Laboratoire de Virologie

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1 Laboratoire de Virologie Secteurs d activité Localisation labo - lieux réceptions échantillons (n bâtiment GHPS) Horaires réception échantillons Du lundi au vendredi samedi Dimanche et jours fériés N téléphone Jour Cervi 1er étage (82) 8h à 18h15 Fermé Nuit (AES) Dimanche et jours fériés (AES) Gaston Cordier 1er étage (12) Bactériologie Pharmacie 2e étage (89) 18h30 à 8h 8H à 18h réception bip Bilan d'aes (Patient source) - Echantillon : Sang veineux - Délai de rendu : 4 H - Instructions : Ce bilan AES (Ag+Ac anti-vih 1&2, AgHBs, Ac anti-vhc) est réalisé aux heures d'ouverture du laboratoire. Il confirme le test rapide d'orientation diagnostique ac anti-vih et complète le bilan réalisé en garde. - Transport délai : le plus rapidement possible - Transport température : t. ambiante Biologie moléculaire des virus des hépatites; HCV Recherche de mutations de Résistance NS3 - Echantillon : Sang veineux - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 2 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 2 - Instructions : Prescriptible dans le cas d'une charge virale VHC connue positive. Cette recherche sera adaptée en fonction des traitements reçus et uniquement si ceux-ci sont précisés. Centrifugation des tubes dans les 24H, conserver 48H le plasma entre 2 et 8 C ou congeler le plasma au moins à -70 C. Envoi en glace ou carboglace. Centrifugation g pendant 20minutes à température ambiante.

2 Biologie moléculaire des virus des hépatites; Hépatite B Charge virale - Echantillon : - Délai de rendu : 6 J - Conditionnement : 2 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 2 - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Si délai d'acheminement >24 heures, le plasma est aliquoté et envoyé dans de la glace ou dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement à g pendant 20 minutes à température ambiante. - Transport délai : <24h - Transport température : t. ambiante Biologie moléculaire des virus des hépatites; Hépatite B Génotype - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 2 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 2 - Instructions : Prescriptible dans le cas d'une charge virale VHB positive. Si délai d'acheminement >24 heures, le plasma est aliquoté et envoyé dans de la glace ou dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement à g pendant 20 minutes à température ambiante. Biologie moléculaire des virus des hépatites; Hépatite C Charge virale - Echantillon : Sang veineux - Délai de rendu : 6 J - Conditionnement : 2 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 2 - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Centrifugation des tubes dans les 24H, conserver 48H le plasma entre 2 et 8 C ou congeler le plasma au moins à -70 C. Envoi en glace ou carboglace. Centrifugation g pendant 20minutes à température ambiante.

3 Biologie moléculaire des virus des hépatites; Hépatite C Génotype - Echantillon : Sang veineux - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 2 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 2 - Instructions : Prescriptible dans le cas d'une charge virale VHC connue positive. Centrifugation des tubes dans les 24H, conserver 48H le plasma entre 2 et 8 C ou congeler le plasma au moins à -70 C. Envoi en glace ou carboglace. Centrifugation g pendant 20minutes à température ambiante. Biologie moléculaire des virus des hépatites; Hépatite Delta Charge virale - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 2 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 2 - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Renseignements cliniques obligatoires justifiant la demande. Si délai d'acheminement >24 heures, le plasma est aliquoté et envoyé dans de la glace ou dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement à g pendant 20 minutes à température ambiante. Biologie moléculaire des virus des hépatites; Hépatite E Charge virale - Conditionnement : 2 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 2 - Instructions : Renseignements obligatoires justifiant la demande. Si délai d'acheminement >24 heures, le plasma est aliquoté et envoyé dans de la glace ou dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement à g pendant 20 minutes à température ambiante.

