Étude de la sensibilité aux antibiotiques. des bactéries isolées lors de l infection du

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1 Article original Médecine et Santé Tropicales 2015 ; 25 : Étude de la sensibilité aux antibiotiques des bactéries isolées lors de l'infection du pied diabétique et perspectives d'antibiothérapie à Ouagadougou (Burkina Faso) Antibiotic susceptibility of bacteria isolated from diabetic foot infections and prospects for empiric antibiotic therapy in Ouagadougou (Burkina Faso) doi: /mst Guira O. 1,2, Tiéno H. 1,2, Sagna Y. 2, Yaméogo T.M. 3,4, Zoungrana L. 2, Traoré S. 2, Diallo I. 2, Yanogo D. 2, Drabo Y.J. 1,2 1 UFR/SDS université de Ouagadougou, BP 7021, Ouagadougou, Burkina Faso 2 CHU Yalgado Ouédraogo, BP 7022, Ouagadougou, Burkina Faso 3 INSSA, Bobo Dioulasso, Burkina Faso 4 CHU Souro Sanou, Bobo Dioulasso, Burkina Faso Article accepté le 30/11/2014 Résumé. Objectif : étudier la sensibilité aux antibiotiques des bactéries isolées lors de l infection du pied diabétique, en vue d adapter les schémas d antibiothérapie probabiliste dans un contexte où les examens bactériologiques sont rarement possibles. Méthode : l étude transversale a été réalisée du 1 er juillet 2011 au 30 juin 2012 dans les services de médecine interne et de chirurgie générale et digestive du centre hospitalier universitaire Yalgado-Ouédraogo de Ouagadougou. Les patients souffrant d une infection du pied diabétique ont bénéficié de prélèvements locaux sur lesquels les bactéries ont été identifiées et leur sensibilité aux antibiotiques testée selon la méthode de Kirby-Bauer. Résultats : soixante-quatre patients ont été étudiés. Leur âge médian était de 57 ans, avec un intervalle interquartile de (48,75) ; le sexratio était de 1,37. Trente-neuf avaient reçu une antibiothérapie avant l admission. Sur les soixante et onze prélèvements, soixante-deux cultures (87 %) étaient positives, dont cinquante-trois monomicrobiennes (85 %) et neuf bimicrobiennes (15 %). Les bactéries isolées étaient surtout des cocci à Gram positif aéro-anaérobies (76 %), notamment Staphylococcus aureus (33 %) et Streptococcus sp (18 %). L amoxicilline-acide clavulanique et l oxacilline étaient particulièrement actifs sur ces cocci à Gram positif. Il n existait pas de souches de S. aureus résistant à la méticilline. Les entérobactéries (24 %) étaient sensibles à la ticarcilline et à l imipénème, mais insuffisamment à la ceftriaxone et à la ciprofloxacine. Il n y avait pas de souches d entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre étendu. Pseudomonas aeruginosa était sensible à la ciprofloxacine et à l imipénème. Conclusion : malgré les limites structurelles de l étude, l écologie bactérienne montre qu il est possible de traiter avec succès la majorité des infections avec les antibiotiques usuels. Mots clés :pied diabétique, bactéries, sensibilité aux antibiotiques, Burkina Faso. Correspondance : Guira O <oumgui@yahoo.fr> Abstract. Introduction: The aim of this study was to study the antibiotic susceptibility of bacteria isolated from diabetic foot infections to help improve empiric antibiotic prescription in Ouagadougou, where bacteriological testing is rarely possible. Method: This cross-sectional study took place from July 1, 2011, to June 30, 2012, in the departments of internal medicine and general and gastrointestinal surgery in the Yalgado Ouédraogo teaching hospital. Bacteria were isolated from diabetic foot infections and their antibiotic sensitivity was tested by the qualitative method (Kirby- Bauer). Results: The study included 64 patients, with a median age of 57 years (interquartile range: 48-75) and a M/F sex ratio