Compte rendu 161 Virologie moléculaire ARN HIV
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- Anatole Beaudoin
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1 Compte rendu 161 Virologie moléculaire ARN HIV Centre Toulousain pour le Contrôle de qualité en Biologie clinique Association déclarée à la Préfecture de la Haute-Garonne le 30 Octobre 1973 et enregistrée sous le n W CTCB - 33 route de Bayonne TOULOUSE Tél : Fax : secretariat.ctcb@ctcb.com site Internet : Siret : APE : 8559A Accréditation n Portée disponible sur PROGRAMME GÉRÉ PAR LE CTCB ET MUTUALISÉ AVEC L ASSOCIATION BIOLOGIE PROSPECTIVE. Expert biologiste Virologie Dr K. SAUNE saune.k@chu-toulouse.fr Coordonnateur des programmes Dr S. ALBAREDE Pharmacien Biologiste s.albarede@ctcb.com Vérification du contenu scientifique et autorisation du rapport d essai d aptitude Documentation Le compte rendu comporte les éléments suivants : - Une partie commune pour tous les laboratoires : Pages explicatives : présentation du programme, du traitement statistique, notation du laboratoire et informations générales, Exploitation statistique, Commentaire éventuel sur les réponses des participants. - Une partie propre à chaque laboratoire «Résultats individuels» en annexe 1 : Résultats du laboratoire Evaluation de la performance du laboratoire Sommaire 1. Présentation du programme d intercomparaison page 2 2. Codage technique page 2 3. Déroulement du traitement statistique qualitatif page 2 4. Déroulement du traitement statistique quantitatif page 3 5. Détermination de la notation du laboratoire page 3 6. Interprétation des notations page 4 7. Consigne de saisie des résultats page 4 8. Exploitation des résultats page 5 Page 1 sur 8
2 1. PRESENTATION DU PROGRAMME D INTERCOMPARAISON Expert du programme : Dr K.SAUNE, PTI Virologie (IFB Purpan), CHU Toulouse - saune.k@chu-toulouse.fr En début de campagne, chaque laboratoire reçoit les 6 échantillons de la campagne qu il stocke au congélateur à -20 C (1.8 ml de plasma par échantillon). Deux fois dans l année, le laboratoire est averti et il réalise sur 3 échantillons la détection qualitative et/ou quantitative de l ARN du virus HIV. Préparation des objets soumis à l essai : Les échantillons sont préparés et testés par notre sous-traitant, PTI Virologie (IFB Purpan), CHU Toulouse selon les modalités internes (procédures et modes opératoires) : Les échantillons sont ensuite acheminés au CTCB pour l emballage et l expédition. Tous les essais réalisés par le laboratoire sous-traitant permettent de : Vérifier l homogénéité des échantillons au sein d un même lot, Vérifier la stabilité des échantillons afin de garantir qu ils ne subiront pas de modifications significatives tout au long de l essai, Déterminer les résultats attendus qualitatifs. 2. CODAGE TECHNIQUE La saisie de la trousse s effectue au moment de la saisie des résultats sur le site internet par l intermédiaire d une liste déroulante. Une sélection correcte est obligatoire pour réaliser une exploitation statistique pertinente. La gestion du codage technique relève de la responsabilité du laboratoire participant, qui en cas de nouvelle trousse non listée dans la table de codage interactive, doit le préciser dans la zone «Commentaire» lors de la saisie internet. Le CTCB prendra alors en compte la remarque de l adhérent afin d impacter la base de données pour le prochain contrôle (après vérification et validation par l expert biologiste du programme). 