4 Biologie moléculaire des virus des hépatites; VHB Recherche de mutations de résistance Polymérase - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 2 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 2 - Instructions : Prescriptible dans le cas d'une charge virale VHB positive.cette recherche sera adaptée en fonction des traitements reçus et uniquement si ceux-ci sont précisés. Si délai d'acheminement >24 heures, le plasma est aliquoté et envoyé dans de la glace ou dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement à g pendant 20 minutes à température ambiante. - Transport délai : <24h - Transport température : t. ambiante Biologie moléculaire des virus des hépatites; VHC Recherche de mutations de Résistance NS5 - Echantillon : Sang veineux - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 2 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 2 - Instructions : Prescriptible dans le cas d'une charge virale VHC connue positive. Cette recherche sera adaptée en fonction des traitements reçus et uniquement si ceux-ci sont précisés. Centrifugation des tubes dans les 24H, conserver 48H le plasma entre 2 et 8 C ou congeler le plasma au moins à -70 C. Envoi en glace ou carboglace. Centrifugation g pendant 20minutes à température ambiante. Charge virale du VIH-1 - Echantillon : - Délai de rendu : 1 J - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 Information sur d'éventuel traitement. Si délai d'acheminement > 24 heures, le plasma (et le culot globulaire si besoin) est aliquoté et envoyé dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement g pendant 20 minutes à température ambiante.

5 Charge virale du VIH-1 - Echantillon : Liquide céphalo rachidien - Délai de rendu : 1 J Volume mini : 40gouttes - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Si délai d'acheminement> 24H, congeler à -20 C. Envoi dans de la carboglace. Charge virale Hépatite E - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 1 X Flacon polypropylène bouchon rouge vissé avec spatule 180ml (TP53020) - Volume mini : - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Dépistage moléculaire du VIH-1 chez le nouveau-né - Echantillon : Sang veineux - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet translucide anticoagulant EDTA -K3 vide 3ml BD (368857) - Volume mini : 1 - Instructions : Feuille de demande spécifique à compléter. Au delà de 24 heures, le plasma et le culot globulaire sont aliquotés, congelés et envoyés dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement à g pendant 20minutes à température ambiante. Dépistage rapide du VIH - Echantillon : - Délai de rendu : 1 H - Instructions : Mention obligatoire de l'aes Indication d'un poste de médecin a rappeler En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. - Transport délai : Le plus court - Transport température : t. ambiante

6 Génotype de résistance du VIH-1 - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 - Instructions : Les renseignements cliniques et l'historique thérapeutique sont obligatoires (feuille de demande spécifique). Si délai d'acheminement > 24 heures, le plasma (et le culot globulaire si besoin) est aliquoté et envoyé dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement g pendant 20 minutes à température ambiante. Génotype de résistance du VIH-1 - Echantillon : Liquide céphalo rachidien - Délai de rendu : 2 S Volume mini : 40gouttes - Instructions : Les renseignements cliniques et l'historique thérapeutique sont obligatoires (feuille de demande spécifique). Si délai d'acheminement> 24H, congeler à -20 C. Envoi dans de la carboglace. Génotype de résistance du VIH-1 - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 - Instructions : Les renseignements cliniques et l'historique thérapeutique sont obligatoires (feuille de demande spécifique). Si délai d'acheminement > 24 heures, le plasma et le culot globulaire sont aliquotés, congelés et envoyés dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement g pendant 20 minutes à température ambiante.

7 Génotype de résistance du VIH-1 - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 - Instructions : Les renseignements cliniques et l'historique thérapeutique sont obligatoires (feuille de demande spécifique). Si délai d'acheminement > 24 heures, le plasma et le culot globulaire sont aliquotés, congelés et envoyés dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement g pendant 20 minutes à température ambiante. Génotype de Résistance du VIH-1 - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 - Instructions : Les renseignements cliniques et l'historique thérapeutique sont obligatoires (feuille de demande spécifique). Si délai d'acheminement > 24 heures, le plasma (et le culot globulaire si besoin) est aliquoté et envoyé dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement g pendant 20 minutes à température ambiante. - Transport délai : <24h - Transport température : t. ambiante Génotype de résistance du VIH-1 - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 - Instructions : Les renseignements cliniques et l'historique thérapeutique sont obligatoires (feuille de demande spécifique). Si délai d'acheminement > 24 heures, le plasma (et le culot globulaire si besoin) est aliquoté et envoyé dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement g pendant 20 minutes à température ambiante.