of Among them, 39 had received antibiotics before hospitalization. Among the 71 samples, 62 cultures (87%) were positive: 53 for a single microbe (85%) and 9 for two microbes (15%). Microorganisms were mainly aerobic and anaerobic Gram-positive cocci (76%), including Staphylococcus aureus (SA) (33%) and Streptococcus spp (18%). These Gram-positive cocci were highly sensitive to amoxicillin-clavulanic acid and oxacillin. No methicillin-resistant SA (MRSA) were isolated. Enterobacteriaceae (24 %) were highly susceptible to imipenem and ticarcillin, Pour citer cet article : Guira O, Tieno H, Sagna Y, Yaméogo TM, Zoungrana L, Traoré S, Diallo I, Yanogo D, Drabo YJ. Étude de la sensibilité aux antibiotiques des bactéries isolées lors de l infection du pied diabétique et perspectives d antibiothérapie à Ouagadougou (Burkina Faso). Med Sante Trop 2015 ; 25 : doi : / mst

2 O. GUIRA, ET AL. but not to ceftriaxone or ciprofloxacin. No extended-spectrum beta-lactamase Enterobacteriaceae (ESBL) were isolated. Pseudomonas aeruginosa was highly susceptible to ciprofloxacin and imipenem. Conclusion: Despite our study s limitations, our findings show that most diabetic foot infections can be successfully treated with standard antibiotics. Key words: Diabetic foot, bacteria, antibiotic susceptibility, Burkina Faso. Le pied diabétique est une complication intriquée qui impacte négativement les pronostics fonctionnel et vital du patient diabétique. Sa composante infectieuse explique la plupart des amputations et prédispose au risque de sepsis grave [1, 2]. Le contrôle multidisciplinaire de l infection du pied diabétique passe par une victoire dans le pari microbiologique et celui de l antibiothérapie. À cet effet, différents consensus et recommandations ont été édictés pour la conduite de l antibiothérapie [1, 3]. Cependant, eu égard à la variabilité de l écologie bactérienne et aux disparités dans l accès aux antibiotiques, ces directives méritent d être adaptées en fonction du contexte sociosanitaire. Une telle démarche s avère compliquée en milieu africain, où les activités de surveillance bactériologique sont souvent à l état embryonnaire. Notre étude est une contribution à l évaluation de la sensibilité aux antibiotiques des bactéries impliquées dans l infection du pied diabétique, avec, en perspective, la proposition de schémas d antibiothérapie probabiliste dans un contexte à ressources limitées, où les examens bactériologiques sont rarement disponibles ou accessibles. Patients et méthodes Type d étude Il s agit d une étude transversale, menée du1 er juillet 2011 au 30 juin 2012 dans les services de médecine interne et de chirurgie générale et digestive du centre hospitalier universitaire Yalgado-Ouédraogo de Ouagadougou. Sélection des patients Les patients diabétiques souffrant d une ulcération du pied avec au moins deux signes cliniques locaux d infection (tuméfaction, rougeur, douleur, chaleur ou suppuration), hospitalisés dans un des services et ayant consenti à l étude ont été inclus. Ceux chez qui un prélèvement sur les lésions du pied pour étude bactériologique n a pas été réalisé n ont pas été inclus dans l étude. Procédures bactériologiques Chaque patient a bénéficié de prélèvement sur la ou les lésions, aux fins d études bactériologiques. La technique de prélèvement était soit l aspiration du pus à l aide d une seringue, en passant par la peau saine, soit le curetage-écouvillonnage de la base de l ulcération, soit la biopsie tissulaire de la lésion. Les prélèvements ont fait l objet d un examen microscopique, d une culture et d une identification bactérienne suivie, le cas échéant, d un antibiogramme. Le bouillon cœur