3. DEROULEMENT DU TRAITEMENT STATISTIQUE QUALITATIF Le traitement statistique qualitatif est réalisé selon le protocole suivant : Type de traitement statistique «Toutes réponses confondues» «Par trousse» Règles de sélection des données Aucune sélection particulière. Traitement statistique réalisé avec l ensemble des données. Traitement statistique réalisé avec les données des laboratoires utilisant la même trousse. En synthèse, nous obtenons : N : nombre de réponses exploitables % : pourcentage de laboratoires utilisant la trousse NEGATIF : nombre de réponses négatives DOUTEUX : nombre de réponses douteuses POSITIF : nombre de réponses positives Page 2 sur 8
3 4. DEROULEMENT DU TRAITEMENT STATISTIQUE QUANTITATIF Un traitement statistique quantitatif est réalisé par le CTCB puis validé par l expert selon le protocole suivant : Les statistiques sont réalisées après transformation des résultats rendus c/ml en log c/ml. Type de traitement statistique «Par trousse» Règles de sélection des données Traitement statistique réalisé avec les données des laboratoires utilisant la même trousse. Exclusion des valeurs aberrantes (erreur de saisie, inversion de flacons/ tubes) par médiane +/- 50 %. Détermination des paramètres «ROBUSTES» à partir des valeurs restantes : le programme utilise l Algorithme A décrit dans la norme NF ISO pour déterminer la moyenne robuste, l écart type robuste et le coefficient de variation robuste (cf. procédure «Analyse robuste des résultats selon la norme NF ISO PR.AND.22»). Critères de rendus des résultats : o Exclusion des trousses si l effectif est inférieur à 3 : nous avons pris le parti de rendre les résultats à partir d un effectif supérieur ou égal à 3 tout en sachant que l interprétation statistique sera limitée pour les faibles effectifs. o Techniques à exclure pour résultats hors domaine linéarité. En synthèse, nous obtenons (selon le cas) : N* : nombre de valeurs APRES exclusion N: nombre de valeurs AVANT exclusion Min* : valeur minimum APRES exclusion Min : valeur minimum AVANT exclusion Max* : valeur maximum APRES exclusion Max : valeur maximum AVANT exclusion Moy r : moyenne robuste ET r : écart-type robuste CV r : coefficient de variation robuste = (ETr x 100) / (Moy r) 5. DETERMINATION DE LA NOTATION DU LABORATOIRE Le CTCB propose deux types de classification : Notation des résultats qualitatifs : Le système de notation qualitatif repose sur l échelle d'évaluation suivante : A = Réponse attendue B = Réponse acceptable C = Réponse à analyser par le laboratoire D = Réponse erronée Le résultat attendu est la valeur transmise par l expert selon le protocole qu il a défini. Cette valeur est confirmée après l exploitation des résultats des adhérents : elle devient alors la valeur assignée. Notation des résultats quantitatifs en fonction de l écart type normalisé (EN) : uniquement pour les marqueurs POSITIFS La position du laboratoire est déterminée en fonction de l écart relatif entre le résultat du laboratoire et la moyenne robuste calculée («Par trousse»). Page 3 sur 8
4 0-3 EN - 2 EN - 1 EN + 1 EN + 2 EN + 3 EN discordance avec les laboratoires zone d alerte en accord avec les laboratoires parfait accord avec les laboratoires en accord avec les laboratoires zone d alerte discordance avec les laboratoires Chaque lettre est suivie d un + ou d un - suivant que le résultat du laboratoire est supérieur ou inférieur à la moyenne. Le Z score exprime le nombre "d'écarts types" pour lequel le résultat du laboratoire s'écarte au-dessus ou audessous de la moyenne vraie de la population. Les Z scores sont standardisés pour une distribution telle que la moyenne soit de 0 et l'écart type de 1 (distribution normale centrée réduite). EN (Z score) = Résultat du laboratoire Moyenne robuste Ecart-type robuste Le signe positif du Z score signale un laboratoire qui a tendance à majorer son résultat, et inversement le signe négatif signale un laboratoire qui a tendance à minorer son résultat. Les moyennes robustes sont déterminées à partir des résultats fournis par l ensemble des participants utilisant la même trousse. Avec cette approche, la valeur assignée est la valeur consensuelle des laboratoires participants. 