COURS DE MYCOLOGIE MEDICALE ETUDIANTS EN L1

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1 COURS DE MYCOLOGIE MEDICALE ETUDIANTS EN L1 Titre : DEFINITION, ORIGINE ET POSITION SYSTEMATIQUE DES CHAMPIGNONS UE : MIC Cible : Etudiants du niveau L1 des filières Médicale/Pharmaceutique/Dentaire Présentation : ce cours définit la mycologie, situe la place des champignons dans le monde des vivants, les principales caractéristiques des grandes divisions de la classification des champignons, les grands mécanismes de la multiplication asexuée et de la reproduction sexuée des champignons. À la fin du cours, l étudiant doit être capable de : 1. Définir la mycologie 2. Expliquer l évolution de la taxonomie et la place des champignons dans le monde des vivants 3. Donner les caractéristiques générales des divisions des champignons Définition de la mycologie Le monde vivant Origine des champignons Caractères distinctifs du règne des champignons Classification des champignons La mycologie médicale est une discipline profondément bioclinique. Il occupe une place importante au sein des disciplines biologiques et étudie les champignons microscopiques et les pathologies communément appelées mycoses dues à ces derniers. Les champignons sont avant tout des organismes telluriques qui coévoluent étroitement avec les végétaux. Si aujourd hui on admet que les champignons constituent un règne individualisé au sein du monde vivant, il n en a pas toujours été ainsi. Leurs morphologies (thalle, spore), leur comportement (absence de motilité) et leur nutrition qui semble se faire par «des racines» les ont longtemps assimilé au règne végétal. En 1968 Wittaker proposa une vision globale du monde vivant en individualisant nettement le règne des champignons au sein d un système taxinomique à 5 règnes. 1. Chabasse D. Origine et interrelations des champignons avec le vivant. Evolution durant les temps géologiques. J Mycol. Med 1998, 8 : Evans Egv, Richardson MD eds Medical mycology : a practical approach. IRL Press, ed., Oxford: 1989, Fran Fisher & Norman B. Cook. Fondamentals of diagnostic Mycology, Saunders, Philadelphia USA 352pp 4. Hoog de et al (2000) Atlas of Medically important fungi 5. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992) Medical Mycology, - Lea & Febiger 6. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier 1

2 2 Titre : ORGANISATION CELLULAIRE ET MORPHOLOGIES DES CHAMPIGNONS UE : MIC 114 Cible : Etudiants du niveau L1 des filières Médicale/Pharmaceutique/Dentaire Présentation : Cette leçon aborde l organisation générale des champignons, les caractéristiques morphologiques, cytologiques et biochimiques. À la fin du cours, l étudiant doit : 1. Connaître la grande variété de structure de champignons 2. Connaître les principales caractéristiques morphologiques des micromycètes 3. Connaître les différentes spores sexuées et asexuées Les levures Caractères distinctifs (Bourgeonnement, capsule polysaccharidique, filamentation) Les champignons filamenteux Croissance végétative des hyphes Différenciation des hyphes Les champignons dimorphiques Définitions Exemples des champignons dimorphiques Différenciation des hyphes Les champignons n ont pas une organisation cellulaire typique que l on observe habituellement chez les autres plantes ou chez les animaux. L organisation cellulaire est le thalle qui constitue l appareil végétatif. Les thalles unicellulaires sont appelés levures ou blastospores. La grande majorité des champignons se présent sous forme filamenteuse caractérisée par une structure tubulaire, ramifiée, et plurinucléé. Les hyphes peuvent présenter des modifications simples de forme et de fonction ou subir des transformations plus élaborées résultant de l agrégation des hyphes et réalisant des structures dites multihyphales Bibliographie: 1. Rippon JW ed. Medical Mycology. The pathogenic fungi and pathogenic actinomycètes WB Sunders company, ed., Philadelphia: 1988, 2 nd ed., 468p 2. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992) Medical Mycology, - Lea & Febiger 3. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier 4. P. Boiron. Organisation et biologie des champignons. Collection 128, Nathan,