cervelle, la gélose CLED, la gélose Mueller-Hinton et la gélose chocolat + Polyvitex ont servi de milieux de culture. L identification des bactéries était basée sur leurs caractères morphologiques, culturaux, immunologiques et biochimiques. L identification définitive des espèces d entérobactéries a été faite à partir de la galerie Api- 20-E. Celle des espèces de cocci à Gram positif a été faite sur la base des critères suivants : Staphylococcus aureus (catalase +, mannitol +, coagulase + ), Staphylococcus saprophyticus (catalase +, mannitol +, coagulase - ), Staphylococcus epidermidis (catalase +, mannitol - ), Streptococcus agalactiae (catalase -, groupe B, optochine résistant). L évaluation de la sensibilité des bactéries aux antibiotiques a été faite à partir de la technique de mise en place de disques en papier imprégnés d antibiotiques sur une surface de gélose ensemencée par la souche bactérienne à tester (méthode de Kirby-Bauer). Définitions opérationnelles Une souche était dite sensible, intermédiaire ou résistante selon que le diamètre d inhibition mesuré était supérieur, égal ou inférieur à des diamètres critiques définis pour chaque antibiotique. Les diamètres critiques des antibiotiques ont été définis selon les critères du comité d antibiogramme de la Société française de microbiologie (2010). Une espèce bactérienne était dite sensible à un antibiotique si plus de 75 % des souches y étaient sensibles. Considérations statistiques Les données de l étude ont été traitées et analysées grâce aux logiciels Word, Excel et Epi-Info 7. L échantillon a été décrit grâce aux statistiques descriptives usuelles. Pour les variables qualitatives, les proportions ont été utilisées. Quant aux variables quantitatives, les médianes et les intervalles interquartiles ont été utilisés. Résultats Aspects épidémiologiques Pendant la période d étude, 440 diabétiques ont été hospitalisés. Parmi ceux-là, soixante-quatre (14 %) avaient une lésion infectée du pied ; ils ont tous été inclus. Il s agissait de trente-sept hommes (58 %) et de vingt-sept femmes (42 %), soit un sex-ratio de 1,37. L âge médian des patients était de 57 ans avec un intervalle interquartile de (48, 75). Aspects cliniques des lésions La durée médiane d évolution des lésions était de trente-deux jours, avec un intervalle interquartile de (28, 107). Les lésions étaient nécrotiques chez cinquante et un patients (80 %) et une ostéite a été observée chez quarante patients (62 %). L infection était au stade 3 chez quarante-cinq patients (70 %). Trente-neuf patients avaient reçu une antibiothérapie avant l admission. 292 Médecine et Santé Tropicales, Vol. 25, N8 3 - juillet-août-septembre 2015

3 Antibiothérapie du pied diabétique Aspects bactériologiques des lésions Soixante et onze prélèvements ont été effectués : quarante prélèvements de pus ou curetage-écouvillonnage (56 %) et trente et une biopsies tissulaires (44 %). Sur ces soixante et onze échantillons, soixante-deux cultures (87 %) étaient positives, dont cinquante-trois monomicrobiennes (85 %) et neuf bimicrobiennes (15 %). Soixante et onze souches bactériennes ont été isolées. Le tableau 1 illustre la répartition des différentes espèces bactériennes isolées sur les lésions du pied. Sensibilité des bactéries aux antibiotiques Les bactéries du genre Staphylococcus étaient sensibles à : amoxicilline-acide clavulanique, oxacilline, ciprofloxacine, pristinamycine, teicoplanine et vancomycine. Il n y avait pas de souches de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM). Celles du genre Streptococcus étaient sensibles à : amoxicilline, amoxicilline-acide clavulanique, oxacilline et gentamicine. Les