Guide simplifié 1 pour l utilisation du logiciel de gestion bibliographique EndNote 6.0

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1 Guide simplifié 1 pour l utilisation du logiciel de gestion bibliographique EndNote 6.0 Dominique Fournier 2, INRA ERIST, Service Déconcentré d Appui à la Recherche, Documentation, mise à jour janvier 2006 LOGICIEL ENDNOTE VOCABULAIRE SPÉCIFIQUE À ENDNOTE PRÉSENTATION DU LOGICIEL ENDNOTE INSTALLATION DU LOGICIEL SUR LE RÉSEAU CAMPUS AGRO INRA MONTPELLIER 3 4 OUVRIR ET EXPLORER UNE BASE DE DONNÉES ENDNOTE CRÉER UNE NOUVELLE BASE DE DONNÉES ENDNOTE SAISIR MANUELLEMENT UNE RÉFÉRENCE BIBLIOGRAPHIQUE ET PERSONNALISATION DE L ENVIRONNEMENT ENDNOTE RECHERCHER UNE RÉFÉRENCE DANS SA BASE DE DONNÉES ENDNOTE INTERROGER UNE BANQUE BIBLIOGRAPHIQUE EN LIGNE IMPORTER DES RÉFÉRENCES D UNE BANQUE BIBLIOGRAPHIQUE EXTERNE VERS ENDNOTE A - IMPORTER DES RÉFÉRENCES DU WEB OF KNOWLEDGE (CAB, CURRENT CONTENTS, WEB OF SCIENCE) B - IMPORTER DES RÉFÉRENCES DE SCIENCE DIRECT (JOURNAUX ET/OU DATABASE MEDLINE ECONLIT 12 9C IMPORTER DES RÉFÉRENCES À PARTIR D UN FICHIER ASCII, TABULÉ CITER DES RÉFÉRENCES DANS WORD ET GÉNÉRER AUTOMATIQUEMENT UNE BIBLIOGRAPHIE À LA FIN D UN DOCUMENT CRÉER UNE LISTE BIBLIOGRAPHIQUE INDÉPENDANTE OU EN PUBLIER UNE SUR LE WEB élaboré à partir du document UQCA (université du Québec à Chicoutimi) 2 pour tous renseignements complémentaires, n hésitez pas à me contacter : par téléphone ( )24 05 (ou 24 68) ou par mail Retrouvez des informations complémentaires sur Endnote (support de cours, ) sur le site :

2 1 Vocabulaire spécifique à Endnote - référence bibliographique (ou notice bibliographique): entité constituée d un ensemble d informations servant à décrire un ouvrage (titre, auteur, éditeur, nbre de pages, etc.) - librairie ou bibliothèque EndNote (= base de données EndNote): fichier (d extension.enl) contenant des références bibliographiques personnelles - citation : référence à une publication particulière insérée dans un document Word ou WordPerfect. - bibliographie : liste des références bibliographiques des documents (ouvrages, articles, sites Web, etc ) consultés pour la rédaction d un texte. 2 - Présentation du logiciel EndNote EndNote est un logiciel de gestion de sa bibliographie personnelle qui permet de créer automatiquement des citations et des listes de références bibliographiques dans des documents Word ou WordPerfect dans un style bibliographique prescrit. Avec EndNote, il est également possible d interroger des banques bibliographiques ou des catalogues de bibliothèque en ligne, d importer automatiquement des références bibliographiques issues de banques de différents fournisseurs et même de publier des bibliographies sur le web. Chaque bibliothèque EndNote peut contenir jusqu à références (ou une taille maximale de 32 Mo) et constitue un fichier indépendant. Les bibliothèques EndNote peuvent être lues en environnement Mac ou PC (de Windows à Mac, faire une copie du fichier et l ouvrir sous Macintosh; simplement modifier le nom de la banque en ajoutant l extension.enl de Mac à Windows; si votre bibliothèque contient des images, ne pas oublier de copier également le dossier.data du même nom que votre bibliothèque EndNote). 2

