Epidémiologie du choléra et Evaluation du Système d Alerte Précoce en République de Guinée

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1 Université de Franche-Comté Centre National de la Recherche Scientifique Unité Mixte de Recherche Chrono-Environnement Epidémiologie du choléra et Evaluation du Système d Alerte Précoce en République de Guinée UMR CNRS 6249 Chrono-environnement ( Rapport de mission Etude supportée par United Nations Children s Emergency Fund United States Agency for International Development Bertrand Sudre Didier Bompangue European Commission for Humanitarian Aid Novembre 2009 UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 1

2 Ont participé à la rédaction de ce rapport au sein de l Unité Mixte de Recherche Chrono-Environnement de l Université de Franche-Comté : Le professeur Renaud PIARROUX et Le professeur Patrick GIRAUDOUX Nous remercions : Les responsables chargés des questions Eau, Hygiène et Assainissement au niveau du bureau ECHO (European Commission for Humanitarian Aid) Afrique de l Ouest, du bureau de l UNICEF (United Nations Children s Emergency Fund) à Dakar et de la Guinée Conakry, ainsi que les autorités du Ministère de la Santé en Guinée pour avoir permis et facilité la réalisation de cette mission. L ensemble des personnes ayant accepté de nous recevoir et de nous aider dans la réalisation de cette mission, et particulièrement, l ensemble des personnels de l administration sanitaire de Guinée pour leur accueil (la Direction Prévention et Lutte contre la Maladie, la Direction de la Santé de la Ville de Conakry et les Directions Régionales et Préfectorales de la Santé), le Ministère de l Environnement et du Développement Durable (Mr Elhadj Barry M.), le personnel du Service des Maladies Infectieuses du Centre Hospitalier Universitaire de Donka (Dr Balde O.), le Comité International de la Croix-Rouge (Md Perez I.), le Haut Commissariat aux Réfugiés, la Direction Nationale de la Météorologie (Mr Bah M.) pour son aide dans la collection des données météorologiques, l association Guinée 44 (Mrs Bailly G. et Martin N.) pour leur assistance sur les fonds cartographiques et les informations de l agglomération de Kindia, le Programme National de lutte contre la tuberculose pour les renseignements cartographiques (Mr Cisse A.), l Observatoire National de la République de Guinée pour son appui sur les bases cartographiques et bibliographiques portant sur la Guinée maritime et sur la ville de Conakry (Mr Bazzo D.), Médecins Sans Frontières et spécialement Action Contre la Faim pour leur coopération et le travail sur la ville de Conakry (Mlle Dunoyer J.), l Institut de Santé Publique de Guinée pour leur contribution sur la microbiologie du choléra en Guinée (Mr Loua K.), et enfin l ensemble du personnel de l UNICEF et de la Croix-Rouge Guinéenne pour les enquêtes de terrain. Note: La deuxième phase de la mission de terrain s est terminée deux jours avant l issue de la mission liés aux événements du 28 septembre 2009 à Conakry. Pour cette raison, il n a pas été possible d obtenir certaines données épidémiologiques qui auraient permis de réaliser, notamment sur Conakry, l ensemble des analyses prévues dans les termes de référence de départ de la mission. Dès la fin de la première mission, les difficultés d archivages des données au niveau de plusieurs services visités sur terrain et les difficultés pour réaliser des déplacements vers certaines régions, non pressenties au départ comme jouant un rôle crucial dans l épidémiologie du choléra en Guinée, nous avaient amenés à émettre des réserves sur la possibilité de remplir complètement le cahier de charge de départ (cf. discussions en fin de la première mission de terrain sur une possibilité de phase complémentaire de la consultation). Les analyses et recommandations contenues dans ce rapport, bien que partagées et discutées avec de nombreux intervenants, ne reflètent que l opinion des auteurs. Les consultants déclarent ne pas avoir de conflits d'intérêts. Courriel : Didier Bompangue, ; Patrick Giraudoux, ; Renaud Piarroux, ; Bertrand Sudre, UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 2

3 RESUME ET RECOMMANDATIONS Les premières épidémies de choléra en Guinée ont été rapportées à partir de Depuis, le pays a connu plusieurs flambées épidémiques de plus en plus rapprochées au fil du temps, finissant par survenir chaque année entre 2003 et Toutes ces flambées ont débuté au niveau des localités situées dans les zones du littoral (Préfecture de Boké, Boffa, Forécariah et Conakry,) et très souvent dans les zones insulaires. Ce n est qu à partir de 1994 que les épidémies de choléra ont diffusé à certaines localités continentales comme Guékédou, Nzérékoré, voir Kankan. Ces épidémies en zone continentale étaient néanmoins de plus brève durée et les cas index provenaient soit du littoral soit des pays limitrophes de la Guinée (Liberia, Sierra Leone). Au niveau du littoral deux grands types d espaces à risque ont été identifiés : (1) un espace urbain constitué par les trois villes de Guinée maritime Conakry, Kindia et Kamsar située dans la préfecture de Boké frontalière avec la Guinée-Bissau. Les premières analyses sur la ville de Kindia ont permis de mettre en évidence la vulnérabilité des populations habitant dans les zones inondables de la ville. Dans un contexte de moyen limité, les efforts d aménagement urbain et de prévention devraient se focaliser sur les quartiers Abattoire, Banlieue, Wondima et Tafory. La même démarche d analyse devra être réalisée à Conakry et à Kamsar pour définir les zones à risque et cibler les interventions prioritaires. (2) l ensemble des sous-préfectures et des espaces insulaires de la bande littorale, où l on constate à la fois des difficultés d approvisionnement en eau et d assainissement, un sous-équipement sanitaire et des flux de population générés par les activités liées à l agriculture, la pêche et les échanges maritimes. Il a été observé un lien entre la saison des pluies et la recrudescence des épidémies de choléra. Toutefois dans les zones insulaires, le choléra pourrait persister toute l année, et ces cas per annuels être à l origine de redémarrage des épidémies. Seule une amélioration de la surveillance locale combinée avec collecte d échantillons biologiques pour une étude épidémiologique basée sur la biologie moléculaire permettra de clarifier cette question et, ainsi de mieux ajuster les plans de lutte. Au niveau des populations à risque, la revue documentaire et les entretiens avec les acteurs sur le terrain ont identifier une plus grande vulnérabilité des populations de pêcheurs sur le littoral et des agriculteurs des zones maraîchères (à Kindia) qui devraient bénéficier de programmes spécifiques. Le Système d Alerte Précoce (SAP) en Guinée est opérationnel, mais il peut être encore amélioré. Ainsi, un certain nombre de recommandations générales peuvent être formulées : 1. focaliser les activités de détection précoce des épidémies de choléra aux zones insulaires et à un nombre restreint de villes du littoral, promouvoir la surveillance communautaire et renforcer le système existant par une surveillance basé sur un système sentinelle installé en priorité sur le littoral, 2. améliorer et soutenir les capacités logistiques de transmission des notifications de cas des centres de santé vers les directions préfectorales de la santé correspondantes, 3. pré positionner des consommables utiles aux confirmations biologiques des cas de choléra au niveau des centres de santé, des hôpitaux et des directions préfectorales de la santé des zones les plus à risques (Basse Guinée) et soutenir matériellement les capacités de confirmations biologiques du niveau central, 4. favoriser les investigations et l analyse des situations épidémiques au niveau de l ensemble des échelons de la surveillance épidémiologique, 5. réfléchir sur des moyens concrets de mise en place d une surveillance épidémiologique transfrontalière et à une approche multisectorielle de la surveillance et de la lutte contre le choléra. Les résultats épidémiologiques et les recommandations sont détaillés dans le rapport. UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 3