entérobactéries étaient sensibles à la ticarcilline et l imipénème, mais plus de 50 % d entre elles avaient un profil intermédiaire ou résistant à la ceftriaxone et à la ciprofloxacine. Il n y avait pas de souches d entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre étendu (BLSE). Les tableaux 2-3 illustrent le profil de sensibilité des souches bactériennes isolées sur les lésions infectées du pied, respectivement aux bêtalactamines et aux autres antibiotiques. Discussion L infection du pied chez le diabétique était souvent causée par des cocci à Gram positif aéro-anaérobies (76 %), notamment S. aureus (33 %) ; cela corrobore les résultats de plusieurs études en Afrique et dans les pays développés [4-8]. Streptococcus sp n était pas en reste (18 %), ce qui confirme la place non négligeable du genre Streptococcus dans l écologie du pied diabétique infecté [6, 9]. Les bacilles à Gram négatif constituaient 24 % des isolats, avec majoritairement le genre Proteus (10 %). Les cultures en milieu anaérobie n ont pas été possibles pour des raisons d ordre technologique. Le principal écueil à l étude de la sensibilité des bactéries aux antibiotiques provenait des caractéristiques des disques utilisés (variation du panel d antibiotiques tests) : outre la non-inclusion de certains antibiotiques recommandésàl heure actuelle pour le traitement de l infection du pied diabétique, toutes les souches n ont pas été testées de façon systématique et régulière pour les antibiotiques utilisés. Ceci réduit le ratio de souches testées, et, par conséquent, la puissance statistique des résultats. Malgré cette limite, des tendances instructives se dégagent concernant certains antibiotiques d utilisation courante. Pour certains germes que nous avons isolés dans l étude, les recommandations de la Société de pathologie infectieuse de langue française sont, selon le type d infection et en l absence de lésions osseuses, de sepsis sévère ou de choc septique, les suivantes : cloxacilline, amoxicillineacide clavulanique, clindamycine ou céfalexine ( aminoside si infection de grade 3) en cas de S. aureus sensible à la méticilline (SAMS) ou de Streptococcus pyogenes et amoxicilline-acide clavulanique aminoside en cas de bacilles à Gram négatif (BGN). En présence d ostéite : oxacilline ou cloxacilline gentamicine, ofloxacine ou péfloxacine + rifampicine ou acide fusidique, rifampicine + acide fusidique ou clindamycine ou sulfaméthoxazole-triméthoprime en cas de SAMS, rifampicine + amoxicilline ou clindamycine ou vancomycine ou teicoplanine en cas de streptocoque et ciprofloxacine ou ofloxacine céfotaxime en cas d entérobactéries [1]. Les bactéries du genre Staphylococcus étaient sensibles à l amoxicilline-acide clavulanique, mais pas à l amoxicilline seule, ce qui présage la production de bêtalactamases par la plupart des souches de staphylocoques [10]. Les recommandations actuelles font état de l amoxicilline-acide clavulanique dans le traitement du pied diabétique infecté (ostéite exclue) [1]. L accessibilité relative à cette molécule pourrait justifier dans nos contrées une propension à sa prescription en première intention. La quasi-totalité des staphylocoques, à l exception de quelques souches de Saprophyticus ou sp étaient également sensibles à l oxacilline et à la ciprofloxacine ; ces molécules pourraient aussi constituer des choix de première intention, notamment en cas d atteinte osseuse. Les autres antibiotiques efficaces sur S. aureus, et plus ou moins les autres espèces de staphylocoques, avaient un tropisme variable sur les tissus du pied : ostéoarticulaire (vancomycine) ou bipolaire ostéoarticulaire et parties molles (teicoplanine, pristinamycine). À