8 Génotype de résistance du VIH-1 - Echantillon : Liquide céphalo rachidien - Délai de rendu : 2 S Volume mini : 40gouttes - Instructions : Les renseignements cliniques et l'historique thérapeutique sont obligatoires (feuille de demande spécifique). Si délai d'acheminement> 24H, congeler à -20 C. Envoi dans de la carboglace. Génotype de résistance du VIH-1 - Echantillon : Liquide céphalo rachidien - Délai de rendu : 2 S Volume mini : 40gouttes - Instructions : Les renseignements cliniques et l'historique thérapeutique sont obligatoires (feuille de demande spécifique). Si délai d'acheminement> 24H, congeler à -20 C. Envoi dans de la carboglace. - Transport délai : <24h - Transport température : t. ambiante Génotype de Résistance du VIH-1 Détermination du tropisme - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 - Instructions : Les renseignements cliniques et l'historique thérapeutique sont obligatoires (feuille de demande spécifique). Si délai d'acheminement > 24 heures, le plasma (et le culot globulaire si besoin) est aliquoté et envoyé dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement g pendant 20 minutes à température ambiante.

9 Génotype de Résistance du VIH-1 Détermination du tropisme - Echantillon : Liquide céphalo rachidien - Délai de rendu : 2 S Volume mini : 40gouttes - Instructions : Les renseignements cliniques et l'historique thérapeutique sont obligatoires (feuille de demande spécifique). Si délai d'acheminement> 24H, congeler à -20 C. Envoi dans de la carboglace. Génotype de résistance du VIH-1; Détermination du tropisme - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 - Instructions : Les renseignements cliniques et l'historique thérapeutique sont obligatoires (feuille de demande spécifique). Si délai d'acheminement > 24 heures, le plasma et le culot globulaire sont aliquotés, congelés et envoyés dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement g pendant 20 minutes à température ambiante. Recherche de génome viral par amplification génique (PCR) CMV Volume mini : 20gouttes Volume minimum accepté 10 gouttes (5 analyses max)

10 Recherche de génome viral par amplification génique (PCR) CMV Volume mini : 3 ml Un minimum de 10 gouttes est requis pour les prélèvements de vitré, ponction de chambre antérieure et humeur aqueuse. Recherche de génome viral par amplification génique (PCR) CMV - Conditionnement : 1 X V Monovette Z urine vide 4ml bouchon jaune ( ref sur boite) Sarstedt - Volume mini : 4 ml Urine fraichement émise sans lavage ni désinfection du méat. Recherche de génome viral par amplification génique (PCR) HSV - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1

11 Recherche directe des virus; Recherche de génome viral par amplication génique (PCR) Adénovirus - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 (PCR) - Conditionnement : 1 X Ecouvillon stérile avec milieu de transport - Volume mini : Prélèvement cutanéo-muqueux avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport. Prélèvement de vésicule, il est capital d'intervenir avant toute application de topique. Si les lésions sont surinfectées les nettoyer délicatement avec un coton stérile imbibé de sérum physiologique. Si du liquide de vésicule parait possible à prélever, ponctionner le maximum de liquide à la seringue et le transférer dans le tube de milieu de transport en aspirant du milieu et en refoulant trois fois. Dans tous les cas, prélever aussi par écouvillonnage la périphérie du plancher de la lésion (zone active), si besoin après rupture du toit de la vésicule au vaccinostyle ou à l'aiguille. (PCR) Volume mini : Nature de prélèvement: Biopsie

12 (PCR) - Echantillon : Tout liquide de ponction - Délai de rendu : 2 J Volume mini : 3 ml (PCR) Volume mini : Nature de prélèvement: Biopsie (PCR) - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J Volume mini : Nature de prélèvement: Biopsie

13 (PCR) - Echantillon : Tout liquide de ponction - Délai de rendu : 2 J Volume mini : 3 ml (PCR) Adénovirus - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J Volume mini : Nature de prélèvement: Biopsie (PCR) Adénovirus - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J - Conditionnement : 1 X Flacon polypropylène bouchon rouge vissé avec spatule 180ml (TP53020) - Volume mini :