4 RAPPORT I. INTRODUCTION Le choléra est une maladie diarrhéique épidémique provoquée par Vibrio cholerae, une bactérie retrouvée dans les eaux saumâtres des estuaires. Les zones costales sont reconnues comme étant la source environnementale des pandémies de choléra qui ont eu lieu depuis deux siècles (nord du Golfe du Bengale et l archipel indonésien notamment). Depuis les années soixante-dix, le choléra a diffusé à l ensemble à l Afrique subsaharienne. Ainsi, plus de 80 % des cas de choléra notifiés dans le monde par l OMS sont rapportés dans les pays d Afrique subsaharienne. Cette pathologie est maintenant considérée comme endémique dans certaines zones du continent avec cependant des variations géographiques marquées [GRIFFITH, 2006]. La compréhension de l origine de ces variations géographiques à différentes échelles de la région au district sanitaire est une étape essentielle dans la lutte raisonnée et opérationnelle contre cette maladie. Entre 2002 et 2007, la Guinée fait face à des épidémies de choléra à répétition. Mais les raisons de la répétition, de la montée en intensité et de la propagation des épidémies demeurent mal comprises. Le contexte régional, marqué par des épidémies durant la même période, a pu jouer un rôle. Cependant, le profil épidémiologique des épidémies de la Guinée dont certaines ont démontré des taux de létalité très élevés évoque des difficultés structurelles dans la veille sanitaire, la réponse précoce et dans la prise en charge initiale des épidémies. C est donc dans ce contexte qu une synthèse sur l épidémiologie du choléra en Guinée et qu une évaluation le Système d Alerte Précoce (SAP) sont apparues nécessaires. Ce travail a été réalisé dans l optique des recommandations de l atelier Prévention du choléra et des maladies diarrhéiques en Afrique de l Ouest et du Centre, vers une stratégie intégrée de réduction des risques (OMS, UNICEF)» qui a eu lieu en mai 2008 à Dakar. Les conclusions de cet atelier soulignaient notamment l importance de la mobilisation des acteurs gouvernementaux et de la société civile, de la mise à jour des Systèmes d Alerte Précoce nationaux, en parallèle avec la formation du personnel médical/sanitaire. Les conclusions de cet atelier insistaient sur l intérêt d une étude approfondie de la dynamique des épidémies notifiées dans les systèmes d alerte : les travaux mettant en évidence l hétérogénéité de la distribution spatiale des maladies sont des outils clés pour le ciblage des actions de lutte et de prévention. C est dans ce contexte que le Laboratoire Chrono-environnement de l Université de Franche-Comté (Unité Mixte de Recherche CNRS 6249) a été sollicitée par l UNICEF pour effectuer une consultation en Guinée portant sur l épidémiologie du choléra et sur le système d alerte précoce des maladies à potentielle épidémique et le choléra en particulier. UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 4

5 II. OBJECTIFS Ce rapport présente le travail et les recommandations de deux missions successives en Guinée en 2009 effectuées dans le cadre d une convention de consultation scientifique entre l UNICEF du bureau West and Central Africa Regional Office (WCARO) et l Université de Franche-Comté (Unité Mixte de Recherche CNRS Laboratoire Chrono-environnement). Les termes de référence de la mission portaient sur trois objectifs : Analyser l épidémiologie du choléra en Guinée pour identifier les zones à risque. Le but opérationnel étant de cibler les actions de lutte contre le choléra : la prévention, le contrôle et la réponse précoce. Évaluer le système d alerte précoce des maladies à potentiel épidémique, en particulier du choléra, et de formuler des recommandations pour son amélioration. Réaliser une formation en épidémiologie de terrain portant sur les outils et les méthodes d études des épidémies de choléra pour quinze agents du Ministère de la Santé inclus dans le système d alerte précoce. UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 5