ce jour, leur prescription présomptive ne saurait se justifier chez nos Tableau 1. Fréquences des différentes espèces bactériennes identifiées sur les lésions infectées du pied des patients diabétiques (n = 71). Table 1. Frequency of bacteria isolated from diabetic foot infections (n=71) Forme Genre Espèces Nombre de souches (n) Poucentage (%) Cocci Staphylococcus Staphylococcus aureus Staphylococcus saprophyticcus 4 6 Staphylococcus epidermidis 7 10 Staphylococcus sp 6 8 Streptococcus Streptococcus sp Streptococcus agalactiae 1 1 Bacilles Escherichia Escherichia coli 1 1 Klebsiella Klebsiella pneumoniae 4 6 Proteus Proteus vulgaris 3 4 Proteus mirabilis 4 6 Providencia Providencia stuartii 2 3 Providencia sp 1 1 Pseudomonas Pseudomonas aeruginosa 2 3 Total Médecine et Santé Tropicales, Vol. 25, N8 3 - juillet-août-septembre

4 O. GUIRA, ET AL. Tableau 2. Profil de sensibilité des souches bactériennes isolées sur les lésions infectées du pied aux bêtalactamines. Table 2. Susceptibility of bacteria isolated from diabetic foot infections to betalactamines Ratio de souches sensibles aux bêtalactamines Amoxicilline Amoxi-acide clav Oxacilline Ceftriaxone Ticarcilline Imipénème Cocci Staphylococcus aureus 1/3 6/8 11/11 4/8-1/3 epidermidis 0/1-3/ /1 saprophyticus 0/3 2/2 1/2 2/2 - - Sp - - 0/2 0/2 2/2 2/2 Sous-total 1/7 8/10 15/18 6/12 2/2 4/6 Streptococcus sp 3/3 3/3 2/3 2/5-1/5 agalactiae /1 Sous-total 3/3 3/3 2/3 2/5-2/6 Bacilles Entérobactéries Escherichia coli /1-1/1 Proteus mirabilis /2-2/3 vulgaris - 3/4 1/1 3/4-4/4 Klebsiella pneumoniae - 0/1-1/3 0/1 4/4 Provendencia stuartii /2 2/2 2/2 sp /1 1/1 Sous-total - 3/5 1/1 6/12 3/4 11/12 Autres bacilles Pseudomonas aeruginosa - 0/2-0/2-2/2 Amoxi-acide clav : amoxicilline-acide clavulanique - : aucune souche testée Tableau 3. Profil de sensibilité des souches bactériennes isolées sur les lésions infectées du pied aux autres antibiotiques. Table 3. Susceptibility of bacteria isolated from diabetic foot infections to other antibiotics Ratio de souches sensibles aux autres antibiotiques Genta Cotri Cipro Linco Erythro Pristina Teico Vanco Cocci Staphylococcus aureus 8/12 16/23 9/10 4/7 13/20 5/7 1/1 5/6 epidermidis 4/4 6/7 3/3 0/1 2/4 0/1 - - saprophyticus 3/3 2/3 2/2 3/3 2/4 - - sp 4/4 0/2 2/ /2 Sous-total 19/23 24/35 16/19 7/11 17/28 5/8 1/1 7/10 Streptococcus sp 4/5 5/11 2/6 0/1 0/ /3 agalactiae - 1/ /1 1/1 Sous-total 4/5 6/12 2/6 0/1 0/8-1/1 2/4 Bacilles Entérobactéries Escherichia coli 0/1 0/1 0/ Proteus mirabilis - 2/3 1/ vulgaris 3/4 1/1 - Klebsiella pneumoniae 1/3 0/4 3/ Providencia stuartii - 2/2 0/ sp 1/ Sous-total 5/9 5/10 4/ Autres bacilles Pseudomonas aeruginosa 2/2 0/2 2/ Genta : gentamicine, Cotri : cotrimoxazole, Cipro : ciprofloxacine, Linco : lincomycine, Erythro : érythromycine, Pristina : pristinamycine, Teico : teicoplanine, Vanco : vancomycine, - : aucune souche testée 294 Médecine et Santé Tropicales, Vol. 25, N8 3 - juillet-août-septembre 2015

5 Antibiothérapie du pied diabétique patients, car ils ne sont recommandés qu en cas d infection à S. aureus résistant à la méticilline (SARM) [1]. De telles souches n ont pas été isolées dans l étude, à la différence d une étude française, qui rapportait 25 % de SARM [6]. Cette différence pourrait s expliquer par des antécédents moins fréquents d hospitalisation pour lésions de pied chez nos patients, qui favorise la transmission nosocomiale de bactéries multirésistantes. D ailleurs, la prescription des molécules recommandées au cours des infections à SARM pourrait être limitée par leur faible accessibilité. La lincomycine et la ceftriaxone, fréquemment prescrites de façon présomptive chez les