3 3 - Installation du logiciel sur le réseau Campus AGRO INRA Montpellier Au préalable, vous devez demander votre inscription en tant qu utilisateur d Endnote 6 en remplissant le formulaire sur le site de l Unité Informatique du Centre (http://www.montpellier.inra.fr/intranet/informatique/outils/logiciels.html ) Ensuite, sur votre poste de travail, vous devez activer : W:\Biblio\Endnote6\Netsetup.exe Ensuite, lancer EndNote6 à partir du menu Démarrer > Programmes > EndNote ou en établissant un raccourci vers W:\Biblio\Endnote6\endnote.exe Une copie complète du guide (en format PDF) est sauvegardée automatiquement sur votre disque dur lors de l installation du logiciel (attention, plus de 400 pages!) Vous trouverez de l information sur la documentation disponible pour le logiciel EndNote à l adresse 4 Ouvrir et explorer une base de données EndNote -En démarrant EndNote pour la première fois, vous avez la possibilité d ouvrir une bibliothèque préexistante. exemple : Choisissez Paleo.enl (dossier «Examples» W:\Biblio\Endnote6\Examples). -Par défaut, les champs auteur, année et titre apparaissent dans la fenêtre, mais on peut modifier les paramètres d affichage (Edit>Preferences>Display Fields) -Les notices peuvent être triées en cliquant sur l en-tête du champ désiré ou par le menu References>Sort References. -On peut voir l affichage d une notice sélectionnée dans le style choisi en cliquant sur «Show Preview» dans le coin inférieur droit de la fenêtre. -On peut pré-visionner plusieurs notices à la fois dans le style choisi en les sélectionnant + Edit>Copy Formatted puis en ouvrant un éditeur de texte [bloc-note sous Windows] ou alors en les copiant dans un document Word. -On peut modifier le style d affichage des notices : Edit>Output Styles>Open Style Manager> Choisir le style approprié, le cocher, puis le sélectionner en utilisant le même chemin ou la fenêtre de styles de la barre d outils (note : on peut créer soi-même un style entièrement nouveau ou basé sur un style préexistant Edit>Output Styles>New Style ou encore modifier un style Edit>Output Styles>Open Style Manager>Edit). 3

4 -On peut naviguer d une référence à l autre à l aide de la flèche ou en tapant rapidement les premiers caractères du nom d un auteur. -Les caractères d affichage des notices peuvent être modifiés : Edit>Preferences>Display Fonts (ceci n affecte pas l affichage des références dans Word). -On peut afficher le bordereau de saisie d une notice en la double-cliquant ou en la sélectionnant puis en appuyant sur la touche «Entrée» (cette dernière commande peut être effectuée sur plusieurs notices à la fois, mais pas plus de 10). -L identification de la référence ainsi que son numéro apparaissent dans la barre de titre de la fenêtre de saisie. -Une fois le bordereau de saisie ouvert, on peut aller à la suivante ou à la précédente à l aide des boutons dotés d une flèche situés en haut de la fenêtre du bordereau de saisie. -Les modifications effectuées dans une notice sont sauvegardées automatiquement à la fermeture de la fenêtre de saisie. -Il est possible d annuler les modifications avant de refermer le bordereau de saisie avec la commande File>Revert Reference. -On peut effacer des références sélectionnées de différentes façons : Edit>Cut ou Edit>Clear ou References>Delete 5 - Créer une nouvelle base de données EndNote -Menu File>New> Entrer un nom (l extension.enl est ajoutée automatiquement). -On peut définir que cette base de données s ouvrira automatiquement à l ouverture du logiciel EndNote : Edit>Preferences>Libraries>Add Open Libraries. -Il est toujours préférable de faire une copie supplémentaire de sauvegarde de sa base de données: File>Save a Copy. -Si la base de données est endommagée, il est possible de la récupérer: Tools>Recover Library (cette opération en recrée une nouvelle en récupérant les références de la base endommagée). -La sauvegarde des références se fait automatiquement lors de la fermeture du bordereau de saisie. 4

5 -Les notices peuvent être crées manuellement en entrant l information dans un bordereau de saisie (References>New Reference), importées à la suite d une interrogation dans une banque de données bibliographiques (Tools > Connect) ou transférées d une autre base EndNote après un Copier-Coller ou en les glissant dans sa nouvelle base de données. -Il est possible d éliminer les doublons dans la base (References > Find Duplicates + References > Delete) et de modifier la définition du doublon (Edit > Preferences > Duplicates). 6 - Saisir manuellement une référence bibliographique et personnalisation de l environnement EndNote -Chaque notice est numérotée automatiquement par le logiciel à sa création et cette numérotation est inchangeable et incontrôlable: c est pourquoi on ne doit pas utiliser ces numéros pour classer notre documentation imprimée (utiliser plutôt le champ «Label» ou «Accession Number»). -Chaque champ d une notice peut contenir jusqu à caractères (environ 8 pages de texte), chaque notice possède une limite de caractères (environ 16 pages de texte). -25 types de documents sont prédéfinis dans EndNote mais il est possible de créer de nouveaux types (Unused) ou de modifier des types de documents existants (Edit>Preferences>Reference Types>Modify Reference Types). -Une référence peut contenir jusqu à 40 champs d information selon le type de document, les champs de chaque type de référence peuvent être modifiés ou éliminés. Il est également possible de personnaliser certains champs (Custom) ou d en ajouter. exemple : créer un champ UMR (ou équipe) au niveau de Custom1 pour les documents d une base de publications d une institution (ou d une unité) -On peut modifier l intitulé des champs qui décrivent les différents types de documents. Edit > Preferences > Reference Type > Modify Reference Type exemple : franciser les noms de champs (en remplaçant l intitulé actuel) Editor = éditeur scientifique, Publisher = éditeur = maison d édition exemple : suppression de champs (en effaçant l intitulé) que l on ne souhaite pas renseigner dans la base (ISSN). La grille de saisie est donc plus courte (et donc plus facile à remplir, et génère moins d erreur de saisie) -Pour ouvrir un nouveau bordereau de saisie : References>New Reference. -Définir le type de document décrit par la notice à l aide du menu déroulant en haut de la fenêtre de saisie (par défaut, le logiciel choisit «Journal article», mais cette option par défaut peut être modifiée par le menu Preferences>Reference Types>Default Reference Type). 5