3 Titre : NUTRITION ET PHYSIOLOGIE DES CHAMPIGNONS 3 UE : MIC 114 Cible : Etudiants du niveau L1 des filières Médicale/Pharmaceutique/Dentaire Présentation : cette leçon porte sur la physiologie, la nutrition et les modes de reproduction des champignons. À la fin du cours, l étudiant doit être capable de : 1. Connaître les modes de vies des champignons 2. Définir le hétérotrophisme 3. Définir la reproduction sexuelle et asexuelle 4. Définir la caryogamie, et la plasmogamie Nutrition chez les champignons (hétérotrophisme) Reproductions fongiques Sexuel Asexuel Les champignons sont capables de produire l énergie à partir de la dégradation de composés organiques (hétérotrophisme). Ils se nourrissent par absorption d éléments nutritifs puisés dans le substrat. Ils synthétisent à partir d éléments simples comme les oses, les substances complexes nécessaires à leurs développement et reproduction. La reproduction peut se faire par simple bouturage. Dans ce cas, une nouvelle colonie est reconstituée par simple transfert d un fragment d hyphe sur un nouveau milieu. Cependant la reproduction est plus efficace par le biais de la reproduction asexuée ou sexuée. 1. Rippon JW ed. Medical Mycology. The pathogenic fungi and pathogenic actinomycètes WB Sunders company, ed., Philadelphia: 1988, 2 nd ed., 468p 2. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992) Medical Mycology, - Lea & Febiger 3. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier 3

4 Titre : CROISSANCE ET DEVELOPPEMENT VEGETATIF DES CHAMPIGNONS 4 UE : MIC 114 Cible : Etudiants du niveau L1 des filières Médicale/Pharmaceutique/Dentaire Présentation : suite à la mode de nutrition et la physiologie des champignons, cette leçon développe les facteurs de croissance fongique. À la fin du cours, l étudiant doit être capable de : 1. Connaître les facteurs de croissance fongique 2. Acquérir les notions sur la culture d un champignon au laboratoire Facteurs nutritionnels Macro nutriment Micro nutriment Facteurs physiques Résumé: Les champignons ont une remarquable capacité à coloniser et exploiter une grande variété de substrats. Ils exigent des facteurs physiques et chimiques pour une croissance optimale. On distingue deux catégories de Facteurs nutritionnels : les Macro nutriments (oxygène, carbone, azote, soufre phosphore, magnésium, potassium, etc.) exigés en concentration relativement élevé, et les micro nutriments (fer, cuivre, manganèse, zinc, molybdium) nécessaires en concentration plus faible. Les facteurs physiques (température et lumière ). 1. Rippon JW ed. Medical Mycology. The pathogenic fungi and pathogenic actinomycetes WB Sunders company, ed., Philadelphia: 1988, 2 nd ed., 468p 2. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992) Medical Mycology, - Lea & Febiger 3. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier 4

5 5 Titre : L ECO-EPIDEMIOLOGIE ET RAPPORT DES CHAMPIGNONS MICROSCOPIQUE AVEC L HOMME UE : MIC 114 Cible : Etudiants du niveau L1 des filières Médicale/Pharmaceutique/Dentaire Présentation : suite à la mode de nutrition et la physiologie des champignons, cette leçon développe les facteurs de croissance fongique. À la fin du cours, l étudiant doit : 1. Connaître l habitat et la distribution géographiques de champignons 2. Acquérir les notions de saprophytismes, commensalisme et parasitisme fongique Habitat des champignons Distribution géographique des champignons (les champignons cosmopolites et endémiques) Champignons d origine endogène et d origine exogène Saprophytisme fongique, Commensalisme fongique Parasitisme fongique Symbiose L habitat de nombreux champignons est dans la nature, l air, l eau et le sol. En dehors des dermatophytes anthropophiles, les champignons pathogènes ne vivent pas normalement en parasites, mais en saprophytes, soit dans l organisme hôte (endogènes), soit dans le milieu extérieur, (champignons exogènes) et vivent dans les conditions naturelles de vie saprophytique en dehors de l homme et des animaux. Des champignons exogènes, occasionnels, opportunistes ou facultatifs; ces champignons de virulences variées ne se développent dans l organisme hôte qu en présence de facteurs prédisposants (Cryptoccocus neoformans ), 1. Rippon JW ed. Medical Mycology. The pathogenic fungi and pathogenic actinomycetes WB Sunders company, ed., Philadelphia: 1988, 2 nd ed., 468p 2. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992) Medical Mycology, - Lea & Febiger 3. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier 5

