Bactériologie cutanée

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1 DU Cicatrisation des plaies, brûlures et nécroses Bactériologie cutanée Dr Laurent Raskine Service de Bactériologie-Virologie Les Bactéries Bactériologie clinique Champs d applications multiples Mise en évidence des bactéries responsables d infections Surveillance et étude de bactéries émergentes origine environnementale, animale, humaine Dépistage et surveillance des bactéries multirésistances impliquées ou non dans les infections acquises à l hôpital Les bactéries Procaryotes (absence de noyau) Effectuent pour leur compte les synthèses cellulaires nécessaires à leur croissance et à leur multiplication Développement intra-cellulaire éventuel Métabolisme reste indépendant de celui de l hôte contrairement aux virus Bactériologie clinique Structure de la bactérie Distinguer la «bonne» bactérie de la «mauvaise» Traite des interactions entre les micro-organismes et l être humain 1

2 Déterminants de la maladie infectieuse Pour induire une maladie infectieuse, un agent pathogène doit être capable : 1. d être transporté vers l hôte 2. d adhérer et de coloniser ou d envahir l hôte 3. d échapper aux mécanismes de défense de l hôte 4. de posséder la capacité mécanique, chimique ou moléculaire de nuire à l hôte Taxonomie et classification Bien identifier pour définir et classer Classification en Famille, Genre, Espèce Famille: Enterobacteriaceae, Genre: Escherichia, Espèce: coli Relation entre hôtes et bactéries Bactéries à Gram positif Paroi bactérienne Bactéries saprophytes de l environnement présence transitoire et sans danger Bactéries commensales au contact des muqueuses (E. coli ) ou de la peau (S. epidermidis) Bactéries opportunistes Bacille pyocyanique Bactéries pathogènes M.tuberculosis C. diphteriae, Legionella, S. typhi Bactéries à Gram négatif Mycobactéries Structure de la bactérie Résistance aux antibiotiques Chromosome Plasmide (Résistance naturelle) (Résistance acquise) Gène de résistance Aspect des bactéries au Gram Transfert vertical (dans la descendance) Transfert horizontal (intra ou inter espèce) Transmission possible d un patient à l autre via les mains du personnel ou d autres sources 2

3 Staphylococcus aureus Corynébactéries Propionibacterium Streptocoque S. aureus S. auricularis S. capitis S. caprae S. cohnii S. condimenti S. epidermidis S. equorum S. haemolyticus S. hominis S. intermedius S. lugdunensis S. pasteuri S.piscifermentans Staphylocoques S. saccharolyticus S. saprophyticus S. schleiferi S. sciuri S. simulans S. warneri S. xylosus Aspect des bactéries au Gram Aspect des bactéries au Gram Entérobactéries 3

4 Entérobactéries C. freundii E. aerogenes E. cloacae P. mirabilis E. gergoviae P. vulgaris E. coli P. rettgeri E. hermanni S. marcescens E. asburiae K. pneumoniae L. adecarboxylata K. ascorbata P. agglomerans S. marcescens S. typhimurium Shigella flexneri Fusobactéries et spirochettes Aspect des bactéries au Gram Spores bactériennes Pyocyanique Mycobacterium tuberculosis Acinetobacter 4

5 Rapidly growing mycobacteria Modèle de formation d un biofilm par Pseudomonas aeruginosa. Slowly growing mycobacteria Biofilm Les biofilms pourraient représenter le mode de vie normale des bactéries Les Flores N étudier que les bactéries planctoniques (forme libre) laisse de coté un pan énorme de la physiologie bactérienne Biofilm Mise en place et organisation d une communauté bactérienne adhérant à une surface et enrobée d une matrice d exopolysaccharide Résistance aux traitements antibiotiques Amplification et synchronisation de la virulence à l ensemble de la population bactérienne L homme est un hybride primate-microbes Le corps humain est un écosystème pour des milliards de bactéries qui cohabitent naturellement, notamment sur la peau et dans le tube digestif Nous hébergeons dix fois plus de bactéries que nous ne possédons de cellules somatiques et germinales. 5

6 L homme est un hybride primate-microbes L extrapolation des résultats d identification moléculaire indique que nous hébergerions de 15 à espèces bactériennes différentes. Flores microbiennes Flore commensales ou résidentes : Flore cutanée (peau, conjonctive, nez) Flore bucco-dentaire, oropharynx Flore digestive Flore vaginale Sites stériles : Sang, urine, lcr, liquide articulaire L homme est un hybride primate-microbes la séquence complète de ces microbiomes, représente probablement un pool de gènes 100 fois supérieur au génome humain. Flores commensales Une flore commensale vit en harmonie avec son hôte Tant qu elle ne change pas de compartiment Colon Urine Peau Sang L homme est un hybride primate-microbes Le microbiote varie d un individu à l autre, d une région à l autre, d un site anatomique à l autre Flores commensales Les germes commensaux ne provoquent pas d infections. Toutefois, ils compliquent les démarches d'identification des bactéries dans les prélèvements polymicrobiens Expertise bactériologique pour distinguer les pathogènes des germes banaux 6