14 (PCR) Adénovirus - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J - Conditionnement : 1 X V Monovette Z urine vide 4ml bouchon jaune ( ref sur boite) Sarstedt - Volume mini : 4 ml Urine fraichement émise sans lavage ni désinfection du méat. (PCR) Adénovirus - Echantillon : Liquide amniotique - Délai de rendu : 3 J - Conditionnement : 1 X Flacon bouchon rouge vissé polypropylène 40ml stérile (FP40VPS) - Volume mini : 5mL Joindre à la feuille de demande, le compte rendu de l'amniocentèse et le consentement de la patiente. (PCR) Adénovirus - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J - Conditionnement : 1 X Ecouvillon stérile avec milieu de transport - Volume mini : Prélèvement cutanéo-muqueux avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport. Prélèvement de vésicule, il est capital d'intervenir avant toute application de topique. Si les lésions sont surinfectées les nettoyer délicatement avec un coton stérile imbibé de sérum physiologique. Si du liquide de vésicule parait possible à prélever, ponctionner le maximum de liquide à la seringue et le transférer dans le tube de milieu de transport en aspirant du milieu et en refoulant trois fois. Dans tous les cas, prélever aussi par écouvillonnage la périphérie du plancher de la lésion (zone active), si besoin après rupture du toit de la vésicule au vaccinostyle ou à l'aiguille.

15 (PCR) Adénovirus - Echantillon : Tout liquide de ponction - Délai de rendu : 3 J Volume mini : 3 ml (PCR) Adénovirus dans prélèvement respiratoire - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J - Conditionnement : 1 X - Volume mini : 1mL - Instructions : Renseignements cliniques justifiant la demande Aspiration naso-pharyngée, aspiration trachéale (Tube PET bouchon translucide sans additif vide 3 ml BD réf362725) Ecouvillon nasal (prélèvement sur système Virocult ou écouvillon exprimé dans un milieu de transport pour virus). (PCR) CMV - Conditionnement : 1 X - Volume mini : Prélèvement avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport.

16 (PCR) CMV - Echantillon : Liquide amniotique - Délai de rendu : 2 J - Conditionnement : 1 X Flacon bouchon rouge vissé polypropylène 40ml stérile (FP40VPS) - Volume mini : 5 ml Joindre à la feuille de demande, le compte rendu de l'amniocentèse et le consentement de la patiente. (PCR) CMV - Echantillon : Aspiration bronchique - Délai de rendu : 3 J Volume mini : 3mL - Instructions : Renseignements cliniques justifiant la demande Autres natures de prélèvement: Liquide de lavage broncho-alvéolaire, brosse bronchique, prélèvement distal protégé. (PCR) CMV Volume mini : Nature de prélèvement: Biopsie

17 (PCR) CMV - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 (PCR) dans prélèvement respiratoire - Echantillon : Aspiration bronchique - Délai de rendu : 3 J Volume mini : 3mL - Instructions : Renseignements cliniques justifiant la demande Autres natures de prélèvement: Liquide de lavage broncho-alvéolaire, brosse bronchique, prélèvement distal protégé. (PCR) de l'hhv-6 - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser

18 (PCR) de l'hhv-8 - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser (PCR) du VZV - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 (PCR) EBV - Echantillon : Ecouvillonnage - Délai de rendu : 2 J - Conditionnement : 1 X Ecouvillon stérile avec milieu de transport - Volume mini : - Instructions : Analyse réalisée sur les écouvillons de gorge et de bouche. Renseignements cliniques justifiant la demande. Prélèvement de gorge et de bouche avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport.

19 (PCR) EBV Volume mini : 20gouttes Volume minimum accepté 10 gouttes (5 analyses max) (PCR) EBV - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 (PCR) HHV-6 - Echantillon : Aspiration bronchique - Délai de rendu : 1 S Volume mini : 5mL - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Liquide de lavage broncho-alvéolaire, brosse bronchique, prélèvement bronchique protégé, prélèvement distal protégé. Si delai> 12H, acheminement à +4 C

20 (PCR) HHV-6 Volume mini : - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Nature de prélèvement: Biopsie (PCR) HHV-6 - Conditionnement : 1 X Ecouvillon stérile avec milieu de transport - Volume mini : - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Prélèvement cutanéo-muqueux avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport. Prélèvement de vésicule, il est capital d'intervenir avant toute application de topique. Si les lésions sont surinfectées les nettoyer délicatement avec un coton stérile imbibé de sérum physiologique. Si du liquide de vésicule parait possible à prélever, ponctionner le maximum de liquide à la seringue et le transférer dans le tube de milieu de transport en aspirant du milieu et en refoulant trois fois. Dans tous les cas, prélever aussi par écouvillonnage la périphérie du plancher de la lésion (zone active), si besoin après rupture du toit de la vésicule au vaccinostyle ou à l'aiguille. (PCR) HHV-6 Volume mini : 20gouttes - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Volume minimum accepté 10 gouttes (5 analyses max)