6 6 Titre : MODES DE TRANSMISSION DES CHAMPIGNONS UE : MIC Parasitologie/Mycologie, Cible : Etudiants du niveau L1 des filières Médicale/Pharmaceutique/Dentaire Présentation : Cette leçon développe l épidémiologie et les modes de transmission des champignons. À la fin du cours, l étudiant doit être capable de : 1. Acquérir les notions sur les différents modes de dissémination des champignons 2. Acquérir les notions sur les différents modes de contamination des champignons Différents modes de contamination et de dissémination des champignons Définir les champignons géophile, zoophile et anthropophile Les champignons endogènes (C. albicans) sont acquis dès la naissance. Les champignons exogènes, sont généralement véhiculés par l air et/ou la poussière. On s infecte d un champignon en lui donnant l occasion d une manière ou d une autre d entrer dans son hôte. La porte d entrée est soit pulmonaire par inhalation des spores des champignons qui vivent dans le sol, soit cutanée par léger traumatisme de la peau par une épine souillée. Il n est pas exclu que les muqueuses et notamment la muqueuse digestive puisse être une autre voie. A l exception des dermatophyties et de la candidose génitale, les mycoses ne peuvent être considérées comme des maladies contagieuses. La transmission des teignes d une personne à une autre se fait soit par contact direct soit indirectement à travers les objets souillés (objets de toilette, vêtements, chaussures, plancher des piscines, plages). La candidose génitale est parfois l objet d une infection conjugale; la contamination du nouveau né lors du passage vaginal ou in utéro est un fait établi. 1. Rippon JW ed. Medical Mycology. The pathogenic fungi and pathogenic actinomycetes WB Sunders company, ed., Philadelphia: 1988, 2 nd ed., 468p 2. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992) Medical Mycology, - Lea & Febiger 3. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier 6

7 Titre : VIRULENCE FONGIQUE ET FACTEURS DE DEFENSE DE L HOTE 7 UE : MIC 114 Cible : Etudiants du niveau L1 des filières Médicale/Pharmaceutique/Dentaire Présentation : cette leçon explique les facteurs de virulence fongique et les facteurs de défense de l hôte face à une agression fongique. À la fin du cours, l étudiant doit être capable de : 1. Connaître l équilibre hôte/champignon 2. Connaître les facteurs potentiels de virulence fongique 3. Connaître les lignes de défense de l organisme humain Facteurs de virulences fongiques Facteurs de défenses de l hôte. L homme est exposé à une multitude des champignons dont beaucoup sont pathogènes potentiels. La survenue de l infection dépend d une part de la virulence de l agent causal et d autre part de la capacité de l hôte à luter contre l agression. Les facteurs potentiels de virulence fongiques sont liés à des mécanismes variés : adhérence cellulaire, production d exotoxines, des pigments ou enzymes. Les principaux moyens de défense contre une infection fongique est la barrière cutanéo-muqueuse, l immunité cellulaire assurée par les macrophages, les polynucléaires et surtout lymphocytes T. Ces cellules interviennent pour certaines par le biais de mécanismes cytotoxiques et d activation des macrophages, et pour d autres par leur capacité grâce à des phénomènes oxydatifs ou non oxydatifs à tuer les champignons. L importance de cette réponse est fonction de l organisme pathogène en cause.. Bibliographie: 1. Rippon JW ed. Medical Mycology. The pathogenic fungi and pathogenic actinomycetes WB Sunders company, ed., Philadelphia: 1988, 2 nd ed., 468p 2. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992) Medical Mycology, - Lea & Febiger 3. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier 7

8 Titre : LES FACTEURS FAVORISANTS LES MYCOSES UE : MIC Cible : Etudiants du niveau L1 des filières Médicale/Pharmaceutique/Dentaire Présentation : suite à l explique les facteurs de virulence fongique et facteurs de défense de l hôte face a un agression fongique, cette leçon développe les facteurs favorisants les mycoses. À la fin du cours, l étudiant doit : Connaître les facteurs favorisants les mycoses Les principaux facteurs favorisants des mycoses : Etat général ; Age et sexe ; Déséquilibres hormonaux ; Facteurs locaux Facteurs médicamenteux Les mycoses sont des infections provoquées par des champignons microscopiques. Elles sont superficielles, sous-cutanées ou profondes et surviennent à la faveur de facteurs prédisposant : Age et sexe ; Etat général ; Déséquilibres hormonaux ; Facteurs locaux et médicamenteux. 1. Rippon JW ed. Medical Mycology. The pathogenic fungi and pathogenic actinomycetes WB Sunders company, ed., Philadelphia: 1988, 2 nd ed., 468p 2. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992) Medical Mycology, - Lea & Febiger 3. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier COURS DE MYCOLOGIE MEDICALE ETUDIANTS EN L2 Titre : généralités et classification des mycoses UE : MIC 214 Cible : Etudiants du niveau L2 des filières Médicale/Pharmaceutique/ Dentaire Présentation : à la suite de l année précédente cette leçon donne les généralités sur les mycoses et prépare l apprenant aux leçons suivantes. 8

