à la phase de convalescence. La multiplicité des sérotypes d'adénovirus rend l'interprétation des résultats difficiles. En matière d'adénovirose, le diagnostic direct doit toujours être préféré au sérodiagnostic. Chez le jeune enfant, le sérodiagnostic par fixation du complément (NABM 1701) manque souvent de sensibilité. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité Délai de transmission compatible avec une décantation du sérum sous 24 à 48 heures. Conserver les échantillons à +4 C dans l'attente du transport.

46 SERODIAGNOSTIC DES ARBOVIROSES Codes NABM 1706, 3706, 1707, 3707, 1708, 3708, 1709 Contexte pathologique de la demande Notion de séjour en zone d'endémie dans le mois que précède (préciser le ou les pays) Contexte épidémique Notion de vaccination (fièvre jaune, encéphalite japonaise, encéphalite à tiques) Sang veineux Liquide céphalo-rachidien toujours associé à un prélèvement sanguin : 1ml sur tube sec stérile Prévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaires et la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20 C) s potentiellement dangereux Un diagnostic d'infection repose habituellement, quand cela est techniquement possible, sur la recherche d'anticorps de classe IgM (NABM 3707) et l'envoi d'un prélèvement tardif (phase de convalescence : NABM 3707 et 3708). Un diagnostic d'immunité naturelle ou post-vaccinale nécessite un seul prélèvement (NABM 1706, 1708 et 1709). La sérologie est l'approche la plus utilisée en routine pour le diagnostic d'arbovirose ; ces sérologies sont réservées à des laboratoires de référence ou spécialisés. Le virus de l'encéphalite à tiques (TBEV) circule à l'est de la France et le virus West Nile (WNV) circule dans le sud de la France ; les autres arbovirus ne circulent pas en France métropolitaine. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité de sang : délai de transmission compatible avec une décantation du sérum sous 24 à 48 heures. de LCR : temps de transport le plus rapide possible. Conserver les échantillons à +4 C dans l'attente du transport.

47 SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A ARENAVIRUS Codes NABM 1710, 1711 et 1712 Contexte pathologique de la demande Notion de séjour en zone d'endémie dans le mois qui précède (préciser le ou les pays) : Afrique pour les virus du complexe Lassa, Amérique pour les virus du complexe Tacaribe. Contact avec des rongeurs NB : en Europe, seul circule le virus de la chorioméningite lymphocytaire Sang veineux Prévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaires et la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20 C) s potentiellement dangereux ; Un diagnostic d'infection impose d'effectuer deux sérologies, l'une précoce, l'autre tardive, environ 3 semaines plus tard. Ces sérologies sont réservées à des laboratoires de référence. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité Délai de transmission compatible avec une décantation du sérum sous 24 à 48 heures. Conserver les échantillons à +4 C dans l'attente du transport.

48 SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION PAR LE PARVOVIRUS B19 Codes NABM 1762, 1763, 1764, 1765 Contexte pathologique de la demande : - diagnostic d'infection aiguë - diagnostic d'infection fœtale - détermination du statut immunitaire Immunodépression Notion de grossesse Notion d'anémie hémolytique constitutionnelle Contexte épidémique / Sang veineux Liquide amniotique : volume de 2 à 5ml sur tube sec Prévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaires et la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20 C) Le diagnostic d'infection aiguë à Parvovirus B19 repose sur la mise en évidence d'anticorps spécifiques de classe IgM (NABM 1762, 1763) ou d'une variation significative du taux des anticorps sur 2 prélèvements distants de jours. La détermination du statut immunitaire nécessite un second prélèvement (NABM 1764, 1765). Dans le cadre du diagnostic anténatal (sous la responsabilité d'un biologiste agréé), la recherche d'anticorps de classe IgM peut être effectuée dans le sérum maternel et dans le liquide amniotique (en complément de la détection du génome viral par amplification génique - NABM 4070). Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité Délai de transmission compatible avec une décantation du sérum sous 24 à 48 heures. Conserver les échantillons à +4 C dans l'attente du transport.

49 SERODIAGNOSTIC DE L'INFECTION A CYTOMEGALOVIRUS Codes NABM 1713, 3713, 1714, 3714, 1785, 1786, 3779 Contexte pathologique de la demande : - suspicion d'infection chez l'immunocompétent - femme enceinte (préciser l'âge de la grossesse) - donneur de sang, d'organes, de tissus ou de cellules - sujet immunodéprimé (receveur d'allogreffe, infection HIV ) / Sang veineux Prévoir une quantité suffisante pour les contrôles, les éventuelles analyses complémentaires et la sérothèque (conservation au moins un an à une température < -20 C) Un diagnostic d'infection impose la recherche d'anticoprs spécifiques de classe IgM (NABM 1713 et 1714) ou la réalisation de deux prélèvements successifs, l'un à la phase aiguë de l'infection, l'autre à la phase de convalescence. La distinction entre une primo-infection et une réactivation est souvent difficile ; pour ce faire, il est possible de s'aider de la mesure de l'indice d'avidité des IgG. Un diagnostic d'immunité ancienne (NABM 1785, 1786 et 3779) repose sur une seule détermination sérologique. L'infection chez le sujet immunocompétent repose sur la détection d'anticorps spécifiques de classe IgM (NABM 1713 et 1714) et sur la répétition du prélèvement 2 à 3 semaines plus tard (NABM 3713 et 3714). L'infection maternelle au cours de la grossesse repose sur la détection d'igm ; la distinction entre primo-infection et réactivation peut nécessiter le recours à la mesure de l'indice d'avidité des IgG. La détermination du statut immunitaire chez le donneur ou le receveur du matériel biologique repose sur la détection d'anticorps spécifiques de classe IgG (NABM 1785, 1786 et 3779). Dans les autres cas (infection chez l'immunodéprimé, infection fœtale, infection du nouveauné notamment), la sérologie a peu d'intérêt et doit être reléguée au second plan par rapport à la recherche directe du virus. Selon les procédures légales nationales et internationales permettant d'assurer la sécurité Délai de transmission compatible avec une décantation du sérum sous 24 à 48 heures. Conserver les échantillons à +4 C dans l'attente du transport.

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