7 Flore digestive Abondante : le tractus intestinal héberge le chiffre astronomique de bactéries (cent milliards de bactéries par gramme de selles). 1 kg de bactéries dans un intestin humain adulte 10 à 100 fois les cellules de notre corps Flore cutanée La peau n est pas un site stérile Flore digestive Diversifiée: 1000 espèces de bactéries représentent 90% de la population totale «Le métagénome intestinal» l ensemble des bactéries cohabitant dans notre tube digestif est aujourd hui considéré comme un organe à part entière. Flore cutanée Ecosystème complexe Flore digestive Méthode d étude du microbiome 7

8 Ecosystème complexe DFU Microbiome Intérêt et apport du microbiome Mieux comprendre l écologie locale des plaies chroniques et la diversité microbienne Aide a la distinction colonisation infection Prédiction évolutives des plaies La peau n est pas un site stérile Flore résidente 10 2 à 10 5 bactéries par cm 2 selon les zones Majorité de bactéries à Gram positif Staphylocoques Corynébactérie Peptostreptococcus Propionibacterium Anaérobies Staphylococcus aureus (20% de porteurs sains) 8

9 Flore transitoire ou transitaire Colonisation Infection Normal Peu virulent Flore bactérienne résidente (Flore commensale) Flore bactérienne transitoire Modification de flore Germes virulents Retard cicatrisation Extension Représentation schématique des zones de très forte densité bactérienne de l épiderme Rupture de l équilibre Locaux Lésions cutanées : plaies, brûlures Mauvaise hygiène Macération Corticothérapie locale Généraux Déficit immunitaire Diabète Corticothérapie générale Immunosuppresseurs Indications du prélèvement microbiologique L'infection doit cependant être distinguée de la colonisation bactérienne Les prélèvements bactériologiques ne sont indiqués qu en cas d infection établie cliniquement. [a part, recherche de BMR] Objectif isolement et identification responsables de l infection des bactéries étudier la sensibilité aux antibiotiques 9

10 Méthodes de prélèvement microbiologique Définir les objectifs de l analyse, la manière de prélever selon les différentes présentations cliniques, le matériel de prélèvement à utiliser, les conditions de transport, les techniques analytiques l interprétation des résultats de la culture Des protocoles conçus conjointement par les cliniciens et les microbiologistes sont indispensables. Plus spécifiques que l écouvillonnage simple moins de bactéries colonisantes identifiées Seulement si débridement de bonne qualité Recherche de bactéries anaérobies possible Conditions: Le Curetage Ecouvillonnage : Débridement Mécanique Avant tout prélèvement, il faut PREPARER LA PLAIE. débridement mécanique (voire chirurgical) : curette ou scalpel stériles un nettoyage : gaze imbibée de sérum physiologique stérile NB : utilisation d antiseptiques possible, mais à éliminer par du sérum physiologique stérile avant de réaliser le prélèvement. L aspiration à l aiguille fine : Débrider et nettoyer Désinfecter la peau en périphérie (antiseptique) Ponctionner avec une seringue et une aiguille pour IM ou SC : La ponction doit être effectuée en passant par une zone saine. Indiquée pour les plaies profondes collectées ou anfractueuses lorsque les prélèvements par écouvillons ne sont pas contributifs Le Curetage Ecouvillonnage : L aspiration à l aiguille fine Débrider et nettoyer l ulcère Prélèvement du tissu par grattage de la base de l ulcère au moyen d une curette ou d un scalpel stériles Prélever en frottant avec un écouvillon la périphérie du fond de l ulcère Cette méthode est indiquée pour les prélèvements superficiels et les plaies anfractueuses profondes En l absence d obtention de liquide, 1 à 2 ml de sérum physiologique stérile peuvent être injectés puis réaspirés immédiatement à l aide d une seconde aiguille pour être analysés. La seringue ayant servi au prélèvement est envoyée au laboratoire sans l aiguille, purgée d air et bouchée hermétiquement et stérilement. 10

11 La Biopsie tissulaire : Superficielle Plaie Profonde La sévérité de la neuropathie autorise souvent une biopsie au lit du patient sans préparation particulière. Deux à trois fragments de tissu sont obtenus à partir de plusieurs zones ; immédiatement déposés dans un tube stérile additionné de quelques gouttes de sérum physiologique pour éviter la dessiccation. Curetage Ecouvillonnage Aspiration à l'aiguille fine Non réalisable Collection Non Biopsie osseuse Oui Oui Contact osseux Os liquéfié Non la biopsie est la méthode à privilégier chaque fois que possible devant toute lésion tissulaire profonde. Milieu de transport Laboratoire La biopsie osseuse La biopsie osseuse est la méthode de référence pour le diagnostic d ostéite : rapide, simple, sans effet secondaire Rarement réalisée en dehors des centres spécialisés Prélèvement par chirurgie ou par ponction percutanée, radio ou écho guidée passage en peau saine au moyen d'un trocart, après désinfection sans anesthésie locale (neuropathie sensitive) pot stérile contenant du sérum physiologique Diagnostic microbiologique Facile si Isolement d une bactérie pathogène Hémocultures positives Lésion cutanée récente: trauma, inoculation, Corps étranger Difficile si Plaie subaiguë ou chronique Escarre, ulcères, brûlures Les hémocultures Aéro Anaérobies Procédure d'une analyse microbiologique Notamment au cours des bactériémie secondaire à des ostéites 11