9 À la fin du cours, l étudiant doit : 1. Acquérir les notions fondamentales de la nomenclature de mycoses 2. Connaître la classification clinique des mycoses 3. Acquérir les notions fondamentales de la démarche diagnostique générale des mycoses 9 Généralités sur les mycoses Nomenclature des mycoses Classification clinique Démarche générale du diagnostique des mycoses Résumé Il n existe pas de règles générales unanimement reconnues concernant la nomenclature des mycoses. Dans la plupart des cas, le nom de l infection mycosique est formé à partir du nom générique du champignon en cause, en lui ajoutant les suffixes «ose» : (aspergillose, candidose, cryptoccocose, etc). D autres manières de designer les mycoses peuvent être utilisées. La classification clinique des mycoses tient aux tissus atteints : on compte les mycoses superficielles qui atteignent primitivement les couches superficielles de la peau, les muqueuses et les phanères, les mycoses sous-cutanées et les mycoses profondes. Le diagnostic des mycoses repose sur la confrontation des examens clinique, épidémiologique et biologique, et des examens complémentaires. 1. Chandler, F.W., Kaplan, W. Ajello, L. (1980). A Colour Atlas and Textbook of the Histopathology of Mycotic diseases. Wolfe Medical Publications Ltd Wolfe House, London. 333pp. 2. Hoog de et al (2000) Atlas of Medically important fungi 3. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992 ) Medical Mycology, - Lea & Febiger 4. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier Titre : mycoses superficielles 1 UE : MIC 214 Cible : Etudiants du niveau L2 des filières Médicale/Pharmaceutique/ Dentaire Présentation: À la suite de la leçon précédente sur les généralités sur les mycoses cette leçon aborde les mycoses superficielles et plus particulièrement les mycoses de la peau et des phanères. À la fin du cours, l étudiant doit: 1. Connaître les caractéristiques cliniques de ces mycoses 2. Connaître les éléments des orientations épidémiologique et clinique 3. Connaître les agents étiologiques et les pathogènes potentiels Les infections de certains sites cutanés spécifiques (Dermatophytoses, candidoses, Pityriasis versicolor etc.) Epidémiologie Etiologies 9

10 Diagnostic 10 Les champignons ne parasitent pas le revêtement cutané au hasard et ne colonisent pas indifféremment la peau, quel que soit le site corporel. Chacun a ses habitudes et ses tropismes préférentiels. Les infections de certains sites cutanés sont spécifiques de certains champignons, chacune de mycoses ayant des aspects cliniques évocateurs. Par exemple dans les atteintes des grands plis cutanés et surtout du plis inguinocrural, les dermatophytes et levures se partagent la responsabilité; Les mycoses des pieds (espaces inter orteils) sont surtout dues aux dermatophytes alors que les atteintes des mains (espaces interdigitaux) sont principalement dues à Candida albicans. 1. Chandler, F.W., Kaplan, W. Ajello, L. (1980). A Colour Atlas and Textbook of the Histopathology of Mycotic diseases. Wolfe Medical Publications Ltd Wolfe House, London. 333pp. 2. Hoog de et al (2000) Atlas of Medically important fungi 3. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992 ) Medical Mycology, - Lea & Febiger 4. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier Titre : mycoses superficielles 2 UE : MIC 214 Cible : Etudiants du niveau L2 des filières Médicale/Pharmaceutique/ Dentaire Présentation : À la suite de la leçon précédente sur les mycoses de la peau et des phanères, cette leçon aborde les mycoses superficielles du cuir chevelu et d autres régions pilaires. À la fin du cours, l étudiant doit: 1. Connaître les caractéristiques cliniques de ces mycoses 2. Connaître les éléments des orientations épidémiologique et clinique 3. Connaître les agents étiologiques et les pathogènes potentiels Les infections de certains sites cutanés spécifiques (Dermatophytoses, candidoses etc.) Epidémiologie Etiologies Diagnostic Résumé Une vingtaine d espèces de champignons infectent le cuir chevelu, les cheveux ou les follicules pilaires. D une façon générale, une observation attentive des lésions sur le cuir chevelu ou les zones pileuses permet d orienter assez précisément le diagnostic : par exemple les dermatophytes sont les seuls agents infectieux capables de réaliser les grandes plaques d alopécie peu nombreuses ou de très nombreuses petites plaques. 10