6. INTERPRETATION DES NOTATIONS Le laboratoire est évalué en fonction de l écart relatif entre son résultat et la moyenne robuste calculée («Par trousse). L écart type normalisé (Z score) est utilisé pour évaluer la performance du laboratoire par rapport aux autres laboratoires. De par sa formule, elle est dépendante de la dispersion des résultats et du biais du laboratoire par rapport à la moyenne robuste (X laboratoire X assigné ) : Une technique avec une dispersion élevée favorise les laboratoires, Une technique avec une dispersion faible pénalise les laboratoires. Les Z scores sont déterminés uniquement pour les marqueurs POSITIFS et pour les trousses non exclues par les critères de validité. Pour l'interprétation des résultats, il est nécessaire de tenir compte des éléments suivants qui peuvent conduire à un Z score élevé sans conséquence analytique et/ou clinique critique : coefficient de variation obtenu pour votre trousse : s il est très bas, il peut conduire à un Z score élevé pour un écart non critique. Effectif : nous avons choisi de donner une interprétation à partir d un effectif supérieur ou égal à 3 mais un effectif au moins supérieur à 10 est souhaitable. 7. CONSIGNES DE SAISIE DES RESULTATS L exploitation des données dépend directement de la qualité de la saisie de ces données. Les traitements statistiques permettent de pallier à certaines erreurs de saisie mais malgré tout, certaines données restent inexploitables PS : Ces documents doivent être archivés selon la réglementation en vigueur. Pour tout renseignement : COORDONNATEUR / BIOLOGISTE : Stéphanie ALBAREDE - s.albarede@ctcb.com ADMINISTRATIF : Marie-Christine ONDERBEKE, Tél. : Fax : secretariat.ctcb@ctcb.com TECHNIQUE : Delphine GARIMBAY, Tél. : d.garimbay@ctcb.com QUALITE : Erick SANCHEZ, Tél. : e.sanchez@ctcb.com INFORMATIQUE : Philippe GONZALVO - p.gonzalvo@ctcb.com Information : Les essais d homogénéité et de stabilité se sont avérés conformes aux modalités décrites dans la procédure de contrôle. Les documents utilisés pour réaliser ce programme d intercomparaison (préparation des objets d essai, détermination des valeurs indicatives et assignées, traitement statistique, ) sont disponibles sur demande auprès du CTCB. L interprétation de ces résultats ne doit pas se faire isolément et doit être rapprochée de ceux obtenus lors des autres opérations de contrôle effectuées dans le cadre de l évaluation interne et de l évaluation externe du laboratoire. Page 4 sur 8
5 Plasma 1611 Analyse des réponses qualitatives Trousses N % Négatif Douteux Positif =Assigné ABBOTT - Amplification reagent realtime kit HIV 36 27, BECKMAN - VERIS HIV-1 Assay 2 1, Biocentric Generic hiv 1 0, BIOMERIEUX Nuclisens EasyQ HIV-1 v , CEPHEID GenExpert - Xpert HIV-1 Viral Load 17 13, HOLOGIC - Aptima HIV - 1 Quant dx assay 4 3, NOVARTIS - Procleix Ultrio Elite Assay 1 0, QIAGEN - Artus HI Virus-1 QS-RGQ 5 3, ROCHE - Cobas HIV-1 cobas 4800 System 5 3, ROCHE - Cobas HIV-1 cobas 6800/8800 Systems 1 0, ROCHE-Cobas Ampliprep Cobas TaqMan HIV , ROCHE-Cobas TaqMan HIV , ROCHE-Cobas