6 III. METHODOLOGIE A. MISSION D EVALUATION DU SYSTEME D ALERTE PRECOCE ET D ETUDE DU CHOLERA EN GUINEE 1. ÉPIDEMIOLOGIE DU CHOLERA EN GUINEE PERIODE La première mission a eu lieu du 5 août 2009 au 22 août Elle a été menée par les Drs Bertrand Sudre et Dr Didier Bompangue du Laboratoire Chrono-environnement en collaboration avec le personnel du bureau de l UNICEF à Conakry Mr Ousseini Mai Maigana (WASH Program Officer), Dr Dieney Fadima Kaba (WASH Specialist, UNICEF Conakry) et Dr Facinet Yatarra (Consultant WASH, UNICEF Conakry). La mission a été constituée d un travail d investigation sur la ville de Conakry et une mission exploratoire et d évaluation à l intérieur du pays dans les zones les plus touchées par les épidémies de choléra. Cette mission a été réalisée en coopération avec la Division Prévention et Lutte contre la Maladie (DPLM) du Ministère de la Santé de Guinée : Dr Sakoba Keita (Directeur de la DPLM) et le Dr Oumar Barry (Chef de la Section Endémies de la Division Prévention et Lutte contre la Maladie et accompagnant en mission sur le terrain). Sur Conakry, les visites de terrain ont été orientées vers les quartiers les plus touchés par les épidémies de choléra. Au fil du déroulement de la mission des entretiens ont eu lieu avec les acteurs de lutte contre le choléra, comme la Direction de Lutte contre la Maladie, la Direction de la santé de la ville de Conakry, le Ministère de l Environnement et du Développement Durable, l Institut National de Santé Publique, le Comité International de la Croix-Rouge, le Haut Commissariat aux Réfugiés et les organisations non gouvernementales Médecins sans Frontières (MSF Belgique) et d Action Contre la Faim (ACF). Le trajet des investigations à l intérieur du pays et la liste des institutions rencontrées sont reportés en annexe. SOURCES D INFORMATIONS - DONNEES DE SANTE La définition des cas suspects, utilisée par les autorités guinéennes, est issue du guide technique pour la surveillance intégrée et la maladie en Guinée (mis à jour en 2008) et conforme aux directives relatives aux maladies et affections prioritaires spécifiques (mis à jour en 2007, 2e édition) : Cas suspect : o en période non épidémique, toute personne de plus de cinq ans souffrant d une diarrhée sévère aqueuse accompagnée d une déshydratation sévère ou ayant entrainé le décès ; en période épidémique, toute personne âgée de plus de cinq ans souffrant d une diarrhée aqueuse avec ou sans vomissement. Un cas confirmé est défini comme un cas suspect ayant bénéficié d une confirmation biologique de la présence de Vibrio cholerae O1/O139 dans les selles. UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 6

7 L étude du contexte régional a été orientée vers la reconstitution de l évolution des épidémies en Guinée en parallèle avec celles de la sous-région d Afrique de l Ouest. L évolution temporelle a été étudiée en utilisant les fiches pays de l Organisation mondiale de la santé (OMS) et les résultats de la notification de cas de choléra de 1970 à 2007 pour la Guinée et les pays frontaliers [Weekly Epidemiological Record, 2009]. Les données nationales portant sur les cas et les décès imputés au choléra ont été obtenues auprès du Ministère de la Santé : - Recueil des données nationales hebdomadaires des épidémies de choléra et des autres maladies enregistrées dans le système d alerte précoce sur la période , - Constitution d une base électronique après vérification des données à partir des registres papiers, - Construction des courbes épidémiques du choléra pour l analyse de la dynamique des épidémies, calcul des taux d attaque (ou incidence annuelle cumulée) et de la létalité par préfecture, - Identification des zones géographiques à risques : élaboration de cartes à partir des données des cas/décès de choléra enregistré au niveau préfectoral dans le système d alerte précoce, - Recueil et saisie des données des sous-préfectures littorales de Boké et Boffa identifiées comme des zones où les épidémies de choléra ont été parmi les plus fréquentes durant les dix dernières années, - Étude des rapports d investigation, recherche des foyers de démarrage et analyse de la diffusion spatiale des épidémies de choléra (entre 2002 et 2008), - Modélisation des facteurs de risque et de la saisonnalité d épidémie de choléra à l échelon préfectoral. Un travail spécifique sur les épidémies en zone urbaine a été effectué : - Pour la ville de Conakry : o Étude bibliographique et enquêtes de terrain (zones portuaires notamment), o Collecte des données sanitaires d au moins trois années pour les trois Centres de Traitement du Choléra (CTC) de la ville de Conakry, o Constitution du découpage des quartiers de la ville dans un Système d Information Géographique (SIG), positionnement des ports industriels et artisanaux, des marchés et cartographie thématique des quartiers touchés par les épidémies. Le découpage en quartier de la ville de Conakry a été effectué à partir du plan papier d adressage de 1997 la ville de Conakry issu du Ministère de l Urbanisme. Le plan a été numérisé et le fond cartographique tracé avec le Système d Information Géographique. Pour la ville de Conakry des fonds da carte (image satellite de la région et plan des rues de Conakry) ont été mis à disposition sur l Observatoire National de la République de Guinée (Mr Bazzo). UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 7