11 11 1. Chandler, F.W., Kaplan, W. Ajello, L. (1980). A Colour Atlas and Textbook of the Histopathology of Mycotic diseases. Wolfe Medical Publications Ltd Wolfe House, London. 333pp. 2. Hoog de et al (2000) Atlas of Medically important fungi 3. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992 ) Medical Mycology, - Lea & Febiger 4. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier Modalité de l évaluation: QCM/QROC Titre : diagnostic des mycoses superficielles UE : MIC 214 Cible : Etudiants du niveau L2 des filières Médicale/Pharmaceutique/ Dentaire Présentation : À la suite de la leçon précédente sur les mycoses superficielles 2, cette leçon aborde le diagnostic des mycoses superficielles. À la fin du cours, l étudiant doit: 1. Connaître les techniques de base de diagnostic d une mycose 1. Connaître la démarche diagnostique des différentes mycoses superficielles. 2. Interpréter et valider les résultats d un diagnostic Conduite générale de l examen Milieux de culture et réactifs Différents types de prélèvements biologiques superficiels Méthodes d examens microscopiques direct et interprétation Culture du produit pathologique Identification de l agent étiologique Diagnostic différentiel des agents autres que fongique Interprétation et validation des résultats Résumé Le diagnostic d une mycose implique, comme pour toute autre infection microbienne, la combinaison des données cliniques, épidémiologiques et la mise en œuvre des méthodes de laboratoire. Que les manifestations cliniques soient évocatrices ou non, authentifier une mycose nécessite, à l exception de très rares situations, la mise en œuvre d examens de laboratoire dont le but est d aider à choisir la thérapeutique la mieux adaptée. La valeur des examens de laboratoire est essentiellement conditionnée par deux types de facteurs : obtention de prélèvements biologiques appropriés et la sélection des tests mis en œuvre. Les étapes du diagnostic biologique d une mycose comporte le prélèvement biologique superficiel, les examens microscopiques directs, la culture du produit pathologique et l identification du germe isolé. L interprétation est aisée en présence d une croissance et délicate en absence de culture. 11

12 12 1. Chandler, F.W., Kaplan, W. Ajello, L. (1980). A Colour Atlas and Textbook of the Histopathology of Mycotic diseases. Wolfe Medical Publications Ltd Wolfe House, London. 333pp. 2. Hoog de et al (2000) Atlas of Medically important fungi 3. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992 ) Medical Mycology, - Lea & Febiger 4. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier Titre : mycoses profondes UE : MIC 214 Cible : Etudiants du niveau L2 des filières Médicale/Pharmaceutique/ Dentaire Présentation : À la suite de la leçon précédente sur les mycoses superficielles 2, cette leçon aborde les mycoses profondes. À la fin du cours, l étudiant doit : 1. Définir une mycose profonde ou systémique 2. Acquérir les notions des mycoses systémiques 3. Connaître l aspect morphologique des différents agents fongiques susceptibles d être rencontrés dans les prélèvements profonds Rappel sur les divers facteurs de risque Différentes mycoses et les agents responsables Mycoses profondes cosmopolites (candidoses profondes, cryptoccocoses, aspergilloses) Mycoses profondes tropicales (histoplasmoses, pneumocystose, coccioïdomycose, paracoccioïdomycose, blastomycose ) Les mycoses profondes occupent une place de plus en plus importante dans la pathologie infectieuse. Quelque soit le terrain, (malade neutropenique, transplanté, sidéen ou en soins intensifs ), une mycose profonde présente toujours un caractère de haute gravité et le pronostic est le plus souvent très péjoratif. On distingue les mycoses profondes cosmopolites et les mycoses profondes tropicales. 1. Hoog de et al (2000) Atlas of Medically important fungi 2. Chandler, F.W., Kaplan, W. Ajello, L. (1980). A Colour Atlas and Textbook of the Histopathology of Mycotic diseases. Wolfe Medical Publications Ltd Wolfe House, London. 333pp. 3. KOENIG H. Guide de Mycologie Médicale. Edition ELLIPSE. Paris KWON-CHUNG K. J., BENNET J. E. Medical Mycology. Lea et Febiger, Editeurs, Londres, 1992, 866 p. 5. MARIAT F., ADAM CAMPOS C. La technique du carré de tapis, méthode simple de prélèvement dans les mycoses superficielles. Ann. Inst. Pasteur, 1967, 113, SEGRETAIN G., DROUHET E., MARIAT F. Diagnostic de laboratoire en Mycologie Médicale, 4 ème éditon, Maloine Ed. Paris VANBREUSEGHEM R. Guide pratique de Mycologie Médicale et Vétérinaire. Masson Ed. Paris Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier 12

