Développement de méthodes, logiciels et bases de données pour la recherche en substances naturelles

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1 Jonathan BISSON Interface Chimie et Biologie Docteur en Science, Technologie et Santé Développement de méthodes, logiciels et bases de données pour la recherche en substances naturelles Parcours académique Doctorat, Université de Bordeaux, Très Honorable, Félicitations orales. Jury : Dr. Françoise Guéritte, Pr. Alain Berthod, Pr. Marcel Hibert, Pr. Philippe Jeandet, Patrice André Directeur de thèse : Dr. Pierre Waffo-Téguo Master, Université de Bordeaux, Bien, 1 er. Interface Chimie-Biologie-Physique Brevet de Technicien Supérieur, Lycée Gustave Eiffel, Bordeaux, Bien. Électrotechnique : automatismes, électronique, électricité Octobre RMN Développement logiciel Janvier Septembre 2013 Expérience en recherche Post-doctorat Développement d outils pour la RMN, la chromatographie et les bases de données en substances naturelles., Pr. Guido F. Pauli team. Department of Medicinal Chemistry and Pharmacognosy - University of Illinois at Chicago (USA) Spin complet Simulation, Prédiction, Calcul analyse de résultats CD et RMN, bases de données CPC/CCC Méthodes et développements, étude de systèmes de solvants Développement de stratégies de purification et d analyse appliquées à l œnologie, Équipe du Pr. Philippe Darriet. USC Œnologie - Institut des Sciences de la Vigne et du Vin, Villenave d Ornon, France Couplage CPC avec Spectrométrie de Masse HR Systèmes de Développement, sélection solvants Élucidation structurale RMN, Spectrométrie de Masse Œnologie Recherche de composés responsables de différents goûts (sucré,amer-... ) Doctorat Développements méthodologiques en Chromatographie de Partage Centrifuge : Application aux stilbénoïdes., Équipe du Pr. Jean-Michel Mérillon. Groupe d Étude des Substances Végétales à Activité Biologique - Institut des Sciences de la Vigne et du Vin, Villenave d Ornon, France Couplage CPC avec Spectrométrie de Masse et RMN Systèmes de solvants Élucidation RMN, Spectrométrie de Masse Essais structurale biologiques Développement logiciel Rétro-ingénierie, automatisation d analyse, bases de données Développement, sélection, et modélisation Antioxydant, neuroprotection, chélation du fer

2 Stages 2009 Master 2, Phytochimie, Institut de Chimie des Substances Naturelles (CNRS), Gif-sur- Yvette, France, Équipe du Dr. Françoise Guéritte, Pôle Substances Naturelles Plantes Maître de stage : Vincent Dumontet Isolation d actifs anti-tumoraux et inhibiteurs d AChE à partir d un arbre Vietnamien. Fractionnement, Purification, Élucidation structurale, Essais biologiques robotisés Master 1 Research Training, Spectrométrie de Masse, Institut Européen de Chimie et de Biologie, Bordeaux, France, Maître de stage : Jean-Marie Schmitter. Détermination du taux et de la position de greffons synthétiques sur une protéine par MALDI-TOF, clivage enzymatique et développement logiciel Licence 3, Chimie des polymères à visée thérapeutique et esthétique, ProCyTech, Martillac, France Développement de gels de polyacrylamide résorbables au travers de nouveaux agents réticulants. Gestion de Projet, étude de faisabilité, participation au dépôt d un brevet.. Expérience en entreprise 2008 Technicien de laboratoire et gestion de parc informatique BlackStone Marketing Services, Martillac, France Maintenance et réparation d équipements de laboratoire, gestion du réseau (VPN) 2007 Technicien de laboratoire ProCyTech, Martillac, France Étude technique sur un gel de polyacrylamide résorbable et formulation de dispositifs médicaux injectables Expérience d enseignement Encadrement de stagiaires Phytochimie, de la plante à la molécule Master 2 Phytochimie (Corse), 6 mois Master 1 2 stagiaires Nutrition Humaine et Santé, 1 mois 2 stagiaires Biotechnologie des Plantes, 1 mois Moniteur Travaux Pratiques 2012 Pharmacognosie «Extraction de principes actifs à partir de plantes», Travaux Pratiques, 64 heures. Pharmacie 2 ème et 3 ème année. Cours 2012 Création et réalisation «Métabolites d intérêt industriel : des Substances Naturelles à l homme». Activités collectives et participatives. 6 heures. Autres 2005 Formateur logiciels libres (Zotero, GNU/Linux, Inkscape... ) Expériences d organisation d évènements Organisation de congrès et conférences 2011 SEP 2001 (International), Organisateur, Association Francophone des techniques Séparatives Journée annuelle des doctorants EDSVS Bordeaux Segalen (Local), Organisateur 2011 Université d été CJC (National), Organisateur 2010 Forum AquiDoc (Régional), Organisateur