8 - Pour la communauté urbaine de Kindia (région de Guinée Maritime) : o Étude bibliographique et enquêtes de terrain, o Saisie des données des registres de 2005 à 2009 de la Direction Préfectorale de la Santé, du CTC et du laboratoire de microbiologie de l hôpital régional de Kindia (variables prises en compte : âge, sexe, profession, date d entrée, date de sortie, traitement, quartier de résidence). Croisement des données individuelles avec le registre des confirmations biologiques du laboratoire de référence de l Institut National de Santé Publique de Conakry. o Identification des espaces à risque et analyse des résultats des investigations de terrain pour la réalisation de cartes thématiques La mise à disposition des fonds de carte a été rendue possible par l association Guinée44 en partenariat avec l UNICEF (Mr Grégoire Bailly et Mr Nicolas Martin)). Ces fonds de carte de la ville de Kindia ont été recueillis auprès de l association Guinée44 après accord d exploitation avec l UNICEF Conakry. Ils correspondent au découpage de ville de Kindia en 31 quartiers et au réseau hydrographique de la préfecture de Kindia et de la ville de Kindia. - Pour la ville de Kamsar (région de Guinée Maritime) : o Étude bibliographique et enquêtes de terrain, o Saisie des données des registres sous-préfectoraux et cartographie des taux d attaque annuels entre 2004 et 2008 des sous-préfectures de Boké et Boffa. - DONNEES MICROBIOLOGIQUES Les données microbiologiques de confirmation des cas de choléra ont été collectées dans les registres de l Institut National de Santé Publique, qui constitue le laboratoire national de référence pour la confirmation des cas de choléra, et sur les registres des laboratoires de microbiologie des hôpitaux visités. - DONNEES DE POPULATION Les données de populations des préfectures et des sous-préfectures sont basées sur les données du dernier recensement national de 1996 en leur appliquant un taux d accroissement pour tenir compte de l évolution démographique depuis 1996 (national annuel 3 % et 3.5 % pour Conakry) et sur les données de la coordination nationale du Programme Elargi de Vaccination (PEV en 2006) fournie par la Division Prévention et Lutte contre la Maladie. - DONNEES BIBLIOGRAPHIQUES Elle a comporté (1) une recherche bibliographique sur les bases scientifiques Medline (ISI Web of Knowledge) et Ovid SP, (2) l analyse de deux thèses de médecine portant sur le choléra en Guinée («Épidémie de choléra à Conakry en 2007» [Bah,2007] et «L épidémie de choléra dans la préfecture de Boké en 2005» [Bilivogui,2005]), et (3) l étude d un rapport de recherche publié en 2009 par l Institut National de Santé Publique de Guinée portant sur une étude socio anthropologique des causes de la persistance des épidémies de choléra en Guinée. Lors de la visite des différents échelons de l administration sanitaire, les rapports d investigation des épidémies des maladies du système d alerte précoce ont été collectés. Cette collecte a aussi UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 8

9 pris en compte les procès-verbaux de réunions de crises portant sur les épidémies et, plus généralement, l ensemble des documents d intérêt sur le système d alerte précoce et de la surveillance intégrée des maladies (directives et recommandations nationales, plan de contingence ). Dans un but d exhaustivité, plusieurs ressources cartographiques ont été utilisées. Les ressources ont été obtenues auprès du Ministère de la Santé de Guinée correspondant aux fonds de carte du logiciel Healthmapper de l OMS (découpages sous-préfectoraux, préfectoraux et régionaux de la Guinée). - DONNEES METEOROLOGIQUES Les données météorologiques retenues sont issues de l atlas de la Direction nationale de la Météorologie [Atlas climatologique, 1999]. Ces données correspondent aux moyennes mensuelles sur une période décennale de huit stations météorologiques (Boké, Conakry, Dalaba, Faranah, Kankan, Kindia, Kissidougou et Labé). Les données des précipitations hebdomadaires de la station de Conakry ont été mises à disposition pour l analyse de la ville de Conakry. - DONNEES DE LA FOURNITURE EN EAU POTABLE ET D INFRASTRUCTURE D EVACUATION DES EAUX USEES A CONAKRY. Un ensemble de rapports portant sur les projets d assainissement de la ville de Conakry ont été collectés (Projet d assainissement autonome de cinq quartiers défavorisés de Conakry et rapport d identification des quartiers cibles (SNC-LAVALIN I.inc./Ministère de l Urbanisme et de l Habitat de la République de Guinée). Le plan numérique du réseau de distribution de la ville a été demandé auprès de Société des Eaux de Guinée (S.E.G.) et le plan du réseau d assainissement de la ville de Conakry ont été recherchés. Mais les difficultés sécuritaires de la fin de mission n ont pas permis de se rendre aux rendez-vous prévus. Les démarches pour l acquisition de ces fonds cartographiques se poursuivent donc en dépit des difficultés sécuritaires en collaboration avec le bureau UNICEF Conakry. UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 9

10 - ANALYSE STATISTIQUE Elle a comporté : Une analyse descriptive des épidémies de choléra en Guinée basée sur le calcul des taux d attaque et des taux de létalité à l échelle préfectorale. Une analyse critique et systématique de l ensemble des documents d enquêtes recueillis a été réalisée dans le but d identifier la provenance des cas index. Une analyse des dynamiques temporelles et de la répartition spatiale et des populations a été effectuée. L ensemble de ces analyses ayant pour but une schématisation du mode de diffusion et de persistance des épidémies de choléra en Guinée. Les préfectures de Boké, Boffa, Kindia ont fait l objet d un travail à l échelon sous-préfectoral. Une étude de la ville de Kindia et de Conakry a été réalisée à partir des données du centre de traitement du choléra de Donaka et dans le but de cartographier les taux d attaque par quartiers. Une recherche de la saisonnalité des épidémies de choléra. L existence de corrélations croisées entre les séries temporelles des préfectures de Guinée maritime a été recherchée [Legendre, 1998], puis les séries temporelles synchrones de la Guinée maritime ont été étudiées. Dans la mesure où les données manquantes représentaient moins de 4 % des données, une interpolation de ces données a été effectuée pour pouvoir réaliser la décomposition de la série temporelle. La série temporelle a été décomposée en tendance interannuelle, en composante saisonnière, et résidus. Cette décomposition non paramétrique basée sur les travaux de Cleveland et coll. (outil de modélisation lœss de la librairie MASS de R [Vendables, 2002 ; Cleveland, 1990]). Pour Conakry, la corrélation hebdomadaire entre les précipitations et la notification des cas de choléra a été calculée à partir du coefficient de corrélation non paramétrique de Spearmann. Une analyse des facteurs de risque à partir des données préfectorales a été réalisée en utilisant une analyse multivariée basée sur un modèle de compte binomial négatif (Generalized linear model, lien négatif binomial, offset : population, [Hardin et Hilbe, 2007 ; Bompague, 2008]. Les résultats sont exprimés en ratio de taux d incidence (et intervalle de confiance 95%) et la sélection du modèle basé sur le critère d Akaike. Les facteurs pris en compte dans l analyse multivariée ont été inclus si leur significativité était inférieure à 0.20 en analyse multivariée. Le nombre de points frontaliers n a pas été retenu dans le modèle multivarié. Les facteurs significatifs sélectionnés ont été : la population du cheflieu de préfectures (en 4 catégories de taille), le nombre et le type de route amenant à la préfecture de régions (Carte Institut topographique de Conakry IGN France 2e édition), le type de climat et la distance la plus courte du centre de la préfecture à la côte atlantique. L ensemble des analyses ont été réalisées avec les logiciels STATA 10.1 et open source R ( et les Système d Information Géographique Healthmapper de l OMS et MAPINFO 8.5. UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 10

