The FP7 Marie Curie action Initial Training Network (ITN) Crop Life «Enhances

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1 The FP7 Marie Curie action Initial Training Network (ITN) Crop Life «Enhances plant productivity through control of lifespan» (https://www.unikiel.de/krupinska/croplife/croplife.html) is coordinated by Pr. Karin Krupinska (University of Kiel) and involves 9 laboratories from European universities (Zurich (Switzerland), Kiel and Halle (Germany), Leeds and Aberystwyth (England), Cracow (Poland) and Aarhus (Denmark)), three companies (Carlsberg (Denmark), Eurograss Breeding and Norddeutsche Planzenzucht Hans Georg Lembke KG (Germany)) and INRA (IJPB, SIREN group, France). Crop Life focus on the regulation and the physiology of leaf senescence in barley and raygrass according to four work packages (https://www.unikiel.de/krupinska/croplife/packages.html). PhD (ESR, Early-Stage Researchers) and Post-Doc (ER, Experienced Researchers) positions were opened in each partner laboratory. ESR and ER are coming from various countries (Spain, Italy, Columbia, England, Romania, Poland, Croatia, Philippines and Pakistan). Crop Life ITN provides them a large choice of training courses, summer schools, meeting and workshops (https://www.unikiel.de/krupinska/croplife/training.html) in which they can exchange experiences, ideas and friendship. They can also make secondments in partner laboratories to complete their skills and knowledge. From the 4 th to the 15 th of June 2012 IJPB hosted 9 PhD (ESR) and Post Doc (ER) for two weeks at IJPB (Fig. 1). Lectures and practical courses dealing with «Nitrogen remobilization and proteolysis during leaf senescence» were displayed (Fig. 2). For such occasion, Pr. Andreas Fischer (University of Montana, Bozeman, Montana) was invited to teach and participate to all the activities mentioned in the program. Lectures and practical courses took place in the recent classrooms available at IJPB and the new material nicely provided thanks to Crop Life and SPS LABEX (https://www6.inra.fr/saclay-plant-sciences/page-d-accueil/labex-sps) financial supports facilitated training courses. Some practical course were also displayed in the microscopy platform (PCIV, ) and plant chemistry platform (PFCV, During these two weeks, ER and ESR were initiated to enzyme activity measurement (proteases, glutamine synthetase, glutamate dehydrogenase), western blots and protease activities in gelo, tools to monitor 15 N tracing at the whole plant level, observation of autophagosomes and autophagic bodies under confocal and optical microscopy, metabolome analysis. The INRA team involved in training ER and ESR is presented in Figure 3. Other pictures present Crop Life training at INRA. Figures : 4. List of the students participating to the INRA course in Versailles 5. Programme of the course: «Nitrogen remobilization and proteolysis during leaf senescence» in Versailles 6. Members of the SIREN team participating to the INRA course in Versailles Pictures : 5. The student group in the room of the practical course in the building n 14 (P ) 6. The student group in the library of the building n 3 (P ) 7. The student group in the computer room of the building n 8 (P ) 8. The members of the course on the steps of the building n 14 (P )

2 L ITN (Initial Training Network) du programme FP7 Marie Curie, intitulé Crop Life «Enhances plant productivity through control of lifespan» (https://www.unikiel.de/krupinska/croplife/croplife.html), est coordonné par Pr. Karin Krupinska (Université de Kiel). Il regroupe 9 laboratoires au sein, d universités européennes (Zurich (Suisse), Kiel et Halle (Allemagne), Leeds et Aberystwyth (Angleterre), Cracovie (Pologne) et Aarhus (Danemark)), de trois compagnies privées (Carlsberg (Danemark), Eurograss Breeding et Norddeutsche Planzenzucht Hans Georg Lembke KG (Allemagne)) et de l INRA (IJPB, équipe SIREN, France). Crop Life s intéresse à la régulation et la physiologie de la sénescence foliaire chez l orge et le raygrass, et se divise en 4 thématiques (https://www.unikiel.de/krupinska/croplife/packages.html). Onze doctorants (ESR, Early-Stage Researchers) et deux post-doctorants (ER, Experienced Researchers), répartis dans les différents laboratoires, proviennent de pays variés (Espagne, Italie, Colombie, Angleterre, Roumanie, Pologne, Croatie, Philippines et Pakistan). Durant les trois années du programme, un large choix de cours, réunions et séminaires de travail sont proposés, au cours desquels les étudiants, en toute convivialité échangent des idées et des protocoles expérimentaux (https://www.unikiel.de/krupinska/croplife/training.html). Ils peuvent aussi effectuer un stage pratique dans un des laboratoires partenaires pour apprendre de nouvelles techniques. Du 4 au 15 juin dernier, l équipe SIREN de l IJPB animée par Céline Masclaux- Daubresse a reçu sur le centre INRA de Versailles, 9 étudiants de l ITN (Fig. 1). Ceux-ci ont ainsi pu étudier «La remobilisation de l azote et la protéolyse au cours de la sénescence foliaire chez l orge», sous forme de cours théoriques et pratiques (Fig. 2). A cette occasion, Andréas Fischer (Université du Montana, Bozeman, Montana) a été invité à donner des cours et a participé à toutes les activités du programme. Les étudiants ont profité des salles de TP et TD du bâtiment 14, salles équipées grâce aux soutiens financiers de Crop Life et du LABEX SPS (https://www6.inra.fr/saclay-plant-sciences/page-d-accueil/labex-sps). Quelques cours pratiques ont aussi eu lieu sur les plateformes de l IJPB : cytologie et imagerie végétales ((PCIV, )), et chimie du végétale (PFCV, Les étudiants ont ainsi été initiés aux techniques (i) de mesure d activités enzymatiques (protéases, glutamine synthétase, glutamate déshydrogénase), western blots, activités des protéases in gelo, (ii) d observation d autophagosomes et de corps autophagiques en microscopie optique et confocale (iii) d analyses métabolomiques (iv) de calculs relatives au marquage au 15 N au niveau de la plante entière. Quelques photos montrent les étudiants et l équipe SIREN (Fig. 3) dans les différents lieux d enseignement. Figures : 1. Liste des étudiants qui ont suivi le cours à l INRA de Versailles 2. Programme du cours «La remobilisation de l azote et la protéolyse au cours de la sénescence foliaire chez l orge» à l INRA de Versailles 3. Membres de l équipe SIREN ayant participé au cours organisé à l INRA de Versailles Photos : 1. Le groupe dans la salle TP du bâtiment 14 (P ) 2. Le groupe dans la bibliothèque du bâtiment 3 (P ) 3. Le groupe dans la salle informatique du bâtiment 8 (P ) 4. Le groupe sur les marches du bâtiment 14 (P )