3 Compétences Solide Liquide Générale RMN Masse Optique Cibles Automatisation Général Chromatographie CCM, CLHP analytique et préparative, colonnes ouvertes, flash CPC (systèmes Kromaton/Rousselet Robatel et Armen instruments) développement de méthodes, systèmes de solvants Réalisation de couplages, CPC-Masse, CPC-RMN, SPE automatisée (Spark Prospekt) Spectroscopie et méthodes analytiques Brüker, acquisition, optimisation de séquences (Ultra-Fast NMR), analyse spin complet (PERCH), élucidation structurale, LC-RMN, LC-SPE-RMN, développement et optimisation de couplages Brüker (ESI-IT, MALDI), Thermo (Exactive OrbiTrap), acquisition, développement de méthodes, maintenance et dépannage, couplages Polarimétrie, UV-Visible, Infrarouge et Dichroïsme Circulaire Essais biologiques Biological Assays Inhibition AChE, chélation du fer, aggrégation beta-amyloïde, anti-oxydant Robot BioMek Développement et validation Informatique Programmation Python, C, C++, Scilab, R, Ruby Web HTML 5, CSS, PHP, JavaScript, Ruby on Rails, Wt Publication Bibliographie L A TEX, Inkscape, Scribus, OpenOffice/LibreOffice, Microsoft Office Zotero, SciFinder, BibTex, divers outils en ligne Maintenance et réparation Systèmes d exploitation Gestion de données Logiciel, Matériel, Réseaux, Équipements de laboratoire Électronique GNU/Linux (15 ans d expérience), BSD, Microsoft, Apple SQL, OrgMode, XML Microcontrolleur Atmel AVR, TI MSP430 Conception et Adaptation Rétro-ingénierie Analogique et numérique, analyse des signaux, automatisme Logiciel Décompilation, debug binaires Matériel Protocoles de communication, mécanique Audio et Musique Audio-visuel Création, Adaptation, Montage Langues Graphisme et Vidéo 2D vectoriel et matriciel 3D Statique et Animé Montage vidéo Français Anglais Natif Bon niveau, Oral et écrit Distinctions 2012 Bourse Lapervenchelif pour ICNPR e 2009 Financement Ministère pour 3 ans de doctorat - classé 10/150

