Réunion du réseau de génétique du Département EFPA

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1 17 19 novembre 2014 Centre INRA de Nancy Lorraine Programme Lundi 17 novembre Salle Tilleul 13:00 Bus pour l'inra depuis la gare de Nancy 14:00 14:30 Introduction de la réunion tour de table 14:30 14:45 Thibault Leroy, BIOGECO (Bordeaux) Assemblage du génome de référence & divergence interspécifique au sein du complexe d'espèces des chênes blancs 14:45 15:00 L'orateur mystère (exposé à confirmer) Applications NGS en génotypage, développement de marqueurs et analyse fonctionnelle chez les arbres tropicaux 15:00 15:15 Sophie Gerber, BIOGECO (Bordeaux) 15:15 15:30 Pause Pluralité, hétérogénéité : une plante est elle un individu? 15:30 15:45 Fabien Halkett, IAM (Nancy) Évolution de la structure génétique de la rouille du peuplier lors d'un événement majeur de contournement de résistance 15:45 16:00 Marie Agnès Coutellec, ESE (Rennes) Génétique des populations et évolution de l'expression génique chez un mollusque d'eau douce exposé à des pesticides agricoles 16:00 16:15 Joëlle Chat, ECOBIOP (Bordeaux) Dispersion et conservation d'un grand migrateur (Salmo trutta) 16:15 16:30 Dominique Barloy, ESE (Rennes) Réponses aux stress et adaptation des jussies, espèces invasives aquatiques 16:30 16:45 Sophie Launey, ESE (Rennes) Evolution de l anadromie chez les lamproies INRA Nancy Lorraine novembre

2 16:45 17:00 Olivier Lepais, ECOBIOP (Bordeaux) 17:00 17:15 Pause Simulation pour la prévision du nombre de locus ciblés par les approches de Génotypage par Séquençage 17:15 17:30 Audrey Cadou, ESE (Rennes) Structure génétique des populations de crevettes du genre Macrobrachium aux Antilles françaises 17:30 17:45 Ronan Becheler, IAM (Nancy) Étude d'une invasion biologique in natura en utilisant le modèle de Melampsora larici populina 19:00 21:00 Dîner (buffet au centre INRA) 21:30 Retour en bus à l'hôtel (arrivée vers 22:00) Mardi 18 novembre Salle LEGF 8:20 Bus pour l'inra depuis l'hôtel Soyez à l'heure! le bus ne pourra pas attendre 9:00 11:00 Atelier pratique : 11:00 11:20 Pause 11:20 12:30 Suite de l'atelier Inférence de l'histoire des populations avec la méthode Approximate Bayesian Computation (ABC) Miguel Navascuès (INRA Montpellier) 12:30 14:30 Déjeuner à la cantine (non pris en charge) 14:30 16:30 Atelier pratique : 16:30 16:50 Pause 16:50 18:00 Suite de l'atelier Détection de loci sélectionnés grâce aux scans génomiques Simon Boitard (Muséum national d'histoire naturelle) 18:30 Retour en bus à l'hôtel (arrivée vers 19:00) 20:00 Dîner pris en commun À la Table du Bon Roi Stanislas 7 rue Gustave Simon INRA Nancy Lorraine novembre

3 Mercredi 19 novembre Salle de conférences 8:20 Bus pour l'inra depuis l'hôtel Soyez à l'heure! le bus ne pourra pas attendre 9:00 10:00 Séminaire de Simon Boitard 10:00 10:20 Pause Détection de signatures de sélection dans le génome bovin à partir de données NGS 10:20 11:20 Séminaire de Miguel Navascuès Demographic inference using skyline plots on approximate Bayesian computation 11:20 12:00 Conclusions et perspectives du réseau 12:00 Retour en bus sur Nancy (arrivée à la gare à 13:00) Logiciels à installer pour les ateliers Atelier "Détection de loci sélectionnés grâce aux scans génomiques" python (version 2.6 ou 2.7 uniquement) numpy (package python) scipy (package python) R pool hmm à CETTE adresse https://qgsp.jouy.inra.fr/index.php?option=com_content&view=article&id=56&itemid=63 Atelier "Inférence de l'histoire des populations avec la méthode Approximate Bayesian Computation (ABC)" R phylcust (package R) abc (package R) hdrcde (package R) R Studio (recommandé) INRA Nancy Lorraine novembre

4 Informations pratiques Stéphane De Mita : Guillaume Evanno : Hôtel Revotel : rue Raymond Poincaré Restaurant À la Table du Bon Roi Stanislas : 7 rue Gustave Simon Plan de Nancy avec l'hôtel, le restaurant et les points de départ du bus Plan du centre INRA et localisation des salles utilisées pour la réunion INRA Nancy Lorraine novembre

5 Participants Animateurs du réseau : Stéphane De Mita IAM Guillaume Evanno ESE Participants à la réunion : Dominique Barloy ouest.fr ESE Ronan Becheler IAM Audrey Cadou ESE Henri Caron ECOFOG Joëlle Chat pee.inra.fr ECOBIOP Marie Agnès Coutellec marie ESE Pascal Frey IAM Fabien Halkett IAM Sophie Gerber BIOGECO Sophie Launey ESE Olivier Lepais pee.inra.fr ECOBIOP Thibault Leroy BIOGECO Claude Murat IAM Miguel Navascuès CBGP Antoine Persoons IAM Christophe Plomion BIOGECO Formateur extérieur invité : Simon Boitard ISYEB Organisation : Agnès Didier IAM Soutiens Le réseau génétique est soutenu par le département EFPA La réunion 2014 est soutenue par le Labex ARBRE Lien https://colloque6.inra.fr/efpa_reseau_genetique2014 INRA Nancy Lorraine novembre

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