6 - On peut masquer un type de document (afin de réduire le choix pour le type de document). Dans ce cas, insérer un. devant le type de document Edit > Preferences > Reference Type > Modify Reference Type Exemple : masquer Manuscript et Bill, en mettant.manuscript et.bill -Les champs d information disponibles varient en fonction du type de document choisi. -EndNote complète automatiquement l entrée des termes à l aide des index (Term Lists) d auteurs, de mots-clés et de titre de périodiques. Cette fonction peut être suspendue (Edit>Preferences>Term Lists>Suggest terms as you type). Les index peuvent être mis à jour automatiquement à mesure que des références sont ajoutées à la base de données dans les options sous ce même menu. Trois index de titres de périodiques (avec abréviations) des domaines de la chimie, des sciences humaines et de la médecine sont déjà fournis avec le logiciel, dans le dossier «Term Lists». Vous pouvez importer ces index dans votre base de données (Tools>Open Term Lists>Journals Term List + Onglet Lists>Import List> Nom du fichier). Attention : ne pas charger les 3 listes car cela génère des interférences pour les titres en doublon Exemple : biosciences.txt pour la liste Journals Exemple : personnel_bpmp.txt pour la liste Authors Vous pouvez également éditer ces listes pour y ajouter des abréviations de titres de périodiques qui seront utilisées par certains styles bibliographiques (Tools>Open Term Lists>Journals Term List + sélection du titre à éditer >Edit Term). De nouveaux index peuvent être créés au besoin (Tools>Define Term Lists>Create List) et liés à un champ particulier (Link Lists). Exemple : Liste UMR, + importation de la liste des UMR du campus (umr.txt) + lien avec le champ UMR (Custom 1) Lors de l entrée d information dans un champ lié à un index, il est toujours possible de consulter l index en appuyant simultanément sur les touches CTRL-1, et de copier l information désirée dans ce champ en la double-cliquant dans l index. -Ne pas entrer de ponctuation sauf dans les champs auteur, éditeur et édition (la ponctuation nécessaire et appropriée sera ajoutée selon le style choisi). -Le texte peut être glissé d un champ à un autre pour l y copier. -Une référence complète peut être glissée d une base de données à une autre. -Le logiciel peut effectuer la vérification automatique d orthographe d une notice ouverte (Tools>Spell Check) selon le dictionnaire choisi (Edit>Preferences>Spell Check>Options). - Quelques règles pour la saisie d un article de périodique : 6

7 CHAMP EXEMPLE PRÉCISIONS Author Fournier, Dominique Martin, Jean-Claude Ou Fournier, D. Martin, J.C. Ou Ou Institut National de Recherche Agronomique, Ou de Gaulle, Charles ou -entrer un auteur par ligne -prénom complet si possible, sinon ajouter un point après chaque initiale -mentionner tous les auteurs connus sinon insérer et al. à la fin -ne rien entrer si auteur anonyme -ajouter une virgule à la fin d un nom d auteur collectif, doubler la virgule si division ajoutée -les particules doivent être insérées dans le nom de famille -les titres (Jr., Sr., III) doivent être ajoutés après le prénom Smith, Alfred, Jr. Year inscrire les quatre chiffres ou sous presse (soumis) Title Tree-ring patterns in stems and root systems of black spruce (Picea mariana) caused by spruce budworms Journal Canadian Journal of Forest Research -entrer le titre complet du périodique Volume 29 Issue 10 Pages ou il est possible de spécifier si l article n est pas encore publié -entrer le titre au complet, sans ponctuation à la fin, sans retour de chariot -entrer les numéros de pages complets ou abrégés, le style choisi présentera les données correctement Date Octobre entrer la date de publication selon le style bibliographique désiré car EndNote ne convertira pas cette information Short title Tree-ring patterns -entrer le titre abrégé (habituellement les premiers mots) de l article (parfois requis dans certains styles des sciences humaines) Alternate journal Can. J. For. Res. -entrer le titre abrégé du périodique (ce n est pas obligatoire si vous utilisez les listes proposées Term Journals) 7