TaqMan HIV-1 High Pure System 4 3, SIEMENS Versant HIV-1 RNA 1.5 (kpcr) 1 0, TOTAL % Analyse des réponses quantitatives Trousses N N* Min* Max* Moy r ET r CV r ABBOTT - Amplification reagent realtime kit HIV ,74 4,62 3,91 0,09 2,23 BIOMERIEUX Nuclisens EasyQ HIV-1 v ,82 4,32 4,07 0,18 4,43 ROCHE-Cobas TaqMan HIV ,56 4,19 4 0,18 4,59 ROCHE-Cobas Ampliprep Cobas TaqMan HIV ,51 4,21 4,08 0,06 1,45 ROCHE-Cobas TaqMan HIV-1 High Pure System 4 4 3,45 4,18 3,61 0,16 4,42 CEPHEID GenExpert - Xpert HIV-1 Viral Load ,78 4,06 3,88 0,07 1,71 HOLOGIC - Aptima HIV - 1 Quant dx assay 4 4 3,7 3,86 3,76 0,07 1,89 QIAGEN - Artus HI Virus-1 QS-RGQ 5 5 3,49 3,85 3,69 0,15 4,16 ROCHE - Cobas HIV-1 cobas 4800 System 5 5 3,86 4,18 4,09 0,11 2,57 Page 5 sur 8
6 Plasma 1612 Analyse des réponses qualitatives Trousses N % Négatif Douteux Positif =Assigné ABBOTT - Amplification reagent realtime kit HIV 36 27, BECKMAN - VERIS HIV-1 Assay 2 1, Biocentric Generic hiv 1 0, BIOMERIEUX Nuclisens EasyQ HIV-1 v , CEPHEID GenExpert - Xpert HIV-1 Viral Load 17 13, HOLOGIC - Aptima HIV - 1 Quant dx assay 4 3, NOVARTIS - Procleix Ultrio Elite Assay 1 0, QIAGEN - Artus HI Virus-1 QS-RGQ 5 3, ROCHE - Cobas HIV-1 cobas 4800 System 5 3, ROCHE - Cobas HIV-1 cobas 6800/8800 Systems 1 0, ROCHE-Cobas Ampliprep Cobas TaqMan HIV , ROCHE-Cobas TaqMan HIV , ROCHE-Cobas TaqMan HIV-1 High Pure System 4 3, SIEMENS Versant HIV-1 RNA 1.5 (kpcr) 1 0, TOTAL % Analyse des réponses quantitatives Trousses N N* Min* Max* Moy r ET r CV r ABBOTT - Amplification reagent realtime kit HIV ,8 3,05 2,2 0,14 6,16 BIOMERIEUX Nuclisens EasyQ HIV-1 v ,88 2,63 2,4 0,21 8,79 ROCHE-Cobas TaqMan HIV ,76 2,42 2,12 0,32 14,94 ROCHE-Cobas Ampliprep Cobas TaqMan HIV ,99 2,64 2,29 0,2 8,62 ROCHE-Cobas TaqMan HIV-1 High Pure System 4 4 1,64 2,27 1,74 0,13 7,3 CEPHEID GenExpert - Xpert HIV-1 Viral Load ,02 2,26 2,15 0,06 2,77 HOLOGIC - Aptima HIV - 1 Quant dx assay 3 3 1,54 2,18 1,89 0,36 19,26 QIAGEN - Artus HI Virus-1 QS-RGQ 4 4 1,72 2,11 2,02 0,1 5,06 ROCHE - Cobas HIV-1 cobas 4800 System 5 5 2,07 2,61 2,32 0,23 9,77 Page 6 sur 8
7 Plasma 1613 Analyse des réponses qualitatives Trousses N % Négatif Douteux Positif ABBOTT - Amplification reagent realtime kit HIV 36 27,9 =Assigné BECKMAN - VERIS HIV-1 Assay 2 1, Biocentric Generic hiv 1 0, BIOMERIEUX Nuclisens EasyQ HIV-1 v , CEPHEID GenExpert - Xpert HIV-1 Viral Load 17 13, HOLOGIC - Aptima HIV - 1 Quant dx assay 4 3, NOVARTIS - Procleix Ultrio Elite Assay 1 0, QIAGEN - Artus HI Virus-1 QS-RGQ 5 3, ROCHE - Cobas HIV-1 cobas 4800 System 5 3, ROCHE - Cobas HIV-1 cobas 6800/8800 Systems 1 0, ROCHE-Cobas Ampliprep Cobas TaqMan HIV , ROCHE-Cobas TaqMan HIV , ROCHE-Cobas TaqMan HIV-1 High Pure System 4 3, SIEMENS Versant HIV-1 RNA 1.5 (kpcr) 1 0, TOTAL % Pas de traitement statistique pour les plasmas négatifs. Page 7 sur 8
8 COMMENTAIRE Les objets d essais de ce premier tour de Contrôle de Qualité ont été préparés à l aide de plasma négatif contaminé ou non avec des plasmas de patients infectés par le HIV-1. Les échantillons positifs contenaient un virus du groupe M, de sous-type B (1611 et 1612). Les résultats qualitatifs montrent une excellente concordance à l exception de 3 résultats faussement négatifs sur l échantillon 1612, obtenus avec 3 trousses distinctes (Abbott, Biocentric et Roche CAPCTM) et 1 résultat faussement positif avec la technique Biomérieux sur l échantillon Les résultats quantitatifs montrent une très bonne reproductibilité interlaboratoires toutes techniques confondues. Page 8 sur 8
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