13 13 Titre : diagnostic des mycoses profondes UE : MIC 214 Cible : Etudiants du niveau L2 des filières Médicale/Pharmaceutique/ Dentaire Présentation : À la suite de la leçon précédente sur les mycoses profondes, cette leçon aborde le diagnostic des ces pathologies. À la fin du cours, l étudiant doit: 1. Connaître les moyens diagnostics des mycoses profondes 2. Connaître la démarche diagnostique des différentes mycoses profondes 3. Interpréter et valider les résultats d un diagnostic Diagnostic biologique des mycoses profondes Conduite générale de l examen Diagnostic mycologique Différents types de prélèvements biologiques profonds Méthodes d examens microscopiques direct et interprétation Culture du produit pathologique Identification de l agent étiologique Diagnostic serologique Diagnostic anatomopathologique Diagnostic moleculaire Interprétation et validation des résultats Résumé Le diagnostic d une mycose profonde implique, comme pour toute autre infection microbienne, la combinaison des données cliniques, épidémiologiques et la mise en œuvre des méthodes de laboratoire. Que les manifestations cliniques soient évocatrices ou non, authentifier une mycose nécessite, à l exception de très rares situations, la mise en œuvre d examens de laboratoire dont le but est d aider à choisir la thérapeutique la mieux adaptée. Ce diagnostic de certitude exige l obtention des prélèvements biologiques et leurs examens en vue de la recherche directe des agents fongiques ou de leurs composants (antigènes solubles). La valeur des examens de laboratoire est essentiellement conditionnée par deux types de facteurs : obtention de prélèvements biologiques appropriés et la sélection des tests mis en œuvre. Les étapes du diagnostic biologique d une mycose comporte le prélèvement biologique superficiel, les examens microscopiques directs, la culture du produit pathologique et l identification du germe isolé. L interprétation est aisée en présence d une croissance et délicate en absence de culture. 1. Chandler, F.W., Kaplan, W. Ajello, L. (1980). A Colour Atlas and Textbook of the Histopathology of Mycotic diseases. Wolfe Medical Publications Ltd Wolfe House, London. 333pp. 2. Hoog de et al (2000) Atlas of Medically important fungi 3. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992 ) Medical Mycology, - Lea & Febiger 4. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier Titre : mycoses sous-cutanées et diagnostic 13

14 UE : MIC Cible : Etudiants du niveau L2 des filières Médicale/Pharmaceutique/ Dentaire Présentation : cette leçon définit les mycoses sous-cuntanées aux plans épidémiologique, clinique, diagnostic biologique et préventif. 1. Définir les différentes mycoses sous- cutanées 2. Donner la répartition géographique de ces mycoses 3. Connaître l aspect morphologique des différents agents fongiques responsables 4. Donner les diagnostics clinique, biologique et para clinique des mycoses sous- cutanées 5. Indiquer les méthodes de prévention de ces pathologies Définitions Généralités sur les mycoses sous- cutanées Mycétome Zygomycoses Sporotrichose Chromomycose Autres mycoses sous-cutanées : Prévention Les mycoses sous- cutanées sont des pathologies prédominantes en zone tropicale. Elles ont en commun quelques aspects au plan clinique (mode de contamination; certains signes cliniques tel la localisation préférentielle au niveau des membres, une durée d évolution longue. Le diagnostic repose sur l examen direct, examens anatomo- pathologique et la culture. La culture est importante pour l identification de l espèce. Les moyens préventifs sont le port de vêtements épais recouvrant les membres, de gants de travail pour éviter les traumatismes au niveau des mains, et de chaussures adaptées aux travaux champêtres. 1. Hoog de et al (2000) Atlas of Medically important fungi 2. Chandler, F.W., Kaplan, W. Ajello, L. (1980). A Colour Atlas and Textbook of the Histopathology of Mycotic diseases. Wolfe Medical Publications Ltd Wolfe House, London. 333pp. 3. KWON-CHUNG K. J., BENNET J. E. Medical Mycology. Lea et Febiger, Editeurs, Londres, 1992, 866 p. 4. SEGRETAIN G., DROUHET E., MARIAT F. Diagnostic de laboratoire en Mycologie Médicale, 4 ème éditon, Maloine Ed. Paris Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Demarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier Titre : antifongiques et tests de sensibilité MIC 214 Cible : Etudiants du niveau L2 des filières Médicale/Pharmaceutique/ Dentaire Présentation : À la suite des leçons précédentes sur les différentes mycoses et leur diagnostic, cette leçon aborde les différents groupes d antifongiques, l intérêt et les tests de sensibilité des champignons et le contrôle post thérapeutique. 14