8 ISSN champ utile lors de l importation de données issues de banques bibliographiques mais pas nécessaire Original publication Reprint edition Reviewed item Accession number 252NU -entrer toute information relative à la publication originale qui devrait paraître dans la citation -entrer le titre et l année de publication du document original pour les réimpressions -entrer le titre et l auteur des œuvres qui sont critiquées dans le document s il y a lieu -entrer le numéro d accès de la référence dans la banque bibliographique source consultée, s il y a lieu Call Number SD1C212 -sert à entrer une cote de bibliothèque Label GS525 -champ d utilisation variable pouvant contenir un numéro de tiré à part ou une date d entrée dans la base Keywords Picea mariana Roots stem ou Picea mariana;roots;stem; ou Picea mariana\roots\stem\ -entrer les mots-clés servant à décrire le contenu de la publication (un sur chaque ligne ou encore séparés par un pointvirgule ou une barre oblique inversée) -les délimiteurs requis entre les termes peuvent être modifiés (Tools>Define Term Lists>Keywords) Abstract Radial growth along the stems and root systems of black spruce trees (Picea mariana (Mill.) BSP) was -entrer le résumé de l article, maximum caractères examined to determine the effects of spruce budworm Notes -texte libre (maximum caractères) URL -entrer l adresse (http ou ftp) du texte intégral de l article ou de toute information connexe ou C:\ EndNote\Examples\document.doc Author address UMR BEPC, INRA 2 place Viala Montpellier cedex 1, France ou -la localisation sur le disque dur d un fichier pertinent (References>Link to) -entrer l adresse des auteurs 8

9 7 -Rechercher une référence dans sa base de données EndNote References>Search References -Il est possible d effectuer une recherche dans n importe quel champ des notices ou dans tous les champs à la fois (menu déroulant en haut du bordereau «Any Field»). -Le moteur de recherche supporte les caractères avec accents. -Il n existe pas d opérateur de troncature explicite, la troncature à droite et à gauche est implicite. -Il n existe pas d opérateur de proximité. -Les opérateurs logiques et les parenthèses ne sont pas autorisés à l intérieur d une case d énoncé de recherche. -Les énoncés sont recherchés selon leur ordre d apparition dans le bordereau de recherche : il n y a pas d ordre de préséance des opérateurs logiques. Exemple : Weeds and rice or oryza Cela correspond à «(Weeds and rice) or oryza» et non à «Weeds and (rice or oryza)» -Si plus d un mot dans une case de recherche, ceux-ci seront cherchés comme une expression. -Il est possible de rechercher des champs vides (opérateur de comparaison «IS» + énoncé de recherche vide). -On peut ajouter, insérer ou retrancher des cases d énoncés (boutons «Add Fields», «Insert Fields» et «Delete Fields» en bas de la fenêtre). -On peut fixer le nombre de cases d énoncés qui apparaîtront par défaut dans un bordereau de recherche, et rappeler ce format de bordereau (boutons «Set Default» et «Restore Default»). -La recherche peut respecter la casse de l expression (cocher la case «Match Case» au bas du bordereau). -Seules les références repérées sont affichées dans la fenêtre en réponse à l interrogation (pour revenir à l affichage de toutes les notices de la base de données : References>Show All). -Si on rappelle le bordereau de recherche une seconde fois, il sera maintenant possible d appliquer la nouvelle recherche à l ensemble de la base de données à l aide du menu déroulant au bas du bordereau (Search Whole Library), de la limiter seulement aux 9

10 références précédemment repérées (Search Showing References) ou de retrancher (Omit from Showing References) ou ajouter (Add to Showing References) les nouvelles références trouvées à la fenêtre de résultats. -Il est possible de sauvegarder sa stratégie de recherche (bouton «Save Search» en bas du bordereau) ou d en rappeler une précédemment sauvegardée (bouton «Load Search».) 8 - Interroger une banque bibliographique en ligne Tools > Connect > Connect -L interrogation d une banque en ligne s effectue à l aide de la même interface que pour la recherche dans sa propre base EndNote. A noter : Il est préférable d utiliser directement les interfaces des bases de données bibliographiques (PubMed, CAB, Current Contents, Web of Science), car ces interfaces sont beaucoup plus performantes que le moteur de recherche de EndNote. Il faut alors sauvegarder les références et les importer dans EndNote (Filtres). -La cible à interroger doit absolument être un serveur compatible à la norme Z39.50 (ce qui n est pas le cas d Agricola : -L information nécessaire à la connexion et à l importation des notices se retrouve dans un fichier de connexion correspondant à la banque interrogée. -Les dernières mises à jour de fichiers de connexion sont disponibles sur le site de EndNote (http://www.endnote.com/support/ensupport.asp). -La connexion à des serveurs payants requiert un numéro d usager et un mot de passe que la bibliothèque ne transmet pas: on ne peut alors que se connecter à des banques gratuites (ex. Medline par PubMed) ou des catalogues de bibliothèques. -Les banques consultées fréquemment peuvent apparaître sous le menu «Connect» si on les coche dans le «Connection Manager» (Edit>Connection Files>Open Connection Manager + cocher les banques désirées). -La connexion au serveur est maintenue tant que la fenêtre de résultats de recherche n est pas fermée ou tant que le serveur peut la maintenir. -Lorsque la recherche s effectue dans une banque en ligne, la case «Search Remote» en bas du bordereau doit être cochée, sinon on est en train d effectuer une recherche dans notre base EndNote. -Les champs de recherche disponibles varient selon la banque interrogée [cf. menu déroulant] -Les opérateurs de troncature sont ceux autorisés par le serveur. 10