patients, devraient désormais être évitées en raison de leur faible efficacité sur le staphylocoque. Ces molécules ne sont du reste pas citées, à juste titre, sur l indication antistaphylococcique dans les principales recommandations [1]. Les bactéries du genre Streptococcus avaient un profil de sensibilité assez proche de celui des bactéries du genre Staphylococcus, mis à part leur meilleure sensibilité à l amoxicilline et à la gentamicine, et leur moins bonne sensibilité à la ciprofloxacine, à l imipénème et à la vancomycine. Un tel profil de sensibilité favorise, dans notre contexte de travail, l accès aux principales molécules proposées dans les recommandations dans l indication antistreptococcique [1]. Ainsi, à la lumière de l écologie bactérienne des lésions infectées du pied chez nos patients, les prescriptions probabilistes de première intention visant avant tout à couvrir les cocci à Gram positif aérobies sont à propos [8]. Mais, à la différence de certains auteurs africains pour lesquels les quinolones ou les céphalosporines de deuxième ou troisième génération devraient être le premier choix [4, 5], l amoxicillineacide clavulanique et l oxacilline, molécules assez accessibles dans nos contrées, et mentionnées dans les recommandations, suffiraient à couvrir de façon probabiliste à la fois les bactéries des genres Staphylococcus et Streptococcus, soit 76 % de la flore bactérienne. Les entérobactéries étaient peu sensibles à l amoxicillineacide clavulanique et la gentamicine, encore moins à la ceftriaxone, la ciprofloxacine et au cotrimoxazole. Pourtant, les quinolones et céphalosporines de troisième génération sont souvent proposées dans le traitement des infections à entérobactéries du pied diabétique [1, 10]. Dans notre étude, la sensibilité des entérobactéries n a pas été suffisamment testée avec de nombreux antibiotiques d où la difficulté d entrevoir des propositions thérapeutiques objectives. Certes, des molécules telles que la ticarcilline et l imipénème étaient efficaces, mais peut se poser le problème d accessibilité. Dans ces conditions, l amoxicilline-acide clavulanique et la gentamicine pourraient s imposer, à défaut, comme options présomptives. Il n y avait pas de souches de BLSE ; cependant, à la lumière du profil de résistance de ces entérobactéries, la surveillance vis-à-vis de ces bactéries mérite d être renforcée. Parmi les molécules actives sur Pseudomonas aeruginosa (gentamicine, ciprofloxacine et imipénème), la ciprofloxacine pourrait être un choix judicieux dans notre contexte de travail [11, 12]. Conclusion Les limites structurelles entravent les évaluations bactériologiques optimales dans les pays en développement. Cependant, eu égard aux résultats de notre étude, il semble qu avec peu d antibiotiques, pas nécessairement ceux de générations récentes, qui souvent ne sont ni disponibles, ni accessibles dans nos pays, il est possible de traiter avec succès la majorité des infections. Les antibiotiques doivent être utilisés avec parcimonie afin d éviter ou de retarder l émergence des bactéries multirésistantes. Conflits d intérêt :aucun. Références 1. Société de pathologie infectieuse de langue française. Recommandations pour la pratique clinique. Prise en charge du pied diabétique infecté. Med Mal Infect 2007 ; 37 : Fosse S, Jacqueminet SA, Duplan H, et al. Incidence et caractéristiques des amputations de membres inférieurs chez les personnes diabétiques en France métropolitaine, Bull Epidemiol Heb 2006 ; 10 : Ben Chaabane T, Ben Redjeb S, Chakroun S, et al. Antibiothérapies des infections ostéoarticulaires aiguës communautaires à pyogènes. 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