UF VIROLOGIE. Responsable de Pôle Dr B. RIGOU poste Chef de service Pr R. Césaire poste 24 24

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1 Responsable de Pôle Dr B. RIGOU poste Chef de service Pr R. Césaire poste Praticiens hospitaliers Dr F. Najioullah poste 3614 Dr L. Fagour poste 1031 Cadre de santé M J. Neret poste : Secrétariat Mme G Bellemare Mme J Palin poste : Secteurs techniques Culture virale poste : Biologie Moléculaire poste : Sérologie poste : Jours et heures de réception des prélèvements Du lundi au vendredi de 8h à 16 h00, Salle de Réception des prélèvements Bâtiment EFS Niveau 1

2 CULTURES VIRALES Les milieux de transport sont fournis par le laboratoire Transport dans les plus brefs délais (<4h) à 4 C dans une glacière. Au-delà de ce délai et hors heures ouvrables, conserver à +4 C Rotavirus/Adenovirus. Recherche directe des Ag viraux Selles Herpès Virus Simplex 1 et 2 (HSV 1/2). Détection antigène et culture. Lésions cutanéo-muqueuses Pot stérile pour coproculture Sur écouvillon. Mettre dans flacon stérile AVEC milieu de transport viral CMV 7 j 1j IgG anti CMV (contrôle d'immunité) S 3j IgM anti CMV + IgG anti CMV (infection aigüe) S 3j Détection/quantification du virus CMV (PCR) < S 5j LCR S 5j Biopsie d organe urine Lavage broncho-alvéolaire (LBA) Pot ECBU AVEC milieu de transport DENGUE En période d épidémie délai sérologie : 2j Détection, typage du virus de la dengue (PCR) S 5j S 5j 5j 2 à 3j

3 LCR 2 à 3j IgG et IgM anti Dengue (sérologie) S 5j Détection du Chikungunya (PCR) CHIKUNGUNYA S 2j LCR 2j Liquide articulaire IgG et IgM anti Chikungunya (sérologie) s 5j Sérologie EBV EBV S 5j GRIPPE (virus influenzae) Grippe A et grippe B: détection par PCR Rhinopharynx, nez Aspirations naso-pharyngées Lavage broncho-alvéolaire (LBA) milieu de transport viral. HEPATITE A Anticorps anti HAV totaux et IgM anti peuvent être réalisées sur le même tube Anticorps anti HAV totaux (statut immunitaire) 1 à 2 j 1 à 2 j 1 à 2 j S 1j

4 IgM anti HAV (diagnostic hépatiteaigüe) S 1j HEPATITE B Les 3 analyses de sérologie HBV peuvent être réalisées sur le même tube sec Dépistage : Ag HBs, Ac anti HBc, Ac anti HBs S 1j Diagnostic d'hépatite aigüe : Ag HBs, IgM anti HBc S 2j Contrôle post-vaccinal Ac anti HBs S 1j Détection/quantification de l'adn VHB (PCR) maximum S 10j HEPATITE C Sérologie VHC (dépistage) S 2j Sérologie VHC (confirmation) S 10j Charge virale ARN VHC (PCR) Génotypage du virus VHC maximum maximum S 10j S/D 4 sem.

5 Herpes simplex virus 1 et 2 Herpès simplex virus 1 et 2 : PCR LCR Biopsie Pot ECBU stérile avec milieu de transport Ponction chambre antérieure Lésions cutanéo-muqueuses milieu de transport viral Nez-gorge-oeil milieu de transport viral HPV Prélèvement endocervical Milieu Labonord (Easyfix) Thinprep HTLV S/D Sérologie HTLV-1/ S 2j Test de confirmation HTLV S 10j Charge provirale HTLV D LCR D Liquide articulaire D METAPNEUMOVIRUS HUMAIN (hmpv) Rhinopharynx, nez milieu de transport viral. Aspirations naso-pharyngées

6 Lavage broncho-alvéolaire (LBA) IgG et IgM anti parvovirus (sérologie) PARVOVIRUS B s 5j Détection du virus VZV (PCR) VARICELLE-ZONA Ponction chambre antérieure LCR Biopsie Lésions cutanéo-muqueuses Sérologie VIH 1-2 Sur écouvillon. Mettre dans flacon stérile AVECmilieu de transport VIH Les 3 analyses de sérologie VIH peuvent être réalisées sur le même tube sec 2j 2j 2j S 1j Test de confirmation VIH S 5j Antigénémie p S 2j Charge virale ARN VIH1 (PCR) Résistance par génotypage (Protease+RT/Integrase) Doit parvenir moins de 6 heures après prélèvement S

7 Doit parvenir moins de 6 heures après prélèvement. Préciser sur ADN génomique si nécessaire. VIRUS RESPIRATOIRE SYNCITIAL (VRS) S/D 7j Détection du VRS par PCR Aspirations nasales Rhinopharynx, nez milieu de transport viral. Lavage broncho-alvéolaire (LBA) ZIKA Détection du virus du Zika (PCR) s foetal s Urine LCR Placenta Liquide articulaire Pot ECBU ANALYSES SOUS TRAITEES Sérologie virale il n est pas nécessaire de prélever un tube par analyse. Prévoir un tube de 5 ml pour 2 analyses Adenovirus 4j 4-7 j Avidité des IgG anti-cmv

8 4j 4-7 j Coxsackie A, B 4j 4-7 j Echovirus 4j 4-7 j Enterovirus total 4j 4-7 j Hépatite delta 4j 4-7 j Herpès virus 1 et 2 4j 4-7 j Rougeole 4j 4-7 j Varicelle-Zona 4j 4-7 j Virus Influenzae (grippe) 4j 4-7 j Virus des oreillons 4j 4-7 j Virus parainfluenzae type 1, 2, 3 4j 4-7 j

9 Virus West Nile 4j 15 j (CNR Guyane) BIOLOGIE MOLECULAIRE (PCR) Enterovirus LCR 3j 8j gorge milieu de transport viral Epstein Barr Virus (EBV) LCR 2j 7j Salive maximum 2j 7j Herpès virus 8 10j Biopsie AVEC milieu de transport ADN proviral VIH1 enfant (PCR) maximum D 7j 3j 10j Virus BK Urines 10j 10j Virus JC LCR 2j 10j

10 Parvovirus B19 maximum 5j

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