11 -EndNote propose de recopier la totalité des notices (all) ou une seule partie (1 to X) afin de vérifier la pertinence de sa stratégie de recherche et resoumettre la recherche par la suite pour obtenir les autres références. -Les notices repérées sont stockées dans une fenêtre temporaire d où il est possible de toutes les copier vers la base EndNote adéquate (bouton «Copy All references to») ou seulement quelques-unes (les sélectionner + «Copy x References to»). -On peut également glisser les références désirées dans une base EndNote déjà ouverte ou faire un copier-coller. 9 - Importer des références d une banque bibliographique externe vers EndNote Il est possible d importer dans une base EndNote : o des références sauvegardées à partir d une banque bibliographique (CAB, Current Contents, Web of Science, FSTA,.) cf. Annexe 1 o des fichiers texte (ANSI ou ASCII) de format prédéfini o des fichiers texte (ANSI ou ASCII) provenant d autres logiciels bibliographiques (ex. Procite, Reference Manager ) AVANT d importer, on doit : o vérifier si un filtre d importation est disponible pour cette banque (sous le menu Edit>Import Filters>Open Filter Manager), o éditer le style pour voir les limites éventuelles pour l importation (Edit > About this filter > Comments and Limitations). L importation des références (par des Filtres) est préférable à la recherche Z39.50 (Connexions) pour plusieurs raisons : o l interface de recherche des fournisseurs est plus performante, o il n est pas nécessaire que le logiciel EndNote soit installé sur le poste qui sert à la consultation de la banque bibliographique, 11

12 o il n y a pas toujours de fichier de connexion disponible pour toutes les banques et tous les fournisseurs, o la bibliothèque ne diffuse pas les numéros d usager et mots de passe des produits auxquels elle est abonnée. 9a - Importer des références du Web of Knowledge (CAB, Current Contents, Web of Science, FSTA) Si vous avez activé votre Netsetup.exe, l importation des références vers Endnote se réalisera automatiquement (actuellement quelques problèmes sont à noter et il est à recommander de ne pas utiliser une exportation directe pour CAB, WOS et CCC). Pour les différentes bases bibliographiques interrogeables via le portail INRA, les procédures pour récupérer les données sont dans l Annexe 1 ou sur le site Exemple : Recherche dans la base FSTA (plateforme WOK) Vous avez effectué une recherche dans FSTA A droite de l écran, vous avez un menu Output records Vous avez la possibilité de sélectionner une série de notices (Records XX to XX), les notices de la page (All records on page) ou celles que vous choisissez manuellement en cochant (Selected records on page). Sélectionner le format des références (Bibliographic Fields, Bibliographic + abstract ou Full Record) une fenêtre de dialogue vous demande de préciser avec quel logiciel vous souhaitez ouvrir le fichier uml_view.cgi. Sélectionner Endnote.exe Vous devrez précisez le fichier.enl dans lequel vous souhaitez importer les références (Select a reference library). 9b - Importer des références à opartir de la plateforme Science Direct (Journaux et/ou DataBase Medline Econlit) Vous avez réalisé une recherche dans Science Direct et sélectionné les références que vous souhaitez récupérer. Export Citations Export : citation + abstract ( File : format RIS (for reference manager, etc ) Export Une fenêtre de dialogue doit s ouvrir en vous demandant dans quelle librairie Endnote vous souhaitez copier les références. 9c Importer des références à partir d un fichier ASCII, tabulé Lorsqu on interroge des bases de données (FSTA, Ingenta, Vitis-VEA ), les références peuvent être sauvegardées dans un fichier texte (dont l extension est variable ). 12