21 (PCR) HHV-6 Volume mini : 3 ml - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Un minimum de 10 gouttes est requis pour les prélèvements de vitré, ponction de chambre antérieure et humeur aqueuse. (PCR) HHV-6 - Conditionnement : - Volume mini : - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Prélèvement avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport fourni par le laboratoire de Virologie. Après expression, le tube de milieu de transport est envoyé sans l'écouvillon. Si delai> 12H, acheminement à +4 C (PCR) HHV-8 - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S Volume mini : - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Nature de prélèvement: Biopsie

22 (PCR) HHV-8 - Echantillon : Aspiration bronchique - Délai de rendu : 2 S Volume mini : 5mL - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Liquide de lavage broncho-alvéolaire, brosse bronchique, prélèvement bronchique protégé, prélèvement distal protégé. Envoi à température ambiante (PCR) HHV-8 - Echantillon : Tout liquide de ponction - Délai de rendu : 2 S Volume mini : 5 ml - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Envoi à température ambiante. (PCR) HSV - Echantillon : Aspiration bronchique - Délai de rendu : 3 J Volume mini : 3mL Autres natures de prélèvement: Liquide de lavage broncho-alvéolaire, brosse bronchique, prélèvement distal protégé.

23 (PCR) HSV - Conditionnement : 1 X - Volume mini : Prélèvement avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport. (PCR) HSV - Conditionnement : 1 X - Volume mini : 1mL - Instructions : Renseignements cliniques justifiant la demande Aspiration naso-pharyngée, aspiration trachéale (Tube PET bouchon translucide sans additif vide 3 ml BD réf362725) Ecouvillon nasal (prélèvement sur système Virocult, ou écouvillon exprimé dans un milieu de transport pour virus)

24 (PCR) HSV - Conditionnement : 1 X Ecouvillon stérile avec milieu de transport - Volume mini : Prélèvement cutanéo-muqueux avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport. Prélèvement de vésicule, il est capital d'intervenir avant toute application de topique. Si les lésions sont surinfectées les nettoyer délicatement avec un coton stérile imbibé de sérum physiologique. Si du liquide de vésicule parait possible à prélever, ponctionner le maximum de liquide à la seringue et le transférer dans le tube de milieu de transport en aspirant du milieu et en refoulant trois fois. Dans tous les cas, prélever aussi par écouvillonnage la périphérie du plancher de la lésion (zone active), si besoin après rupture du toit de la vésicule au vaccinostyle ou à l'aiguille. (PCR) HSV Volume mini : 20gouttes Volume minimum accepté 10 gouttes (5 analyses max) (PCR) HSV Volume mini : 3 ml Un minimum de 10 gouttes est requis pour les prélèvements de vitré, ponction de chambre antérieure et humeur aqueuse.

25 (PCR) HSV Volume mini : Nature de prélèvement: Biopsie (PCR) Virus BK - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J - Conditionnement : 1 X V Monovette Z urine vide 4ml bouchon jaune ( ref sur boite) Sarstedt - Volume mini : 4 ml Urine fraichement émise sans lavage ni désinfection du méat. (PCR) Virus BK - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1

26 (PCR) Virus respiratoires - Conditionnement : - Volume mini : 1 ml - Instructions : Renseignements cliniques justifiant la demande Aspiration naso-pharyngée, aspiration trachéale, liquide de lavage broncho-alvéolaire, aspiration bronchique... (Tube PET bouchon translucide sans additif vide 3 ml BD réf362725) Ecouvillon nasal (prélèvement sur système Virocult) (PCR) VZV - Echantillon : Aspiration bronchique - Délai de rendu : 3 J Volume mini : 3mL - Instructions : Renseignements cliniques justifiant la demande Autres natures de prélèvement: Liquide de lavage broncho-alvéolaire, brosse bronchique, prélèvement distal protégé. (PCR) VZV - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J Volume mini : 3 ml Un minimum de 10 gouttes est requis pour les prélèvements de vitré, ponction de chambre antérieure et humeur aqueuse. - Transport délai : <24H - Transport température :