12 Culture et Isolement Antibiogramme par diffusion en milieu gélosé Milieux pour l isolement et la sélection des bactéries on mesure les inhibitions de la croissance autour des disques d ATB pour classer les bactéries en S/I/R Culture d E.coli Antibiogramme par diffusion en milieu gélosé K. pneumoniae Culture de Klebsiella pneumoniae Souche sauvage Souche productrice de Blse Identification :Nouvelle approche de protéomique Spectrométrie de masse Permet d identifier les bactéries par comparaison des profils protéiques en routine de microbiologie clinique Deux raisons essentiellement Bactéries cultivables «entières» Bases de données Souche productrice de carbapenèmase de type KPC 12

13 Les cocci à Gram + Données microbiologiques Interprétation des résultats S. aureus +++ : isolé ou polymicrobien / infection superficielle ou profonde Streptocoques b hémolytique : flore polymicrobienne Staphylocoques à coagulase négative : rarement pathogène Entérocoques : Traitement par céphalosporines, rôle? Epidémiologie bactérienne LRB 2013 Anaérobies 5 BGN 32 BGP 4 Négatifs 35 Entérobactéries 71 Flore 80 Levures 2 Streptocoques 33 Staphylocoques 84 Entérobactéries LRB mois Citrobacter koseri 6 Enterobacter aerogenes 2 Enterobacter cloacae 8 Escherichia coli 7 Klebsiella oxytoca 9 Klebsiella pneumoniae 6 Morganella morganii 7 Proteus mirabilis 13 Proteus vulgaris 2 Providencia rettgeri 1 Providencia stuartii 2 Raoultella ornithinolytica 1 Serratia marcescens 7 Staphylocoques et Streptocoques LRB 6 mois 2013 Cocci à Gram positif (type Streptococcus) 2 Enterococcus faecalis 9 Streptococcus agalactiae (groupe B) 10 Streptococcus anginosus 1 33 Les bacilles à Gram négatif Les Entérobactéries : Proteus mirabilis, Escherichia coli, Klebsiella sp. fréquemment en cas d infections chroniques ou déjà traitées ou en cas de stade avancé Streptococcus dysgalactiae 8 Streptococcus pyogenes (groupe A) 3 Staphylococcus aureus 67 Staphylococcus caprae 1 Staphylococcus epidermidis 9 Staphylococcus haemolyticus 1 Staphylococcus lugdunensis 5 Staphylococcus sp Pseudomonas aeruginosa : après des hospitalisations de longue durée ou des bains de pied, ou un traitement par des pansements humides, le port de chaussures en caoutchouc isolés de plaies punctiformes situées en regard du calcanéum et sont à l origine d ostéites rôle dans les plaies superficielles?? 13

14 Interprétation des résultats : Principes L interprétation doit tenir compte : des conditions de recueil du prélèvement du délai et des conditions de transport du prélèvement au laboratoire du type de Bactéries isolées : staphylocoques, bacilles à Gram négatif du nombre de prélèvements où la même bactérie est isolée (cas des germes commensaux) Conclusion Distinction infection/colonisation : Pas de critères biologiques mais plus le prélèvement est de qualité, plus l interprétation sera pertinente Prélèvements : Superficiel Curetage Ecouvillonnage Profond Biopsie tissulaire si possible Curetage Ecouvillonnage et/ou Aspiration à l aiguille fine Suspicion d atteinte osseuse Biopsie osseuse Protocoles +++ Ecologie : S. aureus +++ Bacilles à Gram lors d atteintes profondes ou traînantes Anaérobies lors d atteintes profondes Prévalence des BMR +++ Interprétation des résultats Conclusion Bact. pathogènes ATB ciblant pathogènes Oui Prélever Bonne évolution Plaie cutanée Signes cliniques d infection? Bact. pathogènes + commensales ATB ciblant pathogènes Suivi clinique Bact. commensales ATB ciblant commensaux Mauvaise évolution Mauvaise qualité Prélèvement? Non Ne pas prélever Pas d ATB Suivi clinique La connaissance Des critères d infection des plaies Des bactéries en cause De leur sensibilité aux antibiotiques est un pré requis nécessaire pour une bonne prescription Conclusion La peau n est pas un site stérile Mais plutôt un Ecosystème complexe La flore cutanée peut être soumise a des variations dans sa diversités Les plaies en sont une des raisons 14

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