13 La procédure d importation des données dans Endnote est relativement simple, à condition que l on connaisse le filtre d importation correspondant à la base et l interface utilisée. Il en existe un grand nombre de filtres dans le répertoire W :\Biblio\Endnote6\Filters. D autres sont récupérables sur le site de l éditeur (http://www.endnote.com). pour le catalogue Ingenta, il existe un filtre ingenta.enf (donné à la formation) pour CAB (plateforme WOK), il vaut mieux utiliser le filtre cab_wok.enf File > Import Import Data File (indiquer le nom du fichier) Import Option (Open Filter Manager et cocher le filtre correspondant) -Si le filtre d importation désiré n est pas disponible, il est possible d en créer un complètement nouveau ou en se basant sur un filtre préexistant (Edit>Import Filters>New Filter), mais il s agit d une tâche relativement ardue Citer des références dans Word et générer automatiquement une bibliographie à la fin d un document -Lorsque vous installez EndNote sur votre poste, une installation des outils de citation dans Word est effectuée automatiquement (on peut les voir sous le menu Outils>EndNote 6 ou Tools>EndNote 6). Si ce n est pas le cas, vous devez rajouter dans le menu Outils>Modèle et compléments le modèle EN6CWYW.dot (disponible dans W:/Biblio/Endnote6) -Ouvrir le fichier Word fourni en exemple (EndNote>Examples>Paleo.doc) ou créer un nouveau fichier. -Positionner le curseur à l endroit où l on désire insérer une citation, sélectionner le menu Tools>EndNote 6>Go To EndNote. -Sélectionner les références désirées dans la base EndNote pertinente et les insérer dans le document (Tools>Cite While You Write>Insert Selected Citation(s)). -Si la fonction de création automatique de la bibliographie est activée (Tools > EndNote6 > Format bibliography > Instant Formatting > Enable), une liste bibliographique sera générée automatiquement à la fin du document Word. Cette liste sera mise à jour automatiquement à mesure que l on ajoutera des citations à l intérieur du texte. On peut désactiver cette fonction si on la trouve agaçante et utiliser plutôt Tools>EndNote 6>Format Bibliography au moment où on désire créer sa bibliographie. -Alternativement, il est possible d insérer des citations à l aide d un Copier-Coller à partir d une base EndNote ou même en glissant tout simplement celles-ci vers le texte Word. 13

14 -Il est également possible d interroger une base EndNote à partir de Word pour y repérer des références. On doit préalablement ouvrir la base de données EndNote désirée, positionner le curseur dans le document Word à l endroit où l on désire effectuer la citation puis activer le menu Tools>EndNote 6>Find Citations (ou Find Figure(s) pour une illustration). Un bordereau d interrogation permettant de repérer des références dans sa base apparaît et une fois le repérage effectué, il ne reste plus qu à sélectionner la (ou les) référence(s) repérée(s) et cliquer sur le bouton «Insert» pour que l insertion de la citation soit faite dans le document Word. -Les citations apparaissent dans un style bibliographique que l on peut modifier avec le menu Tools>EndNote 6>Format Bibliography>Format Bibliography en choisissant le style («Output Style») convenant à notre document. Remarquez que les styles disponibles dans le menu déroulant seront uniquement les styles que l on aura cochés dans le «Style Manager» de notre base EndNote. -On peut éditer une citation individuellement, par exemple pour retrancher l auteur si celui-ci est mentionné dans le texte entourant la citation, en la sélectionnant puis en allant la modifier à l aide du menu Tools>EndNote 6>Edit Citation(s) pour exclure l auteur ou la date, ou pour ajouter un préfixe, un suffixe ou les numéros de page à la citation. -Des styles bibliographiques peuvent être modifiés (ou même créés) Edit>Output Styles>Open Style Manager>Edit. [cf. règles dans l annexe 2] -Il est possible de modifier la police de caractères d affichage de la bibliographie (et de donner un titre à sa liste bibliographique) à l aide du menu Tools>EndNote 6>Format Bibliography>Layout. -On peut introduire une citation dans une note infrapaginale en la créant d abord dans le document Word puis en y insérant la citation comme ailleurs dans le texte. -Il est possible de créer une seule liste bibliographique pour un ensemble de documents Word (des chapitres de thèse par exemple) grâce à la fonction «Master document» de Word. -Le lien entre la notice d origine de la base EndNote et la citation est conservé, c est pourquoi il est possible de sélectionner une citation puis de modifier la notice à l origine de cette citation grâce à la fonction Tools>EndNote 6>Edit Library Reference(s). -Si l on effectue des modifications à la base EndNote, on doit reformatter la bibliographie du document Word pour refléter les changements. -Si l on désire donner une copie de notre document à un collègue et qu il puisse y apporter des modifications, on doit supprimer les liens qui existent entre le texte et la base EndNote avec la fonction Tools>EndNote 6>Remove Field Codes. Les citations et la bibliographie à la fin du document seront alors sauvegardées en format texte et ne pourront plus être modifiées avec les outils EndNote. 14

15 -Il est possible de créer une bibliothèque EndNote à partir d un document Word dans lequel des citations EndNote et une liste bibliographique ont été introduites (Tools>EndNote 6>Export Traveling Library>ExportLibrary to a new EndNote Library) ou d ajouter ces références à une bibliothèque existante (Tools>EndNote 6>Export Traveling Library>ExportLibrary to an existing EndNote Library) Créer une liste bibliographique indépendante ou en publier une sur le web -Sélectionner d abord le style bibliographique d affichage qui convient (Edit>Output Styles). -Ouvrir un nouveau document Word. -Sélectionner les notices que l on désire exporter et les glisser dans le nouveau document en tenant la touche CTRL enfoncée (on aura pris soin auparavant de définir la police de caractères appropriée dans le menu Edit>Preferences>Display Fonts). On peut aussi effectuer la même opération en sélectionnant les références désirées, en choisissant la fonction «Copy formatted» sous le menu «Edit», puis en collant les références dans le document Word. -On peut également exporter une base EndNote complète ou certaines notices seulement grâce à la commande File>Export et ce, en format texte (rtf ou txt) ou en html (pour publication sur le web). On doit auparavant s assurer que les notices sont triées adéquatement (References>Sort References), qu elles sont affichées dans la police de caractères souhaitée (Edit>Preferences>Display Fonts) et que le style bibliographique est correct (Edit>Output Styles). -On peut aussi imprimer une liste de références directement à partir du logiciel EndNote (File>Print). 15