3 Weronika Kucharewicz Paula Paramon AdiF Das Izabela Matyszczak Gloria Comadira Liliana Ospina Avila Dagmara Podzimska Sroka ColeEe MaEhewman Luca Boschian

4 Plant senescence and autophagy Practical course - INRA Versaillles (France), 4 15 june 2012 Monday 04/06: : Presentation of IJPB: D. Bouchez Presentation of INRA team and student repartition in 2 groups: C. Masclaux-Daubresse, A. Fischer, K. Yoshimoto, M. Reisdorf-Cren, F. Chardon, G. Clément, A. Marmagne, M. Moison, F. Soulay and M. Azzopardi, Marie Lacruz Few words about CC1 programme (group 1 and 2): C. Masclaux-Daubresse Thuesday 05/06: : Group 1: Microscopy: K. Yoshimoto : Coffee break : Autophagy: K. Yoshimoto : Autophagy and nutrient recycling in plants: C. Masclaux-Daubresse : Group 1: Microscopy: K. Yoshimoto Group 2: Metabolomic: G. Clément, M. Moison, Extraction and GCMS manipulation 19.00: Créperie Le phare Saint Louis and walk around Wenesday 06/06: : Group 2: Microscopy: K. Yoshimoto : Coffee break : Proteolysis and N remobilisation: A. Fischer : Group 2: Microscopy: K. Yoshimoto Group 1: Metabolomic: G. Clément Extraction and GCMS manipulation Thursday 07/06: : Group 1: GS and GDH activities: M. Reisdorf-Cren, F. Soulay and M. Moison Group 2: Protease activities: A. Fischer and M. Azzopardi, C. Masclaux-Daubresse Friday 07/06: : Group 2: GS and GDH activities: C. Masclaux-Daubresse, and M. Moison Group 1: Protease activities: A. Fischer and M. Azzopardi, M. Reisdorf-Cren Monday 11/06: 9.00: all the students divided in 3 workshops: GS, Rubisco, ATG5 and ATG9: C. Masclaux-Daubresse, M. Moison, M. Azzopardi Protein separation using four 10 % precasted gels in criterion system: 1 gel for visualization of GS, 1 for Rubisco, 1 for ATG5 and 1 for ATG9 Dry transfer Overnight BSA bath ITN CC June

5 ATG8: K. Yoshimoto Running and stacking gel preparation: 1 cuve Protein separation in miniprotean Dry transfer Overnight BSA bath Endopeptidase activity gel: A. Fischer, M. Reisdorf-Cren Running and stacking gel: 1 cuve Protein separation in miniprotean Overnight incubation Afternoon: The GS enzyme Lecture by M. Moison Thuesday 12/06: 9.00: all the students divided in 3 activities: GS, Rubisco, ATG5 and ATG9: C. Masclaux-Daubresse, M. Reisdorf-Cren, M. Azzopardi Antibody application Protein revelation ATG8: K. Yoshimoto Antibody application Protein revelation Endopeptidase activity gel: A. Fischer, M. Reisdorf-Cren Endopeptidase activity revelation Morning 9.30: Natural variation and QTL: F. Chardon Afternoon 13.30: Using 15N tracing to monitor N mobilisation, practical approach: A. Marmagne Wenesday 13/06: : Using 15 N tracing to monitor N mobilisation, theoretical approach: C. Masclaux- Daubresse : Group 1: Metabolomic: G. Clément, M. Moison Analysis of the metabolomic results Group 2: Analysis of the enzyme activities and protein contents, C. Masclaux- Daubresse, M. Reisdorf-Cren, F. Soulay, M. Azzopardi Thursday 14/06: : Group1: analysis of protease results: A. Fischer : Coffee break 10h : Barley and nitrogen use efficiency: A. Fischer : Group 2: Metabolomic: G. Clément, M. Reisdorf-Cren Analysis of the metabolomic results Group 1: Analysis of the enzyme activities and protein contents: C. Masclaux- Daubresse, M. Moison 19.00: Restaurant Le petit marquis and walk around Friday 15/06: : Open session: Results discussion and complementary informations ITN CC June

6 Maria Jésus Lacruz Céline Masclaux Daubresse Kohki Yoshimoto Michèle Reisdorf Cren Andreas Fischer Marianne Azzopardi Anne Marmagne Fabienne Soulay Gilles Clément Michael Moison Fabien Chardon

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