15 À la fin du cours, l étudiant doit: 1. Connaître les différents groupes d antifongiques et leur mode d action 2. Connaître les différents tests de sensibilité des champignons aux antifongiques 3. connaître les tests de contrôle post- thérapeutique. 15 Définitions Site d action des principaux antifongiques Tests de sensibilité aux antifongiques Tests de contrôle post-thérapeutique En pathologies infectieuses, le biologiste peut avoir un rôle de conseil dans le choix de médicament spécifique. Il doit aussi assurer le suivi biologique post-thérapeutique et si possible le contrôle de la guérison. Les antifongiques sont pour certains très spécifiques et pour d autres à large spectre d action. Aux doses thérapeutiques, ils sont fongistatiques d où la nécessité de prolonger le traitement jusqu'à la guérison biologique. Ils font l objet de nombreuses recherches ; en effet, la résistance confirmée de certains isolats aux antifongiques existants justifient l élargissement de la gamme des antifongiques et la mise en œuvre des tests de sensibilité aux antifongiques. 1. Hoog de et al (2000) Atlas of Medically important fungi 2. Chandler, F.W., Kaplan, W. Ajello, L. (1980). A Colour Atlas and Textbook of the Histopathology of Mycotic diseases. Wolfe Medical Publications Ltd Wolfe House, London. 333pp. 3. KOENIG H. Guide de Mycologie Médicale. Edition ELLIPSE. Paris KWON-CHUNG K. J., BENNET J. E. Medical Mycology. Lea et Febiger, Editeurs, Londres, 1992, 866 p. 5. MARIAT F., ADAM CAMPOS C. La technique du carré de tapis, méthode simple de prélèvement dans les mycoses superficielles. Ann. Inst. Pasteur, 1967, 113, SEGRETAIN G., DROUHET E., MARIAT F. Diagnostic de laboratoire en Mycologie Médicale, 4 ème éditon, Maloine Ed. Paris VANBREUSEGHEM R. Guide pratique de Mycologie Médicale et Vétérinaire. Masson Ed. Paris Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992 ) Medical Mycology, - Lea & Febiger 9. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier COURS DE MYCOLOGIE MEDICALE ETUDIANTS EN L3 Titre : mycoses digestives UE : Pr. J. LOHOUE/ Dr F. KECHIA, Département de Microbiologie, Hématologie et Pathologies Infectieuses Cible : Etudiants du niveau L3 des filières Médicale/Pharmaceutique/ Dentaire??? Présentation : ce cours définit les facteurs favorisant les mycoses digestives ; la clinique et le diagnostic biologique de ces pathologies. A la fin du cours, l étudiant doit : 1. Connaître les différents facteurs favorisants les mycoses digestives 2. Connaître la clinique des mycoses digestives 15

16 3. Connaître les méthodes de diagnostic de ces pathologies 4. Connaître les notions sur la prise en charge thérapeutique et prophylactique de ces maladies Définitions Généralités sur les mycoses digestives Facteurs favorisants des candidoses digestives Sémiologie des Mycoses digestives Muguet buccal, Oesophagite candidosique Candidose gastrique, Candidoses intestinales Candidose biliaire, Candidose ano-rectale Diagnostic des mycoses digestives Notion sur le traitement Aspects prophylactiques 16 Les candidoses digestives sont les manifestations pathologiques provoquées au niveau du tube digestif par les levures du genre Candida commensal du tube digestif. On peut schématiquement distinguer deux localisations: - la localisation buccale qui s étend éventuellement au pharynx, à l œsophage et à l estomac; - la localisation colique qui est plus rare et s accompagne parfois de manifestations ano-rectales. Ces pathologies surviennent toujours sous l influence des facteurs déclenchant et sont plus fréquentes chez les malades déprimés. Candida albicans, principal agent étant saprophyte du tube digestif, la clé du diagnostic repose sur un examen mycologique bien conduit et la validation biologique des résultats. Le succès thérapeutique de ces pathologies est conditionné par l administration d un antifongique de contact associé à la suppression, ou au moins à la réduction, des facteurs favorisants. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Démarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier 16