4 Publications dans des journaux internationaux à comité de lecture RMN : Analyse spin complète Guido F. Pauli, Shao-Nong Chen, David C. Lankin, Jonathan Bisson, Ryan J. Case, Lucas R. Chadwick, Tanja Gödecke, Taichi Inui, Aleksej Krunic, Birgit U. Jaki, James B. McAlpine, Shunyan Mo, José G. Napolitano, Jimmy Orjala, Juuso Lehtivarjo, Samuli-Petrus Korhonen, and Matthias Niemitz Essential Parameters for Structural Analysis and Dereplication by 1H NMR Spectroscopy. Journal of Natural Products 77(6), (2014) : doi : /np Phytochimie Christina M. P. Vidal, Ariene A. Leme, Thaiane R. Aguiar, Rasika Phansalkar, Joo-Won Nam, Jonathan Bisson, James B. McAlpine, Shao-Nong Chen, Guido F. Pauli, and Ana Bedran-Russo Mimicking the Hierarchical Functions of Dentin Collagen Cross-Links with Plant Derived Phenols and Phenolic Acids Langmuir ASAP, (2014) doi : /la Thierry Buffeteau, Dominique Cavagnat, Jonathan Bisson, Axel Marchal, Gilbert D. Kapche, Ilaria Battistini, Gregory Da Costa, Alain Badoc, Jean-Pierre Monti, Jean-Michel Mérillon, and Pierre Waffo-Téguo Unambiguous Determination of the Absolute Configuration of Dimeric Stilbene Glucosides from the Rhizomes of Gnetum africanum Journal of Natural Products 77(8), (2014) : doi : /np500427v Carole Lambert, Jonathan Bisson, Pierre Waffo-Téguo, Yorgos Papastamoulis, Tristan Richard, Marie-France Corio-Costet, Jean-Michel Mérillon, and Stéphanie Cluzet. Phenolics and their antifungal role in grapevine wood decay : focus on the botryosphaeriaceae family. Journal of Agricultural and Food Chemistry 60(48) (2012) : doi : /jf303290g. Carole Lambert, Tristan Richard, Elodie Renouf, Jonathan Bisson, Pierre Waffo-Téguo, Louis Bordenave, Nathalie Ollat, Jean-Michel Mérillon, and Stéphanie Cluzet Comparative Analyses of Stilbenoids in Canes of Major Vitis vinifera L. Cultivars Journal of Agricultural and Food Chemistry 61(47) (2013) : Merian Nassra, Stéphanie Krisa, Yorgos Papastamoulis, Gilbert Deccaux Kapche, Jonathan Bisson, Caroline André, Jan-Pieter Konsman, Jean-Marie Schmitter, Jean-Michel Mérillon, and Pierre Waffo-Téguo Inhibitory Activity of Plant Stilbenoids against Nitric Oxide Production by Lipopolysaccharide-Activated Microglia Planta Medica : 79(11), (2013) : doi : /s Yorgos Papastamoulis, Jonathan Bisson, Hamza Temsamani, Tristan Richard, Axel Marchal, Jean-Michel Mérillon, and Pierre Waffo-Téguo New E-miyabenol isomer isolated from grapevine cane using centrifugal partition chromatography guided by mass spectrometry Tetrahedron : In press, (2014) doi : /j.tet Spectrometrie de masse Kamel Arraki, Tristan Richard, Alain Badoc, Eric Pédrot, Jonathan Bisson, Pierre Waffo-Téguo, Ahmed Mahjoub, Jean-Michel Mérillon, and Alain Decendit Isolation, Characterization and Quantification of Stilbenes from Some Carex Species Records of Natural Products 7(4) Acgpubs (http ://www.acgpubs.org/rnp/2013/volume7/issue%201/43- RNP pdf) Alison D Pawlus, Emma Cantos-Villar, Tristan Richard, Jonathan Bisson, Pascal Poupard, Yorgos Papastamoulis, Jean-Pierre Monti, Pierre-Louis Teissedre, Pierre Waffo-Téguo, and Jean-Michel Mérillon. Chemical dereplication of wine stilbenoids using high performance liquid chromatography-nuclear magnetic resonance spectroscopy. Journal of Chromatography A 1289, (2013) : doi : /j.chroma

