MASTER RECHERCHE Sciences, Technologies, Santé mention. Gènes, Sélection, Adaptation

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1 MASTER RECHERCHE Sciences, Technologies, Santé mention Gènes, Sélection, Adaptation année universitaire

2 Objectifs de la formation et débouchés Les progrès marquants de la recherche en agronomie et en écologie se sont souvent faits ces dernières années dans un cadre explicitement évolutionniste. La formation des jeunes chercheurs dans ces domaines exige une formation théorique conséquente des logiques de sélection, d'évolution, et d'adaptation des organismes qui vient compléter un apprentissage de mécanismes biologiques élémentaires. La spécialité Recherche GSA a pour ambition de conférer aux futurs diplômés une double compétence à la fois dans le domaine de l'écologie évolutive et dans l'utilisation raisonnée de variants naturels ou artificiels à des fins de recherche fondamentale ou appliquée. Ceci passe par une formation pertinente et objective en ce qui concerne l'estimation des différents risques inhérents à ce type de démarche. A cet effet, cette nouvelle formation prévoit de concilier expertise technique en biologie moléculaire et microbiologie et savoirs théoriques de pointe dans les domaines de la biologie des populations, de l'écologie et de l'évolution. Les trois domaines de spécialisation sont : écologie et systèmes de culture, écologie microbienne, écologie comportementale. Conditions et modalités de candidature - justificatif de la validation d un niveau master 1 - descriptif des études suivies - souhaits de spécialisation - lettre de motivation Une commission de recrutement se prononce sur l admission en deuxième année de master au vu de la réussite antérieure de l étudiant, de son projet de formation et compte tenu des capacités d accueil dans les spécialités concernées. L école doctorale "Buffon" Elle rassemble les équipes de recherche du campus élargi dijonnais dont les travaux considèrent l'organisme, la population ou la communauté et se situent clairement dans un cadre comparatif et évolutif. Le tronc commun de l'école doctorale, articulé autour des méthodes de communication scientifique et de l'histoire des sciences (voir détail du contenu des enseignements) assurera une forte cohérence entre les différentes formations recherche de l'école doctorale.

3 Organisation de l année Premier semestre : - modules du tronc commun de l école doctorale "Buffon" (30 h = 5 crédits) - modules obligatoires (90 h = 15 crédits) - modules optionnels (30 h = 5 crédits), 1 au choix parmi les 3 proposés - rapport bibliographique (5 crédits) servant d'introduction générale à sa problématique de recherche Second semestre : stage de recherche (30 crédits) Le stage fait l'objet d'un rapport écrit (18 crédits ECTS) et d'une soutenance orale suivie de questions (12 crédits ECTS). Programme des enseignements Modules du tronc commun de l école doctorale "Buffon" histoire des sciences et épistémologie (CM + TD: 15 h) : - histoire des idées en évolution : du fixisme à la théorie synthétique de l'évolution. - histoire des sciences agronomiques. - épistémologie Statut des théories scientifiques, Procédures de validation et réfutation, Notions de paradigme, de modèle, d'hypothèse et de loi, Rapport entre technologie et progrès des connaissances. Ces différents aspects seront illustrés par des exemples empruntés à l'histoire de la biologie et de l'agronomie. communication scientifique (15 h) : - anglais scientifique Communication écrite (analyse de la structure du texte scientifique, initiation à la rédaction d'articles, présentation de communication affichées), communication orale (structure d'un exposé oral, articulation entre discours et illustration), gestion des informations bibliographiques, diffusion de l'information scientifiques (vulgarisation, communiqués de presse). Modules obligatoires fondamentaux théoriques - biologie et génétique des populations (30 h) : Stratégies de dispersion des organismes. Fonctionnement métapopulationnel: développements récents. Connexion entre génétique et dynamique des populations. - génétique quantitative (20 h) : Relations entre allèles dans les déterminismes polygéniques, Analyse des interactions génotype milieu, Mesures d'héritabilité, Caractères corrélés, Mesures d'aptitude à la combinaison, Analyse des QTL.

4 outils - initiation à la bioéthique (10h) : Gestion des ressources naturelles. Manipulation et brevetage du vivant. Responsabilité du chercheur. Transparence et confidentialité. Structure et fonctionnement des comités d'éthique nationaux. - marqueurs moléculaires (15h) : Cartographie génétique, recherche de microsatellites, marqueurs du sexe (AFLP, RAP-PCR), - modélisation (15h) : modèle linéaire généralisé. optimisation et stratégies évolutivement stables. modèles à compartiments. Modules optionnels (CM + TD = 30 h) : Option 1. Écophysiologie, génétique végétale et systèmes de culture - écophysiologie des plantes cultivées - Interaction entre plantes cultivées et plantes sauvages, modélisation du fonctionnement du champ cultivé - Flux de gènes entre dépendances vertes et cultures - Dynamique de métapopulation de plantes sauvages associées aux cultures à différentes échelles spatiales et temporelles - évolution de la résistance aux herbicides - Diversité génétique et conservation - Conception et évaluation de systèmes de culture dans le cadre de la protection intégrée Option 2. Écologie comportementale - Gènes et comportement: statut de la relation entre gènes et comportement; mise en évidence des influences génétiques: différences entre populations, sélection artificielle, étude de mutants, transgénèse - Adaptation et comportement: optimisation simple, optimisation dynamique et théorie des jeux - Structures génétiques et organisation sociale: sélection de parentèle et évolution de l'altruisme reproducteur, dispersion et consanguinité, prévention de l'inceste - Sélection sexuelle: mise en évidence de corrélations génétiques entre caractères, paradoxe du lek et maintien de la variabilité génétique, traits dépendants de la condition, conflit sexuel - Interactions interspécifiques: Interactions durables, concept de phénotype étendu, coévolution gène pour gène. Option 3. Écologie microbienne - Dynamique de populations microbiennes - Implication de la microflore dans les cycles géochimiques

5 - Microflore impliquée (biorémédiation, santé et croissance des plantes, lutte biologique, qualité des sols) ou simplement associée (bioindicateurs) dans la qualité de l environnement (sol, eau et air) - Interactions microorganismes-hôtes: études des biocénoses et des équilibres microbiens, pathogénie, parasitisme, symbiose, antagonisme, signaux moléculaires et mécanismes de reconnaissance cellulaire - Plasticité du génome, évolution de la diversité microbienne (recombinaison, transformation, transfert de gènes, mutagenèse ), adaptation, co-évolution plante /microorganismes Modalités de contrôle des connaissances Les modules d'enseignements (tronc commun, modules obligatoires et option) font chacun l'objet d'un examen séparé noté sur 20. Toutes les copies d'examen sont anonymes. Une note sur 20 est également donnée au rapport de stage et à la soutenance orale. En cohérence avec les crédits ECTS les coefficients suivants sont appliqués pour le calcul de la note finale : - tronc commun : 1 - modules obligatoires : 3 - option : 1 - rapport bibliographique : 1 - mémoire de recherche : 4 - soutenance orale : 2 Note totale sur 240 (ramenée à une note sur 20) Compensation globale : le Master Recherche (60 crédits ECTS) est acquis via l'obtention d'un note moyenne de 10/20. Responsables pédagogiques Pour toute information complémentaire, vous pouvez contacter l un des responsables de la formation : - Jacques Caneill, professeur, j.caneill@enesad.fr - Frank Cézilly, professeur, fcezill@u-bourgogne.fr Retrait des dossiers et renseignements administratifs Master Recherche GSA Université de Bourgogne UMR CNRS 5561 Biogéosciences tél : bd Gabriel fax : DIJON jcrouzet@u-bourgogne.fr