11 2. ÉVALUATION DU SYSTEME D ALERTE PRECOCE L évaluation du système d alerte précoce (SAP) a comporté un ensemble d activités complémentaires orientées sur : - La reconstitution du fonctionnement du système d alerte précoce et du système de surveillance intégrée des maladies à potentiel épidémique : construction d un organigramme de fonctionnement, définition des cas et population couverte. - La conduite des missions d investigation de terrain comprenant systématiquement des entretiens semi-orientés avec l ensemble des différents niveaux sanitaires du Système d Alerte Précoce dans les préfectures touchées par les épidémies de choléra durant les huit dernières années. Ces entretiens ont suivi un canevas de questions ouvertes portant sur la détection et la notification des maladies à potentiel épidémique, la transmission et la qualité des informations, leur archivage, l analyse des données et la rétro-information appliquée dans le SAP. Ils ont été réalisés à chaque niveau du système de surveillance communauté, centres de santé, hôpitaux préfectoraux, Directions Préfectorales de la Santé (DPS), hôpitaux régionaux et Directions Régionales de la Santé (DRS) et Division Prévention et Lutte contre la Maladie à Conakry (DPLM). - Un examen des registres au niveau préfectoral du SAP a permis d évaluer la collection des données, leurs complétudes et leurs couvertures géographiques des sous-préfectures et la transmission des informations. La simplicité et flexibilité du SAP ont été évaluées au cours des entretiens. Des questions ont été posées portant sur la connaissance par les acteurs du fonctionnement du SAP. Cependant, le temps restreint de la mission n a pas permis d évaluer dans la durée la qualité de la supervision du système d alerte précoce, en dehors des rapports de supervision par la DPLM. Un temps de réflexion avec chacun des acteurs a été accordé pour recueillir leurs attentes concernant l amélioration du SAP et connaître les difficultés opérationnelles de fonctionnement du système d alerte (organisation, communication, logistique et maintenance du matériel informatique notamment). - En parallèle, un ensemble d entretiens avec les organisations internationales et non gouvernementales impliquées dans la prévention et la réponse aux épidémies de choléra ont été menés. Ces entretiens avaient deux objectifs : (1) de collecter des informations sur l épidémiologie du choléra et (2) évaluer les interactions entre les informations issues du SAP et les partenaires de la lutte contre le choléra en Guinée - La visite des laboratoires de microbiologie chargés de l identification de pathogènes à potentiel épidémique (dont Vibrio cholerae) à chaque niveau du système de surveillance sanitaire. Il s agissait ici d évaluer le circuit d acheminement des souches, les méthodes d identification des pathogènes et de réalisation des antibiogrammes employées au centre national de référence (Institut National de Santé Publique) ainsi que les modes de financement de ces analyses. UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 11

12 B. SESSION DE FORMATION EN EPIDEMIOLOGIE Le troisième objectif de la mission était la réalisation d une formation pratique en épidémiologie de terrain portant sur les outils et les méthodes d études des épidémies de choléra en intégrant les besoins des professionnels de santé du SAP. Il a pris place lors de la deuxième mission en Guinée (septembre 2009). Les objectifs de départ de la formation : «Former quinze agents des départements d épidémiologie aux techniques d enquête et traitement des données des cluster survey et des risk factors survey en Guinée Conakry». Ces objectifs ont été ajustés en fonction des résultats de l évaluation réalisée lors de la première phase de la consultation. Pour ce faire, la sélection des participants a été réalisée en collaboration active du Dr Sakoba Keita Directeur de la Division Prévention et Lutte contre la Maladie du Ministère de la Santé de Guinée. Ainsi, ont été retenus en collaboration avec la DPLM, dix-huit médecins au total pour cette formation. Chacun d eux est chargé de la maladie soit au niveau des directions régionales (2), des directions préfectorales (16). Le recrutement géographique a été effectué en fonction des informations issues de la première mission sur l épidémiologie du choléra en Guinée. La sélection des participants a privilégié les préfectures les plus touchées par les épidémies de choléra (ensemble de la Guinée maritime, la ville de Kindia, la ville de Kamsar, la ville de Conakry constituée de cinq communes urbaines, et la préfecture de Guékédou en Guinée forestière). Trois grands axes de travail ont été proposés : AXE 1 : La surveillance épidémiologique et le SAP comprenant des exposés de remise à niveau sur les concepts de base de la surveillance épidémiologique et des éléments à prendre en compte dans la mise en place d un SAP : - Les bases théoriques/les connaissances sur le choléra utiles pour le SAP - Travail de groupe sur le SAP (identification des points forts, des points faibles et des recommandations) accompagné d une restitution/discussion en séance plénière. - Restitution de l évaluation du SAP effectuée lors de la première mission en Guinée. L objectif était de formaliser le fonctionnement du SAP et de formuler des recommandations partagées avec les acteurs clefs du système de surveillance sanitaire UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 12

13 AXE 2 : La mise en place et la réalisation d une enquête d investigation de terrain à partir de trois scénarii portant sur la survenue d un phénomène épidémique. Cet exercice de terrain en trois temps en situation réelle a été réalisé afin de s assurer de l acquisition et l application des concepts théoriques : - Travail de chacun des trois groupes sur la rédaction d un protocole d enquête et de ses objectifs (principal et secondaires), sur les termes de référence, la méthodologie et son budget, - Investigation sur le terrain dans la ville de Kindia en trois groupes, - Rédaction et restitution/discussion des rapports d investigation en séance plénière, et proposition d un protocole pour l investigation de la survenue d un processus épidémique construit par l ensemble des participants et les formateurs. AXE 3 : Utilisation d outils informatiques pour l analyse des épidémies de choléra qui on consisté en des travaux dirigés sur ordinateur portant sur l organisation, la gestion et l analyse des données épidémiologiques : - travail sur la construction d une base de données cas/décès du système d alerte précoce et son analyse avec un tableau croisé dynamique (tableau et graphique), et cartographie. Les analyses et la présentation des enquêtes cas-témoin ont été écartées du programme en raison du niveau hétérogène des participants dans l utilisation de l outil informatique. - Analyse critique de bases de données choléra nationales, préfectorales et d une communauté urbaine (Kindia). Toutes ces séances étaient clôturées par des synthèses faites d abord par les participants puis les facilitateurs en insistant sur «l essentiel à retenir de chaque étape de la mise en place et de la gestion au quotidien d un SAP». Pour la conduite de la formation, en plus des deux consultants, un cadre de l UNICEF de Conakry (Ousseini Mai Maigana) et deux cadres du Ministère de la Santé, les Drs S. Keita et Dr O. Barry) ont assuré la facilitation de la formation. UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 13