5 Alison D Pawlus, Ramla Sahli, Jonathan Bisson, Céline Rivière, Jean-Claude Delaunay, Tristan Richard, Eric Gomès, Louis Bordenave, Pierre Waffo-Téguo, and Jean-Michel Mérillon. Stilbenoid profiles of canes from Vitis and Muscadinia species. Journal of Agricultural and Food Chemistry Biology (2012). doi : /jf303843z. CCC/CPC Jonathan Bisson, Pascal Poupard, Alison D Pawlus, Alexandre Pons, Philippe Darriet, Jean-Michel Mérillon, and Pierre Waffo-Téguo. Development of hybrid elution systems for efficient purification of stilbenoids using centrifugal partition chromatography coupled to mass spectrometry. Journal of Chromatography A 1218(36) (2011) : doi : /j.chroma Davide Slaghenaufi, Stéphanie Marchand-Marion, Tristan Richard, Pierre Waffo-Téguo, Jonathan Bisson, Jean-Pierre Monti, Jean Michel-Mérillon, and Gilles de Revel. Centrifugal partition chromatography applied to the isolation of oak wood aroma precursors. Food Chemistry (2013). doi : /j.foodchem Journaux associatifs Jonathan Bisson, Pierre Waffo-Téguo, and Jean-Michel Mérillon. Les techniques analytiques dans l étude de la vigne et du vin : le cas des stilbénoïdes. (Analytical techniques in the study of vine and wine : the stilbenoid case) CJ Mag, AFSEP, 2, 18-23, 2010 Présentations orales Reverse-engineering des équipements et formats de fichiers dans la recherche. THSF 2013, Toulouse, France, 26 Mai 2013 Hyphenating Countercurrent Chromatography with NMR and Mass Spectrometry. How to enhance the range of the liquid phases. ICNPR 2012, New York, USA, 31 Juillet 2012 Couplages de la Chromatographie de Partage Centrifuge avec des techniques analytiques dans la recherche de stilbénoïdes à activités biologiques. Société de Pharmacie de Bordeaux, Bordeaux, France, 5 Avril 2012 Phytochimie de la vigne et du vin : Apport des techniques couplées, CPC-MS et CLHP-RMN Rencontre des jeunes chercheurs, AFSEP, Paris, France, 14 Octobre 2010 Phytochimie des stilbénoïdes de la vigne et du vin : Développement de méthodes innovantes pour l obtention de nouveaux composés Rencontres annuelles ISVV, Bordeaux, France, 1-2 Juillet 2010 Posters Jonathan Bisson, Jean-Michel Mérillon, and Pierre Waffo-Téguo. Development of a new CPC elution mode "back-step" using hyphenation with mass-spectrometry in the purification of stilbenoids from Vine. SEP 2011, Toulouse, France, Mars 2011 Jonathan Bisson, Pascal Poupard, Alexandre Pons, Jean-Michel Mérillon, and Pierre Waffo-Téguo. Development of a gradient elution system for efficient purification of Stilbenoids using centrifugal partition chromatography coupled to mass spectrometry CCC2010, Lyon, France, Juillet 2010 Sociétés savantes 2013 Association Francophone pour l Enseignement et la Recherche en Pharmacognosie (AFERP) Association Francophone des Techniques Séparatives (AFSEP) Société Française d Ethnopharmacologie (SFE)

6 Formations professionnelles 2011 Formation en Ethnopharmacologie Société Française d Ethnopharmacologie, 5-10 Septembre, Metz, France Anthropologie, ethnobotanique, stratégies de travail, phytothérapie, chamanisme Formations universitaires Prendre la parole en anglais, Communiquer et écrire la science, Communication interpersonnelle et sociale, Histoire des sciences Activités associatives 2014 Membre, Laboratoire ouvert et collaboratif (HackerSpace), Pumping Station One, Chicago Membre, Laboratoire ouvert et collaboratif (HackerSpace), LaBx, Bordeaux 2005 Membre, TROLL, Théâtre et Jardin Écriture, jeu et direction collective de pièces de théâtres et de spectacles Jardinage et production en permaculture, recherche et distribution/vente Montage Audio et Vidéo Président, Association des doctorants et docteurs en biologie de Bordeaux, 2D2B Université de Bordeaux Membre du bureau et Webmaster, Association francophone des techniques séparatives - Club Jeunes

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