27 (PCR) VZV - Echantillon : Liquide amniotique - Délai de rendu : 3 J - Conditionnement : 1 X Flacon bouchon rouge vissé polypropylène 40ml stérile (FP40VPS) - Volume mini : 5mL Joindre à la feuille de demande, le compte rendu de l'amniocentèse et le consentement de la patiente. (PCR) VZV - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J Volume mini : Nature de prélèvement: Biopsie (PCR) VZV - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J Volume mini : 20gouttes Volume minimum accepté 10 gouttes (5 analyses max)

28 (PCR) VZV - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J - Conditionnement : 1 X - Volume mini : Prélèvement avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport. ADE - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J Volume mini : 20gouttes Volume minimum accepté 10 gouttes (5 analyses max) Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux CMV - Conditionnement : - Volume mini : - Instructions : Renseignements cliniques justifiant la demande Se reporter aux conditions de prélèvement pour la détection ou la quantification de l'adn du CMV.

29 Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux CMV Volume mini : Nature de prélèvement: Biopsie Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux CMV Volume mini : 20gouttes Volume minimum accepté 10 gouttes (5 analyses max) Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux CMV - Conditionnement : 1 X V Monovette Z urine vide 4ml bouchon jaune ( ref sur boite) Sarstedt - Volume mini : 4 ml Urine fraichement émise sans lavage ni désinfection du méat.

30 Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux CMV - Conditionnement : 1 X - Volume mini : Prélèvement avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport. Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux CMV - Conditionnement : 1 X Ecouvillon stérile avec milieu de transport - Volume mini : Prélèvement cutanéo-muqueux avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport. Prélèvement de vésicule, il est capital d'intervenir avant toute application de topique. Si les lésions sont surinfectées les nettoyer délicatement avec un coton stérile imbibé de sérum physiologique. Si du liquide de vésicule parait possible à prélever, ponctionner le maximum de liquide à la seringue et le transférer dans le tube de milieu de transport en aspirant du milieu et en refoulant trois fois. Dans tous les cas, prélever aussi par écouvillonnage la périphérie du plancher de la lésion (zone active), si besoin après rupture du toit de la vésicule au vaccinostyle ou à l'aiguille. Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux CMV Volume mini : 3 ml Un minimum de 10 gouttes est requis pour les prélèvements de vitré, ponction de chambre antérieure et humeur aqueuse.

31 Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux CMV - Echantillon : Liquide amniotique - Délai de rendu : 1 S - Conditionnement : 1 X Flacon bouchon rouge vissé polypropylène 40ml stérile (FP40VPS) - Volume mini : 5mL Joindre à la feuille de demande, le compte rendu de l'amniocentèse et le consentement de la patiente. Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux CMV - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux HSV - Conditionnement : 1 X Ecouvillon stérile avec milieu de transport - Volume mini : Prélèvement cutanéo-muqueux avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport. Prélèvement de vésicule, il est capital d'intervenir avant toute application de topique. Si les lésions sont surinfectées les nettoyer délicatement avec un coton stérile imbibé de sérum physiologique. Si du liquide de vésicule parait possible à prélever, ponctionner le maximum de liquide à la seringue et le transférer dans le tube de milieu de transport en aspirant du milieu et en refoulant trois fois. Dans tous les cas, prélever aussi par écouvillonnage la périphérie du plancher de la lésion (zone active), si besoin après rupture du toit de la vésicule au vaccinostyle ou à l'aiguille.

32 Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux HSV - Conditionnement : - Volume mini : - Instructions : Renseignements cliniques justifiant la demande Se reporter aux conditions de prélèvement pour la détection ou la quantification de l'adn de l'hsv. Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux HSV - Conditionnement : 1 X - Volume mini : Prélèvement avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport. Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux HSV - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1

33 Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux HSV Volume mini : 20gouttes Volume minimum accepté 10 gouttes (5 analyses max) Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux HSV Volume mini : 3 ml Un minimum de 10 gouttes est requis pour les prélèvements de vitré, ponction de chambre antérieure et humeur aqueuse. Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux HSV Volume mini : Nature de prélèvement: Biopsie

34 Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux VZV - Conditionnement : 1 X - Volume mini : Prélèvement avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport. Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux VZV Volume mini : 20gouttes Volume minimum accepté 10 gouttes (5 analyses max) Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux VZV - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1