14 IV. RESULTATS A. PRESENTATION GENERALE DE LA GUINEE Située au cœur de l Afrique de l Ouest, la Guinée est un pays de km² ouvert sur six pays : à l est la Guinée Bissau (386 km de frontière commune (FC)), au nord le Sénégal et le Mali (FC: 330 et 858 km respectivement), à l ouest la Côte d Ivoire (FC: 610 km) et au Sud le Liberia (FC: 563 km) et la Sierra Léone (FC: 652 km). Il existe une bande littorale de 320 km environ qui représente un lieu d échange et de pêche (Figure 115). Cet espace côtier comporte deux principaux ports l un à Conakry, la capitale administrative et commerciale, et le second à Kamsar pour l exploitation minière. La bande littorale, composée de marais maritimes ou mangroves, de plaines de front de mer et de zones estuariennes, est située en regard du plateau continental immergé de Guinée. Il offre un large espace de pêche en eaux peu profondes unique en Afrique de l Ouest. Les pécheurs guinéens partagent l exploitation des ressources halieutiques avec de nombreux pécheurs venus des pays maritimes d Afrique de l Ouest du Sénégal à la Côte d Ivoire. On distingue classiquement quatre zones ou régions naturelles» en Guinée : la zone côtière ou la Basse-Guinée (ou Guinée maritime), la zone montagneuse de la Moyenne-Guinée et la zone de savane dénommée la Haute-Guinée et enfin au sud-est une zone de forêt équatoriale, la Guinée forestière. En Guinée maritime, le climat est de type soudano-guinéen à deux saisons alternées. La Guinée maritime est exposée à la mousson avec une forte pluviométrie annuelle cumulée (Conakry env mm/an) de mai à novembre. Les masses d air maritime de la mousson sont arrêtées par le relief et déversent lors de leurs ascendances orographiques la majeure partie de leurs précipitations sur le piémont du Fouta Djalon et sur les régions littorales. Les cumuls annuels de pluviométrie les sont ici parmi les plus importants de la planète (Figure 20, p47 et voir annexe). La région montagneuse du Fouta Djalon présente un climat soudano-guinéen de montagne. La Haute Guinée succède au massif montagneux vers le Nord et le Nord-est. Ici, le climat devient de type soudanien avec une saisonnalité plus marquée. Il existe une décroissance latitudinale du Sud au Nord des cumuls de précipitations vers ce climat soudanien. À l ouest du pays dans la région de la Guinée forestière, on retrouve un climat équatorial avec une saison des pluies débutant plus précocement dans l année (climat guinéen à saison sèche réduite) [Bouvert, 2003]. La population en 1996 était de habitants. En 2002 elle était estimée à hab. et à hab. début La densité de population était estimée en, 2002 à 33.2 hab. /km². Il existe cependant une hétérogénéité spatiale de la densité de population avec deux principales zones de peuplement, l une autour de la capitale Conakry et le long de la bande littorale, l autre en Guinée forestière en regard de la Sierra Leone et du Liberia. La structure des âges est la suivante : 0-14 ans : 44,4 % ; ans : 52,4% et plus de 65 ans : 3,2 %. En 2009, l âge médian est de 19 ans et le taux de natalité est estimé à 35.7 naissance/1000 hab. Le taux d accroissement est estimé de 25.5, mais il comporte des disparités géographqiues avec des valeurs plus élevées en zone urbaine. Le pays est classé 156e/177 pour l indice de développement humain [StrategieCo., 2007]. L espérance de vie est estimée à 53.9 ans en En 2004, le budget de la santé représentait 0.9 % du PIB (lequel était estimé à 3.8 milliards $ en 2005). La couverture médicale est de 11 médecins pour hab. ( ). L organisation administrative sanitaire comprend neuf régions englobant 33 préfectures et les cinq communes urbaines de la Ville de Conakry ou zone spéciale de Conakry (Tableau I, p15). Le système sanitaire de la veille épidémiologique sera décrit plus en détail dans la section portant sur l évaluation du système d alerte précoce. UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 14

15 Figure 1 : Carte de la Guinée Tableau I : Préfectures de la Guinée en fonction des découpages régionaux et des régions naturelles Région administrative Préfecture Boké Boffa* Boké* Gaoual Koundara Conakry** Dixinn* Kaloum* Matam* Matoto* Ratoma* Kindia Coyah* Dubréka* Forécariah* Fria Kindia Telemele Mamou Mamou Pita Dalaba Labe Labe Lélouma Mali Tougue Koubia Faranah Faranah Kissidougou Dabola Dinguiraye Kankan Kankan Kerouane Kouroussa Mandiana Siguiri N'Zerekore Beyla Gueckedou Lola Macenta N'Zerekore Yomou Boké Koundara Gaoual Lélouma Télimélé Pita Fria Mali Koubia Dinguiraye Tougué Dalaba Kouroussa Dabola Mamou Siguiri Mandiana Légende : * Préfecture ayant une façade littorale, en bleu préfecture de la Guinée maritime, en beige de la Moyenne Guinée, en marron de la haute Guinée et en vert de la Guinée forestière. ** Conakry : communes urbaines. Boffa Dubréka Kindia Faranah Kankan Coyah Conakry Forécariah Kissidougou Kerouané Beyla Geckedou Macenta Préfectures de Guinée N'Zerekoré Yomou Lola UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 15