16 ANNEXE 1 : Tableau récapitulatif présentant les procédures pour importer des références bibliographiques dans Endnote 7 à partir des principales bases de données et plateformes éditoriales accessibles aux ayant-droits INRA Nom de la base de données bibliographiques Procédure de sauvegarde des références Sélection du filtre d'import dans Endnote Vous avez effectué une recherche sur FSTA, Cuurent Contents ou Dans Endnote 7, Web of Science l'importation s'est Output records faite directement... Vous avez la possibilité de sélectionner une série de notices (Records XX to XX), les notices de la page (All records on page) ou celles que vous choisissez manuellement en cochant (Selected records on page). Sélectionner le format des références (Bibliographic Fields, Bibliographic + abstract ou Full Record) Medline Econlit PubMed une fenêtre de dialogue vous demande de préciser avec quel logiciel vous souhaitez ouvrir le fichier uml_view.cgi. Sélectionner Endnote.exe Vous devrez précisez le fichier.enl dans lequel vous souhaitez importer les références (Select a reference library). Vous avez effectué une recherche sur CAB Abstracts Output records Vous avez la possibilité de sélectionner une série de notices (Records XX to XX), les notices de la page (All records on page) ou celles que vous choisissez manuellement en cochant (Selected records on page). Sélectionner le format des références (Bibliographic Fields, Bibliographic + abstract ou Full Record) Il est en principe possible d'exporter directement les références dans Endnote Export to reference software, mais il y a un problème de pagination.. C ela vous ouvre une fenêtre de dialogue lors du téléchargement du fichier. Ne pas chercher à ouvrir directement le fichier, mais l'enregistrer sur le disque (par défaut le Bureau). Vous avez effectué une recherche sur MEDLINE (à partir de Science Direct) Sélectionner les références à importer all documents ou anly these documents choisir le format des références (citation, citation + abstract) Endnote 7: importation directe de vos références dans Endnote File Format RIS format (for Reference Manager, Procite, Endnote) export Vous avez effectué une recherche dans PubMed Cocher les références qui vous intéressent si vous ne souhaitez pas importer l'ensemble des références En bas de la liste, sélectionner Display : Medline Send to : File Sauvegarde des références dans un fichier Le fichier s'appelle par défaut pubmed-result.txt. Ne pas chercher à ouvrir directement le fichier, mais l'enregistrer sur votre disque dur (Bureau par défault) et fermer la fenêtre de dialogue. Dans Endnote 7, sélectionner le filtre d'import correspondant: File Import Filters other filters... Dans la liste proposée, cocher CAB_WOK (filtre réalisé par Claude Avisse, INRA Dijon) Dans Endnote 7, l'importation s'est faite directement... Dans Endnote 7, sélectionner le filtre d'import correspondant: File Import Import Data File sélectionner le fichier des références Import Option sélectionner le filtre PubMED(NLM) dans la liste proposée par défault ou en consultant la liste other filters... 16

17 Agricola Vous avez effectué une recherche dans Agricola (Article Citation Database) Cocher les références qui vous intéressent si vous ne souhaitez pas importer la totalité des références ou de la page Selected Records : all on this page, Marked on this page, Marked on all pages Select format : Export format Format for Print or Save Sauvegarde des références Les références apparaissent dans une page html. Sauvegardez-les dans un fichier texte Fichier Enregistrer sous : le fichier s'appelle par défaut Pwebrecon.cgi (à mettre sur le Bureau). Dans Endnote 7, sélectionner le filtre d'import correspondant: File Import Import Data File sélectionner le fichier des références Import Option sélectionner le filtre Agricola(NAL) dans la liste proposée par défault ou en consultant la liste other filters... RECHERCHE DANS LES CATALOGUES D'EDITEURS Science Direct(Plateforme Elsevier) Vous recherchez des articles publiés par Elsevier, academic press,... (Science Direct) Search sélectionner la (ou les) Source(s): Journals, Abstract Databases, Books Search Sélectionner les références en les cochant individuellement ou passer directement à l'étape suivante. A ce niveau, vous avez la possibilité de sélectionner l'ensemble des références ou uniquement les références cochées. choisir le format de la référence Export : citation / citation + abstract File Format : RIS format (for Reference Manager, Procite, Endnote) Dans Endnote 6, l'importation s'est faite directement... Blackwell Synergy (Plateforme Blackwell) Vous recherchez des articles dans des journaux publiés par Bllackwell Search Advanced Search Pour sélectionner les références : les cocher individuellement Highlight: cliquer sur le lien Download all highlighted abstract to Reference manager En bas de l'écran, vous pouvez sélectionner ce que vous voulez associer à la référence (Include : citations, abstracts) et préciser le logiciel vers lequel vous voulez importer (Format : Endnote) La case direct import doit être cochée Download references Lors du téléchargement du fichier, sélectionner "Ouvrir". Vous devez préciser dans quelle base de données vous voulez sauvegarder la référence. Dans Endnote 6, l'importation de la référence a du se faire directement... 17