35 Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux VZV - Conditionnement : - Volume mini : - Instructions : Renseignements cliniques justifiant la demande Se reporter aux conditions de prélèvement pour la détection ou la quantification de l'adn du VZV. Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux VZV Volume mini : Nature de prélèvement: Biopsie Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux VZV - Conditionnement : 1 X Ecouvillon stérile avec milieu de transport - Volume mini : Prélèvement cutanéo-muqueux avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport. Prélèvement de vésicule, il est capital d'intervenir avant toute application de topique. Si les lésions sont surinfectées les nettoyer délicatement avec un coton stérile imbibé de sérum physiologique. Si du liquide de vésicule parait possible à prélever, ponctionner le maximum de liquide à la seringue et le transférer dans le tube de milieu de transport en aspirant du milieu et en refoulant trois fois. Dans tous les cas, prélever aussi par écouvillonnage la périphérie du plancher de la lésion (zone active), si besoin après rupture du toit de la vésicule au vaccinostyle ou à l'aiguille.

36 Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux VZV - Echantillon : Liquide amniotique - Délai de rendu : 1 S - Conditionnement : 1 X Flacon bouchon rouge vissé polypropylène 40ml stérile (FP40VPS) - Volume mini : 5mL Joindre à la feuille de demande, le compte rendu de l'amniocentèse et le consentement de la patiente. Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux VZV - Echantillon : - Délai de rendu : 3 J - Conditionnement : 1 X Ecouvillon stérile avec milieu de transport - Volume mini : Prélèvement cutanéo-muqueux avec un écouvillon stérile qui doit être exprimé dans un tube de milieu de transport. Prélèvement de vésicule, il est capital d'intervenir avant toute application de topique. Si les lésions sont surinfectées les nettoyer délicatement avec un coton stérile imbibé de sérum physiologique. Si du liquide de vésicule parait possible à prélever, ponctionner le maximum de liquide à la seringue et le transférer dans le tube de milieu de transport en aspirant du milieu et en refoulant trois fois. Dans tous les cas, prélever aussi par écouvillonnage la périphérie du plancher de la lésion (zone active), si besoin après rupture du toit de la vésicule au vaccinostyle ou à l'aiguille.

37 Recherche directe des virus; Recherche de résistance génotypique des herpèsvirus aux antiviraux VZV Volume mini : 3 ml Un minimum de 10 gouttes est requis pour les prélèvements de vitré, ponction de chambre antérieure et humeur aqueuse. Sérologies virales ; Anticorps anti-vih1+2 - Instructions : Réalisable en urgence dans le cadre d'un AES. Renseignements cliniques justifiant la demande. Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. - Transport délai : le plus court possible pour les AES - Transport température : t. ambiante Sérologies virales Rubéole - Echantillon : Sang veineux - Délai de rendu : 4 J tubes - Instructions : Renseignements cliniques obligatoires justifiant la demande. Si le dosage est exécuté dans les 5 jours suivant le prélèvement, les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C. Dans le cas contraire, ils doivent être aliquotés et congelés à 20 C ou à des températures plus basses. centrifugation 15min à 1950g à 25 C.

38 Sérologies virales, Hépatite Virale C (VHC) - Echantillon : Sang veineux - Délai de rendu : 3 J - Instructions : Renseigner la feuille de demande (Bilan exploratoire, Hépatite aiguë ou chronique). Conservation entre 2 et 8 C jusqu'à 5 jours. Sérologies virales; Anticorps anti-htlv1+2 - Instructions : Renseignements cliniques obligatoires justifiant la demande. Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. Sérologies virales; Cytomégalovirus (CMV) IgG anti-cmv - Instructions : Renseignements cliniques obligatoires justifiant la demande. Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. Sérologies virales; Cytomégalovirus (CMV) Recherche d' IgM - Instructions : Renseignements cliniques évocateurs d'une infection aiguë l'adresse de rendu des résultats Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace.

39 Sérologies virales; Hépatite Virale A Bilan vaccination (Ac anti-vha) - Instructions : Les recherches d'igm anti-vha et d'igg anti-vha ne peuvent pas être prescrites sur le même bilan. Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. Sérologies virales; Hépatite virale B (Bilan vaccination) - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. Sérologies virales; Hépatite Virale B (VHB); Hépatite Chronique - Instructions : Marqueurs sérologiques en fonctions des antériorités Hépatites chronique évolutive depuis le? Traitement? Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace.