16 B. ÉPIDEMIOLOGIE DU CHOLERA EN GUINEE 1. RECONSTITUTION DE L HISTORIQUE DU CHOLERA EN GUINEE Depuis 1970, date de l arrivée du choléra lors de la septième pandémie en Afrique, 2.8 millions de cas ont été rapportés par l Organisation mondiale de la santé en Afrique, dont en Afrique de l Ouest (soit environ 14 % du total mondial). Cette pandémie de choléra est due à Vibrio cholerae, sérogroupe O1, biotype el Tor. Cette 7ème pandémie affecte le continent africain sous forme de flambées épidémiques nationales et sous-régionales épargnant seulement l Afrique du Nord. La Figure 2 (p16) présente l évolution depuis les années 50 des cas de choléra rapportés par l OMS dans le monde en Afrique, en Guinée et au sein des pays frontaliers sur la période (ndlr : l épidémie de 1978 n est pas enregistré dans la base OMS). La courbe rassemblant les pays frontaliers et Guinée met en évidence la tendance à l endémicité à l échelle sousrégionale depuis le milieu des années Monde cas année. Afrique cas année Guinée et pays frontaliers cas année Guinée cas année. Source: OMS Week. Epi. Record. Figure 2 : Histogramme des cas de choléra dans le monde, en Afrique, en Guinée et dans les pays frontaliers de la Guinée sur la période UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 16

17 Dans ce contexte, la Guinée a rapporté environ cas et 2276 décès de choléra depuis les années En analysant une période plus récente de , la Guinée représente 3 % des cas et des décès du continent africain, et 12 % des cas et des décès de la sous-région d Afrique de l Ouest. Ces chiffres soulignent l importance régionale de ce pays dans l épidémiologie du choléra. La Figure 3 (p17) présente l ensemble des courbes de notification de cas de choléra des pays frontaliers de la Guinée. Cette figure illustre le contexte épidémique du choléra de la Guinée et des six pays frontaliers et la nécessité une connaissance de la situation sanitaire dans les pays frontaliers pour la lutte contre le choléra. SENEGAL MALI Sénégal Mali Données : Week. Epi. Record - OMS (=> 2007) COTE D IVOIRE Cote d'ivoire LIBERIA Liberia S.LEONE Sierra Leone GUINEE Guinée GUINEE-BISSAU Guinée-bissau Figure 3 : Histogramme par pays des cas nationaux rapportés par l OMS pour la Guinée et l ensemble des pays frontaliers LES PRINCIPALES EPIDEMIES DE CHOLERA EN GUINEE Durant les trois dernières décennies du 20e siècle, le choléra était présent en Guinée sous forme de flambées épidémiques espacées de longues périodes d absences (pouvant durer jusqu à 8 ans). La première épidémie en 1970 a débuté à Conakry (Figure 4, p18). Cette épidémie a seulement été localisée dans deux préfectures du littoral, Conakry et Forécariah. La revue documentaire réalisée sur les lieux n a pas permis d identifier l origine des cas index. Cependant, les nombreux témoignages recueillis sur les lieux attestent que les premiers cas auraient été rapportés dans la ville de Conakry, sans donner plus de précisions sur le mode de démarrage. Les épidémies de 1978 et celles de 1986 se sont également déroulées dans la zone littorale. Cette fois, l origine des cas index a été retrouvée et repris dans des documents qui ont pu être consultés. Ces épidémies avaient eu pour point de départ des localités frontalières de la Sierra Leone (qui était déjà en phase épidémique déclarée). Ce n est qu à partir de 1994, que les épidémies de choléra ont commencé à diffuser UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 17

18 jusqu aux régions continentales, mais avec toujours les zones du littoral et les localités insulaires comme point de départ ? 2007 Point de départ d une flambée épidémique Zones de diffusion, fortement touchées par l épidémie Zones de diffusion, faiblement touchés par l épidémie?? Pas de preuve sur des informations de provenance des cas index Sens de diffusion des cas index Figure 4 : Evolution des épidémies de choléra en Guinée de 1970 à En 2000 et 2001, les préfectures de Guinée forestière Lola, Beyla et Nzérékoré ont été affectée par des épidémies successives totalisant 1103 cas (létalité 10.4%). De 2003 à 2007, des épidémies ont été notifiées chaque année, avec une importante épidémie en 2007, touchant en premier lieu la zone urbaine de Conakry. Depuis 2008, seuls quelques cas sporadiques ont été enregistrés, notamment à Kindia. Dans cette ville, le choléra persiste jusqu à aujourd hui sous forme de cas groupés survenant par petites bouffées épidémiques espacées de quelques semaines. Kindia apparaît actuellement comme un foyer de persistance du choléra au sein de la Guinée maritime. Notons à ce jour, qu aucune épidémie d ampleur n a été signalée pas le Système d Alerte Précoce depuis le début Il existe une composante régionale des épidémies de choléra en Afrique de l Ouest et l on observe une tendance à l accentuation de l amplitude des épidémies de choléra depuis le milieu des années 90. Ce résultat souligne l importance de la prise en compte de cette composante régionale de la maladie. Elle démontre aussi la nécessité opérationnelle d une transmission de l information entre pays frontaliers portant sur les épidémies de choléra de la sous-région, et ce, en particulier pour la Guinée qui partage une frontière avec sept pays de la sous-région. UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 18