18 Annual Reviews Vous recherchez des articles publiés dans les Annual Reviews Dans Endnote 7, On line content Go l'importation de la Search référence a du se Advanced Search faire directement... Pour sélectionner les références : les cocher individuellement cliquer sur le lien Download to Citation Manager En bas de l'écran, vous pouvez sélectionner ce que vous voulez associer à la référence (Include : citations, abstracts) et préciser le logiciel vers lequel vous voulez importer (Format : Endnote) L'option Enable quick import into citation manager doit être cochée Download chapter metadata Lors du téléchargement du fichier, sélectionner "Ouvrir". Vous devez préciser dans quelle base de données vous voulez sauvegarder la référence. HighWire - recherche dans les 4500 journaux de Medline dont 359 en texte intégral en free-access recherche dans les journaux publiés par NPG Vous recherchez des articles du catalogue HighWire utiliser la recherche avancée Advanced Search spécifier l'étendue de la recherche (journaux hébergés sur HighWire, + Medline, liste personnelle de titres) Pour sélectionner les références : les cocher individuellement Pour décharger les références : cocher l'option download to citation manager, en haut de l'écran Go Visualiser la liste des références sélectionnées Cliquer sur (download citations to citation manager) Sélectionner ensuite Endnote pour une importation directe (download directly to citation manager) Vous devez préciser dans quelle base de données Endnote vous voulez sauvegarder les références. Vous recherchez des articles publiés par NPG utiliser la recherche avancée Advanced Search Go Sélectionner les journaux individuellement ou cocher l'option Select all journals Search Pour certains titres (Nature), il est possible de récupérer les références, mais individuellement : Pour chaque référence sélectionnée, la visualiser sous forme de résumé (abstract) Dans certains cas, l'option export citations est présente dans le menu de gauche. Pour décharger la référence : cliquer sur export citation Dans Endnote 7, l'importation des références a du se faire directement... Remarque: les noms d'auteurs sont récupérés en majuscule! Dans Endnote 7, l'importation des références a du se faire directement... l'exportation ne se fait que pour certains titres (Nature), et référence par référence BioMed Central Vous avez effectué une recherche dans BioMed Central (Advanced search) Cocher les références qui vous intéressent si vous ne souhaitez pas importer la totalité des références ou de la page Dans Endnote 7, l'importation s'est faite directement... Send : This page, All the results, Selected items To : Endnote + abstract Cliquer sur Send 18

19 ANNEXE 2 : Quelques règles pour modifier et/ou créer des styles La dépendance : tout texte (ou ponctuation) qui n est pas séparé(e) d un champ par un espace est dépendant de ce champ Exemple : Volume (Issue) Si pour une référence, le champ Issue est vide, les parenthèses ne s afficheront pas La prépondérance du champ précédent : si entre 2 intitulés de champs, il y a un signe de ponctuation mais pas d espace, le 2 ème champ est lié à l existence du 1 er champ Exemple : Volume:Issue Si volume est vide, :issue n apparaîtra pas (même si le champ issue est renseigné) L espace et le champ : le 1 er espace après un intitulé de champ dépend toujours de ce champ. Exemple : Editor. City Si Editor est vide, le nom de la ville (City) ne sera pas précédé d un espace. Le texte indépendant : tout texte (ou ponctuation) qui n est sous la dépendance d un intitulé de champ s affichera Exemple : Publisher ed Si publisher n est pas renseigné, ed apparaîtra quand même. Il existe quelques caractères qui permettent d outrepasser ces règles. Espace insécable : symbolisé par un losange Exemple : Publisher ed Si publisher n est pas renseigné, ed n apparaîtra pas. Séparation forcée : symbolisé par une barre verticale (Alt Gr 6) Utilisée pour séparer des informations dépendantes Exemple : Volume (issue) Les parenthèses n apparaîtront que si Issue est renseigné Forme Singulier/pluriel : symbolisé par un accent circonflexe ^ Exemple : Editor ed.^eds. Si un seul éditeur, Lafond ed.; si plusieurs éditeurs Martin et Jones eds. 19

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