40 Sérologies virales; Hépatite Virale B; Bilan exploratoire (Ag HBs, Ac Anti-HBs, Ac anti-hbc) Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. Sérologies virales; Hépatite virale B; Hépatite aiguë ou fulminante - Echantillon : - Délai de rendu : 4 H - Instructions : Contexte d'hépatite aiguë. Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. - Transport délai : le plus rapidement possible - Transport température : t. ambiante Sérologies virales; Hépatite virale E (Hépatite aigue IgM anti-vhe) - Echantillon : Sang veineux - Délai de rendu : 1 J tubes - Instructions : Contexte d'hépatite aiguë. Conservation 5 jours entre 2-8 C - Transport délai : le plus rapidement possible - Transport température : t. ambiante

41 Sérologies virales; Hépatites Virales B et Delta - Instructions : Prescriptible dans le cas d'un antigène HBs positif connu. Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. Sérologies virales; Rubéole Bilan exploratoire (IgG anti-virus de la rubéole) - Echantillon : - Délai de rendu : 4 J - Instructions : Renseignements cliniques obligatoires justifiant la demande. Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. Sérologies virales; VIH Antigène P24 - Instructions : Justification de la demande obligatoire Urgence possible sur accord du Biologiste Justification de la demande obligatoire Urgence possible sur accord du Biologiste Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace.

42 Sérologies virales; Virus Epstein-Barr (EBV) IgG anti-vca et anti-ebna Analyse réalisée en urgence dans un contexte de mononucléose infectieuse. Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. Sérologies virales; Virus Epstein-Barr (EBV) recherche d' IgM Analyse réalisée en urgence dans un contexte de mononucléose infectieuse. Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. Sérologies virales; Virus herpes simplex 1/2 (HSV1/2) IgG anti-hsv Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. Sérologies virales; Virus herpes simplex 1/2 (HSV-1/2) recherche d'igm - Instructions : Renseignements cliniques obligatoires justifiant la demande. Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace.

43 Sérologies virales; Virus varicelle-zona (VZV) IgG anti-vzv Analyse réalisée en urgence dans le contexte femme enceinte avec contact varicelleux. Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. Sérologies virales; Virus varicelle-zona (VZV) recherche d' IgM - Echantillon : - Délai de rendu : - Instructions : Renseignements cliniques évocateurs d'une infection aiguë. Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. Sérologies virales; Western-blot VIH 1/2 - Instructions : Test de confirmation d'une sérologie VIH positive. Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace.

44 Sérologies virales; Western-blot VIH 1/2 - Echantillon : Sang veineux - Délai de rendu : 1 S - Instructions : Test de confirmation d'une sérologie VIH positive. Le sérum peut être conservé à 2-8 C si le test est fait dans les 7 jours; congélation -20 C possible. Centrifugation 15min à 1950g à température ambiante. VIH Sérologie virale Dépistage rapide HIV-1/HIV-2 - Echantillon : - Délai de rendu : 2 H - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Les échantillons peuvent être conservés entre 2 et 8 C pendant 5 jours. En cas d'envoi, l'échantillon est centrifugé, aliquoté et transporté dans de la glace. - Transport délai : le plus rapidement possible - Transport température : t. ambiante VIH-1 Quantification de l'arn du Virus de l'immunodéficience Humaine 1 (VIH-1) groupe M et O - Echantillon : Prélèvement de sperme - Délai de rendu : 1 S Volume mini : - Instructions : En cas de demande extérieure à l'hôpital, merci de joindre un bon de commande et de préciser Cette analyse est réalisée sur plasma séminal (1mL minimum) ou sur fraction de spermatozoïdes sélectionnés (en cas de contrôle). Envoi en glace ou carboglace si l'échantillon est congelé.

45 VIH-1 Résistance génotypique aux antirétroviraux (RT & PROT) - Echantillon : - Délai de rendu : 2 S - Conditionnement : 1 X Tube PET bouchon violet anticoagulant EDTA-K2 vide 6ml BD (367864) - Volume mini : 1 - Instructions : Les renseignements cliniques et l'historique thérapeutique sont obligatoires (feuille de demande spécifique). Si délai d'acheminement > 24 heures, le plasma et le culot globulaire sont aliquotés, congelés et envoyés dans de la carboglace. Centrifugation des tubes de prélèvement g pendant 20 minutes à température ambiante.

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