Introduction à Linux (pour le HPC) «Linux 101» Présentation :

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1 Introduction à Linux (pour le HPC) «Linux 101» Présentation : U. Laval - Mars

2 2 Plan de la présentation 1.Accéder à une grappe 2.Fichiers et leur gestion 3.Édition et affichage de fichiers 4.Modules

3 Introduction à Linux Accéder à une grappe 3

4 4 Protocoles Supportés : SSH (Secure Shell) SFTP (Secure File Transfer) SCP (Secure Copy) Non supportés : FTP, FTPS, HTTP, etc.

5 5 Grappes disponibles à Calcul Québec Colosse : colosse.clumeq.ca Guillimin : guillimin.clumeq.ca Altix : frontal.rqchp.qc.ca Cottos : cottos.rqchp.qc.ca Briarée : briaree1.rqchp.qc.ca Mammouth : serverxyz.ccs.usherbrooke.ca

6 6 Sous Windows Putty :

7 7 Sous Linux/Mac OS Ouvrir un terminal (iterm, Terminal, console) Taper : ssh ur.de.calcul Entrer votre mot de passe

8 8 Exercice #0 1.Se connecter à Colosse via putty ou via un terminal colosse.clumeq.ca

9 9 Ligne de commande? DOS Barre d adresse d un navigateur web about:blank Champ de recherche de Google define: command line sqrt(3) c in feet/nanosecond [~1]

10 Introduction à Linux Commande la plus importante : «man» (manuel) 10

11 Introduction à Linux Fichiers et leur gestion 11

12 12 Système de fichiers Windows, basé sur les disques : C:\ D:\ E:\ Linux/Mac, une seule racine : «/» Les sous-répertoires de «/» peuvent être sur différents disques, disque réseau, même en mémoire vive.

13 13 Navigation dans l arborescence Commandes cd (change directory) pwd (print working directory) Répertoires spéciaux ~ $HOME $RAP $SCRATCH $RAMDISK

14 14 Gestion des fichiers et répertoires ls [-laht] (lister) [-xionasd] => options mv (déplacer) cp [-R] (copier) mkdir [-p] (créer un répertoire) rm [-r] (supprimer un fichier/répertoire)

15 15 Exercice #1 1.Lister le contenu du répertoire /clumeq/formation/ _Linux101 2.Créer un répertoire «introlinux» dans votre répertoire $HOME 3.Copier le contenu de «/clumeq/formation/ _Linux101/» dans votre $HOME/introlinux 4.Aller dans le sous-répertoire «exercice1» 5.Renommer «torename.txt» en «renamed.txt» 6.Supprimer «toremove.txt» 7.Supprimer «directory-to-remove»

16 16 Sous Linux/Mac : Transfert de fichiers scp [-Cr] <source> <destination> sftp Utilitaire graphique : FileZilla Sous Windows, clients SCP/ SFTP WinSCP et FileZilla

17 17 Compression de fichiers 1.Deux formats courants : «.tar.gz» et «.zip» 1.«.tar.gz» : 1.Extraire : tar xfvz fichier.tar.gz [-C <destination>] 2.Créer : tar cfvz fichier.tar.gz <liste_de_fichiers> 2.«.zip» : 1.Extraire : unzip fichier.zip [-d <destination>] 2.Créer : zip -r fichier.zip <liste_de_fichiers>

18 18 Exercice #2 1.Transférer un ou plusieurs fichiers de votre machine vers Colosse dans le sous-répertoire «exercice2» 2.Compresser vos fichiers en une archive «.tar.gz» ou «.zip». 3.Décompresser les fichiers SQUACK_2.0.0.zip et gsl-1.15.tar.gz dans le répertoire «exercice2».

19 Introduction à Linux Édition et affichage de fichiers 19

20 20 Édition de fichiers Plusieurs éditeurs disponibles : nano : très simple mcedit : se rapproche d un vieil éditeur DOS vim : plus complexe, mais plus puissant : emacs : plus complexe, mais plus puissant :

21 21 Visualisation de fichiers «cat» : affiche la totalité du fichier «less» & «more» : affiche le fichier en donnant un certain contrôle «tail -n 50» : affiche les 50 dernières lignes d un fichier «head -n 50» : affiche les 50 premières lignes d un fichier

22 22 Formats Windows vs Linux/Mac Caractères de fin de ligne différents Peut causer plein d erreurs bizarres «dos2unix» : convertir format Windows (dos) vers unix «unix2dos» : faire l inverse

23 23 Exercice #3 1.Obtenir les instructions du fichier «exercice3/ instructions.txt» 2.Suivre ces instructions

24 Introduction à Linux Modules et librairies 24

25 25 Module Les modules modifient les variables d environnement pour rendre accessible des applications ou librairies. «module avail» : liste les modules disponibles «module list» : liste les modules chargés «module load <nom>» : active le module «nom» «module unload <nom>» : désactive le module «nom» «module purge» : désactive tous les modules «module what-is <nom>» : affiche une description du module «nom»

26 26 Environnement 1.Les variables d environnement définissent (presque) toute la configuration : ce qui est visible, ce qui ne l est pas, les chemins par défaut, etc. 1.«env» : Voir toutes les variables d environnement 2.«echo $PATH» : Voir la liste des répertoires de recherche 1.Seules les applications qui sont dans un répertoire du $PATH sont accessibles. 3.$RAP, $HOME, $SCRATCH sont des variables d environnement

27 27 Exercice #4 1.Charger un compilateur gcc 2.Vérifier quel est le binaire utilisé avec «which gcc» 3.Charger une autre version de gcc 4.Vérifier quel est le binaire utilisé avec «which gcc»

28 28 Ressources de CalculQuébec Site web Documentation https://www.clumeq.ca/wiki Portail utilisateur Courriel https://www.clumeq.ca/users

29 29 Questions?

30 30 Devoir Vous créer un compte sur Colosse https://ccdb.computecanada.ca/me/facilities (demander pour CLUMEQ) Aller sur notre wiki https://www.clumeq.ca/wiki/ Réviser les pages : Linux pour les non-initiés Premiers pas sur Colosse Essayer de suivre les pages : Compiler une application Comment lancer une tâche Utilisation de MOAB

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