19 2. ÉTUDE DE LA DYNAMIQUE TEMPORELLE Le recueil des données nationales hebdomadaires des épidémies de choléra en Guinée sur la période a permis la réalisation d un histogramme des cas hebdomadaires (Figure 5, p19). Le système de collecte est basé sur huit régions administratives comprenant 33 préfectures et les cinq communes urbaines de Conakry. Ces cinq communes urbaines constituent une unité géographique urbaine et une région administrative à proprement parler. D un point de vue pratique, le contrôle des bases de données du système d alerte précoce (registres électroniques, bases de la ville de Conakry et registre papier et CTC de Donka) a révélé une absence de notification des cas en 2004 et 2005 au niveau des cinq communes de Conakry, alors que deux épidémies successives de grande ampleur s y étaient déroulées. Pour cette période, seuls les totaux pour la ville de Conakry sont disponibles. Compte tenu de cette contrainte pratique et de l unité que constitue cette ville, le total Conakry sera l unité géographie de référence dans les analyses de la dynamique temporelle et la recherche de la saisonnalité w1 2003w w w w1 2004w w w w1 2005w w w w1 2006w w w w1 2007w w w w1 2008w w w w1 2009w w w40 Légende : Trait pointillé, limite des données disponibles dans le SAP. Figure 5 : Histogramme des cas hebdomadaires de choléra en Guinée de 2003 à 2008 Depuis 2003, la Guinée a subi huit grandes flambées épidémiques, dont la plus importante a eu lieu en Entre 2004 et 2007, on note la réduction des périodes inter épidémique évoquant un profil endémoépidémique du choléra à l échelle nationale durant cet intervalle. Cette dynamique démontre clairement la nécessité de la prise en charge rapide des démarrages épidémiques pour prévenir la constitution d une flambée épidémique majeure et l intérêt d un travail de prévention durant les périodes inter épidémiques. UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 19

20 La Figure 6 (p20) présente l évolution des cas de choléra en fonction des régions administratives de la Guinée entre 2003 et la semaine 32 de Trois régions du littoral présentent des épidémies récurrentes (Conakry, Boké et Kindia) dont le profil se distingue par rapport aux profils épidémiques des autres régions de la Guinée. Notons, la région de Nzérékoré a été touchée par une succession d épidémie en 2006 et Boké Conakry Faranah Kankan Kindia Labe Mamou NZérékoré w w w w w w w w w w w w w w w w w w w w w w w w w w w w 26 Figure 6 : Histogramme des cas hebdomadaires de choléra en Guinée de 2003 à 2008 par région Depuis cette année, des cas de choléra confirmés biologiquement ont été enregistrés à Conakry et en particulier dans la préfecture de Kindia. Devant cette situation, un redémarrage épidémique reste possible en particulier en zone urbaine. La sensibilisation communautaire et les actions préventions doivent être poursuivies pendant cette période inter-épidémique. La surveillance et la confirmation biologique dans le système d alerte précoce des cas suspects doivent être par ailleurs maintenues. UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 20

21 3. ÉTUDE DE LA REPARTITION SPATIALE La distribution spatiale des épidémies de choléra en Guinée entre 2003 et 2009 est structurée suivant deux espaces géographiques (Figure 7, p23) : Un espace défini par les préfectures littorales de la région de Guinée maritime qui, chaque année, ont été affectées par des épidémies. Les actions de prévention et de lutte doivent donc être prioritairement orientées vers ces préfectures. Il apparaît que la diffusion des épidémies vers l intérieur du pays (moyenne Guinée) reste limitée et varie en fonction des années soulignant la nécessité d une rétro-information efficace vers les préfectures en arrière du cordon littoral pour anticiper l extension du processus épidémique. Notons que c est dans ces préfectures que les taux de létalité sont les plus importants (valeurs de létalité supérieure à 10 % soulignées dans le Tableau I, p15). Cela souligne le retard à la prise en charge dans des préfectures non affectées régulièrement par les épidémies de choléra. La région de Guinée maritime est donc éligible aux actions de préparation à une réponse précoce. Un complément d étude à l échelle sous-préfectorale portant sur deux préfectures maritimes, Boké et Boffa sera présenté ci-dessous. En 2006, un second pôle est visible dans la région de Guinée forestière avec une extension en Moyenne Guinée en Le démarrage de l épisode épidémique de 2006 à Guékedou est probablement consécutif à un cas index provenant du Liberia. La diffusion de la maladie a ensuite suivi les principales voies de communication (routes nationales). Elle a donné à des épidémies partant de Guékédou, puis six semaines plus tard à Kissidougou et envions deux mois et demi après à Faranah. Une seconde épidémie a touché Guékédou en Notons enfin que les cas notifiés à Kankan et Dabola l ont été en fin d année 2007, quelques semaines après la fin de l épisode épidémique de Guékédou. Durant la période étudiée, le choléra n a pas persisté en Guinée forestière en dehors des deux flambées épidémiques. Ainsi, une investigation des premiers cas, une prise en charge précoce (sensibilisation communautaire et chloration ciblée autour des cas) et une veille sanitaire transfrontalière permettraient de limiter le risque de survenue de flambées épidémiques dans cette région. En plus de ces deux espaces géographiques, il est nécessaire de garder en mémoire la possibilité d extension d une épidémie de choléra provenant de la zone sahélienne dans la partie Nord-est du pays. Sur la base des informations provenant de la base du SAP, aucune épidémie de choléra n a pu être identifiée dans les préfectures du Nord-est du pays. Cependant en novembre 2005, deux cas de choléra confirmé biologiquement à l INSP provenaient des préfectures de Kouroussa et Siguiri frontalière avec le Mali (pas d information disponible sur le contexte des cas). Mais notons que le Mali a subi une importante épidémie entre juin 2005 et janvier 2006 [OMS, Cholera Country profile : Mali, 2009]. Ces éléments soulignent que le contexte régionale nécessite d être pris en compte pour anticiper les épidémies et mettre à jour les plans de réponse en fonction de l évolution de l épidémiologie régionale. Les préfectures éligibles prioritairement aux actions de prévention et de lutte contre le choléra peuvent être proposées à partir des données historiques. Ces préfectures peuvent être définies sur un critère quantitatif (taux d attaque ou incidence cumulée supérieur ou égal à 20 cas pour habitants) et/ou sur un critère de fréquence (soit une préfecture affectée plus d une année sur deux sur la période étudiée). Ces préfectures sont signalées par un astérisque dans le Tableau II (p22). Ces préfectures rassemblent l ensemble des préfectures littorales et la préfecture de Guékédou en Guinée forestière. UNICEF. Épidémiologie du choléra en Guinée et évaluation du système d alerte précoce 21

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