17 17 Titre : mycoses urogénitales UE : 214 Pr. J. LOHOUE/ Dr F. KECHIA, Département de Microbiologie, Hématologie et Pathologies Infectieuses Cible : Etudiants du niveau L3 des filières Médicale/Pharmaceutique/ Dentaire Présentation : ce cours définit les facteurs favorisant les mycoses uro-génitales ; la clinique et le diagnostic biologique de ces pathologies. 1. Connaître les facteurs favorisants 2. Connaître la sémiologie des différentes mycoses uro-génitales 3. Connaître Le diagnostic mycologique de ces pathologies 4. Connaître Le diagnostic différentiel 5. Connaître les notions sur la prise en charge thérapeutique et prophylactique de ces maladies Définitions Epidémiologie Cliniques Diagnostic biologique Diagnostic différentiel Notion sur le traitement Aspects prophylactiques Les mycoses génitales sont des vulvites ou balanites dues aux champignons infectant les organes génitaux. Généralement bénignes, elles apparaissent soit par une contamination externe (manque d hygiène, rapports sexuels, piscine ) soit par «auto contamination» suite à un dérèglement interne nuisant à l équilibre entre bactéries, champignons et autres micro-organismes du corps (greffés, sidéens, lors d une chimiothérapie ou d un traitement immunodépresseur ).Les symptômes étant caractéristiques, le diagnostic souvent établi dès le premier entretien peut être confirmé par un examen mycologique validé. Le traitement relativement court et local associé aux règles d hygiène (vestimentaire, corporelle, alimentaire et sexuelle) permet d éviter le risque de récidive. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Demarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier 17

18 Titre : mycoses du système nerveux UE : 214 Pr. J. LOHOUE/ Dr F. KECHIA, Département de Microbiologie, Hématologie et Pathologies Infectieuses Cible : Etudiants du niveau L3 des filières Médicale/Pharmaceutique/ Dentaire Présentation : ce cours définit les facteurs favorisant les mycoses du système nerveux ; la clinique et le diagnostic biologique de ces pathologies. 1. Connaître les facteurs favorisants 2. Connaître la sémiologie des différentes mycoses du système nerveux 3. Connaître le diagnostic mycologique de ces pathologies 4. Connaître le diagnostic différentiel 5. Connaître les notions sur la prise en charge thérapeutique et prophylactique de ces maladies Définitions Différentes mycoses Cryptococcose, Candidose Aspergillose, Autres infections Diagnostic biologique Diagnostic différentiel Notion sur le traitement Aspects prophylactiques L'utilisation au long cours d'agents cytotoxiques ou immunosuppresseurs, d'antibiotiques et de corticoïdes et l'épidémie du sida sont certainement responsables de l'augmentation de la fréquence des mycoses du système nerveux central. La sémiologie clinique de ces infections est peu spécifique et c'est davantage le terrain et l'atteinte d'autres organes qui orientent le diagnostic. Cryptococcus neoformans, Candida albicans et Aspergillus fumigatus restent les agents le plus fréquemment en cause. La cryptococcose survient presque exclusivement chez l'immunodéprimé et la présentation clinique est en règle uniquement neurologique. Les atteintes neuroméningées dues à Candida albicans surviennent au contraire presque toujours lors des candidoses systémiques. Les aspergilloses sont fréquentes après transplantation d'organes, et le risque est majeur lors des granulopénies prolongées. Le traitement repose sur les antifongiques systémiques dont l'amphotéricine B reste le chef de file. Bibliographie: 1. Kwon-Chung KJ, JE Bennett (1992 ) Medical Mycology, - Lea & Febiger 2. Renée Grillot (1996) Les mycoses humaines : Demarche diagnostique. Collection Option Bio. Elsevier 18 18